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La Trypanosomose Animale Africaine (TAA) est une maladie parasitaire (trypanosome) à transmission vectorielle (glossine). En Afrique sub-saharienne elle constitue un obstacle majeur au développement de l'élevage. Toutefois, il existe des races bovines taurines trypanotolérantes capables de tolérer la maladie. Les races européennes et indicines sont trypanosensibles et, sans traitement, meurent généralement de l'infection. Les objectifs de thèse sont d'améliorer les connaissances sur les interactions hôtes-parasites en identifiant les gènes, les réseaux de gènes, les voies métaboliques et les fonctions biologiques associés à la trypanotolérance. Cinq races bovines ouest-africaines ont été expérimentalement infectées par Trypanosoma congolense. Des banques RNA-seq ont été réalisées à partir des échantillons sanguins pour caractériser le métatranscriptome au cours de l'infection (bovin+parasite). Les principaux résultats révèlent que l'infection a eu un impact majeur sur le transcriptome des leucocytes bovins quelle que soit la race. Les résultats confirment globalement les données issues de la littérature notamment une activation précoce de la réponse immunitaire innée, suivie d'une activation de la réponse humorale et d'une inhibition des cellules T au stade chronique de l'infection. Des résultats nouveaux ont pu être mis en évidence comme une forte perturbation du métabolisme et de la production d'énergie chez l'hôte. La race N'Dama (trypanotolérante de référence) a présenté une réponse immunitaire plus précoce et plus intense associée à une forte activation de la production d'énergie par les cellules. La race Zébu (trypanosensible de référence) a présenté une forte perturbation du métabolisme des lipides, probablement due à une spoliation par le parasite ou en lien direct avec une dérégulation du métabolisme de l'hôte. En conclusion, j'ai pu mettre en évidence des différences subtiles dans certaines voies d'activation de la réponse immunitaire, et mis en exergue le