Search

Your search keyword '"Frey, Pascal"' showing total 35 results
Start Over Author "Frey, Pascal" Topic [sdv] life sciences [q-bio]
35 results on '"Frey, Pascal"'

1. The poplar rust fungus effector biology: challenges of functional characterization of effectors in a non-model system

Author

Lorrain, Cécile, Petre, Benjamin, Saunders, Diane G. O., Sklenar, Jan, J, Win, KAMOUN, Sophien, Delaruelle, Christine, PETROWSKI, Jeremy, Frey, Pascal, HECKER, Arnaud, Duplessis, S., Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Genetics Society of America, and Duplessis, Sebastien

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMethodologies_GENERAL, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

Poster; International audience

Published
2019

2. Genome-wide QTL mapping of aggressiveness traits in the poplar rust fungus

Author

Pernaci, Michaël, Maupetit, Agathe, De Mita, Stéphane, Fabre, Bénédicte, Duplessis, S., Halkett, Fabien, Frey, Pascal, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Unité Expérimentale Forestière Lorraine (UEFL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ANR-13-BSV7- 0011, FUNFIT project, ANR-12-ADAP-0009, GANDALF project, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2017

3. Demographic and genomic consequences of a major selective event in the poplar rust

Author

Halkett, Fabien, Persoons, Antoine, Maupetit, Agathe, Duplessis, Sébastien, Frey, Pascal, de Mita, Stéphane, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), ANR-13-BSV7- 0011, FUNFIT project, ANR-12-ADAP-0009, GANDALF project, ANR-11-BSV7-0007, Clonix project, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2017

4. Supersize fungi: Rust in the genomics era!

Author

Lorrain, Cécile, SJ, Mondo, Morin, Emmanuelle, LaButti, Kurt M, Lipzen, Anna, Frey, Pascal, Spatafora, J.W., Grigoriev, Igor V., Duplessis, S., Duplessis, Sebastien, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), and Genetics Society of America

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMethodologies_GENERAL, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

Poster; International audience

Published
2017

5. Update on Melampsora larici-populina genomics

Author

Duplessis, S., De Mita, Stéphane, Halkett, Fabien, Frey, Pascal, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Duplessis, Sebastien, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], fungi, food and beverages, ComputingMethodologies_GENERAL, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience; The genome of the poplar rust fungus Melampsora larici-populina has been sequenced almost 10 years ago by an international consortium in the frame of the Community Sequencing Program of the US DoE Joint Genome Institute. The detailed analysis of the genome content and gene annotation, along with comparison to the cereal rust fungus Puccinia graminis f.sp. tritici, has revealed the singular profile of rust fungal genomes. Similar to other obligate biotrophic fungi (e.g. powdery mildews), rust fungi exhibit a large genome size (>80Mb) and an important content in repeat elements (~45%). In contrast, they possess a large gene complement (>15,000 genes) marked by the presence of many expanded gene families specific to the Pucciniales order or the corresponding families (i.e. Melampsoraceae or Pucciniaceae). Since, more rust genomes have been sequenced, analyzed and published, confirming these general trends and opening great perspectives for comparative rust genomics. The genome of M. larici-populina has been instrumental to explore the genetic diversity of the fungus through re-sequencing of isolates sampled through the years in natural populations. Beside, gene expression during poplar leaf infection or throughout the life cycle has helped to build a comprehensive transcriptomic analysis of the rust fungus. More recently, a genetic map of the poplar rust fungus has been obtained from a self-cross of the reference genome isolate. All these data have led to the version 2 of the genome now anchored to 18 linkage groups, including a refined gene annotation available online on the MycoCosm website. We will provide here a complete update on the poplar rust genome and an overview of ongoing works to decipher the biology of this fascinating and devastating rust fungus.

Published
2016

6. Adaptation of poplar rust to the poplar varietal landscape

Author

Hayden, Katherine, Fabre, Bénédicte, Halkett, Fabien, Frey, Pascal, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Expérimentale Forestière Lorraine (UEFL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), ANR-13-BSV7- 0011, FUNFIT project, and ProdInra, Archive Ouverte

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], résistance aux maladies, resistance to diseases, melampsora larici populina, durable resistance, [SDV]Life Sciences [q-bio], fungi, food and beverages, pathogen evolution, landscape genetics, champignon phytopathogène, populus, phytopathogenic fungus
Abstract

National audience; The breakdown of host resistance to plant pathogens is of critical concern in agriculture, forestry, and the management of natural systems. Evolution of the fungal poplar rust pathogen Melampsora larici-populina has been shown to have been dramatically influenced by the deployment of resistance genes in commercial poplar plantations, with pathogen populations swamped by virulent genotypes1. The deployment and subsequent breakdown of resistance genes in poplar plantations provide an experimental system for understanding the dynamics of pathogen evolution in response to resistance breeding, which will be critical to formulating effective management strategies in the future. We describe a combined retrospective and prospective approach, integrating population genomics, landscape epidemiology and evolution of life history traits of the poplar rust fungus. First, the records of poplar genotypes deployed across France over the last 17 years, along with genotypes of M. larici-populina collected across France, have been used to make overlaying maps of host and pathogen resistance and virulence genotypes. We demonstrate that the virulence landscape continues to be dominated by the sweep described by Xhaard, with regions heavily planted with poplar resistance type R7 continuing to be dominated by the corresponding virulence type, along with virulence types that “hitch-hiked” across the landscape during the original sweep. These genotypes persist, despite a reduction in planting of R7, and a near-absence of resistance types corresponding to the hitchhikers. In addition, the beginnings of a new sweep are emerging in regions in which a recently overcome resistance type (R8) has been more widely planted. We additionally describe plans to, using the information learned from objective 1, and with experimental tests of trade-offs in pathogen virulence, reproduction, and spread in response to quantitative resistance (resistance measured by degree), forecast the ability of the pathogen to evolve resistance to the future deployment of quantitative resistance types. These forecasts will provide a framework for the future management of poplar and other forest plantations, and will also provide testable hypotheses with which to continue to improve the understanding of host-pathogen coevolution as a whole.

Published
2016

7. Genetic architecture of pathogenicity-related life history traits in the poplar rust fungus

Author

Maupetit, Agathe, Pernaci, Michaël, Fabre, Bénédicte, Duplessis, S., De Mita, Stéphane, Halkett, Fabien, Frey, Pascal, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Unité Expérimentale Forestière Lorraine (UEFL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ANR-13-BSV7-0011, FUNFIT project, ANR-12-ADAP-0009, GANDALF project, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2016

8. Mapping QTL of aggressiveness traits in the poplar rust fungus

Author

Pernaci, Michaël, De Mita, Stéphane, Fabre, Bénédicte, Duplessis, S., Halkett, Fabien, Frey, Pascal, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Unité Expérimentale Forestière Lorraine (UEFL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ANR-13-BSV7-0011, FUNFIT project, ANR-12-ADAP-0009, GANDALF project, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2015

9. On the road to mapping QTLs of morphological and aggressiveness traits in the poplar rust fungus

Author

Pernaci, Michaël, de Mita, Stéphane, Fabre, Bénédicte, Andrieux, Axelle, Halkett, Fabien, Frey, Pascal, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Unité Expérimentale Forestière Lorraine (UEFL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ANR-13-BSV7-0011 FUNFIT project, ANR-12-ADAP-0009 GANDALF project, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2015

10. Quantitative trait evolution within a qualitative resistance breakdown

Author

HAYDEN, Katherine, Fabre, Bénédicte, PETROWSKI, Jeremy, Halkett, Fabien, Frey, Pascal, ProdInra, Migration, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), ANR-13-BSV7-0011, FUNFIT project, and ANR-12-ADAP-0009, GANDALF project

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2015

11. Adaptation de la rouille du peuplier au paysage variétal populicole en France

Author

HAYDEN, Katherine, Xhaard, Constance, Fabre, Bénédicte, Halkett, Fabien, Frey, Pascal, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and ProdInra, Archive Ouverte

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], rouille du peuplier, [SDV]Life Sciences [q-bio], France, composition variétale, populiculture
Abstract

Adaptation de la rouille du peuplier au paysage variétal populicole en France. 14. Rencontres du Groupe Français de Pathologie Forestière

Published
2014

12. Adaptation of poplar rust to the poplar varietal landscape

Author

HAYDEN, Katherine, Xhaard, Constance, Fabre, Bénédicte, Halkett, Fabien, Frey, Pascal, Unité Expérimentale Forestière Lorraine (UEFL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2014

13. Pathogen adaptation to a shifting host landscape

Author

Hayden, Katherine, Fabre, Bénédicte, Petrowski, Jeremy, Halkett, Fabien, Frey, Pascal, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Published
2014

14. Genomics, transcriptomics and effectoromics of the poplar leaf rust fungus Melampsora larici-populina

Author

Petre, Benjamin, Hacquard, Stéphane, Persoons, Antoine, Tisserant, Emilie, Morin, Emmanuelle, Delaruelle, Christine, Pernaci, Michaël, De Mita, Stéphane, Halkett, Fabien, HECKER, Arnaud, Rouhier, Nicolas, Frey, Pascal, Duplessis, S., ProdInra, Migration, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL)

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2014

15. New hypothesis on the ploidy of the hybrid species Phytopthora alni subsp. alni

Author

Husson , Claude, Aguayo-Silva , Jaime, Revellin , Cécile, Marcais , Benoit, Frey , Pascal, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), ProdInra, Archive Ouverte, Interactions Arbres-Microorganismes ( IAM ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement

Subjects
[ SDV ] Life Sciences [q-bio], flow cytometry, ploidie, [SDV]Life Sciences [q-bio], fungi, maladie émergente, food and beverages, ploidy, cytométrie de flux, [SDV] Life Sciences [q-bio], nterspecific hybridization, hybridation interspécifique, emerging disease, phytophthora alni
Abstract

EA MERS CT3 Affiche (+ résumé mais sans mention de C. Revellin sur le résumé (oubli de C. Husson)); Alder decline caused by the Phytophthora alni complex is one of the most important diseases in natural ecosystems in Europe in the last 20 years. The emergence of Phytophthora alni subsp. alni (Paa), the pathogen responsible for the epidemics, is linked to an interspecific hybridization event between two parental species: Phytophthora alni subsp. multiformis (Pam) and Phytophthora alni subsp. uniformis (Pau). One of these parental species, Pau that has been isolated in several European countries and in North America, specifically in Alaska and Oregon, is exotic to Europe and a diploid species [1] [2]. Pam possesses a polyploid genome and should normally be tetraploid [2]. In this study, our aim was to determine the ploidy of the hybrid species Paa by using flow cytometry and Real‐Time PCR. Firstly, flow cytometry analysis on suspensions of zoospores allows us to compare the genome size of the three species. Secondly, we designed allele‐specific primers and probes in order to quantify the number of copy of alleles from three single copy nuclear genes by using quantitative PCR. Both results are consistent and indicate that Paa should be a triploid species.

Published
2012

16. Les apports de la génomique pour l’étude des familles multigéniques : exemple des thaumatin-like proteins (TLPs) chez le peuplier

Author

Petre, Benjamin, Major, Ian, Frey, Pascal, Martin, Francis, Rouhier, Nicolas, Duplessis, Sébastien, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Michigan State University [East Lansing], Michigan State University System, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2011

17. Un cadre théorique pour étudier les interactions plantes-champignons pathogènes foliaires

Author

Ravigné, Virginie, Andanson, Audrey, Fabre, Bénédicte, Frey, Pascal, Fournier, Elisabeth, Grognard, Frédéric, Mailleret, Ludovic, Tharreau, Didier, Halkett, Fabien, Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Modeling and control of renewable resources (COMORE), Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Unité Recherches Intégrées en Horticulture (URIH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Gouzé, Jean-Luc, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SPI]Engineering Sciences [physics], [MATH.MATH-GM]Mathematics [math]/General Mathematics [math.GM], [SPI] Engineering Sciences [physics], [SDV]Life Sciences [q-bio], [INFO.INFO-AU]Computer Science [cs]/Automatic Control Engineering, [MATH.MATH-GM] Mathematics [math]/General Mathematics [math.GM], [INFO.INFO-AU] Computer Science [cs]/Automatic Control Engineering, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

BGPI : équipe 5; International audience; no abstract

Published
2010

18. Joint transcriptomic and proteomic approaches to precise the molecular basis of a major QTL (RUS) controlling quantitative rust resistance in poplar

Author

Jorge, Véronique, Duplessis, Sébastien, Lalanne, Céline, Bresson, Alois, Dowkiw, Arnaud, Faivre-Rampant, Patricia, Frey, Pascal, Guérin, Vanina, Kohler, Annegret, Martin, Francis, Paolucci, Isabella, Plomion, Christophe, Rinaldi, Cécile, Bastien, Catherine, Unité de recherche Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières (AGPF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Unité de recherche en génomique végétale (URGV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], POPLAR RUST, [SDV]Life Sciences [q-bio], PROTEOMICS, TRANSCRIPTOMICS, QUANTITATIVE RESISTANCE, FOLIAR RUST
Abstract

National audience; Foliar rust is the most devastating disease affecting European poplar plantations. One major QTL (Rus), identified in a Populus deltoides x P. trichocorpa pedigree, is on the process of positional cloning. To precise the molecular basis of Rus, joint proteomic and transcriptomic approaches were used to characterize differential expression 2 and 4 days post inoculation (dpi) in two bulks (Rus vs rus) of 10 progenies. At 2 dpi, few transcripts showed an altered expression in the Rus bulk, while genes known to be targeted by resistance genes in plant pathosystems, were found up-regulated 4 dpi. The rus bulk did not present such gene up-regulation while several transcripts, including defense-related genes, were down-regulated as early as 2 dpi. Changes in the proteome were studied by 2-D PAGE analysis and MS/MS characterization of a selected subset of 50 protein spots at 2 and 4 dpi. Interestingly, the proteins overexpressed in the Rus genotypes correlated quite well with the transcriptomic data. All the results, including data coming from positional cloning, suggested that Rus activates the same genes than those involved in qualitative resistance, but this activation is delayed in the quantitative response.

Published
2009

19. Molecular characterisation of a major QTL for rust resistance in poplar using a proteomic approach

Author

Lalanne, Céline, Bastien, Catherine, Frey, Pascal, Dowkiw, Arnaud, Jorge, Véronique, Faivre-Rampant, Patricia, Duplessis, Sébastien, Plomion, Christophe, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Unité de recherche Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières (AGPF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Unité de recherche en génomique végétale (URGV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ProdInra, Migration, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], RESISTANCE A LA ROUILLE, [SDV]Life Sciences [q-bio], MELAMPSORA LARICI-POPULINA, PEUPLIER, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2007

20. Clonalité et diversité génétique hiérarchique de Melampsora larici-populina, agent de la rouille foliaire du peuplier

Author

Barres, Benoît, Andrieux, Axelle, Dutech, Christian Cyril, Pinon, Jean, Frey, Pascal, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Biodiversité, Gènes et Ecosystèmes (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], MELAMPSORA LARICI-POPULINA, PEUPLIER, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2006

21. Remise en cause du potentiel du durabilité des résistances quantitatives à Melampsora larici-populina chez le peuplier hybride interamericain

Author

Dowkiw, Arnaud, Jorge, Véronique, Faivre-Rampant, Patricia, Frey, Pascal, Pinon, Jean, Bastien, Catherine, ProdInra, Migration, Unité de recherche Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières (AGPF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de recherche en génomique végétale (URGV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], MELAMPSORA LARICI-POPULINA, PEUPLIER EURAMERICAIN
Abstract

National audience; La sélection de peupliers hybrides à résistance qualitative à la rouille foliaire à Melampsora larici-populina (Mlp) a conduit à des impasses successives. La faible diversité des cultivars plantés et le mode de culture monoclonal n'ont fait qu'ajouter à l'intense pression de sélection qu'exerce ce type de résistance sur les populations pathogènes. Tendant vers un objectif de durabilité, les améliorateurs se tournent désormais vers la résistance quantitative, supposée plus durable. Cependant, l'étude de ce caractère dans plusieurs pedigrees hybrides interaméricains (Populus deltoïdes x P.trichocarpa) vis-à-vis d'une palette de souches de Mip, en conditions contrôlées de laboratoire et en pépinière, nous permet de remettre en cause plusieurs fondements de cette hypothèse de durabilité. Ainsi, il apparaît fréquemment que les déterminismes génétiques des résistances qualitatives et quantitatives ne sont pas statistiquement indépendants. Deux phénomènes peuvent expliquer cette observation: un effet pléiotropique (dit «résiduel») des gènes de résistance qualitative contournés, ou une simple liaison génétique au sein de clusters. D'autre part, la cartographie de QTL contredit l'hypothèse généralement admise d'un déterminisme polygénique de ce type de résistance. Deux QTL majeurs ont été identifiés. L'un d'eux, Rus, peut réduire de 60% le niveau de sporulation en laboratoire et a un effet significatif en pépinière, mais nous avons déjà identifié une souche pathogène capable de le contourner. Un criblage de populations naturelles de Mip sur hôtes discriminants Rus/rus doit permettre d'identifier d'autres souches de ce type. Le clonage positionnel de Rus est en cours. Les pré-requis (banque BAC du géniteur P. trichocarpa porteur de Rus, cartographie fine et alignement avec la séquence du génome de P. trichocarpa) sont en cours d'acquisition et permettent déjà d'identifier des gènes candidats.

Published
2006

22. Interactions between poplar clones and Melampsora populations and their implications for breeding for durable resistance

Author

Pinon, Jean, Frey, Pascal, ProdInra, Migration, M.H. Pei, A.R. McCracken, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL)

Subjects
PATHOTYPE, MELAMPSORA ALLII-POPULINA, [SDV] Life Sciences [q-bio], POUVOIR PATHOGENE, [SDV]Life Sciences [q-bio], CLONE, MELAMPSORA LARICI-POPULINA, PEUPLIER, VIRULENCE, DISEASE RESISTANCE, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, MELAMPSORA MEDUSAE
Abstract

International audience

Published
2005

23. Characterization of the early response of poplar to rust infection using expression profiling

Author

Duplessis, Sébastien, Kohler, Annegret, Rinaldi, Cécile, Frey, Pascal, Martin, Francis, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], RUST TOLERANCE, GENES, MELAMPSORA, [SDV]Life Sciences [q-bio], PEUPLIER, food and beverages, POPULUS TRICHOCARPA X DELTOIDES CV. BEAUPRÉ, FOLIAR RUST
Abstract

International audience; Foliar rust diseases causes by Melampsora spp. have the potential to be very damaging to poplar plantations. The most effective method of reducing the risk is to select varieties that are rust tolerant. Plants respond to microbial attack by activating an array of inducible defense responses. Poplar molecular responses to Melampsora spp. infection are however poorly understood. To characterize the response of Populus trichocarpa x deltoides cv. Beaupré to virulent (98AG31) and avirulent (93ID6) strains of M. larici-populina and identify genes that may play a role in resistance, expression profiling of plants have been carried out. Approximately 200 (4.3%) of the ~ 4600 genes monitored showed reproducible and significant (t-test P>0.05) expression level changes in at least one of the interactions. In the incompatible interaction, defense- and stress12th New Phytologist Symposium 19 response genes (e.g., PR-2, PR-3, PR-5, PR-10) showed an increase in transcripts which peaked 48h post-contact. Decreased levels of transcripts encoding primary metabolism, photosynthesis and photorespiration enzymes was observed in both interactions. Expression profiling technologies, in combination with other tools, such as RNAi, will have a substantial impact on our understanding of poplar-rust interactions and defense signaling pathways.

Published
2004

24. Développement de marqueurs microsatellites chez Melampsora larici-populina

Author

BARRES, Benoît, DUTECH, Christian Cyril, ANDRIEUX, Axelle, PINON, Jean, FREY, Pascal, ProdInra, Migration, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Biodiversité, Gènes et Ecosystèmes (BioGeCo), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1

Subjects
marqueurs microsatellites, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], Melampsora larici populina
Abstract

National audience; La rouille foliaire, causée par Melampsora larici-populina, est actuellement la maladie la plus préoccupante pour la populiculture européenne. En effet, la plantation sur de grandes superficies d'un très faible nombre de cultivars à résistance race-spécifique a conduit à une adaptation très rapide des populations de M. larici-populina par contournements successifs des gènes de résistance déployés. La structure génétique des populations de M. larici-populina a déjà été étudiée à l'aide de marqueurs sélectionnés (facteurs de virulence) et de marqueurs neutres dominants (RAPD). Le stade urédien de M. larici-populina, qui correspond à la phase épidémique sur peuplier, étant dicaryotique, l'utilisation de marqueurs codominants pour l'analyse génétique de ces populations s'avère plus pertinente. C'est pourquoi, nous avons entrepris le développement de marqueurs microsatellites chez ce champignon. Des banques d'ADN enrichies en motifs di-nucléotidiques ont été obtenues par deux techniques : hybridation sur membranes et sur billes magnétiques. Après clonage et séquençage, nous avons défini des couples d'amorces spécifiques des loci microsatellites. Le polymorphisme de ces loci a été testé sur un panel hiérarchisé (mondial, régional, local) de souches de M. laricipopulina. L'utilisation de ces marqueurs microsatellites nous permettra d'étudier la structure génétique de M. larici-populina, en particulier le rôle de la reproduction sexuée, les échanges entre compartiments cultivés et sauvages, et la migration intercontinentale.

Published
2004

25. La populiculture à la recherche de la résistance durable aux maladies

Author

Pinon, Jean, Frey, Pascal, Villar, Marc, Unité de recherche Biogéochimie des Ecosystèmes Forestiers (BEF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de recherche Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières (AGPF), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], MELAMPSORA LARICI-POPULINA, PEUPLIER, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2001

26. Poplar rust (Melampsora larici-populina): the development of E4 pathotypes in France since 1994

Author

Pinon, Jean, Frey, Pascal, Husson, C., Schipfer, Arlette, Unité de recherche Biogéochimie des Ecosystèmes Forestiers (BEF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], POUVOIR PATHOGENE, [SDV]Life Sciences [q-bio], MELAMPSORA LARICI-POPULINA, PEUPLIER NOIR, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
1998

27. Caractérisation génétique et moléculaire de gènes de résistance aux rouilles chez les peupliers

Author

Villar, Marc, Faivre-Rampant, Patricia, Frey, Pascal, Goué-Mourier, M.C., Lacan, Daniel, Laurans, Françoise, Lefèvre, Francois, Lesage, M.C., Miot, S., Pilate, Gilles, Pinon, Jean, Unité de recherche Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières (AGPF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de recherche Biogéochimie des Ecosystèmes Forestiers (BEF), Unité de Recherches Forestières Méditerranéennes (URFM), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], RAPD, [SDV]Life Sciences [q-bio], PEUPLIER, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
1997

28. One cluster of genes governs qualitative resistance of four rust races in poplar

Author

Miot, S., Faivre-Rampant, Patricia, Frey, Pascal, Lefèvre, Francois, Lesage, M.C., Goue, M.C., Muranty, Helene, Pinon, Jean, Prat, D., Villar, Marc, ProdInra, Migration, Unité de recherche Biogéochimie des Ecosystèmes Forestiers (BEF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de recherche Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières (AGPF), and Unité de Recherches Forestières Méditerranéennes (URFM)

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], RESISTANCE A LA ROUILLE, RAPD, [SDV]Life Sciences [q-bio], PEUPLIER, PRODUCTION DU BOIS, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
1997

30. Diversité phénotypique et génotypique des Pseudomonas fluorescens associés à la mycorhizosphère du Douglas

Author

Frey, Pascal, Klett, Pascale, Garbaye, Jean, Berge, Odile, Heulin, T., Unité de recherche Biogéochimie des Ecosystèmes Forestiers (BEF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, DOUGLAS
Abstract

Résumé*INRA, Centre de Nancy, Equipe Pathologie Forestière, 54280 Champenoux, FRANCE Diffusion du document : INRA, Centre de Nancy, Equipe Pathologie Forestière, 54280 Champenoux, FRANCE; National audience

Published
1996

31. Etude de la compétition in planta entre un mutant Hrp- et une souche pathogène de Pseudomonas solanacearum

Author

Etchebar, C., Trigalet-Demery, D., Frey, Pascal, Vasse, Jacques, TRIGALET, André, ProdInra, Migration, Laboratoire de Biologie moléculaire des relations plantes-microorganismes, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de recherche Biogéochimie des Ecosystèmes Forestiers (BEF), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
1996

32. Lutte biologique contre le flétrissement bactérien des solanacées à l'aide de mutants HRP- de Pseudomonas solanacearum

Author

Frey, Pascal, ProdInra, Migration, Laboratoire de Biologie moléculaire des relations plantes-microorganismes, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université Paris Sud - Paris 11

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], these
Abstract

*INRA, centre de Toulouse Diffusion du document : INRA, centre de Toulouse Diplôme : Dr. d'Université

Published
1994

33. Biological control of tomato bacterial wilt using HRP mutants of Pseudomonas solanacearum

Author

Frey, Pascal, Prior, Philippe, Trigalet-Demery, D., TRIGALET, André, ProdInra, Migration, Laboratoire de Biologie moléculaire des relations plantes-microorganismes, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de recherche Productions végétales (CRAG ANT PROD V), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], MUTANT AVIRULANT, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
1993

34. Hrp mutants of Pseudomonas solanacearum for the biological control of tomato bacterial wilt

Author

Frey, Pascal, Prior, Philippe, Trigalet-Demery, D., TRIGALET, André, ProdInra, Migration, Unité de recherche Productions végétales (CRAG ANT PROD V), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Biologie moléculaire des relations plantes-microorganismes, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], Mutant, Résistance aux maladies, Lutte biologique, [SDV] Life Sciences [q-bio], Solanum lycopersicum, CONTROLE BIOLOGIQUE, Ralstonia solanacearum, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, RESISTANCE, H20 - Maladies des plantes
Abstract

Les possibilités de lutte biologique contre P. solanacearum à l'aide de mutants avirulents ont été étudiées en Guadeloupe où le flétrissement bactérien de la tomate est endémique. Trois mutants avirulents ont été réalisés à partir de trois souches virulentes par insertion d'un interposon au sein de la région hrp du génome de P. solanacearum. Ces mutants ont été testés en lutte biologique contre le flétrissement bactérien et pour leur effet sur le rendement en fruits

Published
1993

35. Phytobacteriological research programs held for bacterial wilt control

Author

Grimault, Valérie, Frey, Pascal, Beramis, M., Arnolin, R., Prior, Philippe, ProdInra, Migration, Unité de recherche Productions végétales (CRAG ANT PROD V), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], FLETRISSEMENT BACTERIEN, BACTERIOLOGIE, [SDV]Life Sciences [q-bio], BACTERIOSE, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
1991

Catalog

Books, media, physical & digital resources
See catalog results