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8 results on '"BIOlogie GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes ( BIOGER-CPP )"'

1. Relations entre l’incidence de la pourriture des cabosses due à Phytophthora et plusieurs variables climatiques au Cameroun

Author

Lucien Bidzanga Nomo, Christian Cilas, Ivan Sache, Ives Bruno Efombagn Mousseni, Michel Ndoumbé Nkeng, African Center for Research on Bananas and Plantains = Centre Africain de Recherches sur Bananiers et Plantains (CARBAP), Institut de Recherche Agricole pour le Développement [Yaoundé] (IRAD), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), African Center for Research on Bananas and Plantains ( CARBAP ), Institut de recherche agricole pour le développement ( IRAD ), Institut de recherche agricole pour le développement, BIOlogie GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes ( BIOGER-CPP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Unité bioagresseurs, santé, environnement, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), African Center for Research on Bananas and Plantains (CARBAP), and Institut de recherche agricole pour le développement (IRAD)

Subjects
0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Primary inoculum, Biological pest control, Plant Science, 01 natural sciences, Dynamique des populations, risque épidémique, 2. Zero hunger, biology, Ecology, Contrôle de maladies, food and beverages, protection intégrée, 3. Good health, Épidémiologie, Phytophthora megakarya, Phytophthora, Black pod disease, Méthodologie, Spatial dynamics, Corrélations croisées, Geostatistics, Horticulture, 03 medical and health sciences, Inoculation, Epidemiological processes, Theobroma cacao, H20 - Maladies des plantes, Resistance (ecology), [ SDV ] Life Sciences [q-bio], business.industry, Distribution spatiale, biology.organism_classification, Field (geography), [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, 030104 developmental biology, Agronomy, Agriculture, Biological dispersal, U30 - Méthodes de recherche, business, Agronomy and Crop Science, 010606 plant biology & botany
Abstract

WOS:000394148400009; International audience; Black pod disease is caused by several species of Phytophthora. In Cameroon, the disease is mainly due to Phytophtora megakarya. The pathogen attacks cocoa pods and can lead to almost total production losses in a plot if no control measures are applied. To control the disease, several research programmes are being conducted: breeding for increased resistance, development of several biocontrol or agronomic methods. However, for better use of a specific method it is useful to have a good understanding of several epidemiological processes and more effectively know how the disease is distributed in the field. The purpose of this study was to describe the spatial development of the disease in several cocoa fields in Cameroon. In particular, we determined the spatial relation of the disease using several tools, including geostatistics models and Moran indices. The results indicated that the disease was not randomly distributed, while correlations between neighbouring cocoa trees existed. The relationships were detected up to a distance of between 7 and 9 m, revealing the wide dispersal pattern of the pathogen over short distances. No spatial structure was found in the spread of the disease in the oldest cocoa plantations and the inoculum was dispersed throughout the plot. Disease dispersal over short distances should make it possible to adapt control methods by attempting to confine the first disease foci in young plots. Research should also be undertaken to limit inoculum dispersal.; La pourriture des cabosses du cacaoyer due à divers Phytophthora cause plus de 30% de pertes de récolte au niveau mondial. Des observations épidémiologiques indiquent que cette maladie apparait lorsque les fruits sont présents sur les arbres, quelque soit leur stade de développement, et lorsque la saison des pluies a débuté. L’influence du climat sur le processus épidémique n’a été, pour le moment, que peu étudiée dans les zones de production.L’objectif de ce travail est de mesurer et de quantifier l’influence des pluies et des températures sur le développement temporel de la maladie dans plusieurs zones de production du Cameroun. Cette étude a été conduite dans trois sites du Cameroun (Mbankomo, Goura et Barombi Kang) ; cent arbres ont été observés par site. Les données concernant la maladie et la production ont été collectées chaque semaine, alors que les variables climatiques ont été collectées tous les jours. Les données ont été recueillies durant trois années consécutives (1999-2001). Des autocorrélations, des corrélations croisées et des régressions multiples ont été utilisées pour mieux comprendre les relations entre l’incidence de la maladie et les facteurs climatiques.Cette étude montre clairement l’incidence de la pluie sur l’intensité de la maladie. Cette incidence se manifeste une ou deux semaines après les pluies. Ce travail jette les bases d’un modèle d’avertissement agricole afin de mieux conseiller les agriculteurs dans la gestion des risques épidémiques. Il s’agit d’une importante étape pour mieux comprendre les relations quantitatives entre l’intensité de la maladie et les variables climatiques.

Published
2017
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2. Combining selective pressures to enhance the durability of disease resistance genes

Author

Denis Bourguet, Thomas Guillemaud, Anne-Sophie Walker, Xavier Reboud, François Delmotte, Corinne Vacher, Pierre Franck, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMR SAVE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Biodiversité, Gènes et Communautés, BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMRSV), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations ( CBGP ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Université de Montpellier ( UM ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) ( UMR SAVE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux ( ENITAB ) -Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles ( PSH ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] ( ISA ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, BIOlogie GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes ( BIOGER-CPP ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech

Subjects
0106 biological sciences, 0301 basic medicine, résistance aux maladies, comparative analysis, Mini Review, [SDV]Life Sciences [q-bio], Virulence, ravageur, Plant Science, Biology, Plant disease resistance, 01 natural sciences, fungicides, 03 medical and health sciences, management of plant pathogens, pyramids of plant resistance, resistance gene, Genotype, pest, Gene, Pathogen, pesticide, strategy of resistance gene deployment, 2. Zero hunger, gene stacking, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Resistance (ecology), durable disease plant resistance, mosaic of plant resistance, resistance breakdown, business.industry, food and beverages, weed control methods, 15. Life on land, analyse comparative, gène de résistance, Biotechnology, Crop protection, Fungicide, resistance to diseases, 030104 developmental biology, méthode de lutte, business, 010606 plant biology & botany, pathogen, agent pathogène
Abstract

The efficacy of disease resistance genes in plants decreases over time because of the selection of virulent pathogen genotypes. A key goal of crop protection programs is to increase the durability of the resistance conferred by these genes. The spatial and temporal deployment of plant disease resistance genes is considered to be a major factor determining their durability. In the literature, four principal strategies combining resistance genes over time and space have been considered to delay the evolution of virulent pathogen genotypes: cultivars mixture, rotation, landscape deployment, pyramiding. We reviewed this literature with the aim of determining which deployment strategy results in the greatest durability of resistance genes. Although theoretical and empirical studies comparing deployment strategies of more than one resistance gene are very scarce, they suggest that the overall durability of disease resistance genes can be increased by combining their presence in the same plant (pyramiding). Retrospective analyses of field monitoring data also suggest that the pyramiding of disease resistance genes within a plant is the most durable strategy. By extension, we suggest that the combination of disease resistance genes with other practices for pathogen control (pesticides, farming practices) may be a relevant management strategy to slow down the evolution of virulent pathogen genotypes.

Published
2016
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3. Trends and challenges in pesticide resistance detection

Author

R4P (Reflection and Research on Resistance to Pesticides), ., Barres, Benoît, Corio-Costet, Marie-France, Debieu, Danièle, Délye, Christophe, Fillinger-David, Sabine, Grosman, Jacques, Micoud, Annie, Siegwart, Myriam, Walker, Anne-Sophie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMR SAVE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Direction Régionale de l'Alimentation, de l'Agriculture et de la Forêt Auvergne (DRAAF Auvergne), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMRSV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail ( ANSES Maisons-Alfort ), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) ( UMR SAVE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux ( ENITAB ) -Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), BIOlogie GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes ( BIOGER-CPP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Direction Régionale de l'Alimentation, de l'Agriculture et de la Forêt Auvergne ( DRAAF Auvergne ), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles ( PSH ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA )

Subjects
0301 basic medicine, Insecticides, Pesticide resistance, Insecta, Genotyping Techniques, Emerging technologies, diagnosis, échange, [SDV]Life Sciences [q-bio], Plant Science, Biology, Insecticide Resistance, maladie, 03 medical and health sciences, vitis vinifera, Animals, Pesticides, bioassays, gestion intégrée des ravageurs, pesticide, Enzyme Assays, Mites, Resistance (ecology), [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Herbicides, pest and control product, indicator, système de production, exchange, food and beverages, biochemical assays, weed control methods, Pesticide, quantification, bioessai, produit phytosanitaire, molecular detection, 030104 developmental biology, Economic advantage, Risk analysis (engineering), méthode de lutte, integrated disease management, Biological Assay, pathology, indicateur, Herbicide Resistance
Abstract

Pesticide resistance is a crucial factor to be considered when developing strategies for the minimal use of pesticides while maintaining pesticide efficacy. This goal requires monitoring the emergence and development of resistance to pesticides in crop pests. To this end, various methods for resistance diagnosis have been developed for different groups of pests. This review provides an overview of biological, biochemical, and molecular methods that are currently used to detect and quantify pesticide resistance. The agronomic, technical, and economic advantages and drawbacks of each method are considered. Emerging technologies are also described, with their associated challenges and their potential for the detection of resistance mechanisms likely to be selected by current and future plant protection methods.

Published
2016
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4. Crystal structure of the effector AvrLm4-7 of Leptosphaeria maculans reveals insights into its translocation into plant cells and recognition by resistance proteins

Author

Audrey Labarde, Karine Blondeau, Marie-Hélène Balesdent, Benedicte Ollivier, Shiv D. Kale, Guillaume Daverdin, Noureddine Lazar, Danielle H Y Choi, Marc Graille, Brett M. Tyler, Isabelle Fudal, Francoise Blaise, Herman van Tilbeurgh, Juliette Linglin, Thierry Rouxel, Fonction et Architecture des Assemblages Macromoléculaires (FAAM), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Virginia Tech [Blacksburg], Center for Genome Research and Biocomputing, Oregon State University (OSU), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), National Science Foundation (NSF) IOS-0924861, ANR-14-CE19-0019,StructuraLEP,Caractérisation structurale et fonctionnelle d'effecteurs de L. maculans et de leurs interactants(2014), Fonction et Architecture des Assemblages Macromoléculaires ( FAAM ), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale ( B3S ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ), BIOlogie GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes ( BIOGER-CPP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Virginia Tech, University of Virginia [Charlottesville], and Oregon State University ( OSU )

Subjects
0106 biological sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], Nicotiana benthamiana, Plant Science, 3D structure, 01 natural sciences, Pichia pastoris, Fungal Proteins, 03 medical and health sciences, Protein structure, Leptosphaeria maculans, Ascomycota, Genetics, avirulence protein, plant cell translocation, Gene, 030304 developmental biology, Plant Diseases, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, biology, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Virulence, Effector, C-terminus, Brassica napus, Cell Biology, biology.organism_classification, Amino acid, effector, Biochemistry, chemistry, plant disease resistance, 010606 plant biology & botany
Abstract

International audience; The avirulence gene AvrLm4-7 of Leptosphaeria maculans, the causal agent of stem canker in Brassica napus (oilseed rape), confers a dual specificity of recognition by two resistance genes (Rlm4 and Rlm7) and is strongly involved in fungal fitness. In order to elucidate the biological function of AvrLm4-7 and understand the specificity of recognition by Rlm4 and Rlm7, the AvrLm4-7 protein was produced in Pichia pastoris and its crystal structure was determined. It revealed the presence of four disulfide bridges, but no close structural analogs could be identified. A short stretch of amino acids in the C terminus of the protein, (R/N)(Y/F)(R/S)E(F/W), was well-conserved among AvrLm4-7 homologs. Loss of recognition of AvrLm4-7 by Rlm4 is caused by the mutation of a single glycine to an arginine residue located in a loop of the protein. Loss of recognition by Rlm7 is governed by more complex mutational patterns, including gene loss or drastic modifications of the protein structure. Three point mutations altered residues in the well-conserved C-terminal motif or close to the glycine involved in Rlm4-mediated recognition, resulting in the loss of Rlm7-mediated recognition. Transient expression in Nicotiana benthamiana (tobacco) and particle bombardment experiments on leaves from oilseed rape suggested that AvrLm4-7 interacts with its cognate R proteins inside the plant cell, and can be translocated into plant cells in the absence of the pathogen. Translocation of AvrLm4-7 into oilseed rape leaves is likely to require the (R/N)(Y/F)(R/S)E(F/W) motif as well as an RAWG motif located in a nearby loop that together form a positively charged region.

Published
2015
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5. Fusarium oxysporum f. sp. radicis-vanillae is the causal agent of root and stem rot of vanilla

Author

V. Edel Hermann, Pascale Besse, Michel Grisoni, Edward C. Y. Liew, Michel Dron, T. Atuahiva, Valérie Laval, S. Le Squin, R. Le Guen, S. Koyyappurath, M. Jahiel, Claude Alabouvette, J. Peribe, Christian Steinberg, Nadine Gautheron, H. Batina, Ivan Sache, Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (UMR PVBMT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Réunion (UR), Etablissement public Vanille de Tahiti, BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Coopérative pro vanille, Centre Technique Horticole de Tamatave, BP 11, Tamatave, Fonctionnement agroécologique et performances des systèmes de cultures horticoles (UPR HORTSYS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Royal Botanic Gardens and Domain Trust, Sydney, Australia, AGRENE, Institut de Biologie des Plantes (IBP), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Regional Council, European Social Fund, ANR Vabiome, ANR Netbiome Fund, UMR Peuplement Végétaux et Bioagresseurs en Milieu Tropical ( UMR PVBMT - INRA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), BIOlogie GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes ( BIOGER-CPP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Cirad, DP Forêt et Biodiversité, Antananarivo, Madagascar, CIRAD, UPR Hortsys, PS4, 34392 Montpellier Cedex 05, UMR Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical ( UMR PVBMT - Université de La Réunion ), Université de la Réunion ( UR ), Institut de Biologie des Plantes ( IBP ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), UMR 1403 Institut des Sciences des Plantes de Paris Saclay, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ), UMR Peuplement Végétaux et Bioagresseurs en Milieu Tropical (UMR PVBMT - INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Fonctionnement agroécologique et performances des systèmes de cultures horticoles (Cirad-Persyst-UPR 103 HORTSYS), Département Performances des systèmes de production et de transformation tropicaux (Cirad-PERSYST), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de La Réunion (UR)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)

Subjects
0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Fusarium, Pouvoir pathogène, [SDV]Life Sciences [q-bio], Fusarium proliferatum, Plant Science, Horticulture, 01 natural sciences, Vanilla tahitensis, 03 medical and health sciences, Variation génétique, Botany, Fusarium oxysporum, Genetics, Vanilla, H20 - Maladies des plantes, Expérimentation, biology, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Inoculation, Vanilla planifolia, food and beverages, biology.organism_classification, 030104 developmental biology, Enquête pathologique, Sciences du vivant, Stem rot, Agronomy and Crop Science, Fusarium solani, Biologie végétale, 010606 plant biology & botany
Abstract

International audience; Root and stem rot (RSR) is a very detrimental disease of vanilla worldwide. Fusarium oxysporum is frequently associated with the disease but other Fusarium species are also reported. In this international study, 52 vanilla plots were surveyed in three of the most important vanilla producing countries (Madagascar, Reunion Island and French Polynesia) in order to determine the aetiology of RSR disease. Subsets from the 377 single-spored Fusarium isolates recovered from rotten roots and stems in the surveys were characterized by molecular genotyping (EF1α and IGS gene sequences) and pathogenicity assays on Vanilla planifolia and V. ×tahitensis, the two commercially grown vanilla species. Fusarium oxysporum was shown to be the principal species responsible for the disease, representing 79% of the isolates recovered from the RSR tissues, 40% of which induced severe symptoms on inoculated plantlets. Fusarium oxysporum isolates were highly polyphyletic regardless of geographic origin or pathogenicity. Fusarium solani, found in 15% of the samples and inducing only mild symptoms on plantlets, was considered a secondary pathogen of vanilla. Three additional Fusarium species were occasionally isolated in the study (F. proliferatum, F. concentricum and F. mangiferae) but were nonpathogenic. Histopathological preparations observed in wide field and multiphoton microscopy showed that F. oxysporum penetrated the root hair region of roots, then invaded the cortical cells where it induced necrosis in both V. planifolia and V. ×tahitensis. The hyphae never invaded the root vascular system up to 9 days post-inoculation. As a whole, the data demonstrated that RSR of vanilla is present worldwide and that its causal agent should be named F. oxysporum f. sp. radicis-vanillae. (Résumé d'auteur)

Published
2015
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6. Chikungunya Virus-associated Long-term Arthralgia: A 36-month Prospective Longitudinal Study

Author

Marc Lecuit, Florence Carpentier, Thérèse Couderc, Clémentine Schilte, Yoann Madec, Somar Kassab, Alain Michault, Matthew L. Albert, Frédérik Staikovsky, Immunobiologie des Cellules Dendritiques, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Emergency Department, Pôle des Spécialités de l'Urgence, Centre Hospitalier Régional de La Réunion (CHR Réunion), Biologie des Infections - Biology of Infection, Epidémiologie des Maladies Emergentes - Emerging Diseases Epidemiology, Pasteur-Cnam Risques infectieux et émergents (PACRI), Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Microbiologie cellulaire et moléculaire et pathogénicité (MCMP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Microorganismes et Barrières de l'Hôte (Equipe avenir), Centre d'infectiologie Necker-Pasteur [CHU Necker], Institut Pasteur [Paris]-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre Hospitalier Universitaire de La Réunion (CHU La Réunion), This study was funded by the CRVOI (Centre de Recherche et de Veille sur les maladies émergentes dans l’Océan Indien), Institut Pasteur, Inserm (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale), Labex IBEID, Fondation pour la Recherche Médicale, BNP-Paribas Foundation and Mairie de Paris, ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ProdInra, Archive Ouverte, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Microbiologie Fondamentale et Pathogénicité (MFP), Institut Pasteur [Paris] (IP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Epidémiologie des Maladies Emergentes, Pasteur-Cnam risques infectieux et émergents (PACRI), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Equipe avenir Microorganismes et Barrières de l'Hôte, CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], ANR-10-LABX-62-IBEID,IBEID,Laboratoire d'Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases'(2010), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre Hospitalier Régional de La Réunion ( CHR Réunion ), Biologie des Infections, Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] ( CNAM ) -Institut Pasteur [Paris]-Pasteur-Cnam risques infectieux et émergents ( PACRI ), Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] ( CNAM ), BIOlogie GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes ( BIOGER-CPP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, CNRS-UMR 5234, Microbiologie fondamentale et Pathogénicité, University of Bordeaux 2, Bordeaux, France, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Centre Hospitalier Universitaire de La Réunion ( CHU La Réunion ), and ANR-10-LABX-62-IBEID,IBEID,Laboratoire d'Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases' ( 2010 )

Subjects
myalgia, Male, MESH: Alphavirus Infections/epidemiology, MESH : Aged, MESH : Prospective Studies, Disease, epidemic, Disease Outbreaks, La Réunion, 0302 clinical medicine, Chikungunya, Longitudinal Studies, Prospective Studies, skin and connective tissue diseases, MESH : Reunion/epidemiology, Aged, 80 and over, 0303 health sciences, MESH: Middle Aged, virus diseases, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], Cohort, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Medicine, musculoskeletal diseases, medicine.medical_specialty, MESH : Chikungunya Fever, lcsh:RC955-962, MESH : Cohort Studies, reunion Island, [ SDV.MP.VIR ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Microbiology, 03 medical and health sciences, Rheumatology, Humans, MESH : Disease Outbreaks, MESH : Middle Aged, MESH : Aged, 80 and over, Biology, Aged, MESH: Humans, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Alphavirus Infections, MESH: Arthralgia/pathology, MESH : Humans, Public Health, Environmental and Occupational Health, lcsh:RA1-1270, MESH: Adult, infection, body regions, quality-of-life, Immunology, Complication, MESH: Female, MESH: Arthralgia/epidemiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], MESH: Chikungunya Fever, MESH : Alphavirus Infections/epidemiology, medicine.disease_cause, Cohort Studies, MESH: Aged, 80 and over, MESH: Alphavirus Infections/complications, Risk Factors, MESH: Risk Factors, MESH : Female, MESH: Disease Outbreaks, MESH : Arthralgia/epidemiology, Prospective cohort study, risk-factors, MESH: Longitudinal Studies, musculoskeletal pain, MESH: Cohort Studies, Depression (differential diagnoses), MESH : Longitudinal Studies, [SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, MESH: Aged, severe disease, lcsh:Public aspects of medicine, MESH : Adult, Middle Aged, MESH : Risk Factors, Arthralgia, Infectious Diseases, Female, medicine.symptom, Research Article, Neglected Tropical Diseases, Adult, lcsh:Arctic medicine. Tropical medicine, MESH : Male, 030231 tropical medicine, clinical-manifestations, MESH : Arthralgia/pathology, MESH : Alphavirus Infections/complications, MESH: Reunion/epidemiology, Internal medicine, medicine, 2005-2006 outbreak, 030304 developmental biology, business.industry, MESH: Male, MESH: Prospective Studies, Emerging Infectious Diseases, Chikungunya Fever, business, Reunion, Blood sampling
Abstract

Background Arthritogenic alphaviruses, including Chikungunya virus (CHIKV), are responsible for acute fever and arthralgia, but can also lead to chronic symptoms. In 2006, a Chikungunya outbreak occurred in La Réunion Island, during which we constituted a prospective cohort of viremic patients (n = 180) and defined the clinical and biological features of acute infection. Individuals were followed as part of a longitudinal study to investigate in details the long-term outcome of Chikungunya. Methodology/Principal Findings Patients were submitted to clinical investigations 4, 6, 14 and 36 months after presentation with acute CHIKV infection. At 36 months, 22 patients with arthralgia and 20 patients without arthralgia were randomly selected from the cohort and consented for blood sampling. During the 3 years following acute infection, 60% of patients had experienced symptoms of arthralgia, with most reporting episodic relapse and recovery periods. Long-term arthralgias were typically polyarthralgia (70%), that were usually symmetrical (90%) and highly incapacitating (77%). They were often associated with local swelling (63%), asthenia (77%) or depression (56%). The age over 35 years and the presence of arthralgia 4 months after the disease onset are risk factors of long-term arthralgia. Patients with long-term arthralgia did not display biological markers typically found in autoimmune or rheumatoid diseases. These data helped define the features of CHIKV-associated chronic arthralgia and permitted an estimation of the economic burden associated with arthralgia. Conclusions/Significance This study demonstrates that chronic arthralgia is a frequent complication of acute Chikungunya disease and suggests that it results from a local rather than systemic inflammation., Author Summary Chikungunya virus (CHIKV) is transmitted to human by mosquitoes. It is a re-emerging virus that has a risk to spread globally, given the expanding dissemination of its mosquito vectors. Chikungunya disease is characterized by acute transient febrile arthralgic illness, but can also lead to chronic incapacitating arthralgia. We have conducted a prospective longitudinal study to investigate in details long-term outcome of CHIKV infection. We found that 60% of patients experienced arthralgia 36 months after the onset of acute disease. Arthralgia affected most often multiple sites and were usually incapacitating. In addition to arthralgia, many patients suffered from myalgia and cutaneous lesions and several cognitive dysfunctions. We also showed that age over 35 years and the presence of arthralgia 4 months after the onset of disease are risk factors for long-term arthralgia. Patients with long-term arthralgia did not display biological markers typically found in autoimmune or rheumatoid diseases. This study demonstrates that chronic arthralgia is a frequent complication of acute Chikungunya disease and suggests that it results from a local rather than systemic inflammation.

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2013
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7. Heterogeneity of selection and the evolution of resistance

Author

Bourguet, Denis, Delmotte, François, Franck, Pierre, Guillemaud, Thomas, Reboud, Xavier, Vacher, Corinne, Walker, Anne Sophie, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Biodiversité, Gènes et Communautés, BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations ( CBGP ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Université de Montpellier ( UM ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Santé Végétale ( SV ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux ( ENITAB ), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles ( PSH ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de Recherche Agronomique, BIOlogie GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes ( BIOGER-CPP ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech

Subjects
0106 biological sciences, résistance aux maladies, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Process (engineering), Drug Resistance, Theoretical models, ravageur, Biology, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, Animals, Selection, Genetic, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Selection (genetic algorithm), pesticide, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, Resistance (ecology), analyse comparative, gène de résistance, Biological Evolution, Risk analysis (engineering), méthode de lutte, Sustainability, Pest Control, Adaptation, agent pathogène
Abstract

The evolution of resistance to pesticides and drugs by pests and pathogens is a textbook example of adaptation to environmental changes and a major issue in both public health and agronomy. Surprisingly, there is little consensus on how to combine selection pressures (i.e., molecules used in the treatment of pests or pathogens) over space and time to delay or prevent this evolutionary process. By reviewing theoretical models and experimental studies, we show that higher levels of heterogeneity of selection are associated with longer-term sustainability of pest or pathogen control. The combination of molecules usually outcompetes other resistance management strategies, such as Responsive alternation, Periodic application, or Mosaic, because it ensures 'multiple intragenerational killing'. A strategic deployment over space and/or time of several combinations can ensure 'multiple intergenerational killing', further delaying the evolution of resistance.

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2013
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8. Global status of wheat leaf rust caused by Puccinia triticina

Author

Henriette Goyeau, Julio Huerta-Espino, Ravi P. Singh, Silvia Germán, Brent McCallum, W. Q. Chen, Subhash C. Bhardwaj, Robert F. Park, Campo experimental valle de Mexico, Instituto Nacional de Investigaciones Forestales, Agricolas y Pecuarias [Mexico] (INIFAP), International maize and wheat improvement center, Centro Internacional de Mejoramiento de Maiz y Trigo, La Estanzuella, Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Cereal research centre, Agriculture and Agri-Food [Ottawa] (AAFC), Institute of plant protection, Chinese Academy of Agricultural Sciences (CAAS), Indian Council of Agricultural Research (ICAR), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, International Maize and Wheat Improvement Center (CIMMYT), Consultative Group on International Agricultural Research [CGIAR] (CGIAR), Instituto Nacional de Investigaciones Forestales, Agricolas y Pecuarias, Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria, Agriculture and Agri-Food [Ottawa] ( AAFC ), Chinese Academy of Agricultural Sciences ( CAAS ), Indian Council of Agricultural Research ( ICAR ), BIOlogie GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes ( BIOGER-CPP ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech

Subjects
0106 biological sciences, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, races, Resistance, Triticum aestivum, Virulence, Plant Science, Horticulture, Triticum turgidum, Stem rust, 01 natural sciences, Rust, 03 medical and health sciences, Wheat leaf rust, Genetics, Poaceae, Cultivar, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, biology, Resistance (ecology), Races, fungi, food and beverages, Basidiomycota, BLE POULARD, biology.organism_classification, résistance, Agronomy, soft wheat, Agronomy and Crop Science, 010606 plant biology & botany
Abstract

Leaf rust caused by Puccinia triticina is the most common and widely distributed of the three wheat rusts. Losses from leaf rust are usually less damaging than those from stem rust and stripe rust, but leaf rust causes greater annual losses due to its more frequent and widespread occurrence. Yield losses from leaf rust are mostly due to reductions in kernel weight. Many laboratories worldwide conduct leaf rust surveys and virulence analyses. Most currently important races (pathotypes) have either evolved through mutations in existing populations or migrated from other, often unknown, areas. Several leaf rust resistance genes are cataloged, and high levels of slow rusting adult plant resistance are available in high yielding CIMMYT wheats. This paper summarizes the importance of leaf rust in the main wheat production areas as reflected by yield losses, the complexity of virulence variation in pathogen populations, the role cultivars with race-specific resistance play in pathogen evolution, and the control measures currently practiced in various regions of the world.

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2011
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