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Objective. The composition and structure of Fitoperifiton the middle and lower basin of the Cesar River and its relationship to the physical and chemical variables were characterized. Materials and methods. Sampling was conducted between February to September 2011. Samples available natural substrates (rocks, sediment and plant debris) were collected, physical and chemical variables in situ and in vivo were measured. Results. 110 Morphospecies classes represented in 9 and 22 orders were found, the Bacillariophyceae had the highest density with 48% (45 species), Cyanophyceae with 35% (18 species), followed by Fragilariophyceae with 7% (9 species), Chlorophyceae 2 % (11 species), Euglenophyceae with 2% (5 species) and Trebouxiophyceae Coscinodiscophyceae with 4% and 1% (respectively 4 and 3 species) and finally with Ulvophyceae 0.00005% (1 species). The most representative Anabaena sp.1 Morphospecies (136.70 Cel/cm2), Oscillatoria Vaucher (129.80 Cel/cm2) and Oscillatoria sp.1 (90.20 Cel/cm2). an analysis of principal components (ACP) where segmentation of some sections of the Cesar River and fitoperifiton was observed to characterize the stations for their peculiarities was made excessive growth of species in areas where they are wastewater discharges high were observed organic matter such as blue-green algae. Conclusions. The Cyanophyceae were negatively associated with oxygen according to the ACC. It was evident that the sector Puente Salguero is characterized by high concentration of organic phosphorus, plus the Fitoperifiton the Cesar River, identified this sector as the most critical point of organic contamination of the system and its influence stations downstream., Objetivo. Se caracterizó la composición y estructura del Fitoperifiton de la cuenca media y baja del río Cesar y su relación con las variables físicas y químicas. Materiales y métodos. Los muestreos se realizaron entre febrero-septiembre de 2011. Se recolectaron muestras de sustratos naturales disponibles (rocas, sedimento y restos vegetales), se midieron variables físicas y químicas In situ e In vivo. Resultados. Se encontraron 110 morfoespecies representadas en 9 clases y 22 órdenes, las Bacillariophyceae presentaron la mayor densidad con un 48% (45 especies), Cyanophyceae con 35% (18 especies), seguida de Fragilariophyceae con 7% (9 especies), Chlorophyceae con 2% (11 especies), Euglenophyceae con 2% (5 especies), Coscinodiscophyceae y Trebouxiophyceae con 4% y 1% (4 y 3 especies respectivamente) y por ultimo Ulvophyceae con 0.00005% (1 especie). Las morfoespecies más representativas Anabaena sp.1 (136.70 Cel/cm2), Oscillatoria vaucher (129.80 Cel/cm2) y Oscillatoria sp.1 (90.20 Cel/cm2). Se realizó un análisis de Componentes Principales (ACP) donde se observó una sectorización de algunos tramos del río Cesar y del fitoperifiton, para caracterizar las estaciones por sus particularidades se observaron crecimiento excesivos de especies en zonas donde se encuentran vertimientos de aguas residuales con alto contenido de materia orgánica como las algas verde-azules. Conclusiones. Las Cyanophyceae se asociaron negativamente con el oxígeno según el ACC. Se evidencio que el sector de Puente Salguero es caracterizado por alta concentración de fósforo orgánico, además el Fitoperifiton del río Cesar, identifico este sector como el punto más crítico de contaminación orgánica del sistema y sus influencia estaciones río abajo.