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Additional file 2: Table S1. Main characteristics in the subgroup of patients and healthy controls enrolled for proteomic approaches

Xylella fastidiosa subsp. fastidiosa is endemic in Costa Rica. Since the 1990s, the presence, the broad genetic diversity of the isolates, and dissemination of the bacteria have been confirmed throughout the different coffee-producing regions of the country. Although the bacteria is prevalent and has great potential for disease, most of the colonized coffee plants are asymptomatic or to a major extent show mild symptoms that relate to “crespera” disease. The presence of X. fastidiosa does not represent a serious threat to the coffee industry in Costa Rica, a different scenario to other known crops. To understand the host-pathogen interaction of X. fastidiosa with coffee plants, we performed transcriptomic analysis on two varieties of coffee: Catuaí, a common variety used throughout the country, and CR95, a variety that has shown resistance to fungal pathogens. We assessed plant response to X. fastidiosa seven days post-infection. In vitro grown six-month-old coffee plants were inoculated with X. fastidiosa subsp. fastidiosa (ST33), previously isolated from coffee, or with PBS in case of the control groups (five plants per group). Seven days post-infection the presence of the bacteria was determined by qPCR. In addition, RNA sequencing was performed for each infected and control plant. Our results show that CR95 plants have a lower overall bacterial load seven days post-infection than Catuaí. The Principal component analysis (PCA) clustered healthy and infected replicates separately. CR95 showed twice differentially expressed genes than Catuaí. GO enrichment and network analyses revealed the involvement of several metabolic pathways in response to the exposure to the bacteria. Genes related to plant recognition and defense response were also identified. In conclusion, coffee plants recognize the presence of X. fastidiosa but do not induce a strong defense response, a window of opportunity that may favor plant colonization and persistence.

El presente proyecto presenta el uso del método de electrocoagulación para evaluar su eficiencia en la remoción de contaminantes presentes en el agua, para el desarrollo de la técnica fue diseñado y construido un prototipo a escala laboratorio que consiste de un hardware que posee el reactor de reacción para el tratamiento de un volumen de 350ml y una tarjeta PCB para el control de la corriente aplicada y los sistemas mecánicos como bombas y válvulas; y un software realizado por medio del entorno de programación LabVIEW que permite al usuario controlar variables como pH, conductividad, corriente y tiempo. El prototipo fue probado para la remoción plomo en aguas preparadas en laboratorio, para el análisis de las muestras se utilizó la técnica analítica de voltametría de redisolución anódica mediante el equipo Metalyser portable HM1000, fueron obtenidas remociones desde 76% hasta el 99% de la concentración inicial.

Additional file 1. Additional table.

Thiophene is a sulfur compound found mostly in gasoline and contributor to air pollution. This paper analyzes UV light photocatalytic desulfurization of model oil using Ag/TiO2. Thiophene concentration in the oil phase was determined by the electrochemical analyzer using Differential Pulse Voltammetry (DPV). The electrochemical experimental works were performed by two methodologies. First, aliquots of the oleic mixture were taken every 30 minutes and the thiophene concentration was measured over 7 hours of degradation. The concentration of thiophene decreased by 37.94%. In the second methodology, the in situ thiophene concentration was determined by DPV, where the reaction mixture was altered by the addition of acetonitrile and a quaternary ammonium salt as solvent-supporting electrolyte system. In this medium, the thiophene concentration was reduced by 43.88% after 4 hours of photocatalytic degradation. RESUMEN El tiofeno es un compuesto azufrado que se encuentra principalmente en la gasolina y es uno de los responsables de la contaminación atmosférica. En este trabajo se hizo la implementación de una metodología analítica para la cuantificación de tiofeno a lo largo de un proceso de desulfurización fotocatalítica, usando Voltamperometría Diferencial de Pulsos (VDP). La degradación fotocatalítica de tiofeno se hizo con radiación UV utilizando TiO2 modificado con Ag como semiconductor. El seguimiento electroquímico del tiofeno se realizó mediante dos metodologías. En la primera se tomaron alicuotas de la mezcla oléica cada 30 minutos y se midió la concentración de tiofeno a lo largo de 7 horas de degradación mediante Voltamperometría Diferencial de Pulsos (VDP). La concentración de tiofeno disminuyó en un 37.94%. En la segunda metodología se hizo la determinación electroquímica del tiofeno in situ, para lo cual, la mezcla de reacción se modificó por la adición de acetonitrilo y de una sal de amonio cuaternaria como electrolito soporte. En este medio se redujo la concentración de tiofeno en un 43.88% luego de 4 horas de degradación fotocatalítica.

Durante los meses de febrero a septiembre del 2012 se inició el diagnóstico del humedal Jaboque, en el que se realizó un análisis de las propiedades físicas (pH, acidez, dureza), químicas (DBO5, DQO, nitratos) y biológicas (Coliformes totales, Coliformes fecales y microscopia) del agua. Se encontró una alta contaminación del cuerpo de agua y variación notable en comparación con estudios realizados anteriormente por entidades como la empresa de acueducto y alcantarillado de Bogotá (EAAB) en conjunto con la Universidad de los Andes. En comparación con la legislación colombiana el agua del humedal no es apta para ningún uso que tenga que ver con el contacto humano. Pregrado

Introducción. Marco de referencia. Metodología. Análisis y procedimiento de resultados. Conclusiones y recomendaciones. Anexos.

Bacillus thuringiensis produces d-endotoxins that require proteolytic processing to become active. The activation of the B. thuringiensis subsp. medellin 28 kDa (Cyt1Ab1) cytolytic toxin by trypsin, chymotrypsin and gut extract from Culex quinquefasciatus larvae was analyzed. The Cyt1Ab1 toxin of B. thuringiensis subsp. medellin was processed by all proteases tested to fragments between 23 and 25 kDa, while processing of the Cyt1Aa1 toxin produce fragments between 22.5 and 24.5 kDa. The Cyt1Ab1 toxin was preferentially processed at the alkaline pH of 12. The in vitro proteolytic processing of the Cyt1Ab1 toxin by C. quinquefasciatus larvae midgut extract showed a 25 kDa fragment; a similar result was observed when the activation was performed in the in vivo experiments. The solubilized Cyt1Ab1 toxin and the protease resistant cores generated by in vitro processing showed hemolytic activity but not mosquitocidal activity. Amino terminal sequence of the C. quinquefasciatus gut extract resistant fragment indicated that the cutting site was located between Lys31 and Asp32, with a sequence DDPNEKNNHNS; while for the trypsin-resistant fragment the cutting site was determined between Leu29 and Arg30, and for the chymotrypsin-resistant fragment between Arg30 and Lys3

Xylella fastidiosa subsp. fastidiosa is endemic in Costa Rica. Since the 1990s, the presence, the broad genetic diversity of the isolates, and dissemination of the bacteria have been confirmed throughout the different coffee-producing regions of the country. Although the bacteria is prevalent and has great potential for disease, most of the colonized coffee plants are asymptomatic or to a major extent show mild symptoms that relate to “crespera” disease. The presence of X. fastidiosa does not represent a serious threat to the coffee industry in Costa Rica, a different scenario to other known crops. To understand the host-pathogen interaction of X. fastidiosa with coffee plants, we performed transcriptomic analysis on two varieties of coffee: Catuaí, a common variety used throughout the country, and CR95, a variety that has shown resistance to fungal pathogens. We assessed plant response to X. fastidiosa seven days post-infection. In vitro grown six-month-old coffee plants were inoculated with X. fastidiosa subsp. fastidiosa (ST33), previously isolated from coffee, or with PBS in case of the control groups (five plants per group). Seven days post-infection the presence of the bacteria was determined by qPCR. In addition, RNA sequencing was performed for each infected and control plant. Our results show that CR95 plants have a lower overall bacterial load seven days post-infection than Catuaí. The Principal component analysis (PCA) clustered healthy and infected replicates separately. CR95 showed twice differentially expressed genes than Catuaí. GO enrichment and network analyses revealed the involvement of several metabolic pathways in response to the exposure to the bacteria. Genes related to plant recognition and defense response were also identified. In conclusion, coffee plants recognize the presence of X. fastidiosa but do not induce a strong defense response, a window of opportunity that may favor plant colonization and persistence., CR; PPT; carlos.chacondiaz@ucr.ac.cr

En este trabajo se realizó la determinación de Pb(II) en ocho muestras de agua provenientes de drenajes ácidos, tomadas en cuatro puntos entre la quebrada “El Alisal” y la mina de carbón “San José”, ubicada en el páramo Guerrero - Cogua, Cundinamarca, a través de voltametría de redisolución anódica con barrido de onda cuadrada. La configuración de la celda consistió de un electrolito soporte 0.1 M de buffer acetato pH 4.5 y tres electrodos de bajo costo: electrodo de mina de grafito modificado con bismuto como electrodo de trabajo (ET), Ag/AgCl 3 M como electrodo de referencia (ER), y un alambre de platino como electrodo auxiliar (EA). Los parámetros de la técnica utilizados fueron: deposición desde -1.4 a 0.0 V, durante 3 minutos en agitación constante, tiempo de reposo de 10 s y barrido de onda cuadrada con potencial inicial: -1.4 V, potencial final: 0.0 V, amplitud de impulso: 40 mV, tamaño de paso: 13 mV, frecuencia: 50 Hz y un área del electrodo de: 0.0314 cm2. La determinación de la concentración se realizó a través del método de adición estándar añadiendo 10 μg/L hasta 50 μg/L de Pb(II) a partir de una solución patrón de 100 mg⁄(L ). La técnica voltamétrica utilizada presento voltagramas con altos coeficientes de determinación encontrando en promedio concentraciones de plomo de 10.36 μg⁄(L ) en el tubo que extrae agua del interior de la mina de carbón, 4.64 μg⁄(L ) a la salida de agua del sistema de tratamiento, 0 μg⁄(L ) aguas arriba de la quebrada El Alisal y 1.53 μg⁄(L ) aguas abajo del punto de confluencia entre el vertimiento y la quebrada, determinando que la mina de carbón cumple con la concentración límite máxima permisible de plomo (II) en los vertimientos puntuales de minería de carbón de piedra y lignito sobre cuerpos de agua superficiales, estipulado en la resolución 631 de 2015. In this work, Pb(II) was determined in eight water samples from acid drainages. They were taken at four points between El Alisal stream and the "San José" coal mine, located in the Guerrero moor - Cogua, Cundinamarca, through square wave- anodic stripping voltammetry. The cell configuration consisted of a 0.1 M acetate buffer electrolyte (pH 4.5) and three low-cost electrodes: pencil lead graphite electrode modified with bismuth as work electrode (WE), 3M Ag/AgCl as a reference electrode (RE) and platinum wire as an auxiliary electrode (AE). The parameters of the technique used were: Deposition from -1.4 to 0.0 V for 3 minutes in constant agitation, quiet time of 10 s and square wave swept with initial potential: -1.4 V, final potential: 0.0 V, pulse size: 40 mV, step size: 13 mV, frequency: 50 Hz and electrode area of 0.0314 cm2. The determination of the concentration was made through the standard addition method, adding 10 μg/L to 50 μg/L of lead (II) from a standard solution of 100mg⁄(L ). The voltammetric technique used presented voltammograms with high coefficients of determination, finding on average lead concentrations of 10.36 μg⁄(L )on the pipe that draws water inside of the coal mine, 4.64 μg⁄(L )in the water outlet of the treatment system, 0.0 μg⁄(L ) upstream of El Alisal stream and 1.53 μg⁄(L ) downstream the point of confluence between the water discharge and the stream, determining that the coal mine fulfills the maximum permissible concentration of lead (II) in the punctual discharges of coal and lignite mining over surface water bodies, stipulated in resolution 631 of 2015. Ingeniero Ambiental http://unidadinvestigacion.usta.edu.co Pregrado

El presente proyecto llevó a cabo, la determinación de Pb (II) presente en una muestra de fresas frescas provenientes de una finca denominada Finca A, ubicada en la vereda La Unión en el municipio de Sibaté en Cundinamarca – Colombia, por medio de la técnica voltametría de onda cuadrada (SWV). Esta técnica fue seleccionada por ofrecer bajo costo de operación, alta sensibilidad, selectividad y fácil adaptación al entorno de trabajo. La determinación de Pb (II) se decidió realizar en el fruto de la fresa por ser una de las frutas con mayor aporte económico del país y por haber encontrado más de una especie electroactiva en esta fruta según estudios enfocados a la determinación de metales a nivel nacional e internacional. De este modo, se tomó y analizó una muestra de fresa proveniente de la vereda más cercana al embalse del Muña, caracterizado por ser un cuerpo de agua estancado y con un alto grado de contaminación, convirtiendo su entorno en un foco de interés para investigaciones ambientales. De esta forma la cuantificación de Pb (II) se realizó tras emplear el método de digestión ácida, el cual llevo la muestra a solución acuosa, con una configuración en la celda electroquímica de 3 electrodos, carbón vítreo o GC como electrodo de trabajo, Ag/AgCl como electrodo de referencia y Pt como contraelectrodo, en electrolito soporte buffer de acetato a pH 4,5. Seguidamente se establecieron los parámetros de la técnica de la siguiente manera: tamaño del paso 25 mV, frecuencia 60 Hz y tamaño del pulso 80 mV con tiempo de quietud de 15s. Finalmente se usó el método de adición estándar como uno de los mejores métodos para reducción de interferencias, como el efecto matriz, facilitando la determinación de 0,3012 ppm de Pb (II) en la muestra de fresa, valor que sobrepasa el limite permisible establecido por la normatividad Colombiana que se ubica en 0,20 ppm de Pb para bayas y frutas pequeñas. Seguidamente se observaron otras especies electroactivas las cuales generaron picos de corriente en diferentes voltajes, mostrando que la técnica voltametría de onda cuadrada es adecuada para la detección de más de una sustancia electroactiva y cuantificarla por separado en alimentos como la fresa. This project carried out the determination of Pb (II) present in a sample of fresh strawberries from a farm called Finca A, located in the village of La Unión in the municipality of Sibaté in Cundinamarca - Colombia, through the technique square wave voltammetry (SWV). This technique was selected for offering low operating cost, high sensitivity, selectivity and easy adaptation to the work environment. The determination of Pb (II) was decided on the fruit of the strawberry because it is one of the fruits with the highest economic contribution in the country and for having found more than one electroactive species in this fruit according to studies focused on the determination of metals at the National and international. Thus, a strawberry sample was taken and analyzed from the path closest to the reservoir of Muña, characterized by being a body of stagnant water and with a high degree of contamination, making its environment a focus of interest for environmental research. In this way the quantification of Pb (II) was performed after using the acid digestion method, which took the sample to aqueous solution, with a configuration in the electrochemical cell of 3 electrodes, glassy carbon or GC as working electrode, Ag / AgCl as a reference electrode and Pt as a counter electrode, in acetate electrolyte acetate buffer at pH 4.5. Then the parameters of the technique were established as follows: step size 25 mV, frequency 60 Hz and pulse size 80 mV with quiet time of 15s. Finally, the standard addition method was used as one of the best methods for reducing interference, such as the matrix effect, facilitating the determination of 0.3012 ppm of Pb (II) in the strawberry sample, a value that exceeds the permissible limit established by the Colombian regulations that is located in 0.20 ppm of Pb for berries and small fruits. Furthermore, other electroactive species were observed which generated current peaks in different voltages, showing that the square wave voltammetry technique is suitable for the determination of more than one electroactive substance and quantify it separately in foods such as strawberries. Ingeniero Ambiental Pregrado

Los sistemas de electrocoagulación como alternativa para la remoción de contaminantes, permiten que a través del paso de la corriente eléctrica y la adición electrolítica de iones metálicos coagulantes generados por electro-oxidación directamente del ánodo de sacrificio, accedan que este se disuelva debido a la aplicación de una diferencia de potencial, produciendo iones que permitan la aglomeración del contaminante de la misma forma que si se adicionara un producto químico, que luego permita su remoción [24]. La presente investigación se llevó a cabo en el Laboratorio de Ingeniería Ambiental de la Universidad Autónoma de Colombia. Se utilizó un reactor discontinuo con capacidad máxima de 1936 mililitros; el diseño experimental consistió en realizar diferentes ensayos variando el material de los electrodos (hierro y/o aluminio), las distancias entre electrodos de 5mm, 10mm, 15mm y la variación de pH inicial (4, 6 y 8); todos estos experimentos se llevaron a cabo con un tiempo de operación de 30 minutos, una agitación de 390 rpm para evitar la polarización de los electrodos y con un tiempo de sedimentación de 60 minutos aproximadamente. Al evaluar las eficiencias de remoción se obtuvo que las condiciones óptimas para el proceso de remoción de Cr (VI) por electrocoagulación fueron con electrodos de aluminio, a una distancia entre electrodos de 5mm y un pH inicial de 8. Posteriormente se evaluó el tiempo de residencia en el electrocoagulador, con el fin de determinar el comportamiento de remoción bajo las condiciones establecidas; obteniendo una eficiencia de remoción del 99% al cabo de 40 minutos. Ingeniero Ambiental Pregrado

La utilización de todo tipo de materiales en la industria ha incrementado el uso del mercurio, que principalmente se utiliza en la fabricación de lámparas e instrumentos de medida, también en la industria manufacturera de productos químicos; algunas aplicaciones de compuestos de mercurio incluyen su uso como catalizadores, fungicidas, herbicidas, pigmentos e incluso drogas. Es por esto que surge la necesidad de crear una técnica que permita determinar la concentración de mercurio en diferentes tipos de muestras ya sea en agua, suelos, o alimentos. La determinación de este metal es importante debido a su alta toxicidad y facilidad de combinarse con otros metales para formar amalgamas altamente tóxicas para el ambiente y para la salud humana. Ingeniero Ambiental Pregrado