1. An apoptosis methylation prognostic signature for early lung cancer in the IFCT-0002 trial
- Author
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De Fraipont, Florence, Levallet, Guénaëlle, Creveuil, Christian, Bergot, Emmanuel, Beau-Faller, Michèle, Mounawar, Mounia, Richard, Nicolas, Antoine, Martine, Rouquette, Isabelle, Favrot, Marie-Christine, Debieuvre, Didier, Braun, Denis, Westeel, Virginie, Quoix, Elisabeth, Brambilla, Elisabeth, Hainaut, Pierre, Moro-Sibilot, Denis, Morin, Franck, Milleron, Bernard, Zalcman, Gérard, Renseigné, Non, INSERM U823, équipe 5 (cibles diagnostiques ou thérapeutiques et vectorisation de drogues dans le cancer du poumon), Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble (INSERM U823), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Biochimie des Cancers et Biothérapies, CHU Grenoble-Hôpital Michallon-Hôpital Michallon, Service de pneumologie [CHU Caen], Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Laboratoire de Biochimie et de Biologie Moléculaire, CHU Strasbourg-Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Unit of Environment Cancer Epidemiology, IARC, Service de Génétique [CHU Caen], CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Interactions cellulaires tumorales et leur environnement et réponse aux agents anti-cancéreux, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Intergroupe Francophone de Cancérologie Thoracique [Paris] (IFCT), Intergroupe Francophone de Cancérologie thoracique, Service d'anatomie pathologique [CHU Tenon], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Tenon [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre d'innovation en biologie (CIB), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble, Service de Pneumologie, CHI de la Haute-Saône, Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (EA 3181) (CEF2P / CARCINO), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Service de pneumologie, CHU Strasbourg-Hopital Civil, INSERM U823, équipe 2 (Bases Moléculaires de la Progression des Cancers du Poumon), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département d'anatomie et cythologie pathologique, CHU Grenoble-Hôpital Michallon-Hôpital Michallon-Intergroupe Francophone de Cancérologie Thoracique [Paris] (IFCT), Intergroupe Francophone de Cancérologie thoracique-Intergroupe Francophone de Cancérologie thoracique, International Agency for Cancer Research (IACR), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Pôle Médecine Aigüe Communautaire Pneumologie, CHU Grenoble, Amplitude Systèmes, CHU Tenon [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble ( INSERM U823 ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Biochimie des Cancers et Biothérapies, Service de pneumologie [Caen], Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -CHU Caen, Service de génétique, CHU Caen-Hôpital Clémenceau, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Intergroupe Francophone de Cancérologie Thoracique [Paris] ( IFCT ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Tenon [APHP], Centre d'innovation en biologie ( CIB ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -CHU Grenoble, Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC ( CEF2P / CARCINO ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ) -Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Département d'anatomie et cythologie pathologique, CHU Grenoble-Hôpital Michallon-Hôpital Michallon-Intergroupe Francophone de Cancérologie Thoracique [Paris] ( IFCT ), International Agency for Cancer Research ( IACR ), International Agency for Cancer Research, Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (UR 3181) (CEF2P / CARCINO), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)
- Subjects
Oncology ,Male ,Cancer Research ,Pathology ,Lung Neoplasms ,medicine.medical_treatment ,Apoptosis ,Deoxycytidine ,Carboplatin ,[ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer ,chemistry.chemical_compound ,0302 clinical medicine ,Carcinoma, Non-Small-Cell Lung ,Epidermal growth factor receptor ,RNA, Small Interfering ,Promoter Regions, Genetic ,Neoadjuvant therapy ,Cytoskeleton ,0303 health sciences ,biology ,Methylation ,Middle Aged ,Prognosis ,Neoadjuvant Therapy ,3. Good health ,ErbB Receptors ,Paclitaxel ,030220 oncology & carcinogenesis ,DNA methylation ,Female ,RNA Interference ,medicine.medical_specialty ,Adenocarcinoma of Lung ,Antineoplastic Agents ,[SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer ,Adenocarcinoma ,Disease-Free Survival ,03 medical and health sciences ,Internal medicine ,medicine ,Carcinoma ,Biomarkers, Tumor ,Humans ,030304 developmental biology ,Chemotherapy ,business.industry ,Tumor Suppressor Proteins ,Cancer ,DNA Methylation ,medicine.disease ,Genes, p53 ,Gemcitabine ,Death-Associated Protein Kinases ,Genes, ras ,chemistry ,Calcium-Calmodulin-Dependent Protein Kinases ,biology.protein ,Cisplatin ,Tumor Suppressor Protein p53 ,business ,Apoptosis Regulatory Proteins - Abstract
Purpose: To evaluate prognostic and predictive molecular biomarkers in early-stage non–small cell lung carcinoma (NSCLC) receiving neoadjuvant chemotherapy. Experimental Design: The IFCT-0002 trial compared two neoadjuvant regimens in 528 stages I to II NSCLC patients. DNA extraction of snap-frozen surgical samples taken from 208 patients receiving gemcitabine-cisplatin or paclitaxel-carboplatin regimens allowed for the identification of 3p allelic imbalance, Ras association domain family 1A (RASSF1A) and death-associated protein kinase 1 (DAPK1) promoter methylation, and epidermal growth factor receptor, K-ras, and TP53 mutations. Multivariate analysis identified prognostic and predictive effects of molecular alterations. A Bootstrapping approach was used to assess stability of the prognostic models generating optimism corrected indexes. Results: RASSF1A methylation correlated significantly with shorter disease-free survival (DFS; adjusted HR = 1.88, 95% CI: 1.25–2.82, P = 0.0048) and shorter median overall survival (OS; adjusted HR = 2.01, 95% CI: 1.26–3.20, P = 0.020). A computed bootstrap resampling strategy led to a prognostic model, including RASSF1A, DAPK1, and tumor stage, dividing patients into three prognostic groups, with median OS ranging from 34 months for high-risk patients (HR for death = 3.85, 95% CI: 1.79–6.40) to more than 84 months for moderate (HR = 1.85, 95% CI: 0.97–3.52) and low-risk patients (reference group; P = 0.00044). In addition, RASSF1A methylation predicted longer DFS in patients treated with paclitaxel-carboplatin compared with gemcitabine-cisplatin (adjusted HR = 0.47, 95% CI: 0.23–0.97, Pinteraction = 0.042). Conclusions: Following neoadjuvant chemotherapy, RASSF1A methylation negatively impacted prognosis of early-stage NSCLC. Along with DAPK1 methylation and tumor stage, RASSF1A methylation allowed definition of three subgroups with strikingly different prognosis. Conversely, significantly longer DFS following paclitaxel-based neoadjuvant chemotherapy for patients whose tumors showed RASSF1A methylation suggested its predictive interest in stages I and II NSCLC. Clin Cancer Res; 18(10); 2976–86. ©2012 AACR.
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- 2012
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