The ectoparasite Amyloodinium ocellatum is the most common and important dinoflagellate affecting fish, causing severe morbidity and mortality in both brackish and marine warmwater aquaculture fishes worldwide. A. ocellatum has a triphasic life cycle, consisting of a free-living flagellate, the dinospore, a parasitic stage, the trophont, and a resting and reproductive cyst, the tomont. Tomonts of A. ocellatum can settle in the bottom of tanks and ponds and resist for long periods of time maintaining the ability to reinfest. Biosecurity in ponds is changeling, due to the size of the aquaculture farms and because they are normally located near natural water reservoirs, which limits the application of aggressive chemical treatments. Chemotherapy has shown efficacy in eliminating the dinospore but not the tomont, which is very resistant to treatments. This work focused on the development of in vitro inactivating tests for the cystic stage of the parasite. To propagate the parasite, an infection system with 6 European sea bass Dicentrarchus labrax was established with parasites collected during the season of higher prevalence in fish aquaculture production earthen ponds. Preservation tests of the tomont were also performed to reduce the need of keeping the infection system for long periods. Different chemicals and physical methods were tested for their capacity to inactivate the tomonts. Efficacy of the inactivation was evaluated through germination tests, dinospores concentration and motility.. This work showed that tomonts can be inactivated by several chemicals and physical methods, in particular by chemicals with a lesser impact on the environment, like peroxides. this work also presents the first documented results on the efficacy of UV-C irradiation on tomont inactivation. Overall, this study shows that A. ocellatum treatment and prevention can be achieved following more sustainable environmental strategies. O ectoparasita Amyloodinium ocellatum é o dinoflagelado mais comum e importante que afeta peixes, causando morbidade e mortalidade graves em peixes de aquacultura de água salobra e marinha em todo o mundo. A. ocellatum tem um ciclo de vida trifásico, consistindo num flagelado de vida livre, o dinósporo, um estágio parasitário, o trofonte, e um cisto de repouso reprodutor, o tomonte. Os tomontes de A. ocellatum podem instalar-se no fundo de tanques e tanques de terra e resistir por longos períodos mantendo a capacidade de reinfestação. A biossegurança em tanques de terra é desafiante, devido ao tamanho das estruturas de aquacultura e por estarem normalmente localizadas próximo de reservatórios naturais de água, o que limita a aplicação de tratamentos químicos agressivos. Os tratamentos químicos têm- se demonstrado eficazes na eliminação do dinósporo, mas não do tomonte, que é muito resistente aos tratamentos. Este trabalho teve como foco o desenvolvimento de testes de inativação in vitro para a fase cística do parasita. Para a propagação do parasita, foi estabelecido um sistema de infeção com 6 robalos Dicentrarchus labrax e parasitas recolhidos durante a estação de maior prevalência em viveiros de produção de aquacultura de peixes. Foram realizados testes de preservação do tomonte para reduzir a necessidade de manter o sistema infecioso por longos períodos. Diferentes testes químicos e físicos foram aplicados ao estágio de tomontes. A eficácia da inativação foi avaliada por meio de testes de germinação, concentração e motilidade de dinosporos. Este estudo mostrou que os tomontes podem ser inativados por diversos produtos químicos e desafios físicos. Resultados promissores foram obtidos com produtos químicos de menor impacto ambiental, como os peróxidos. Além disso, são apresentados os primeiros resultados documentados sobre a eficácia da irradiação UV-C em tomontes. No geral, este estudo mostra que o tratamento e a prevenção do A. ocellatum podem ser alcançados seguindo estratégias ambientais mais sustentáveis. I also thank to the project SAUDE&AQUA (MAR-02.05.01-FEAMP-0009) and DIVERSIAQUA II (MAR2020-P02M01- 0656P) for supporting this work. Also, I thank to project EMSO-PT: POCI-01-0145-FEDER-022157 for allowing the opportunity to use the scanning electron microscope.