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Start Over Author "Simon Pageaud" Topic [sdv.spee]life sciences [q-bio]/sante publique et epidemiologie
4 results on '"Simon Pageaud"'

1. Predicted Impacts of Booster, Immunity Decline, Vaccination Strategies, and Non-Pharmaceutical Interventions on COVID-19 Outcomes in France

Author

Simon, Pageaud, Anne, Eyraud-Loisel, Jean-Pierre, Bertoglio, Alexis, Bienvenüe, Nicolas, Leboisne, Catherine, Pothier, Christophe, Rigotti, Nicolas, Ponthus, Romain, Gauchon, François, Gueyffier, Philippe, Vanhems, Jean, Iwaz, Stéphane, Loisel, Pascal, Roy, On Behalf Of The CovDyn Group Covid Dynamics, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hospices Civils de Lyon (HCL), Laboratoire de Sciences Actuarielles et Financières [Lyon] (LSAF), Institut de Science Financière et d'Assurances (ISFA), Université de Lyon, Laboratoire de Mecanique des Fluides et d'Acoustique (LMFA), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Extraction de Caractéristiques et Identification (imagine), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Data Mining and Machine Learning (DM2L), Artificial Evolution and Computational Biology (BEAGLE), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Lyon, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Laboratoire de Tribologie et Dynamique des Systèmes (LTDS), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Ecole Nationale d'Ingénieurs de Saint Etienne (ENISE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), F-CRIN, Innovative clinical research network in vaccinology (I-REIVAC), Service de Biostatistiques [Lyon], Institut Louis Bachelier, École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Rigotti, Christophe

Subjects
[SDV.MHEP.ME] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, Pharmacology, [SDV.MHEP.ME]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, decision support techniques, Immunology, COVID-19, vaccination, agent-based model, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.IMM.VAC] Life Sciences [q-bio]/Immunology/Vaccinology, Infectious Diseases, booster, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Drug Discovery, [SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Pharmacology (medical), [INFO.INFO-MO] Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.IMM.VAC]Life Sciences [q-bio]/Immunology/Vaccinology
Abstract

International audience; The major economic and health consequences of COVID-19 called for various protective measures and mass vaccination campaigns. A previsional model was used to predict the future impacts of various measure combinations on COVID-19 mortality over a 400-day period in France. Calibrated on previous national hospitalization and mortality data, an agent-based epidemiological model was used to predict individual and combined effects of booster doses, vaccination of refractory adults, and vaccination of children, according to infection severity, immunity waning, and graded non-pharmaceutical interventions (NPIs). Assuming a 1.5 hospitalization hazard ratio and rapid immunity waning, booster doses would reduce COVID-19-related deaths by 50–70% with intensive NPIs and 93% with moderate NPIs. Vaccination of initially-refractory adults or children ≥5 years would half the number of deaths whatever the infection severity or degree of immunity waning. Assuming a 1.5 hospitalization hazard ratio, rapid immunity waning, moderate NPIs and booster doses, vaccinating children ≥12 years, ≥5 years, and ≥6 months would result in 6212, 3084, and 3018 deaths, respectively (vs. 87,552, 64,002, and 48,954 deaths without booster, respectively). In the same conditions, deaths would be 2696 if all adults and children ≥12 years were vaccinated and 2606 if all adults and children ≥6 months were vaccinated (vs. 11,404 and 3624 without booster, respectively). The model dealt successfully with single measures or complex combinations. It can help choosing them according to future epidemic features, vaccination extensions, and population immune status.

Published
2022
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2. Expected Evolution of COVID-19 Epidemic in France for Several Combinations of Vaccination Strategies and Barrier Measures

Author

Simon, Pageaud, Catherine, Pothier, Christophe, Rigotti, Anne, Eyraud-Loisel, Jean-Pierre, Bertoglio, Alexis, Bienvenüe, Nicolas, Leboisne, Nicolas, Ponthus, Romain, Gauchon, François, Gueyffier, Philippe, Vanhems, Jean, Iwaz, Stéphane, Loisel, Pascal, Roy, On Behalf Of The Group CovDyn Covid Dynamics, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hospices Civils de Lyon (HCL), Laboratoire de Sciences Actuarielles et Financières [Lyon] (LSAF), Institut de Science Financière et d'Assurances (ISFA), Institut Louis Bachelier, Extraction de Caractéristiques et Identification (imagine), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Data Mining and Machine Learning (DM2L), Artificial Evolution and Computational Biology (BEAGLE), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon, Laboratoire de Mecanique des Fluides et d'Acoustique (LMFA), École Centrale de Lyon (ECL), Laboratoire de Tribologie et Dynamique des Systèmes (LTDS), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Ecole Nationale d'Ingénieurs de Saint Etienne (ENISE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Service de Biostatistiques [Lyon], Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Ecole Nationale d'Ingénieurs de Saint Etienne-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Rigotti, Christophe

Subjects
Immunology, [INFO.INFO-DS]Computer Science [cs]/Data Structures and Algorithms [cs.DS], 010103 numerical & computational mathematics, 01 natural sciences, Article, 03 medical and health sciences, [SDV.IMM.VAC] Life Sciences [q-bio]/Immunology/Vaccinology, 0302 clinical medicine, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Drug Discovery, Pharmacology (medical), 030212 general & internal medicine, 0101 mathematics, [SDV.MHEP.ME] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, Pharmacology, [SDV.MHEP.ME]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, decision support techniques, COVID-19, vaccination, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, agent-based model, 3. Good health, Infectious Diseases, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Medicine, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [INFO.INFO-MO] Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.IMM.VAC]Life Sciences [q-bio]/Immunology/Vaccinology
Abstract

International audience; The outbreak of the SARS-CoV-2 virus, enhanced by rapid spreads of variants, has caused a major international health crisis, with serious public health and economic consequences. An agent-based model was designed to simulate the evolution of the epidemic in France over 2021 and the first six months of 2022. The study compares the efficiencies of four theoretical vaccination campaigns (over 6, 9, 12, and 18 months), combined with various non-pharmaceutical interventions. In France, with the emergence of the Alpha variant, without vaccination and despite strict barrier measures, more than 600,000 deaths would be observed. An efficient vaccination campaign (i.e., total coverage of the French population) over six months would divide the death toll by 10. A vaccination campaign of 12, instead of 6, months would slightly increase the disease-related mortality (+6%) but require a 77% increase in ICU bed–days. A campaign over 18 months would increase the disease-related mortality by 17% and require a 244% increase in ICU bed–days. Thus, it seems mandatory to vaccinate the highest possible percentage of the population within 12, or better yet, 9 months. The race against the epidemic and virus variants is really a matter of vaccination strategy.

Published
2021
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3. Adapting French COVID-19 vaccination campaign duration to variant dissemination

Author

Pascal Roy, Catherine Pothier, Anne Eyraud-Loisel, Nicolas Ponthus, Philippe Vanhems, Simon Pageaud, Jean-Pierre Bertoglio, Alexis Bienvenüe, Nicolas Leboisne, Romain Gauchon, François Gueyffier, Jean Iwaz, Christophe Rigotti, Stéphane Loisel, Hospices Civils de Lyon (HCL), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Tribologie et Dynamique des Systèmes (LTDS), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Ecole Nationale d'Ingénieurs de Saint Etienne-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon, Extraction de Caractéristiques et Identification (imagine), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Data Mining and Machine Learning (DM2L), Artificial Evolution and Computational Biology (BEAGLE), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Mecanique des Fluides et d'Acoustique (LMFA), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Lyon 1, Ecole Centrale de Lyon, INSA Lyon, Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Ecole Nationale d'Ingénieurs de Saint Etienne (ENISE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Rigotti, Christophe

Subjects
0303 health sciences, medicine.medical_specialty, education.field_of_study, business.industry, Public health, Population, Outbreak, International health, Disease, 3. Good health, Vaccination, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Intensive care, Pandemic, medicine, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, 030212 general & internal medicine, business, education, 030304 developmental biology, Demography
Abstract

BackgroundThe outbreak of SARS-CoV-2 virus has caused a major international health crisis with serious consequences in terms of public health and economy. In France, two lockdown periods were decided in 2020 to avoid the saturation of intensive care units (ICU) and an increase in mortality. The rapid dissemination of variant SARS-CoV-2 VOC 202012/01 has strongly influenced the course of the epidemic. Vaccines have been rapidly developed. Their efficacy against the severe forms of the disease has been established, and their efficacy against disease transmission is under evaluation. The aim of this paper is to compare the efficacy of several vaccination strategies in the presence of variants in controlling the COVID-19 epidemic through population immunity.MethodsAn agent-based model was designed to simulate with different scenarios the evolution of COVID-19 pandemic in France over 2021 and 2022. The simulations were carried out ignoring the occurrence of variants then taking into account their diffusion over time. The expected effects of three Non-Pharmaceutical Interventions (Relaxed-NPI, Intensive-NPI, and Extended-NPI) to limit the epidemic extension were compared. The expected efficacy of vaccines were the values recently estimated in preventing severe forms of the disease (75% and 94%) for the current used vaccines in France (Pfizer-BioNTech and Moderna since January 11, 2021, and AstraZeneca since February 2, 2021). All vaccination campaigns reproduced an advanced age-based priority advised by the Haute Autorité de Santé. Putative reductions of virus transmission were fixed at 0, 50, 75 and 90%. The effects of four vaccination campaign durations (6-month, 12-month, 18-month and 24-month) were compared.ResultsIn the absence of vaccination, the presence of variants led to reject the Relaxed-NPI because of a high expected number of deaths (170 to 210 thousands) and the significant overload of ICUs from which 35 thousand patients would be deprived. In comparison with the situation without vaccination, the number of deaths was divided by 7 without ICU saturation with a 6-month vaccination campaign. A 12-month campaign would divide the number of death by 3 with Intensive-NPI and by 6 with Extended-NPI (the latter being necessary to avoid ICU saturation). With 18-month and 24-month vaccination campaigns without Extended-NPI, the number of deaths and ICU admissions would explode.ConclusionAmong the four compared strategies the 6-month vaccination campaign seems to be the best response to changes in the dynamics of the epidemic due to the variants. The race against the COVID-19 epidemic is a race of vaccination strategy. Any further vaccination delay would increase the need of strengthened measures such as Extended-NPI to limit the number of deaths and avoid ICU saturation.

Published
2021

4. Lessons learnt from the use of compartmental models over the COVID-19 induced lockdown in France

Author

Alexis Bienvenüe, Stéphane Derrode, Anne Eyraud-Loisel, Simon Pageaud, Pascal Roy, Romain Gauchon, Jean-Pierre Bertoglio, Jean Iwaz, Christophe Rigotti, Nicolas Ponthus, Stéphane Loisel, Pierre-Olivier Goffard, Vitaly Volpert, Catherine Pothier, Laboratoire de Sciences Actuarielle et Financière (SAF), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Laboratoire de Tribologie et Dynamique des Systèmes (LTDS), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Ecole Nationale d'Ingénieurs de Saint Etienne-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Extraction de Caractéristiques et Identification (imagine), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Data Mining and Machine Learning (DM2L), Artificial Evolution and Computational Biology (BEAGLE), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Multi-scale modelling of cell dynamics : application to hematopoiesis (DRACULA), Centre de génétique et de physiologie moléculaire et cellulaire (CGPhiMC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut Camille Jordan [Villeurbanne] (ICJ), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Mecanique des Fluides et d'Acoustique (LMFA), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hospices Civils de Lyon (HCL), Université Lyon 1, Ecole Centrale de Lyon, INSA Lyon, Rigotti, Christophe, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Ecole Nationale d'Ingénieurs de Saint Etienne (ENISE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut Camille Jordan (ICJ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Modélisation mathématique, calcul scientifique (MMCS), and Institut Camille Jordan (ICJ)

Subjects
infection dynamics, 0303 health sciences, education.field_of_study, Coronavirus disease 2019 (COVID-19), Calibration (statistics), prevalence, Population, Epidemic dynamics, COVID-19, Common framework, 3. Good health, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Geography, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Statistics, Prevalence studies, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Infection dynamics, 030212 general & internal medicine, Scale (map), education, compartmental model, 030304 developmental biology
Abstract

BackgroundCompartmental models help making public health decisions. They were used during the COVID-19 outbreak to estimate the reproduction numbers and predict the number of hospital beds required. This study examined the ability of closely related compartmental models to reflect equivalent epidemic dynamics.MethodsThe study considered three independently designed compartmental models that described the COVID-19 outbreak in France. Model compartments and parameters were expressed in a common framework and models were calibrated using the same hospitalization data from two official public databases. The calibration procedure was repeated over three different periods to compare model abilities to: i) fit over the whole lockdown; ii) predict the course of the epidemic during the lockdown; and, iii) provide profiles to predict hospitalization prevalence after lockdown. The study considered national and regional coverages.ResultsThe three models were all flexible enough to match real hospitalization data during the lockdown, but the numbers of cases in the other compartments differed. The three models failed to predict reliably the number of hospitalizations after the fitting periods at national as at regional scales. At the national scale, an improved calibration led to epidemic course profiles that reflected hospitalization dynamics and reproduction numbers that were coherent with official and literature estimates.ConclusionThis study shows that prevalence data are needed to further refine the calibration and make a selection between still divergent models. This underlines strongly the need for repeated prevalence studies on representative population samples.

Published
2021
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