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Kallikrein 6 (KLK6) is an attractive drug target for the treatment of neurological diseases and for various cancers. Herein, we explore the accuracy and efficiency of different computational methods and protocols to predict the free energy of binding (ΔGbind) of a series of KLK6 inhibitors. We found that the performance of the methods varied strongly with the tested system. For only one of the three KLK6 datasets, the docking scores were in good agreement (R2 ≥ 0.5) with experimental values of ΔGbind. A similar result was obtained with MM/GBSA calculations based on single minimized structures. Improved binding affinity predictions were obtained with the free energy perturbation (FEP) method, with an overall MUE and RMSE of 0.53 and 0.68 kcal/mol, respectively. This result indicates that FEP can be a promising tool for the structure-based optimization of KLK6 inhibitors.

Nuclear receptor-binding SET domain-containing 2 (NSD2) is the primary enzyme responsible for the dimethylation of lysine 36 of histone 3 (H3K36), a mark associated with active gene transcription and intergenic DNA methylation. In addition to a methyltransferase domain, NSD2 harbors two proline-tryptophan-tryptophan-proline (PWWP) domains and five plant homeodomains (PHDs) believed to serve as chromatin reading modules. Here, we report a chemical probe targeting the N-terminal PWWP (PWWP1) domain of NSD2. UNC6934 occupies the canonical H3K36me2-binding pocket of PWWP1, antagonizes PWWP1 interaction with nucleosomal H3K36me2 and selectively engages endogenous NSD2 in cells. UNC6934 induces accumulation of endogenous NSD2 in the nucleolus, phenocopying the localization defects of NSD2 protein isoforms lacking PWWP1 that result from translocations prevalent in multiple myeloma (MM). Mutations of other NSD2 chromatin reader domains also increase NSD2 nucleolar localization and enhance the effect of UNC6934. This chemical probe and the accompanying negative control UNC7145 will be useful tools in defining NSD2 biology.

Increased activity of the lysine methyltransferase NSD2 driven by translocation and activating mutations is associated with multiple myeloma and acute lymphoblastic leukemia, but no NSD2-targeting chemical probe has been reported to date. Here, we present the first antagonists that block the protein–protein interaction between the N-terminal PWWP domain of NSD2 and H3K36me2. Using virtual screening and experimental validation, we identified the small-molecule antagonist 3f, which binds to the NSD2-PWWP1 domain with a K(d) of 3.4 μM and abrogates histone H3K36me2 binding to the PWWP1 domain in cells. This study establishes an alternative approach to targeting NSD2 and provides a small-molecule antagonist that can be further optimized into a chemical probe to better understand the cellular function of this protein.

Protein arginine methyltransferase (PRMT) 4 (also known as coactivator-associated arginine methyltransferase 1; CARM1) is involved in a variety of biological processes and is considered as a candidate oncogene owing to its overexpression in several types of cancer. Selective PRMT4 inhibitors are useful tools for clarifying the molecular events regulated by PRMT4 and for validating PRMT4 as a therapeutic target. Here, we report the discovery of TP-064, a potent, selective, and cell-active chemical probe of human PRMT4 and its co-crystal structure with PRMT4. TP-064 inhibited the methyltransferase activity of PRMT4 with high potency (half-maximal inhibitory concentration, IC50 < 10 nM) and selectivity over other PRMT family proteins, and reduced arginine dimethylation of the PRMT4 substrates BRG1-associated factor 155 (BAF155; IC50= 340 ± 30 nM) and Mediator complex subunit 12 (MED12; IC50 = 43 ± 10 nM). TP-064 treatment inhibited the proliferation of a subset of multiple myeloma cell lines, with affected cells arrested in G1 phase of the cell cycle. TP-064 and its negative control (TP-064N) will be valuable tools to further investigate the biology of PRMT4 and the therapeutic potential of PRMT4 inhibition.

USP5 disassembles unanchored polyubiquitin chains to recycle free monoubiquitin, and is one of the 12 ubiquitin specific proteases featuring a zinc finger ubiquitin-binding domain (ZnF-UBD). This distinct structural module has been associated with substrate positioning or allosteric modulation of catalytic activity, but its cellular function remains unclear. We screened a chemical library focused on the ZnF-UBD of USP5, crystallized hits in complex with the protein, and generated a preliminary structure-activity relationship, which enables the development of more potent and selective compounds. This work serves as a framework for the discovery of a chemical probe to delineate the function of USP5 ZnF-UBD in proteasomal degradation and other ubiquitin signaling pathways in health and disease.

USP5 disassembles unanchored polyubiquitin chains to recycle free mono-ubiquitin, and is one of twelve ubiquitin-specific proteases featuring a zinc finger ubiquitin-binding domain (ZnF-UBD). This distinct structural module has been associated with substrate positioning or allosteric modulation of catalytic activity, but its cellular function remains unclear. We screened a chemical library focused on the ZnF-UBD of USP5, crystallized hits in complex with the protein, and generated a preliminary structure-activity relationship which enables the development of more potent and selective compounds. This work serves as a framework for the discovery of a chemical probe to delineate the function of USP5 ZnF-UBD in proteasomal degradation and other ubiquitin signalling pathways in health and disease.

SET domain bifurcated protein 1 (SETDB1) is a human histone-lysine methyltransferase, which is amplified in human cancers and was shown to be crucial in the growth of non-small and small cell lung carcinoma. In addition to its catalytic domain, SETDB1 harbors a unique tandem tudor domain which recognizes histone sequences containing both methylated and acetylated lysines, and likely contributes to its localization on chromatin. Using X-ray crystallography and NMR spectroscopy fragment screening approaches, we have identified the first small molecule fragment hits that bind to histone peptide binding groove of the TTD of SETDB1. Herein, we describe the binding modes of these fragments and analogues and the biophysical characterization of key compounds. These confirmed small molecule fragments will inform the development of potent antagonists of SETDB1 interaction with histones.

Well-characterized selective inhibitors of protein arginine methyltransferases (PRMTs) are invaluable chemical tools for testing biological and therapeutic hypotheses. Based on 4, a fragment-like inhibitor of type I PRMTs, we conducted structure–activity relationship (SAR) studies and explored three regions of this scaffold. The studies led to the discovery of a potent, selective and cell-active dual inhibitor of PRMT4 and PRMT6, 17 (MS049). As compared to 4, 17 displayed much improved potency for PRMT4 and PRMT6 in both biochemical and cellular assays. It was selective for PRMT4 and PRMT6 over other PRMTs and a broad range of other epigenetic modifiers and non-epigenetic targets. We also developed 46 (MS049N), which was inactive in biochemical and cellular assays, as a negative control for chemical biology studies. Considering possible overlapping substrate specificity of PRMTs, 17 and 46 are valuable chemical tools for dissecting specific biological functions and dysregulation of PRMT4 and PRMT6 in health and disease.

Protein methyltransferases (PMTs) are enzymes involved in epigenetic mechanisms, DNA repair, and other cellular machineries critical to cellular identity and function, and are an important target class in chemical biology and drug discovery. Central to the enzymatic reaction is the transfer of a methyl group from the cofactor S-adenosylmethionine (SAM) to a substrate protein. Here we review how the essentiality of SAM for catalysis is exploited by chemical inhibitors. Occupying the cofactor binding pocket to compete with SAM can be hindered by the hydrophilic nature of this site, but structural studies of compounds now in the clinic revealed that inhibitors could either occupy juxtaposed pockets to overlap minimally, but sufficiently with the bound cofactor, or induce large conformational remodeling leading to a more druggable binding site. Rather than competing with the cofactor, other inhibitors compete with the substrate and rely on bound SAM, either to allosterically stabilize the substrate binding site, or for direct SAM-inhibitor interactions.

HDAC6 plays a central role in the recruitment of protein aggregates for lysosomal degradation, and is a promising target for combination therapy with proteasome inhibitors in multiple myeloma. Pharmacologically displacing ubiquitin from the zinc-finger ubiquitin-binding domain (ZnF-UBD) of HDAC6 is an underexplored alternative to catalytic inhibition. Here, we present the discovery of a HDAC6 ZnF-UBD-focused chemical series and its progression from virtual screening hits to low micromolar inhibitors. A carboxylate mimicking the C-terminal extremity of ubiquitin, and an extended aromatic system stacking with W1182 and R1155 are necessary for activity. One of the compounds induced a conformational remodeling of the binding site where the primary binding pocket opens-up onto a ligand-able secondary pocket that may be exploited to increase potency. The preliminary structure-activity relationship accompanied by nine crystal structures should enable further optimization into a chemical probe to investigate the merit of targeting the ZnF-UBD of HDAC6 in multiple myeloma and other diseases.

We compiled a list of 11 016 unique structures of small-molecule ligands bound to proteins representing 750 873 protein–ligand atomic interactions, and analyzed the frequency, geometry and the impact of each interaction type. The most frequent ligand–protein atom pairs can be clustered into seven interaction types., As the protein databank (PDB) recently passed the cap of 123 456 structures, it stands more than ever as an important resource not only to analyze structural features of specific biological systems, but also to study the prevalence of structural patterns observed in a large body of unrelated structures, that may reflect rules governing protein folding or molecular recognition. Here, we compiled a list of 11 016 unique structures of small-molecule ligands bound to proteins – 6444 of which have experimental binding affinity – representing 750 873 protein–ligand atomic interactions, and analyzed the frequency, geometry and impact of each interaction type. We find that hydrophobic interactions are generally enriched in high-efficiency ligands, but polar interactions are over-represented in fragment inhibitors. While most observations extracted from the PDB will be familiar to seasoned medicinal chemists, less expected findings, such as the high number of C–H···O hydrogen bonds or the relatively frequent amide–π stacking between the backbone amide of proteins and aromatic rings of ligands, uncover underused ligand design strategies.

Os inibidores não nucleosídeos da transcriptase reversa (NNRTI) são substâncias que são usadas no combate ao vírus HIV (Vírus da Imunodeficiência Humana). Quando essas moléculas se ligam a RT elas promovem uma mudança conformacional nessa enzima tornando o sítio ativo catalítico inativo. Embora os NNRTI representem um importante componente da quimioterapia anti-HIV, sua utilidade clínica está ameaçada pela emergência de vírus que apresentam mutações que os tornam resistentes aos NNRTI. Por exemplo, com a mutação Y181C a RT se torna resistente ao inibidor 9 Cl-TIBO, pertencente a classe dos NNRTI. A perda de interações do tipo ??? stacking é apontada como uma das razões para o surgimento de resistência da enzima RT frente aos NNRTI. Embora estas interações exerçam um papel relevante na ação de um inibidor, não existem estudos que buscam analisá-las baseada na mecânica quântica. Em virtude desse fato, o objetivo desse trabalho é empregar as potencialidades do uso das técnicas que analisam a função de onda, como orbitais naturais de ligação (NBO), análise populacional natural (NPA) e a densidade eletrônica, através do método AIM (átomos em moléculas), para obter uma compreensão aprofundada das interações estabilizadoras ou desestabilizadoras entre um NNRTI e os aminoácidos do sítio alostérico em contato com o inibidor. Foi escolhida para esse estudo inibidores da classe TIBO, pois essa classe de moléculas têm sido objeto de estudo em nosso laboratório, onde já foi feita a sua análise conformacional e um estudo QSAR-3D. Além disso, essas substâncias encontram-se complexadas com a enzima HIV-1 RT selvagem e também com essa enzima mutante (Y181C). Uma terceira estrutura cristalina usada no estudo foi a do inibidor 9 Cl-TIBO. Com isso as propostas desse trabalho foram: i) elucidar quais os tipos de interações não covalentes que ocorrem entre o inibidor TIBO e os aminoácidos do seu sítio ativo; ii) quais as possíveis causas da perda de atividade com a mutação Y181C; iii) tentar apontar qual a razão da maior atividade do inibidor 8 Cl-TIBO frente ao 9 Cl-TIBO. Para cumprir esses objetivos foi realizada a análise geométrica, da função de onda, utilizando os métodos NBO, NPA e da densidade eletrônica empregando o método AIM, assim como, a análise da energia de interação de inibidores da família TIBO com os aminoácidos Y181 (C181), K101, Y188 e H235. A análise geométrica dos monômeros TIBO revelou que os dois inibidores (8 e 9 Cl-TIBO) apresentam conformações diferentes. Pelos métodos NBO e AIM foi verificada a existência de interações do tipo C-H???S e C-H???Cl na 8 Cl-TIBO. Apenas a primeira interação foi observada no inibidor 9 Cl-TIBO, o que dá a esta molécula uma maior liberdade conformacional. Além disso, a sobreposição da estrutura dos dímeros TIBO/Y188 revelou que a distância entre o inibidor 8 Cl-TIBO e o aminoácido Y188 (M) é a mais curta. A análise NBO e AIM das interações intermoleculares dos dímeros TIBO/Y181 (C181) e TIBO/Y188 demonstraram que as interações dos inibidores com os aminoácidos são estabilizadas por interações hidrofóbicas do tipo van der Waals, além de ligações de hidrogênio fracas do tipo C-H???N e C-H???O. Os dímeros 8 Cl-TIBO/H235 apresentam apenas uma ligação de hidrogênio fraca do tipo C-H???O. A interação dos dímeros TIBO/K101 é estabilizada, de acordo com as análises NBO e AIM, por duas ligações de hidrogênio do tipo N-H???O e N-H???S. A primeira interação tem sido descrita em vários trabalhos, mas é a primeira vez que segunda é reportada. A análise NPA e a soma das energias eletrônicas de estabilização, ??E(2), ambas obtidas pelo método NBO, juntamente com o valor da densidade no BCP (ponto crítico de ligação), oriunda do método AIM, indicam que a mutação Y181C afeta a interação do inibidor não somente com o aminoácido na posição em que ela ocorre, mas também com os aminoácidos K101, Y188 e H235. O valor de ??E(2) para a interação do inibidor TIBO com os aminoácidos Y181 (C181), K101, Y188 e H235 indicam que o inibidor 8 Cl-TIBO apresenta uma interação mais efetiva com esses aminoácidos do que a 9 Cl-TIBO. Esse resultado é bastante interessante é mostra que ??E(2) pode ser utilizado como um parâmetro qualitativo para analisar as diferenças de atividade biológica observadas para diferentes ligantes que atuam sobre um mesmo sítio ativo. Os inibidores não nucleosídeos da transcriptase reversa (NNRTI) são substâncias que são usadas no combate ao vírus HIV (Vírus da Imunodeficiência Humana). Quando essas moléculas se ligam a RT elas promovem uma mudança conformacional nessa enzima tornando o sítio ativo catalítico inativo. Embora os NNRTI representem um importante componente da quimioterapia anti-HIV, sua utilidade clínica está ameaçada pela emergência de vírus que apresentam mutações que os tornam resistentes aos NNRTI. Por exemplo, com a mutação Y181C a RT se torna resistente ao inibidor 9 Cl-TIBO, pertencente a classe dos NNRTI. A perda de interações do tipo pi-stacking é apontada como uma das razões para o surgimento de resistência da enzima RT frente aos NNRTI. Embora estas interações exerçam um papel relevante na ação de um inibidor, não existem estudos que buscam analisá-las baseada na mecânica quântica. Em virtude desse fato, o objetivo desse trabalho é empregar as potencialidades do uso das técnicas que analisam a função de onda, como orbitais naturais de ligação (NBO), análise populacional natural (NPA) e a densidade eletrônica, através do método AIM (átomos em moléculas), para obter uma compreensão aprofundada das interações estabilizadoras ou desestabilizadoras entre um NNRTI e os aminoácidos do sítio alostérico em contato com o inibidor. Foi escolhida para esse estudo inibidores da classe TIBO, pois essa classe de moléculas têm sido objeto de estudo em nosso laboratório, onde já foi feita a sua análise conformacional e um estudo QSAR-3D. Além disso, essas substâncias encontram-se complexadas com a enzima HIV-1 RT selvagem e também com essa enzima mutante (Y181C). Uma terceira estrutura cristalina usada no estudo foi a do inibidor 9 Cl-TIBO. Com isso as propostas desse trabalho foram: i) elucidar quais os tipos de interações não covalentes que ocorrem entre o inibidor TIBO e os aminoácidos do seu sítio ativo; ii) quais as possíveis causas da perda de atividade com a mutação Y181C; iii) tentar apontar qual a razão da maior atividade do inibidor 8 Cl-TIBO frente ao 9 Cl-TIBO. Para cumprir esses objetivos foi realizada a análise geométrica, da função de onda, utilizando os métodos NBO, NPA e da densidade eletrônica empregando o método AIM, assim como, a análise da energia de interação de inibidores da família TIBO com os aminoácidos Y181 (C181), K101, Y188 e H235. A análise geométrica dos monômeros TIBO revelou que os dois inibidores (8 e 9 Cl-TIBO) apresentam conformações diferentes. Pelos métodos NBO e AIM foi verificada a existência de interações do tipo C-H???S e C-H???Cl na 8 Cl-TIBO. Apenas a primeira interação foi observada no inibidor 9 Cl-TIBO, o que dá a esta molécula uma maior liberdade conformacional. Além disso, a sobreposição da estrutura dos dímeros TIBO/Y188 revelou que a distância entre o inibidor 8 Cl-TIBO e o aminoácido Y188 (M) é a mais curta. A análise NBO e AIM das interações intermoleculares dos dímeros TIBO/Y181 (C181) e TIBO/Y188 demonstraram que as interações dos inibidores com os aminoácidos são estabilizadas por interações hidrofóbicas do tipo van der Waals, além de ligações de hidrogênio fracas do tipo C-H???N e C-H???O. Os dímeros 8 Cl-TIBO/H235 apresentam apenas uma ligação de hidrogênio fraca do tipo C-H???O. A interação dos dímeros TIBO/K101 é estabilizada, de acordo com as análises NBO e AIM, por duas ligações de hidrogênio do tipo N-H???O e N-H???S. A primeira interação tem sido descrita em vários trabalhos, mas é a primeira vez que segunda é reportada. A análise NPA e a soma das energias eletrônicas de estabilização, ambas obtidas pelo método NBO, juntamente com o valor da densidade no BCP (ponto crítico de ligação), oriunda do método AIM, indicam que a mutação Y181C afeta a interação do inibidor não somente com o aminoácido na posição em que ela ocorre, mas também com os aminoácidos K101, Y188 e H235. O valor das energias eletrônicas de estabilização para a interação do inibidor TIBO com os aminoácidos Y181 (C181), K101, Y188 e H235 indicam que o inibidor 8 Cl-TIBO apresenta uma interação mais efetiva com esses aminoácidos do que a 9 Cl-TIBO. Esse resultado é bastante interessante é mostra que energias eletrônicas de estabilização pode ser utilizado como um parâmetro qualitativo para analisar as diferenças de atividade biológica observadas para diferentes ligantes que atuam sobre um mesmo sítio ativo