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Your search keyword '"Salon, Christophe"' showing total 133 results
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133 results on '"Salon, Christophe"'

1. Going back to roots: combining phenotyping, ecophysiology and molecular physiology

Author

Salon, Christophe, Bourion, Virginie, Dubreuil, Pierre, Jeudy, Christian, Krouk, Gabriel, Lamboeuf, Mickaël, Maillard, Morgane, Martinet, Julien, Nacry, Philippe, Praud, Sebastien, Prudent, Marion, Shen, Janbo, Tixier, Aude, Zancarini, Anouk, Xin, Zhao, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), FORCE LIMAGRAIN CHAPPES, Partenaires IRSTEA, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Laboratoire de recherches en productions végétales: secteur physiologie et biochimie végétales, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Experimental Unit 4PMI, INRA, 17 rue Sully, BP86510 Dijon Cedex, France, China Agricultural University, College of Resources and Environmental Sciences, Yuanmignyan West Road, Beijign, 100193 (China), Swammerdam Institute for Life Sciences (SILS), University of Amsterdam [Amsterdam] (UvA), and MILLOT, Dominique

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2021

2. Phenotyping, ecophysiology and molecular physiology to characterize plant root system architecture and plant-plant and plant-microorganisms interactions

Author

Salon, Christophe, Bourion, Virginie, Dubreuil, Pierre, Jeudy, Christian, Krouk, Gabriel, Lamboeuf, Mickaël, Maillard, Morgane, Martinet, Julien, Nacry, Philippe, Praud, Sebastian, Prudent, Marion, janbo, shen, Tixier, Aude, Zancarini, Anouk, Xin, Zhao, MILLOT, Dominique, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), FORCE LIMAGRAIN CHAPPES, Partenaires IRSTEA, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Laboratoire de recherches en productions végétales: secteur physiologie et biochimie végétales, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Experimental Unit 4PMI, INRA, 17 rue Sully, BP86510 Dijon Cedex, France, China Agricultural University, College of Resources and Environmental Sciences, Yuanmignyan West Road, Beijign, 100193 (China), Swammerdam Institute for Life Sciences (SILS), and University of Amsterdam [Amsterdam] (UvA)

Subjects
[SDE] Environmental Sciences, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], fungi, [SDE]Environmental Sciences, food and beverages
Abstract

International audience; Agriculture is facing the challenges to improve performance and crop adaptation to climate change towards reducing negative impacts of associated abiotic stresses on crop yield and contributing to its mitigation. Climate change comprises more frequent and ample abiotic stresses that plants have to cope with, such as drought, the most important limitation to yield stability and plant harvest product quality which often lead to hydromineral nutritional stress. The capacity of plants to extract nutrients and water from a given volume of soil depends on root system architecture and on intrinsic factors such as the production of root exudates and the efficiency for resource uptake and transport. This capacity is largely influenced by complex root-soil interactions in the rhizosphere, such as relationships with beneficial microorganisms, but are still poorly understood and not taken into account in breeding. As such it is mandatory to take advantage of beneficial plant - biotic interactions to increase plant performance, lower the use of fertilizers and associated negative impacts on environment adopting an agroecology approach. Reaching the awaited promotion of bioavailability of mineral elements for plants, avoiding competition between plants and the microbiome and so promoting plant growth under low input cropping systems needs concerted approach, disciplines and methods. A selection of ongoing research projects, on various crops will illustrate how phenotyping tools and methods are being federated with a range of disciplines to identify the genetic and physiological determinants of root traits, both morphological and functional, and their plasticity to abiotic constraints, relevant to improve plant performance in low input cropping systems, via improved cultivars and the valorisation of interactions with beneficial microbes, in fine for the choice of innovative varieties by breeders.

Published
2021

3. Determinisms of plant and microbiome interactions : a multidisciplinary approach involving high-throughput phenotyping

Author

Salon, Christophe, Mustapha, Arkoum, Billot, Bastien, Blouin, Manuel, Bourion, Virginie, Dubreuil, Pierre, Frugier, Florain, Jacquiod, Samuel, Jeudy, Christian, Krouk, Gabriel, Lafarge, Stephane, Lamboeuf, Mickaël, Maillard, Morgan, Martinet, Julien, Maslard, Corentin, Nacry, Philippe, Praud, Sébastien, Prudent, Marion, Shen, Jianbo, Steinberg, Christian, Tixier, Aude, Zhao, Xin, EL Mjiyad, Noureddine, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), AII Agro Innovation International -18 Avenue FRANKLIN ROOSEVELT, 35400 Saint—Malo, France, Limagrain Centre de Recherche – Route d’Ennezat – 63720 Chappes, France, Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)), Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Plateforme de phénotypage des plantes pour l'interaction plantes et microorganismes (4PMI) (4PMI), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biochimie et Physiologie Moléculaire des Plantes (BPMP), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and China Agricultural University, Department of Plant Nutrition, Beijing, China

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2021

4. High-throughput phenotyping of key legumes (and others) root traits

Author

Salon, Christophe, Bourion, Virginie, Dubreuil, Pierre, Jeudy, Christian, Krouk, Gabriel, Lamboeuf, Mickaël, Martinet, Julien, Lafarge, Stephane, Maillard, Morgane, Nacry, Philippe, Praud, Sebastien, Prudent, Marion, Zenk, Franck, Experimental Unit 4PMI, INRA, 17 rue Sully, BP86510 Dijon Cedex, France, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Limagrain Centre de Recherche – Route d’Ennezat – 63720 Chappes, France, RAGT 2n, Route d'Epincy, Biochimie et Physiologie Moléculaire des Plantes (BPMP), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Limagrain Centre de Recherche – Route d’Ennezat, and EL Mjiyad, Noureddine

Subjects
[SDE] Environmental Sciences, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2020

5. From simple visualization to detailed understanding of plant and microbes interactions, using ‘pheno’ methods and models

Author

Salon, Christophe, Jeudy, Christian, Moreau, Delphine, Bourion, Virginie, Prudent, Marion, Tixier, Aude, Zancarini, Anouk, Lamboeuf, Mickaël, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, EL Mjiyad, Noureddine, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDE] Environmental Sciences, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2019

6. Le système racinaire nodulé du pois : un rôle pivot pour sa stabilité sous contraintes hydriques fluctuantes

Author

Prudent, Marion, Couchoud, Mégane, Jacques, Cécile, Jeudy, Christian, Girodet, Sylvie, Rossin, Nadia, Aubert, Gregoire, Bourion, Virginie, Vernoud, Vanessa, Salon, Christophe, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology
Abstract

National audience; Dans le contexte du changement climatique, des épisodes de stress hydrique plus fréquents sont attendus, entraînant des modifications de nutrition, de croissance des plantes, et donc des pertes de rendements. Chez les plantes légumineuses, telles que le pois protéagineux, un stress hydrique du sol diminue drastiquement l’acquisition de l’azote (N) par la fixation symbiotique du N2 atmosphérique, conduisant à une carence azotée de la plante et pouvant diminuer le rendement de 30 à 60% suivant les variétés. Il apparait donc nécessaire de sélectionner des génotypes de pois mieux adaptés à la sécheresse. Dans cette étude, les réponses architecturales, physiologiques et transcriptionnelles des racines et des nodosités de pois à un épisode de stress hydrique, suivi d'une période de récupération, ont été étudiées. Nous explorerons les potentielles relations entre traits d’architecture racinaire et tolérance au stress hydrique, via l’analyse d’une diversité de génotypes de pois soumise à un stress hydrique. Puis, nous nous focaliserons sur un nombre de génotypes plus restreint afin d’étudier soit la réponse physiologique du pois à des niveaux de disponibilité en eau, soit les bases moléculaires associées durant la phase de stress et la période de récupération lors d’un réarrosage.

Published
2019

7. Challenges and opportunities for innovative research on legume nutrition and stress adaptation: an ecophysiologist’s and phenotyping point of view

Author

Salon, Christophe, Bourion, Virginie, Jeudy, Christian, Moreau, Delphine, Prudent, Marion, Tixier, Aude, Voisin, Anne-Sophie, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, International Legume Society (ILS). INT., and ProdInra, Migration

Subjects
[SDE] Environmental Sciences, phenotyping, abiotic stress, plant and microbiome interactions, ecophysiology, legumes, [SDV]Life Sciences [q-bio], fungi, food and beverages, plant nutrition, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology
Abstract

International audience; Agroecology needs to reconcile agronomy and ecology, preserving and valorizing plant and microbe biodiversity. Legumes have merits for agroecology considering their ecological services. They constitute a protein source and their production relocation give merits for feed and food. However, they are still under represented due to both biotic and abiotic constraints. Research need to increase their profitability through higher and more stable yield and protein content, and new uses in a fluctuating environment [2]. Mechanisms which control nutrient use efficiency have to be highlighted i) considering nutrient acquisition, storage, remobilization [3] ii) under various conditions of water deficit or depressed nutrient availability, and iii) assessing plant and soil microbe interactions [4] which have important effects on the growth, nutrition and health of plants as well as on biogeochemical cycling. This rely on using multidisciplinary approaches and different legume species, depending on the characteristics to be improved and available genetic and genomic resources. Some phenotyping platform under controlled conditions can modulate both plant genetics and microbiome. Phenotyping tools and methods involving also some “omic’s” [5] can so generate large data sets concerning plant and possibly microbial traits. These are completed by environmental characterization which is part of phenotyping and need also both accurate tools and methods [6]. These data in turn feed models [7] which are crucial for a better understanding of plant physiological functions under various environmental conditions. This is essential to identify plants that are better adapted or resilient to stress and to characterize (beneficial) plant and microbiome interactions.

Published
2019

8. Rhizode position as a functional trait in legumes. Study of trade-off for plant productivity and resilience

Author

Tixier, Aude, Prudent, Marion, BARNARD, Romain, Jeudy, Christian, Salon, Christophe, Voisin, Anne-Sophie, Agroécologie [Dijon], and Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement

Subjects
phenotyping, plant and microbiome interactions, ecophysiology, legumes, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, rhizodeposition, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology
Abstract

International audience; Rhizodeposition is the release of organic carbon (C) to the soil that connects the biotic and abiotic components of the C cycle. It can promote C storage to soil but also mediates plant-microbe interactions (Jones et al., 2009). These interactions are complexes as rhizodeposition will influence the composition and functioning of microbial populations which in return are able to increase the availability of nutrients in soil and provide protection against pathogens (Sasse et al., 2018). Despite their importance for current agriculture challenges, plant-soil microbes interactions remain poorly understood due to the methodological challenge they represent and the complexity of actors and processes involved (Oburger & Jones, 2018). Indeed in the context of climate change, our current agriculture needs to reconcile with ecology and mitigate these interactions to benefit mutually environment and food production while selecting more resilient ideotypes. As plants and soil health are highly dependent on trophic and signaling interactions in the rhizosphere, it is worth noting that plants from natural ecosystems tend to exhibit more rhizodeposition than in agrosystems (Pausch & Kuzyakov, 2018). Thus, it is crucial to evaluate why crop species exhibit less rhizodeposition and what are the plant physiological processes governing rhizodeposition in terms of quantity and type (exudation, mucilage, root cap and border cells loss) at the temporal and spatial scale. Identifying potential trade-off for carbon allocation would assist the selection of resilient ideotypes and development of sustainable farming practices. Because of their potential for agroecology, we study the relationship and potential trade-off of carbon allocation in legumes with focus on the specie Pisum sativum. Carbon budget for biomass, growth, storage, nodulation and rhizodeposition at the whole plant level is performed with state of the art phenotyping and isotope labelling plateforms. We show the different rhizodeposition processes and methods to assess them in order to evaluate their respective contribution to carbon budget and microbial population management. Root mucilage is a hydrogel composed mainly of polysaccharides actively secreted by exocytosis. It provides multiple benefits such as hydraulic continuity with soil, metal complexation and rhizosphere stabilization (Kroener et al., 2016). Border cells are cells that detach from root apex. They lower frictional stress during growth but also have a major role in mediating microbial populations in legumes through the release of secondary metabolites (Watson et al., 2015). Exudates are soluble plant derived primary and secondary metabolites that can be released through active and passive mechanisms (Jones et al., 2009). Second, we present our ecophysiological structure-function approaches at the root level focusing on sugars, taking into consideration carbon and water transport. The developmental gradient of roots is studied using anatomy in order to link it to functions such as growth, storage, respiration and exudation. Further the use of hydraulic methods informs on radial and axial resistance for water flow but also passive diffusion of sugars to decipher to which extent loss of organic carbon is an unfortunate necessity for water absorption through passive loss (Zwieniecki et al., 2002).

Published
2019

9. Plant acclimation to high temperatures and water deficit: a comparative study determining independent and combined effects in four grain legume species

Author

Prudent, Marion, Bourion, Virginie, Girodet, Sylvie, Leborgne, Déborah, Diatta, Cherif, Olive, Coraline, Martin, Chantal, Ollivier, Damien, Durey, Vincent, Salon, Christophe, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, food and beverages, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology
Abstract

National audience; Four grain legumes species (Pea, Faba bean, Lentil and Lupin) were evaluated for their responses to high temperatures (HT) and soil water deficit (WD), applied independently or jointly. We characterized both nodulated root development and growth, as well as nodulated root performance in terms of water and N uptake. To that aim, plants inoculated with rhizobium were grown up to four weeks, corresponding to their vegetative stage, in innovative RhizoTubes© on the 4PMI high throughput phenotyping platform. Most of the traits, including overall plant performance illustrated by plant biomass, were more impacted by combined HT and WD than when these stresses were applied separately. Additionally, a few root morphological traits responded specifically to either one or the other stress. Contrasted adaptive strategies mediated either through i) differential carbon partitioning among above and belowground organs, ii) root architecture plasticity or iii) the efficiency of symbiotic nitrogen fixation, were identified among the four species under individual or combined stresses. Under combined HT and WD, lupin was the only species that increased the shoot:root ratio. Under HT, lentil privileged nodule growth at the expense of root growth while the opposite occurred in lupin. Under WD, species maintained (such as faba bean or lentil) while others decreased (such as lupin of pea) nodule symbiotic fixation activity. This study highlights that the modulation by abiotic stresses of trade-offs in resource allocation between roots and nodules is not generic to the fourlegume species and that the interaction between HT and WD did not reflect additive effects of each individual stress.

Published
2019

10. Analyse écophysiologique de la récupération après un stress hydrique chez la légumineuse à graines Pisum sativum

Author

Couchoud, Mégane, Girodet, Sylvie, Vernoud, Vanessa, Salon, Christophe, Prudent, Marion, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, fixation symbiotique, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, récupération, stress hydrique, racines, nodules
Abstract

National audience; Le pois (Pisum sativum) possède la capacité de fixer l’azote atmosphérique via une symbiose avec des bactéries du sol, au sein de structures racinaires appelées nodosités, permettant ainsi de s’affranchir de l’apport d’engrais azotés pour sa culture. Cependant, la fixation symbiotique de l’azote est un processus très sensible au stress hydrique qui l’affecte négativement. Bien que la capacité d’une plante à récupérer après un stress hydrique puisse être déterminante pour sa survie et l’élaboration de son rendement, les mécanismes enclenchés lors de cette phase restent peu connus. Afin d’évaluer la capacité du pois à récupérer après un stress hydrique, notamment en termes de reprise de croissance et d’acquisition d’azote, et d’identifier les processus écophysiologiques sous-jacents à cette récupération, deux génotypes contrastés pour leur architecture racinaire et pour leur capacité à récupérer après un stress hydrique ont été sélectionnés. Ils ont été cultivés au sein de la plateforme de phénotypage à haut-débit 4PMI de Dijon et ont subi un stress hydrique suivi d’une période de ré-arrosage durant lesquelles une cinétique de prélèvements a été réalisée. Les processus écophysiologiques impliqués dans la récupération après le stress et en lien avec les flux d’eau, de carbone et d’azote au sein de la plante ont été analysés en utilisant un cadre d’analyse de type structure-fonction. L’efficacité des deux stratégies de récupération ainsi que les mécanismes associés ont ainsi pu être caractérisés et seront présentés.

Published
2019

11. Des plateformes et des omes: comment alimenter les modèles

Author

Salon, Christophe, Lamboeuf, Mickaël, Jeudy, Christian, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2019

12. ArchiRac : Caractérisation de la diversité génétique de l’architecture racinaire chez le blé tendre et le blé dur

Author

Rincent, Renaud, Salon, Christophe, Le Gouis, Jacques, Roumet, Pierre, Lafarge, Stéphane, Beauchene, Katia, Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biogemma, ARVALIS - Institut du Végétal, Association des Selectionneurs Francais (ASF). FRA., Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Limagrain Centre de Recherche – Route d’Ennezat – 63720 Chappes, France, ARVALIS - Institut du Végétal [Ouzouer le Marché] (ARVALIS), ARVALIS - Institut du végétal [Paris], FSOV ArchiRac, Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Bernard, Nathalie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)

Subjects
blé tendre, ble tendre, prédiction génomique, [SDV]Life Sciences [q-bio], variabilité génétique, root architecture, [SDV] Life Sciences [q-bio], genêtic variation, soft wheat, blé dur, architecture racinaire, diversité génétique, hard wheat, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, génétique d’association
Abstract

National audience; Le système racinaire constitue la partie invisible des plantes mais il joue néanmoins un rôleprimordial dans leur développement. C’est par le système racinaire que la plante va prélever deséléments qui sont indispensables à sa survie, et c’est donc, au moins en partie, les caractéristiques dece système racinaire qui vont lui permettre de résister à des stress abiotiques. Il a été notammentmontré que des caractères liés à l’architecture racinaire pouvaient être responsables d’une meilleuretolérance à des stress hydriques. Le projet FSOV ArchiRac vise à caractériser un grand nombre devariétés élites et de diversité de blé tendre et de blé dur pour leur architecture racinaire grâce à desexpérimentations en plateforme de phénotypage haut-débit 4PMI (Jeudy et al., 2016). Les mesuresréalisées sur cette plateforme seront confrontées à des mesures d’architecture racinaire réalisées auchamp dans des conditions optimales ou de stress hydriques, et à des mesures de caractèresagronomiques dans le réseau d’essais du projet BreedWheat. Des analyses de génétique d’associationet de prédiction génomique seront réalisées pour détecter des QTLs d’intérêt et calibrer des équationsde prédiction de manière à valoriser ces résultats en sélection. Les premiers résultats sont prometteurset illustrent la grande variabilité phénotypique disponible sur ce matériel.

Published
2019

13. Application du phénotypage haut débit à l'étude des interactions plante x microorganismes en conditions de stress

Author

Salon, Christophe, Jeudy, Christian, Lamboeuf, Mickaël, Moreau, Delphine, Bourion, Virginie, Prudent, Marion, Voisin, Anne-Sophie, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Association des Selectionneurs Francais (ASF). FRA., and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2019

14. Phénotypage haut débit de l'architecture du système racinaire du blé

Author

Salon, Christophe, Rincent, Renaud, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), and ProdInra, Archive Ouverte

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], système racinaire, blé, wheat, phénotypage, [SDV]Life Sciences [q-bio], root systems
Abstract

National audience; Phénotypage haut débit de l'architecture du système racinaire du blé. Journée scientifique de l'Association des Sélectionneurs Français

Published
2019

15. How does pea (Pisum sativum) recover from water deficit?

Author

Couchoud, Mégane, Girodet, Sylvie, Salon, Christophe, Vernoud, Vanessa, Prudent, Marion, ProdInra, Migration, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and International Legume Society (ILS). INT.

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, symbiotic nitrogen fixation, re-watering, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, food and beverages, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, water deficit
Abstract

International audience; Pea (Pisum sativum), like other legumes, has the unique ability to fix atmospheric dinitrogen (N2) via symbiosis with soil bacteria known as rhizobia in root nodules. This particular feature makes the pea crop an essential component of sustainable cropping systems because of the reduction of nitrogen fertilizers it affords. However symbiotic nitrogen fixation (SNF) is very susceptible to abiotic stresses and particularly to water deficit, which is becoming an increasingly common threat in the current context of climate change. Water deficit impacts negatively SNF (Prudent et al., 2016), affecting both nodule number and growth (i.e. structural components of SNF) and their N-fixing efficiency (i.e. fonctional component of SNF). Such negative effects can even remain when optimal water conditions are restored. Although the ability of a plant to recover after a water deficit period may determine both its survival and its yield at harvest, the mechanisms occurring during the rewatering phase in terms of nitrogen nutrition and growth recovery remain poorly addressed. The aim of this study was to evaluate the capacity of pea genotypes to recover after a water deficit and assess which processes, whether structural or functional, underlie this recovery. Two pea genotypes, Kayanne and Puget, were selected based on their contrasted nodulated root system architecture and their ability to recover after a water deficit period. Plants were cultivated in 4PMI2 (Dijon – France) and subjected to a two-week water deficit period during the vegetative stage, followed by an optimal rewatering until physiological maturity. During the water deficit period and the two first weeks of re-watering, a sampling time-series was performed. Physiological mechanisms potentially involved in plant stress tolerance and in its recovery were analysed by using a structure-function based ecophysiological framework. This analysis was complemented by a study of the carbon and nitrogen fluxes within the soil-plant-atmosphere continuum. Both genotypes responded similarly during the water deficit period. Plant growth was negatively affected, and among plant compartments, nodule growth was particularly impacted resulting in a decrease of the nodule biomass over nodulated root biomass ratio and leading to a reduction of plant nitrogen nutrition. Conversely the two pea genotypes displayed contrasted recovery strategies during the re-watering period. Kayanne increased carbon allocation to the nodule compartment allowing a restoration of the nodule biomass over nodulated root biomass ratio. Puget also favored nodules for carbon allocation but at the expense of the roots leading to an overcompensation of the nodule biomass over nodulated root biomass ratio compared to the control. Differences in the kinetics of nitrogen acquisition recovery were also observed, with Kayanne initiating a nitrogen uptake recovery earlier than Puget during rewatering. Interestingly, Puget’s yield but not Kayanne’s was significantly reduced in response to water deficit suggesting that Kayanne’s strategy during rewatering after a water deficit could be more efficient. Perspectives of this work are to use transcriptomics and metabolomics to identify key genes and metabolic pathways underlying these contrasted recovery strategies. This study will generate key knowledges allowing us to contribute to designing pea ideotypes which are better adapted to fluctuating water constraints.

Published
2019

16. Unraveling the hidden half of legumes: root phenotyping and microbial interactions

Author

Salon, Christophe, ProdInra, Migration, Agroécologie [Dijon], and Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology
Abstract

Prod ? EA GEAPSI INRA; International audience

Published
2019

17. Leaf metabolite profiling reveals biochemical diversities within wheat genetic resources

Author

Petriacq, Pierre, Flandin, Amélie, Prigent, Sylvain, Bernillon, Stéphane, CASSAN, Cédric, Rolin, Dominique, Rincent, Renaud, Salon, Christophe, Le Gouis, Jacques, Gibon, Yves, Moing, Annick, Bernard, Nathalie, Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation - - METABOHUB2011 - ANR-11-INBS-0010 - INBS - VALID, Infrastructures - Centre français de phénomique végétale - - PHENOME2011 - ANR-11-INBS-0012 - INBS - VALID, Biotech - Bioressources - Développer de nouvelles variétés de blé pour une agriculture durable - - BREEDWHEAT2010 - ANR-10-BTBR-0003 - BTBR - VALID, University of Sheffield [Sheffield], Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Plateforme Bordeaux Metabolome, Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Bordeaux, MetaboHUB-MetaboHUB, FSOV {2016K], Metabolomics Society, ANR-11-INBS-0010,METABOHUB,Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation(2011), ANR-11-INBS-0012,PHENOME,Centre français de phénomique végétale(2011), ANR-10-BTBR-0003,BREEDWHEAT,Développer de nouvelles variétés de blé pour une agriculture durable(2010), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Plateforme Métabolome [Bordeaux] (PMB), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

Session : Plant, food, enviromenal and microbial, Poster P-422; International audience

Published
2019

18. Comment le mode de nutrition azotée influence-t-il le prélèvement, le stockage et la remobilisation des nutriments en conditions hydriques fluctuantes chez le pois ?

Author

Jacques, Cécile, Salon, Christophe, Prudent, Marion, ProdInra, Migration, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and Université de Bourgogne Franche-Comté (COMUE) (UBFC). Dijon, FRA.

Subjects
[SDE] Environmental Sciences, carence élémentaire, nitrogen nutrition, [SDV]Life Sciences [q-bio], food and beverages, deficiency, legume, biological nitrogen fixation, nutrition azotée, légumineuse, [SDV] Life Sciences [q-bio], water stress, [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, stress hydrique, ionome
Abstract

National audience; Pea seeds have interesting nutritional properties through their protein, vitamin and mineral contents. However, environmental conditions such as soil water availability during plant growth influence both final yield and seed quality in pea. Soil water conditions not only modulates pea nitrogen acquisition whatever the mode of nitrogen nutrition: mineral nitrogen acquisition by roots and atmospheric di-nitrogen fixation by nodules in interaction with rhizobia, but also the overall plant mineral nutrition. The aim of this study is to get a better understanding of soil water deficit impact on nutrient acquisition, storage and distribution inside the plant according to the mode of nitrogen nutrition. In this study the first experimentation aims at characterizing 13 individual mineral deficiencies on nutrient uptake and remobilisation into different plant organs, allowing to design an ionomic fingerprint specific to each mineral deficiency. A second experimentation consists in implementing single (at vegetative or reproductive stage) or repeated water deficits to pea plants grown under both modes of nitrogen nutrition. This experimentation will allow us to analyse how water deficit influences nutrient uptake, storage and remobilisation via (1) ecophysiological analysis by using a structure-function framework including water and mineral fluxes at the whole plant level, (2) transcriptomic analysis of nodules and roots. We intend to identify the main regulatory genes involved in either single water deficit response or water deficit memory stress response. This study will allow us to provide new insights towards a better management of preventive or/and curative mineral fertilization solution in the field, in order to prevent pea from mineral deficiencies and improve its yield and seed quality under fluctuating water environment.

Published
2019

19. Phénotypage racinaire haut débit et ses applications à l'étude des interactions plante x microorganisme

Author

Salon, Christophe, Baussart, Christophe, Bernard, Céline, Bourion, Virginie, Jeudy, Christian, Lamboeuf, Mickaël, Martinet, Julien, Moreau, Delphine, Prudent, Marion, Voisin, Anne-Sophie, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Inoviaflow, Centre d'activités nouvelles, Partenaires INRAE, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, architecture racinaire, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, alimentation minérale et hydrique des plantes, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, sélection variétale, phénotypage haut débit
Abstract

Prod 2019-83f BAP EA SPE GEAPSI SERRES GESTAD INRA; National audience; De nombreuses innovations ont été développées afin de caractériser le fonctionnement des plantes modèles ou cultivées. Ces innovations comprennent de nouvelles méthodes et équipements dédiés à l’analyse des plantes et la gestion des données associées. Ils permettent d’analyser dans des conditions climatiques variées la morphologie, la phénologie et le fonctionnement physiologique des plantes résultant de l’expression de leurs gènes, ce que l’on appelle le « phénotype » d’une plante. Ceci est réalisé à « haut débit » par le biais de la caractérisation non destructive, dynamique et automatisée des phénotypes de milliers de plantes et l’acquisition des données microclimatiques permettant de caractériser l’environnement des plantes. Le phénotypage haut débit des parties racinaires ainsi que celui de leurs interactions avec les microorganismes telluriques attirent de plus en plus l’attention des chercheurs. Considérant leur impact majeur sur la santé et la croissance des plantes, en particulier en conditions de stress, il y a là de gros enjeux méthodologiques et scientifiques pouvant conduire à des avancées majeures en sélection variétale.

Published
2019

20. Outils et méthodes pour le phénotypage racinaire haut débit

Author

Salon, Christophe, Lamboeuf, Mickaël, Jeudy, Christian, ProdInra, Migration, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and Association des Selectionneurs Francais (ASF). FRA.

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2019

21. What do we expect from high throughput phenotyping ?

Author

Salon, Christophe, Billiot, Bastien, Bernard, Céline, Lamboeuf, Mickaël, Martinet, Julien, Moreau, Delphine, Pluchon, M., Prudent, Marion, Voisin, Anne-Sophie, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Centre Mondial d'Innovation - Groupe Roullier (CMI ), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre Mondial d'Innovation (CMI, Roullier) (CMI), and ProdInra, Archive Ouverte

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

prod ?EASPEGEAPSIGESTADINRAPPHD; What do we expect from high throughput phenotyping ?. Séminaire Chinese Academy of Agricultural Science

Published
2018

22. Phenotyping feeds plant models

Author

Salon, Christophe, Bourion, Virginie, Jeudy, Christian, Lamboeuf, Mickaël, Moreau, Delphine, Prudent, Marion, Voisin, Anne-Sophie, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), ProdInra, Archive Ouverte, and Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

prod ?EASPEBAPGEAPSIGESTADINRA; Phenotyping feeds plant models. 6th IEEE International Symposium on Plant Growth Modeling Visualization and Application

Published
2018

23. What is needed, what does phenotyping deliver?

Author

Salon, Christophe, Bernard, Céline, Lamboeuf, Mickaël, Martinet, Julien, Moreau, Delphine, Prudent, Marion, Voisin, Anne-Sophie, Jeudy, Christian, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and ProdInra, Archive Ouverte

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

prod ?EASPEGEAPSIGESTADINRAPPHD; What is needed, what does phenotyping deliver?. Séminaire Hefei University

Published
2018

24. How can high throughput phenotyping contribute to sustainable agriculture?

Author

Salon, Christophe, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2018

25. Root growth and development under heat and water stresses: a comparative study determining independent and combined effects in four grain legume species

Author

Prudent, Marion, Bourion, Virginie, Diatta, Cherif, Leborgne, Déborah, Girodet, Sylvie, Martin, Chantal, Ollivier, Damien, Durey, Vincent, Salon, Christophe, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, International Society of Root Research (ISRR). INT., and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, abiotic stress, legume species, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, food and beverages, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, root architecture
Abstract

International audience; hanks to their ability to fix atmospheric dinitrogen in symbiosis with soil bacteria, grain legumes provide a sustainable way to ensure food and nutritional security. Unfortunately, these crops are highly susceptible to environmental constraints such as heat or water stresses which leads to fluctuating yields as compared to cereals. In the context of climate change, more frequent episodes of heat stress, concomitant (or not) with water stress are expected. This emphasizes the need to identify key plant traits towards a better yield stability under stressful conditions.

Published
2018

26. Overview of INRA - Sustainable agriculture development: French Experience

Author

Salon, Christophe, Munier-Jolain, Nicolas, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2018

27. Legume chains diagnosis for animal and human food and (some...) development prospects

Author

Salon, Christophe, Voisin, Anne-Sophie, Astier, Mathilde, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2018

28. In the context of sustainable agriculture how, with plant high throughput phenotyping, can we address the various challenges?

Author

Salon, Christophe, Bernard, Céline, Declerk, Philippe, Just, Daniel, Prudent, Marion, Rothan, Christophe, Jeudy, Christian, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, RAGT 2n, Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, sustainable agriculture, [SDV]Life Sciences [q-bio], fungi, [SDE]Environmental Sciences, food and beverages, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, throughput phenotyping
Abstract

International audience; In a context of climate change and soil and water resource degradation, it becomes increasingly important to reduce the need for high nutrient, water, or pesticides inputs, leading to more sustainable agricultural practices. In this context, our aim is to select the best performing crops in various deleterious abiotic environments, having both a higher yield and a better quality, a better environmental « efficiency ». Because plants interact with numerous and diverse microorganisms, especially in the soil volume surrounding roots, called rhizosphere, plant-microorganism relationships in the rhizosphere is also of great agronomical and ecological importance. To address these challenges, high-throughput, non-invasive systems/methods have been developed to characterize the numerous phenotypic traits involved. Associated methods will be shortly described. Examples arising from various ongoing projects will demonstrate how shoot, root or fruit phenotyping can be applied to various thematic and crops to identify either elite genotypes face to a given abiotic stress (e.g. iron chlorosis, drought stress or nutrient deficiency), follow fruit development or identify plant and microorganism beneficial interactions.

Published
2018

29. Plant genotype: a lever in the interactions between plant and its associated rhizosphere microbiome

Author

Zancarini, Anouk, Le Signor, Christine, Aubert, Julie, Terrat, Sébastien, Ronfort, Joëlle, Salon, Christophe, Munier-Jolain, Nathalie, Mougel, Christophe, Swammerdam Institute for Life Sciences (SILS), University of Amsterdam [Amsterdam] (UvA), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Mathématiques et Informatique Appliquées (MIA-Paris), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Station d'amélioration des plantes, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, and ZANCARINI, Anouk

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], Plant nutritional strategies, [SDV]Life Sciences [q-bio], Medicago truncatula, Rhizosphere, GWAS, Microbial communities
Abstract

International audience; In the context of highly pressured agricultural production using low levels of inputs, cropping strategies could take advantage of existing plant-microbiome interactions that can improve both plant growth and health. We believe that plant genetics can provide some clues to better understand the mechanisms underlying microbiome recruitment by the plant.The aims of this work were (i) to assess plant genotype effect on the rhizosphere bacterial communities in relation to the plant nutritional strategies for a core collection of 155 genotypes of Medicago truncatula and (ii) to highlight the genetic determinisms potentially associated in these interactions. To achieve these aims, we developed a multidisciplinary approach where the plant growth and nutritional strategies were characterized using an ecophysiological framework, the rhizosphere bacterial communities were described using massive parallel sequencing, and the genetic determinisms were analysed using Genome-Wide-Association Studies. We observed a significant effect of the plant genotype and identified different groups of plant genotypes according to their nutritional strategies and to the structure and composition of their associated rhizosphere bacterial communities. To go further, we also highlighted loci linked to microbiome recruitment by the plant.First, we showed that plant genetics may provide the levers to manipulate soil microflora through plant microbiome recruitment. Then, this work demonstrates the importance of combining approaches from different disciplines to better unravel plant-microbiome interactions.

Published
2018

30. High throughput root phenotyping, besides shoot phenotyping

Author

Salon, Christophe, Declerck, Philippe, Jeudy, Christian, Moreau, Delphine, Prudent, Marion, Rothan, Christophe, Voisin, Anne-Sophie, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, RAGT 2n, Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2018

31. Analyse écophysiologique de la récupération après un stress hydrique chez la légumineuse à graines Pisum sativum

Author

Couchoud, Mégane, Prudent, Marion, Girodet, Sylvie, Vernoud, Vanessa, Salon, Christophe, ProdInra, Migration, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA). FRA.

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2018

32. Root Phenotyping and candidate traits for optimizing plant nitrogen nutrition

Author

Salon, Christophe, ProdInra, Migration, Agroécologie [Dijon], and Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2018

33. Challenges to improve nutrients use efficiency and plant–microbial Interactions: case studies of N and legumes

Author

Salon, Christophe, Voisin, Anne-Sophie, Prudent, Marion, ProdInra, Migration, Agroécologie [Dijon], and Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2018

34. Disentangling the complexity and diversity of crosstalks between S and other mineral nutrients in cultivated plants

Author

Ourry, Alain, Salon, Christophe, Brunel-Muguet, Sophie, Courbet, Galatéa, Gallardo, Karine, ProdInra, Migration, Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions (EVA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agroécologie [Dijon], and Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, molybdenum, iron, chloride, nitrogen fixation, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, ionomic signature, sulfur deficiency
Abstract

International audience

Published
2018

35. High throughput root phenotyping using the 'Rhizo' suite

Author

Salon, Christophe, Jeudy, Christian, Lamboeuf, Mickaël, Martinet, Julien, Zenk, Franck, Palavioux, Karine, Bernard, Céline, Agroécologie [Dijon], and Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology
Abstract

International audience; While automated high throughput plant shoot phenotyping (e.g. measurement of leaf, fruits) is progressing quite rapidly in a range of platforms, morphometric characterization of plant roots (root architectural traits) is still lagging behind, due to both the high plasticity of roots and obvious technical difficulties to access them in situ. This is especially relevant for field experiments but also in controlled conditions. In order to get automated, non-destructive and fast phenotyping of roots, a range of tools and methods have been conceived within the Phenotyping Platform for Plant and Microorganisms Interactions (4PMI) in the context of the Phenome Project (French Plant Phenotyping Network, https://www.phenome-fppn.fr/), and accessible in transnational access through the EPPN2020 project (http://www.2020-horizon.com/EPPN-European-Plant-Phenotyping-Network(EPPN)-s211.html). Specialized containers (RhizoTubes) and imaging cabins (RhizoCabs) have been developed and already evaluated for a range of species in different environmental conditions (Jeudy et al., 2016). This will be briefly summarized together with recent results conducted on large number of maize, wheat, and pea genotypes subjected to contrasted environmental conditions. How to access through EPPN2020 to these tools will be presented. Alltogether, besides the bottleneck represented by image analysis, this will demonstrate the power of high throughput root phenotyping devices and methods to identify plant more tolerant to abiotic stress, including conditions of fluctuating conditions of soil resources availability.

Published
2017

36. Comment la plante récupère-t-elle après un stress hydrique ? Une étude écophysiologique et moléculaire chez la légumineuse à graines Pisum sativum

Author

Couchoud, Mégane, Prudent, Marion, Vernoud, Vanessa, Salon, Christophe, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA). FRA., Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), and ProdInra, Archive Ouverte

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [ SDV ] Life Sciences [q-bio], architecture racinaire, [SDV]Life Sciences [q-bio], récupération, stress hydrique, pois (Pisum sativum), fixation d'azote symbiotique
Abstract

EABAPGEAPSI DOCT INRA; Le pois (Pisum sativum) possède la capacité de fixer l’azote atmosphérique via une symbiose avec des bactéries du sol, permettant ainsi de s’affranchir d’engrais azotés. Cependant, ce processus est très sensible au stress hydrique, et reste affecté même lorsque les conditions hydriques redeviennent optimales. Or, la capacité d’une plante à récupérer après un stress hydrique peut être déterminante pour l’élaboration de son rendement. Pourtant, les mécanismes enclenchés lors de la phase de récupération restent peu connus. Le but de cette thèse est d’évaluer la capacité de la plante à récupérer après un stress hydrique et d’identifier les processus écophysiologiques et moléculaires ainsi que les signaux intra-plante sous-jacents à cette récupération. Pour cela, deux génotypes contrastés pour leur architecture racinaire et pour leur capacité à récupérer après un stress hydrique ont été sélectionnés. Les processus écophysiologiques impliqués dans la récupération après le stress seront analysés en utilisant un cadre d’analyse structure-fonction associé à une étude des flux d’eau, de carbone et d’azote au sein du continuum sol-plante-atmosphère. Les processus moléculaires seront étudiés via des analyses transcriptomiques et métabolomiques afin d’identifier respectivement les gènes clés et les principales voies métaboliques impliqués. Cette combinaison d’approches permettra de contribuer à la conception d’idéotypes de pois mieux adaptés à des conditions hydriques fluctuantes.

Published
2017

37. Acquisitions et traitements d’images au service du phénotypage racinaire au sein de la plateforme haut débit 4PMI avec le système RhizoCab-RhizoTube

Author

Lamboeuf , Mickaël, Jeudy , Christian, Cointault , Frédéric, Salon , Christophe, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), ProdInra, Archive Ouverte, Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA). FRA., and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC )

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [ SDV ] Life Sciences [q-bio], rhizoCab, rhizotube, phénotypage, [SDV]Life Sciences [q-bio], acquisition d'images, haut-débit
Abstract

EAGEAPSIAGROSUPINRA; Le phénotypage d’une plante est classiquement basé sur la caractérisation de traits aériens tels que la surface foliaire, la biomasse ou in fine le rendement. Le système racinaire qui joue pourtant un rôle clé dans le fonctionnement de la plante, n’est que peu étudié de manière non-destructive et dynamique du fait de difficultés techniques d’accessibilité aux racines. Pour ce faire l’outil RhizoTube a été développé. Il consiste en un rhizotron cylindrique qui permet la visualisation 2D du système racinaire d’une ou plusieurs plantes de manière simultanée. Afin de visualiser les racines, une coque protégeant de la lumière s’ouvre permettant une acquisition d’image à moyen ou haut débit au sein de la chambre de photographie appelée RhizoCab. La RhizoCab a été conçue pour prendre des images de l’intégralité du système racinaire de chaque plante à une définition variant de 42 μm à 7 μm. Parmi les différents systèmes d’acquisition d’images existants, la solution retenue est celle de l’imagerie visible (400-700 nm) à l’aide d’une caméra monochrome linéaire de 12000 pixels et d’une rampe de LEDs permettant l’éclairage dans les trois longueurs d’onde primaires. L’image acquise nous permet alors d’accéder à des données diverses telles que la surface projetée, la profondeur de prospection ou des traits architecturaux.

Published
2017

38. Drought response of nodulated roots in pea: from ecophysiological to transcriptomic analyses

Author

Prudent, Marion, Salon, Christophe, Girodet, Sylvie, Jeudy, Christian, Rossin, Nadia, Boucherot, Karen, Jacquin, Françoise, Aubert, Gregoire, Pateyron, Stephanie, Moing, Annick, Balzergue, Sandrine, Vernoud, Vanessa, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Noble Research Institute., Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, food and beverages, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology
Abstract

BAP EA GEAPSI INRA; International audience; In the context of climate change, more frequent episodes of water stress are expected, which will negatively impact symbiotic N2 fixation and consequentely plant nitrogen nutrition, growth and productivity. This emphasizes the need to select drought tolerant pea genotypes. In this study, the physiological and transcriptional responses of both roots and nodules to a drought event, followed by a recovery period were investigated. The hybridization of a 40k pea microarray indicated that, as a result of drought, ~390 and ~380 genes were at least 2-fold differencially regulated in roots and nodules, respectively. After rewatering, most of these genes were regulated in an opposite manner to drought effect. This analysis allowed to identify common and specific metabolic regulatory processes involved in drought tolerance and recovery. The most highly deregulated genes in response to drought (including LEA family members, delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase, SWEET family members...) were subsequently analysed for their expression patterns in response to several drought events each followed by a recovery period. We will discuss the behavior of these genes in terms of kinetics and intensity of their expression. Acknowledgement: this study was supported by the Burgundy & Franche-Comté Region (FABER program), Terres Inovia, the FP7-ABSTRESS project and its grant FP7-613551, the FP7-LEGATO project and its grant agreement FP7-289562.

Published
2017

39. Frontiers in plant and crop physiology

Author

Salon, Christophe, Aguirrezabal, Luiz, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Universidad Nacional de Mar del Plata [Mar del Plata] (UNMdP), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology
Abstract

Prod 2017-358b EA GEAPSI INRA; International audience

Published
2017

40. Les liens existants entre pratiques culturales et qualité des matières premières agricoles

Author

Salon, Christophe, Prudent, Marion, Dymarski, Pierre-Yves, Million, Gérard, ProdInra, Migration, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Dijon Céréales, and Groupe Dijon Céréales

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, animation professionnelle, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology
Abstract

National audience; Pratiques agricoles : Quel impact sur le produit fini ? Le 14 décembre 2017 à partir de 14h à Vitagora - 4 bd Dr Jean Veillet, 21000 DIJON Quel lien existe-t-il entre les pratiques agricoles et les matières premières obtenues ? Peut-on piloter la qualité nutritionnelle et technologique d'un produit fini en agissant sur la pratique agricole ? En tant qu'industriel, cela vaut-il vraiment le coup ? Venez échanger sur les possibilités et les enjeux qui restent à travailler concernant les liens entre pratiques agricoles et produits finis. Un Vitagora Café pour les cadres et décideurs R&D, marketing, et qualité des filières céréales, fruits et légumes. Intervention de Dijon Céréales et de l'UMR Agroécologie, suivie d'un groupe de travail pour dégager des axes d'amélioration. Au menu de ce Vitagora Café 14h - 14h15 Café d'accueil offert par Vitagora 14h15 - 15h30 Présentation : les liens existants entre pratiques culturales et qualité des matières premières agricoles Etat de l'art des connaissances scientifiques, projets et résultats obtenus Méthodes de pilotage de la qualité du produit fini par le choix des pratiques culturales et sélections variétales Présentation de la plateforme Serres / PPHD de l'UMR agroécologique Pierre-Yves Dymarski et Gérard Million (Dijon Céréales) Christophe Salon et Marion Prudent (UMR Agroecologie) 15h30 - 15h35 Pause 15h35 - 16h15 Groupe de travail La parole aux participants ! Ensemble, dégageons des axes d'amélioration sur cette thématique.

Published
2017

41. 3D imaging systems for agricultural applications

Author

Cointault, Frédéric, Han, Simeng, Rabatel, Gilles, Jay, Sylvain, Rousseau, David, Billiot, Bastien, Simon, Jean-Claude, Salon, Christophe, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Information – Technologies – Analyse Environnementale – Procédés Agricoles ( UMR ITAP ), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ), 2 - Images et Modèles, Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Vision Artificielle & Statistiques, Groupe Roullier, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Information – Technologies – Analyse Environnementale – Procédés Agricoles (UMR ITAP), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Julio C. Rodriguez-Quiñonez, Oleg Sergiyenko, and Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)

Subjects
3D image acquision system, shape from focus, focus measure, sharpness operator, high throughput plant phenotyping, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], structure from motion, [SDV]Life Sciences [q-bio], 3D reconstruction, morphometry, plant root systems
Abstract

EAGEAPSIAgrosupCT DOCT; The development of the concepts of precision agriculture and viticulture since the last three decades has shown the need to use first 2D image acquisition techniques and dedicated image processing. More and more needs concern now 3D images and information. The main ideas of this chapter is thus to present some innovations of the 3D tools and methods in the agronomic domain. This chapter will particularly focus on two main subjects such as the 3D characterization of crop using Shape from Focus or Structure from Motion techniques and the 3D use for root phenotyping using rhizotron system. Results presented show that 3D information allows to better characterize crucial crop morphometric parameters using proxy-detection or phenotyping methods. résumé du livre : Sensor technologies play a large part in modern life as they are present in security systems, digital cameras, smartphones, and motion sensors. While these devices are always evolving, research is being done to further develop this technology to help detect and analyze threats, perform in-depth inspections, and perform tracking services. Developing and Applying Optoelectronics in Machine Vision evaluates emergent research and theoretical concepts in scanning devices and 3D reconstruction technologies being used to measure their environment. Examining the development of the utilization of machine vision practices and research, optoelectronic devices, and sensor technologies, this book is ideally suited for academics, researchers, students, engineers, and technology developers.

Published
2017
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42. UMR Agroecology’s research

Author

Salon, Christophe, Bernard, Céline, Lamboeuf, Mickaël, Jeudy, Christian, Agroécologie [Dijon], and Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2017

43. 4PMI: Plant Phenotyping Platform for Plant and Microorganisms Interactions Phenotyping innovations, opportunities and challenges

Author

Salon, Christophe, Bernard, Céline, Lamboeuf, Mickaël, Jeudy, Christian, Agroécologie [Dijon], and Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2017

44. High resolution imagery for phenotypic root traits detection

Author

Han, Simeng, Simon, Jean-Claude, Salon, Christophe, Cointault, Frédéric, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire d'Electronique, d'Informatique et d'Image [EA 7508] (Le2i), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Bourgogne (UB)-École Nationale Supérieure d'Arts et Métiers (ENSAM), Arts et Métiers Sciences et Technologies, HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-Arts et Métiers Sciences et Technologies, HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), ProdInra, Archive Ouverte, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Laboratoire d'Electronique, d'Informatique et d'Image UMR CNRS 6306 ( Le2i ), and Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École Nationale Supérieure d'Arts et Métiers ( ENSAM ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

AgrosupINRAEAGEAPSI; High resolution imagery for phenotypic root traits detection. CIRG-AgEng 2016, International Conférence on Agricultural Engineering, Automation, Environment and Food Safety

Published
2016

45. Co-organisation de la journée annuelle ARVALIS Institut du Végétal

Author

ARVALIS, .., Lemanceau, Philippe, Wipf, Daniel, Petit, Sandrine, Munier-Jolain, Nicolas, Salon, Christophe, Mondy, Samuel, Marget, Pascal, Paoli, Jean-Noël, ARVALIS - Institut du végétal [Paris], Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and ARVALIS - Institut du végétal [Paris]. FRA.

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2016

46. European and international phenotyping initiatives

Author

Salon, Christophe, Agroécologie [Dijon], and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2016

47. High througput phenotyping of interactions between plants and microorganisms, associated devices. Phenotyping Platform for Plant and Plant Micro organisms Interactions (4PMI, INRA Dijon)

Author

Salon, Christophe, Agroécologie [Dijon], and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2016

48. Solution de détection des maladies de la vigne par imagerie de drone. Diagnostic et réduction des pesticides à la parcelle

Author

Al Saddik, Hania, Han, Simeng, Simon, Jean-Claude, Brousse, Olivier, Zunino, Eric, Salon, Christophe, Cointault, Frédéric, ProdInra, Archive Ouverte, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), GST Headquarter Research & Development Technical (GST), NOVADEM, Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), and GST Headquarter Research & Development Technical ( GST )

Subjects
réduction pesticides, [SDV] Life Sciences [q-bio], [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], imagerie aérienne, diagnostic, détection des maladies, drone, vigne
Abstract

ARTICLE A NE PAS DIFFUSEREAGEAPSIAgrosupCT1; Solution de détection des maladies de la vigne par imagerie de drone. Diagnostic et réduction des pesticides à la parcelle

Published
2016

49. Role du sulfate vacuolaire dans l'élaboration de la composition proteique des graines

Author

Le Signor, Christine, Thompson, Richard, Aime, Delphine, Vieren, Eric, Sanchez, Myriam, Aubert, Gregoire, Burstin, Judith, Balzergue, Sandrine, Pateyron, Stéphanie, Naudé, Florence, Avice, Jean-Christophe, Trouverie, Jacques, Salon, Christophe, Gallardo, Karine, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions (EVA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Réseau Français de Biologie des Graines (RFBG). FRA., AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA)

Subjects
composition protéique, graine, sulfate vacuolaire, rôle, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

BAP EA GEAPSI; National audience

Published
2015

50. Quels effets la diversité microbienne du sol a-t-elle sur la croissance et la santé des plantes ?

Author

Mougel, Christophe, Aubert, Julie, Bousset, Lydia, Cortesero, Anne-Marie, Daval, Stéphanie, Ermel, Magali, Faivre-Primot, Céline, Fournet, Sylvain, Guillerm-Erckelboudt, Anne-Yvonne, Lachaise, Tom, Lebreton, Lionel, Lepinay, Clémentine, Linglin, Juliette, Luquet, Martin, Maron, P.A., Poinsot, Denis, Porte, Catherine, Rigaud, T, Salon, Christophe, Sarniguet, Alain, Simon, Jean-Christophe, Terrat, S., Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, and Université d'Angers (UA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2015

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Books, media, physical & digital resources
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