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Since 2014 the European Commission enhanced all member-states regions to establish a new type of territorial development strategies which call them to specialize within areas that are really embedded into their territory in order to push them to build a set of original competitive advantages that are impossible or difficult to imitate. Those new strategies are called: “Research and Innovation Strategies for the Smart Specialization” (RIS3). Since 2014, the formulation of a RIS3 strategy also became the obligation that conditions the possibility for regions to access to the European Regional Development Fund which is one of the main financial resources of regions to finance their development. But the main originality of RIS3 is certainly the fact that the classical “top-down” processes of selection and prioritization of the strategic orientations of territories that will be decided by each public government at regional level will also have to be based now on an “Entrepreneurial Discovery” process: a “bottom-up” process of identification of the domains of strong potential for the region which stresses the need to involve all the “regional entrepreneurs” (RE) (of all size, sectors or status) into the design of their territory orientations. However, it seems that there is a lack of practical recommendations to concretely implement those complex mechanism into the very heterogeneous contexts of each regional innovation system of European regions. Thus, this work present two propositions of tools that we developed to instrument those complex processes within the innovation system of the Nouvelle-Aquitaine: (1) “WeKeyInnovation, a collaborative platform to help RE to share information about innovation supports, and to create also the basis of a dynamic observatory at regional level in order to help policymakers in the design of more suitable territorial strategies; (2) “DialoJ”, a matching tool that will allow to all RE to clarify their needs before to participate to any networking events, in oder to help them to identify and to match with more suitable potential partners before to eventually start any collaborative business process with them., Depuis 2014, la Commission Européenne incite les régions de ses états-membres à établir un nouveau type de stratégies de développement territoriales devant les pousser à se spécialiser dans des domaines qui sont ancrés sur leur territoire afin de dégager des avantages concurrentiels originaux et difficilement imitables : les « Stratégies de Recherche et d’Innovation pour la Spécialisation Intelligente » (RIS3). Depuis 2014, les RIS3 conditionnent également l’obtention des fonds FEDER qui servent à financer le développement de ces régions. Mais la principale originalité des RIS3 réside dans le fait que ces processus de sélection et de priorisation des spécialisations qui s’établissent à l’échelle globale des régions selon une dynamique décisionnelle classique qui va « du haut vers le bas » doivent désormais reposer sur des processus d'identification des domaines à fort potentiel qui doivent être menés « du bas vers le haut » via un processus de Découverte Entrepreneuriale (DE) devant permettre à un maximum d’« Entrepreneurs régionaux » (RE) (de toutes tailles, statuts ou secteurs) de participer à la définition des orientations de leur territoire. Cependant, un certain manque de préconisations méthodologiques se fait ressentir pour instrumenter concrètement ces processus au sein des réalités de chaque système d’innovation régional. Cette thèse présente donc deux prototypes logiciels que nous avons développés pour instrumenter ces mécanismes bidirectionnels au sein du système d’innovation de la Nouvelle-Aquitaine : (1) « WeKeyInnovation, une plateforme collaborative qui doit permettre à tous les RE de partager des informations utiles pour innover, mais aussi de poser les bases d’un véritable observatoire dynamique pour aider la puissance publique régionale à identifier en temps réel les pratiques, les besoins et les initiatives à fort potentiel émanant des acteurs de terrain qui évoluent sur le territoire ; (2) « DialoJ », un outil de matching en ligne reposant sur la résolution de questions dialogiques en amont d’évènements afin d’aider les RE qui entendent y participer à expliciter leurs expectatives et à mieux visualiser celles des autres acteurs dans le but de faciliter les processus d’identification et de correspondance avec des partenaires d’affaires potentiels plus adéquats en tant qu’étape préliminaire à toute démarche d’affaires collaborative.