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Cultural transmission of reproductive success has been observed in many human populations as well as other animals. Cultural transmission of reproductive success consists of a positive correlation of nongenetic origin between the progeny size of parents and children. This correlation can result from various factors, such as the social influence of parents on their children, the increase of children’s survival through allocare from uncles and aunts, or the transmission of resources. Here, we study the evolution of genomic diversity over time under cultural transmission of reproductive success. Cultural transmission of reproductive success has a threefold impact on population genetics: (1) the effective population size decreases when cultural transmission of reproductive success starts, mimicking a population contraction, and increases back to its original value when cultural transmission of reproductive success stops; (2) coalescent tree topologies are distorted under cultural transmission of reproductive success, with higher imbalance and a higher number of polytomies; and (3) branch lengths are reduced nonhomogenously, with a higher impact on older branches. Under long-lasting cultural transmission of reproductive success, the effective population size stabilizes but the distortion of tree topology and the nonhomogenous branch length reduction remain, yielding U-shaped site frequency spectra under a constant population size. We show that this yields a bias in site frequency spectra-based demographic inference. Considering that cultural transmission of reproductive success was detected in numerous human and animal populations worldwide, one should be cautious because inferring population past histories from genomic data can be biased by this cultural process.

L'écopastoralisme est une pratique de gestion écologique en plein essor, dont les bienfaits pour le maintien ou la restauration des milieux naturels ont été largement démontrés. Mais cette solution alternative de gestion obtient-elle les mêmes résultats sur des milieux fortement anthropisés et artificialisés ? Une étude menée sur les digues artificielles du Rhône de la réserve de chasse de Donzère-Mondragon s'est intéressée aux impacts des différents troupeaux sur les communautés végétales d’écosystèmes récents. Grâce à un suivi botanique sur plusieurs années, les scientifiques ont pu démontrer que la gestion par les herbivores s'avérait efficace pour maintenir l'ouverture des milieux et augmenter significativement le nombre et la diversité des espèces par rapport à l’absence de gestion ou aux interventions mécaniques.

A Gram-positive staining, aerobic, endospore-forming bacterial strain, isolated from the rhizosphere of Zea mays was studied for its detailed taxonomic allocation. Based on the 16S rRNA gene sequence similarity comparisons, strain JJ-42 T was shown to be a member of the genus Paenibacillus, most closely related to the type strain of Paenibacillus pectinilyticus (98.8%). The 16S rRNA gene sequence similarity to all other Paenibacillus species was below 98.5%. The pairwise average nucleotide identity (ANI) and digital DNA−DNA hybridization (dDDH) values of the JJ-42 T genome assembly against publicly available Paenibacillus type strain genomes were below 92% and 47%, respectively. The quinone system of strain JJ-42 T consisted exclusively of menaquinone MK-7. The polar lipid profile consisted of the major components diphosphatidylglycerol, phosphatidylethanolamine, phosphatidylglycerol, three aminophospholipids (APL), and one unidentified lipid. The major fatty acids were iso- and anteiso-branched with the major compound anteiso C15:0. Physiological and biochemical characteristics allowed a further phenotypic differentiation of strain JJ-42 T from the most closely related species. Thus, JJ-42 T represents a novel species of the genus Paenibacillus, for which the name Paenibacillus allorhizoplanae sp. nov. is proposed, with JJ-42 T (= LMG 32089 T = CCM 9085 T = DSM 111786 T = CIP 111891 T) as the type strain.

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The widespread anthropogenic degradation of the lotic system has necessitated the restoration of many rivers worldwide. In Europe, the EU WFD mandates all member states to restore rivers to good ecological status and proposes an assessment based on the structural elements of the ecosystem for monitoring the ecological status of restored streams. However, the components of the ecological status of streams comprise both structural and functional elements. Therefore, consequent on the inconsistent outcomes from the assessments of biodiversity as indicators of the ecological status of restored streams, there has been a growing call for better and more inclusive assessment protocols. We proposed streambed oxygenation and litter decomposition rate as functional indicators in addition to the classical macroinvertebrate community indices for monitoring restoration success in headwater streams. We found that these functional indicators complemented biological diversity in tracking the trajectory of ecological recovery in headwater streams. We also found that in combination with biodiversity indices, these functional indicators are useful in disentangling the effects of other confounding factors from the impacts of restoration activities on the health of the streams. This thesis also highlights the imperativeness of a long enough monitoring program to determine the short and long-term effects of restoration activities in streams., La dégradation généralisée d'origine anthropique du système lotique a nécessité la restauration de nombreux cours d'eau dans le monde entier. En Europe, la Directive Cadre sur l'Eau de l'Union européenne impose à tous les États membres de restaurer les cours d'eau pour qu'ils atteignent un bon état écologique et propose une évaluation basée sur les éléments structurels de l'écosystème pour surveiller l'état écologique des cours d'eau restaurés. Cependant, les composantes de l'état écologique des cours d'eau comprennent des éléments structurels mais également fonctionnels. En raison de la non homogénéité des résultats issus des évaluations de la biodiversité en tant qu'indicateurs de l'état écologique des cours d'eau restaurés, un besoin croissant de protocoles d'évaluation plus adaptés et inclusifs sont requis. Nous proposons l'oxygénation du lit du cours d'eau et le taux de décomposition de la litière comme indicateurs fonctionnels en plus des indices classiques basés sur les communautés de macro-invertébrés pour surveiller le succès de la restauration de cours d'eau situés en tête de bassin versant. Nous avons montré que les indicateurs fonctionnels proposés sont complémentaires aux indicateurs relatifs à la diversité biologique pour suivre la restauration écologique. Nous avons également constaté qu'en combinaison avec les indices de biodiversité, ces indicateurs fonctionnels sont utiles pour démêler les effets d'autres facteurs des impacts des activités de restauration sur la santé des cours d'eau. Cette thèse souligne également l'importance d'élaborer un programme de surveillance suffisamment long pour dissocier les effets à court et à long terme des opérations de restauration.

International audience; The degree of similarity between the microbiotas of host species often mirrors the phylogenetic proximity of the hosts. This pattern, referred to as phylosymbiosis, is widespread in animals and plants. While phylosymbiosis was initially interpreted as the signal of symbiotic transmission and coevolution between microbes and their hosts, it is now recognized that similar patterns can emerge even if the microbes are environmentally acquired. Distinguishing between these two scenarios, however, remains challenging. We recently developed HOME (host-microbiota evolution), a cophylogenetic model designed to detect vertically transmitted microbes and host switches from amplicon sequencing data. Here, we applied HOME to the microbiotas of Hawaiian spiders of the genus Ariamnes, which experienced a recent radiation on the archipelago. We demonstrate that although Hawaiian Ariamnes spiders display a significant phylosymbiosis, there is little evidence of microbial vertical transmission. Next, we performed simulations to validate the absence of transmitted microbes in Ariamnes spiders. We show that this is not due to a lack of detection power because of the low number of segregating sites or an effect of phylogenetically driven or geographically driven host switches. Ariamnes spiders and their associated microbes therefore provide an example of a pattern of phylosymbiosis likely emerging from processes other than vertical transmission. IMPORTANCE How host-associated microbiotas assemble and evolve is one of the outstanding questions of microbial ecology. Studies aiming at answering this question have repeatedly found a pattern of "phylosymbiosis," that is, a phylogenetic signal in the composition of host-associated microbiotas. While phylosymbiosis was often interpreted as evidence for vertical transmission and host-microbiota coevolution, simulations have now shown that it can emerge from other processes, including host filtering of environmentally acquired microbes. However, distinguishing the processes driving phylosymbiosis in nature remains challenging. We recently developed a cophylogenetic method that can detect vertical transmission. Here, we applied this method to the microbiotas of recently diverged spiders from the Hawaiian archipelago, which display a clear phylosymbiosis pattern. We found that none of the bacterial operational taxonomic units is vertically transmitted. We show with simulations that this result is not due to methodological artifacts. Thus, we provide a striking empirical example of phylosymbiosis emerging from processes other than vertical transmission. KEYWORDS microbiota, phylosymbiosis, vertical transmission, host filtering, Hawaiian arthropods, endosymbionts M ost multicellular organisms host complex microbial communities, referred to as microbiotas, which provide important functions to their hosts (1, 2). Although these microbial communities can fluctuate over short timescales and according to external variables such as animal diet or soil composition (3-5), microbiotas of host individuals from the

International audience; Les récentes études scientifiques sur la compétition entre abeilles domestiques et abeilles sauvages questionnent aujourd'hui les gestionnaires d'aires protégées sur l'importance de l'apiculture. Alors que ces études se sont consacrées sur les aspects écologiques de cette problématique, notre récente étude dans les Cévennes a mis en avant l'intérêt de comprendre les perceptions des ressources florales par les apiculteurs. Considérer les ressources florales du point de vue de la théorie des biens communs d'Ostrom, apparaît une perspective intéressante pour discuter la gouvernance de ces ressources. Face aux incertitudes et enjeux que suscite cette problématique, la présente étude adopte une approche de modélisation d'accompagnement, une méthodologie de science post-normal basée sur la co-construction de modèles de simulations, pour accompagner de nouvelles formes de gouvernance des ressources florales. Afin de connaître les freins et les leviers à l'action collective, nous avons construit un jeu de rôle sérieux sur la base de 35 entretiens avec des apiculteurs. Dans ce jeu, les acteurs du territoire incarnent différents types d'apiculteurs qui doivent produire du miel. Cette production varie en fonction des ressources florales et selon la charge en «abeilles domestiques» déposée par les joueurs.Au-delà de cette compétition intra-spécifique, l'hypothèse d'une compétition interspécifique fait évoluer les populations d'abeilles sauvages selon le nombre d'abeilles domestiques adjacentes. Trois sessions de jeux ont été organisées dans le Parc National des Cévennes, les deux premières en présence d'apiculteurs, la troisième avec des représentants de différentes instances apicoles et naturalistes présentes sur le territoire. Malgré les divergences de point de vue autour de la compétition et notamment la compétition inter-spécifique, c'est l'évolution des populations d'abeilles sauvages qui a stimulé l'action collective entre les joueurs plutôt que la compétition intra-spécifique entre eux. Il n'en reste pas moins que la notion de compétition apparaît comme une dissonance cognitive auprès des acteurs. Les incertitudes concernant la production de ressources et la capacité de charge de l'environnement restent les freins majeurs à l'organisation collective. Le jeu a mis en avant l'importance - ainsi que les difficultés du partage de connaissances sur les ruchers, ainsi que de la confiance envers les acteurs. Enfin, les sessions ont mis en avant des notions de justice sociale : si l'impact des apiculteurs sur la biodiversité existe, il est injuste que la cause “ et donc la solution opérationnelle “ soit réduite à l'apiculture seule. Lejeu apparaît comme un outil stimulant la discussion et l'organisation entre les différents acteurs. La mise en place de zones expérimentales incluant apiculteurs, naturalistes et producteurs de ressources pour mesurer la compétition et tester des règles d'organisation semble une piste d'intérêt pour les acteurs présents.

International audience; Comment la fragmentation d’habitats du Rhinopithèque de Biet conduit-elle à l’isolement génétique de sous-populations, et comment la mesurer ?Comment les documents historiques et muséologiques peuvent-ils aider documenter cet isolement ?Comment la combinaison des études génétiques et la modélisation spatiale peuvent-elles permettre d’identifier les zones clés de reconnexion des habitats ?Quelles sont les avantages et les risques de l’écotourisme ?

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Freshwater ecosystems and their biodiversity provide fundamental services to humans such as nutritional resources production, water provisioning, water purification, recreation, and more globally climate regulation. Impacts due to anthropogenic drivers on freshwater ecosystems and their biodiversity, are already strong and several will face higher risk of impacts in the near future. These anthropogenic drivers are widely known and include in particular, climate change, habitat shrinking and/or modification due to land-use (e.g. water abstraction for human and agricultural consumption, urbanization), habitat fragmentation and homogenization in stream flow dynamics due to the damming of rivers, introduction of non-native species, dumping of nutrient or organic loadings increasing eutrophication processes, and biodiversity over-exploitation. Here, I review the current and future effects of these anthropogenic drivers on freshwater ecosystems and their biodiversity and provide some few examples of existing cost-effective solutions, either technological, nature-based or policy-based, that could be applied globally to halt and/or minimize their negative consequences. However, success will require systemic changes across public policy and a sufficient political will to do so.

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International audience; À la façon d'une "mise en bouche", l'ouvrage "Les mots (maux) de la biodiversité" présente une petite vingtaine de mots qui permettent de s'interroger sur notre rapport à la biodiversité et la façon dont sa préservation peut s'appréhender, alors que le monde vivant s'effondre autour de nous (IPBES, 2019).Membres et amis du Groupe de Travail Biodiversité-économie d'ORÉE expriment dans le présent recueil leurs perceptions et réflexions "en mots" sur "les maux" de la biodiversité, invitant chacun à se questionner sur la façon dont notre société aborde l'enjeu vital de préservation de la biodiversité.Ouvrage organisé à la façon d’un abécédaire inachevé, joliment illustré, ce petit livre questionne par le témoignage d’acteurs variés, certains « maux/mots » de la biodiversité. S’y retrouvent notamment artificialisation, biens, capital, développement durable, économie, gouvernance, indicateurs, territoires, valeurs et d’autres encore qui portent une polysémie, ainsi révélée. Car il s’agit d’aider à trouver le diapason entre ceux qui utilisent ces mots pour commencer à se parler, entre humains, à propos de la biodiversité pour prendre en main les enjeux de sa préservation.

Bryophytes are an important component of overall biodiversity in forests, where they colonize a large diversity of supports. In order to assess the evolution of their diversity in time or between different ecological or management contexts, one should apply standardized protocols of data collection, taking into account the diversity of the supports and avoiding any bias to make time or space comparisons possible. Here, we present a standardized protocol to collect bryophyte data up to 2 meters high in temperate forests. We built and tested our protocol within 14 floodplain or mountain temperate forests in France (193 plots). We assessed its feasability by surveying the operators’ feedbacks. The exhaustivity of the protocol was evaluated by comparing the censused richness (either total or per support type) with observed or theoritical (Chao2 index) reference values. The repeatability was evaluated thanks to a designed operator effect study, where a set of supports was inventoried by several operators first separately and then together to obtain a consensual releve as reference. By merging an inventory on predefined supports and a complementary 30 minutes inventory on the whole surface of the plot, our protocol captured more than 80 % of the theoretical Chao2 richness of the main supports. Increas¬ing the number of predefined supports would lead to a very limited gain (no more than one species per support type in average). We showed that the observer effect first and foremost influenced the detection probability of the species, which increased with the familiarity of the observer with the species. This effect could therefore being taken into account by training of the operators, or in the models. We conclude that our protocol offers a good compromise between feasability, exhaustivity and repetability to assess the bryological diversity of temperate forest stands, in order to monitor it or to compare the effects of ecological or management variables on bryophyte diversity., Les Bryophytes représentent une partie importante de la biodiversité forestière. Pour étudier l’évolution de leur diversité dans le temps, ou entre modalités de gestion forestière, les protocoles de relevés doivent être adaptés à la diversité des supports colonisés, et reproductibles sans biais. Nous présentons le protocole standardisé que nous avons conçu et testé sur 14 massifs forestiers de plaine et de montagne en France métropolitaine (193 placettes). Sa faisabilité a été évaluée par retour d’expérience des opérateurs, et l’exhaustivité par la part d’espèces captées par le protocole en comparaison à des richesses de référence sur chaque placette. La reproductibilité a été évaluée par un test d’effet opérateur, sur des supports ayant chacun été inventorié par plusieurs opérateurs et fait l’objet d’un relevé de consensus. En combinant un inventaire dirigé par supports prédéfinis et un inventaire complémentaire en plein, notre protocole capte, pour les principaux types de supports, plus de 80 % de la richesse théorique calculée par l’indice Chao2. Augmenter le nombre de supports dans l’inventaire dirigé consommerait du temps pour un gain faible en espèces. L’effet opérateur joue sur le taux de détection des espèces, et peut être soit pris en compte dans les modélisations, soit réduit par entraînement. Notre protocole offre donc un bon compromis entre faisabilité, répétabilité et exhaustivité pour évaluer la diversité bryologique des peuplements forestiers de France métropolitaine dans la strate 0-2 m, dans le cadre de suivis temporels ou de comparaison de modalités écologiques ou de gestion.

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As many volcanic islands, the native forests of the Comoros archipelago are exposed to a number of threats, including biological invasions that cause severe impacts to biodiversity. To limit the ongoing decline of forest cover in the Comoros, it is urgent to establish management priorities, but baseline data about invaders and the invasion level in the archipelago are mostly anecdotal. In this study, we focus on the island of Grande Comore and specifically address the following questions: (i) which alien plant species are the most invasive in terms of cover and frequency? (ii) what is the invasion level measured in terms of total cover by alien species at habitat scale and how does is vary across habitat types? (iii) Do elevation and land-use at transect and section scale have an effect on invasion level among habitat types? This study has been conducted on alien woody plants. Surveys targeted lowland to submountain forests (from 24 to 1100 m a.s.l.), using 44 line transects of 150 - 300 m long and 8 - 10 m wide, including all individuals ≥ 1 m high. The major alien plant species in both native and disturbed forests were Psidium cattleyanum, Clidemia hirta and Rubus rosifolius. Lowland forests (100 - 700 m a.s.l.) have been cleared and replaced by plantations of exotic alien woody plants of socio-economic interest (e.g. Cocos nucifera, Mangifera indica, Syzygium aromaticum, etc). Submontain forests (700 - 1100 m) dominated by native species of the genera Nuxia, Ocotea, Tambourissa and Weinmannia still persist but were generally moderately invaded in the understory and uninvaded in the canopy. This is, to our knowledge, the first quantitative assessment of invasion level of the major natural and human-disturbed habitats at island scale in the Comoros. By increasing knowledge on the level of threats by plant invasion in the region, our results can support ongoing management of important ecosystems for conservation of biodiversity and ecosystem services., En raison de la destruction des reliques de forêt tropicale indigène aux Comores, il est très urgent de définir les priorités de conservation en particulier à La Grande Comore qui porte encore des larges zones de forêt tropicale en moyenne altitude. Comme dans la majorité des îles volcaniques, les forêts de l’archipel des Comores sont aussi exposées aux effets de changement globaux, en particulier les invasions biologiques. Or les données de base sur les espèces exotiques envahissantes et les niveaux d’invasion dans les différents habitats dans cet archipel sont très disparates. Dans cette étude, à l’échelle l’île de La Grande Comore nous proposons de répondre aux questions suivantes : (i) quelles sont les plantes les plus invasives en terme de recouvrement et de fréquence ? (ii) quel est le niveau d’invasion mesuré en terme de recouvrement par les espèces exotiques à l’échelle habitat et comment varie-t-il au sein des types d’habitats ? Les effets du gradient d’altitude et de l’occupation du sol à l’échelle transect et section influencent-ils le niveau d’invasion au sein des habitats ? Cette étude a été réalisée sur les plantes ligneuses exotiques. Les inventaires ont été conduits dans les forêts de basse et de moyenne altitude (entre 24 et 1100 m d’altitude), dans 44 transects de 150 - 300 m de longueur et de 8 - 10 m de largeur, dans lesquels tous les individus supérieurs à 1 m de hauteur ont été répertoriés. Les plantes exotiques dominantes au sein des forêts natives et perturbées sont Psidium cattleyanum, Clidemia hirta et Rubus rosifolius. La forêt de basse altitude (100 - 700 m) est quasiment remplacée par des peuplements d’espèces exotiques d’intérêt agronomique (Cocos nucifera, Mangifera indica, Syzygium aromaticum, etc). Les forêts de moyenne altitude (700 - 1100 m) à dominance des genres Nuxia, Ocotea, Tambourissa et Weinmannia sont généralement non envahies au sein de leurs canopées et très peu envahies en sous-bois. Ces résultats constituent un premier cas d’évaluation du degrés d’invasion des habitats à l’échelle de l’île. En améliorant les connaissances sur les menaces liées aux invasions par les plantes dans la région, ce travail apporte une contribution à l’amélioration des connaissances pour la gestion et la conservation des écosystèmes indigènes de l’archipel des Comores.

The ability to regenerate lost body parts is shared by many animals. Although scientistshave been interested in regeneration for a long time, our knowledge of this processremains very limited. With the exception of zebrafish, established genetic modelorganisms (flies, nematodes, and mammals) have very limited regenerative abilities.During my thesis project, I used the emerging model organism Parhyale hawaiensisand focused on their peripheral sensory organs (sensilla), to explore two fundamentalquestions of complex organ regeneration: first, how faithful is regeneration in restoringthese organs? And second, which are the cellular progenitors of the sensilla duringlimb regeneration, and what is their developmental potential?The comparison of the sensilla of regenerated and non-amputated legs ofParhyale revealed that the diversity, distribution, and function of the sensilla arefaithfully restored during regeneration. Next, I focused on identifying the progenitors ofsensilla cells during regeneration. I improved an existing live imaging and cell trackingtechnique of limb regeneration and extended it to record the entire course ofregeneration. To identify the sensilla cells in these recordings, I tried to generate celltype-specific reporter animals, first by inserting a reporter into putative marker genesusing CRISPR, then by generating cis-regulatory element reporters. As neither of theseapproaches was fruitful, I developed a method to identify cell fates in the regeneratinglimb via antibody stainings. This is a promising technique to identify the progenitors ofdifferent cell types in regenerating limbs., La capacité de régénérer les parties du corps perdues est partagée par de nombreux animaux. Même si les scientifiques s'intéressent à ce processus depuis très longtemps, nos connaissances sur la régénération, même pour certains des sujets très basiques, sont très limitées. À l'exception du poisson zèbre, les organismes modèles génétiques établis (mouches, nématodes, et mammifères) ont des capacités de régénération très limitées. Au cours de mon projet de thèse, j'ai utilisé l'organisme modèle émergent Parhyale hawaiensis et me suis concentré sur leurs organes sensoriels périphériques (sensilles), pour explorer deux questions fondamentales de la régénération d'organes complexes: premièrement, à quel point la régénération est-elle fidèle à la restauration de ces organes? Et deuxièmement, quels sont les progéniteurs cellulaires de les sensilles lors de la régénération des membres et quel est leur potentiel de développement? La comparaison de les sensilles des jambes régénérées et non amputées de Parhyale a révélé que la diversité, la distribution et la fonction de les sensilles sont fidèlement restaurées lors de la régénération. Ensuite, je me suis concentré sur l'identification des progéniteurs des cellules de les sensilles pendant la régénération. J'ai amélioré une technique existante d'imagerie en direct et de suivi cellulaire de la régénération des membres, et je l'ai étendue pour enregistrer tout le cours de la régénération. Pour identifier les cellules de les sensilles dans ces enregistrements, j'ai essayé de générer des animaux rapporteurs spécifiques au type de cellule, d'abord en insérant un rapporteur dans des gènes marqueurs putatifs à l'aide de CRISPR, puis en générant des rapporteurs d'élément de régulation cis. Comme aucune de ces approches n'était fructueuse, j'ai développé une méthode pour identifier le destin des cellules dans le membre en régénération via des immunomarquages. Il s'agit d'une technique prometteuse pour identifier les progéniteurs de différents types de cellules dans les membres en régénération.

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International audience; A new species of the genus Camellia L. (Theaceae) from Southern Vietnam is described and illustrated under the name Camellia proensis. Morphological differences between C. proensis and closely related species in the genus Camellia L. (sect. Piquetia) were identified. C. proensis is easily distinguishable from C. honbaensis, C. piquetiana and C. longii by the yellow flowers; from C. dalatensis by the glabrous twigs and leaves; from C. dongnaiensis by light yellow flowers; from C. sonthaiensis by mature fruit flat-globose, 4.0–5.5 cm tall and 8.5–10.0 cm wide. Ecological environment and distribution were also provided for this new species. The images and type specimens of this species were processed and stored in Vietnam (holotype, isotypes, DLU).

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International audience; La mer Méditerranée est le berceau d’une grande diversité d’organismes marins. Parmi ceux-ci, environ 1 100 espèces d’algues sont actuellement reconnues comme appartenant aux trois lignées de macroalgues marines dont l’histoire évolutive est contrastée (algues vertes, rouges et brunes).La diversité spécifique de Méditerranée représente près de 13 % de la diversité mondiale des algues. Toutefois, l’origine de cette diversité et sa relation avec la flore atlantique adjacente sont encore assez mal comprises.Nous avons utilisé les outils de la systématique moléculaire (marqueur barcode CO1) pour examiner la relation entre les espèces d’algues de l’Atlantique et celles de la Méditerranée. Les modèles phylogéographiques de la flore marine méditerranéenne révélés par les outils de la systématique moléculaire suggèrent un flux important d’espèces de l’océan Atlantique vers la mer Méditerranée par le détroit de Gibraltar.Néanmoins, quelques lignées méditerranéennes sans alliés proches détectés à travers le monde ont été mises en évidence. Les implications de ces résultats seront discutées en termes de conservation et de dynamique de la biodiversité dans un contexte de changement global. Enfin, nous examinerons les causes possibles de la sous-estimation de la diversité algale de la mer Méditerranée à la lumière de l’histoire de la phycologiede cette région.

Interview d'un juriste et d'un scientifique à propos de l'encadrement de l'expertise; International audience

International audience; Two new species, Drymaeus (D.) costatus and D. (D.) luculentus, are described from northern Peru from recently collected material.

International audience; Urban expansion and associated habitat transformation drives shifts in biodiversity, with declines in taxonomic and functional diversity. Forests fragments within urban landscapes offer a number of ecosystem services, and help to maintain biodiversity and ecosystem functions. Here, we focus on a tropical forest environment, and on the soil biota. Using eDNA metabarcoding, we compare forest fragments within the city of Cayenne, French Guiana, with a neighbouring continuous undisturbed forest. We wished to determine if urban forest fragments conserve high levels of alpha and beta diversity as well as similar functional composition for plants, soil animals, fungi and bacteria. We found that alpha diversity is similar across habitats for plants and fungi, lower in urban forests for metazoans and higher for bacteria. We also found that urban forests communities differ from undisturbed forests in their taxonomic composition, with urban forests exhibiting greater turnover between fragments potentially caused by ecological drift and limited dispersal. However, their functional composition exhibited limited differences, with an enrichment of palms, arbuscular mycorrhizal fungi and bacteria and a depletion of climber plants and termites. Thus, although urban forest fragments do shelter soil biodiversity that differs from native forests, the losses of soil functions may be relatively limited. This study demonstrates the strong potential of a multi-taxa eDNA approach for rapid inventories across taxonomic kingdoms, in particular for cryptic soil diversity. It also demonstrates the key role of urban forest fragments in conserving biodiversity and ecosystem function, and points to a need for more systematic monitoring of these areas in urban management plans.

Protected areas currently cover about 15% of the global land area, and constitute one of the main tools in biodiversity conservation. Quantifying their effectiveness at protecting species from local decline or extinction involves comparing protected with counterfactual unprotected sites representing “what would have happened to protected sites had they not been protected”. Most studies are based on pairwise comparisons, using neighbour sites to protected areas as counterfactuals, but this choice is often subjective and may be prone to biases. An alternative is to use large-scale biodiversity monitoring datasets, whereby the effect of protected areas is analysed statistically by controlling for landscape differences between protected and unprotected sites, allowing a more targeted and clearly defined measure of the protected areas effect. Here we use the North American Breeding Bird Survey dataset as a case study to investigate the effectiveness of protected areas at conserving bird assemblages. We analysed the effect of protected areas on species richness, on assemblage-level abundance, and on the abundance of individual species by modelling how these metrics relate to the proportion of each site that is protected, while controlling for local habitat, altitude, productivity and for spatial autocorrelation. At the assemblage level, we found almost no relationship between protection and species richness or overall abundance. At the species level, we found that forest species are present in significantly higher abundances within protected forest sites, compared with unprotected forests, with the opposite effect for species that favour open habitats. Hence, even though protected forest assemblages are not richer than those of unprotected forests, they are more typical of this habitat. We also found some evidence that species that avoid human activities tend to be favoured by protection, but found no such effect for regionally declining species. Our results highlight the complexity of assessing protected areas effectiveness, and the necessity of clearly defining the metrics of effectiveness and the controls used in such assessments.

International audience; This chapter assesses the feasibility of using natural history collections to trace temporal changes in species distribution and community composition using the example of macroalgae that are preserved as herbaria. The preservation of plants in herbaria began during the Renaissance. This technique required paper and became widespread in the 18th century thanks to technical advances in paper production. Plant classifications have been developed on the basis of the diversity of forms of reproductive organs. The algal herbarium of the Dinard maritime laboratory has been recently transferred to the Herbier national du Muséum national d'Histoire naturelle de Paris in the cryptogamy section. It is possible to explore temporal changes in species distribution from collections under certain conditions, either by using only the observations or by using those observations to model species distribution. Algal community composition and species distribution are being impacted by global change and in particular by increasing seawater temperatures and heat waves

International audience; Les changements globaux, climatiques en particulier, influencent la distribution des espèces et la composition des communautés. Ce chapitre évalue la pertinence et les limites de l’utilisation des collections d’histoire naturelle pour retracer les changements temporels dans les communautés de macroalgues de Bretagne depuis le début de l’ère industrielle jusqu’à nos jours

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New comments are proposed on the diversity and morphological variability found within the elements, genera and species, of the Early Cretaceous scorpion family Palaeoburmesebuthidae Lourenço, 2015. A new species belonging to the genus Spinoburmesebuthus Lourenço, 2017 is described rising the total number of species in this family to 13., Des nouvelles considérations sont proposées sur la diversité et la variabilité morphologique retrouvée chez les éléments, genres et espèces, de la famille Palaeoburmesebuthidae Lourenço, 2015, du Crétacé inférieur de la Birmanie. Une nouvelle espèce appartenant au genre Spinoburmesebuthus Lourenço, 2017 est décrite, élevant ainsi le nombre total d’espèces connues à 13.

Trees in urban areas are subject to restrictions and constraints such as water scarcity and trace element (TE) pollution that can alter the services they provide. Their responses to urban stresses depend in particular on the species and the urban landscapes in which they are planted. This thesis aims to: ((i) assess the diversity of Tilia spp. that can modulate tree responses to TE stress, (ii) characterise TE contamination and transfer in Tilia spp. according to different urban landscapes, (iii) estimate potential stress indicators (SI) (water stress and TE contamination) such as (proline (Pro), malondialdehydes (MDA) and photosynthetic pigments (PP)). A combination of an in situ experiment (ISE) in Paris and a controlled conditions experiment (CCE) at CEREEP in Seine-et-Marne showed the following results: (a) Among the 83 studied trees of Tilia spp. in Paris, many clones were identified within several observed species and thus a low genetic diversity. (b) Our results on contamination and transfer of TE from soil to leaves in copper (Cu), nickel (Ni), lead (Pb) and zinc (Zn) show that aged soils of Tilia spp. were the most contaminated in TE, and trees in streets were more contaminated than in parks, especially those with stabilized coating at their base. (c) The results on SI evaluation showed an increase in [Pro] and [MDA] and a decrease in [PP] when trees were dehydrated (in CCE) or in the presence of stabilized coating (in ISE). A comprehensive discussion on these results is the main focus of this thesis, Les arbres en milieu urbain sont soumis à des restrictions et contraintes comme le manque d’eau et la pollution en éléments traces (TE) pouvant altérer les services écologiques rendus. Les réponses des arbres face aux stress urbains sont dépendantes notamment de l’espèce et des paysages urbains dans lesquels ils ont été plantés. Les travaux de cette thèse visent à : (i) évaluer la diversité des Tilia spp. pouvant moduler les réponses des arbres à un stress par les TE, (ii) caractériser les contaminations et transferts en TE chez Tilia spp. selon différents paysages urbains, iii) estimer des indicateurs de stress (IS) potentiels (manque d’eau et contamination en TE) tels que (la proline (Pro), les malondialdéhydes (MDA) et les pigments photosynthétiques (PP)). Une combinaison d’une expérimentation in situ (ISE) dans Paris et une expérimentation en conditions contrôlées (CCE) au CEREEP en Seine-et-Marne ont permis de montrer les résultats suivants : (a) Parmi les 83 arbres étudiés de Tilia spp. à Paris, de nombreux clones ont été identifiés au sein de plusieurs espèces observées et donc une faible diversité génétique. (b) Nos résultats sur la contamination et les transferts de TE du sol aux feuilles en cuivre (Cu), nickel (Ni), plomb (Pb) et zinc (Zn) montrent que les sols âgés des Tilia spp. étaient les plus contaminés en TE, et les arbres en rues étaient plus contaminés qu’en parcs, en particulier ceux avec un revêtement stabilisé. (c) Les résultats sur les IS ont montré une augmentation des [Pro] et [MDA] et à une diminution des [PP] lors d’une déshydratation (en CCE) ou en présence du revêtement stabilisé (en ISE). Tous ces résultats seront discutés dans cette thèse.

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Van Klink et al . (Reports, 24 April 2020, p. 417) argue for a more nuanced view of insect decline, and of human responsibility for this decline, than previously suggested. However, shortcomings in data selection and methodology raise questions about their conclusions on trends and drivers. We call for more rigorous methodology to be applied in meta-analyses of ecological data.

Organisms can be confronted with more or less important variations in their environment (climate, health, etc...). In response to these variations, three types of mechanisms can be put in place to adjust their phenotype with the environment: choice of a favorable habitat, adaptation and acclimatization. In the case of domestic animals, the choice of habitat is not possible, but the last two mechanisms can be revealed by studying the presence of respectively genetic and epigenetic markers in the genome of individuals. The aim of this thesis was to highlight these two types of mechanisms in small ruminants (sheep and goats) in relation to the breeds history and their environment.First, we analyzed whole genome data to search selection signatures in 11 French goat breeds. On one hand, this analysis allowed us to explore their histories, to understand possible crossbreeding between them and to compare these results with the historical data collected. On the other hand, selected genes related to agronomic traits of interest such as milk production (21 genes), reproduction (14 genes), immunity (11 genes), as well as morphological traits specific to the breeds studied (28 genes) were highlighted.In a second step, we studied the two types of mechanisms in Moroccan goats and sheep which were chosen to form two groups at each end of a temperature variation gradient. The analysis of genetic differences between the two groups, for each species, allowed to locate selected regions in relation to genes involved in environmental perception (5 genes), immunity (4 genes), reproduction (8 genes) and production (11 genes). We have also sequenced regions of the genome bearing methyl groups in these same animals. Analysis of the differentially methylated regions (DMRs) between the two groups allowed to find 2 DMRs (one in each species) in relation, among other things, to milk quality and production. This study of adaptation and acclimatization mechanisms in Moroccan small ruminants is the first to look for epigenetic marks in relation to the environment in farm animals and to compare them with genetic marks present in these same animals. Based on our results, we hypothesize that temperature variation could have two types of effects on animals that could impact the biological pathways we detected. A first effect, direct, which would influence the thermoregulation mechanisms, and a second effect, indirect, in relation to the quantity and quality of available food resources. The comparison between the two mechanisms, and the two species, allowed to find similar impacted biological pathways, but no gene in common.These results show the role of genetic and epigenetic mechanisms in the adjustment of phenotypes to the environment. In a context of climate change, it seems important to take them into account to develop breeding strategies related to these variations., Les organismes vivants peuvent être confrontés à des variations plus ou moins importantes de leur environnement (qu’il soit climatique, sanitaire, etc…). En réponse à ces variations, trois types de mécanismes peuvent être mis en place pour ajuster leur phénotype et l’environnement : le choix d’un habitat favorable, l’adaptation et l‘acclimatation. Dans le cas des animaux domestiques, le choix de de l’habitat n’est pas possible mais les deux derniers mécanismes peuvent être mis en évidence en étudiant respectivement la présence de marques génétiques et épigénétiques dans le génome des individus. Le but de cette thèse a été de mettre en évidence ces deux types de mécanismes chez les petits ruminants (chèvres et moutons) en rapport avec l’histoire des races et leur environnement.Dans un premier temps, nous avons analysé des données de génomes complets pour chercher des signatures de sélection chez onze races caprines françaises. Cette analyse nous a d’abord permis d’explorer leurs histoires, de comprendre les croisements possibles entre elles et de confronter ces résultats aux données historiques collectées. De plus des gènes sous sélection en rapport avec des caractères d’intérêt agronomique tels que la production laitière (21 gènes), la reproduction (14 gènes), l’immunité (11 gènes), ainsi que des caractères morphologiques spécifiques aux races étudiées (28 gènes) ont été mis en évidence.Dans un second temps, nous avons étudié les deux types de mécanismes chez des chèvres et des moutons marocains qui ont été choisis pour former deux groupes à chaque extrémité d’un gradient de variation de températures. L’analyse des différences génétiques entre les deux groupes, pour chaque espèce, nous a permis de localiser des régions sous sélection en relation avec des gènes impliqués dans la perception de l’environnement (5 gènes), l’immunité (4 gènes), la reproduction (8 gènes) et la production (11 gènes). Nous avons aussi séquencé les régions du génome portant des groupements méthyles chez ces mêmes animaux. L’analyse des régions différentiellement méthylées (DMR) entre les deux groupes nous a permis de trouver 2 DMRs (une chez chaque espèce) en relation, entre autre, avec la production et la qualité du lait. Cette étude des mécanismes d’adaptation et d’acclimatation chez les petits ruminants marocains est la première à chercher des marques épigénétiques en relation avec l’environnement chez des animaux d’élevage et à les comparer avec les marques génétiques présentes chez ces mêmes animaux. Au vu de nos résultats nous supposons que la variation de températures pourrait avoir deux types d’effet sur les animaux pouvant impacter les voies biologiques que nous avons détectées. Un premier effet, direct, qui influencerait les mécanismes de thermorégulation, et un second effet, indirect, en relation avec la quantité et la qualité des ressources alimentaires disponibles. La comparaison entre les deux mécanismes et les deux espèces nous a permis de trouver des voies biologiques impactées similaires, mais aucun gène en commun.Ces résultats montrent le rôle des mécanismes génétiques et épigénétiques dans l’ajustement des phénotypes à l’environnement. Dans un contexte de changements climatiques, il semble important de les prendre en compte pour développer des stratégies d’élevage en lien avec ces variations.

Tropical forests are mostly dominated by fleshy-fruited plants, which are dispersed by frugivorous vertebrates. The global collapse of large vertebrates therefore raises questions about the resilience of these ecosystems, particularly on islands, which concentrate the bulk of extinctions. The Mascarenes are a remarkable system to study disruption of frugivory interactions because the pristine fauna, plethoric until human colonization in the 17th century and now largely extinct, is well known as well as its diverse flora which is particularly at risk. La Réunion is still home to indigenous forests along strong environmental gradients and active volcanism that offers the opportunity to explore the long-term consequences of defaunation. In addition, the varying levels of vertebrate extinctions between La Réunion (main extant frugivore, mass=55 g) and Mauritius (450 g) makes itpossible to use these islands as pseudo-replicates to test various hypotheses. This thesis is organised in three parts which aim to (1) describe the spatial distribution patterns of dispersal traits on La Réunion and Mauritius, and understand the implications for vertebrate extinctions which have been particularly rapid on La Réunion; (2) evaluate the consequences of frugivory disruption on the reconstruction of forest ecosystems on the lava flows of the Piton de la Fournaise; (3) assess the consequences of frugivory disruption on the maintenance of diversity in forests established before human colonisation. (1) Proportions of fleshy-fruited plants strongly decrease with elevation and this decrease is all the more pronounced the larger the fruit are. By comparing the main factors of vertebrate extinctions between La Réunion and Mauritius, we show that the early destruction of favorable lowland habitats on La Réunion probably played a central role in the rapidity of frugivore extinctions. (2) After expanding the chronosequence of the Piton de la Fournaise flows, we show thatfrugivore extinctions have profoundly altered the capacity of lowland forests to rebuild since the 18th century and that the refaunation of ecosystems with alien frugivores mainly benefits alien fleshy-fruited plants. Reinstating dispersal, native large-seeded plants are nevertheless capable of settling on historical flows where recruitment is overwhelmingly dominated by invasive plants. (3) By comparing two reference forests of La Réunion and Mauritius, we show that the Mauritian flying fox allows a much better recruitment of many plant species at Brise-Fer than the Réunion bulbul at Mare-Longue, except for large-seeded plants which regenerate poorly in both islands. An experiment finally shows how the persistence of fruit flesh alone can strongly limit tree recruitment, but that the latter can be modulated by introduced fauna. Our overall worrying results show the urgency to protect large native frugivores wherever they still exist and of encouraging their return where they had disappeared. At the same time, large-scale sowing should be envisaged in protected areas where the maintenance or even the return of native forest dynamics are imperative., Les forêts tropicales sont largement dominées par les plantes à fruits charnus dont la dispersion est assurée par les vertébrés frugivores. L'effondrement global des grands vertébrés interroge donc quant à la résilience de ces écosystèmes, en particulier dans les îles qui concentrent l’essentiel des extinctions documentées. Les Mascareignes sont un remarquable système d'étude des ruptures d'interactions de frugivorie car la faune d'origine, pléthorique jusqu'à la colonisation humaine au 17ème siècle et aujourd'hui largement éteinte, est bien connue tout comme sa flore diversifiée qui compte parmi les plus menacées. La Réunion abrite encore des forêts indigènes le long de puissants gradients environnementaux et un volcanisme actif offrant l'opportunité d'explorer sur le long terme les conséquences de la défaunation. De plus, les niveaux variables d'extinction de vertébrés forestiers entre La Réunion (principal frugivore relictuel, masse=55 g) et Maurice (450 g) permet d'utiliser ces îles comme pseudo-réplicats pour tester diverses hypothèses. Cette thèse s'organise en trois parties qui visent à (1) décrire les patrons de distribution spatiale des traits de dispersion à La Réunion et Maurice, et comprendre les implications pour l'extinction de la faune qui a été fulgurante à La Réunion ; (2) évaluer les conséquences de la rupture des interactions de frugivorie sur la reconstruction des écosystèmes forestiers sur les coulées de lave du Piton de la Fournaise ; (3) évaluer les conséquences de la rupture des interactions de frugivorie sur le maintien de la diversité dans les forêts de l'archipel établies avant la colonisation humaine. (1) Les proportions de plantes à fruits charnus dans les communautés de plantes ligneuses chutent avec l'altitude et cette diminution est d'autant plus forte que les fruits sont gros. En comparant les principaux facteurs d'extinction de vertébrés entre La Réunion et Maurice, nous montrons que la destruction précoce des habitats favorables de basse altitude à La Réunion a probablement joué un rôle central dans la fulgurance des extinctions. (2) Après avoir étoffé la chronoséquence des coulées du Piton de la Fournaise, nous montrons que la disparition des populations de frugivores a profondément altéré la capacité des forêts de basse altitude à se rebâtir dès le 18ème siècle et que la refaunation des écosystèmes avec des frugivores introduits profite essentiellement aux plantes exotiques à fruits charnus. Néanmoins, en restaurant la dispersion, les plantes à grosses graines sont capables de s'installer sur les coulées historiques où recrutent très majoritairement des plantes envahissantes. (3) En comparant les forêts de référence de La Réunion et Maurice, nous montrons que la roussette noire permet un bien meilleur recrutement de nombreuses espèces ligneuses à Brise-Fer que le bulbul de La Réunion à Mare-Longue, excepté pour les plantes à grosses graines qui se régénèrent assez mal dans les deux îles. Une expérimentation à Mare-Longue montre enfin comment la persistance de la pulpe seule peut limiter fortement le recrutement, mais que ce dernier peut être notablement influencé par la faune introduite. Nos résultats inquiétants montrent l'urgence de protéger les grands frugivores indigènes où ils existent encore et de favoriser leur retour quand ils ont disparu. Parallèlement, des semis à large échelle devraient être envisagés dans les aires protégées où le maintien, voire le retour de la dynamique forestière indigène sont impératifs.

International audience

This thesis focuses on small phytoplankton diversity ( 20 µm) showed highly variable growth rates with 19±13 % inactive diatoms, whereas small cells, affiliated to distant phylogenetic taxa (prymnesiophytes, prasinophytes and small diatoms) were actively growing (>98%). This showed that small phytoplankton contributed to 41-70% of CO₂-fixation over the entire area after the bloom. While small phytoplankton contributed significantly to CO₂-fixation and chlorophyll biomass at the surface, diatoms dominated in pigment and sequencing data below 200 m, indicating their preferential export by direct sedimentation. However, a body of evidence suggests that small phytoplankton, in particular Phaeocystis, may contribute to carbon export through aggregation, as well as via the production of fecal pellets from grazers., Cette thèse s'intéresse à la diversité du petit phytoplancton (20 µm) montraient des taux de croissance faibles et variables d'une cellule à l'autre, avec 19±13% de diatomées inactives. Inversement, les petites cellules, appartenant à des taxons phylogénétiques éloignés (prymnesiophytes, prasinophytes et petites diatomées) étaient majoritairement en croissance active (>98%). Par conséquent, le petit phytoplancton contribuait de 41 à 70% à la fixation du carbone sur l'ensemble de la zone après le bloom. Tandis que le petit phytoplancton contribuait de façon importante à la fixation de carbone et à la biomasse chlorophyllienne en surface, les diatomées dominaient dans les données pigmentaires et de séquençage en dessous de 200 m, indiquant leur export préférentiel par sédimentation directe. Cependant, un faisceau d'indices suggère que le phytoplancton de petite taille, en particulier Phaeocystis, pourrait participer à l'export de carbone par agrégation, ainsi que via les réseaux trophiques et la production de pelotes fécales des brouteurs.

Aim: To investigate the local effect of environmental and human-related factors on alien plant invasion in sub-Antarctic islands. To explore the relationship between alien species features and dependence on anthropogenic propagule pressure to unravel key traits conferring invasiveness in the sub-Antarctic.Location: Possession Island, Crozet archipelago (French sub-Antarctic islands).Taxon: Non-native vascular plants (Poaceae, Caryophyllaceae, Juncaceae).Methods: Single-species distribution models were used to explore the effect of high-resolution topoclimatic and human-related variables on the occurrence of six of the most aggressive alien plants colonizing French sub-Antarctic islands. Furthermore, the interaction between alien species traits and their response to anthropogenic propagule pressure was analysed by means of a multi-species distribution model. This allowed identifying the features of species that were associated to low dependence on human-assisted introductions, and were thus potentially more invasive.Results: We observed two main invasion patterns: low-spread species strongly dependent on anthropogenic propagule pressure and high-spread species limited mainly by harsh climatic conditions. Differences in invasiveness across species mostly related to their residence time, life history and plant height, with older introductions, perennial and low-stature species being most invasive.Main conclusions: The availability of high-resolution data allowed for a fine understanding of the role of environmental and human-related factors in driving alien species distribution on sub-Antarctic islands. At the same time, the identification of alien species features conferring invasiveness may help anticipating future problematic invasions.

Klebsiella pneumoniae (Kp) reference strain Kp52.145 is widely used in experimental Klebsiella pathophysiology. Since 1935, only one other strain of the same sublineage (sequence type ST66, capsular serotype K2) was isolated (AJ210, Australia). Here, we describe a community-acquired invasive infection caused by a ST66-K2 Kp strain in France. Four hypermucoviscous Kp isolates responsible for acute otitis media, meningitis, bacteraemia and bacteriuria, respectively, were obtained from a patient with a history of chronic alcoholism and diabetes mellitus, and infected with HIV. The isolates were characterized by phenotypic and genomic methods. The four genetically identical ST66-K2 isolates presented a full antimicrobial susceptibility profile, including to ampicillin, corresponding to a single strain (SB5881), which was more closely related to AJ210 (135 SNPs) than to Kp52.145 (388 SNPs). Colibactin and yersiniabactin gene clusters were present on the integrative and conjugative element ICEKp10 in the chromosome. The two plasmids from Kp52.145 were detected in SB5881. In addition to carrying genes for virulence factors RmpA, aerobactin and salmochelin, plasmid II has acquired in SB5881, the conjugation machinery gene cluster from plasmid I. We report the first case of community-acquired infection caused by a hypervirulent ST66-K2 Kp strain in Europe. This demonstrates the long-term persistence of the high-virulence and laboratory model ST66-K2 sublineage. The combination of a conjugative apparatus and major virulence genes on a single plasmid may contribute to the co-occurrence of hypervirulence and multidrug resistance in single Kp strains.

International audience

The Caribbean and South American French Overseas Territories (CSAFOT) are the regions most heavily affected by the Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1) epidemic in France. Although dominated by HIV-1 subtype B, the detection of non-B subtypes and the great proportion of HIV-positive persons born abroad demonstrated the potential for local spread of non-B subtype strains in CSAFOT. To reconstruct the epidemiologic dynamics of major non-B subtype clusters spreading in CSAFOT, we conducted phylogenetic and evolutionary analyses of 2,523 HIV-1 pol sequences collected from patients living in Martinique, Guadeloupe, and French Guiana from 1995 to 2018. A large variety of HIV-1 non-B subtype strains (eight subtypes, twelve CRFs, and multiple URFs) have been introduced in CSAFOT and their prevalence significantly increases over time in Martinique and Guadeloupe. We identified twelve major transmission networks of non-B subtypes (CRF02_AG and subtypes A3, C, D, and F1) that probably arose in Guadeloupe, Martinique, French Guiana, and mainland France between the late 1970s and the middle 2000s. Phylogeographic analyses support frequent non-B subtype viral transmissions within CSAFOT as well as transatlantic transmission between CSAFOT and mainland France. Domestic transmission networks of non-B subtype variants in CSAFOT comprise both men having sex with men and heterosexual individuals from different age groups. Different HIV-1 non-B subtype variants were sequentially introduced in CSAFOT between the late 1970s and the middle 2000s and are currently spreading through domestic, regional, and/or transatlantic networks of individuals from different age and risk groups.

Iran is at the convergence between three biogeographic realms and is widely known for its immense faunal and floral diversity. Moreover, the relationship between climatic niche and biogeographic history is one of the keys to understanding current patterns of distribution and endemism. It is also a central element in the assessment of the vulnerability of species to current climate change, the inclusion of which in conservation strategies is even more critical in mountain reptiles whose dispersal capacities are reduced. The purpose of the thesis was to study the influence of evolutionary history and climatic changes on the structure and distribution of several snakes found in two biodiversity hotspots in Iran, the Caucasus and the Irano-Anatolia. The phylogeographical analysis was conducted on three snakes (Gloydius halys caucasicus, Natrix tessellata and Hemorrhois ravergieri) using mitochondrial and nuclear sequences A strong genetic structure was identified with four lineages observed for G. h. caucasicus, three lineages for N. tessellata and five lineages for H. ravergieri. Our molecular dating and historical biogeographic analyses indicated that Iranian lineages arose between 11 Mya and 0.63 Mya, thus indicating the influence of Quaternary paleo-climatic oscillations (last 2.8 Mya) as well as more ancient events (extensive drought at 9-10 Mya or the Messinian crisis at 5Mya). The distribution of seven snake species inhabiting Iranian mountains was modelled using species distribution models under present and future, (2070, average from 2061 to 2080) climate conditions to identify areas favorable to each species. Our results forecast that the climatically-suitable areas of the mountain-dwelling snake species studied are expected to face considerable, mostly elevational, changes. On that account, present evidences suggest that species’ distributions will undergo long-term changes which are predicted to accelerate dramatically under anthropological pressure. Based on our results regarding genetic diversity, future distribution and definition of significant evolutionary units among studied taxa, conservation issues are discussed in relation with the effectiveness of the current protected area network in Iran., Situé à la convergence entre trois empires biogéographiques, l’Iran est largement connu pour la grande diversité de sa flore et de sa faune. Par ailleurs, la relation entre la niche climatique et la biogéographie historique est une des clés permettant de comprendre les patrons actuels de distribution et d’endémisme. C’est aussi un élément central pour estimer la vulnérabilité des espèces au changement climatique actuel et sa prise en compte dans les stratégies de conservation est encore plus critique pour les reptiles de montagne dont les capacités de dispersion sont réduites. La thèse a eu pour objectif d’étudier l’influence de l’histoire évolutive et des changements climatiques sur la structure et la répartition de plusieurs espèces de serpents distribués dans deux points chauds de la biodiversité en Iran, le Caucase et l'Irano-Anatolie. L’analyse phylogéographique a été réalisée sur trois espèces (Gloydius halys caucasicus, Natrix tessellata and Hemorrhois ravergieri) sur la base de séquences mitochondriales et nucléaires. Une forte structuration génétique a été mise en évidence avec quatre lignées observées pour G. h. caucasicus, trois lignées pour N. tessellata et cinq lignées pour H. ravergieri. Les analyses de datation moléculaire et de biogéographie historique indiquent que les lignées iraniennes sont apparues entre 11 Mya et 0.63 Mya, ce qui indique une influence des oscillations paléo-climatiques du Quaternaire (derniers 2.8 Mya) mais aussi d’évènements plus anciens (aridification intense à 9-10 Mya ou crise messinienne à 5 Mya). La répartition de sept espèces de serpents des montagnes iraniennes a été modélisée en utilisant des modèles de distribution des espèces pour des conditions climatiques actuelles et futures (2070, moyenne de 2061 à 2080) afin d’identifier les zones favorables à chacune des espèces. Nos résultats prévoient un déplacement important, surtout altitudinal, des zones climatiquement adaptées aux espèces de serpents montagnards. Sur cette base, les résultats obtenus suggèrent que la répartition des espèces subira des changements à long terme qui devraient considérablement s’accélérer sous l’effet des pressions anthropiques. Sur la base de nos résultats concernant la diversité génétique, la future répartition et la définition d’unités évolutives significatives parmi les taxons étudiés, les enjeux en matière de conservation sont discutés en relation avec l’efficacité du réseau actuel d’aires protégées en Iran.

International audience; Most plant-pollinator networks are based on observations of contact between an insect and a flower in the field. Despite significant sampling efforts, some links are easier to report, while others remain unobserved. Therefore, visit-based networks represent a subsample of possible interactions in which the ignored part is variable. Pollen is a natural marker of insect visits to flowers. The identification of pollen found on insect bodies can be used as an alternative method to study plant-pollinator interactions, with a potentially lower risk of bias than the observation of visits, since it increases the number of interactions in the network. Here we compare plant-pollinator networks constructed (i) from direct observation of pollinator visits and (ii) from identification of pollen found on the same insects. We focused on three calcareous grasslands in France, with different plant and pollinator species diversities. Since pollen identification always yields richer, more connected networks, we focused our comparisons on sampling bias at equal network connectance. To do so, we first compared network structures with an analysis of latent blocks and motifs. We then compared species roles between both types of networks with an analysis of specialization and species positions within motifs. Our results suggest that the sampling from observations of insect visits does not lead to the construction of a network intrinsically different from the one obtained using pollen found on insect bodies, at least when field sampling strives to be exhaustive. Most of the significant differences are found at the species level, not at the network structure level, with singleton species accounting for a respectable fraction of these differences. Overall, this suggests that recording plant-pollinator interactions from pollinator visit observation does not provide a biased picture of the network structure, regardless of species richness; however, it provided less information on species roles than the pollen-based network.

The probability D that a given CRISPR-based gene drive element contaminates another, non-target species can be estimated by the following Drive Risk Assessment Quantitative Estimate (DRAQUE) Equation:D = (hyb+transf).express.cut.flank.immune.nonextinctwithhyb= probability of hybridization between the target species and a non-target speciestransf= probability of horizontal transfer of a piece of DNA containing the gene drive cassette from the target species to a non-target species (with no hybridization)express= probability that theCas9and guide RNA genes are expressedcut= probability that the CRISPR-guide RNA recognizes and cuts at a DNA site in the new hostflank= probability that the gene drive cassette inserts at the cut siteimmune= probability that the immune system does not rejectCas9-expressing cellsnonextinct= probability of invasion of the drive within the populationWe discuss and estimate each of the seven parameters of the equation, with particular emphasis on possible transfers within insects, and between rodents and humans. We conclude from current data that the probability of a gene drive cassette to contaminate another species is not insignificant. We propose strategies to reduce this risk and call for more work on estimating all the parameters of the formula.

تواجه جزر المارتينيك مشكلة تتعلق بالحفاظ على Iguana delicatissima Laurenti 1768 ، المستوطنة في شرق البحر الكاريبي في مواجهة احتمال التهجين الذي يمثله تقدم Iguana Iiguana Linnaeus ، 1758 ، والمعروفة باسم Iguana Common ، من السكان الأصليين من هضبة غيانا وأمريكا الوسطى التي أدخلت خلال القرن 20 إلى فورت سانت لويس تحت المسؤولية الإدارية للبحرية الفرنسية ، حيث تفرقت منذ ذلك الحين. تم تسمية جزر كاليناس (ما يطلق عليه منطقة البحر الكاريبي) ، وهي طبيعية من أمريكتين في هضبة غيانا ، باسم غواناكايرا ، الجزيرة الحالية التي يطلق عليها المارتينيك ، والتي كانت تسمى سابقًا باسم ماتونا من قبل أشخاص من حوض أورينوكو (سواحل فنزويلا) الحالية) ؛ gwana - kaera ، تعني حرفيا جزيرة الإغوانا. دليل على أن هذه Kalinas ضربت ، بعد أن تم تداولها على الجزر الأخرى في جنوب المارتينيك ، من خلال تنوع استثنائي من السحالي محددة لهذا المارتينيك. لذلك تم استخدام مصطلح "gwana" في لغة kalina الأمريكية من قبل اللغات الأوروبية لإنشاء تصنيف من أجناس وأنواع مختلفة من الصوريين.تقدم هذه المذكرة العشبية في المقدمة بعض الاعتبارات الأنثروبوزولوجية المتعلقة بالإغوانا في السياق المارتينيكي ، قبل تقديم تحليل وتفسير البيانات الحديثة من البيولوجيا الجزيئية ، متقاطعًا مع بيانات من التاريخ الجيولوجي ، بشأن الأجناس والأنواع على الصعيد العالمي السحالي ، الإغوانا موجودة في شرق البحر الكاريبي من جزيرة مونا (بورتوريكو) في خط عرض غرناطة., Martinique steht vor einem Problem im Zusammenhang mit der Erhaltung des in der östlichen Karibik endemischen Iguana delicatissima Laurenti 1768 angesichts der Wahrscheinlichkeit einer Hybridisierung, die durch das Fortschreiten des Leguans Linnaeus von 1758, bekannt als der gebürtige Leguan, bekannt ist vom Plateau in Guyana und Mittelamerika, das im 20. Jahrhundert unter der administrativen Verantwortung der französischen Marine nach Fort Saint Louis eingeführt wurde, von wo aus es sich seitdem zerstreut hat. Die Kalinas (sogenannte Karibik), natürlich aus Amerika auf dem Guyana-Plateau, wurden nach Gwanakaéra benannt, der heutigen Insel namens Martinique, die von Völkern aus dem Orinoco-Becken (Küsten Venezuelas) auch früher Matïna genannt wurde aktuell); gwana - kaera, wörtlich Leguaninsel. Der Beweis, dass diese Kalinas, nachdem sie auf den anderen Inseln im Süden von Martinique zirkuliert hatten, von der außergewöhnlichen Vielfalt der für dieses Martinique spezifischen Eidechsen beeindruckt waren. Der Begriff "Gwana" in der indianischen Kalina-Sprache wurde daher von europäischen Sprachen verwendet, um Taxa der verschiedenen Gattungen und Arten der Saurier zu etablieren.Diese herpetologische Anmerkung führt in der Einleitung einige anthropozoologische Überlegungen zu Leguanen im martinischen Kontext ein, bevor eine Analyse und Interpretation der jüngsten Daten aus der Molekularbiologie vorgestellt wird, die mit Daten aus der geologischen Geschichte über globale Gattungen und Arten gekreuzt werden Eidechsen, Leguane in der östlichen Karibik von der Insel Mona (Puerto Rico) auf dem Breitengrad von Grenada., Martinique is confronted with a problem relating to the conservation of the Iguana delicatissima Laurenti 1768, endemic to the Eastern Caribbean in the face of the probability of hybridization that represents the progression of the Iguana iguana Linnaeus, 1758, called common Iguana, native to the plateau of Guyana and from Central America introduced during the 20th century at Fort Saint Louis under the administrative responsibility of the French navy, from where it has since dispersed. The Kalinas (so-called Caribbean), natural from the Americas of the Guyana plateau, were named after Gwanakaéra, the current island called Martinique, which was also more formerly named Matïna by peoples originating from the Orinoco basin (coasts of Venezuela current); gwana - kaera, literally meaning Iguana island. Proof that these Kalinas were struck, after having circulated on the other islands in the south of Martinique, by the exceptional diversity of Lizards specific to this Martinique. The term "gwana" in the Amerindian kalina language has therefore been used by european languages to establish taxa of the different genera and species of Saurians.This herpetological note introduces in the introduction some anthropozoological considerations relating to Iguanas in the Martinican context, before presenting an analysis and interpretation of recent data from molecular biology, crossed with data from geological history, concerning globally genera and species Lizards, Iguanas present in the eastern Caribbean from the island of Mona (Puerto Rico) at the latitude of Grenada., Martinica se enfrenta a un problema relacionado con la conservación de la Iguana delicatissima Laurenti 1768, endémica del Caribe oriental ante la probabilidad de hibridación representada por la progresión de la Iguana iguana Linnaeus, 1758, conocida como Iguana común, nativa de la meseta de Guyana y América Central introducida durante el siglo XX a Fort Saint Louis bajo la responsabilidad administrativa de la marina francesa, desde donde se ha dispersado desde entonces. Las Kalinas (el llamado Caribe), natural de las Américas de la meseta de Guyana, llevan el nombre de Gwanakaéra, la isla actual llamada Martinica, que también fue anteriormente llamada Matïna por los pueblos originarios de la cuenca del Orinoco (costas de Venezuela actual); gwana - kaera, que literalmente significa isla de iguana. Prueba de que estas Kalinas fueron golpeadas, después de haber circulado en las otras islas en el sur de Martinica, por la excepcional diversidad de lagartos específicos de esta Martinica. Por lo tanto, el término "gwana" en el idioma kalina amerindio ha sido utilizado por los idiomas europeos para establecer taxones de los diferentes géneros y especies de saurios.Esta nota herpetológica introduce en la introducción algunas consideraciones antropozoológicas relacionadas con las iguanas en el contexto martinicano, antes de presentar un análisis e interpretación de datos recientes de biología molecular, cruzados con datos de la historia geológica, sobre géneros y especies a nivel mundial. Lagartos, Iguanas presentes en el Caribe oriental desde la isla de Mona (Puerto Rico) en la latitud de Grenada., La Martinique se trouve confrontée à une problématique relative à la conservation de l’Iguana delicatissima Laurenti 1768, endémique de la Caraïbe orientale face à la probabilité d’hybridation que représente la progression de l’Iguana iguana Linnaeus, 1758, dit Iguane commun, originaire du plateau des Guyanes et d’Amérique Centrale introduit courant du XXème siècle au fort Saint Louis sous responsabilité administrative de la marine française, d’où il s’est depuis dispersé. Les Kalinas (dits Caraïbes), naturels d’Amériques du plateau des Guyanes avaient baptisé du nom de Gwanakaéra, l’île actuelle appelée Martinique, qui fût aussi plus anciennement nommée Matïna par des peuples originaires du bassin de l’Orénoque (côtes du Venezuela actuel) ; gwana – kaéra, signifiant littéralement l’île aux iguanes. Preuve que ces Kalinas ont été frappés, après avoir circulé sur les autres iles au sud de la Martinique, par l’exceptionnelle diversité de Lézards propre à cette Martinique. Le terme « gwana » de la langue kalina amérindienne a donc été utilisé par les langues européennes pour donc établir taxons des différents genres et espèces de Sauriens. La présente note herpétologique décline en introduction quelques considérations d’anthropozoologie relatives aux Iguanes dans le contexte martiniquais, avant de présenter une analyse et interprétation des récentes données de la biologie moléculaire, croisée aux données de l’histoire géologique, concernant globalement des genres et espèces de Lézards, Iguanes présents dans la Caraïbe orientale de l’île de Mona (Porto-Rico) à la latitude de Grenade., Мартиника сталкивается с проблемой, связанной с сохранением Iguana delicatissima Laurenti 1768, эндемичного для восточной части Карибского бассейна, в связи с вероятностью гибридизации, представленной прогрессией игуанской игуаны Linnaeus, 1758, известной как общая игуана, уроженец от плато Гвиана и Центральной Америки, введенного в течение 20-го века в Форт Сен-Луи под административной ответственностью французского флота, откуда он с тех пор рассредоточился. Калины (так называемые Карибские острова), родом из Северной и Южной Америки на плато Гайана, были названы в честь Гванакаэры, нынешнего острова Мартиника, который также более ранее назывался Матина людьми, происходящими из бассейна Ориноко (побережья Венесуэлы). ток); гвана - каера, буквально означающая остров игуана. Доказательство того, что эти Калины были поражены, после распространения на других островах на юге Мартиники, исключительным разнообразием Ящериц, характерных для этой Мартиники. Поэтому термин «гвана» в языке индейцев калины используется европейскими языками для определения таксонов разных родов и видов саурианцев.Эта герпетологическая заметка вводит во введение некоторые антропозоологические соображения, касающиеся игуаны в контексте Мартиники, перед тем, как представить анализ и интерпретацию недавних данных молекулярной биологии, скрещенных с данными геологической истории, касающихся глобальных родов и видов. Ящерицы-игуаны присутствуют в восточной части Карибского моря от острова Мона (Пуэрто-Рико) на широте Гранады., 马提尼克岛面临着与保存于1768年的鬣鳞蜥有关的问题，该鬣鳞蜥是加勒比海东部特有的地方种，面临着以1758年鬣蜥鬣鳞蜥Linnaeus的发展为代表的杂交可能性，这种鬣蜥被称为普通鬣蜥。起源于20世纪的圭亚那和中美洲高原地区，在法国海军的管理职责下引入圣路易斯堡，此后便从那里分散了。卡利纳斯群岛（所谓的加勒比海地区），源自圭亚那高原的美洲，以现名马提尼克岛的瓜纳卡埃拉岛（Gwanakaéra）命名，该岛也被原名奥里诺科盆地（委内瑞拉海岸）的人们更名为马提纳岛当前）； gwana-kaera，字面意思是鬣蜥岛。这些卡利纳人在马提尼克岛南部的其他岛屿上流传之后，被这种马提尼克岛特有的蜥蜴的异常多样性所打击，证明了这一点。因此，欧洲语言已使用美洲印第安人卡利纳语中的“ gwana”一词来确定不同属和种类的卓郎人的分类单元。在介绍对分子生物学最新数据的分析和解释以及与全球属和物种有关的地质历史数据相结合之前，此草稿注释在介绍中介绍了与马提尼克属环境中的鬣蜥有关的一些人类学考虑。蜥蜴，鬣蜥从格林纳达纬度的蒙娜（波多黎各）岛出现在东加勒比海地区。

يمثل Anolis of Martinique ، Zanndoli (في المارتينيك) ، نوع من سحلية الزواحف Dactyloa roquet مع أنواع البرمائيات Hylode من Johnstonei ، Eleutherodactylus johnstonei ، وهما نوعان من herpetofauna المستوطنتين في شرق البحر الكاريبي الأرقام في جميع أنحاء إقليم المارتينيك. يعتمد تاريخ Dactyloidae في شرق البحر الكاريبي التي نسترجعها على أحدث منشورات البيانات ، من حيث البحث في علم اللاهوت الجزيئي ، متقاطعًا مع بيانات التاريخ الجيولوجي لهذه المنطقة الجغرافية في شرق البحر الكاريبي. تأتي أعمال البيولوجيا الجزيئية هذه منذ عام 2007 ، لتخبرنا على وجه اليقين بوجود أراضي ناشئة بدلاً من المواقع الجغرافية لضفاف الجزر الحالية في منطقة شرق البحر الكاريبي ، لأنها أقدم بكثير من العصر الميوسيني (24 ماي) ، منذ العصر الأيوسيني وأكثر من 45 الساعة الجزيئية التي تشهد على وجود أسلاف Dactyloa roquet ، على سبيل المثال ، على ضفة جزر في المارتينيك بروتو ، بين أنواع Dactyloidae من شرق البحر الكاريبي بعد أن انحرفت عن أقربائها المقربين في حوض Orinoco في أمريكا الجنوبية منذ 37 يا, Die Anolis von Martinique, Zanndoli (auf Martinique), die Art der Reptilienechse Dactyloa roquet, repräsentiert mit der Art der Amphibie Hylode von Johnstonei, Eleutherodactylus johnstonei, die beiden in der östlichen Karibik endemischen Herpetofauna-Arten, die am weitesten verbreitet und im Großen und Ganzen verbreitet sind Zahlen im gesamten Gebiet von Martinique. Die Geschichte der Dactyloidae der östlichen Karibik, die wir zurückverfolgen, basiert auf den neuesten Datenveröffentlichungen im Hinblick auf die Erforschung der molekularen Systematik, die mit den Daten der geologischen Geschichte dieser geografischen Region der östlichen Karibik gekreuzt wurden. Diese molekularbiologischen Arbeiten stammen aus dem Jahr 2007, um uns mit Sicherheit über die Existenz von aufstrebenden Gebieten anstelle der geografischen Lage der Ufer der heutigen Inseln der östlichen Karibik zu informieren, die seit dem Eozän viel älter als das Miozän (24 My) sind und mehr als 45 My; molekulare Uhr, die zum Beispiel die Anwesenheit der Vorfahren des Dactyloa-Roquets auf einer Inselbank im Martinique-Proto bestätigt, unter Arten von Dactyloidae aus der östlichen Karibik, die sich seitdem von ihren nahen Verwandten im Orinoco-Becken in Südamerika unterschieden haben 37 Meine., The Anolis of Martinique, Zanndoli (in Martinique), the species of reptile lizard Dactyloa roquet represents with the species of amphibian Hylode of Johnstonei, Eleutherodactylus johnstonei, the two species of herpetofauna endemic to the eastern Caribbean, the most widely widespread and present in large numbers throughout the territory of Martinique. The history of the Dactyloidae of the eastern Caribbean that we retrace is based on the most recent data publications, in terms of research in molecular systematics, crossed with the data of the geological history of this geographical region of the Eastern Caribbean. These molecular biology works come since 2007, to inform us with certainty as for the existence of emerged lands in place of the geographic positions of banks of current islands of the Eastern Caribbean, since much older than the Miocene (24 My) , since the Eocene and more than 45 My; molecular clock attesting to the presence, for example, of the ancestors of the Dactyloa roquet, on a bank of islands in the Martinique proto, among species of Dactyloidae from the eastern Caribbean having diverged from their close relatives in the Orinoco Basin in South America since 37 My., El Anolis de Martinica, Zanndoli (en Martinica), la especie de reptil lagarto Dactyloa roquet representa con las especies de anfibios Hylode de Johnstonei, Eleutherodactylus johnstonei, las dos especies de herpetofauna endémicas del Caribe oriental, la más ampliamente extendida y presente en general. números en todo el territorio de Martinica. La historia de los Dactyloidae del Caribe oriental que analizamos se basa en las publicaciones de datos más recientes, en términos de investigación en sistemática molecular, cruzadas con los datos de la historia geológica de esta región geográfica del Caribe Oriental. Estos trabajos de biología molecular vienen desde 2007, para informarnos con certeza sobre la existencia de tierras emergidas en lugar de las posiciones geográficas de los bancos de las islas actuales del Caribe Oriental, desde mucho más antiguo que el Mioceno (24 My), desde el Eoceno. y más de 45 mi; reloj molecular que atestigua la presencia, por ejemplo, de los antepasados ​​del cohete Dactyloa, en un banco de islas en el proto de Martinica, entre especies de Dactyloidae del Caribe oriental que se han separado de sus parientes cercanos en la cuenca del Orinoco en América del Sur desde 37 Mi., Anolis of Martinique, Zanndoli (на Мартинике), вид ящерицы-рептилии Dactyloa roquet, представляет собой вид амфибии Hylode of Johnstonei, Eleutherodactylus johnstonei, два вида герпетофауны, эндемичные для восточной части Карибского бассейна, наиболее широко распространенные и присутствующие в крупных номера по всей территории Мартиники. История Dactyloidae в восточной части Карибского бассейна, которую мы прослеживаем, основана на самых последних публикациях данных, касающихся исследований в области молекулярной систематики, скрещенных с данными геологической истории этого географического региона восточной части Карибского бассейна. Эти работы по молекулярной биологии проводятся с 2007 года, чтобы с уверенностью информировать нас о существовании зарождающихся земель вместо географических положений берегов современных островов восточной части Карибского бассейна, поскольку они намного старше миоцена (24 млн. Лет) со времен эоцена. и более 45 млн .; молекулярные часы, свидетельствующие, например, о присутствии предков Dactyloa roquet на берегу островов в прото Мартинике среди видов Dactyloidae из восточной части Карибского бассейна, которые с тех пор расходятся от своих близких родственников в бассейне Ориноко в Южной Америке 37 Мое., 马提尼克岛的Anolis，Zanndoli（在马提尼克岛）是爬行动物蜥蜴Dactyloa roquet的种，代表了Johnstonei的两栖类Hylode，Eleutherodactylus johnstonei，这是东加勒比海地区特有的两种爬虫类动物，分布最广，现存于大型马提尼克全境的数字。我们回溯的东加勒比海地区的Dactyloidae的历史是基于最新的分子生物学系统方面的数据出版物，与该东加勒比海这个地理区域的地质历史数据相交叉的。这些分子生物学研究工作始于2007年，目的是肯定地告知我们，存在着代替东部中新世（24 My）以来比东部中新世（24 My）早得多的东加勒比海当前岛屿两岸地理位置的新兴土地的存在。超过45个My；分子钟证明了Dactyloa球菌的祖先的存在，例如马提尼克岛原始群岛的一排岛屿上，来自东加勒比海的Dactyloidae物种与南美奥里诺科盆地的近亲分道扬since 37我的