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Background: Two biotypes of Aberdeen Angus cattle breed, known as Old Type and New Type, that differ in their origin and beef production are formally recognized. In Colombia, this breed has been commercialized for approximately 80 years. Studies on the origin, kinship and levels of genetic diversity of this breed in Colombian herds are scarce, yet important for planning crossing and management strategies. Objective: To measure the genetic diversity and structure of two Colombian herds of Old Type and New Type biotypes of Aberdeen Angus from Huila and Cundinamarca provinces and assess mitochondrial introgression with other breeds. Methods: A set of ten microsatellites and sequences of the Mitochondrial Control Region were characterized. Estimators of genetic diversity and population differentiation along with tests of population assignment were applied. Results: Nuclear loci were highly polymorphic as shown by the Polymorphic Information Content (0.599) and the Probability of Identity (1.896 10-08). Both populations were highly diverse and clearly differentiated into two groups corresponding to the Old Type and New Type phenotypes. In contrast, mitochondrial data failed to distinguish these two groups and showed extensive admixture. Conclusions: This study optimized a set of ten highly polymorphic nuclear markers that may be used for parentage and population genetic studies of Aberdeen Angus. Genetic differentiation in these loci agreed with phenotypic differences of the Old and New Types. However, mitochondrial data indicated ancestry of multiple European breeds in the origin of Colombian Aberdeen Angus. Resumen Antecedentes: Dentro de la raza Aberdeen Angus existen dos biotipos conocidos como Old Type y New Type, las cuales difieren en su origen y producción de carne. En Colombia, esta raza se ha venido comercializando desde hace aproximadamente 80 años. No obstante, aún no se han realizado estudios sobre su origen, parentesco y niveles de diversidad genética de esta raza en hatos colombianos, lo cual es importante para planear estrategias de cruce y manejo. Objetivo: Medir la diversidad y estructura genética de dos hatos colombianos de Aberdeen Angus Old Type y New Type de Huila y Cundinamarca y evaluar la introgresión mitocondrial con otras razas. Métodos: Se caracterizó un grupo de diez loci microsatélite y se secuenció la Región Control Mitocondrial. Se aplicaron estimadores de diversidad genética y diferenciación poblacional, junto con pruebas de asignación poblacional. Resultados: Los loci microsatélite fueron altamente polimórficos, tal como lo indicaron el Contenido de Información Polimórfica (0,599) y la Probabilidad de Identidad (1,896 10-08). Las poblaciones evaluadas de Aberdeen Angus en Colombia fueron altamente diversas y se diferenciaron claramente en dos grupos correspondientes a los fenotipos Old Type y New Type. En contraste, los datos mitocondriales no recobraron estos dos grupos y mostraron una amplia mezcla genética. Conclusiones: Este estudio optimizó un grupo de diez marcadores altamente polimórficos que pueden ser usados para estudios de parentesco y genética poblacional de Aberdeen Angus. La diferenciación genética en loci nucleares concordó con las diferencias fenotípicas entre Old y New Types, pero los datos mitocondriales indicaron ancestría de múltiples razas europeas en el origen del Aberdeen Angus colombiano. Resumo Antecedentes: Dentro da raça Aberdeen Angus há dois biótipos conhecidos como Old Type e New Type, que diferem em sua origem e produção de carne. Na Colômbia, esta raça é comercializada há aproximadamente 80 anos. Entretanto, estudos sobre a origem, o parentesco e os níveis de diversidade genética desta raça em rebanhos colombianos ainda não foram realizados, o que é importante para o planejamento de cruzamentos e estratégias de manejo. Objetivo: Medir a diversidade genética e a estrutura de dois rebanhos colombianos de biótipos de Old Type e New Type de Aberdeen Angus de Huila e Cundinamarca e avaliar a introgressão mitocondrial com outras raças. Métodos: Um grupo de dez loci de microssatélites foi caracterizado e a Região de Controle Mitocondrial foi sequenciada. As estimativas de diversidade genética e diferenciação populacional foram aplicadas, juntamente com testes de designação populacional. Resultados: Os locus microssatélites foram altamente polimórficos, conforme indicado pelo Conteúdo de Infomação Polimórfica (0,599) e Probabilidade de Identidade (1,896 10-08). As populações avaliadas de Aberden Angus na Colômbia eram altamente diversificadas e claramente diferenciadas em dois grupos correspondentes aos fenótipos do Old Type e New Type. Em contraste, os dados mitocondriais não recuperaram esses dois grupos e mostraram um amplo mix genético. Conclusões: Este estudo otimizou um grupo de dez marcadores altamente polimórficos que podem ser usados para estudos genéticos de parentesco e população de Aberdeen Angus. A diferenciação genética nos loci nucleares concordou com as diferenças fenotípicas entre os Old e New Types, mas os dados mitocondriais indicam ancestralidade de várias raças européias na origem do Aberdeen Angus colombiano.

Mestrado em Ecologia Aplicada Submitted by Manuel Jesus (albertojesus@ua.pt) on 2018-03-19T15:21:09Z No. of bitstreams: 1 InesGregorio_AppliedEcologyMSc_2017.pdf: 2045330 bytes, checksum: aaaa34a1a58044798ed2f91527f3a55b (MD5) Made available in DSpace on 2018-03-19T15:21:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 InesGregorio_AppliedEcologyMSc_2017.pdf: 2045330 bytes, checksum: aaaa34a1a58044798ed2f91527f3a55b (MD5) Previous issue date: 2017-12-22

Mestrado em Ecologia Aplicada Ao longo de vários séculos, a distribuição geográfica do urso pardo na Península Ibérica tem vindo a diminuir, estando de momento limitada ao norte de Espanha. A população de urso pardo da Cantábria é uma das mais pequenas da Europa e está dividida em duas subpopulações (Ocidental e Oriental), com conectividade limitada entre ambas. Para além disso, a perseguição, por parte das populações humanas, apresenta sérias ameaças à sobrevivência da população de urso pardo na Cantábria. Tendo em consideração a situação atual da população Cantábrica, é essencial ter uma imagem muito clara dos padrões genéticos da população. Foram usados três tipos de marcadores genéticos (ADN mitocondrial, microssatélites nucleares autossómicos e marcadores sexuais) para inferir a origem, estrutura e diversidade genética e fluxo genético da população. Os resultados aqui apresentados sugerem que a população Cantábrica está dividida em duas linhagens matrilineares distintas e que não é monofilética relativamente a outras populações europeias. Esta diferenciação, num eixo oriental-ocidental, poderá estar relacionada com eventos de colonização da cordilheira Cantábrica anteriores e contemporâneos ao último máximo glaciar. A população está estruturada em duas subpopulações com grande diferenciação genética entre as duas. Os resultados mostram fortes evidências de migração de ursos entre as duas subpopulações. Nomeadamente, encontramos evidências da existência de fluxo genético assimétrico e de maior fluxo recente de migrantes da subpopulação Oriental para a Ocidental. Contudo, os resultados sugerem uma maior introgressão recente em sentido contrário. Este estudo ajuda a clarificar as origens da população e fornece novo conhecimento sobre a condição genética e os padrões de migração e fluxo genético da população de urso pardo. Os resultados aqui apresentados irão ajudar na definição e implementação de novas estratégias de conservação relevantes para a subsistência de uma população de urso pardo viável na Cordilheira Cantábrica. Over the centuries, the brown bear geographical distribution in the Iberian Peninsula has been decreasing, being currently limited to the North of Spain. The Cantabrian brown bear population is one of the smallest populations in Europe as is fragmented in two subpopulations (Western and Eastern), with limited connection between them. Additionally, human persecution represents serious threats to the survival of brown bear in Cantabria. Considering the current status of the Cantabrian population, it is essential to have a clear picture of the genetic patterns of the population. We used three molecular markers (mitochondrial DNA, autossomal and sex linked microsatellites) to assess the genetic origins, structure, diversity and gene flow of the Cantabrian brown bear population. Our results suggest that the Cantabrian population is divided in two distinct matrilineal lineages and is not monophyletic relative to other European populations. This differentiation, in an east-west axis might be related with colonization events of the Cantabrian mountains prior and contemporary to the last glacial maximum. The population is structured in two subpopulations with great genetic differentiation between them. The results also show strong evidences of migration between both subpopulations. Namely, we found evidence of asymmetrical gene flow and greater migrant flow from the Eastern to the Western subpopulation. However, results also suggest greater genetic admixture in the opposite way. This study reveals the origins and provides new insights on the genetic condition and migration patterns of the brown bear population. The results here presented will help in the definition of conservation strategies relevant for the maintenance of a viable brown bear population in the Cantabrian mountains.