1. The bio.tools registry of software tools and data resources for the life sciences
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Piotr Jaroslaw Chmura, Salvador Capella, Rob Hooft, Søren Brunak, Tomáš Raček, Inge Jonassen, Rodrigo Lopez, Jacques van Helden, Bengt Persson, Hedi Peterson, Brane Leskošek, Alfonso Valencia, Heinz Stockinger, Hervé Ménager, Emil Karol Rydza, Matúš Kalaš, Josep Lluís Gelpí, Tommi Nyrönen, Hans Ienasescu, Christophe Blanchet, Rafael C. Jimenez, Björn Grüning, Jon Ison, Babis Savakis, Radka Svobodová Vařeková, Arlindo L. Oliveira, Peter Løngreen, Niall Beard, Gert Vriend, Veit Schwämmle, Jiří Vondrášek, Séverine Duvaud, Federico Zambelli, Ahto Salumets, Kristoffer Rapacki, Olivier Collin, Technical University of Denmark [Lyngby] (DTU), University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], University of Bergen (UIB), University of Southern Denmark (SDU), Albert-Ludwigs-Universität Freiburg, University of Manchester [Manchester], European Bioinformatics Institute [Hinxton] (EMBL-EBI), EMBL Heidelberg, Swiss Institute of Bioinformatics - Lausanne (SIB), Swiss Institute of Bioinformatics, Uppsala University, Central European Institute of Technology [Brno] (CEITEC), Czech Academy of Sciences [Prague] (ASCR), University of Tartu, Dutch Techcentre for Life Sciences [Utrecht], Center for Science (CSC-IT), CSC-IT Center for Science, Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats (ICREA), Barcelona Supercomputing Center - Centro Nacional de Supercomputacion (BSC - CNS), Università degli studi di Milano [Milano], Biomedical Sciences Research Centre Alexander Fleming [Vari, Greece] (BSRC), University of Ljubljana, Institut Français de Bioinformatique - UMS CNRS 3601 (IFB-CORE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ELIXIR Hub [Cambridge], Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa (INESC-ID), Instituto Superior Técnico, Universidade Técnica de Lisboa (IST)-Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores (INESC), Nijmegen Medical Centre [Nijmegen], Plateforme bioinformatique GenOuest [Rennes], Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Plateforme Génomique Santé Biogenouest®-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Theories and Approaches of Genomic Complexity (TAGC), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Danish Ministry of Higher Education and Science, European Project: 676559,H2020,H2020-INFRADEV-1-2015-1,ELIXIR-EXCELERATE(2015), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Bergen (UiB), Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne] (SIB), Université de Lausanne (UNIL), Central European Institute of Technology [Brno] (CEITEC MU), Brno University of Technology [Brno] (BUT), Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS), Università degli Studi di Milano [Milano] (UNIMI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Plateforme Génomique Santé Biogenouest®-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CentraleSupélec-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Danmarks Tekniske Universitet = Technical University of Denmark (DTU), University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Università degli Studi di Milano = University of Milan (UNIMI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Plateforme Génomique Santé Biogenouest®-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), and Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes 1 (UR1)
- Subjects
lcsh:QH426-470 ,Databases, Factual ,Bioinformatics ,[SDV]Life Sciences [q-bio] ,MEDLINE ,Biology ,Biological Science Disciplines ,03 medical and health sciences ,0302 clinical medicine ,Software ,Bioinformàtica ,lcsh:QH301-705.5 ,030304 developmental biology ,0303 health sciences ,Internet ,business.industry ,Biochemistry and Molecular Biology ,Data science ,[SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM] ,Data resources ,Variety (cybernetics) ,lcsh:Genetics ,Workflow ,lcsh:Biology (General) ,The Internet ,Open Letter ,business ,Nanomedicine Radboud Institute for Molecular Life Sciences [Radboudumc 19] ,Biokemi och molekylärbiologi ,030217 neurology & neurosurgery - Abstract
Bioinformaticians and biologists rely increasingly upon workflows for the flexible utilization of the many life science tools that are needed to optimally convert data into knowledge. We outline a pan-European enterprise to provide a catalogue (https://bio.tools) of tools and databases that can be used in these workflows. bio.tools not only lists where to find resources, but also provides a wide variety of practical information. Electronic supplementary material The online version of this article (10.1186/s13059-019-1772-6) contains supplementary material, which is available to authorized users.
- Published
- 2019
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