Les maladies animales restent l'un des principaux problèmes posés aux productions animales, tant pour le développement du commerce que pour la lutte contre la pauvreté et la santé publique. Les systèmes de santé animale sont complexes par la diversité des acteurs et par l'évolution du contexte, marqué notamment par la redéfinition des rôles des secteurs privé et public. Il est donc souvent difficile d'évaluer les performances globales des systèmes et sous systèmes de santé animale, tant pour leur efficacité médicale qu'économique et sociale. De plus, la nécessaire fiabilité des informations sanitaires obtenues amène à la certification des statuts sanitaires des régions et des pays, ce qui impose un fort degré de normalisation et de conformité aux normes internationales. Un bilan des systèmes non conventionnels doit donc être fait et comparé à celui des systèmes conventionnels. Un système de santé animale se conçoit dans son ensemble et ses performances doivent être évaluées de façon globale, en fonction des marchés des produits et en tenant compte des objectifs et intérêts parfois contradictoires des acteurs. Les besoins et axes de recherches sont donc nombreux, pouvant notamment porter sur: - les méthodes, données et outils nécessaires à l'évaluation de l'efficacité de systèmes, avec une définition d'indicateurs fiables, - la démonstration qu'il existe un déterminisme de l'état de santé à venir des troupeaux, permettant ensuite de dresser des cartes de marqueurs de risque et de besoins en services zoosanitaires, - la conception et gestion de systèmes d'information sanitaire réalistes et harmonisés fournissant des mesures fiables des indicateurs de santé, - la fonction, l'organisation et l'efficacité des approches participatives de surveillance, - la définition et l'efficacité des contrats en santé animale, tels les mandats sanitaires entre État et vétérinaires privés, - la fonction et le rôle des auxiliaires d'élevage, - l'élaboration de méthodes d'évaluation et de normes tenant compte des spécificités des pays du Sud et pouvant mener à la certification et à l'accréditation des systèmes non conventionnels. Il y aura ensuite lieu de tester, à l'aide des indicateurs définis précédemment, l'efficience des systèmes (impacts directs, études coûts-bénéfices) puis en tirer une "boite d'outils" capable de guider leur mise en place, en considérant leurs avantages et inconvénients en fonction des contextes locaux. La recherche sur l'évaluation des systèmes de santé animale constitue un investissement à long terme, mais elle est le gage d'une certification de qualité, permettant le développement et la sécurité des marchés des produits animaux.