1. Leishmania infections: Molecular targets and diagnosis
- Author
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Mohammad Akhoundi, Katrin Kuhls, Mohamed Kasbari, Luigi Gradoni, Tim Downing, Jan Votýpka, Denis Sereno, Pierre Marty, Christophe Ravel, Pascal Delaunay, Bruno Granouillac, Julius Lukeš, Arnaud Cannet, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Nice, Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice)-Université Côte d'Azur (UCA), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre méditerranéen de médecine moléculaire (C3M), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de Référence des Leishmanioses [CHRU Montpellier] (CNR-L), Université de Montpellier (UM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), Diversity, ecology, evolution & Adaptation of arthropod vectors (MIVEGEC-DEEVA), Evolution des Systèmes Vectoriels (ESV), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Interactions hôtes-vecteurs-parasites-environnement dans les maladies tropicales négligées dues aux trypanosomatides (UMR INTERTRYP), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), Dublin City University [Dublin] (DCU), Institute of Parasitology, Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS), Charles University [Prague] (CU), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Côte d'Azur (UCA), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Université de Montpellier (UM), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Istituto Superiore di Sanità (ISS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Université de Bordeaux (UB)
- Subjects
0301 basic medicine ,Clinical Biochemistry ,Protozoan Proteins ,[SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy ,Bioinformatics ,Diagnostic methods ,Biochemistry ,0302 clinical medicine ,[SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases ,Leishmaniasis ,Phylogeny ,Leishmania ,Medicine(all) ,General Medicine ,Hybrid strains ,3. Good health ,Phylogeography ,Molecular Medicine ,Identification (biology) ,Genome-wide map ,Genotype ,030231 tropical medicine ,Antiprotozoal Agents ,Computational biology ,Sympatric species ,Biology ,Sensitivity and Specificity ,03 medical and health sciences ,Species Specificity ,ddc:570 ,medicine ,Animals ,Humans ,[SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology ,[SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology ,Typing ,Genotyping ,Molecular Biology ,Molecular markers ,DNA, Protozoan ,medicine.disease ,biology.organism_classification ,Leishmania Infections ,Insect Vectors ,Molecular Typing ,030104 developmental biology ,Molecular targets ,Psychodidae ,[SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology - Abstract
International audience; Progress in the diagnosis of leishmaniases depends on the development of effective methods and the discovery of suitable biomarkers. We propose firstly an update classification of Leishmania species and their synonymies. We demonstrate a global map highlighting the geography of known endemic Leishmania species pathogenic to humans. We summarize a complete list of techniques currently in use and discuss their advantages and limitations. The available data highlights the benefits of molecular markers in terms of their sensitivity and specificity to quantify variation from the subgeneric level to species complexes, (sub) species within complexes, and individual populations and infection foci. Each DNA-based detection method is supplied with a comprehensive description of markers and primers and proposal for a classification based on the role of each target and primer in the detection, identification and quantification of leishmaniasis infection. We outline a genome-wide map of genes informative for diagnosis that have been used for Leishmania genotyping. Furthermore, we propose a classification method based on the suitability of well-studied molecular markers for typing the 21 known Leishmania species pathogenic to humans. This can be applied to newly discovered species and to hybrid strains originating from inter-species crosses. Developing more effective and sensitive diagnostic methods and biomarkers is vital for enhancing Leishmania infection control programs.
- Published
- 2017
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