Die Anpassung des Transkriptoms an veränderte Nahrungsbedingungen ist ein grundlegender Prozess in Bakterien, ganz besonders in natürlichen Lebensräumen. Die bakterielle 6S RNA, ein universeller und wachstumsphasenabhängiger Transkriptionsregulator, bindet an die RNA Polymerase (RNAP) und verhindert die Transkription im stationären Wachstum. Nach erneuter Verfügbarkeit von Nährstoffen, fungiert die RNAP als RNAabhängige RNA polymerase und transkribiert große Mengen einer kurzen RNA (pRNA), wobei sie die 6S RNA als Templat benutzt. Dieser Vorgang führt zur Dissoziation des 6S RNA-RNAP Komplexes. Während in der Mehrheit der Bakterien nur eine einzelne 6S RNA exprimiert wird, gibt es zwei 6S RNAs in Bacillus subtilis (6S-1 und 6S-2), die zwar die gleiche Sekundärstruktur einnehmen, aber unterschiedliche Expressionsprofile haben. Im Rahmen dieser Arbeit haben wir die beiden 6S RNAs aus B. subtilis untersucht, wobei ein Fokus auf der Synthese der pRNA und deren Funktion lag. Wir begannen unsere Untersuchungen mit zwei Ansätzen: Wir identifizierten zunächst Transkription von pRNA mit 6S-1 RNA als Templat in vivo durch Hochdurchsatz-Sequenzierung und entwickelten außerdem ein neues Northern-Hybridisierungsprotokoll, das es uns erlaubte, pRNAs in bakteriellen Extrakten zu detektieren. Unsere Ergebnisse zeigen, dass die Dissoziation der RNAP und 6S-1 RNA, dem funktionellen Homolog der gut untersuchten 6S RNA aus E. coli, durch stabile Bindung der pRNA reguliert wird. Wir fanden zusätzlich heraus, dass dieser Vorgang zu strukturellen Veränderungen in der 6S-1 RNA führt; ausgelöst durch Unterschiede in der Länge der pRNA in den verschiedenen Wachstumsphasen. Diese spezifische strukturelle Änderung der 6S RNA scheint außerdem ein Merkmal der 6S RNA in Bakterien generell zu sein. Darüber hinaus konnten wir zeigen, dass die Dissoziation der RNAP und der Abbau der 6S-1 RNA in vivo verknüpft sind. Zusammenfassend erweitern unsere Ergebnisse das momentane Verständnis der Funktion der 6S RNA und geben Einsicht in den Mechanismus der Dissoziation der RNAP von 6S RNA in Bakterien., Adaptation of the transcriptome to nutrient limitation and resupply is a fundamental process in bacteria, particularly in natural habitats. Bacterial 6S RNA, an ubiquitous and growth phasedependent regulator of transcription, binds to RNA polymerase (RNAP) and inhibits transcription during stationary growth. Upon nutrient resupply, RNAP acts as an RNA-dependent RNA polymerase by transcribing large amounts of short RNAs (pRNAs) from 6S RNA as template, leading to dissociation of 6S RNARNAP complexes. Whereas the majority of bacteria express a single 6S RNA species, Bacillus subtilis encodes two 6S RNAs (6S-1 and 6S-2) of similar secondary structure, but with different expression profiles. In this work, we investigated the two 6S RNAs of B. subtilis, focusing on pRNA synthesis and its role for the function of 6S RNA. Concurrently, we identified pRNA transcription from 6S-1 RNA in vivo using high-troughput sequencing techniques and we developed a novel Northern hybridization protocol for detection of pRNAs in bacterial total cellular extracts. Our results show that the release of RNAP from 6S-1 RNA, the functional homolog of the well investigated E. coli 6S RNA, is regulated by stable pRNA binding. Additionally, we found structural changes of 6S-1 RNA, induced by differences in pRNA length in different growth phases. This specific structural change of 6S RNA seems to be conserved among bacteria. Furthermore, we are able to show that the two processes of RNAP release and 6S-1 RNA degradation are coupled in vivo. Taken together, our results expand the current understanding of 6S RNA function and provide insight into the mechanism of RNAP release from 6S RNA in bacteria. iii