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The biogeographic history of a species results from responses to past and current processes, and understanding those responses at both temporal scales is essential. We explored phylogeographic and current genetic variation structure in Ctenomys flamarioni —a subterranean rodent that inhabits a small region of the coastal plain of Brazil—and contrasted the roles of "present-day niche suitability" versus "historical climate stability" to understand current and past intraspecific genetic diversity. We used both mitochondrial DNA sequences (concatenated Cytb and D-loop , n = 78) and nuclear DNA (9 microsatellites loci, n = 154) molecular markers for individuals across the entire distribution of the species. We used phylogeographic trees, Bayesian clustering, and haplotype networks to explore genetic variation and diversity. We correlated genetic diversity with measures of current niche suitability and potential areas of Late Quaternary paleostability. Phylogeographic patterns confirmed low levels of genetic diversity structured at different hierarchical levels. We also found a weak but significant pattern of isolation by distance, indicating that geographical distance partially modulates genetic differences among populations. We also observed a positive correlation between genetic diversity and climate paleostability for microsatellites at local and regional scales. However, we found no significant association between genetic diversity and niche suitability for microsatellites at local or regional scales. We observed several signatures of bottleneck and population expansion at different geographic scales. Our results suggest that Quaternary climatic fluctuations—acting together with habitat suitability and other contemporary factors—played a fundamental role in elucidating the evolutionary history of the species—including patterns of historical dispersal, and current patterns of habitat occupation and genetic structure. In addition, based on our molecular and environmental data sets from the across the range of the species and considering the restricted endemism of C. flamarioni , we emphasize the urgency of conservation actions to protect this endangered species. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Copyright of Sigmae is the property of Universidade Federal de Alfenas (UNIFAL-MG) and its content may not be copied or emailed to multiple sites or posted to a listserv without the copyright holder's express written permission. However, users may print, download, or email articles for individual use. This abstract may be abridged. No warranty is given about the accuracy of the copy. Users should refer to the original published version of the material for the full abstract. (Copyright applies to all Abstracts.)

Resumo Os níveis de variabilidade genética populacionais podem ser determinados por marcadores moleculares, como RAPD e AFLP usados em estudos de fingerprinting, ou microssatélites, que são bastante utilizados em estudos de estrutura genética populacional, respondendo a questões ecológicas essenciais para a adoção de medidas conservacionistas. Atualmente são conhecidos microssatélites de regiões codificantes do genoma (SSR-EST), que têm como vantagem a transferabilidade entre espécies próximas em contraste aos microssatélites de regiões anônimas. Esta revisão visa divulgar esta nova modalidade de microssatélites, os SSR-ESTs, que estão sendo cada vez mais utilizados como ferramenta molecular eficiente para estudos populacionais com enfoque em conservação.

Dams are one of the main threats to Neotropical potamodromous fish, causing blockages of migratory routes and loss of breeding areas in an increasing number of drainage systems. In this scenario, current data argue that the maintenance of free-flowing tributaries along fragmented watersheds would be an important strategy to the migratory fish conservation, both in panmixia situations and in scenarios with different coexisting stocks, as already reported for Prochilodus lineatus. This study analyzed microsatellite loci and mitochondrial haplotypes in samples of P. lineatus obtained in different years along the Cinzas River basin, as well as in the Capivara Reservoir (largest Reservoir in the Paranapanema main channel, upper Paraná River) and in the Tibagi River, all connected by free stretches, aiming to investigate the contributions of the Cinzas River basin to the population dynamics of migratory fish in the Capivara reservoir region. Both markers detected high genetic diversity levels and indicated different genetic stocks of P. lineatus along the Cinzas River basin, suggesting some temporal genetic structuring, as well as the mixture of these stocks in the sample from the Capivara reservoir and from other points, corroborating the relationships among stocks in this reservoir and its tributaries. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Cnesterodon hypselurus is a small fish that has a restricted distribution in southern Brazil, including headwaters of the Tibagi and Itararé river basins (Upper Paraná River). This study reported C. hypselurus in a headwater of Cinzas River basin, where there were no previous records of this species, and employed microsatellite loci and mitochondrial haplotypes in a population genetic analysis. A total of 57 specimens was analyzed, including 30 from Cinzas River basin, 25 from Itararé River basin and two from Tibagi River basin. Results indicated low genetic diversity levels (HE = 0.334 and h = 0.246) for the sample from Cinzas River, suggesting reflections of a founder effect after the species had dispersed from one watershed to another, possibly by headwater captures. Since different populations were detected between the Cinzas and Itararé rivers (DEST = 0.248, P-value < 0.05) and other occurrence sites are still unknown in the Cinzas River basin, the data herein have great relevance and should be taken into account in future management and conservation actions, as well as in evolutionary studies of C. hypselurus. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Molecular markers can be used to monitor genetic variability in cultivated fish stocks with the aim of developing better aquaculture techniques and increasing productivity. In view of the above, the objective of the present work was to evaluate the genetic variability in pirarucu broodstocks in fish farms in the southeast and northeast of the of Pará state, Brazil. The samples were genotyped using four microsatellite markers, and genetic diversity indices were calculated for each broodstock. A total of 16 alleles were identified from the four loci tested in the 33 pirarucu samples, with means of 3.00, 2.75, and 2.25 alleles per locus in broodstocks from Tucumã, Parauapebas, and Moju municipalities, respectively. The Parauapebas broodstock had the highest mean observed heterozygosity. In the broodstocks from Tucumã and Parauapebas, the markers AgCAm16 and AgCAm18 were not at Hardy-Weinberg equilibrium. This pilot study showed that there were considerable losses of genetic variability in pirarucu breeding centers in the municipalities of Tucumã, Parauapebas and Moju compared to the variability in the natural populations of this fish species. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

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Eugenia involucrata DC. is a forest species with high environmental and economic potential. The objective of this study was to quantify the genetic variability and analyzed the genetic structure of three natural fragments located in the central region of the Rio Grande do Sul state, Brazil. We used four microsatellite loci developed for the congener species Eugenia uniflora and using GenAlEx 6.5 software, parameters of genetic variability and its partition among and within fragments were estimated for each locus. We observed high levels of genetic variability (3.67 alleles per locus; HO = 0.815; HE = 0.625; FIS = −0.294), most of which (93%) were distributed within the fragments, suggesting that these individuals came from a single original population. Gene flow between fragments was high (2.35 to 4.56 migrants per generation), resulting in low genetic differentiation indexes (FST values ranging from 0.052 to 0.096). The fragments showed high genetic variability, distributed within the remnants themselves, and low genetic differentiation. Our results have repercussions for planning locally adapted germplasm collections for forest restoration programs, thereby avoiding the implantation of populations with an exogamous depression. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

A Genética de Populações[1] se apresenta como um campo híbrido do conhecimento, visto que é perpassado por questões referentes à Genética e à Evolução, áreas consideradas desafiadoras devido as diferentes dificuldades que vêm sendo apontadas pela literatura no âmbito do ensino. De igual modo, a GP se mostra desafiadora, porém, com um adicional: há pouco espaço para os seus conteúdos em instâncias educacionais. Partindo do pressuposto que a GP ocupa, portanto, um não-lugar, no presente trabalho buscamos discutir a esse respeito. Para isso, mobilizamos noções e princípios da Análise de Discurso de linha francesa pecheutiana, principalmente com base nos estudos de Eni Orlandi e em pesquisas voltadas para o ensino de Ciências que se debruçam sobre questões da linguagem. Para tal, mobilizaremos, principalmente, a noção de silêncio. A partir da escolha do livro didático como exemplo de materialidade que pode nos dar indícios desse não-lugar, nossas reflexões delineiam alguns dos possíveis mecanismos que nos levam a crer que há uma falta de pertencimento da GP no ensino de Ciências e de Biologia. Assim, com base nessas problematizações, apontamos para algumas implicações que essas formas do silêncio podem ter na apropriação dos discursos/conteúdos (sócio)científicos[2].

The genetics of human populations is the branch of Genetics that studies the dynamics of genes in natural populations, aiming at the elucidation of mechanisms that alter their genetic composition. Among the fundamentals of this science is the Hardy-Weinberg Equilibrium, which determines that gene frequencies remain unchanged and genotypic proportions reach a stable balance, obtaining the same constant relation with each other over time. To demonstrate this principle, it is necessary to admit that the studied population is not subject to evolutionary factors or to those that alter genotypic frequencies, increasing the homozygosity. More specifically, it is necessary to assume that the population obeys the following premises: random mating, infinite population, non-overlapping generations, in addition to the absence of mutation, selection and migration. More than recalling basic concepts of Genetics and Statistics, this article aims to describe the Bernstein Method for verifying the gene equilibrium for blood types. The research is concluded with a case study in the city of Engenheiro Coelho - SP, where the Hardy-Weinberg Equilibrium for blood types in the population is verified. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

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ABSTRACT Brycon nattereri is an endangered Neotropical fish reported along conserved stretches of the upper Paraná, Tocantins and São Francisco rivers. Populations of this species have been very rare in some Paraná River sub basins. This study analyzes the genetic diversity and population structure of B. nattereri in a restricted area of occurrence recently identified in upper Paraná River basin. Seven microsatellite loci and 497 bp of D-Loop mitochondrial region were examined in 92 individuals from four points along the area of occurrence. Both molecular markers indicated a single population distributed along a stretch of the river approximately 80 km long. Although some of the data suggest an ancient bottleneck, current levels of genetic diversity (H E = 0.574 and h = 0.616) were similar to those of other species of the genus Brycon. The results suggest that the population of B. nattereri has been able to maintain satisfactory levels of genetic diversity, in spite of the small area of occurrence. These data have highlighted an important conservation area and action may prove essential to improve the quality of the environment, and especially the water and riparian plant life, if the area is to be managed and conserved efficiently.

Samples of 168 maté trees (Ilex paraguariensis) from four natural populations of different states of Brazil (Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná and Mato Grosso do Sul) were analyzed for their variability in storage proteins seed, which were used to estimate the degree of differentiation among and within species, because are relatively stable during evolution. Data on band presence/absence from 80 different polypeptides were used to perform similarity coefficient of Jaccard. A high level of genetic variability was reported within sampled populations (SJ intra=0.374). Lower levels of diversity were observed between populations (SJ inter=0.308). Total genetic diversity of maté was Hsp=0.264 estimated by Shannon measure. Partition of that value disclosed that 95 % of the total diversity is within-population, and only 5% to between-populations. The phenogram based on King's distances indicates a certain degree of geographic differentiation. This represents the first study on storage protein variability in I. paraguariensis and guides the choice of the specimens to increment germoplasm banks and genetic improvement programs. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Brycon nattereri is an endangered Neotropical fish reported along conserved stretches of the upper Paraná, Tocantins and São Francisco rivers. Populations of this species have been very rare in some Paraná River sub basins. This study analyzes the genetic diversity and population structure of B. nattereri in a restricted area of occurrence recently identified in upper Paraná River basin. Seven microsatellite loci and 497 bp of D-Loop mitochondrial region were examined in 92 individuals from four points along the area of occurrence. Both molecular markers indicated a single population distributed along a stretch of the river approximately 80 km long. Although some of the data suggest an ancient bottleneck, current levels of genetic diversity (HE = 0.574 and h = 0.616) were similar to those of other species of the genus Brycon. The results suggest that the population of B. nattereri has been able to maintain satisfactory levels of genetic diversity, in spite of the small area of occurrence. These data have highlighted an important conservation area and action may prove essential to improve the quality of the environment, and especially the water and riparian plant life, if the area is to be managed and conserved efficiently. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

A genética de populações estuda o comportamento das frequências genotípicas e alélicas no decorrer do tempo em populações, bem como os eventos que podem modificá-las. Com a finalidade de realizar aplicações de Matemática em Biologia, este trabalho exibe quatro modelos matemáticos que expressam o comportamento das frequências gênicas em populações que não possuem a preseça de seleção natural. Assim, foram utilizadas noções de probabilidade, estatística e equações de diferenças como ferramentas principais na modelagem. O primeiro modelo a ser apresentado foi o modelo básico, que contou com cinco premissas iniciais. Já os demais modelos foram construídos alternando essas premissas. Por fim, para a análise dos modelos, foi avaliada a possibilidade de contemplação do equilíbrio de Hardy-Weinberg, o que reafirmou a ocorrência do equilíbrio apenas para populações que não possuem mutação, seleção natural ou migração.

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Um dos grandes desafios para o sistema agropecuário é estabelecer a produção agrícola aliada à conservação dos recursos genéticos, principalmente visando à proteção de Áreas de Preservação Permanente. Nesse contexto, mulungu (Erythrina velutina Willd), entre outras espécies nativas, vem sofrendo com as pressões antrópicas nos mais diversos ecossistemas, o que causa reduções em sua base genética. Este trabalho foi realizado com o objetivo de utilizar parâmetros ecológicos e genéticos populacionais como indicadores de sustentabilidade em duas populações naturais de mulungu, situadas em áreas de floresta ciliar, no Estado de Sergipe, bem como avaliar a tendência à sustentabilidade delas, visando à conservação genética da espécie. Utilizou-se a matriz de Pressão-Estado-Impacto/Efeito-Resposta (PEI/ER) com a seleção de 13 indicadores, a partir do uso de marcadores moleculares RAPD e bioquímicos (enzimas) nas populações, de modo a apresentá-los como informações relevantes para medir o progresso quanto à sustentabilidade e conservação de mulungu. As populações estudadas apresentaram baixa tendência à sustentabilidade, necessitando de estratégias para mudança desse status.

Neste artigo examino como geneticistas contemporâneos que pesquisam a história e a configuração da população brasileira interagem com outras disciplinas. Para tanto, tomei como estudo de caso artigos publicados por geneticistas que investigam a presença de variantes da hemoglobina S no Brasil, os quais pretendem claramente contribuir para a análise de questões como escravidão ou identidade étnica no país. Contrastando esses estudos com trabalhos contemporâneos da história e das ciências sociais, problematizo a centralidade explanatória da “origem” nos estudos genéticos analisados, bem como a falta de interação com questões epistemológicas de outras áreas do saber.

Os estudos de diversidade genética em populações naturais são imprescindíveis para a elaboração de estratégias de conservação. Assim, este trabalho foi realizado com o objetivo de caracterizar geneticamente, por meio de marcadores Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), populações naturais de Ziziphus joazeiro Mart., localizadas na região do Baixo São Francisco sergipano. Foram empregados 20 oligonucleotídeos e, a partir do polimorfismo observado, foram estimadas a porcentagem de polimorfismo, a variabilidade genética e a similaridade genética (Sgij), por meio do coeficiente de Jaccard. O teste de Mantel foi realizado para avaliar a correlação entre a similaridade genética e a distância geográfica; sendo o fluxo gênico também estimado. O polimorfismo observado nas populações de Z. joazeiro variou de 58,1 a 66,5% e a similaridade genética, de 44 a 54%. A similaridade genética não está correlacionada com a distância geográfica, e os valores observados para o índice de diversidade genética de Nei, para o índice de Shannon e para os parâmetros HS, HT e GST foram considerados altos e semelhantes aos encontrados em outras espécies arbóreas. A porcentagem de locos polimórficos foi considerada baixa. Maior identidade genética foi encontrada entre as populações de Canindé do São Francisco e Santana do São Francisco; e a maior distância genética entre as populações de Canhoba e Canindé do São Francisco. O fluxo gênico foi maior que 1. Com base nos resultados, pode-se afirmar que há alta variabilidade genética entre as populações e que estas podem estar geneticamente estruturadas.

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Genetic variability of a population of Aedes aegypti from Paraná, Brazil, using the mitochondrial ND4 gene. To analyze the genetic variability of populations of Aedes aegypti, 156 samples were collected from 10 municipalities in the state of Paraná, Brazil. A 311 base pairs (bp) region of the NADH dehydrogenase subunit 4 (ND4) mitochondrial gene was examined. An analysis of this fragment identified eight distinct haplotypes. The mean genetic diversity was high (h = 0.702; p = 0.01556). AMOVA analysis indicated that most of the variation (67%) occurred within populations and the F ST value (0.32996) was highly significant. F ST values were significant in most comparisons among cities. The isolation by distance was not significant (r = -0.1216 and p = 0, 7550), indicating that genetic distance is not related to geographic distance. Neighbor-joining analysis showed two genetically distinct groups within Paraná. The DNA polymorphism and AMOVA data indicate a decreased gene flow in populations from Paraná, which can result in increased vectorial competence.

En todas las sociedades se encuentran múltiples maneras de clasificar la ascendencia y descendencia de cada persona. Además de los vínculos establecidos desde el nacimiento y de los adquiridos, las relaciones de parentesco tienen un correlato biológico que permite definir linajes. Se emplearon técnicas de análisis molecular para caracterizar el perfil genético de la comunidad de Azampay, Catamarca. Los objetivos fueron establecer porcentajes y aportes diferenciales de componentes americanos y extra-americanos en esta población con mezcla génica, reconstruir su historia migratoria y cotejar los linajes moleculares con genealogías basadas en registros oficiales y relatos orales. Entre los haplogrupos masculinos, 88 % tuvieron procedencia foránea, mientras que 100% de los antepasados femeninos fueron amerindios. La migración laboral es una estrategia económica establecida, estando la crianza de nietos a cargo de sus abuelos. Es la vía de introducción de nuevos linajes moleculares, sin registrar siempre un correlato en la cantidad de apellidos.Em todas as sociedades humanas encontran-se diversas maneiras de classificar a ascendência e descendência de cada pessoa. Além das ligações estabelecidas no nascimento e das adquiridas ao longo da vida, as relações familiares têm um correlato biológico que permite definir linhagens. Nosso trabalho apresenta resultados obtidos por meio de técnicas de análise molecular visando caracterizar o perfil genético da atual comunidade de Azampay, Catamarca. Os objetivos principais foram determinar os diferentes componentes e aportes das linhagens americanss e extra-americanos nesta população mestiça, reconstruir a história migratória y comparar essas linhagens moleculares com as genealogias basadas em registros oficiais e histórias orais. Entre os haplogrupos masculinos, 88% tiveram origem forânea, enquanto que 100% dos antepassados femininos foram ameríndios A migração laboral é uma estratégia econômica estabelecida, sendo os netos educados pelos avós. É a via da introdução para novas linhagens moleculares, sem registrar sempre um correlato em a quantidade de sobrenomes.In human societies around the world there are several ways to classify the ancestors and descendants of each person. Family relationships are constructed during the life of each individual, but also have a biological basis that allows defining and reconstructing lineages. We have characterized the genetic profile of the Azampay community in Catamarca through molecular analysis techniques. The objective was to identify the American and Non American components in this population, to reconstruct the migration history and compare the molecular lineages with genealogies based on official records and oral history. Among male haplogroups, 88 % have foreign origin, while 100% of the female ancestors are Native Americans. Seasonal labor migration is an established economic strategy, during which the children are raised by their grandparents. This represents the way of introducing new molecular lineages, but it does not always register a correlation in the number of surnames.

A estrutura genética de Aspidosperma polyneuron Muell Arg. (Apocynaceae)foi estudada utilizando a análise de marcadores microssatélites, nas localidades de Bauru,Gália, Avaré, Piracicaba, Valinhos, Teodoro Sampaio, Botucatu, Porto Ferreira, municípiosdo Estado de São Paulo, e Selvíria (Mato Grosso do Sul) onde foram coletadas folhas paraextração de DNA da população de cada local. Foram obtidos sete locos polimórficos e quatromonomórficos. Analisando os locos polimórficos, observou-se que o número de alelosvariou de dois a seis, que demonstraram uma alta heterozigosidade (ho = 0,5209). Em oitopopulações estudadas, os coeficientes de fixação f foram negativos com média de -0,0173 dasnove populações e a fixação total F foi 0,1034, enquanto o valor de coancestralidade θ p entrepopulações foi 0,1187. Foram também obtidos valores de fixação dentro de populações FIS(-0,0669), fixação total FIT (0,0747) e fixação genética entre populações com FST (0,1343) eGST (Hedrick) (0,4875). O fluxo gênico médio obtido Nm foi 1,6121. Exibe estrutura genéticatípica de espécie alógama, com baixo coeficiente de endogamia e alta heterozigosidade, comisolamento entre populações. A população Piracicaba indicou a maior erosão genética eisolamento; as outras populações ainda mostram a variabilidade original para coletas visandoà conservação e melhoramento genético.The genetic structure of Aspidosperma polyneuron Muell Arg. (Apocynaceae)was studied with SSR marker analysis, in Bauru, Gália, Avaré, Piracicaba, Valinhos, TeodoroSampaio, Botucatu, Porto Ferreira (São Paulo State cities), and Selvíria city (Mato Grosso doSul State), where leaves were collected for extracting DNA from the population of each site.Seven polymorphic and four monomorphic loci were obtained. Analyzing polymorphic loci,allele number ranged from two to six alleles, and showed high heterozigosity (ho = 0.5209).In eight populations the endogamy inbreeding coefficient f was negative, the nine populationsaverage was -0.0173, and total inbreeding coefficient F was 0.1034, meanwhile the coancestryvalue θ p among populations was 0.1187. Values of fixation within population FIS (-0.0669),total inbreeding FIT (0.0747), genetic fixation among populations with FST (0.1343) andGST (Hedrick) (0.4875) index were also obtained. The average gene flow Nm was 1.6121.It displays genetic structure typical of allogamous species with low inbreeding coefficientand high heterozygosity, with isolation between populations. Piracicaba population showedthe greatest genetic erosion and isolation, the other populations still remain the originalvariability for collections aiming conservation and breeding.

O equilíbrio de Hardy-Weinberg é um dos principais assuntos estudados pela Genética de populações. Neste contexto, o presente trabalho aborda a análise e a comparação bayesiana de modelos utilizando o coeficiente de desequilíbrio (D A). Para isso, realizou-se um estudo de simulação no qual as seguintes distribuições a priori foram consideradas: Dirichlet (modelo 1); beta - função degrau uniforme (modelo 2); uniforme - função degrau uniforme (modelo 3); e as prioris independentes uniformes (modelo 4). Exemplos de aplicação a dados reais de grupos raciais também são apresentados e discutidos. As amostras das distribuições marginais a posteriori para os parâmetros de interesse foram obtidas mediante o algoritmo Metropolis-Hastings, o qual foi implementado no software livre R. A convergência das cadeias geradas por este algoritmo foi monitorada pelos critérios de Geweke e Gelman & Rubin, os quais estão implementados no pacote BOA do R. Quanto às comparações entre os modelos, efetuadas por meio do fator de Bayes, observa-se que, para os dados simulados, o modelo 4 é o mais indicado para os casos de D A=0,146, D A=0,02 e D A=-0,02 com n=200; o modelo 2 é o mais indicado para D A=-0,02 e n=50 e o modelo 3 é o mais indicado para D A=-0,02 e n=1000. Para os dados reais, em cada caso analisado, nota-se uma grande diferenciação na escolha de modelos, em que apenas o modelo 1 não é recomendado.One of the main subjects studied by population genetics is the Hardy-Weinberg equilibrium. In this context, this paper addresses the analysis and comparison of bayesian models used in its evaluation by the coefficient of disequilibrium. For this, it was carried out a simulation study in which the following prior distributions were considered: Dirichlet (model 1), beta - uniform step function (model 2), uniform - uniform step function (model 3) and independent uniform priors (model 4). Examples of application to real data for racial groups are presented and discussed. Samples from the marginal posterior distributions for parameters of interest were obtained by Metropolis-Hastings algorithm, which was implemented in the software R. The convergence of the chains generated by this algorithm was monitored by criteria of Geweke and Gelman & Rubin, which are implemented in the BOA package R. Regarding comparisons between models, performed using the Bayes factor, it was observed that model 4 is the most suitable for the cases of D A=0.146, D A=0.02 and D A=-0.02 with n=200, the model 2 is the most suitable for D A=-0.02 with n=50 and the model 3 is the most suitable for D A=-0.02 and n=1000. For real data, in each case examined, there is a large difference in choice of models, where model 1 is the only one not recommended.

The shrimp industry has grown significantly over the past 10 years in Brazil, especially the farmed production of the exotic Pacific white shrimp, Litopenaeus vannamei. In 2004, this industry was marked by a productivity crisis, which stirred interest towards genetic improvement of shrimp stocks. Shrimp breeders importation was banned in Brazil by a govern Normative Instruction in 1997, as a sanitary precaution. Since then, broodstock replacement in hatcheries has been based on domestic stocks, raising concerns on the decline of genetic diversity and if the existing diversity would allow effective genetic improvement programs. In the present research, genetic parameters such as number of alleles, effective allele number, expected and observed heterozygosities, inbreeding coefficient, genetic differentiation index and deviation from Hardy-Weinberg equilibrium have estimated of two important commercial hatcheries in Northeast Brazil, genotyping 5 microsatellite loci. Effective allele number (3 to 10.5) and average observed and expected heterozygosities (0.480 and 0.680) were consistent with those reported for cultured and wild Penaeid populations. However, F IS positive values (0.381 for hatchery A and 0.249 for hatchery B) reflected a significant heterozygous deficiency within hatcheries (PA carcinicultura cresceu significativamente no Brasil ao longo dos últimos 10 anos, especialmente a produção do camarão branco do Pacífico, o exótico Litopenaeus vannamei. Em 2004, a atividade foi marcada por uma crise na produção, que despertou interesse na implantação de programas de melhoramento dos estoques de camarão. A importação de crustáceos foi banida do Brasil por uma Instrução Normativa de 1997, como uma medida de precaução sanitária. Desde então, a reposição de matrizes nas larviculturas passou a ser conduzida com estoques domesticados, gerando preocupações sobre o possível declínio da diversidade genética e sobre a possibilidade de que a diversidade genética existente pudesse garantir ganhos efetivos em programas de melhoramento. No presente trabalho, parâmetros genéticos, tais como número de alelos, número de alelos efetivos, heterozigosidade esperada e observada, coeficiente de consanguinidade, coeficiente de diferenciação genética e desvio do equilíbrio de Hardy-Weinberg, foram estimados para duas importantes larviculturas comerciais do Nordeste do Brasil, por meio da genotipagem de cinco marcadores microssatélites. O número de alelos efetivos (3 a 10,5) e as heterozigosidades médias observada e esperada (0,480 e 0,680) foram consistentes com aqueles relatados para populações de peneídeos de cativeiro e selvagens. Entretanto, valores positivos de F IS (0,381 para a larvicultura A e de 0,249 para a larvicultura B) mostraram uma deficiência significativa de heterozigotos (P

The diagnosis and incidence of spinocerebelar ataxias (SCA) is sometimes difficult to analyze due the overlap of phenotypes subtypes and are disorders of mutations caused by CAG trinucleotide repeat expansion. To investigate the incidence of the SCA in Southern Brazil, we analyzed the trinucleotide repeats (CAG)n at the SCA1, SCA2, SCA3, SCA6 and SCA7 loci to identify allele size ranges and frequencies. We examined blood sample from 154 asymptomatic blood donors and 115 individuals with progressive ataxias. PCR products were submitted to capillary electrophoresis. In the blood donors, the ranges of the five loci were: SCA1, 19 to 36 (CAG)n; SCA2, 6 to 28 (CAG)n; SCA3, 12 to 34 (CAG)n; SCA6, 2 to 13 (CAG)n; and SCA7, 2 to 10 (CAG)n. No deviations from Hardy-Weinberg equilibrium were detected. In the ataxia group, we found (CAG)n above the range of the asymptomatic blood donors in SCA3 (21.74%) followed by SCA2 (5.22%), SCA7 (2.61%), SCA6 (0.87%), and no cases of SCA1. The remaining 80 cases (69.56%) have different diagnoses from the type here studied. These data defined the alleles and their frequencies, as well as demonstrated their stability in the population not affected. The molecular diagnosis test confirmed the clinical diagnosis in 28/45 cases and classified another 7/70 from the clinical unclassified ataxias group.A incidência e o diagnóstico das ataxias espinocerebelares (SCA) é algumas vezes difícil de avaliar devido a sobreposição dos diversos subtipos e por algumas serem devido a mutações das expansões do mesmo trinucleotídeo CAG. Para investigar a incidências das SCA no sul do Brasil, analisamos as repetições do trinucleotídeo (CAG)n nos loci das SCA1, SCA2, SCA3, SCA6 e SCA7, a fim de identificar os seus limites e freqüência. Examinamos o sangue de 154 doadores de sangue assintomáticos e 115 pacientes com ataxias progressivas. O produto do PCR do sangue foi submetido a eletroforese capilar. Nos doadores de sangue, as expansões encontradas nos cinco loci foram: SCA1, 19 a 36 (CAG)n; SCA2, 6 a 28 (CAG)n; SCA3, 12 a 34 (CAG)n; SCA6, 2 a 13 (CAG)n; and SCA7, 2 a 10 (CAG)n. Não foi detectado desequilíbrio na equação de Hardy-Weinberg. No grupo das ataxias encontramos repetições CAG acima das freqüências dos doadores de sangue na SCA3 (21,7%), seguido da SCA2 (5,22%), SCA7 (2,61%), SCA6 (0,8%) e não foi encontrado nenhum caso de SCA1. Os 80 casos restantes (69,56%) devem ter uma forma de ataxia diferente das aqui estudadas. Esses dados definem os alelos e suas freqüências, bem como demonstram a sua estabilidade na população não afetada. O diagnóstico molecular confirmou o diagnóstico clínico em 28/45 dos casos e permitiu classificar outros 7/70 que pertenciam ao grupo de ataxias clinicamente não classificadas.

This study aimed to evaluate the genetic variability among individuals of a base population of Eucalyptus grandis and to build a molecular marker database for the analyzed populations. The Eucalyptus grandis base population comprised 327 individuals from Coff's Harbour, Atherton and Rio Claro. A few plants came from other sites (Belthorpe MT. Pandanus, Kenilworth, Yabbra, etc.). Since this base population had a heterogeneous composition, the groups were divided according to geographic localization (latitude and longitude), and genetic breeding level. Thus, the influence of those two factors (geographic localization and genetic breeding level) on the genetic variability detected was discussed. The RAPD technique allowed the evaluation of 70 loci. The binary matrix was used to estimate the genetic similarity among individuals using Jaccard's Coefficient. Parametric statistical tests were used to compare within-group similarity of the means. The obtained results showed that the base population had wide genetic variability and a mean genetic similarity of 0.328. Sub-group 3 (wild materials from the Atherton region) showed mean genetic similarity of 0.318. S.P.A. (from Coff's Harbour region) had a mean genetic similarity of 0.322 and was found to be very important for maintenance of variation in the base population. This can be explained since the individuals from those groups accounted for most of the base population (48.3% for it). The base population plants with genetic similarity higher than 0.60 should be phenotypically analyzed again in order to clarify the tendency of genetic variability during breeding programs.Este estudo visou avaliar a variabilidade e distância genética dentro de uma população-base de melhoramento genético de Eucalyptus grandis. A avaliação da variabilidade genética tem como objetivos principais analisar a base genética da população-base e montar um banco de dados marcadores moleculares da população em análise. Essa população é formada por 327 indivíduos, principalmente das procedências de Coff's Harbour, Atherton e Rio Claro. Devido à heterozigosidade natural dessa população, ela pode ser dividida em diversas subpopulações, de acordo com a latitude e longitude de origem; e dentro de subpopulações, em função do grau de melhoramento genético já realizado do material analisado no Brasil. Isso permitiu avaliar quanto da variabilidade detectada dentro da população-base foi devido a esses fatores: procedência e grau de melhoramento. A aplicação da técnica RAPD permitiu avaliar 70 locos polimórficos, que foram analisados utilizando-se o coeficiente de Jaccard, o que resultou em matrizes de similaridade genética entre os indivíduos. Os dados de similaridade genética posteriormente foram submetidos à análise estatística. Osdados indicaram que a população-base apresenta ampla base genética, com média de similaridade genética de 0,328. O subgrupo denominado Região 3, composto por material selvagem da macrorregião de Atherton, juntamente com material de APS da macrorregião de Coff's Harbour, foi um dos que mais contribuíram para a ampla base genética da população-base. Foi possível detectar diferença estatística entre as populações selvagens das procedências de Atherton e Coff's Harbour, assim como entre essas procedências e a de Rio Claro.

Atividades de conservação e melhoramento genético requerem medidas de tamanho efetivo para manutenção e controle do potencial evolutivo das populações sob manipulação. Populações naturais são, muitas vezes, estruturadas e, conseqüentemente, podem apresentar algum grau de endogamia e parentesco. O objetivo deste trabalho foi descrever um simples estimador de tamanho efetivo de endogamia para populações de espécies monóicas com qualquer nível de endogamia e parentesco. O estimador foi derivado, assumindo-se que a endogamia é a mesma em todos os indivíduos da população. Ele pode ser utilizado em populações com pedigree conhecido ou o parentesco médio entre pares de indivíduos da população-alvo pode ser estimado a partir de dados de marcadores genéticos co-dominantes. Um exemplo é dado onde o estimador é aplicado em uma população de uma espécie arbórea monóica, Euterpe edulis.Conservation and genetic improvement activities require measures of effective size in order to maintain and control the evolutive potential of the populations under manipulation. Natural populations are sometimes structured and thus levels of endogamy and relatedness can exist. The aim of this work is to describe an estimator for the inbreeding effective population size of monoecious species populations with any level of endogamy and relatedness. The estimator was derived assuming that endogamy is the same in all individuals of the population. This can be used in populations with known pedigree or the average of the relatedness between pairwise individuals of target populations can be estimated by codominant genetic markers. An example is given in which the estimator is applied to a natural population of a monoecious tree species, Euterpe edulis.

Marcadores isoenzimáticos ou moleculares têm sido empregados em estudos da estrutura genética e do sistema reprodutivo de populações naturais. Parâmetros genéticos populacionais de interesse são estimados, porém, há pouca informação sobre o erro associado a essas estimativas em função dos diferentes níveis de amostragem. Neste trabalho, o método de reamostragem bootstrap foi aplicado sobre locos, indivíduos, populações e indivíduos e populações concomitantemente, em dados de populações naturais. Para os parâmetros índice de fixação total (F ), índice de fixação intrapopulacional ( f ), diversidade entre populações (teta) e taxa aparente de cruzamento (t a) foram obtidos, em função das fontes de reamostragem, os erros associados às estimativas desses parâmetros, a distribuição de empírica dessas estimativas e intervalos de confiança para tais parâmetros. Geralmente, os menores erros estão associados a , e verificou-se que apenas as distribuições empíricas de e tendem à normalidade quando indivíduos estão envolvidos na reamostragem. Foram feitas reamostragens com tamanho variável de amostras bootstrap, visando obter o número necessário de locos, indivíduos e populações para atingir um dado nível de precisão na estimação de F, f e teta. Em geral, os tamanhos amostrais utilizados nas pesquisas com populações naturais foram suficientes apenas para estimar teta, com a precisão estabelecida. A fonte de variação de locos foi responsável pelos maiores erros associados a e , sendo recomendável aumentar o número de locos em pesquisas dessa natureza. A amostragem de populações também deverá merecer atenção no planejamento de pesquisas futuras.

Background: genetic improvement in Colombia is limited by the lack of phenotypical and genealogical information. Additionally, molecular markers are important tools for studying the genetic structure of populations. Objective: to determine the structure of a population of Holstein cows in Antioquia, Colombia. Methods: a population of 1,800 animals distributed over 178 herds in 11 municipalities of Antioquia (Colombia) was genotyped using PCR-RFLP for gene polymorphisms of bovine growth hormone, kappa casein, prolactin, and BoLA DRB3.2. Population structure parameters, such as all Wright's F-statistics, were calculated and Hardy Weinberg equilibrium was determined. Analysis of molecular variance was carried out and Nei distances were estimated to determine population differentiation. Results: the total population was in Hardy Weinberg equilibrium for the four genes; however, kappa casein gene was in disequilibrium in some of the populations. Genetic structure of populations shows little genetic differentiation between them. Furthermore, a trend for outcrossing was found in most populations; this may be due to incorporation of imported semen into Colombia's dairy farms. The most genetically distant populations were in Marinilla and Rionegro municipalities due to their technological level and geographic location, which places them outside the scope of artificial insemination programs with foreign semen. Conclusions: the genetic similitude between populations of Holstein cows in Antioquia is due to their geographic proximity; therefore, their management of genetic conditions is very similar. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

We present here a review of the use of molecular markers and cytogenetic data, applied to the detection of plant biodiversity. We mentioned a few examples of application of these tools in the investigation of taxa belonging to the families of monocotyledonous Iridaceae and Poaceae, which are the subject of scientific research of the authors of this review. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

O presente estudo objetivou estimar parâmetros genéticos e a variabilidade entre e dentro de procedências, para caracteres silviculturais em um teste de procedências e progênies de Handroanthus vellosoi (Toledo) Mattos estabelecido na Estação Experimental de Luiz Antônio (SP). O teste foi instalado no delineamento experimental de blocos de famílias compactas, com duas procedências (alocadas nas parcelas), seis repetições e sub-parcelas lineares de cinco plantas, totalizando 35 progênies. O ensaio foi mensurado para os caracteres diâmetro à altura do peito, altura de planta, volume cilíndrico, forma do fuste e sobrevivência aos 24 anos de idade. Diferenças significativas entre procedências foram observadas apenas para o caráter forma do fuste. Pela análise de deviance foram detectadas diferenças significativas para o efeito de progênies para análise conjunta das procedências (população experimental), sugerindo que esta tem alta variação genética e indicando possibilidade de melhoramento genético pela seleção das melhores progênies. A estimativa de herdabilidade em nível individual e média de progênies variaram de baixa a moderada (26% para DAP, 32% para altura, 24% para volume cilíndrico, 27% para forma do fuste e 46% para sobrevivência), confirmando a possibilidade de melhoramento genético por seleção e que as procedências tem potencial para responder à pressão de seleção natural.

Os antígenos HLA- A e B são glicoproteínas de superfície celular, expressos em todas as células nucleadas e responsáveis pela apresentação dos antígenos aos linfócitos T durante o desenvolvimento da resposta imune. Estes antígenos são codificados pelos genes do sistema HLA, o qual caracteriza-se por ser o sistema humano com maior polimorfismo. As especificidades HLA variam entre os diferentes grupos populacionais e étnicos. A população brasileira é decorrente de grande mistura racial. Neste trabalho, as freqüências fenotípicas, gênicas e haplotípicas das especificidades HLA- A e B foram determinadas em indivíduos brancos, saudáveis e não relacionados, das regiões de Curitiba e Norte/Noroeste do Estado do Paraná, e comparações entre a distribuição das especificidades em ambos os grupos foram realizadas. As tipificações HLA foram realizadas pela técnica de microlinfocitotoxicidade. As freqüências HLA foram características do grupo étnico caucasóide, porém miscigenação maior foi observada na população da região norte/noroeste

A mangabeira (Hancornia speciosa Gomez) é uma frutífera freqüentemente encontrada no cerrado brasileiro, bioma para o qual são escassas informações sobre a variabilidade genética de populações naturais. Sendo assim, o objetivo deste estudo foi a identificação de marcadores RAPD polimórficos que possibilitem a caracterização da estrutura genética de populações da espécie. A partir do DNA extraído de seis genótipos, foram analisados 45 "primersâ€?, sendo 10 deles polimórficos, com os quais foram obtidos 60 locos polimórficos. Para se determinar o número mínimo de locos necessários para estudos moleculares em populações naturais de H. speciosa, utilizou-se o procedimento bootstrap para estimar o coeficiente de variação associado a número crescente de bandas. Tal parâmetro é estimado a partir do coeficiente de similaridade "simple matchingâ€? e suas respectivas dissimilaridades procedendo-se 1000 permutações. Os coeficientes de variação (y) obtidos foram relacionados com o número de locos (x) ajustando-se uma função potência do tipo y = axb. O número mínimo de locos foi determinado encontrando-se o valor de x correspondente ao ponto de curvatura máxima da equação ajustada. Verificou-se que, em pesquisas visando o número adequado de locos para alcançar uma dada precisão e tendo-se medidas de dissimilaridade ou similaridade, é recomendável utilizar, sempre a de maior média. Estes estudos permitirão investigar a divergência genética entre populações, contribuindo assim para pesquisas futuras sobre sua preservação e domesticação.

The present study aimed at estimating genetic parameters and variability among and within provenances for silvicultural traits of Handroanthus vellosoi (Toledo) Mattos, in provenances and progenies test stands, located at the Luiz Antônio Experimental Station (São Paulo State, Brazil). The test was established in the compact family block design, with two provenances (allocated in the plots), six replicates and sub-linear plots of five plants, totalizing 35 progenies. Diameter at breast height (DBH), plant height, cylindrical volume, stem form and survival at 24 years of age were evaluated. Significant differences among the provenances were observed only to the trait stem form. The analysis of deviance showed significant differences among progenies for the joint analysis of the provenances (experimental population), suggesting that the population has high genetic variation and indicating the possibility of genetic improvement by selection of the best progenies. Heritability estimates in individual and family level ranged from low to moderate (26% for DBH, 32% for plant height, 24% for cylindrical volume, 27% for form and 36% for survival), confirming the possibility of genetic improvement by selection and that the provenances have potential to respond to the pressure of natural selection. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

The shrimp industry has grown significantly over the past 10 years in Brazil, especially the farmed production of the exotic Pacific white shrimp, Litopenaeus vannamei. In 2004, this industry was marked by a productivity crisis, which stirred interest towards genetic improvement of shrimp stocks. Shrimp breeders importation was banned in Brazil by a govern Normative Instruction in 1997, as a sanitary precaution. Since then, broodstock replacement in hatcheries has been based on domestic stocks, raising concerns on the decline of genetic diversity and if the existing diversity would allow effective genetic improvement programs. In the present research, genetic parameters such as number of alleles, effective allele number, expected and observed heterozygosities, inbreeding coefficient, genetic differentiation index and deviation from Hardy- Weinberg equilibrium have estimated of two important commercial hatcheries in Northeast Brazil, genotyping 5 microsatellite loci. Effective allele number (3 to 10.5) and average observed and expected heterozygosities (0.480 and 0.680) were consistent with those reported for cultured and wild Penaeid populations. However, FIS positive values (0.381 for hatchery A and 0.249 for hatchery B) reflected a significant heterozygous deficiency within hatcheries (P<0.01). Nevertheless, we concluded that even after ten years of limited genetic input, it has been possible to maintain a high level of genetic variability, possibly due to the wide diverse origin of the founder broodstocks and the constant breeders exchange among hatcheries. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Copyright of Arquivos de Neuro-Psiquiatria is the property of Thieme Medical Publishing Inc. and its content may not be copied or emailed to multiple sites or posted to a listserv without the copyright holder's express written permission. However, users may print, download, or email articles for individual use. This abstract may be abridged. No warranty is given about the accuracy of the copy. Users should refer to the original published version of the material for the full abstract. (Copyright applies to all Abstracts.)

The article reviews essential issues unveiled by the application of the evolutionary theory to epidemiological problems. It discusses the possibility of virulence management and investigates scenarios in which advances in molecular biology and genetics provide new tools to monitor and change diversity among pathogens, vertebrate and invertebrate hosts. It emphasizes the need to incorporate the analytical framework of epidemiology into population genetics and evolutionary theory.

Copyright of Brazilian Journal of Biology is the property of Instituto Internacional de Ecologia and its content may not be copied or emailed to multiple sites or posted to a listserv without the copyright holder's express written permission. However, users may print, download, or email articles for individual use. This abstract may be abridged. No warranty is given about the accuracy of the copy. Users should refer to the original published version of the material for the full abstract. (Copyright applies to all Abstracts.)

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Abstract This paper focuses on geneticists Salvador Armendares’s and Rubén Lisker’s studies from the 1960s to the 1980s, to explore how their work fits into the post-1945 human biological studies, and also how the populations they studied, child and indigenous, can be considered laboratories of knowledge production. This paper describes how populations were considered for different purposes: scientific inquiry, standardization of medical practices, and production or application of medicines. Through the narrative of the different trajectories and collaborations between Armendares and Lisker, this paper also attempts to show the contact of their scientific practices, which brought cytogenetics and population genetics together at the local and global levels from a transnational perspective.