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[EN] An experiment was carried out to estimate the genetic group effects and the crossbreeding genetic parameters of growth traits [body weight (BW), average daily gain (ADG), feed intake (FI) and feed conversion ratio (FCR)] in rabbits during fattening between 28 and 63 d. The rabbits were the progeny of does coming from a full diallel cross between 4 maternal lines (A, V, H and LP) mated to bucks of the paternal line R. On thousand fifty five rabbits were controlled and the traits were recorded weekly, with the cage as the experimental unit for FI and FCR (283 cages). The genetic group (V line) was present in all farms in order to connect records among them and to be used as reference group. Crossbreeding parameters were estimated according to the Dickerson model. Regarding dam effects between pure lines for BW at weaning, A line was the heaviest and showed significant differences with LP and V lines (61 and 30 g, respectively). Upon completion of the fattening period, the differences in favour of A line for BW at weaning were compensated. Throughout the fattening period, no significant differences were observed between the lines as dam lines. At the end of the fattening period, no significant differences were observed between the crossbred groups. Regarding the reciprocal effects, the most relevant results were the significances for FCR in favour of H as sire line. For all traits, the confidence intervals at 95% of all contrast and effects were large. The estimates of maternal heterosis were, in general, negative, which could be a consequence of the positive heterosis for litter size. The AH cross showed significant maternal heterosis for BW at 43 d (–53 g), ADG between 28 and 42 d (–3.5 g/d), FI between 28 and 63 d (–7 g/d) and FCR between 42 and 63 d (–0.15). The combination of direct and maternal effects of the V line was the worst for all growth traits, showing significant differences with the LP line for most of them, for instance 0.13 worse FCR between 28 and 63 d. Grand-maternal effects were less important than direct-maternal., This work was supported by the Spanish project AGL2011-30170- C02-01 from the Spanish National Research Plan. C. Minguez acknowledges a Formacion de Personal Investigador (FPI) grant from the Ministerio de Economia y Competitividad (MEC), Spain.

Le travail présenté dans ce mémoire vise à définir les conditions de dérivation et de culture de cellules souches pluripotentes ou PSC (Pluripotent Stem Cells) de lapin aptes à produire des chimères germinales. Les PSC sont des cellules capables de se différencier dans les trois lignages embryonnaires (ectoderme, mésoderme, et endoderme) et de s’auto-renouveler, c’est-à-dire de se multiplier indéfiniment en culture sans perdre leur caractère pluripotent. Chez la souris, ces cellules sont à la base des techniques de transgénèse permettant des modifications génétiques ciblées. Il existe trois types de PSC murines: (i) les cellules souches embryonnaires ou ESC (Embryonic Stem Cells), qui dérivent du bouton embryonnaire d’embryons précoces; (ii) les cellules souches de l’épiblaste ou EpiSC (Epiblast-derived Stem Cells) qui dérivent de l’épiblaste d’embryons post-implantatoires ; et (iii) les cellules souches pluripotentes induites ou iPSC (induced Pluripotent Stem Cells) obtenues après reprogrammation de cellules somatiques. On peut classer ces cellules en deux catégories en fonction des voies de signalisation qui activent les gènes responsables de leur pluripotence : (i) les cellules à l’état naïf de pluripotence, dépendantes de la cytokine LIF et de la voie de signalisation gp130/Stat3, comme les ESC et iPSC murines. Les mPSC sont capables de coloniser un blastocyste receveur pour former des chimères germinales et présentent les caractéristiques transcriptomiques et épigénétiques des cellules pluripotentes de l’épiblaste précoce de l’embryon pré-implantatoire ; (ii) les cellules à l’état amorcé de pluripotence, dépendantes du facteur FGF2 et de la voie de signalisation TGFβ/Activine/Nodal, comme les EpiSC murines et les PSC des autres mammifères. Les EpiSC sont incapables de former des chimères après injection dans un blastocyste receveur. Elles sont donc engagées vers la différenciation et proches des cellules de l’épiblaste tardif de l’embryon post-implantatoire. Le lapin est un animal modèle intéressant car, d’une part, il est physiologiquement et génétiquement plus proche des primates que ne l’est la souris et, d’autre part, il présente un développement embryonnaire et un système de placentation identiques à ceux des primates. Les PSC de lapin sont dans un état amorcé de pluripotence, incapables de produire des chimères. La fabrication de PSC à l’état naïf faciliterait le développement des technologies de la transgènèse, et permettrait à terme la création de lapins modèles de maladies humaines, ou de créer des réacteurs biologiques. Mon travail vise donc à déterminer les conditions permettant de dériver et de cultiver de telles cellules chez cette espèce. Dans ce but, je développe différents projets qui visent : (i) à caractériser la pluripotence in vivo chez le lapin aux niveaux transcriptomique, épigénétique et métabolique ; et (ii) à capturer in vitro un état de pluripotence proche de celui de l’épiblaste de lapin au stade E4-E5.5, capable de produire des chimères germinales. Ce travail me permettra d’obtenir des PSC de lapin à l’état naïf de pluripotence, mais également de produire des données sur les mécanismes soutenant la pluripotence chez un mammifère non-murin, autre que les primates. En effet, les comparaisons multi-espèces sont nécessaires à la compréhension et à la généralisation des mécanismes biologiques et développementaux. Ce mémoire se présente donc en trois parties qui développent respectivement l’état de l’art sur les PSC, l’analyse des travaux que nous avons réalisés sur les PSC de lapin et une discussion amenant les projets en cours. Il regroupe également mes publications sur le sujet.

National audience; The last development of sequencing technologies and of novel genomic approaches have revolutionized our knowledge of livestock genomes and have significantly improved the selection of some domestic species, especially dairy cattle. With the full sequencing of the rabbit genome, achieved by the Broad Institute (Boston, USA), together with the development of a commercial high-density SNP (single-nucleotide polymorphism) markers chip, achieved in 2016 in the frame of a European project (COST Action TD1101 "A Collaborative European Network on Rabbit Genome Biology- RGB-Net), the rabbit entered the genomic era. This aim of this review is to provide updated knowledge on the rabbit genome and to make an inventory of published genes or genomic regions associated with functions or traits of interest. We are describing here the principle of genomic tools (genetic maps, SNP chip, and sequencing) and methods (QTL detection, candidate gene analyses, and identification of causal mutations) already applied in the rabbit. These novel approaches give a new insight into the evolution and domestication of rabbits. We also describe two research projects based on these methodologies to investigate disease resistance and feed efficiency. A prospective view of the genomic selection (a new method based on high-density molecular information) is also proposed. This review was previously published in the Journees de la Recherche Cunicole congress in November 2017.; L’évolution récente des technologies de séquençage et l’apport de la génomique a révolutionné nos connaissances sur les génomes et leurs polymorphismes, et permis d’élaborer des outils de génotypage qui accélèrent l’identification de polymorphismes causaux et contribuent à améliorer significativement le progrès génétique réalisé chez certaines espèces d’élevage, en particulier les bovins laitiers. Le séquençage complet du génome du lapin réalisé par le « Broad Institute » (Boston, USA), avec l’appui d’un consortium international auquel a contribué l’INRA, a été publié en 2014. Les résultats obtenus ont apporté un éclairage nouveau sur l’évolution et la domestication du lapin. En 2016, dans le cadre d’un projet Européen (COST Action TD1101 « A Collaborative European Network on Rabbit Genome Biology – RGB-Net »), une puce de génotypage avec 200000 SNP (« Single-Nucleotide Polymorphism ») a été développée, permettant de renouveler les approches de génétique chez le lapin. L’objet de cette synthèse est de faire le point sur les connaissances relatives au génome du lapin et d’établir un inventaire des gènes ou régions génomiques liés à certaines fonctions ou caractères d’intérêt dans cette espèce. Nous décrivons ici le principe des outils (cartes génétiques, puces SNP, séquençage) et des méthodes (détection de QTL, approche gènes candidats, identification de mutations causales) qui ont déjà été appliqués chez le lapin. Nous illustrons les perspectives d’utilisation des outils maintenant disponibles pour la sélection avec deux projets de recherche portant sur la résistance aux maladies et l’efficacité alimentaire. Une réflexion prospective sur la sélection génomique est également proposée.

The last development of sequencing technologies and of novel genomic approaches have revolutionized our knowledge of livestock genomes and have significantly improved the selection of some domestic species, especially dairy cattle. With the full sequencing of the rabbit genome, achieved by the Broad Institute (Boston, USA), together with the development of a commercial high-density SNP (single-nucleotide polymorphism) markers chip, achieved in 2016 in the frame of a European project (COST Action TD1101 "A Collaborative European Network on Rabbit Genome Biology- RGB-Net), the rabbit entered the genomic era. This aim of this review is to provide updated knowledge on the rabbit genome and to make an inventory of published genes or genomic regions associated with functions or traits of interest. We are describing here the principle of genomic tools (genetic maps, SNP chip, and sequencing) and methods (QTL detection, candidate gene analyses, and identification of causal mutations) already applied in the rabbit. These novel approaches give a new insight into the evolution and domestication of rabbits. We also describe two research projects based on these methodologies to investigate disease resistance and feed efficiency. A prospective view of the genomic selection (a new method based on high-density molecular information) is also proposed. This review was previously published in the Journees de la Recherche Cunicole congress in November 2017., L’évolution récente des technologies de séquençage et l’apport de la génomique a révolutionné nos connaissances sur les génomes et leurs polymorphismes, et permis d’élaborer des outils de génotypage qui accélèrent l’identification de polymorphismes causaux et contribuent à améliorer significativement le progrès génétique réalisé chez certaines espèces d’élevage, en particulier les bovins laitiers. Le séquençage complet du génome du lapin réalisé par le « Broad Institute » (Boston, USA), avec l’appui d’un consortium international auquel a contribué l’INRA, a été publié en 2014. Les résultats obtenus ont apporté un éclairage nouveau sur l’évolution et la domestication du lapin. En 2016, dans le cadre d’un projet Européen (COST Action TD1101 « A Collaborative European Network on Rabbit Genome Biology – RGB-Net »), une puce de génotypage avec 200000 SNP (« Single-Nucleotide Polymorphism ») a été développée, permettant de renouveler les approches de génétique chez le lapin. L’objet de cette synthèse est de faire le point sur les connaissances relatives au génome du lapin et d’établir un inventaire des gènes ou régions génomiques liés à certaines fonctions ou caractères d’intérêt dans cette espèce. Nous décrivons ici le principe des outils (cartes génétiques, puces SNP, séquençage) et des méthodes (détection de QTL, approche gènes candidats, identification de mutations causales) qui ont déjà été appliqués chez le lapin. Nous illustrons les perspectives d’utilisation des outils maintenant disponibles pour la sélection avec deux projets de recherche portant sur la résistance aux maladies et l’efficacité alimentaire. Une réflexion prospective sur la sélection génomique est également proposée.

Genetic parameters and trends were estimated for the selection criteria weight at 70 days (P70), carcass yield (RC) and resistance to infectious diseases (TI) in the paternal commercial line AGP59 of the Hypharm breeding company. The TI criteria is a binary trait based on presence (1) or absence (0) of clinical signs of disease systematically observed on all growing animals at 70 days weighing or on animals which died between weaning and weighing This study included 39726 selection candidates and 5372 slaughtered collaterals, measured between 2008 and 2016. All animals were weighed at 70 days. Clinical signs of disease were systematically recorded for all weighed animals and also for those which died between weaning and the end of the growing period. The population of collateral is created at each weaning by collecting young rabbits in primiparous does litters. Their live weight and carcass weight was recorded at 71 days of age. Heritabilities and genetic trends were estimated using Reml and Blup methodology. Heritability estimates were 0.28 ± 0.02, 0.44 ± 0.05 and 0.03 ± 0.01 for P70, RC and TI, respectively. The annual genetic gain, estimated in genetic standard deviation (traits units) was 0.49 (92 g), 0.32 (0.38 points of carcass yield) and -0.12 (-0.004 points of sick animal frequency) for P70, RC and TI, respectively. The results demonstrate that selection for both production and health traits is possible., Les paramètres et les évolutions génétiques des critères de sélection poids à 70 jours (P70), rendement de carcasse (RC) et résistance aux troubles infectieux (TI) ont été estimés dans la lignée paternelle AGP59 du sélectionneur Hypharm. Le critère TI est un caractère binaire (0,1) renseigné par la présence (1) ou l’absence (0) de signes cliniques de maladies non spécifiques constatés à la pesée ou sur les animaux morts pendant l’engraissement. L’étude a porté sur 39726 animaux candidats à la sélection et 5372 collatéraux abattus, contrôlés entre 2008 et 2016. L’ensemble des animaux a été pesé à 70 jours. Les signes cliniques de maladie sont systématiquement enregistrés pour l’ensemble des animaux à la pesée à 70 jours, ainsi que pour les animaux morts entre le sevrage et la fin de l’engraissement. La population de collatéraux est créée à chaque sevrage par prélèvement de 4 lapereaux chez les lapines primipares. Leur poids vif et leur poids de carcasse sont enregistrés après abattage à 71 jours. L’héritabilité et les évolutions génétiques des caractères ont été estimées par les méthodes du Reml et du BLUP. Les héritabilités estimées étaient respectivement de 0,28 ± 0,02, 0.44 ± 0.05 et 0.03 ± 0.01 pour P70, RC et TI. Le progrès génétique annuel moyen estimé en unités d’écart type génétique (unités du caractère) était respectivement de 0,49 (+92 g), 0,32 (+0,38 point de rendement) et -0,12 (-0,004 points de fréquence d’animaux malades) pour P70, RC et TI. Il est donc possible d’améliorer simultanément des caractères de production et des caractères de santé par la sélection.

Two male lines from the Hyla breeding scheme (A and B) are selected for the carcass yield at slaughter and average daily gain from 35 to 70 days of age. In order to get a better knowledge on slaughter traits and refine selection models beyond the single measure of carcass yield for these lines, weighing of skin and cuts (head, liver, front legs, back and thighs) have been recording in four batches at 71 days old (n=±100 rabbits/line/batch). Animals had free access to feed without fasting before departure. Slaughter was performed in a small slaughterhouse close to the breeding site. A line has a higher carcass yield compare to B line (P, Deux lignées de lapins de souche Hyla (A et B) sont sélectionnées sur le rendement en carcasse à l’abattage et sur la vitesse de croissance entre 35 et 70 jours. Avec le but de mieux connaître les données d’abattages de ces deux lignées et à terme d’affiner les modèles de sélection au-delà de la simple mesure du rendement carcasse pour ces lignées, les pesées de peau et des pièces de découpe (tête, foie, avant, râble et cuisses) ont été effectuées lors de quatre séries d’abattage à 71 jours (n=100 lapins/lignée/abattage). Les animaux nourris ad libitum ne sont pas mis à jeun avant l’abattage. L’abattage est effectué chez un éleveur abatteur proche du site d’élevage. La lignée A présente un rendement carcasse plus élevé que la lignée B (P

National audience; Genetic parameters for 21-day litter weight (LW21) and thigh muscle volume (TMV) were estimated, and a twotrait selection index was created to simplify the selection process of the Pannon white breed, in Kaposvár, Hungary. A total of 22002 LW21 and 8124 TMV (estimated with Computer Tomography) records were collected between 1992 and 2016. The evaluated animals were reared in 4178 litters and the total number of rabbits involved in the pedigree file were 14 124. The traditional selection based on two steps, where LW21 was first measured and then the best litters were selected for the next step, the CT measurement for TMV. In the new selection method a selection index was used in the first step of the selection, followed by a CT examination. LW21 and TMV were analyzed jointly in a two-trait animal model which was used to estimate the variance components and the breeding values. The estimated heritability was 0.10±0.01 for LW21 and 0.21±0.02 for TMV. The estimated genetic correlation between these traits was -0.24±0.07. The contribution of the measured traits was set to 50-50% in the breeding objective. The developed index was applied on a given kindling batch. The selection index ranks, showed stronger correlation (0.84) with TMV then with LW21 (0.28) breeding value ranks. Selecting on the developed index score resulted in choosing rabbits with somewhat lower breeding values on LW21 (-200 g, i.e. -11,3 but higher breeding values in TMV (1,91 cm3, i.e. +3 %) compared to the current breeding program.; Un objectif de sélection combinant le poids de portée à 21 jours (LW21) et le volume musculaire de la cuisse (TMV) a été créé pour simplifier le processus de sélection de la lignée Pannon White à Kaposvár, en Hongrie. Les mesures de 22 002 portées et 8 124 volumes de cuisse (estimés par tomographie) ont été recueillies entre 1992 et 2016. Les animaux évalués sont issus de 4 178 portées. Le nombre total de lapins du fichier généalogique était de 14 124. La sélection traditionnelle basée sur deux étapes, où LW21 a été mesuré et les meilleurs lapereaux ont été sélectionnées pour passer à l'étape suivante la mesure de TMV par tomographie. Dans la nouvelle méthode de sélection proposée ici, un indice de sélection a été utilisé dans la première étape de la sélection, suivi d'un examen tomographique de TMV. LW21 et TMV ont été analysés conjointement avec un modèle animal bicaractère pour estimer les composantes de variance et les valeurs génétiques. L'héritabilité estimée était de 0,10±0,01 pour LW21 et de 0,21±0,02 pour TMV. La corrélation génétique estimée entre ces caractères était de -0,24±0,07. La même pondération de 50 % a été attribuée à chacun des deux caractères dans le nouvel objectif de sélection. Ce nouvel objectif de sélection a été appliqué à une bande en particulier. Cette nouvelle méthode a été comparée à l’ancienne méthode de sélection en deux étapes (avec une première étape de sélection sur l’index de LW21 et une deuxième étape de sélection sur TMV). L’index était plus corrélé avec les valeurs génétiques de TMV (0,84) qu’aux valeurs génétiques de LW21 (0,28). La sélection sur la valeur du nouvel objectif de sélection a permis de choisir des lapins avec des valeurs légèrement inférieures pour LW21 (-200 g, soit -11,3 %) mais avec des valeurs plus élevées pour TMV (1,91 cm3, soit +3 %) comparativement au programme de sélection actuel.

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La forte prévalence des problèmes digestifs chez les lapins en croissance autour du sevrage, et le taux élevé de mortalité chez les lapines associé à une forte prévalence de femelles ayant un état corporel dégradé pourrait être le témoin d’une discordance entre les apports nutritionnels des animaux et leurs besoins. Nous avons visé, dans le cadre d’une alimentation séparée entre les lapines et leurs lapereaux avant le sevrage, de répondre à deux objectifs complémentaires : i) de mieux comprendre les relations entre les apports nutritionnels, la mise en place de l’ingestion d’aliment, la maturation de l’écosystème caecal, la santé et la croissance des jeunes lapereaux, et ii) d’explorer le lien entre la nature des nutriments apportés au cours du cycle de reproduction et les performances chez les lapines reproductrices. Nous avons observé que dans le cadre d’une stratégie de restriction alimentaire après le sevrage, la distribution, de 18 à 70 jours d’âge, d’un aliment plus riche en énergie (+7% ED), mais contenant un niveau de fibres suffisant, permet d’optimiser la croissance des lapereaux avant et après sevrage, sans pénaliser la santé des lapereaux (1,49% de mortalité). Nous avons aussi montré, que lors de l’application d’une restriction alimentaire après le sevrage, la distribution d’un aliment riche soit en amidon (166 vs 72 g/kg), soit en fibres (173 vs 220 g/kg d’ADF), avant le sevrage conditionne le poids des lapereaux non seulement au moment du sevrage (+7,7%) mais également jusqu’au moment de la vente (2522 vs 2584 g). Enfin, nous avons constaté que le niveau d’ingestion de l’aliment chez les lapereaux au moment de la mise en place de l’ingestion d’aliment solide influence la maturation de l’écosystème caecal. Chez les lapines, notre étude a apporté des résultats mitigés. Nous avons observé peu d’effet sur les performances de reproduction chez les lapines, mais nous avons observé des conséquences importantes sur le bilan énergétique des femelles (-4,94 vs - 2,05 MJ), la quantité (3911 vs 3415 g) et la qualité du lait produit. Ce dernier élément a des effets sur la croissance des lapereaux et leur ingestion précoce d’aliment solide (7 vs 9 g/j entre 18 à 25 jours d’âge), ce qui en conséquence affecte leur santé après le sevrage (5,8 vs 1,7 % de mortalité). Cela a été le cas avec l’utilisation d’un aliment riche en lipides (49 g/kg de lipides brute) au début de la lactation. Toutefois, nous avons aussi montré que les coefficients d’utilisation digestive des nutriments sont très différents chez les lapereaux et chez les femelles à différents stades physiologiques. Par conséquent, en l’absence de mesures réelles de la valeur nutritionnelle des aliments sur les femelles elles-mêmes et au stade physiologique considéré, nos estimations des apports nutritionnels et donc l’estimation des bilans peuvent être erronés. Au final, nos résultats suggèrent que la stratégie qui consisterait à valoriser le système d’alimentation séparée pour n’utiliser qu’un seul aliment pour les lapines pendant toute leur vie reproductive pourrait être le meilleur compromis entre simplicité, efficacité et rentabilité. Celui-ci devrait être riche en énergie sous forme d’amidon pour favoriser le maintien de la fertilité et des réserves corporelles sur le long terme. Ce système d’alimentation séparée permettrait aussi chez les lapereaux de limiter les conséquences néfastes d’un changement d’aliment et d’optimiser le compromis entre performances de croissance et de santé par l’introduction d’un aliment plus riches en énergie et en protéine mais avec un niveau de fibres suffisant dans le cadre d’une restriction alimentaire après le sevrage. Mieux comprendre l’adaptation digestive et la gestion des priorités métaboliques au cours du cycle de reproduction chez la femelle ainsi que la relation entre ingestion précoce et maturation de l’écosystème caecal chez le jeune lapereau sont des perspectives de recherche intéressante à nos travaux.

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International audience

Deux lignées de lapins ont été créées pour améliorer leur efficacité alimentaire (EA) entre le sevrage et 63 jours d'âge, selon 2 critères i) la consommation résiduelle (lignée ConsoResiduelle), ii) le gain moyen quotidien en alimentation restreinte (lignée GMQRestreint). La digestion et les rejets de ces lignées ont été comparés à une lignée témoin (G0), en alimentation ad-libitum (AL) ou restreinte de 20% (R). Après 9 générations de sélection, l'indice de consommation est réduit de 0,1 à 0,2 pts (resp. pour ConsoResiduelle et GMQRestreint), et est associé à une meilleure rétention de l'azote (réduction du rejet urinaire). Entre 29 et 63j. d'âge, le rejet azoté est réduit d'environ 12% chez les 2 lignées sélectionnées, alors que le rejet de phosphore n'est pas modifié. La restriction alimentaire produit une meilleure digestion de l'aliment et une meilleure rétention de l'azote (+5pts), et conduit à une réduction de 35% du rejet azoté, et de 50% du rejet de phosphore., Two lines of rabbits were created to improve feed efficiency (FE) between weaning and 63 days of age, according to two criteria i) residual intake (ConsoResiduelle line), ii) the average daily gain with restricted feeding (line GMQRestreint). Digestion and slurry output of these lines were compared to a control line (G0), under ad-libitum feeding (AL) or restricted by 20% (R). After nine generations of selection, the feed conversion ratio is reduced from 0.1 to 0.2 pts (resp. for ConsoResiduelle and GMQRestreint), and is associated with a better nitrogen retention (decreased urine output). Between 29 and 63d old, nitrogen output is reduced by about 12% in the two selected lines, while the output of phosphorus remained unchanged. The feed restriction improved the digestion and the retention of nitrogen (+5 points), and led to a 35% reduction of the nitrogen output and to 50% less phosphorus output.

National audience; The natural coprophagy behavior expressed by young rabbits can be amplified by including hard feces in the nest box. The objectives of our study were 1) to describe the feasibility of this practice under commercial conditions, and 2) to study the interests and limits of this practice on offsprings’ health until the slaughter age. The experiment was conducted on 363 litters in a professional unit that stop to use antibiotics for more than 10 years, during 5 consecutive batches from birth to 70 days of age. In the group F (feces added, n = 183litters), exogenous hard feces (5 pellets per day and nest) were manually added to the nest between days 2 and 18 of lactation. The exogenous hard feces were obtained from future reproductive females reared in the same unit. In the group T (control, n = 180 litters) no hard feces were added to the nest box, but the natural female behavior of dropping hard feces in the nest was accepted. Manually adding hard feces in the nest box did not improved the offspring mortality rate during lactation (T: 7,5 % vs. F: 7,2 %). A significant interaction between treatment and batch on the mortality rate after weaning was observed, with a favorable result for batch 2 (T: 20,4 % vs. F: 8,2 %). The difference observed between the results obtained here under professional conditions and previously in experimental conditions, shows that additional studies regarding the origin of feces, when starting the treatment and at which period of the day, are necessary to validate this practice on professional conditions.; Le comportement naturel de coprophagie exprimé par les jeunes lapereaux au nid peut être amplifié par l’ajout de fèces dures exogènes. L'objectif de notre étude est 1) d'évaluer la faisabilité de cette pratique en conditions d’élevage professionnel, et 2) d’étudier son intérêt et ses limites sur la santé des lapereaux jusqu’à l’âge de la vente. L’expérience a été réalisée sur 363 portées, dans un élevage professionnel n'utilisant pas d'antibiotiques depuis plus de 10 ans, et pendant 5 bandes consécutives, de la naissance à 70 jours d’âge. Dans le groupe F (fèces ajoutés, n = 183 portées), des fèces exogènes (5 crottes par jour et par nid) ont été ajoutés dans le nid entre 2 et 18 jours de lactation. Ces fèces exogènes provenaient de femelles futures reproductrices du même élevage. Dans le groupe T (Témoin, n = 180 portées), aucun apport de fèces exogène n’a été réalisé, mais le comportement naturel de dépôt des fèces dures dans les nids était respecté. L’ajout de fèces dures exogènes dans les nids n’a pas amélioré le taux de mortalité des lapereaux pendant l’allaitement (T: 7,5 % vs. F: 7,2 %). Une interaction significative entre les effets traitement et bande a été observée pour le taux de mortalité après sevrage, où une influence favorable pendant la bande 2 (T: 20,4 % vs. F: 8,2 %) a été constatée. Les écarts de résultats obtenus ici entre élevage professionnel et préalablement en conditions expérimentales, démontrent qu'il faut des études complémentaires sur l’origine des fèces, le moment du début du traitement et la période de la journée à laquelle les fèces exogènes sont déposées dans le nid, pour valider cette pratique.

National audience; In rabbit breeding, post-weaning short term feed restriction is an efficient strategy to reduce digestive disorders, mainly associated with REE (Rabbit Epizootic Enteropathy). These strategies, used for over 10 years in the vast majority of French rabbit farms, also enable to improve feed efficiency, resulting in reduced feed costs. The aim of this review is to present the physiological mechanisms that could explain the beneficial effects of feed restriction upon digestive health and feed efficiency. The improvement of health will be addressed through the study of the interactions between the diet, the digestive microbiota and the host’s immune system. This will be done through an exploration of the digestive physiology, the specific and inflammatory response and the modulation of the activity and composition of the digestive microbiota. To explain the beneficial effects upon feed efficiency, global digestibility, the absorption of the nutrients by the host and their uptake by the microbiota will be discussed. This paper also aims to evaluate the impacts of post-weaning restriction strategies upon economic and environmental variables and upon animal welfare.; En cuniculture, la restriction alimentaire transitoire après le sevrage est une stratégie efficace pour réduire les risques de troubles digestifs, en particulier liés à l’entérocolite epizootique du lapin. Ces stratégies, utilisées depuis plus de 10 ans dans la quasi-totalité des élevages cunicoles commerciaux en France, permettent d’améliorer l’efficacité alimentaire, réduisant ainsi les coûts alimentaires. L’objectif de cette synthèse est de présenter les mécanismes physiologiques, potentiels ou avérés, permettant d’expliquer les effets bénéfiques d'une ingestion restreinte sur la santé digestive et l’efficacité alimentaire. L’amélioration de la santé sera abordée par le biais du triptyque : aliment – microbiote digestif – immunité de l’hôte. Les pistes explorées concerneront la modulation de l’immunité digestive, via notamment la physiologie digestive, la réponse spécifique et les phénomènes inflammatoires, et la modulation de la composition et de l’activité du microbiote digestif. Pour expliquer l’amélioration de l’efficacité alimentaire, la digestibilité globale des aliments, l’assimilation des nutriments par l’hôte et leur prise en charge par le microbiote digestif seront discutés. Il s'agit également d'évaluer les impacts économiques, environnementaux et sur le bien-être animal des stratégies de restriction post-sevrage.

Cette étude a pour objectif de mesurer l’influence de la densité nutritionnelle de l’aliment (teneurs en énergie digestible "ED" et en protéines digestibles "PD") sur les performances de croissance et de santé des lapins. Nous avons utilisé 2 aliments : l’aliment B (9,63 MJ ED/kg and 95 g PD/kg) et l’aliment H (10,37 MJ ED/kg et 102 g PD/kg) ayant un ratio PD/ED similaire. Nous avons utilisé 787 lapereaux repartis en 2 lots (B et H) différant par l’aliment reçu entre 18 et 70 jours d’âge (j). L’accès à l’aliment était libre de 18 à 35 j (sevrage) et de 63 à 70 j, mais contrôlé (selon un plan de restriction) en dehors de ces périodes pour obtenir une ingestion similaire d’ED dans les deux lots. Les lapereaux avaient un poids vif plus élevé dans le lot H dès 28 j (+8% ; P, The objective of this study was to measure the influence of the nutritional density of feed (energy and protein levels) on growth performance and rabbit health. Two feeds were used: feed B (9.63 MJ DE/kg DM and 95 g DP/kg DM) and feed H (10.37 MJ DE/kg DM and 102 g DP/kg DM), with a stable DP/DE ratio. 787 rabbits were divided into 2 groups (B and H), which differed by the feed received between 18 and 70 days of age (d). Feed was available ad libitum from 18 to 35 d (weaning), and from 63 to 70 d, but feed intake was restricted (according to a restriction plan) outside of these periods in order to assure similar energy intake in both groups. Rabbits had a higher body weight in group H compared to group B from 28 d (+8%, P

National audience; Genetic improvement of feed efficiency using two alternate traits compared to feed to gain ratio (FCR) were studied in the growing rabbit: Residual Feed Intake (RFI), to select low ad libitum feed intake independently from production level (ConsoRésiduelle line), and Average Daily Gain (ADGR) under restricted feeding (GMQrestreint line) (80% of ad libitum), to select high ADG under limited fixed feed intake. Responses to selection for the two criteria were similar in the two lines (-0.34 genetic standard deviations (σa) per generation for RFI, +0.29 σa per generation for GMQR line). Responses to selection were -0.30 σa per generation on FCR in both lines. Responses to selection were null on ADG and limited on BW63 in the ConsoRésiduelle line, whereas they were highly significant in the GMQrestreint line. To further examine responses to selection, in generation 9 a comparison of the two selected lines with the G0 control population (using frozen embryos) under ad libitum and restricted feeding was applied to 30 individuals per line and feeding level combination. As a result, both selected lines had a similar improved FCR (2.62±0.02) compared to the G0 line (2.82±0.02), but with a lower feed intake. In return, the GMQrestreint line showed the highest growth. Under restricted feeding, the two selected lines showed a higher daily gain than G0.; Deux caractères ont été sélectionnés afin d’améliorer l’efficacité alimentaire du lapin entre le sevrage et 63 jours d'âge: i) la consommation résiduelle (CR) afin de sélectionner les animaux ayant une consommation ad libitum réduite pour une même vitesse de croissance (lignée ConsoRésiduelle), ii) le gain moyen quotidien en régime alimentaire restreint (GMQR) afin de sélectionner les animaux ayant une croissance élevée à ingéré fixe (lignée GMQrestreint). Les réponses à la sélection sont similaires pour les deux critères de sélection (-0,34 écarttype génétique pour la CR et 0,29 écart-type génétique pour le GMQR) Pour l’indice de consommation, la réponse à la sélection était de -0,30 écart-type génétique dans les deux lignées. Les réponses à la sélection étaient nulles pour le GMQ et faible pour le poids à 63 jours dans la lignée ConsoRésiduelle, tandis qu’elles étaient fortement significatives dans la lignée GMQrestreint. A la neuvième génération, les deux lignées sélectionnées ont été comparées à une population témoin G0, issue d’embryons congelés, pour les deux niveaux alimentaires, ad libitum et restreint. Quel que soit le niveau alimentaire, les 2 lignées sélectionnées ont un indice de consommation significativement plus faible (2,62±0,02) que la lignée G0 (2,82±0,02), avec toutefois des quantités d’aliment ingéré et des poids à 63 jours différents. En régime ad libitum, la lignée ConsoRésiduelle présente la même croissance que la lignée G0, mais avec une moindre consommation d’aliment. En revanche, la lignée GMQrestreint montre la plus forte croissance. En régime restreint, les deux lignées sélectionnées ont une croissance plus forte que la lignée G0.

Deux caractères ont été sélectionnés afin d’améliorer l’efficacité alimentaire du lapin entre le sevrage et 63 jours d'âge: i) la consommation résiduelle (CR) afin de sélectionner les animaux ayant une consommation ad libitum réduite pour une même vitesse de croissance (lignée ConsoRésiduelle), ii) le gain moyen quotidien en régime alimentaire restreint (GMQR) afin de sélectionner les animaux ayant une croissance élevée à ingéré fixe (lignée GMQrestreint). Les réponses à la sélection sont similaires pour les deux critères de sélection (-0,34 écarttype génétique pour la CR et 0,29 écart-type génétique pour le GMQR) Pour l’indice de consommation, la réponse à la sélection était de -0,30 écart-type génétique dans les deux lignées. Les réponses à la sélection étaient nulles pour le GMQ et faible pour le poids à 63 jours dans la lignée ConsoRésiduelle, tandis qu’elles étaient fortement significatives dans la lignée GMQrestreint. A la neuvième génération, les deux lignées sélectionnées ont été comparées à une population témoin G0, issue d’embryons congelés, pour les deux niveaux alimentaires, ad libitum et restreint. Quel que soit le niveau alimentaire, les 2 lignées sélectionnées ont un indice de consommation significativement plus faible (2,62±0,02) que la lignée G0 (2,82±0,02), avec toutefois des quantités d’aliment ingéré et des poids à 63 jours différents. En régime ad libitum, la lignée ConsoRésiduelle présente la même croissance que la lignée G0, mais avec une moindre consommation d’aliment. En revanche, la lignée GMQrestreint montre la plus forte croissance. En régime restreint, les deux lignées sélectionnées ont une croissance plus forte que la lignée G0., Genetic improvement of feed efficiency using two alternate traits compared to feed to gain ratio (FCR) were studied in the growing rabbit: Residual Feed Intake (RFI), to select low ad libitum feed intake independently from production level (ConsoRésiduelle line), and Average Daily Gain (ADGR) under restricted feeding (GMQrestreint line) (80% of ad libitum), to select high ADG under limited fixed feed intake. Responses to selection for the two criteria were similar in the two lines (-0.34 genetic standard deviations (σa) per generation for RFI, +0.29 σa per generation for GMQR line). Responses to selection were -0.30 σa per generation on FCR in both lines. Responses to selection were null on ADG and limited on BW63 in the ConsoRésiduelle line, whereas they were highly significant in the GMQrestreint line. To further examine responses to selection, in generation 9 a comparison of the two selected lines with the G0 control population (using frozen embryos) under ad libitum and restricted feeding was applied to 30 individuals per line and feeding level combination. As a result, both selected lines had a similar improved FCR (2.62±0.02) compared to the G0 line (2.82±0.02), but with a lower feed intake. In return, the GMQrestreint line showed the highest growth. Under restricted feeding, the two selected lines showed a higher daily gain than G0.

En cuniculture, la restriction alimentaire transitoire après le sevrage est une stratégie efficace pour réduire les risques de troubles digestifs, en particulier liés à l’entérocolite epizootique du lapin. Ces stratégies, utilisées depuis plus de 10 ans dans la quasi-totalité des élevages cunicoles commerciaux en France, permettent d’améliorer l’efficacité alimentaire, réduisant ainsi les coûts alimentaires. L’objectif de cette synthèse est de présenter les mécanismes physiologiques, potentiels ou avérés, permettant d’expliquer les effets bénéfiques d'une ingestion restreinte sur la santé digestive et l’efficacité alimentaire. L’amélioration de la santé sera abordée par le biais du triptyque : aliment – microbiote digestif – immunité de l’hôte. Les pistes explorées concerneront la modulation de l’immunité digestive, via notamment la physiologie digestive, la réponse spécifique et les phénomènes inflammatoires, et la modulation de la composition et de l’activité du microbiote digestif. Pour expliquer l’amélioration de l’efficacité alimentaire, la digestibilité globale des aliments, l’assimilation des nutriments par l’hôte et leur prise en charge par le microbiote digestif seront discutés. Il s'agit également d'évaluer les impacts économiques, environnementaux et sur le bien-être animal des stratégies de restriction post-sevrage., In rabbit breeding, post-weaning short term feed restriction is an efficient strategy to reduce digestive disorders, mainly associated with REE (Rabbit Epizootic Enteropathy). These strategies, used for over 10 years in the vast majority of French rabbit farms, also enable to improve feed efficiency, resulting in reduced feed costs. The aim of this review is to present the physiological mechanisms that could explain the beneficial effects of feed restriction upon digestive health and feed efficiency. The improvement of health will be addressed through the study of the interactions between the diet, the digestive microbiota and the host’s immune system. This will be done through an exploration of the digestive physiology, the specific and inflammatory response and the modulation of the activity and composition of the digestive microbiota. To explain the beneficial effects upon feed efficiency, global digestibility, the absorption of the nutrients by the host and their uptake by the microbiota will be discussed. This paper also aims to evaluate the impacts of post-weaning restriction strategies upon economic and environmental variables and upon animal welfare.

National audience; Developing cryobanking techniques is essential to maintain the biodiversity of a given species and the long-term preservation of its genetic resources. For that purpose, we can preserve embryos, male or female gametes, or somatic tissues. Sampling and cryogenic preservation of embryos and sperm are effective and commonly used in rabbits, but they are not applicable to all animals. Consequently, to widen the number of preserved samples, it is necessary to freeze somatic tissues such as fragments of skin or blood cells. These somatic cells could afterward be reprogrammed in pluripotent stem cells (or iPSCs) in order to produce animal chimeara. This paper will review the current state of rabbit iPSC researches and their interest for species preservation.; Pour maintenir la biodiversité d’une espèce donnée, il est essentiel de développer les techniques de cryoconservation permettant de conserver à long terme les ressources génétiques de cette espèce. Pour cela, on peut conserver des embryons, des gamètes mâles ou femelles, ou encore des tissus somatiques. Les techniques de prélèvement et de cryoconservation des embryons et du sperme sont efficaces et couramment utilisées chez le lapin, mais elles ne sont pas applicables à tous les individus. Afin d’élargir le nombre d’échantillons conservés, il est donc souhaitable de pouvoir congeler des tissus somatiques qui peuvent être facilement prélevés sur le terrain sans préparation préalable de l’animal. Les cellules somatiques ainsi conservées pourront ensuite être reprogrammées en cellules souches pluripotentes induites (ou iPSC), afin de produire des animaux chimères. Nous ferons le point sur l'état des recherches actuelles sur les iPSC de lapin et leur intérêt pour la conservation de cette espèce

National audience; The aim of this work was to evaluate the effect of nutrient density of feeds: high (feed H: 10.37 MJ DE/kg and 102 g DP/kg) or low (feed B: 9.63 MJ DE/kg DM and 95 g DP/kg DM), on the evolution of caecal microbial communities between 18 and 49 days of age. A total of 366 rabbits were divided into 2 groups (H and B) at 18 days of age (18d), differing only in the feed received between 18 and 49 days of age. At 18, 28, 35, 43 and 49 days of age, 10 rabbits per group were sacrificed and caecal contents were collected. Phylogenetic analysis of bacterial communities was carried out by pyrosequencing genes encoding 16S rRNA. Our results show that increasing the nutrient density of feed has an effect on the relative abundances of 6 bacterial genera. The relative abundances were higher pour the genera Shuttleworthia, Anaerostipes, dgA11 gut group and Odoribacter, and lower for the genus Oxalobacter and an unclassified genus of the S24-7 family in the group H compared to the group B (P

National audience; The objectives were to evaluate the possibility to modulate the implantation of the ceacal microbiota through diet, and to study the relationship between the composition and the function of this ecosystem. The incorporation of rapidly fermentable fibres (FRF) in the pelleted feed of rabbit pups from 15 days of age (D15), or the use of an antibiotic treatment, on the rabbit does or the pups, were used as inhibitors or stimulants of the implantation of the caecal microbiota. An antibiotic treatment of the does did not alter the composition of the caecal microbiota in nursing pups (D15). Conversely, at D29 the microbial composition was different (P

National audience; Two lines of rabbits were created to improve feed efficiency (FE) between weaning and 63 days of age, according to two criteria i) residual intake (ConsoResiduelle line), ii) the average daily gain with restricted feeding (line GMQRestreint). Digestion and slurry output of these lines were compared to a control line (G0), under ad-libitum feeding (AL) or restricted by 20% (R). After nine generations of selection, the feed conversion ratio is reduced from 0.1 to 0.2 pts (resp. for ConsoResiduelle and GMQRestreint), and is associated with a better nitrogen retention (decreased urine output). Between 29 and 63d old, nitrogen output is reduced by about 12% in the two selected lines, while the output of phosphorus remained unchanged. The feed restriction improved the digestion and the retention of nitrogen (+5 points), and led to a 35% reduction of the nitrogen output and to 50% less phosphorus output.; Deux lignées de lapins ont été créées pour améliorer leur efficacité alimentaire (EA) entre le sevrage et 63 jours d'âge, selon 2 critères i) la consommation résiduelle (lignée ConsoResiduelle), ii) le gain moyen quotidien en alimentation restreinte (lignée GMQRestreint). La digestion et les rejets de ces lignées ont été comparés à une lignée témoin (G0), en alimentation ad-libitum (AL) ou restreinte de 20% (R). Après 9 générations de sélection, l'indice de consommation est réduit de 0,1 à 0,2 pts (resp. pour ConsoResiduelle et GMQRestreint), et est associé à une meilleure rétention de l'azote (réduction du rejet urinaire). Entre 29 et 63j. d'âge, le rejet azoté est réduit d'environ 12% chez les 2 lignées sélectionnées, alors que le rejet de phosphore n'est pas modifié. La restriction alimentaire produit une meilleure digestion de l'aliment et une meilleure rétention de l'azote (+5pts), et conduit à une réduction de 35% du rejet azoté, et de 50% du rejet de phosphore.

National audience; The INRA 1777 line has been selected for a breeding goal (BG) that has included number of kits alive per litter (NA) and two components of weaning weight: Direct effects (WWD), influence of the young rabbit genotype on its growth, and maternal effects (WWM), incidence of mother's genotype on young rabbit growth. The objective of this study was to estimate responses to selection for the three criterion and to evaluate the relationship between the selection criterion and the survival of young rabbits from birth to weaning. The study included 1948 litters dedicated to renew each generation (4th and 5th AI) from 1158 does during 12 generations of selection. For each selection criteria and for the breeding goal, females were divided into 4 groups according to their estimated genetic value (-, -, +, ++). For stillbirths, the effect of genetic group of each of the four criteria was significant: The stillbirth rate is even lower for high genetic merit does. For mortality between birth and weaning, the effect of genetic group was significant for NA, WWM and BG criteria with lower mortality in groups + and ++ than in groups - and -. In conclusion, the breeding goal of the INRA 1777 line is not opposed to improvement of survival but puts to select individuals from litters with low mortality.; La lignée INRA 1777 est sélectionnée pour un indice global (Ig) combinant le nombre de nés vivants (VGnv) et deux composantes génétiques du poids au sevrage: les effets directs (VGpsd), influence du génotype du lapereau sur sa croissance, et les effets maternels (VGpsm), incidence du génotype de la mère sur la croissance de ses lapereaux. L’objectif de cette étude était d’estimer les réponses à la sélection pour ces trois critères et d’évaluer les relations entre ces critères de sélection et la survie des lapereaux de la naissance au sevrage. L’étude inclut 1948 portées destinées à renouveler chaque génération (4emes et 5emes IA) de 1158 femelles élevées au cours de 12 générations de sélection. Pour chacun des critères de sélection et pour l’objectif global, les femelles ont été réparties en 4 groupes selon leur valeur génétique (--,-,+,++). Pour la mortinatalité, l’effet du groupe génétique de chacun des 4 critères était significatif: La mortinatalité est d’autant plus faible que la valeur génétique des femelles est élevée. Pour la mortalité entre la naissance et le sevrage, l’effet du groupe génétique était significatif pour les critères VGnv, VGpsm et Ig avec une mortalité plus faible dans les groupes + et ++ que dans les groupes - et --. En conclusion, l’objectif de sélection de la lignée 1777 ne s’oppose pas à l’amélioration de la survie du lapereau mais permet au contraire de sélectionner les individus issus de portées à faible mortalité.

National audience; The objective of the study was to analyze milk protein composition (major proteins) of two genetic types of rabbits bred in Tizi-Ouzou (Algeria): the white population and the "synthetic" strain. Differences in size and litter weight at weaning were observed amongst the two types, which might be due to qualitative and/or quantitative variations in milk composition. Milk samples from dams of the two genetic types were collected on day 10 of lactation and analyzed using liquid chromatography associated to a mass spectrometer (LC-MS). We were thus able to identify and characterize the major milk proteins in both types of rabbits and determine their post- translational modification isoforms. Αlpha-s1 and β caseins represent 50% of the total milk proteins; αs2 -like-, αs2- and κ- caseins represent respectively 13.5, 4 and 2.7%. Whey Acidic Protein is the main whey protein (14.5%) while lactoferrin represents 10% of the total lactoprotéins. Chromatographic profiles of milk proteins were similar between the two genetic types of rabbits. In the "synthetic" strain, a strong dispersal around the mean of the relative proportions of αs2 casein and the mix α-Lac + SA is observed (CVαs2 = 0,24 in PB vs. 0,46 in SS and CVα-Lac + SA = 0,19 in PB vs. 0,274 in SS).; Cette étude a pour objectif d'identifier et de caractériser la fraction protéique majeure du lait de deux types génétiques de lapines, élevées dans la région de Tizi Ouzou (Algérie) : la population blanche (PB n= 3 femelles) et la souche « synthétique » (SS n= 4 femelles). Les échantillons de lait collectés au 10e jour de lactation dans les deux populations ont été analysés par chromatographie en phase liquide couplée à un spectromètre de masse (LC-MS). Nous avons ainsi pu identifier et caractériser les lactoprotéines majeures des deux types génétiques ainsi que leurs principales isoformes de modifications post-traductionnelles. Les caséines αs1 et β sont majoritaires (50% des protéines totales) ; la caséine αs2-like représente 13,5% et les caséines αs2 et κ respectivement 4 et 2,7%. Parmi les protéines sériques, la WAP (Whey Acidic Protein) est majoritaire (14,5%) et la lactoferrine représente 10% des lactoprotéines. L’analyse des profils chromatographiques a permis d’observer une similarité de l’ensemble des pics correspondant aux lactoprotéines majeures. Les deux types génétiques ne présentent pas de différence significative lorsqu’on compare les moyennes des proportions relatives de chacune des lactoprotéines majeures. Une forte dispersion autour de la moyenne de la caséine αs2 et du mélange α-Lac + SA chez les individus du type génétique SS (CVαs2 = 0,24 pour PB vs. 0,46 pour SS et CVα-Lac + SA = 0,19 pour PB vs. 0,274 pour SS) est observée.

Post weaning feed restriction strategies lower mortality and morbidity but result in a reduced growth rate that can be partially compensated for through the use of a high energy diet. In order to further optimise these strategies, the possibility of replacing starch with digestible fibres in high energy diets (2415 kcal/kg) was studied. On four experimental sites, animals were divided into four groups according to a 2x2 factorial design with two ratios of digestible fibres to starch (AM (diet rich in starch) = 1.21 vs FD (diet rich in digestible fibres) = 2.29), and two feeding levels (ad libitum and feed restricted at 75% of ad libitum). The animals received the experimental diets from weaning (32-36 days of age) to slaughter (71-72 days of age) and feed restriction was applied from weaning to 63-64 days of age. In unfavourable sanitary conditions feed restriction reduced mortality on the overall fattening period (9.3% vs 14.7%, P, Les stratégies de restriction alimentaire post-sevrage permettent de réduire la mortalité et la morbidité chez le lapin, mais défavorisent la vitesse de croissance, ce qui peut être partiellement compensé via l'utilisation d'un aliment énergétique. Afin d'optimiser les stratégies de restriction alimentaire, la substitution d'amidon par des fibres digestibles dans des aliments énergétiques (2415 kcal ED/kg) a été étudiée. Sur quatre sites expérimentaux, les animaux ont été divisés en quatre groupes selon un schéma factoriel 2x2, avec deux ratios de fibres digestibles sur amidon (AM (aliment riche en amidon) = 1,21 vs FD (aliment riche en fibres digestibles) = 2,29), et deux niveaux d'ingestion (à volonté et restreint à 75% de l'à volonté). Les animaux ont reçu les aliments expérimentaux du sevrage (32-36 jours d’âge) à l’âge d’abattage (71-72 jours d’âge) et la restriction alimentaire de 25% était appliquée du sevrage à 63-64 jours d’âge. Dans des conditions sanitaires défavorables, la restriction alimentaire a permis de réduire la mortalité sur la période totale d'engraissement (9,3% vs 14,7%, P

Le comportement naturel de coprophagie exprimé par les jeunes lapereaux au nid peut être amplifié par l’ajout de fèces dures exogènes. L'objectif de notre étude est 1) d'évaluer la faisabilité de cette pratique en conditions d’élevage professionnel, et 2) d’étudier son intérêt et ses limites sur la santé des lapereaux jusqu’à l’âge de la vente. L’expérience a été réalisée sur 363 portées, dans un élevage professionnel n'utilisant pas d'antibiotiques depuis plus de 10 ans, et pendant 5 bandes consécutives, de la naissance à 70 jours d’âge. Dans le groupe F (fèces ajoutés, n = 183 portées), des fèces exogènes (5 crottes par jour et par nid) ont été ajoutés dans le nid entre 2 et 18 jours de lactation. Ces fèces exogènes provenaient de femelles futures reproductrices du même élevage. Dans le groupe T (Témoin, n = 180 portées), aucun apport de fèces exogène n’a été réalisé, mais le comportement naturel de dépôt des fèces dures dans les nids était respecté. L’ajout de fèces dures exogènes dans les nids n’a pas amélioré le taux de mortalité des lapereaux pendant l’allaitement (T: 7,5 % vs. F: 7,2 %). Une interaction significative entre les effets traitement et bande a été observée pour le taux de mortalité après sevrage, où une influence favorable pendant la bande 2 (T: 20,4 % vs. F: 8,2 %) a été constatée. Les écarts de résultats obtenus ici entre élevage professionnel et préalablement en conditions expérimentales, démontrent qu'il faut des études complémentaires sur l’origine des fèces, le moment du début du traitement et la période de la journée à laquelle les fèces exogènes sont déposées dans le nid, pour valider cette pratique., The natural coprophagy behavior expressed by young rabbits can be amplified by including hard feces in the nest box. The objectives of our study were 1) to describe the feasibility of this practice under commercial conditions, and 2) to study the interests and limits of this practice on offsprings’ health until the slaughter age. The experiment was conducted on 363 litters in a professional unit that stop to use antibiotics for more than 10 years, during 5 consecutive batches from birth to 70 days of age. In the group F (feces added, n = 183litters), exogenous hard feces (5 pellets per day and nest) were manually added to the nest between days 2 and 18 of lactation. The exogenous hard feces were obtained from future reproductive females reared in the same unit. In the group T (control, n = 180 litters) no hard feces were added to the nest box, but the natural female behavior of dropping hard feces in the nest was accepted. Manually adding hard feces in the nest box did not improved the offspring mortality rate during lactation (T: 7,5 % vs. F: 7,2 %). A significant interaction between treatment and batch on the mortality rate after weaning was observed, with a favorable result for batch 2 (T: 20,4 % vs. F: 8,2 %). The difference observed between the results obtained here under professional conditions and previously in experimental conditions, shows that additional studies regarding the origin of feces, when starting the treatment and at which period of the day, are necessary to validate this practice on professional conditions.

National audience

Les aliments pour l’homme, outre leurs aspects nutritionnels de couverture des besoins, ont acquis depuis peu une valeur santé. Face à ce phénomène, de nouveaux besoins de connaissances concernant les constituants des aliments sont apparus. Cet article a pour objet de montrer les points forts et les lacunes dans les connaissances relatives à la valeur nutritionnelle de la viande de lapin. 50 publications ont été sélectionnées. Pour des lapins aux âges et poids commerciaux d’abattage, les teneurs en protéines (21 + 1,5 % de viande fraîche), eau (72,5 + 2,5 % de viande fraîche) et minéraux totaux (1,2 + 0,1 % de viande fraîche) sont similaires dans les différents travaux et ne nécessitent pas d’autres investigations. Les principales causes de variations de la teneur en lipides (5 + 3,3 % de viande fraîche) sont connues et bien décrites (région anatomique et alimentation principalement). La viande de lapin est pauvre en sodium (49 mg/100 g) mais riche en phosphore (277 mg/100 g). Les teneurs en certains éléments tels le fer (1,4 mg/100 g), le cuivre ou le sélénium ne sont pas suffisamment bien établies. Par ailleurs les teneurs d’autres oligo-éléments n’ont à notre connaissance jamais été évaluées. Enfin, les données disponibles semblent indiquer que la viande de lapin montre un profil global en vitamines proche de celui observé chez le poulet. Il est cependant nécessaire de confirmer ces observations. La viande de lapin présente une teneur en cholestérol relativement basse comparativement aux autres viandes de 59 mg/100g et un ratio en acides gras oméga 6 / oméga 3 avantageux de 5,9. L’équilibre en acide gras de la viande de lapin, animal monogastrique et herbivore, montre par ailleurs une remarquable plasticité en fonction de l’équilibre en acide gras de la ration., The nutritional value of rabbit meat was reviewed from 50 publications. For rabbits at commercial slaughtering age and weight, protein (21.0 +/- 1.5% of fresh meat), water (72.5 +/- 2.5% of fresh meat) and total mineral (1.2 +/- 0.1% of fresh meat) contents are relatively stable among studies, and do not require further investigations. Main variations in the lipid contents (5.0 +/- 3.3% of fresh meat) mainly originate from anatomical area and diet and are well described. The sodium content of rabbit meat is low (49 mg/100 g) while phosphorus level is high (277 mg/100 g). Iron (1.4 mg/100 g), copper or selenium contents are not sufficiently established. To our knowledge, the contents of many other trace elements have never been evaluated. The data available seem to indicate that rabbit meat shows a profile in vitamins close to those observed in chickens, but it is necessary to confirm these observations. A cholesterol content of 59 mg/100 g and a ratio omega 6/omega 3 of 5.9 make rabbit meat attractive for health purposes. The fatty acid profile of rabbit meat, which is a monogastric and herbivorous animal, shows a remarkable plasticity to the dietary fatty acid profile.

L'objectif était d'évaluer la possibilité de moduler l'implantation du microbiote caecal par voie alimentaire, et d’étudier les relations entre la composition et le fonctionnement de cet écosystème. L'apport de fibres rapidement fermentescibles (FRF) dans l'alimentation solide du lapereau dès 15 jours d'âge (J15), ou l'application d'une antibiothérapie des mères ou des jeunes ont été utilisés comme facteurs stimulants ou inhibiteurs de l'implantation du microbiote caecal. Une antibiothérapie des mères ne semble pas modifier la composition du microbiote caecal du lapereau allaité (à J15). A l'inverse, dès J29 la composition du microbiote caecal est différente (P, The objectives were to evaluate the possibility to modulate the implantation of the ceacal microbiota through diet, and to study the relationship between the composition and the function of this ecosystem. The incorporation of rapidly fermentable fibres (FRF) in the pelleted feed of rabbit pups from 15 days of age (D15), or the use of an antibiotic treatment, on the rabbit does or the pups, were used as inhibitors or stimulants of the implantation of the caecal microbiota. An antibiotic treatment of the does did not alter the composition of the caecal microbiota in nursing pups (D15). Conversely, at D29 the microbial composition was different (P

Master; Deux facteurs alimentaires ont été étudiés dans cet essai, d'une part l'âge des lapereaux lors de la mise à disposition d'aliment (J8 vs J18), d'autre part, le ratio protéine/amidon de l'aliment (aliment P9A12: 9% de protéines brutes et 12 % amidon vs aliment P12A9: 12% de protéines brutes et 9% amidon) et leur effet sur la croissance et la santé des lapereaux. Pour cela 3 lots de lapins ont été constitués. Le lot 1 avait accès à l'aliment P9A12 à partir de J8 d’âge, distribué dans le nid puis dans la mangeoire à partir de J18, le lot 2 avait accès à l'aliment P9A12 à partir de J18 et le lot 3 avait accès à l'aliment P12A9 à partir de J18. A partir de 35j, une restriction alimentaire (75% de l’ad libitum) a été mise en place pour chaque groupe, et chaque aliment expérimental. Ensuite de J42 à J70, tous les animaux ont reçu, le même aliment commercial, rationné. La mortalité avant sevrage a été très faible dans notre essai, de même en engraissement le taux de mortalité était de 0,4%. Ce contexte sanitaire favorable n’a pas permis de montrer d’effet de nos facteurs alimentaires sur l’état sanitaire des lapereaux. Pour les lapereaux ayant reçu des granulés au nid, la croissance est globalement améliorée sur la période globale d'engraissement expliquée par une ingestion d’aliment plus importante en engraissement. Les lapins ayant reçu l’aliment enrichi en amidon n’ont pas consommé plus de granulés sur la période J18-J35 comparativement au lot témoin néanmoins leur croissance et efficacité alimentaire a été globalement améliorées entre 35 et 50j et en fin d’élevage, le poids de ces lapins tendait à être supérieur à ceux du lot témoin (+72g en moyenne). Au vu de nos résultats, la prochaine piste à tester serait de combiner les deux facteurs alimentaires pour éventuellement maximiser les effets sur la croissance et l’efficacité alimentaire.

National audience

The aim of this work was to determine the main factors that affect caecal pH, the caecal concentrations and molar proportions of volatile fatty acids (VFA) and the weight of caecal contents. The database was constituted of data (n = 92) from three laboratories that included the mentioned traits and the chemical composition and nutritive value of the diets. The laboratory affected caecal pH (P < 0.001) probably because of the differences in sampling time among them. Dietary uronic acids (UA) were measured in 21 diets and were negatively correlated with caecal pH and positively with caecal VFA concentration and the proportion of propionic acid (P = 0.004, 0.06 and 0.03, respec- tively). When UA was removed from the model, no other chemical characteristics significantly af- fected caecal pH, and digestible NDF was the variable which was the best correlated with it (R 2 = 0.58; P < 0.001). Only one laboratory detected a relationship between caecal pH and caecal concentrations of VFA (P = 0.044) and N-NH3 (P = 0.14), which accounted for 12% of the variabil- ity observed in caecal pH. A linear and quadratic effect of dietary NDF and the degree of lignification of NDF on VFA concentration was found (R 2 = 0.56; P < 0.001), indicating a positive effect of high levels of low lignified fibre on caecal VFA. The weight of caecal contents was quadratically influ- enced by dietary NDF (R 2 = 0.39; P < 0.001). It was also linearly affected by the degree of lignifi- cation of NDF (P < 0.001). Dry matter intake was negatively correlated with caecal content weight ( P< 0.001; R 2 = 0.44), once the effects of the laboratory and dietary digestible energy concentration

Digestive health of rabbits is difficult to manage in breeding systems, especially around weaning where digestive problems are very common and can result in significant losses. The use of antibiotics decreases in order to avoid the emergence of problems with antibiotic resistance, but alternatives must be found. The objectives of this work were: i) to study effects of the incorporation of rapidly fermentable fiber (FRF) in diets fed to rabbits from 15 days of age, and compared to a feed with antibiotics (tiamulin and apramycin), used to fight against epizootic rabbit enteropathy; ii) to deploy genomics methodologies targeting the rabbit species (improvement and re-annotation of a microarray) and the digestive microbiota (pipeline analysis of 16S rRNA gene), for molecular phenotyping. An innovative approach was used in this work through the combination of three complementary approaches: phenotypic, transcriptomic, and metagenomic. At the phenotypic level, the stimulation of the fermentation activity by FRF is verified with higher cecal VFA concentrations (+ 20%) and higher cecal acidity. Moreover, the FRF tend to reduce mortality post-weaning and improve feed efficiency. At the transcriptomic level, we obtained new data on the immunity of the adult rabbit with in vitro stimulation of peripheral blood mononuclear cells with LPS and PMA-Ionomycin. This study confirms the importance of the rabbit as an animal model for biomedical research. In young rabbits, the new version of the microarray allowed us to show that biological functions are more quickly implemented with FRF than a standard diet, and that antibiotics level out the gene expression. In addition, FRF help to limit intestinal inflammation. At the metagenomic level, the targeting of the 16S rRNA, we showed that an increase in cecal microbiota activity is not associated with major changes of microbiota composition, with the exception of the stabilization of the relative abundance of Campylobacteraceae, which limits gastrointestinal inflammation. Our preliminary results did not identify significant correlations between gene expression in blood and/or ileum, and principal taxonomic profiles of the digestive microbiota. Our results suggest that FRF can be proposed as a new nutrition strategy peri-weaning, with improved feed efficiency and increased protection of digestive health, and secondly that genomic approaches are promising to describe more precisely phenotypes of interest in rabbits., La santé digestive du lapin est difficile à maîtriser en élevage, notamment en période de sevrage où des troubles digestifs sont fréquents et peuvent entraîner des pertes importantes. Bien que l’utilisation d’antibiotiques diminue, afin d’éviter l’apparition de problèmes de résistance, des solutions alternatives doivent être trouvées. Nos principaux objectifs étaient : i) d’étudier l’influence de l’incorporation de fibres rapidement fermentescibles (FRF) dans un aliment distribué précocement dès 15 jours d’âge, en comparaison d’un aliment avec antibiotiques (tiamuline et apramycine) utilisés pour lutter contre l’entéropathie épizootique du lapin ; ii) de déployer des méthodologies en génomique ciblant l’espèce lapin (amélioration et réannotation d’un microarray) et son microbiote digestif (pipeline d’analyse du gène de l’ARNr 16S), pour du phénotypage moléculaire. L’originalité de notre travail réside ainsi dans l’acquisition de données par trois approches complémentaires : phénotypique, transcriptomique, et métagénomique. Au niveau phénotypique, la stimulation de l’activité fermentaire par les FRF est vérifiée avec une hausse de la concentration caecale en AGV (+20%) et une plus forte acidité du biotope caecal. De plus, les FRF tendent à réduire la mortalité en post-sevrage et améliorent l’efficacité alimentaire. Au niveau transcriptomique, nous avons tout d’abord apporté de nouvelles connaissances sur l’immunité du lapin adulte avec la stimulation in vitro de cellules mononuclées du sang périphérique par du LPS et de la PMA-ionomycine. Cette étude confirme l’importance du lapin comme animal modèle pour la recherche biomédicale. Chez le jeune lapin, la nouvelle version du microarray nous a permis de montrer que les fonctions biologiques sont plus rapidement mises en place avec les FRF qu’avec un aliment standard, et que les antibiotiques nivellent l’expression génique. De plus, les FRF contribueraient à limiter l’inflammation intestinale. Au niveau métagénomique et en ciblant l’ARNr 16S, nous montrons qu’une augmentation de l’activité microbienne caecale n’est pas associée à une modification majeure de la composition du microbiote, à l’exception de la stabilisation de l’abondance des Campylobacteraceae, qui limiterait l’inflammation digestive. Nos travaux, encore préliminaires, n’ont pas permis d’identifier des corrélations significatives entre l’expression génique dans le sang et/ou l’iléon, et les profils taxonomiques (OTUs) majoritaires du microbiote digestif. L’ensemble de nos résultats suggère d’une part que les FRF peuvent être proposées comme une nouvelle stratégie nutritionnelle péri-sevrage, avec une amélioration de l’efficacité alimentaire et une protection accrue de la santé digestive, et d’autre part que des approches génomiques sont prometteuses pour qualifier finement les phénotypes d’intérêt chez le lapin.

International audience; The aim of the trial was to study the effects of replacement of a soybean meal-alfalfa-maize based diet by a mixture of field bean (g/kg as fed: 257 crude protein [CP], 139 neutral detergent fibre [NDF]) or pea (g/kg as fed: 203 CP, 122 NDF) combined with hard wheat bran (g/kg as fed: 140 OF, 396 NDF) and without supplementation of synthetic DL-methionine, on diet digestibility, growth and slaughter traits of growing rabbits. Three diets were formulated: a control diet mainly consisting of 15% of soybean meal, alfalfa and maize (SBM15 diet; g/kg as fed: 161 CP and 267 NDF) and 2 experimental diets based on 26% of field bean (FB26 diet; g/kg as fed: 167 CP and 250 NDF) or 30% of pea (P30 diet; g/kg as fed: 167 CP and 255 NDF) as main protein source, and completed with hard wheat bran (34 and 40%, respectively for FB26 and P30 diets) partly replacing alfalfa and maize. Diets were distributed ad libitum to 3 groups of 40 mixed-sex growing rabbits of Algerian white population, placed in collective cages (4 rabbits/cage) from weaning (28 d, mean weight: 614 +/- 112 g) until 77 d of age (slaughter). Faecal digestibility was measured between 42 and 46 d of age in 7 rabbits/group. Gross energy and crude protein digestibility coefficients were similar for SBM15 and FB26 diets (78.6 and 86.4%, respectively) and lower for P30 diet (75.1 and 83.6%, respectively; P

With the objective of studying the role of wild fauna in the epidemiology of fasciolosis disease, a definitive wild-host inventory was carried out in a french farm where infected domestic hosts (cows) cohabit with wild potential ones. Liver flukes, faecal eggs and antibodies were looked for in lagomorphs (Oryctolagus cuniculus) and rodents (Myocastor coypus, Ondatra zybethicus, Rattus norvegicus, Arvicolasapidus and micromammal species) trapped in the study area. Presence of Fasciola hepatica was detected in two species: O. cuniculus and M. coypus. Infection rates were respectively 34 % (42/124) and 55 % (106/193). Liver flukes were found in 78 M. coypus (n = 192) and 1 1 O. cuniculus (n = 35). No other species was infected by F. hepática. The number of animals shedding fluke eggs was higher in M. coypus (49 out of 1 27 sampled; 38.6 %) than in O. cuniculus (two out of 17 sampled; 11.7 %). The results indicate that M. coypus may play a role in the maintenance and the dissemination of F. hepatica in various environments and open a discussion on the role of other natural wild hosts., Afin d'étudier le rôle de la faune sauvage dans l'épidémiologie de la fasciolose, un inventaire des rongeurs et des lagomorphes hôtes sauvages de Fasciola hepatica a été effectué dans une ferme française où des bovins infestés cohabitent avec des animaux sauvages potentiellement hôtes. La présence de douves hépatiques, d'oeufs dans les fèces et d'anticorps sanguins a été recherché chez des lagomorphes (Oryctolagus cuniculus) des rongeurs (Myocastor coypus, Ondatra zybethicus, Rattus norvegicus, Arvicola sapidus et micromammifères) capturés sur la zone d'étude. La présence de Fasciola hepatica a été observée chez deux espèces : O. cuniculus et M. coypus. Les taux d'infestation sont respectivement de 34 % (42/124) et 55 % (106/193). Des douves ont été isolées dans 78 foies de M. coypus (n = 192) et 11 foies de O. cuniculus (n = 35). Aucune autre espèce n'est infestée. Le nombre d'animaux infestés excréteurs d'oeufs est plus élevé chez M. coypus (49 sur les 127 échantillonnés ; 38,6%) que chez O. cuniculus (2 sur les 17 échantillonnées; 11,7 %). Les résultats témoignent du rôle possible de M. coypus dans le maintien et la dissémination de F. hepatica et permettent de discuter du rôle des autres hôtes sauvages

Les productions animales sont à la croisée de nouveaux enjeux sociaux, économiques et environnementaux et le développement durable est devenu une priorité depuis plusieurs années. C’est dans ce contexte que l’Institut Technique de l’AVIculture (ITAVI) et l’Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) se sont associés dans un projet combinant des approches méthodologique et expérimentale avec les objectifs suivants : 1) Evaluer la durabilité des pratiques d’élevage dans les ateliers lapins et palmipèdes ; 2) Proposer des innovations pour améliorer la durabilité des systèmes 3) Valider et communiquer les résultats du projet auprès des filières, de la recherche et du développement. Ces quatre ans de travaux ont abouti à l’élaboration d’une méthode d’évaluation de la durabilité des ateliers d’élevage (méthode DIAMOND), formalisée par l’édition d’un Guide d’utilisation, déclinée ensuite en un outil adapté à l’évaluation des innovations en condition de recherche. La méthode DIAMOND a été développée dans le cadre d’une démarche participative. L’analyse des données issues des réseaux de fermes de référence a permis de proposer des références nationales de performances économiques environnementales et sociales et de mettre en évidence l’influence des caractéristiques et des choix techniques des ateliers sur leur durabilité. Sept innovations portant sur différents leviers d’action ( alimentation, logement, reproduction et génétique) ont par ailleurs été testées et éprouvées, en termes de gains potentiel de durabilité pour l’atelier. Ce travail constitue un atout précieux pour les filières en termes de communication mais aussi d’analyse stratégique pour identifier les marges de progrès et les priorités d’action., Animal production are at the crossroads of new social, economic and environmental issues and sustainable development has become a priority for many years. In this context, the Poultry Technical[br/] Institute (ITAVI) and the National Institute for Agronomic Research (INRA) have joined forces in a project combining methodological and experimental approaches with the following objectives: 1) To assess the sustainability of rabbits and waterfowl production units, 2) To propose innovations to improve the sustainability of the livestock systems, 3 ) To validate and communicate the results of the project. These four years of work led to the development of a tool for evaluation of sustainability for rabbit and waterfowls breeding units (DIAMOND method), formalized by the edition of a User Guide, and then declined in a suitable tool for the assessment of innovations in research. The DIAMOND method was built within a participatory approach. The analysis of data from the networks of reference farms give national references concerning environmental, social and economic performance and highlight the influence of farm characteristics and technical choices on sustainability. Seven innovations targeting feeding system, housing, reproduction and genetics were also tested and evaluated for potential gains of sustainability. This work is a valuable asset for the industry as a communication support but also as a strategic analysis to identify the margins of progress and priorities for action.

With the reduction in antibiotic use new strategies are required in order to preserve animal health, particularly around weaning. In rabbit breading feed restriction strategies allow for the reduction of post-weaning digestive disorders and improve feed efficiency, but are inevitably responsible for a reduced growth and carcass yield at slaughter. This work aimed to optimize the growth performances and slaughter yield of restricted fed rabbits through a modulation of the dietary energy concentration and quality. The second objective of this work was to explain the physiological mechanisms underlying the beneficial effects of feed restriction upon health and feed efficiency. We demonstrated that, under a restriction strategy, a diet rich in digestible energy increased growth (+2%), slaughter yield (+0.6 points) and feed efficiency (+11%), through an improved digestive efficiency, without penalizing the sanitary parameters. The reduced growth induced by feed restriction was however only partially compensated for (-3% in final weight compared to the ad libitum fed animals). A diet rich in starch induced a higher growth and slaughter yield and did not penalize the sanitary parameters under a restriction strategy. Feed restriction and, to a lesser extent, the dietary energy concentration, modulated the immune response through a reduced humoral response at the digestive (fecal IgA) and systemic (plasmatic IgA and IgG) levels without modifying the inflammatory response. The cecal microbial activity was modulated by the amount of feed ingested while the cecal bacterial community profile, diversity and richness were not affected by the feed intake level. However, the relative abundance of certain families (Eubacteriaceae, Peptococcaceae and Christensenellaceae) and generas demonstrated specific variations according to the feed intake level and the dietary energy concentration. These results indicate that the relationship between the physiological measurements and the beneficial effects of feed restriction upon health remain complex and suggest the implication of other metabolic parameters that weren’t measured. Complementary work hypothesis must therefore be considered. This work however enabled us to establish the economic advantage of feed restriction strategies regardless of the sanitary status and demonstrated the beneficial effects of a high energy diet on growth parameters. Our study opens the door to new complementary research projects regarding the optimization of the feeding strategies through for instance the modulation of the restriction length and the dietary energy quality., Dans un contexte de limitation de l’utilisation des antibiotiques, de nouvelles stratégies doivent être mises en place pour préserver la santé des animaux, en particulier lors du sevrage. En cuniculture, les stratégies de limitation de l’ingestion permettent de réduire les troubles digestifs en post sevrage et améliorent l’efficacité alimentaire, mais induisent inévitablement un retard de croissance et une baisse du rendement à l’abattage. Ce travail de thèse avait pour objectif d’une part d’optimiser les performances de croissance et de rendement à l’abattage des animaux soumis à une restriction alimentaire via une modulation de la quantité et de la qualité énergétique des aliments et d’autre part d’expliciter les mécanismes physiologiques sous-jacents aux effets bénéfiques d'une ingestion restreinte sur la santé et l’efficacité alimentaire. Nous avons démontré que dans le cadre d’une stratégie de restriction alimentaire un aliment riche en énergie digestible permet d’optimiser la croissance (+2%), le rendement à l’abattage (+0,6 points) et l’efficacité alimentaire (+11%), via notamment une amélioration de l’efficacité digestive, sans pénaliser les paramètres sanitaires, mais ne permet de rattraper que partiellement le retard de croissance induit par la restriction alimentaire (-3% de poids à l’abattage par rapport aux animaux nourris à volonté). Un aliment riche en amidon était favorable à la croissance de ces animaux et en particulier au rendement à l'abattage et n’avait pas d’effet délétère sur les paramètres sanitaires. La restriction alimentaire et la concentration énergétique alimentaire dans une moindre mesure, modulaient la réponse immunitaire via une réduction de la réponse humorale digestive (IgA intestinaux) et systémique (IgA et IgG circulants) sans modification de la réponse inflammatoire. L’activité du microbiote caecal était quant à elle modulée par la masse d’aliment ingérée alors que le profil de la communauté bactérienne caecale, sa diversité et sa richesse ne semblaient pas modifiés par la restriction alimentaire. Toutefois l’abondance relative de certaines familles (Eubacteriaceae, Peptococcaceae et Christensenellaceae) et genres montraient des variations spécifiques à la restriction ou à la concentration énergétique de l'aliment. L'ensemble de ces résultats indiquent que les relations entre les mesures physiologiques et les effets bénéfiques de la restriction alimentaire sur la santé digestive restent complexes et suggèrent l'implication d'autres paramètres métaboliques non évalués. Des hypothèses complémentaires de travail doivent ainsi être envisagées Toutefois nos travaux établissent l’intérêt économique de la restriction alimentaire, quel que soit le contexte sanitaire, et celui de l'utilisation d'aliments à haute valeur énergétique sur les performances zootechniques. Notre étude ouvre dès lors des perspectives de recherches complémentaires d'optimisation des stratégies alimentaires via une modulation de la durée de restriction alimentaire et de la qualité énergétique des aliments.

Pas de Clé UT pas dans le WOS (oct.2015); National audience; Animal production are at the crossroads of new social, economic and environmental issues and sustainable development has become a priority for many years. In this context, the Poultry Technical Institute (ITAVI) and the National Institute for Agronomic Research (INRA) have joined forces in a project combining methodological and experimental approaches with the following objectives: 1) To assess the sustainability of rabbits and waterfowl production units, 2) To propose innovations to improve the sustainability of the livestock systems, 3 ) To validate and communicate the results of the project. These four years of work led to the development of a tool for evaluation of sustainability for rabbit and waterfowls breeding units (DIAMOND method), formalized by the edition of a User Guide, and then declined in a suitable tool for the assessment of innovations in research. The DIAMOND method was built within a participatory approach. The analysis of data from the networks of reference farms give national references concerning environmental, social and economic performance and highlight the influence of farm characteristics and technical choices on sustainability. Seven innovations targeting feeding system, housing, reproduction and genetics were also tested and evaluated for potential gains of sustainability. This work is a valuable asset for the industry as a communication support but also as a strategic analysis to identify the margins of progress and priorities for action.; Les productions animales sont à la croisée de nouveaux enjeux sociaux, économiques et environnementaux et le développement durable est devenu une priorité depuis plusieurs années. C’est dans ce contexte que l’Institut Technique de l’AVIculture (ITAVI) et l’Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) se sont associés dans un projet combinant des approches méthodologique et expérimentale avec les objectifs suivants : 1) Evaluer la durabilité des pratiques d’élevage dans les ateliers lapins et palmipèdes ; 2) Proposer des innovations pour améliorer la durabilité des systèmes 3) Valider et communiquer les résultats du projet auprès des filières, de la recherche et du développement. Ces quatre ans de travaux ont abouti à l’élaboration d’une méthode d’évaluation de la durabilité des ateliers d’élevage (méthode DIAMOND), formalisée par l’édition d’un Guide d’utilisation, déclinée ensuite en un outil adapté à l’évaluation des innovations en condition de recherche. La méthode DIAMOND a été développée dans le cadre d’une démarche participative. L’analyse des données issues des réseaux de fermes de référence a permis de proposer des références nationales de performances économiques environnementales et sociales et de mettre en évidence l’influence des caractéristiques et des choix techniques des ateliers sur leur durabilité. Sept innovations portant sur différents leviers d’action ( alimentation, logement, reproduction et génétique) ont par ailleurs été testées et éprouvées, en termes de gains potentiel de durabilité pour l’atelier. Ce travail constitue un atout précieux pour les filières en termes de communication mais aussi d’analyse stratégique pour identifier les marges de progrès et les priorités d’action.

National audience

National audience; La souche INRA 2266 est constituée de deux lignées divergentes sélectionnées pour augmenter (homogène : HOM) ou diminuer (hétérogène : HET) l'homogénéité intra-portée du poids des lapereaux à la naissance. Pour analyser le déterminisme génétique et physiologique de la divergence entre les lignées, 110 femelles de la 14ème génération ont reçu par transfert 8 embryons de la souche INRA 1777 dans une corne utérine, aucun dans l'autre, et ont été sacrifiées à 21 ou 28 jours de gestation. Cette expérience confirme que les cornes utérines de la lignée HOM sont plus longues et plus aptes à s'allonger. Par contre, elle met en évidence que, si les foetus sont tous de même génotype, indépendant des lignées sélectionnées, il n'y a pas de différence d'homogénéité des portées et les foetus placés dans la lignée HET sont plus lourds. Il y a donc une interaction entre le milieu utérin et le génotype des lapereaux qu'il est nécessaire de davantage explorer.

National audience; La souche INRA 2266 est constituée de deux lignées divergentes sélectionnées pour augmenter (homogène : HOM) ou diminuer (hétérogène : HET) l'homogénéité intra-portée du poids des lapereaux à la naissance. Pour analyser le déterminisme génétique et physiologique de la divergence entre les lignées, 110 femelles de la 14ème génération ont reçu par transfert 8 embryons de la souche INRA 1777 dans une corne utérine, aucun dans l'autre, et ont été sacrifiées à 21 ou 28 jours de gestation. Cette expérience confirme que les cornes utérines de la lignée HOM sont plus longues et plus aptes à s'allonger. Par contre, elle met en évidence que, si les foetus sont tous de même génotype, indépendant des lignées sélectionnées, il n'y a pas de différence d'homogénéité des portées et les foetus placés dans la lignée HET sont plus lourds. Il y a donc une interaction entre le milieu utérin et le génotype des lapereaux qu'il est nécessaire de davantage explorer.

National audience

National audience; L’objectif de cette expérience est de mesurer l’influence de l’état physiologique des lapines donneuses au moment de l’insémination et du stade physiologique des receveuses sur le rendement de transferts d’embryons (n=49) au stade morula (67±2 heures dans notre expérience). Les donneuses ont reçu un traitement de superovulation, elles sont inséminées alors qu’elles sont allaitantes (3 jours avant sevrage, ou le jour du sevrage) ou non allaitantes. Les lapines receveuses reçoivent des embryons au stade 67±2 heures post induction de l’ovulation (p.o.), au moment du transfert, elles sont au stade : 59-61, 62- 64, 65-68 et 69-71 p.o. Sur l’ensemble des transferts, l’état physiologique des donneuses au moment de l’insémination n’influence significativement ni la fertilité, ni la taille de portée (nés vivants, nés morts) ni le rendement global (nombre de nés vivants/nombre d’embryons transférés). En revanche, la fertilité est optimale pour des receveuses aux stades 62-64 et 65-68 heures après l’induction de l’ovulation (respectivement 77,78 et 79,78 % vs 68,36 et 28,90 % pour les stades 59-61 et 69-71 heures post induction de l’ovulation, P=0,024). Le nombre de lapereaux nés vivants est significativement supérieur quand les receveuses sont à un stade correspondant à l’âge des embryons (respectivement 5,77 vs 4,28, 2,83 et 3,52 pour 59-61, 62-64, 69-71 heures après l’ovulation, P=0,036). En conséquence, la réussite du transfert, ou le rendement mesuré sur les lapines fertiles est plus élevé quand le stade physiologique des lapines correspond à l’âge des embryons (respectivement 53,92 % vs 37,74, 28,87, et 33,01 %, P=0,053). La durée de la gestation est plus longue après un transfert d’embryons (moyenne : 32,6 jours). Le nombre de lapereaux nés vivants est corrélé au nombre total d’embryons transférés (r=+0,32, P=0,024). La durée de gestation est négativement corrélée au nombre de nés totaux (r=-0,60, P

National audience; Une sélection divergente pour les troubles digestifs, R pour les animaux résistants et S pour les animaux sensibles, a été réalisée dans les lignées AGP39 et AGP59 du sélectionneur Hypharm. Un index de résistance aux troubles digestifs a été calculé à partir des mesures de fréquence de troubles digestifs réalisés en routine. Deux bandes successives (B1 et B2) de 178 animaux croisés, 89 R et 89 S, ont été produites respectivement par l’accouplement de mâles AGP39 R avec des femelles AGP59 R et l’accouplement de mâles AGP39 S avec des femelles AGP59 S. Dans chaque bande 62 animaux R (RI) et 62 animaux S (SI) ont été choisis pour une inoculation avec la souche LY265, E. Coli O103:H2:K-, rhamnose négative. Dans chaque bande, un lot RRI (très résistant n=31) a été constitué en retenant 31 animaux avec les valeurs d’index les plus fortes dans le lot RI, et un lot SSI très sensible, n=31) a été constitué en retenant 31 animaux avec les valeurs d’index les plus faibles dans le lot SI. La croissance et l'état sanitaire ont été suivis pendant 13 jours suivant l'inoculation. Bien que la mortalité tend à être plus forte chez les animaux sensibles (SI) que chez les animaux résistants, la différence n’est pas significative. La croissance ou le développement caecal sont similaires entre ces 2 groupes. Par rapport aux lapins "très sensibles" (SSI), les lapins "très résistants" (RRI) présentent toutefois une mortalité significativement plus faible (p=0.04) à j11, j12 et j13 après l’inoculation (-18 %).