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International audience; IntroductionMetabolomics data analysis is a complex and multistep process, which is constantly evolving with the development of new analytical technologies, mathematical methods, bioinformatics tools and databases. The Workflow4Metabolomics (W4M) infrastructure[1] provides tools in a single online web interface (through Galaxy[1]). During the last two years, W4M has evolved with new upgrades for LC-MS, LC-MSMS, GC-MS and NMR pipelines, including preprocessing, quality control, statistical analysis and annotation tools. W4M also proposes new community resources promoting open science in metabolomics.Technological and methodological innovationW4M major updates include: Specific Galaxy interactive tools with NMRPro[2] for NMR spectra visualization and Xseeker for visualization and annotation of LC-MSMS data (In collaboration with CHOPIN ANR project[3]); An improved MSMS pipeline; New annotation tools suite allowing connexion with PeakForest[4], a new spectral data manager infrastructure for laboratories; New functionalities regarding mixed model computation for repeated measure designs, and improvements in annotation of complex mixture bidimensional NMR spectra. New training resources through the Galaxy Training Network (GTN) are also proposed, and Training Infrastructure as a Service (TIass) is available through the new usegalaxy.fr host.Results and impactW4M’s improvements increase raw data input management and LC/GC-MS(MS) workflow efficiency. We highlight how current advances, along with community training as through the yearly international school Workflow4Experimenters, contribute to open data analysis practices worldwide. In addition the W4M organization on Github repository aims to review code, annotate tools and propose a showcase for contributors from the metabolomics community.References[1] Giacomoni F., Le Corguillé et al (2015). Workflow4Metabolomics: A collaborative research infrastructure for computational metabolomics. Bioinformatics 2015, May 1;31(9):1493-5. doi: 10.1093/bioinformatics/btu813[2] Mohamed A, Nguyen CH, Mamitsuka H. NMRPro: an integrated web component for interactive processing and visualization of NMR spectra. Bioinformatics. 2016 Jul 1;32(13):2067-8. doi: 10.1093/bioinformatics/btw102. Epub 2016 Feb 26. PMID: 27153725.[3] https://anr.fr/ProjetIA-16-RHUS-0007[4] Paulhe, N., Canlet, C., Damont, A. et al. PeakForest: a multi-platform digital infrastructure for interoperable metabolite spectral data and metadata management. Metabolomics 18, 40 (2022). doi: 10.1007/s11306-022-01899-3[5] Afgan E. et al. The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2016 update. Nucleic Acids Res. 2016 Jul 8;44(W1):W3-W10. doi: 10.1093/nar/gkw343

The recent technological advancements and emergence of the open data in environmental and life sciences are opening new research opportunities while creating new challenges around data management. They make available an unprecedented amount of data that can be exploited for studying complex phenomena. However, new challenges related to data management need to be addressed to ensure effective data sharing, discovery and reuse, especially when dealing with interdisciplinary research contexts. These issues are magnified in interdisciplinary context, by the fact that each discipline has its practices, e.g., specific formats and metadata standards. Moreover, the majority of current data management practices do not consider semantic heterogeneity existing among disciplines. For this reason, we introduce a flexible metadata model that describes the datasets of various disciplines using a common paradigm based on the observation concept. It provides a key vision for articulating the user point of view and underlying scientific domains. In this study, we therefore decide to mainly reuse the SOSA lightweight ontology (Sensor, Observation, Sample, and Actuator) to efficiently leverage others existing ontologies to improve datasets discovery and reuse coming from Earth and life observation. The main benefit of the proposed metadata model is that it extends the technical description, usually provided by existing metadata models, with the observation context description enabling the need of a user viewpoint. Moreover, following the FAIR principles, the metadata model specifies the semantics of its elements using ontologies and vocabularies, and reuses as much as possible ontological and terminological existing resources. We show the benefit and applicability of the model through a case study we identified as representative after interviewing researchers in environmental and life sciences.

This paper presents the results of the study of the implementation of a clinical aptitude certificate through the design and implementation of an IT environment. This IT environment aims on the one hand to equip this examination, and on the other hand to conduct a reflexive approach concerning it. The students' results in this examination show no redundancy with those of the ranking tests typical of this training program. By comparing student feedback through anonymous questionnaires and the study of the training system itself, we question the underlying approach to skills in general and relational skills in particular., Cet article présente les résultats de l’étude de la mise en place d’un certificat de compétences cliniques à travers la conception et la mise en oeuvre d’un environnement informatique. Cet environnement informatique vise, d’une part, à équiper cet examen et, d’autre part, à mener une démarche réflexive le concernant. Les résultats des étudiants à cet examen montrent l’absence de redondance avec ceux des épreuves classantes typiques de ce parcours de formation. En confrontant les retours des étudiants au travers de questionnaires anonymes et l’étude du dispositif de formation lui-même, nous interrogeons l’approche qui le sous-tend concernant les compétences en général et les compétences relationnelles en particulier., Catteau Olivier,Mayère Anne,Savy Nicolas,Rauzy Beyne Odile. Équiper et évaluer un « certificat de compétences cliniques ». In: Sciences et Technologies de l'Information et de la Communication pour l'Éducation et la Formation, volume 27 n°in, 2020. Numéro spécial : Sélection de la conférence EIAH 2019. pp. 103-130.

Over recent decades, regions of West and Central Africa have experienced different and significant changes in climatic patterns, which have significantly impacted hydrological regimes. Such impacts, however, are not fully understood at the regional scale, largely because of scarce hydroclimatic data. Therefore, the aim of this study is to (a) assemble a new, robust, reconstructed streamflow dataset of 152 gauging stations; (b) quantify changes in streamflow over 1950–2005 period, using these newly reconstructed datasets; (c) significantly reveal trends and variability in streamflow over West and Central Africa based on new reconstructions; and (d) assess the robustness of this dataset by comparing the results with those identified in key climatic drivers (e.g. precipitation and temperature) over the region. Gap filling methods applied to monthly time series (1950–2005) yielded robust results (median Kling-Gupta Efficiency >0.75). The study underlines a good agreement between precipitation and streamflow trends and reveals contrasts between western Africa (negative trends) and Central Africa (positive trends) in the 1950s and 1960s. Homogenous dry conditions of the 1970s and 1980s, characterized by reduced significant negative trends resulting from quasi-decadal modulations of the trend, are replaced by wetter conditions in the recent period (1993–2005). The effect of this rainfall recovery (which extends to West and Central Africa) on increased river flows are further amplified by land use change in some Sahelian basins. This is partially offset, however, by higher potential evapotranspiration rates over parts of Niger and Nigeria. Crucially, the new reconstructed streamflow datasets presented here will be available for both the scientific community and water resource managers.

This PhD project was part of a system epidemiologic approach which aim to identify contributors of complex pathologies, at multiple levels, and their interactions by using system approach. This usually combine data from omics analysis and observational epidemiologic data to rich a fixed goal. The long term objective is to be able to use metabolomics to re-classify those pathologies. To this end, it is necessary to modelling phenotypes of at risk population using statistical and mathematical approaches. In this context, this project aim to characterise Metabolic Syndrome (MetS) in elderly people using multidimensional phenotyping (metabolomics, lipidomics, phenotyping, nutrion...). Different bio-informatics goals have been defined. They involve care and management of big volume of complex data, and knowledge extraction from multidimensional data in a multi-step and iterative process. From bio-informatics field, this project first allow the creation of a MetS biomarkers from literature database. It also allow the establishment of guidelines for management of data within future metabolomics projects. Thereafter, an entire and reproducible workflow for knowledge extraction have been developed, aiming to provide a signature (set of biomarkers) from multi-platforms non-targeted metabolomics/lipidomics data. It include the development of a new tool to manage analytical correlation generated on metabolomics data during acquisition and filter it ; deployment of variable selection strategies using different statistical models to provide a MetS signature for elderly people ; or execution of bio-informatics tools to go further in biological interpretation of data across visualization on metabolomics networks. Finally, a similar approach was design for sub-phenotyping of MetS modelling. It specially consist to study potential sub-phenotypes of Mets to propose a molecular re-classifying of individuals based on metabolomics data., Le projet de thèse s’inscrit dans une démarche d’épidémiologie des systèmes qui consiste à identifier les contributeurs de pathologies complexes, à de multiples niveaux, ainsi que leurs interactions et ce en utilisant une approche système. Cette dernière combine généralement des données de type omique à des données épidémiologiques observationnelles pour répondre un objectif fixé. Le but à long terme est de pouvoir utiliser la métabolomique pour reclassifier ces pathologies. Pour cela, il est nécessaire de modéliser les phénotypes des populations à risque, par des approches statistiques/mathématiques. Dans ce contexte, ce projet s’intéresse à la caractérisation du syndrome métabolique (SMet) chez la personne âgée par des méthodes de phénotypages multidimensionnelles (métabolomique, lipidomique, phénotypique, nutritionnelle...). Différents sous-objectifs bio-informatiques ont été définis pour parvenir à cette fin. Ils concernent d’une part la prise en charge et la gestion de larges volumes de données complexes (métabolomique/lipidomique et épidémiologique), et d’autre part, des aspects d’extraction de connaissance à partir de ces données multidimensionnelles, dans un processus multi étapes et itératif. Sur le plan bio-informatique, ce projet a tout d’abord permis la création d’une base de données de biomarqueurs du SMet issus de la littérature. Il a également permis la mise en place d’un cahier des charges pour la gestion des données des futurs projets de métabolomique. Par la suite, un workflow complet et reproductible, d’extraction de connaissance a été développé, visant à extraire une signature (ensemble de biomarqueurs) à partir de données métabolomiques/lipidomiques non ciblées multi-plateformes. Il a inclus le développement d’un outil de filtration des corrélations analytiques rencontrées en métabolomique lors de la génération des données ; la mise en place d’une stratégie de sélection de variables utilisant différents modèles statistiques afin d’arriver à proposer une signature du SMet chez la personne âgée ; ou encore la mise en oeuvre d’outils bio-informatiques permettant d’aller plus loin dans l’interprétation biologique des données à travers la visualisation dans des réseaux métaboliques. Enfin, une démarche semblable a été mise en place pour modéliser le spectre phénotypique du SMet. En particulier, elle a consisté à étudier les potentiels sous-phénotypes du SMet pour tenter de proposer une reclassification moléculaire des individus basée sur les données métabolomiques.

International audience; Cette communication présente les premiers résultats de l'étude de la mise en place d'un certificat d'aptitude clinique à travers la conception et la mise en oeuvre d'un environnement informatique. Cet environnement informatique vise d'une part à équiper cet examen, et d'autre part à mener une démarche réflexive le concernant. Les résultats des étudiants à cet examen montrent une non redondance avec ceux des épreuves classantes typiques de ce parcours de formation. En confrontant les retours des étudiants au travers de questionnaires anonymes et l'étude du dispositif de formation lui-même, nous interrogeons l'approche qui le sous-tend concernant les compétences en général, et les compétences relationnelles en particulier.

International audience; Datacleaninganddatapreparationhavebeenlong-standingchallenges in data science to avoid incorrect results, biases, and misleading conclusions ob- tained from “dirty” data. For a given dataset and data analytics task, a plethora of data preprocessing techniques and alternative data cleaning strategies are avail- able, but they may lead to dramatically different outputs with unequal result quality performances. For adequate data preparation, the users generally do not know how to start with or which methods to use. Most current work can be classified into two categories: 1) they propose new data cleaning algorithms specific to certain types of data anomalies usually considered in isolation and without a “pipeline vision” of the entire data preprocessing strategy; 2) they develop automated machine learning approaches (AutoML) that can optimize the hyper- parameters of a considered ML model with a list of by-default preprocessing methods. We argue that more efforts should be devoted to proposing a principled and adaptive data preparation approach to help and learn from the user for selecting the optimal sequence of data preparation tasks to obtain the best quality performance of the final result. In this paper, we extend Learn2Clean, a method based on Q-Learning, a model-free reinforcement learning technique that selects, for a given data set, a given ML model, and a pre-selected quality performance metric, the optimal sequence of tasks for preprocessing the data such that the quality metric is maximized. We will discuss some new results of Learn2Clean for semi-automating data preparation with “the human in the loop” using active reward learning and Q-learning.

International audience; Many small islands are located in the southwestern Indian Ocean. These islands have their own environmental specificities and very fragmented landscapes. Generic land use products developed from low and medium resolution satellite images are not suitable for studying these small territories. This is why we have developed a land use/land cover product, called Homisland-IO, based on remote sensing processing on high spatial resolution satellite images acquired by SPOT 5 satellite between December 2012 and July 2014. This product has been produced using an object-based classification process. The overall accuracy of the product is 86%. Homisland-IO is freely accessible through a web portal and is thus available for future use.

Biogas production from organic materials by anaerobic digestion is both a developed technology and an active area of research. In this contribution we describe an R package designed to help standardize biogas research. A web-based application provides access to the main functions. The software can be used to accurately calculate biochemical methane potential (BMP) from a range of biogas measurement types. Additionally, methane potential can be predicted from substrate composition, facilitating experimental design and interpretation of results. By providing access to flexible, efficient, standardized, and transparent algorithms, this software may make biogas research more accurate and efficient. Keywords: Anaerobic digestion, Biochemical methane potential, Data processing, Microbial stoichiometry

Les communautés scientifiques se trouvent aujourd’hui confrontées à un changement de paradigme autour de la gestion des données, nécessitant une meilleure gestion du cycle de vie des données avec notamment leur traitement et intégration, et leur partage. À la suite du chantier « Data Partage » lancé dès 2012 à l’Inra, le groupe de travail « e-infra Storage » a initié en 2016 une réflexion collective autour des besoins de l’Institut en matière de dispositif de stockage des données patrimoniales scientifiques qui a abouti à la co-construction d’une infrastructure partagée et mutualisée : AgroDataRing.

Trabajo final presentado por Morgan Peix para un Máster de la École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (ENSTA-Bretagne), realizado bajo la dirección de la Dra. Eulàlia Gràcia i Mont del Institut de Ciències del Mar (ICM-CSIC) y del Dr. Pierre Bosser de la École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (ENSTA-Bretagne).-- 28 pages, [EN] During the INSIGHT-Leg 1 cruise in which I participated, high-resolution bathymetric data at depths up to 5000m were obtained through the use of an AUV, as well as geological and geophysical data obtained from R/V "Sarmiento de Gamboa". The rest of the internship was dedicated to the processing of the data acquired by the AUV. At first, the bathymetry was processed, the data being very noisy and affected by a problem of timelag as well as by a drift of the position in time. The backscatter was then extracted from the bathymetric data. However, the results obtained by the two tested softwares are strongly affected by artifacts rendering the interpretation of the backscatter impossible. Codes have been developed to process the backscatter. These codes use a reference area to compute a pattern of directivity which is then used to process the data of the area to be processed. These codes made it possible to show the importance of taking into account the bathymetric slope during the treatment of the backscatter. For the best results, all parameters other than directivity and reflectivity must be compensated using the sonar equation, [FR] Pendant la campagne INSIGHT-Leg 1 à laquelle j’ai participé, ont été obtenues des données bathymétriques de haute résolution à des profondeurs allant jusqu’à 5000m grâce à l’utilisation d’un AUV ainsi que des données géologiques et géophysiques à l’aide du R/V "Sarmiento de Gamboa". Le reste du stage a été dédié au traitement des données acquises par l’AUV. Dans un premier temps, la bathymétrie a été traitée, celle-ci étant très bruitée et affectée par un problème de décalage de temps ainsi que par une dérive du positionnement dans le temps. Le backscatter a ensuite été extrait à partir des données bathymétriques. Cependant les résultats obtenus par les deux logiciels testés sont fortement affectés par des artefacts rendant l’interprétation du backscatter impossible. Des codes ont donc été développés pour traiter le backscatter. Ces codes utilisent une zone de référence pour calculer un pattern de directivité qui est ensuite utilisé pour traiter les données de la zone à traiter. Ces codes ont permis de montrer l’importance de prendre en compte la pente bathymétrique lors du traitement du backscatter. Pour un meilleur résultat, tous les paramètres autres que la directivité et la réflectivité doivent être compensés en utilisant l’équation du sonar, I also acknowledge the financial support from Ministerio Economia y Competividad through national project INSIGHT “ImagiNg large SeismogenIc and tsunamiGenic structures of the Gulf of Cadiz with ultra-High resolution Technologies (INSIGHT-Leg1)” (CGL2011-30005-C02-02, PIs: Roger Urgeles and Eulàlia Gràcia)

La construction du modèle hydraulique a permis de maîtriser le fonctionnement hydraulique du réseau d’eau potable de Kisumu. Le diagnostic du système a permis de relever les problèmes rencontrés sur le réseau. En effet, les résultats du modèle ont montré des vitesses très faibles dans le réseau. L’analyse critique des travaux réalisés dans le cadre du PALT ne permet pas d’améliorer les conditions hydrauliques du réseau.La sectorisation effectuée a permis de créer 10 zones différentes de pressions alimentées gravitairement et par pompage. Cet aménagement a permis d’améliorer les conditions hydrauliques du réseau. Les vitesses obtenues sont plus ou moins conformes à la réglementation Kenyane. Concernant les fortes pressions elles sont correctes pour la plupart.

International audience; Plankton are a major component of food web structure in aquatic ecosystems. Their distribution and community structure are driven by the combination and interactions between physical, chemical, and biological factors within the environment. In the present study, water quality and the community structure of phytoplankton and zooplankton were monthly investigated from January to December 2015 at 11 sampling sites along the gradient course of the Day River (Red River Delta, northern Vietnam). The study demonstrated that the Day River was eutrophic with the average values of total phosphorus concentration 0.17 mg/L, total nitrogen concentration 1.98 mg/L, and Chl a 54 mu g/L. Microscopic plankton analysis showed that phytoplankton comprised 87 species belonging to seven groups in which Chlorophyceae, Bacillariophyceae, and Cyanobacteria accounted for the most important constituents of the river's phytoplankton assemblage. A total 53 zooplankton species belonging to three main groups including Copepoda, Cladocera, and Rotatoria were identified. Plankton biomass values were greatest in rainy season (3002.10-3 cell/L for phytoplankton and 12.573 individuals/m(3) for zooplankton). Using principal correspondence and Pearson correlation analyses, it was found that the Day River was divided into three main site groups based on water quality and characteristics of plankton community. Temperature and nutrients (total phosphorus and total nitrogen) are key factors regulating plankton abundance and distribution in the Day River.

National audience; Les communautés scientifiques se trouvent aujourd’hui confrontées à un changement de paradigme autour de la gestion des données, nécessitant une meilleure gestion du cycle de vie des données avec notamment leur traitement et intégration, et leur partage. À la suite du chantier « Data Partage » lancé dès 2012 à l’Inra, le groupe de travail « e-infra Storage » a initié en 2016 une réflexion collective autour des besoins de l’Institut en matière de dispositif de stockage des données patrimoniales scientifiques qui a abouti à la co-construction d’une infrastructure partagée et mutualisée : AgroDataRing.

Metagenomic data from human microbiome is a novel source of data for improving diagnosis and prognosis in human diseases. However, to do a prediction based on individual bacteria abundance is a challenge, since the number of features is much bigger than the number of samples. Therefore, we face the difficulties related to high dimensional data processing, as well as to the high complexity of heterogeneous data. Machine Learning (ML)in general, and Deep Learning (DL) in particular, has obtained great achievements on important metagenomics problems linked to OTU-clustering, binning, taxonomic assignment, comparative metagenomics, and gene prediction. ML offers powerful frameworks to integrate a vast amount of data from heterogeneous sources, to design new models, and to test multiple hypotheses and therapeutic products.The contribution of this PhD thesis is multi-fold: 1) we introduce a feature selection framework for efficient heterogeneous biomedical signature extraction, and 2) a novel DL approach for predicting diseases using artificial image representations.The first contribution is an efficient feature selection approach based on visualization capabilities of Self-Organising Maps (SOM) for heterogeneous data fusion. We reported that the framework is efficient on a real and heterogeneous dataset called MicrObese, containing metadata, genes of adipose tissue, and gut flora metagenomic data with a reasonable classification accuracy compared to the state-of-the-art methods.The second approach developed in the context of this PhD project, is a method to visualize metagenomic data using a simple fill-up method, and also various state-of-the-art dimensional reduction learning approaches. The new metagenomic data representation can be considered as synthetic images, and used as a novel data set for an efficient deep learning method such as Convolutional Neural Networks. We also explore applying Local Interpretable Model-agnostic explanations (LIME), Saliency Maps and Gradient-weighted Class Activation (Grad-CAM) to identify important regions in the newly constructed artificial images which might help to explain the predictive models.We show by our experimental results that the proposed methods either achieve the state-of-the-art predictive performance, or outperform it on public rich metagenomic benchmarks.; Les données métagénomiques provenant du microbiome humain constituent une nouvelle source de données permettant d'améliorer le diagnostic et le pronostic des maladies humaines. Cependant, il est difficile de faire une prédiction basée sur l'abondance de bactéries individuelles car le nombre de caractéristiques est beaucoup plus grand que le nombre d'échantillons. Nous sommes donc confrontés aux difficultés liées au traitement de données de grandes dimensions, ainsi qu’à la grande complexité des données hétérogènes. Apprentissage Machine (ML)en général, et Deep Learning (DL) en particulier, a obtenu de grandes réalisations sur d'importants problèmes de métagénomique liés à la mise en cluster des UTO, au binning, aux assignations taxonomiques, à la métagénomique comparative et à la prédiction de gènes. ML offre des cadres puissants pour intégrer une grande quantité de données provenant de sources hétérogènes, concevoir de nouveaux modèles et tester de multiples hypothèses et produits thérapeutiques.La contribution de cette thèse de doctorat est multiple: 1) nous introduisons un cadre de sélection de caractéristiques pour une extraction efficace de signature biomédicale hétérogène, et 2) une nouvelle approche DL pour prédire des maladies à l'aide de représentations d'images artificielles.La première contribution est une approche efficace de sélection de caractéristiques basée sur les capacités de visualisation des cartes auto-organisées (SOM) pour la fusion de données hétérogènes. Nous avons signalé que le cadre est efficace sur un ensemble de données réel et hétérogène appelé MicrObese, contenant des métadonnées, des gènes de tissu adipeux et des données métagénomiques de la flore intestinale avec une précision de classification raisonnable par rapport aux méthodes de pointe.La deuxième approche développée dans le cadre de ce projet de thèse consiste en une méthode de visualisation des données métagénomiques à l'aide d'une méthode de remplissage simple, ainsi que de diverses approches d'apprentissage de réduction dimensionnelle à la pointe de la technologie. La nouvelle représentation des données métagénomiques peut être considérée comme une image synthétique et utilisée comme un nouvel ensemble de données pour une méthode d'apprentissage en profondeur efficace telle que les réseaux de neurones à convolution. Nous explorons également l’utilisation des explications relatives aux modèles interprétables locaux (LIME), des cartes de saillance et de l’activation de classe à gradients pondérés (Grad-CAM) pour identifier les régions importantes des images artificielles nouvellement construites qui pourraient aider à expliquer les modèles prédictifs.Nos résultats expérimentaux montrent que les méthodes proposées permettent d’atteindre les performances prédictives les plus récentes ou d’y surpasser les performances de référence métagénomique riche en public.

National audience; La possibilité de traiter efficacement des masses considérables de données accroit la tentation de faire reposer la gestion des sociétés humaines sur une gouvernance algorithmique. Dans cette vision, les traitements de données et leurs résultats seraient considérés comme immunisés contre les errements de l’âme humaine, et donc assimilés à des vérités scientifiques qu’il serait absurde de contester. Or, les traitements de données, comme tout artefact, sont des objets socio-économico-culturels, pétris de biais humains et, qui plus est, intrinsèquement conformistes.

Recently, the roads supporting a great number of heavy vehicles usually have a thick and little deformable structure. To evaluate the pavement performances, deflection measurement devices have been used. However, these measurements are not accurate and the degradation detection is not enough to detect the start of pavement damage.In order to obtain more accurate and continuous mechanical pavement measurements, highway sections were instrumented with specific sensors (temperature probes, strain gages, geophones). However, the measurements analysis under real traffic generates a great number of data and a variability of measurements. Therefore, this problem requires an original signal sorting process. The study of strain measurements allows analyzing real strain variations which take in account the daily and seasonal variations of environment parameters.Modelling calculations with different assumptions were carried out afterward in order to obtain the best prediction for the mechanical pavement behavior. The study of geophone measurements allows measuring pavement deflections which represent pavement bearing capacity. In addition, different geophones were used to characterize heavy vehicle silhouettes, vehicle speeds and their lateral positions. The thesis work meets the expected requirement of construction managers to monitor continuously their infrastructures under real traffic., Les itinéraires routiers supportant un nombre élevé de véhicules lourds ont habituellement des structures de chaussées épaisses et peu déformables. A ce jour, l’évaluation de l’état structurel réalisée au moyen d’appareils de mesure de déflexion (déflectographe ou curviamètre) et les relevés de dégradation sont souvent insuffisants pour détecter le début d’endommagement des structures épaisses. Afin de mesurer de façon plus précise et en continue, la réponse mécanique de la chaussée, des sections autoroutières ont été instrumentées au moyen de capteurs spécifiques (jauges, sondes de température et géophones) qui constituent un moyen d’auscultation complémentaire. L’exploitation des mesures sous trafic réel génère cependant une grande quantité des données et une variabilité des mesures qui conduisent à proposer une procédure originale de tri des signaux. Le traitement des mesures des jauges permet d’analyser les variations réelles des déformations en prenant en compte les variations journalières et saisonnières des paramètres environnementaux. Une modélisation avec différentes hypothèses de comportement aux interfaces des différentes couches de la chaussée est ensuite proposée, ce qui permet d’améliorer la compréhension du comportement mécanique de la chaussée sous trafic réel. Le traitement des mesures des géophones permet de remonter à la mesure de la déflexion qui représente la capacité portante de la chaussée. L’utilisation des différents géophones permet également d’identifier les silhouettes des poids-lourds et d’estimer leur vitesse ainsi que leur position latérale. Ces travaux répondent à une demande très actuelle des gestionnaires d’ouvrages, qui souhaitent disposer d’outils pour le monitoring dans le temps de leurs infrastructures.

Exercising the autonomy of one's will presupposes, on the one hand, the absence of effective constraints preventing from acting and, on the other hand, a sufficient and fair prior information. Indeed, the reduction of information asymmetry underlies many rights and freedoms. The digital revolution opens new spaces for action and expression, but can also reinforce this asymmetry in favour of the few actors able to handle the considerable masses of information that circulate there. In this article, we study the legal frameworks, under construction, of the two major objects of the digital world that are algorithmic processing and data, and study their influence on people's freedoms. We derive principles for the extension of the existing fundamental rights to the digital sphere, as well as for the creation of new, specific rights., Exercer l'autonomie de sa volonté suppose, d'une part, l'absence de contraintes effectives à agir et, d'autre part, une information préalable suffisante et loyale. De fait, la réduction de l'asymétrie informationnelle sous-tend de nombreux droits et libertés. La révolution numérique ouvre de nouveaux espaces d'action et d'expression, mais peut également renforcer cette asymétrie au profit des quelques acteurs capables de traiter les masses considérables d'informations qui y circulent. Dans cet article, nous étudions les cadres juridiques, en cours de construction, des deux grands objets du monde numérique que sont les traitements algorithmiques et les données, et leur influence sur les libertés des personnes. Nous en dégageons des principes tendant à l'extension des droits fondamentaux existants à la sphère numérique, ainsi qu'à la création de nouveaux droits spécifiques.

Dans un contexte de changement climatique, l’observation de la phénologie présente le double intérêt d’être à la fois un indicateur puissant du changement en cours mais également un facteur majeur de l’adaptation. C’est pourquoi, aujourd’hui de nombreux praticiens observent l’apparition, dans le temps, des évènements biologiques chez les plantes ou les animaux. Cependant, force est de constater que l’observation réalisée à l’oeil nu, avec ou sans jumelle, limite l’exercice, à cause de son caractère chronophage, subjectif et ponctuel. C’est pourquoi, certains laboratoires se sont engagés dans une réflexion sur la prise de données de phénologie par caméra en situation isolée. L’objectif de cet article est de faire le point, à travers 3 retours d’expériences, sur l’utilisation de plusieurs types de matériels testés (Brinno, Wingscapes, Axis). Les principaux résultats de ces expériences montrent un gain incontestable dans la qualité des images obtenues et ce quelle que soit l’échelle de l’observation : organe, arbre ou peuplements. Toutefois, ces résultats restent tributaires de l’étanchéité des systèmes testés, de leur fixation ainsi que de la nécessité d’effectuer des essais préliminaires avant de lancer véritablement l’opération. Par ailleurs, pour pouvoir exploiter de manière automatique les images, il faut respecter un certain nombre de recommandations, notamment la pose d’un panneau de référence, la définition de la région d’intérêt ou le choix du logiciel de traitement des données. Enfin, ces essais réalisés en situation isolée des réseaux de communication et électriques, montrent également l’utilité de recourir à des équipements munis de fonctionnalités type Bluetooth et/ou raccordables à des panneaux solaires. Pour avancer sur ces 2 derniers points, des solutions techniques à moindre coût existent et pourraient être développées notamment dans le cadre du SOERE TEMPO.

La première édition en 1998 de la charte qualité de l'hydrométrie, fruit du travail collectif de ces passionnés, avait tenu toutes ses promesses : outil destiné aux praticiens, ce guide des bonnes pratiques s'est rapidement révélé un véritable ouvrage de référence. L'idée d'une nouvelle édition s'est imposée comme une évidence. Aussi visionnaire qu'ait été la première édition, les innovations qu'elle décrivait sont, en moinsde vingt ans, devenues des outils quotidiens et en quelques années les pratiques se sont considérablement enrichies et de nouvelles pistes se sont ouvertes. Cette édition renouvelle l'exploit de la première : être àla fois un guide pratique pour les équipes de terrain et un manuel de référence méthodologique parfaitement documenté, à la pointe des connaissances, qui satisfera les spécialistes les plus exigeants. Par cette qualité, cet ouvrage est le meilleur manifeste que l'on puisse imaginer pour promouvoir cette discipline et encourager les jeunes vocations à se tourner vers cette aventure : nos Tazieff et nos Cousteau de la prochaine génération ne seront-ils pas à l'évidence hydromètres ?

Les approches métabolomiques non ciblées par GC-MS ont pu évoluer grâce au développement de nouveaux instruments de plus haute résolution, comme le GC-QToF. Cette approche est utilisée au laboratoire dans le cadre de projets scientifiques pour la recherche de biomarqueurs permettant la carac- térisation de phénotypes métaboliques. Une méthode d’analyse non ciblée pour la détermination de profils métaboliques de biofluides par GC- QToF a été adaptée d’une méthode basse résolution (Gao et al (1)) basée sur une double dérivation oximation /silylation. Cette technique, plus sensible et plus résolutive, nécessite des outils de traitement des données spéci- fiques dédiés. Aussi, nous avons dû adapter des outils développés par notre laboratoire pour le traitement de données métabolomiques à ce type de données. Ces outils comprennent l’extraction des données par xcms sous la plateforme Galaxy (W4M, (2)), ainsi que tout le workflow conduisant à l’annotation des ions extraits après filtration et correction des effets batch. Parallèlement, nous déployons une stratégie de déconvolution, à partir d’outils constructeurs afin de com- pléter les résultats obtenus sous Galaxy. A ce jour, les bibliothèques GC-MS (NIST, Golm, Massbank) restent très utilisées pour l’identification des métabolites mais ne contiennent aucun spectre avec des masses précises bien que certains provi- ennent de GC-EI-ToF. Par conséquent, nous constituons une bibliothèque interne en haute résolution avec des standards purs et en matrices biologiques qui alimentera la base de données PeakForest de l’infrastructure française MetaboHUB. La mesure des masses précises ainsi que le développement de nouveaux outils d’automatisation du traite- ment de données devraient permettre de lever certains verrous rencontrés dans la recherche de biomar- queurs concernant l’identification des métabolites.

In many biological studies, statistical and data mining methods are extensively used to analyze the data and discover actionable knowledge. But, bad data quality causing incorrect analysis results and wrong interpretations may induce misleading conclusions and inadequate decisions. To ensure the validity of the results, avoid bias and data misuse, it is necessary to control not only the whole analytical pipeline, but most importantly the quality of the data with appropriate data preprocessing choices. Since various preprocessing techniques and alternative strategies may lead to dramatically different outputs, it is crucial to rely on a principled and rigorous method to select the optimal set of data preprocessing steps that depends both on the input data distributional characteristics and on the inherent characteristics of the targeted statistical or data mining methods. In this paper, we propose a method that selects, given a dataset, the optimal set of preprocessing tasks to apply to the data such that the overall data preprocessing output maximizes the quality of the analytical results for various techniques of clustering, regression, and classification. We present some promising results that validate our approach on biomonitoring data preparation.

Infrared spectroscopy is widely used in academic research and industry as simple, fast, cheap and safe measurement tool. The infrared data are displayed as spectra, and chemometric is a science which aims at extracting informations from spectra. We are developing a comprehensive package which contains (1) a MOOC broadcasted in september 2016; (2) a chemometric tool, named ChemFlow, which is an application of Galaxy; and (3) a spectral database. We will focus on ChemFlow. The required specifications were: a free tool; a tool which recycles code from Matlab, Scilab, R, Python and C; a tool accessible via internet with new devices such as smartphones. That's why we chose Galaxy. ChemFlow is being implemented with our own functions. By now it includes most of the processing tools : import and convert our data; run chemometrics methods such as calibrations and classifications. We are very satisfied of the performances of Chemflow running on a server. Nevertheless, some issues were fixed, others are still pending: Speed performance was improved by switching the Galaxy server to Apache and PostgreSQL. Hundreds of users are expected. We plan to deploy 2 servers of 48-cores each, without knowing how ChemFlow will behave with many users submitting little tasks. The graphical toolbox in Galaxy is our main work in progress, and we are currently implementing several original visualisation tools such as R-Shiny. The development of a specific toolshed is discussed. As a summary, Galaxy is used in a new domain, chemometrics, adressed to a new user community, and will be a central platform for a new e-learning module, as a MOOC.

This work aims at exploiting a set of data collected from a prospective agricultural diagnosis conducted on the Community of Communes of Desvres-Samer (CCDS) in Pas-de-Calais (France). Agriculture is a pillar of this land: this is why elected representatives wanted a precise analysis so as to find adapted answers for their local objectives. Based on data collected during a survey conducted at the request of the CCDS, this classification intends to establish a territorial agriculture typology. Statistical and analytical process-based, this typology has enabled to characterise more finely the landscape entities constituting the studied area, with coherent farm units and similar issues. This work therefore provides a useful tool to deepen the understanding of the field reality and to guide future community’s choices and territorialised action plan., Ce travail vise à exploiter un ensemble de données issues d’un diagnostic agricole prospectif territorial mené sur la communauté de communes de Desvres-Samer (CCDS) dans le Pas-de-Calais (France). L’agriculture est un pilier stratégique de ce territoire, c’est pourquoi les élus ont souhaité une analyse fine pour trouver les réponses les plus adaptées aux enjeux locaux. Basée sur des données recueillies lors d’une enquête réalisée à la demande de la CCDS, cette classification a pour but d’établir une typologie de l’agriculture du territoire. S’appuyant sur un traitement statistique et analytique, elle permet de caractériser finement les entités paysagères composant le territoire étudié, avec des unités agricoles cohérentes et des enjeux similaires. Ce travail apporte un outil utile permettant à la fois d’approfondir la compréhension de la réalité du terrain mais également de guider les futurs choix de la collectivité sur un programme d’actions territorialisées.

Spectral unmixing refers to the process by which the spectrum measured over a mixed target is decomposed into a collection of pure component spectra called endmembers and their fractional abundances. Mixed targets are frequently encountered in remote sensing and spectral unmixing techniques have been mostly developed for visible and near-infrared (400–1000 nm) and short-wave infrared (1000–2500 nm) remote sensing. The first unmixing studies were based on the implicit assumption that the spatial distribution of endmembers is random, and therefore, each mixed pixel is spatially independent. Hence, only the spectral dimension was taken into account in the unmixing process. Nevertheless, a spatial autocorrelation exists between pixels, reflecting the tendency of neighboring pixels to present similar characteristics. Considering these aspects, some developments have been initiated to introduce spatial information in the spectral unmixing process, called the spectral–spatial unmixing technique. This chapter aims to provide a review of these developments to the remote sensing community.

Measuring ground surface displacement is essential for studying and understanding many phenomena related to both natural hazards (volcanism, seismicity and landslides) and anthropogenic hazards (subsidence due to mining operations or fluid extraction/injection). The significance of these phenomena in terms of risks – to both people and infrastructures – is considerable; the resulting surface disturbances must therefore be surveyed in order to prevent future incidents (in the case of anthropogenic hazards, surveillance may even be required by the regulations in force).

The Equivalence Principle (EP) is a cornerstone of General Relativity, and is called into question by the attempts to build more comprehensive theories in fundamental physics such as string theories. The MICROSCOPE space mission aims at testing this principle through the universality of free fall, with a target precision of 10-15, two orders of magnitude better than current on-ground experiments. The satellite carries on-board two electrostatic accelerometers, each one including two test-masses. The masses of the test accelerometer are made with different materials, whereas the masses of the reference accelerometer have the same composition. The objective is to monitor the free fall of the test-masses in the gravitational field of the earth by measuring their differential accelerations with an expected precision of 10-12 ms-2Hz-1/2 in the bandwidth of interest. An EP violation would result in a characteristic periodic difference between the two accelerations. However, various perturbations are also measured because of the high sensitivity of the instrument. Some of them are well defined, e.g. gravitational and inertial gradient disturbances, but others are unmodeled, such as random noise and acceleration peaks due to the satellite environment, which can lead to saturations in the measurement or data gaps. This experimental context requires us to develop suited tools for the data analysis, which are applicable in the general framework of linear regression analysis of time series.We first study the statistical detection and estimation of unknown harmonic disturbances in a least squares framework, in the presence of a colored noise of unknown PSD. We show that with this technique the projection of the harmonic disturbances onto the WEP violation signal can be rejected. Secondly we analyze the impact of the data unavailability on the performance of the EP test. We show that with the worst case before-flight hypothesis (almost 300 gaps of 0.5 second per orbit), the uncertainty of the ordinary least squares is increased by a factor 35 to 60. To counterbalance this effect, a linear regression method based on an autoregressive estimation of the noise is developed, which allows a proper decorrelation of the available observations, without direct computation and inversion of the covariance matrix. The variance of the constructed estimator is close to the optimal value, allowing us to perform the EP test at the expected level even in case of very frequent data interruptions. In addition, we implement a method to more accurately characterize the noise PSD when data are missing, with no prior model on the noise. The approach is based on modified expectation-maximization (EM) algorithm with a smooth assumption on the PSD, and use a statistical imputation of the missing data. We obtain a PSD estimate with an error less than 10-12 ms-2Hz-1/2. Finally, we widen the applications of the data analysis by studying the feasibility of the measurement of the earth's gravitational gradient with MICROSCOPE data. We assess the ability of this set-up to decipher the large scale geometry of the geopotential. By simulating the signals obtained from different models of the earth's deep mantle, and comparing them to the expected noise level, we show that their features can be distinguished., Le Principe d'Equivalence (PE) est un pilier fondamental de la Relativité Générale. Il est aujourd'hui remis en question par les tentatives d'élaborer une théorie plus exhaustive en physique fondamentale, comme la théorie des cordes. La mission spatiale MICROSCOPE vise à tester ce principe à travers l'universalité de la chute libre, avec un objectif de précision de 10-15, c'est-à-dire un gain de deux ordres de grandeurs par rapport aux expériences actuelles. Le satellite embarque deux accéléromètres électrostatiques, chacun intégrant deux masses-test. Les masses de l'accéléromètre servant au test du PE sont de compositions différentes, alors que celles de l'accéléromètre de référence sont constituées d'un même matériau. L'objectif est de mesurer la chute libre des masses-test dans le champ gravitationnel de la Terre, en mesurant leur accélération différentielle avec une précision attendue de 10-12 ms-2Hz-1/2 dans la bande d'intérêt. Une violation du PE se traduirait par une différence périodique caractéristique entre les deux accélérations. Cependant, diverses perturbations sont également mesurées en raison de la grande sensibilité de l'instrument. Certaines d'entre elles, comme les gradients de gravité et d'inertie, sont bien définies. En revanche d'autres ne sont pas modélisées ou ne le sont qu'imparfaitement, comme le bruit stochastique et les pics d'accélérations dus à l'environnement du satellite, qui peuvent entraîner des saturations de la mesure ou des données lacunaires. Ce contexte expérimental requiert le développement d'outils adaptés pour l'analyse de données, qui s'inscrivent dans le cadre général de l'analyse des séries temporelles par régression linéaire.On étudie en premier lieu la détection et l’estimation de perturbations harmoniques dans le cadre de l'analyse moindres carrés. On montre qu’avec cette technique la projection des perturbations harmoniques sur le signal de violation du PE peut être maintenue à un niveau acceptable. On analyse ensuite l'impact des pertes de données sur la performance du test du PE. On montre qu'avec l'hypothèse pire cas sur la fréquence des interruptions de données (environ 300 interruptions de 0.5 seconde par orbite, chiffre évalué avant le vol), l'incertitude des moindres carrés ordinaires est multipliée par un facteur 35 à 60. Pour compenser cet effet, une méthode de régression linéaire basée sur une estimation autorégressive du bruit est développée, qui permet de décorréler les observations disponibles, sans calcul ni inversion directs de la matrice de covariance. La variance de l'estimateur ainsi construit est proche de la valeur optimale, ce qui permet de réaliser un test du PE au niveau attendu, même en présence de pertes de données fréquentes. On met également en place une méthode pour évaluer plus précisément la DSP du bruit à partir des données disponibles, sans utilisation de modèle a priori. L'approche est fondée sur une modification de l'algorithme espérance-maximisation (EM) avec une hypothèse de régularité de la DSP, en utilisant une imputation statistique des données manquantes. On obtient une estimée de la DSP avec une erreur inférieure à 10-12 ms-2Hz-1/2. En dernier lieu, on étend les applications de l'analyse de données en étudiant la faisabilité de la mesure du gradient de gravité terrestre avec MICROSCOPE. On évalue la capacité de cette observable à déchiffrer la géométrie des grandes échelles du géopotentiel. Par simulation des signaux obtenus à partir de différents modèles du manteau terrestre profond, on montre que leurs particularités peuvent être distinguées.

In Europe, more than one thousand of laboratories intensively collect data to measure various properties of the Earth. Scientists observe environmental conditions, ecosystems and biological species. The ability to understand complex phenomena (e. g., global warming) and predict trends from spatio-temporal data becomes a major issue in observational science. However, theoretical and technical advances in multi-scale data integration are necessary to achieve this. This paper will present some challenging research directions for integrating such massive multi-scale scientific data.

Basic principles of operating Terrestrial Laser Scanners (TLS) are presented in this paper, as well as errors sources, recording modes and data processing methods. Terminology and processing aspects of TLS are defined. A classification of different types of scanners currently available is proposed. In order to assess the accuracy of each point recorded by a laser scanner, we consider all features that may affect the quality of the data produced by a laser scanner. The knowledge of the different errors sources combined to the understanding of the relations between those errors is necessary to quantify data accuracy. Aspects of pre-processing point clouds, direct or indirect georeferencing, registration, segmentation, modelling and texturing are finally presented., Cet article a pour objectif de définir les principes fondamentaux de fonctionnement des Scanners Laser Terrestres (SLT), les sources d 'erreurs, les modes d 'acquisition et les méthodes de traitement des données. Après avoir défini le vocabulaire spécifique et le processus de balayage laser terrestre, une classification détaillée des différents types de scanners disponibles est proposée. Pour estimer la précision de chaque point d 'un levé effectué par un capteur laser, l'ensemble des caractéristiques qui peuvent influencer la qualité des données produites par les appareils utilisés est à considérer. Une bonne connaissance des différentes sources d'erreurs et une compréhension des relations qui les lient est nécessaire pour quantifier la précision des données. Le traitement des données laser terrestre abordent ensuite les étapes de prétraitement, de géoréférencement direct ou indirect, de consolidation ou de recalage, de segmentation, de modélisation et de texturage., Grussenmeyer Pierre, Landes Tania. Lasergrammétrie terrestre. In: Collection EDYTEM. Cahiers de géographie, numéro 12, 2011. Images et modèles 3D en milieux naturels. pp. 11-28.

The search and study of transient sources of radio emission, especially at low frequencies, is one of the key projects for the new generation of radio telescopes such as SKA and its precursors among which LOFAR, NenuFAR and GURT. These sources include neutrons stars - producing a rotation modulated signal and detected as pulsars -, other compact highly magnetized objects or very dynamic or explosive events - producing non-periodic transients -, and exoplanets - some of which are expected to emit Jupiter-like decameter-wave radio bursts.Low-frequency surveys are expected to reveal nearby pulsars "missed" by highfrequency surveys, due to the "unfavorable" orientation of their emission cones, that broaden at low frequencies, and to better characterize the spectrum of pulsars detected at both high and low frequencies. Surveys of non-periodic transients may reveal unique astrophysical phenomena, such as the mysterious extragalactic "fast radio bursts" or their galactic analogs. Radio bursts from the magnetospheres of exoplanets or from exoplanet-star plasma interaction has been theoretically predicted to exist preferably at low frequencies (as Jupiter’s decameter-wave radio emission), although none has been detected so far; first detection and subsequent study will result in better understanding of emission processes and unique measurements of exoplanets’ magnetic fields, that have implications on their habitability. The aim of this work was (i) to carry out a survey for sources of transient and pulsed radio emission, and (ii) to attempt to detect radio emission from known exoplanets (discovered from optical measurements), by using the decameter radio telescope UTR-2 in Ukraine in beamformed (phased array) mode. Both topics imply to process large volumes of data, including RFI (Radio Frequency Interference) mitigation, calibration, and detection of low intensity bursts. Thus, I developed generic software tools from which I built an automated processing pipeline for UTR-2 data, that can be easily adapted to other radio telescopes observing in beamformed mode (LOFAR, NenuFAR and GURT)., La recherche et l’étude de sources radio transitoires, en particulier à basses fréquences, est un des projets clés de la nouvelle génération de radiotélescopes comme SKA et ses précurseurs, parmi lesquels LOFAR, NenuFAR et GURT. Ces sources incluent les étoiles à neutrons - produisant un signal périodique, détectées comme pulsars -, d’autres objets très magnétisés compacts ou des événements très dynamiques ou explosifs - produisant des transitoires non périodiques -, et des exoplanètes - dont certaines sont, comme Jupiter, susceptibles d’émettre des sursauts radio décamétriques. Les "surveys" observations systématiques à basses fréquences peuvent révéler des pulsars proche, "manqués" par les surveys à plus hautes fréquences en raison de l’orientation "défavorable" de leurs cônes d’émission, qui s’élargissent aux basses fréquences. Ils devraient également permettre de mieux caractériser le spectre des pulsars détectés à la fois à hautes et basses fréquences. Les surveys de transitoires non périodiques peuvent révéler des phénomènes astrophysiques uniques, tels que les mystérieux "sursauts radio rapides" d’origine extragalactique ou leurs analogues galactiques. L’existence de sursauts radio produits par les magnétosphères exoplanètaires ou les interactions plasma exoplanète- étoile a été prédite par la théorie, en particulier aux basses fréquences (comme l’émission décamétrique de Jupiter). Mais aucun n’a été détecté jusqu’à présent. La première détection, et les études qui la suivront, ouvriront à une meilleure compréhension des processus d’émission radio et à des mesures uniques des champs magnétiques des exoplanètes, avec des répercussions sur leur habitabilité. L’objectif de cette thèse était (i) effectuer un survey de sources d’émissions radio pulsées et transitoires, et (ii) tenter de détecter l’émission de radio d’une exoplanètes connue (découverte par mesures optiques), en utilisant le radiotélescope décamètrique UTR-2 en Ukraine, en mode de réseau phasé. Les deux sujets impliquent le traitement de grands volumes de données, avec notamment des étapes d’élimination des RFI (parasites radio), d’étalonnage du signal, et de détection de sursauts faible. J’ai développé des outils logiciels génériques à partir desquels j’ai construit un pipeline de traitement automatisé des données d’UTR-2, qui peut être facilement adapté à d’autres radiotélescopes observant en mode réseau phasé (LOFAR, NenuFAR et GURT).

National audience; Our project is to develop and support a reference ontology repository for the agronomic domain. By reusing the NCBO BioPortal technology, we have already designed and implemented a prototype ontology repository for plants and a few crops. We plan to turn that prototype into a real service to the community. The AgroPortal project aims at reusing the scientific outcomes and experience of the biomedical domain in the context of plant, agronomic and environment sciences. We will offer an ontology portal which features ontology hosting, search, versioning, visualization, comment, but we will also offer services for semantically annotating data with the ontologies, as well as storing and exploiting ontology alignments and data annotations. All of these within a fully semantic web compliant infrastructure. The main objective of this project is to enable straightforward use of agronomic related ontologies, avoiding data managers and researchers the burden to deal with complex knowledge engineering issues to annotate the research data. The AgroPortal project will specifically pay attention to respect the requirements of the agronomic community and the specificities of the crop domain. We will first focus on the outputs of a few existing driving agronomic use cases related to rice and wheat, with the goal of generalizing to other Crop Ontology related use cases. AgroPortal will offer a robust and stable platform that we anticipate will be highly valued by the community.

Cet article s'intéresse aux types de connaissances produites par des méthodes issues de différents courants de la socioéconomie. Nous mettons en évidence des types d'architecture de la recherche et proposons une analyse exploratoire de trois méthodes (inférence statistique, étude de cas et théorisation ancrée dans les données de terrain). Nous développons l'argument selon lequel ces méthodes, qu'elles s'appuient sur des données quantitatives ou qualitatives, sont soumises aux mêmes critères de validation, et plus ou moins adaptées à l’étude d'un objet donné, selon que ce dernier relève de l’économie marchande ou plurielle; une socioéconomie pluraliste requiert ainsi que le choix des méthodes soit adapté à la nature des objets d’étude.

- Urban climate and air pollution in big cities provide a new field of research for geographers interested in climate studies. In order to efficiently contribute to research works with strong social implications, they have to collect fine-scale meteorological data and adapt their traditional knowledge in meteorological data processing for new kinds of data. Mapping the urban climate or air pollution requires specific methods of spatial interpolation, using statistical relationships between atmospheric parameters and urban descriptors ; in the near future, models of physical and chemical processes in the urban atmosphere will probably become the most useful tool in that purpose., Résumé. - Le climat urbain et la qualité de l'air en ville constituent un «nouveau territoire » de recherche pour les climatologues géographes. Pour contribuer efficacement à des recherches qui répondent à une forte demande de la société, il leur est indispensable de pratiquer la collecte de données météorologiques à échelle fine et de s'adapter au traitement et à l'interprétation de données très différentes des mesures météorologiques traditionnelles. La cartographie du climat urbain ou de la pollution atmosphérique requiert des méthodes spécifiques d'interpolation spatiale, prenant en compte les relations statistiques entre paramètres atmosphériques et descripteurs synthétiques du tissu urbain ; à terme, la modélisation spatialisée des processus physiques et chimiques devrait se substituer aux méthodes empiriques de cartographie., Kergomard Claude, Bigot S., Charabi Yécine, Leriche Pierre. Climat urbain et qualité de l'air : approches géographiques et collaborations pluridisciplinaires (Urban climate and air pollution : geographical approaches and pluridisciplinary collaborations). In: Bulletin de l'Association de géographes français, 79e année, 2002-4 ( décembre). Villes chinoises. Géoclimatologie. pp. 462-473.

Constructing prognostics models rely upon understanding the degradation process of the monitoredcritical components to correctly estimate the remaining useful life (RUL). Traditionally, a degradationprocess is represented in the form of physical or experts models. Such models require extensiveexperimentation and verification that are not always feasible in practice. Another approach that buildsup knowledge about the system degradation over time from component sensor data is known as datadriven. Data driven models require that sufficient historical data have been collected.In this work, a two phases data driven method for RUL prediction is presented. In the offline phase, theproposed method builds on finding variables that contain information about the degradation behaviorusing unsupervised variable selection method. Different health indicators (HI) are constructed fromthe selected variables, which represent the degradation as a function of time, and saved in the offlinedatabase as reference models. In the online phase, the method estimates the degradation state usingdiscrete Bayesian filter. The method finally finds the most similar offline health indicator, to the onlineone, using k-nearest neighbors (k-NN) classifier and Gaussian process regression (GPR) to use it asa RUL estimator. The method is verified using PRONOSTIA bearing as well as battery and turbofanengine degradation data acquired from NASA data repository. The results show the effectiveness ofthe method in predicting the RUL., La construction de modèles de pronostic nécessite la compréhension du processus de dégradation des composants critiques surveillés afin d’estimer correctement leurs durées de fonctionnement avant défaillance. Un processus de d´dégradation peut être modélisé en utilisant des modèles de Connaissance issus des lois de la physique. Cependant, cette approche n´nécessite des compétences Pluridisciplinaires et des moyens expérimentaux importants pour la validation des modèles générés, ce qui n’est pas toujours facile à mettre en place en pratique. Une des alternatives consiste à apprendre le modèle de dégradation à partir de données issues de capteurs installés sur le système. On parle alors d’approche guidée par des données. Dans cette thèse, nous proposons une approche de pronostic guidée par des données. Elle vise à estimer à tout instant l’état de santé du composant physique et prédire sa durée de fonctionnement avant défaillance. Cette approche repose sur deux phases, une phase hors ligne et une phase en ligne. Dans la phase hors ligne, on cherche à sélectionner, parmi l’ensemble des signaux fournis par les capteurs, ceux qui contiennent le plus d’information sur la dégradation. Cela est réalisé en utilisant un algorithme de sélection non supervisé développé dans la thèse. Ensuite, les signaux sélectionnés sont utilisés pour construire différents indicateurs de santé représentant les différents historiques de données (un historique par composant). Dans la phase en ligne, l’approche développée permet d’estimer l’état de santé du composant test en faisant appel au filtre Bayésien discret. Elle permet également de calculer la durée de fonctionnement avant défaillance du composant en utilisant le classifieur k-plus proches voisins (k-NN) et le processus de Gauss pour la régression. La durée de fonctionnement avant défaillance est alors obtenue en comparant l’indicateur de santé courant aux indicateurs de santé appris hors ligne. L’approche développée à été vérifiée sur des données expérimentales issues de la plateforme PRO-NOSTIA sur les roulements ainsi que sur des données fournies par le Prognostic Center of Excellence de la NASA sur les batteries et les turboréacteurs.

Constructing prognostics models rely upon understanding the degradation process of the monitoredcritical components to correctly estimate the remaining useful life (RUL). Traditionally, a degradationprocess is represented in the form of physical or experts models. Such models require extensiveexperimentation and verification that are not always feasible in practice. Another approach that buildsup knowledge about the system degradation over time from component sensor data is known as datadriven. Data driven models require that sufficient historical data have been collected.In this work, a two phases data driven method for RUL prediction is presented. In the offline phase, theproposed method builds on finding variables that contain information about the degradation behaviorusing unsupervised variable selection method. Different health indicators (HI) are constructed fromthe selected variables, which represent the degradation as a function of time, and saved in the offlinedatabase as reference models. In the online phase, the method estimates the degradation state usingdiscrete Bayesian filter. The method finally finds the most similar offline health indicator, to the onlineone, using k-nearest neighbors (k-NN) classifier and Gaussian process regression (GPR) to use it asa RUL estimator. The method is verified using PRONOSTIA bearing as well as battery and turbofanengine degradation data acquired from NASA data repository. The results show the effectiveness ofthe method in predicting the RUL., La construction de modèles de pronostic nécessite la compréhension du processus de dégradation des composants critiques surveillés afin d’estimer correctement leurs durées de fonctionnement avant défaillance. Un processus de dégradation peut être modélisé en utilisant des modèles de connaissance issus des lois de la physique. Cependant, cette approche nécessite des compétencespluridisciplinaires et des moyens expérimentaux importants pour la validation des modéles générés, ce qui n’est pas toujours facile à mettre en place en pratique. Une des alternatives consiste à apprendre le modèle de dégradation à partir de données issues de capteurs installés sur le système.On parle alors d’approche guidée par des données.Dans cette thèse, nous proposons une approche de pronostic guidée par des données. Elle vise à estimer à tout instant l’état de santé du composant physique et prédire sa durée de fonctionnement avant défaillance. Cette approche repose sur deux phases, une phase hors ligne et une phase en ligne. Dans la phase hors ligne, on cherche à sélectionner, parmi l’ensemble des signaux fournis par les capteurs, ceux qui contiennent le plus d’information sur la dégradation. Cela est réalisé en utilisant un algorithme de sélection non supervisé développé dans la thèse. Ensuite les signaux sélectionnés sont utilisés pour construire différents indicateurs de santé représentant les différents historiques de données (un historique par composant). Dans la phase en ligne, l’approche développée permet d’estimer l’état de santé du composant test en faisant appel au filtre Bayésien discret.Elle permet également de calculer la durée de fonctionnement avant défaillance du composant en utilisant le classifieur k-plus proches voisins (k-NN) et le processus de Gauss pour la régression.La durée de fonctionnement avant défaillance est alors obtenue en comparant l’indicateur de santé courant aux indicateurs de santé appris hors ligne.L’approche développée a été vérifiée sur des données expérimentales issues de la plateforme PRONOSTIA sur les roulements ainsi que sur des données fournies par le Prognostic Center of Excellence de la NASA sur les batteries et les turboréacteurs.

A travers une démarche expérimentale de simulation de la circulation routière pour estimer les pollutions atmosphériques en milieu urbain, cette proposition questionne les opportunités qu'offre la simulation multi-agents pour intégrer des données d'observations du trafic routier au sein d'un système d'information géographique. Pour cela, la construction du modèle d'affectation s'est faite en deux étapes : une première, d'acquisition et de structuration des données de comptages et une seconde visant à interfacer ces données au sein d'une plateforme de simulation multi-agents pour en reproduire la variabilité intra journalière et la fréquentation routière.

Cet ouvrage se propose d’enrichir les regards portés sur les transformations qui se déploient à la suite de la numérisation, de la montée hégémonique des réseaux et des interfaces, des protocoles, des nouvelles écritures ainsi que de l’algorithmie généralisée qui les accompagne. Il tente de mettre en relief les problèmes attachés aux nouvelles territorialisations et pratiques se construisant à partir et au sein du numérique. Quel que soit le secteur étudié ici (recherche, journalisme, marketi...

Avec l’expansion des technologies du numérique, des pratiques de partage, de co-construction de ressources, d’échange en pair à pair se multiplient. Elles s’appuient sur des communautés auto-organisées, qui font le choix de gérer ces ressources sans les soumettre à des droits de propriété. Ces Communs, ou Biens Communs, entendent proposer une alternative économique autant que politique aux modes de régulation traditionnels institués à travers le marché et l’État.Un détour par l’histoire permet de comprendre pourquoi les Communs ont pendant deux siècles quasiment disparu des pays occidentaux. La conjonction entre le vide d’imaginaire politique révélé par les crises et le potentiel créateur ouvert par le numérique est au cœur de ce renouveau. Mais ce retour n’est pas sans soulever des résistances. Des réactions qui laissent entrevoir plusieurs scénarios possibles pour l’avenir des Communs. As digital technologies are expanding, sharing, co construction of resources, per to peer exchange multiply. They rely on self-organized communities ; who choose to manage these resources without enclosing them with property rights. In doing so, the Commons intend to propose an economic as well as political alternative to traditional modes of regulation established through the market and the state.A detour through history helps in explaining why the Commons have virtually disappeared for two centuries in Western countries, before reappearing. The conjunction between the lack of political imagination revealed by the crisis and the creative potential conveyed by digital technologies is at the heart of this revival. But this return is not without raising resistances. Those reactions suggest several possible scenarios for the future of the Commons.

L’introduction dans les forces armées de systèmes de commandement et de contrôle numérisés et réseau-centrés vise à générer de l’efficience militaire aux plans tactique, opératif et stratégique. Mais ils doivent également être examinés dans la perspective historique de leur utilisation par des forces aériennes et des marines travaillant dans des environnements spécifiques. Appliquées à des combattants dans des environnements plus complexes, ces technologies ont également des conséquences politiques et culturelles. The introduction of digitalized, network-centric command and control systems in armed forces aims to produce military efficiency at the tactical, operational and strategic level. But they also need to be considered in the historical perspective of their use by air forces and navies working in specific environments. But applied to land forces fighting in more complex environments, these technologies also have political and cultural consequences.

Nous examinons les problèmes posés par les nouveaux régimes de connectivité et de réflexivité qui se développent avec la prolifération des interfaces et de leurs applications au sein des organisations. On essaie, à travers l’étude de ces transformations et processus, de poser les bases d’une sémio-politique des interfaces et de mettre en évidence les rapports entre les sémiotiques signifiantes et a-signifiantes. La thèse défendue dans cet article est que la pragmatique communicationnelle proposée par F. Guattari présente le plus grand intérêt pour l’analyse politique des milieux organisationnels. En suivant cette perspective, nous interrogeons la construction des réseaux socionumériques d’entreprises (« réseau social interne ») et les nouvelles micropolitiques qui les accompagnent, en appui d’une extension du « social engineering » et du « data management ». We examine the problems posed by the new regimes of connectivity and reflexivity that grow with the proliferation of interfaces and applications within organizations. We try, through the examination of these changes and process to lay the foundations of a semio-policy of interfaces, and to highlight the relationship between signifying semiotics and a-signifying semiotics. The paper upholds the thesis that “Pragmatic” proposed by F. Guattari, has the greatest interest in the political analysis of the organizational. Following this perspective, we present in this paper an analysis of the socio-digital network (“internal social network”) implemented, and the possibility of new micropolitics. Finally, we identify the problems arising from this extension of “Data Management” and its model of “social engineering”.

Qu’y a-t-il de commun entre la poste et l’art contemporain ? D’abord, au temps des avant-gardes, un même goût pour le nouveau, pour le voyage des signes et des choses. Il y a aussi l’idée que, avec les progrès industriels, la Poste comme l’œuvre d’art, se trouvent confrontées à une nouvelle partition des catégories du proche et du lointain, des destinateurs et des destinataires, du mobile et de l’immobile, de la trace qui dure et du temps qui passe – le cachet de la poste faisant foi.Aujourd’hui, la poste comme l’œuvre d’art doivent affronter le défi du numérique. Mais, ici encore, leurs destins semblent se croiser : de même qu’il s’agit moins de proclamer ou promouvoir la fin des anciens médias dans l’art au bénéfice du numérique, de même le numérique implique moins l’abandon du courrier au bénéfice du courriel, que la réinvention du papier au temps du numérique. What do the mail and modern art have in common ? First of all, at a time when avant-garde reigns supreme, a shared taste for novelty, for shifting symbols and items. It is also commonly believed that, due to industrial progress, the mail as well as any work of art are confronted with a new definition of categories such as proximity and remoteness, sender and addressee, the moveable and the immovable, traces that last and fleeting times – as evidenced by the postmark (postmark attesting).Today the mail, just like art works, faces the challenge of digital ages. But in that respect too, they seem to share a common fate : it is not so much a question of announcing or promoting the end of former media in art as being superseded by digital technologies. In the same way, digital communication does not necessarily mean abandoning letters to resort exclusively to e-mails. It should emerge on reinventing sheets of paper with a digital streak.