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Objetivo. Determinar la incidencia de pérdida en el seguimiento (PEES) en pacientes tratados por tuberculosis (TB) resistente a rifampicina o multidrogorresistente (TB-RR/MDR) y los factores asociados a esta condición de egreso en Ecuador. Métodos. Estudio de cohorte retrospectivo de pacientes con TB-RR/MDR tratados con el esquema de 18 a 24 meses de la Organización Mundial de la Salud en 2014 y 2015 notificados al Ministerio de Salud del Ecuador. Se determinó la incidencia de PEES y se compararon las características clínicas y epidemiológicas de los casos egresados como PEES versus los egresados como éxito de tratamiento. Se analizó la sobrevida con regresión de Cox para evaluar factores asociados a PEES. Resultados. De 328 casos, 270 (82,3%) fueron analizados porque tuvieron condición de egreso notificada. El egreso como PEES fue 39,6% y el éxito de tratamiento 50,4%. Los factores de riesgo asociados a PEES fueron: antecedente de egreso como PEES en episodio previo de TB, cociente de riesgos instantáneos (HR, por sus siglas en inglés): 2,96 (1,53-5,73), P < 0,001; adicción al alcohol o drogas, HR: 2,82 (1,10-7,23), P = 0,031 y tener diagnóstico por la prueba Xpert® (TB-RR), HR: 1,53 (1,0-2,35), P = 0,048. Del total de PEES, 43% ocurrió después de nueve meses de tratamiento. Conclusión. La incidencia de PEES en pacientes con TB-RR/MDR en Ecuador está por encima del promedio en la Región de las Américas. Los tres factores identificados refuerzan la implementación de regímenes acortados y atención centrada en el paciente, siguiendo la Estrategia Fin a la Tuberculosis.