Mariangela Bonizzoni, Catherine Dauga, Michele Marconcini, Pei-Shi Yen, Xavier de Lamballerie, Gaelle Gabiane, Yoann Madec, Vincent Houé, Laurence Mousson, Anna-Bella Failloux, Marie Suez, Arbovirus et Insectes Vecteurs - Arboviruses and Insect Vectors, Institut Pasteur [Paris], Sorbonne Université (SU), Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative (C3BI), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Epidémiologie des Maladies Emergentes - Emerging Diseases Epidemiology, Pasteur-Cnam Risques infectieux et émergents (PACRI), Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Università degli Studi di Pavia, Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), Unité des Virus Emergents (UVE), Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), This study was supported by the Institut Pasteur, the French Government’s Investissement d’Avenir program, Laboratoire d’Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases' (grant number ANR-10-LABX-62-IBEID to A-BF), the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program, ZIKAlliance program under ZIKAlliance grant agreement no. 734548 to A-BF, and the European Research Council, NIRV_HOST_INT Council (grant agreement number 682394 – NIRV_HOST_INT to VH and MB)., We are grateful to Basile Kamgang for providing mosquito samples, and Dominique Higuet, Anna Malacrida, Giuliano Gasperi for discussions. We also thank Charlotte Balière, Valérie Caro and Aurélia Kwasiborski for help in genotyping mosquitoes., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), European Project: 682394,H2020,ERC-2015-CoG,NIRV_HOST_INT(2016), European Project: 734548,ZIKAlliance(2016), Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Università degli Studi di Pavia = University of Pavia (UNIPV), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Arbovirus et Insectes Vecteurs, Epidémiologie des Maladies Emergentes, Pasteur-Cnam risques infectieux et émergents (PACRI), Università di Pavia, Emergence des Pathologies Virales (EPV), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM), ANR-10-LABX-62-IBEID,IBEID,Laboratoire d'Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases'(2010), DEMESLAY GOUGAM, MARIE, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Population genomics of co-evolution between non-retroviral RNA viruses and their hosts - NIRV_HOST_INT - - H20202016-05-01 - 2021-04-30 - 682394 - VALID, and A global alliance for Zika virus control and prevention - ZIKAlliance - 2016-10-01 - 2019-09-30 - 734548 - VALID