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International audience; The effect of divergent selection on adrenocortical activity in Large White pigs on gene expression after ACTH, LPS and social stress challenges. E. Terenina1, C. Dugué1, E. Kulikova2, D. Bazovkina2, L. Gress1, G. Lefort1, Y. Billon3, C. Larzul1 & P. Mormede1 1 GenPhySE, INRA, INPT, ENSAT, Université de Toulouse, 31326 Castanet-Tolosan, France elena.mormede@inra.fr (Corresponding Author) 2 Department of Behavioral Neurogenomics, Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, 630090 Novosibirsk, Russia 3 GenESI, INRA, Le Magneraud, 17700 Surgères, France The objective of the present experiment is to analyze the expression of candidate genes related to HPA axis and stress in the third generation of selection of two lines of pigs divergently selected on the basis of plasma cortisol levels measured one hour after injection of ACTH. This test allows to objectify the activity level of the hypothalamic-pituitary-adrenal (HPA) axis, a major neuroendocrine system of the stress response. The kinetics of the blood transcriptomic responses to adrenocorticotropic hormone (ACTH), lipopolysaccharide (LPS) and social stress were measured at 4 time points (0, 1h, 4h, and 24h after the challenge). Our results suggest that the responses to these different challenges are not affected in the same way by HPA axis activity. We found 22 differentially expressed genes for the inflammatory stress, 2 genes specific to the response to ACTH injection and 12 genes for the social stress. The expression of studied candidate genes did not differ according to the line. Four genes (MEGF9, S100A9, CERS4 and PSAP) were found to be differentially expressed in the three tests and could therefore be used for the overall study of stress response. With the financial support of the Agence Nationale de la Recherche, program ANR BIOADAPT, project SUSoSTRESS (ANR-12-ADAP-0008).

International audience; This experiment had the objective to analyze responses to various breeding challenges in the third generation of selection of two lines of pigs genetically selected on the basis of plasma cortisol levels measured one hour after injection of ACTH. This test allows to objectify the activity level of the hypothalamic-pituitary-adrenal (HPA) axis, a major neuroendocrine system of the stress response. The results presented here show that the post-weaning growth rate was significantly lower in the high line, although the two lines had the same overall growth rate throughout their productive lives. The effects of a prolonged exposure to high temperature (30°C) and of group mixing stress prior to slaughter did not differ between the lines. These results show that the responses to different challenges are not affected in the same way by the HPA axis activity. These results, together with production data, will allow to evaluate the relevance of this criterion of selection to increase the robustness of animals. With the financial support of the Agence Nationale de la Recherche, program ANR BIOADAPT, project SUSoSTRESS (ANR-12-ADAP-0008). Keywords: genetic selection, cortisol, stress, robustness, heat stress, weaning stress, mixing stress, pig.

International audience; The overall objective of the COST action IPEMA is to find and disseminate general, region-specific or chain-specific solutions for the development of alternatives to surgical castration of male pigs: entire male production (EM) and immunocastration (IC). IPEMA is looking for integrated solutions taking into account meat quality (boar taint, water holding capacity, tenderness, fat quantity and quality), animal welfare, breeding, nutrition and economy. IPEMA aims to coordinate research between national programmes and fill knowledge gaps between different areas in Europe and between science and relevant stakeholders. The specific objectives are (1) to guide breeding programmes for pork production systems with EM (boar taint, other meat quality traits, behaviour), (2) to develop nutritional concepts for EM and IC (requirements, boar taint, fat quantity and quality), (3) to define EM specific housing, management, transport and slaughter conditions, (4) to evaluate innovations in grading and meat quality control systems (boar taint, other meat quality traits), (5) to assist innovations in the processing industry to adapt products to EM and IC characteristics and to valorise tainted meat, (6) to develop specific information strategies for European countries and export markets and harmonise sensory studies on boar taint. IPEMA started in October 2016 and will finish in September 2020. IPEMA membership currently includes institutions from 22 European countries. IPEMA wants to extend its membership by including more members from (1) the Eastern part of Europe, neighbouring countries and other international partners and (2) all levels of the pig chains: organisation representing the farmers as well as upstream and downstream industry. The IPEMA consortium acknowledges the financial support of the EU, COSTaction CA15215

International audience; This study aims at assessing the contribution of the additive and dominance genomic variances to the phenotypic expression of several purebred Piétrain and crossbred (Piétrain × Large White) pig performances. A total of 636 purebred and 720 crossbred male piglets were phenotyped for 22 traits that can be classified into the trait groups growth rate and feed efficiency, carcass composition, meat quality, behaviour, boar taint and puberty. Additive and dominance variances estimated in univariate genotypic models including additive and dominance genotypic effects and a genomic inbreeding covariate allowed us to retrieve the additive and dominance SNP variances for purebred and crossbred performances. These estimated variances were used, together with the allelic frequencies of the parental populations, to obtain additive and dominance variances in terms of genomic breeding values and dominance deviations. Estimates of additive genetic variances across traits were consistent with previous results without dominance indicating that additive and dominance genetic effects were non-confounded. Some traits showed a relevant amount of dominance genetic variance in both populations (i.e. growth rate 8%, feed conversion ratio 9-12%, backfat thickness 14-12%, lean meat 10-8%, carcass lesions 9%, in purebreds and crossbreds, respectively) or increased amounts in crossbreds (i.e. ham cut 8-13%, loin 7-16%, pH semimembranosus 13-18%, pH Longissimus dorsi 9-14%, dressing yield 5-15%, androstenone 5-13% and estradiol 6-11%). Results suggest that accounting for dominance in the models of these traits could lead to an increased GEBV accuracy and that using crossbred information can be beneficial to evaluate purebred candidates to selection for crossbred performance. Further research will compare additive and dominance marker effects between crossbred and purebred performances.

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National audience; Our objectives were to estimate genetic parameters of the gut microbiota composition in French Large White pigs, and to uncover co-variations between the abundances of microbial communities and immunity or growth parameters of the host. In the framework of the Sus-Flora project, we characterized the diversity of the faecal microbiota of 518 60 day-old piglets by sequencing a variable region of the ribosomal 16S gene. Our first results have shown that the genera Prevotella, followed by Oscillibacter, Dialister, Roseburia or Treponema are dominant in the porcine faecal microbiota. Heritability values ranging from 0.13 0.08 to 0.55 0.16 were estimated for the relative abundance of 19 of the most common bacterial genera, highlighting the contribution of the host genome to the shaping of the gut microbial ecosystem. Regularized canonical correlations and sparse Partial Least Squares analyses highlighted both positive and negative correlations between immunity traits (e.g. monocytes, eosinophils, platelets) and genera such as Prevotella, Roseburia and Dialister. The establishment of microbial diversity in the gut was assessed by following a subset of 31 piglets at 14, 36, 48, 60 and 70 days of age. We showed that the gut microbiota composition was stabilized after 36 days of age. In addition, a stratification of the 31 piglets in two groups was observed after weaning, suggesting the existence of enterotypes as observed in humans. These two enterotype-like clusters were primarily distinguished by the levels of unclassified Ruminococcaceae and Prevotella, respectively. These two enterotype-like clusters were also found in the cohort of 518 60 day-old piglets.; L’objectif de cette étude est d’estimer les paramètres génétiques de la composition du microbiote intestinal chez le porc Large White et d’étudier les covariations entre cette composition et des paramètres immunitaires et de croissance. Dans le cadre du projet Sus-Flora, nous avons caractérisé la diversité du microbiote fécal pour 518 porcelets âgés de 60 jours, par séquençage d’une région variable du gène bactérien codant l’ARNr 16S. Nos premiers résultats ont mis en évidence une prédominance des genres bactériens Prevotella puis Oscillibacter, Dialister, Roseburia et Treponema. Des valeurs d’héritabilité comprises entre 0,13 0,08 et 0,55 0,16 ont été estimées pour l’abondance relative de 19 genres bactériens parmi les plus fréquents, démontrant ainsi une part génétique significative de la composition du microbiote intestinal chez le porc. Des corrélations génétiques positives et négatives sont identifiées entre abondances des taxons bactériens. Des covariations positives et négatives ont été trouvées entre des paramètres de formule sanguine (taux de monocytes, éosinophiles, plaquettes) et l’abondance des genres Prevotella, Roseburia, Dialister. Nous montrons également, pour un sous-groupe de 31 animaux, que la composition du microbiote intestinal se stabilise après 36 jours d’âge et que les animaux se séparent en deux groupes sur la base de la composition de leur microbiote intestinal, évoquant les entérotypes identifiés chez l’homme. Ces deux groupes, dominés par le genre Prevotella ou les Ruminococcaceae, sont retrouvés à 60 jours d’âge, avec la cohorte des 518 porcelets.

L’étude repose sur l’analyse de l’épaisseur de lard au tomographe RX d’animaux de 13 types génétiques : des races pures de type Piétrain, des croisés deux voies de type Piétrain x Large-White et des porcs charcutiers. Pour chacune des 280 demi-carcasses analysées, les épaisseurs moyennes de lard sont calculées sur la longueur totale de la carcasse et sur trois zones anatomiques (épaule, longe, jambon). Des différences d’épaisseur de lard sont observées entre zones anatomiques et entre groupes de types génétiques. Les porcs de races pures sont plus maigres que les porcs croisés deux voies, eux-mêmes plus maigres que les porcs charcutiers. Les épaisseurs de lard décroissent de l’épaule au jambon. Les plus faibles coefficients de variation des mesures d’épaisseur de lard sont observés au niveau de la longe. Les trois génotypes au locus halothane sont représentés dans cette étude. Des différences significatives entre les animaux NN et Nn sont mises en évidence : les animaux hétérozygotes présentent une épaisseur moyenne de lard plus faible de 0,7 mm par rapport aux homozygotes ; l’écart est de 1 mm au niveau des zones de la longe et de l’épaule (respectivement P < 0,05 et P < 0,01) mais n’est pas significatif au niveau de la zone du jambon. Aucune différence significative n’est observée par rapport au génotype nn, sans doute en raison du faible nombre d’animaux porteurs de ce génotype., The study is based on fat thickness analysis with computed tomography (CT) of animals from 13 genetic types: purebred Piétrain-like breeds, crossbred Piétrain x Large-White types and crossbred fattening pigs. For each of the 280 analyzed half-carcasses, average fat thickness was calculated throughout the carcass as well as in three body parts (shoulder, loin, ham zones). Fat thickness differences were observed between body parts and between groups of genetic types. Purebred animals were leaner than crossbred Piétrain x Large-White types themselves leaner than crossbred fattening pigs. Subcutaneous fat thickness decreased from the shoulder to the ham. The lowest fat thickness variation coefficients were seen for the loin. The three halothane genotypes were represented in this study. Significant differences between NN and Nn animals were highlighted: heterozygote animals presenting 0.7 mm less fat thickness compared with homozygotes; significant differences were seen at the loin (1.1 mm, P < 0.05) and shoulder (1.0 mm, P < 0.01) parts but differences were not significant at the ham. No significant effect was observed in comparison with the nn genotype, probably due to the small number of animals carrying this genotype.

National audience; The study is based on fat thickness analysis with computed tomography (CT) of animals from 13 genetic types: purebred Piétrain-like breeds, crossbred Piétrain x Large-White types and crossbred fattening pigs. For each of the 280 analyzed half-carcasses, average fat thickness was calculated throughout the carcass as well as in three body parts (shoulder, loin, ham zones). Fat thickness differences were observed between body parts and between groups of genetic types. Purebred animals were leaner than crossbred Piétrain x Large-White types themselves leaner than crossbred fattening pigs. Subcutaneous fat thickness decreased from the shoulder to the ham. The lowest fat thickness variation coefficients were seen for the loin. The three halothane genotypes were represented in this study. Significant differences between NN and Nn animals were highlighted: heterozygote animals presenting 0.7 mm less fat thickness compared with homozygotes; significant differences were seen at the loin (1.1 mm, P < 0.05) and shoulder (1.0 mm, P < 0.01) parts but differences were not significant at the ham. No significant effect was observed in comparison with the nn genotype, probably due to the small number of animals carrying this genotype.; L’étude repose sur l’analyse de l’épaisseur de lard au tomographe RX d’animaux de 13 types génétiques : des races pures de type Piétrain, des croisés deux voies de type Piétrain x Large-White et des porcs charcutiers. Pour chacune des 280 demi-carcasses analysées, les épaisseurs moyennes de lard sont calculées sur la longueur totale de la carcasse et sur trois zones anatomiques (épaule, longe, jambon). Des différences d’épaisseur de lard sont observées entre zones anatomiques et entre groupes de types génétiques. Les porcs de races pures sont plus maigres que les porcs croisés deux voies, eux-mêmes plus maigres que les porcs charcutiers. Les épaisseurs de lard décroissent de l’épaule au jambon. Les plus faibles coefficients de variation des mesures d’épaisseur de lard sont observés au niveau de la longe. Les trois génotypes au locus halothane sont représentés dans cette étude. Des différences significatives entre les animaux NN et Nn sont mises en évidence : les animaux hétérozygotes présentent une épaisseur moyenne de lard plus faible de 0,7 mm par rapport aux homozygotes ; l’écart est de 1 mm au niveau des zones de la longe et de l’épaule (respectivement P < 0,05 et P < 0,01) mais n’est pas significatif au niveau de la zone du jambon. Aucune différence significative n’est observée par rapport au génotype nn, sans doute en raison du faible nombre d’animaux porteurs de ce génotype.

International audience; To get insights into selection criteria for feed efficiency, 2 rabbit lines have been created: the ConsoResidual line was selected for residual feed intake (RFI) with ad libitum feeding and the ADGrestrict line was selected for ADG under restricted feeding. The aim of the present study was to evaluate the impact on carcass and meat quality of the genetic selections. This comparison was performed using 2 different feeding strategies corresponding to the selection design. Carcass and meat quality traits were recorded for the 3 lines (ConsoResidual, ADGrestrict, and an unselected control [generation 0 {G0}]) in the 2 feeding systems (ad libitum and restricted) for 163 animals. Concerning the line effect, the BW at 63 d old was higher for the ADGrestrict line compared with the G0 and ConsoResidual lines (P < 0.0001). There was no line effect on the gastrointestinal tract. The rabbits did not exhibit a different carcass yield but showed different carcass traits. Indeed, the ConsoResidual rabbits had a higher hind leg yield (P < 0.0001) but no difference in the meat-to-bone ratio of the hind leg. On the contrary, the ADGrestrict line had a higher proportion of forelegs plus thoracic cage (P = 0.03). We also found lower perirenal (P < 0.0001) and scapular fat yields (P < 0.0001) in ConsoResidual rabbits. The ADGrestrict line had an intermediate perirenal fat yield compared with the other 2 lines. The G0 line always exhibited higher fat yields. Concerning meat quality, the ConsoResidual rabbits showed a lower ultimate pH (P < 0.0001) and higher water loss (drip and cooking loss; P < 0.002) compared with the G0 and ADGrestrict rabbits. The feeding level had a strong effect on the gastrointestinal tract (P = 0.0004) and the carcass yield (P = 0.001). The latter was decreased in restricted rabbits. The effects of feeding strategy on meat quality were detrimental in the case of restricted feeding. Even if the ultimate pH was slightly higher in restricted rabbits (P = 0.0002), the carcass chilling loss (P = 0.0005) and the drip loss during 6 d (P < 0.0001) were higher. The selection on ADG with restricted access to feed seems to be less adversely correlated with carcass traits and meat quality traits but it leads to an increase in the live weight of the rabbits. Adversely, the selection on RFI, without affecting growth rate, would not modify age at slaughter because growth rate is not affected, but it might induce detrimental effects on meat quality.

Deux lignées de lapins ont été créées pour améliorer leur efficacité alimentaire (EA) entre le sevrage et 63 jours d'âge, selon 2 critères i) la consommation résiduelle (lignée ConsoResiduelle), ii) le gain moyen quotidien en alimentation restreinte (lignée GMQRestreint). La digestion et les rejets de ces lignées ont été comparés à une lignée témoin (G0), en alimentation ad-libitum (AL) ou restreinte de 20% (R). Après 9 générations de sélection, l'indice de consommation est réduit de 0,1 à 0,2 pts (resp. pour ConsoResiduelle et GMQRestreint), et est associé à une meilleure rétention de l'azote (réduction du rejet urinaire). Entre 29 et 63j. d'âge, le rejet azoté est réduit d'environ 12% chez les 2 lignées sélectionnées, alors que le rejet de phosphore n'est pas modifié. La restriction alimentaire produit une meilleure digestion de l'aliment et une meilleure rétention de l'azote (+5pts), et conduit à une réduction de 35% du rejet azoté, et de 50% du rejet de phosphore., Two lines of rabbits were created to improve feed efficiency (FE) between weaning and 63 days of age, according to two criteria i) residual intake (ConsoResiduelle line), ii) the average daily gain with restricted feeding (line GMQRestreint). Digestion and slurry output of these lines were compared to a control line (G0), under ad-libitum feeding (AL) or restricted by 20% (R). After nine generations of selection, the feed conversion ratio is reduced from 0.1 to 0.2 pts (resp. for ConsoResiduelle and GMQRestreint), and is associated with a better nitrogen retention (decreased urine output). Between 29 and 63d old, nitrogen output is reduced by about 12% in the two selected lines, while the output of phosphorus remained unchanged. The feed restriction improved the digestion and the retention of nitrogen (+5 points), and led to a 35% reduction of the nitrogen output and to 50% less phosphorus output.

National audience; Genetic improvement of feed efficiency using two alternate traits compared to feed to gain ratio (FCR) were studied in the growing rabbit: Residual Feed Intake (RFI), to select low ad libitum feed intake independently from production level (ConsoRésiduelle line), and Average Daily Gain (ADGR) under restricted feeding (GMQrestreint line) (80% of ad libitum), to select high ADG under limited fixed feed intake. Responses to selection for the two criteria were similar in the two lines (-0.34 genetic standard deviations (σa) per generation for RFI, +0.29 σa per generation for GMQR line). Responses to selection were -0.30 σa per generation on FCR in both lines. Responses to selection were null on ADG and limited on BW63 in the ConsoRésiduelle line, whereas they were highly significant in the GMQrestreint line. To further examine responses to selection, in generation 9 a comparison of the two selected lines with the G0 control population (using frozen embryos) under ad libitum and restricted feeding was applied to 30 individuals per line and feeding level combination. As a result, both selected lines had a similar improved FCR (2.62±0.02) compared to the G0 line (2.82±0.02), but with a lower feed intake. In return, the GMQrestreint line showed the highest growth. Under restricted feeding, the two selected lines showed a higher daily gain than G0.; Deux caractères ont été sélectionnés afin d’améliorer l’efficacité alimentaire du lapin entre le sevrage et 63 jours d'âge: i) la consommation résiduelle (CR) afin de sélectionner les animaux ayant une consommation ad libitum réduite pour une même vitesse de croissance (lignée ConsoRésiduelle), ii) le gain moyen quotidien en régime alimentaire restreint (GMQR) afin de sélectionner les animaux ayant une croissance élevée à ingéré fixe (lignée GMQrestreint). Les réponses à la sélection sont similaires pour les deux critères de sélection (-0,34 écarttype génétique pour la CR et 0,29 écart-type génétique pour le GMQR) Pour l’indice de consommation, la réponse à la sélection était de -0,30 écart-type génétique dans les deux lignées. Les réponses à la sélection étaient nulles pour le GMQ et faible pour le poids à 63 jours dans la lignée ConsoRésiduelle, tandis qu’elles étaient fortement significatives dans la lignée GMQrestreint. A la neuvième génération, les deux lignées sélectionnées ont été comparées à une population témoin G0, issue d’embryons congelés, pour les deux niveaux alimentaires, ad libitum et restreint. Quel que soit le niveau alimentaire, les 2 lignées sélectionnées ont un indice de consommation significativement plus faible (2,62±0,02) que la lignée G0 (2,82±0,02), avec toutefois des quantités d’aliment ingéré et des poids à 63 jours différents. En régime ad libitum, la lignée ConsoRésiduelle présente la même croissance que la lignée G0, mais avec une moindre consommation d’aliment. En revanche, la lignée GMQrestreint montre la plus forte croissance. En régime restreint, les deux lignées sélectionnées ont une croissance plus forte que la lignée G0.

Deux caractères ont été sélectionnés afin d’améliorer l’efficacité alimentaire du lapin entre le sevrage et 63 jours d'âge: i) la consommation résiduelle (CR) afin de sélectionner les animaux ayant une consommation ad libitum réduite pour une même vitesse de croissance (lignée ConsoRésiduelle), ii) le gain moyen quotidien en régime alimentaire restreint (GMQR) afin de sélectionner les animaux ayant une croissance élevée à ingéré fixe (lignée GMQrestreint). Les réponses à la sélection sont similaires pour les deux critères de sélection (-0,34 écarttype génétique pour la CR et 0,29 écart-type génétique pour le GMQR) Pour l’indice de consommation, la réponse à la sélection était de -0,30 écart-type génétique dans les deux lignées. Les réponses à la sélection étaient nulles pour le GMQ et faible pour le poids à 63 jours dans la lignée ConsoRésiduelle, tandis qu’elles étaient fortement significatives dans la lignée GMQrestreint. A la neuvième génération, les deux lignées sélectionnées ont été comparées à une population témoin G0, issue d’embryons congelés, pour les deux niveaux alimentaires, ad libitum et restreint. Quel que soit le niveau alimentaire, les 2 lignées sélectionnées ont un indice de consommation significativement plus faible (2,62±0,02) que la lignée G0 (2,82±0,02), avec toutefois des quantités d’aliment ingéré et des poids à 63 jours différents. En régime ad libitum, la lignée ConsoRésiduelle présente la même croissance que la lignée G0, mais avec une moindre consommation d’aliment. En revanche, la lignée GMQrestreint montre la plus forte croissance. En régime restreint, les deux lignées sélectionnées ont une croissance plus forte que la lignée G0., Genetic improvement of feed efficiency using two alternate traits compared to feed to gain ratio (FCR) were studied in the growing rabbit: Residual Feed Intake (RFI), to select low ad libitum feed intake independently from production level (ConsoRésiduelle line), and Average Daily Gain (ADGR) under restricted feeding (GMQrestreint line) (80% of ad libitum), to select high ADG under limited fixed feed intake. Responses to selection for the two criteria were similar in the two lines (-0.34 genetic standard deviations (σa) per generation for RFI, +0.29 σa per generation for GMQR line). Responses to selection were -0.30 σa per generation on FCR in both lines. Responses to selection were null on ADG and limited on BW63 in the ConsoRésiduelle line, whereas they were highly significant in the GMQrestreint line. To further examine responses to selection, in generation 9 a comparison of the two selected lines with the G0 control population (using frozen embryos) under ad libitum and restricted feeding was applied to 30 individuals per line and feeding level combination. As a result, both selected lines had a similar improved FCR (2.62±0.02) compared to the G0 line (2.82±0.02), but with a lower feed intake. In return, the GMQrestreint line showed the highest growth. Under restricted feeding, the two selected lines showed a higher daily gain than G0.

National audience; Two lines of rabbits were created to improve feed efficiency (FE) between weaning and 63 days of age, according to two criteria i) residual intake (ConsoResiduelle line), ii) the average daily gain with restricted feeding (line GMQRestreint). Digestion and slurry output of these lines were compared to a control line (G0), under ad-libitum feeding (AL) or restricted by 20% (R). After nine generations of selection, the feed conversion ratio is reduced from 0.1 to 0.2 pts (resp. for ConsoResiduelle and GMQRestreint), and is associated with a better nitrogen retention (decreased urine output). Between 29 and 63d old, nitrogen output is reduced by about 12% in the two selected lines, while the output of phosphorus remained unchanged. The feed restriction improved the digestion and the retention of nitrogen (+5 points), and led to a 35% reduction of the nitrogen output and to 50% less phosphorus output.; Deux lignées de lapins ont été créées pour améliorer leur efficacité alimentaire (EA) entre le sevrage et 63 jours d'âge, selon 2 critères i) la consommation résiduelle (lignée ConsoResiduelle), ii) le gain moyen quotidien en alimentation restreinte (lignée GMQRestreint). La digestion et les rejets de ces lignées ont été comparés à une lignée témoin (G0), en alimentation ad-libitum (AL) ou restreinte de 20% (R). Après 9 générations de sélection, l'indice de consommation est réduit de 0,1 à 0,2 pts (resp. pour ConsoResiduelle et GMQRestreint), et est associé à une meilleure rétention de l'azote (réduction du rejet urinaire). Entre 29 et 63j. d'âge, le rejet azoté est réduit d'environ 12% chez les 2 lignées sélectionnées, alors que le rejet de phosphore n'est pas modifié. La restriction alimentaire produit une meilleure digestion de l'aliment et une meilleure rétention de l'azote (+5pts), et conduit à une réduction de 35% du rejet azoté, et de 50% du rejet de phosphore.

International audience; The aims of this study were to investigate variation in content of androstenone (AND), skatole (SKA), and indole (IND), quantified in adipose tissue of intact male pigs at 160 d of age (105 kg BW) and 220 d of age (155 kg BW), to estimate genetic parameters and to investigate the genetic relationships for AND, SKA, IND, and growth traits. A sample of adipose tissue was collected in vivo, using a biopsy device, from the neck of 500 intact males at the 2 ages and at slaughter from the ham of 100 of the investigated animals. Backfat depth was measured at 220 d of age, whereas BW was recorded at each sampling. Quantification of AND, SKA, and IND was performed by HPLC with fluorescence detection. Estimates of genetic parameters were obtained through Bayesian analyses after logarithmic transformations of original measures. Contents of boar taint compounds (BTC) measured at 220 d were higher than those at 160 d of age. Correlations between contents of BTC in backfat and ham fat ranged from 0.7 (IND) to 0.88 (SKA). Medium-high h were estimated for BTC at both ages, but estimates at 220 d (0.58, 0.60, and 0.69 for AND, SKA, and IND, respectively) were greater than those at 160 d. The genetic correlation between contents at 160 and 220 d of each BTC was positive, but the probability that such estimates were greater than 0.8 was very low, indicating that contents at 160 and 220 d were traits controlled by different genetic backgrounds. Different rankings were observed when breeding values for the content at 160 and 220 d of age were used to rank animals. As a consequence, performance testing programs for BTC should be based preferably on phenotypes measured at 220 d of age. Weak genetic correlations were observed between content of BT compounds and growth traits (BW, backfat depth, and daily gain from 160 to 220 d of age), indicating that selective breeding to reduce the risk of tainted pork is expected to exert trivial effects on growth performance and fat deposition. Results indicate that prevalence of BTC is high in mature and heavy pigs relative to young and light pigs. High heritability; positive genetic correlations between AND, SKA, and IND; and trivial effects on growth traits suggest that reduction of BTC through selective breeding is feasible and exploitable as an alternative to surgical castration also for pigs slaughtered at heavy BW.

Le néologisme « agro-écologie » est apparu dans la littérature dans les années 30, d’abord pour désigner une discipline scientifique au carrefour de l’écologie et de l’agronomie, puis à partir des années 70 un ensemble de pratiques et un mouvement social en réaction à l’intensification de l’agriculture (Wezel et al., 2009). Francis et al. (2003) ont encore élargi cette définition en considérant l’ensemble des dimensions environnementales et socio-économiques à l’échelle des filières. Dans son acception scientifique, qui est l’angle choisi dans cette étude, l’agro-écologie se définit comme l’application des concepts et principes de l’écologie à la conception et à la gestion d’agroécosystèmes durables. La question du bouclage des cycles pour limiter les intrants et les pollutions par une meilleure réutilisation des sorties des différents ateliers est au coeur de ces problématiques. On vise également un recours accru à des régulations biologiques et écologiques que l’on cherche à piloter au mieux des attendus de l’élevage. Ceci implique de prendre en compte la diversité biologique à tous ses niveaux d'organisation, de comprendre et d’utiliser les capacités adaptatives des animaux et les interactions biotiques dans les agroécosystèmes, en considérant les systèmes de culture ou les systèmes d'élevage comme des écosystèmes particuliers (Dumont et al. 2013). Ainsi, l’agro-écologie s’inscrit-elle dans un mouvement de fond autour du « Comment produire autrement ? » dans des systèmes de production dont on cherche à concilier les performances techniques, environnementales, économiques et sociales. Lancé le 18 décembre 2012, le Projet Agro-Ecologique pour la France (PAEF) vise à conjuguer l’ensemble de ces performances tant au niveau de l'exploitation qu’au niveau collectif (territoires, filières, etc.). Il s’agit d’engager une évolution des systèmes de production, qui remette l’agronomie au coeur des pratiques, pour combiner ces différentes performances. La Loi n° 2014-1170 du 13 octobre 2014 dite Loi d'avenir pour l'agriculture, l'alimentation et la forêt en donne la définition suivante : « Les politiques publiques visent à promouvoir et à pérenniser les systèmes de production agro-écologiques, dont le mode de production biologique, qui combinent performance économique, sociale, notamment au travers d’un haut niveau de protection sociale, environnementale et sanitaire. Ces systèmes privilégient l'autonomie des exploitations agricoles et l'amélioration de leur compétitivité, en maintenant ou en augmentant la rentabilité économique, en améliorant la valeur ajoutée des productions et en réduisant la consommation d'énergie, d'eau, d'engrais, de produits phytopharmaceutiques et de médicaments vétérinaires, en particulier les antibiotiques. Ils sont fondés sur les interactions biologiques et l'utilisation des services écosystémiques et des potentiels offerts par les ressources naturelles, en particulier les ressources en eau, la biodiversité, la photosynthèse, les sols et l'air, en maintenant leur capacité de renouvellement du point de vue qualitatif et quantitatif. Ils contribuent à l'atténuation et à l'adaptation aux effets du changement climatique.

International audience; A total of 654 purebred Piétrain entire male pigs and 716 crossbred Piétrain × Large White entire male pigs issued from about 70 Piétrain sires were tested in a French test station for production traits (feed intake, feed efficiency, growth rate, carcass composition and meat quality). All were genotyped with the 60K Porcine SNPchip. Genome wide association studies were run using linear mixed models with a genomic kinship matrix to account for relatedness between individuals, and the fixed effect of each SNP was tested separately. In a first step, separate analyses of the two populations showed suggestive results (P

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Des analyses uni- et multivariées ont été réalisées pour localiser des locus à effet quantitatif (QTL) sur la teneur en lipides intramusculaires (LIM) dans le muscle Long dorsal (LD), sur le poids de panne et sur des activités enzymatiques mesurées dans le LD et le gras de bardière (B) : l'acétyl-CoA-carboxylase, l'enzyme malique et la glucose-6-phosphate déshydrogénase. L'analyse porte sur 245 porcs mâles F2 Meishan x Large White descendants de 4 verrats F1 accouplés à 15 truies F1 en utilisant 132 marqueurs. Les analyses unicaractères ont permis de localiser des QTL pour la LIM sur les chromosomes 4 et 7, et pour le poids de panne sur les chromosomes 3 et 7. Sur le chromosome 7, les allèles d'origine Meishan sont associés à des valeurs élevées de LIM et de l'activité de l'enzyme malique ainsi qu'à un faible poids de panne. Les QTL ayant un effet sur une activité enzymatique étaient peu nombreux, et localisés sur les chromosomes 4, 7 et 18. Les analyses multicaractères ont permis de détecter des QTL sur deux chromosomes supplémentaires (SSC15 et SSC16) ayant des effets sur la LIM et les activités enzymatiques. Sur le chromosome 7, deux QTL pléïotropiques distincts ont été localisés, le premier affectant la LIM et le poids de panne, le second affectant les activités de l'enzyme malique mesurée dans LD et de la glucose-6-phosphate déshydrogénase mesurée dans LD et B. Hormis pour le chromosome 7, les effets de substitution n'ont pas permis de déterminer des effet cohérents entre la LIM et les activités enzymatiques., A univariate and multivariate quantitative trait locus (QTL) analysis of Longissimus dorsi (LD) muscle fat content, leaf weight and acetyl-CoA-carboxylase, malic enzyme and glucose-6-phosphate deshydrogenase activities in LD and backfat (BF) was performed on 245 F2 Meishan x Large White male pigs issued from 4 F1 boars and 15 F1 sows. A whole genome scan was performed using 132 markers covering the entire porcine genome. Univariate analyses detected QTL on chromosome 4 and 7 for intramuscular fat content and on chromosome 3 and 7 for leaf fat weight. For chromosome 7, Meishan alleles were associated with higher intramuscular fat content and malic enzyme activity and lower leaf fat weight. Few QTL were detected for enzyme activities; they were located on chromosome 4, 7 and 18. Multivariate analyses allowed locating additional QTL affecting intramuscular fat content and enzyme activities on chromosome 15 and 16. On chromosome 7, two distinct pleïotropic QTL were detected. One affected intramuscular fat content and leaf fat weight and the other one affected enzyme malic and glucose- 6-phosphate deshydrogenase activities in LD and glucose-6-phosphate deshydrogenase activity in BF. For all chromosomes but 7, substitution effects were highly variable between sire families and could not allow disclosing a clear pattern for Meishan vs Large White alleles or for joint effects on enzyme activities and intramuscular fat content.

National audience; Une sélection divergente pour la longévité fonctionnelle, basée sur un index estimé grâce aux techniques d’analyse de survie, a été conduite dans la souche INRA 1077. L’expérience a été mise en place pour vérifier l’efficacité de ce type de sélection et pour analyser les conséquences sur les autres caractères de reproduction. Sachant que ces femelles sont conduites en bande, le critère retenu pour estimer la durée de vie productive a été le nombre d’inséminations artificielles sans élimination pour infertilité. L’expérience s’est déroulée sur deux générations. Un total de 48 mâles ont été testés sur descendance (10 filles/père). Sur la base de leur valeur génétique, 5 mâles "haut" et 5 mâles "bas" ont été retenus et ont servi à produire une nouvelle génération de mâles (5/père). Ces 48 nouveaux mâles ont été testés sur descendance dans les mêmes conditions pour estimer la réponse à la sélection. Une différence significative de longévité (+0.92 IA soit 39 jours) a été mesurée entre les deux lignées. Hormis pour le nombre de nés totaux plus élevé dans la lignée basse, Il n’y avait pas de différence entre les deux lignées pour les caractères de reproduction enregistrés à chaque mise-bas.

National audience; L’objectif de ce travail était de mettre au point un système de discrimination de trois lots de lapins commerciaux (standard, certifié : CCP et Label) au sein d’un abattoir en production, en utilisant la méthode des arbres de décision. L’arbre permettant de discriminer les 3 lots utilise deux variables (la rigidité du fémur et le pH ultime du longissimus dorsi) et présente des performances médiocres de discrimination (60 % de classement correct). Un second arbre a été calculé pour discriminer le groupe des lapins Label des deux autres lots. Les performances de ce second arbre sont meilleurs que celles du précédent (76 % de classement correct), mais ce système prenant en compte une seule variable (rigidité du fémur) demande à être perfectionné.

National audience; Quarante et un paramètres physico-chimiques d’évaluation de la qualité de la viande et de la carcasse ont été mesurés dans le cadre d’un abattoir industriel en 2 séries sur 300 lapins issus de 3 lots commerciaux (Label, certifié et standard). Il s’agissait de pesées des morceaux de carcasse, de mesures de couleur, de pH ultime, et de conductivité (ToBEC), et des caractéristiques mécaniques de la viande et du fémur. Cette expérimentation nous a permis 1) de vérifier la faisabilité en site industriel de ces mesures 2) de montrer une variabilité de ces mesures entre lots et 3) de montrer que seuls l’adiposité, le rapport muscle sur os, la proportion de cuisse rapportée au poids de carcasse, la proportion de fémur rapportée au poids de la cuisse ou de la carcasse, et les paramètres de test de flexion du fémur ne montrent pas d’interaction entre la série d’abattage et le lot.

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National audience; Dans l’objectif d’étudier si la sélection pour la vitesse de croissance des lapereaux (poids à 63 j)influence la fécondance ultérieure de la semence des mâles, 17 mâles de deux lignées divergentes pour la vitesse de croissance ont été utilisés. 101 femelles INRA 2666 et 124 femelles INRA 1067, ont été inséminées tous les 42 jours pendant 4 séries. Les mâles de la lignée basse produisent un plus grand volume de semence (0,62 vs 0,54 ml), de pH plus élevé (6,96 vs 6,88) de meilleure motilité massale (6,98 vs 6,72), mais de concentration inférieure (686 vs 771x106 spz/ml) à celle des mâles de la lignée haute. La fertilité, la taille de portée et la productivité au sevrage sont fortement influencées par l’élevage, la série d’inséminations et l’état physiologique des lapines, mais ne varient pas significativement en fonction de la lignée. Dans les conditions expérimentales décrites, une sélection sur le poids à 63 jours n’influence pas la fécondance de la semence des mâles.

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National audience; L’objectif de cette étude était de rapprocher les résultats des méthodes physico-chimiques d'analyse des caractéristiques de la viande de ceux obtenus par analyses sensorielles. L'expérimentation a porté sur 3 lots de lapins abattus à un poids vif de 2,3 kg : standard, Label et «Russe». Les analyses sensorielles indiquaient que les râbles des lapins du lot standard étaient les plus juteux, ceux des Labels étaient les moins juteux, tandis que les râbles provenant des lapins du lot Russe occupaient une position intermédiaire (p

National audience; L’objectif de cette étude était de rapprocher les résultats des méthodes physico-chimiques d'analyse des caractéristiques de la viande de ceux obtenus par analyses sensorielles. L'expérimentation a porté sur 3 lots de lapins abattus à un poids vif de 2,3 kg : standard, Label et «Russe». Les analyses sensorielles indiquaient que les râbles des lapins du lot standard étaient les plus juteux, ceux des Labels étaient les moins juteux, tandis que les râbles provenant des lapins du lot Russe occupaient une position intermédiaire (p

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*INRA Station d'Amélioration Génétique des Animaux BP27 31326 Castanet-Tolosan (FRA) Diffusion du document : INRA Station d'Amélioration Génétique des Animaux BP27 31326 Castanet-Tolosan (FRA); International audience

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*INRA Station d'amélioration génétique des animaux BP27 31326 Castanet-Tolosan (FRA) Diffusion du document : INRA Station d'amélioration génétique des animaux BP27 31326 Castanet-Tolosan (FRA); International audience

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