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Bacterial spot of Solanaceae is present in most areas of the world where tomato and pepper are cultivated. Its incidence is especially high in tropical and subtropical regions, such as the islands of South West Indian Ocean. This desease can be caused by five taxa: X. vesicatoria , X. perforans , X. gardneri , X. euvesicatoria et X. campestris pv. raphani, but recent studies suggest that some of those species are synonymous or actually correspond to other species of Xanthomonas. The objectives of this work were (1) to assess the genetic diversity of a word collection of strains using two high throughput molecular techniques: AFLP and MLSA; (2) to describe the phylogenetic relationships between the different taxa caising bacterial spot and other Xanthomonas; (3) to develop a rapid identification method based on SCAR markers identified by AFLP, which would take into account the global diversity of the pathogen. Tree topologies derived from the sequences of four housekeeping genes were not congruent and recombination events could be detected in three of them. A survey of bacterial spot of tomato and pepper in the South West Indian Ocean showed a broad diversity of the species causing this disease in the region. Our data confirmed the strong genetic similarity between, X. alfalfae , X. euvesicatoria et X. perforans, as well as between X. cynarae and X. gardneri, which are probably synonymous species., La gale bactérienne des Solanées à graines est une maladie répandue dans la plupart des aires de production de tomate et des Capsicum spp. (piment, poivron) du monde. Elle est très sévère dans les régions tropicales et subtropicales et sa présence est récurrente dans la région Sud-Ouest de l’océan Indien. Cette maladie est complexe car cinq taxons sont actuellement reconnus comme agents causaux, X. vesicatoria , X. perforans , X. gardneri , X. euvesicatoria et X. campestris pv. raphani . Néanmoins certaines études récentes suggèrent des synonymies de certaines de ces espèces entre elles et également avec d’autres Xanthomonas. Les objectifs principaux de la thèse étaient (1) l’analyse de la diversité sur une collection mondiale à l’aide des deux techniques moléculaires à haut débit, AFLP et MLSA, avec un accent particulier sur la diversité génétique et pathologique régionale (2) la description des relations phylogénétiques entre ces taxons et les autres Xanthomonas (3) la mise au point d’un outil d’identification rapide qui tienne compte de la diversité de l’agent pathogène et basé sur des marqueurs SCAR identifiés par AFLP. Une absence de congruence entre les topologies d’arbres dérivées des séquences de 4 gènes de ménage étudiés a été mise en évidence, de même que plusieurs évènements de recombinaison sur trois d’entre eux. Un inventaire des espèces trouvées dans les îles SWIO a pu être dressé, mettant à jour une grande diversité dans cette région. Nos données ont confirmé de fortes similarités génétiques entre X. alfalfae , X. euvesicatoria et X. perforans d’une part et de X. cynarae et X. gardneri d’autre part, qui ont probablement le statut d’espèces-synonyme.