Aquatic systems in semi-arid Brazil include natural shallow lakes, artificial reservoirs and intermittent streams and rivers. These systems are distinctive features in the semi-arid landscape and comprise a range of associated systems functioning as an ever-changing mosaic of dry/wet patches. Lakes and reservoirs in semi-arid Brazil are subject to important periods of water shortages, whereas rivers and streams are characterized as highly variable and driven by the extremes of water flow and its absence. Within this view a catchment-scale approach must be used to create a holistic model to conceptualize and comprehend these aquatic systems, since the aquatic environment types in the semi-arid region of Brazil incorporate broader aspects within the catchment scale such as geomorphology, vegetation, climate and land use. This paper summarizes some of the information on the aquatic systems of the Brazilian semi-arid region and shows the importance of limnological studies in this region. It also attempts to establish perspectives for future research considering the catchment as a scale for surveying biological processes and limnological characteristics of the various aquatic systems. It is presented information on their overall structure and functioning, as well as characteristics of some biological communities, such as phytoplankton, periphyton, aquatic macrophytes, benthic invertebrates and fish. The importance of the understanding of eutrophication in reservoirs and the role of the dry phase in streams is emphasized, and information on possible actions of planning and management to improve water quality of reservoirs are presented.Os ecossistemas no semiárido brasileiro englobam lagos rasos naturais, reservatórios artificiais e rios e riachos intermitentes. Estes sistemas são particularidades na paisagem do semiárida e compreendem uma grande variedade de sistemas associados, funcionando como um mosaico em constante mudança entre épocas de seca e chuva. Lagos e reservatórios no semiárido brasileiro estão sujeitos a importantes períodos de escassez de água, enquanto que os rios e riachos são caracterizados como altamente variáveis e impulsionados pelos extremos de fluxo de água e sua ausência. Dentro desta perspectiva uma abordagem em escala de bacia hidrográfica deve ser usada para se criar um modelo holístico para conceituar esses sistemas aquáticos, uma vez que os tipos de ambientes aquáticos na região semiárida do Brasil incorporam aspectos mais amplos dentro da escala de bacia hidrográfica como geomorfologia, clima, vegetação e uso da terra. Este artigo sintetiza algumas das informações sobre os sistemas aquáticos da região semiárida brasileira e mostra a importância de estudos limnológicos nesta região. Ele também tenta estabelecer perspectivas para pesquisas futuras considerando a bacia hidrográfica como uma escala para levantamento de processos biológicos e as características limnológicas dos vários sistemas aquáticos. É apresentada informações sobre sua estrutura e funcionamento geral, bem como características de algumas comunidades biológicas, tais como o fitoplâncton, perifíton, macrofitas aquáticas, invertebrados bentônicos e peixes. A importância do entendimento da eutrofização em reservatórios e o papel da fase de seca em riachos são enfatizados, e informações sobre possíveis ações de planejamento e gestão para melhorar a qualidade da água dos reservatórios são apresentados.