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Background: Two biotypes of Aberdeen Angus cattle breed, known as Old Type and New Type, that differ in their origin and beef production are formally recognized. In Colombia, this breed has been commercialized for approximately 80 years. Studies on the origin, kinship and levels of genetic diversity of this breed in Colombian herds are scarce, yet important for planning crossing and management strategies. Objective: To measure the genetic diversity and structure of two Colombian herds of Old Type and New Type biotypes of Aberdeen Angus from Huila and Cundinamarca provinces and assess mitochondrial introgression with other breeds. Methods: A set of ten microsatellites and sequences of the Mitochondrial Control Region were characterized. Estimators of genetic diversity and population differentiation along with tests of population assignment were applied. Results: Nuclear loci were highly polymorphic as shown by the Polymorphic Information Content (0.599) and the Probability of Identity (1.896 10-08). Both populations were highly diverse and clearly differentiated into two groups corresponding to the Old Type and New Type phenotypes. In contrast, mitochondrial data failed to distinguish these two groups and showed extensive admixture. Conclusions: This study optimized a set of ten highly polymorphic nuclear markers that may be used for parentage and population genetic studies of Aberdeen Angus. Genetic differentiation in these loci agreed with phenotypic differences of the Old and New Types. However, mitochondrial data indicated ancestry of multiple European breeds in the origin of Colombian Aberdeen Angus. Resumen Antecedentes: Dentro de la raza Aberdeen Angus existen dos biotipos conocidos como Old Type y New Type, las cuales difieren en su origen y producción de carne. En Colombia, esta raza se ha venido comercializando desde hace aproximadamente 80 años. No obstante, aún no se han realizado estudios sobre su origen, parentesco y niveles de diversidad genética de esta raza en hatos colombianos, lo cual es importante para planear estrategias de cruce y manejo. Objetivo: Medir la diversidad y estructura genética de dos hatos colombianos de Aberdeen Angus Old Type y New Type de Huila y Cundinamarca y evaluar la introgresión mitocondrial con otras razas. Métodos: Se caracterizó un grupo de diez loci microsatélite y se secuenció la Región Control Mitocondrial. Se aplicaron estimadores de diversidad genética y diferenciación poblacional, junto con pruebas de asignación poblacional. Resultados: Los loci microsatélite fueron altamente polimórficos, tal como lo indicaron el Contenido de Información Polimórfica (0,599) y la Probabilidad de Identidad (1,896 10-08). Las poblaciones evaluadas de Aberdeen Angus en Colombia fueron altamente diversas y se diferenciaron claramente en dos grupos correspondientes a los fenotipos Old Type y New Type. En contraste, los datos mitocondriales no recobraron estos dos grupos y mostraron una amplia mezcla genética. Conclusiones: Este estudio optimizó un grupo de diez marcadores altamente polimórficos que pueden ser usados para estudios de parentesco y genética poblacional de Aberdeen Angus. La diferenciación genética en loci nucleares concordó con las diferencias fenotípicas entre Old y New Types, pero los datos mitocondriales indicaron ancestría de múltiples razas europeas en el origen del Aberdeen Angus colombiano. Resumo Antecedentes: Dentro da raça Aberdeen Angus há dois biótipos conhecidos como Old Type e New Type, que diferem em sua origem e produção de carne. Na Colômbia, esta raça é comercializada há aproximadamente 80 anos. Entretanto, estudos sobre a origem, o parentesco e os níveis de diversidade genética desta raça em rebanhos colombianos ainda não foram realizados, o que é importante para o planejamento de cruzamentos e estratégias de manejo. Objetivo: Medir a diversidade genética e a estrutura de dois rebanhos colombianos de biótipos de Old Type e New Type de Aberdeen Angus de Huila e Cundinamarca e avaliar a introgressão mitocondrial com outras raças. Métodos: Um grupo de dez loci de microssatélites foi caracterizado e a Região de Controle Mitocondrial foi sequenciada. As estimativas de diversidade genética e diferenciação populacional foram aplicadas, juntamente com testes de designação populacional. Resultados: Os locus microssatélites foram altamente polimórficos, conforme indicado pelo Conteúdo de Infomação Polimórfica (0,599) e Probabilidade de Identidade (1,896 10-08). As populações avaliadas de Aberden Angus na Colômbia eram altamente diversificadas e claramente diferenciadas em dois grupos correspondentes aos fenótipos do Old Type e New Type. Em contraste, os dados mitocondriais não recuperaram esses dois grupos e mostraram um amplo mix genético. Conclusões: Este estudo otimizou um grupo de dez marcadores altamente polimórficos que podem ser usados para estudos genéticos de parentesco e população de Aberdeen Angus. A diferenciação genética nos loci nucleares concordou com as diferenças fenotípicas entre os Old e New Types, mas os dados mitocondriais indicam ancestralidade de várias raças européias na origem do Aberdeen Angus colombiano.

The Amazonian fish Tambaqui (Colossoma macropomum) is the most common native species in Brazil. This species has the highest production rate in the Northern region, especially in the State of Rondônia. The genetic evaluation of Tambaqui is an extremely important to increase productivity in fish farms or improve the adaptability in restocking natural populations. The objective of this study was to evaluate the genetic diversity of three Tambaqui broodstocks in Rondônia, Brazil. Six microsatellite markers were used to analyze a total of 89 breeders collected from three fish farms located in Ji-Paraná (JP), Ouro Preto do Oeste (OP) and Presidente Médici (PM). A total of 37 alleles between 140 and 310 bp were found, including the presence of exclusive and low frequency alleles in the three broodstocks. The average values of observed heterozygosity ranged from 0.404 (PM) to 0.499 (JP). The FIS coefficient values were positive for the three broodstocks, demonstrating a deficit of heterozygotes. The Molecular Variance Analysis (AMOVA) showed greater variation within the stocks than between them. The genetic differentiation was moderate and significant between the stocks, with higher differentiation between JP x PM and lower between OP x PM. The Bayesian analysis designated an optimal value of K = 3 groupings. Although there is moderate genetic diversity between broodstocks, the high FIS indicates a possible decline of diversity in the next generations, and therefore, the incorporation of new breeders is suggested to increase the genetic diversity in the three stocks. O peixe amazônico Tambaqui (Colossoma macropomum) é a espécie nativa mais produzida no Brasil. Esta espécie é a mais criada na região Norte, principalmente no Estado de Rondônia. A avaliação genética de Tambaqui é extremamente importante para aumentar a produtividade nas pisciculturas ou melhorar a adaptabilidade no repovoamento de populações naturais. O objetivo deste estudo foi avaliar a diversidade genética de três estoques de Tambaqui em Rondônia, Brasil. Seis marcadores microssatélites foram utilizados para analisar um total de 89 reprodutores coletados em três pisciculturas localizadas em Ji-Paraná (JP), Ouro Preto do Oeste (OP) e Presidente Médici (PM). Foram encontrados 37 alelos entre 140 e 310 pb, incluindo a presença de alelos exclusivos e de baixa frequência nas três ninhadas. Os valores médios de heterozigosidade observada variaram de 0,404 (PM) a 0,499 (JP). Os valores do coeficiente de FIS foram positivos para as três ninhadas, demonstrando déficit de heterozigotos. A Análise de Variância Molecular (AMOVA) mostrou maior variação dentro dos estoques do que entre eles. A diferenciação genética foi moderada e significativa entre os estoques, com maior diferenciação entre JP x PM e menor entre OP x PM. A análise bayesiana designou um valor ótimo de K = 3 agrupamentos. Embora exista uma diversidade genética moderada entre os filhotes, o alto SIF indica um possível declínio da diversidade nas próximas gerações e, portanto, sugere-se a incorporação de novos criadores para aumentar a diversidade genética nos três estoques.

In this study, we aimed to evaluate the genetic diversity within and among chicken breeds from the northeast region of Brazil (states of Bahia and Piau&iacute, ) using microsatellite markers. In addition, we assessed the identity and genetic relationships of chickens from Europe, Africa, and South America, as well as their influence on the formation of the Brazilian breeds. A total of 25 microsatellite markers and a panel containing 886 samples from 20 breeds (including the Brazilian chickens) were used in this study. Different statistical parameters were used to estimate the genetic diversity and relationship among the genetic groups studied. Our study indicates that the Brazilian Creole chickens have high genetic variability. The results show that chickens reared in the states of Bahia and Piau&iacute, could have originated from different ancestors. The Brazilian breeds studied have an evolutionary relationship with chickens from Portugal, Nigeria, Chile, and Spain. Our results will contribute directly to the conservation and recognition of Brazilian Creole chicken breeds and provide a solid basis for the demonstration of their genetic identity and genetic conservation of American Creole chicken populations.

The expansion of the genetic base of cultivated materials is an ongoing activity of the cupuassu (Theobroma grandiflorum) breeding program. However, the parents involved need to be genotypically and phenotypically characterized to ensure compatibility of crossings, as well as to assist in the selection of more promising individuals for hybridization. This study aimed to identify and select T. grandiflorum clones that are compatible and genetically divergent using tools such as the estimates of genotypic, phenotypic, and combined distances, as well as the compatibility rates among clones. The genetic distance analysis of the clones was performed with 14 heterologous microsatellite primers of cocoa (Theobroma cacao) that amplify the DNA of cupuassu. Phenotypic characterization was based on 14 variables related to fruit production. The joint dissimilarity matrix was obtained by means of the sum of the phenotypic and molecular dissimilarity matrices. The intra- and inter-clonal compatibility was estimated through controlled crossings. A low correlation was noted between the dissimilarity matrices based on the molecular and agronomic data. As for compatibility, all clones were self-incompatible, with different compatibility rates when crossed. The compatibility index was strongly influenced by the degree of relationship of the clones. It was possible to identify and select the most promising sets of cupuassu clones to be used in breeding programs, despite their genetic relationship. RESUMO A ampliação da base genética dos materiais de cultivo é trabalho contínuo do programa de melhoramento genético do cupuaçuzeiro (Theobroma grandiflorum). Há necessidade, entretanto, que os parentais envolvidos estejam caracterizados fenotípica e genotipicamente, para auxiliar na escolha dos indivíduos que serão hibridizados, bem como para garantir os mecanismos de rastreabilidade e proteção das cultivares. Este estudo teve como objetivo identificar e selecionar clones de cupuaçuzeiro inter-compatíveis e geneticamente divergentes, utilizando como ferramentas as distâncias genotípica, fenotípica e combinada mistas, assim como as taxas de compatibilidade entre os clones. Estimativas das distâncias genéticas entre os clones foram realizadas com base em 14 iniciadores microssatélites heterólogos de cacaueiro (Theobroma cacao) que amplificam o DNA do cupuaçuzeiro. Para a caracterização fenotípica foram empregadas 14 variáveis relacionadas à produção de frutos. A matriz de dissimilaridade conjunta foi obtida por meio da soma das matrizes de dissimilaridade fenotípica e molecular. A compatibilidade intra e inter-clonal foi estimada através de cruzamentos controlados. Houve uma baixa correlação entre as matrizes de dissimilaridade com base nos dados moleculares e agronômicos. Quanto à compatibilidade, todos os clones foram auto-incompatíveis, contudo, compatíveis entre si, com diferentes taxas. O índice de compatibilidade foi fortemente influenciado pelo grau de relacionamento dos clones. Foi possível identificar e selecionar os conjuntos de clones de cupuaçuzeiro mais promissores para ser usados em melhoramento genético, apesar da ocorrência de relação genética entre eles.

This research aimed at performing the molecular characterization of commercial Papelillo avocado (Persea americana cv Lorena) cultivars from the municipality of Marsella (Risaralda, Colombia), as well as the physicochemical analysis and antioxidant activity assessment of the pulp and seed. An evaluation of 50 individuals among commercial varieties and possible patterns was performed using 17 microsatellite markers. Proximate analysis of the pulp was performed, and the fatty acid profile of oils, the antioxidant activity by the DPPH and FRAP methods, and the total phenolic content were evaluated. From the cluster analysis, Dice index, and Principal Coordinates Analysis, it became evident that all the individuals showed a tendency to group by populations. In addition, the pulp revealed high fiber contents (4.96–20.64%) and moisture (80.75–82.96%); however, it showed low oil content (5.97–6.56%). The fatty acid found in the highest proportion in seed oil is linoleic acid and that in pulp oil is oleic acid. The antioxidant activity by the DPPH method for seed oil (87.87 to 91.04%) presented a greater inhibition concerning to the pulp oil (20.34% and 24.43%), this same trend was observed by the FRAP method. Concerning the content of total phenols, the seed oil (31.94–76.30 mg GAE g-1) has a higher value than the pulp (30.18–54.30 mg GAE g-1). The set of samples was characterized as a significant source of genetic variability; thanks to the excellent alternatives they provide as rootstocks for commercial varieties such as the ‘Lorena’ cultivars. The chemical classification carried out in this study is of great importance, due to the lack of information about the oil of the ‘Papelillo’ avocado cultivated in different regions of Colombia. Resumo Esta pesquisa teve como objetivo realizar a caracterização molecular de cultivares comerciais de abacate Papelillo (Persea americana cv. Lorena) do município de Marsella (Risaralda, Colômbia); bem como a caracterização físico-química e avaliação da atividade antioxidante da polpa e da semente. Realizou-se uma avaliação de 50 indivíduos entre variedades comerciais e possíveis padrões utilizando 17 marcadores microssatélites. Analisou-se a composição centesimal da polpa e avaliou-se o perfil de ácidos graxos dos óleos, o conteúdo fenólico total e a atividade antioxidante pelos métodos DPPH e FRAP. A partir da análise de cluster, índice de dados e análise de coordenadas principais, tornou-se evidente que todos os indivíduos mostraram uma tendência de agrupar por populações. Além disso, a polpa revelou altos teores de fibras (4.96 a 20.64%) e umidade (80.75 a 82.96%); no entanto, mostrou baixo teor de óleo (5.97-6.56%). O ácido graxo encontrado na maior proporção no óleo de semente é o ácido linoléico e o do óleo de polpa é o ácido oleico. A atividade antioxidante pelo método DPPH que o óleo de semente (87.87 a 91.04%) apresentou maior inibição em relação ao óleo de polpa (20.34% e 24.43%): essa mesma tendência foi observada pelo método FRAP. Com relação ao conteúdo de fenóis totais, o óleo de semente (31.94 a 76.30 mg de GAE g-1) tem um valor mais alto que a polpa (30.18 a 54.30 mg de GAE g-1). O conjunto de amostras foi caracterizado como uma fonte significativa de variabilidade genética, graças às excelentes alternativas que eles fornecem como porta-enxertos para variedades comerciais, como as cultivares ‘Lorena’. A classificação química realizada neste estudo é de grande importância, devido à falta de informações sobre o óleo do abacate ‘Papelillo’ cultivado em diferentes regiões da Colômbia.

Behavioral observations made on fish have revealed remarkably diverse reproductive strategies, including polygamy by both sexes. Still, to date, most Neotropical species remain unstudied as to whether the observed reproductive behavior in natural populations correlates with their genetic mating systems. Here, we investigated the genetic mating system of a wild population of Prochilodus lineatus settled in the Middle Uruguay River basin. By using sibship reconstruction and parental inference methods based on microsatellites? genotypes, we inferred 45 females and 47 males as potential parents of the 87 larvae analyzed. We found evidence supporting polygamous mating in both sexes: while a high percentage of males (44.7%) fertilized the eggs of one female, 55.3% of the inferred males fertilized eggs of up to four females. Likewise, while 44.5% of the inferred females had their eggs fertilized by one only male, 55.5% of females were fertilized by multiple males. The estimated proxy of the effective population size (Nb) was 126, exhibiting moderate to high levels of genetic diversity. The genetic evidence contributed in this study complements earlier behavioral observations of formation of spawning nuclei of aggregating breeders, which may be promoting a polygamous mating strategy in this long-distance migratory fish. Observações do comportamento de peixes neotropicais têm revelado estratégias reprodutivas marcadamente variáveis, incluindo poligamia nos dois sexos. Ainda assim, até então, a correlação entre comportamento reprodutivo observado em populações naturais e sistemas de acasalamento genético permanece pouco explorada para maioria de espécies Neotropicais. Neste estudo investigamos o sistema genético de acasalamento de Prochilodus lineatus em uma população natural estabelecida no Médio rio Uruguai. Utilizando métodos de reconstrução de grupos familiares e inferências parentais baseados em genótipos de microssatélites, inferimos 45 fêmeas e 47 machos como os possíveis parentais das 87 larvas amostradas. Encontramos evidência que permite apoiar a ocorrência de acasalamento poligâmico em ambos os sexos: enquanto uma percentagem alta de machos (44,7%) fertilizou somente uma fêmea, 55,3% dos machos inferidos fertilizaram mais de uma fêmea (até quatro por macho). Da mesma forma, enquanto que 44,5% das fêmeas inferidas tiveram seus ovos fertilizados por apenas um único macho, 55,5% das fêmeas tiveram ovos fertilizados por múltiplos machos. A estimativa do tamanho populacional efetivo (Nb) foi 126, exibindo níveis entre moderados e altos de diversidade genética. A evidência genética que apresentamos nesse estudo complementa observações iniciais da formação de núcleos de desova que podem promover estratégias de acasalamento poligâmico nessa espécie migratória de longa distância. Fil: Ribolli, Josiane. Universidade Federal Da Santa Catarina. Centro de Ciencias Biológicas; Brasil Fil: Miño, Carolina Isabel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas | Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas; Argentina Fil: Scaranto, Bianca Maria Soares. Universidade Federal Da Santa Catarina. Centro de Ciencias Biológicas; Brasil Fil: Reynalte Tataje, David Augusto. Universidade Federal Da Fronteira Sul; Brasil Fil: Zaniboni Filho, Evoy. Universidade Federal Da Santa Catarina. Centro de Ciencias Biológicas; Brasil

In Brazil, cultivars are registered by National Register of Cultivars (RNC), which besides enabling commercialization of cultivar propagative material, also guarantees the producers genetic purity and identity of propagules. However, it is possible that the information about registration and commercialization of some cultivars is inaccurate. This study aims to analyze the use of microsatellite markers to detect inconsistencies in data of Capsicum spp. cultivars obtained from the official database (CultivarWeb). Seven cultivars were evaluated, three of them were through genetic identity analysis (Amarela Comprida, De Cayenne and Cayenne Long Slin) and the others were used as standard for the species C. annuum, C. frutescens and C. chinense. Thirty-three microsatellite loci were polymorphic and presented 76 alleles (an average of 2.3 alleles/locus). Fixation Index (F) showed high homozygosis and estimators of genetic diversity (Ho and I) presented low genetic diversity among cultivars. The molecular analysis, represented in a dendrogram and in Principal Coordinate Analysis Chart (PCOA), showed that the investigated cultivars belong to C. annuum, contrary to what is registered in CultivarWeb, which indicates that such cultivars belong to the species C. frutescens. Thus, the authors recommend that the data in the CultivarWeb should be checked and enhanced. RESUMO No Brasil, o registro de cultivares é feito com cadastramento no Registro Nacional de Cultivares (RNC), o qual, além de habilitar a comercialização do material propagativo da cultivar, garante ao produtor pureza e identidade genética dos propágulos. Mas, é possível que as informações fornecidas para o registro e comercialização das cultivares estejam imprecisas. Este trabalho relata o uso de marcadores microssatélites na detecção de inconsistências nos dados de cultivares de Capsicum spp. no banco de dados oficial (CultivarWeb). Sete cultivares foram avaliadas, sendo três em análise de identidade genética (Amarela Comprida, De Cayenne e Cayenne Long Slin) e as demais foram referência para as espécies C. annuum, C. frutescens e C. chinense. Trinta e três locos microssatélites foram polimórficos e apresentaram 76 alelos (média de 2,3 alelos/loco). O Índice de Fixação (F) apontou alta homozigose e os estimadores de diversidade genética (Ho e I) revelaram baixa diversidade genética entre as cultivares. A análise molecular, representada no dendrograma e no gráfico da Análise de Coordenadas Principais (PCOA), mostrou que as cultivares investigadas são da espécie C. annuum, ao contrário do que consta registrado no CultivarWeb, que informa a espécie das referidas cultivares como C. frutescens. Recomenda-se, portanto, que a checagem dos dados inseridos no CultivarWeb seja aprimorada.

Background: Piracanjuba (Brycon orbignyanus) is a fish species highly affected by anthropogenic actions such as overfishing, water pollution, and hydroelectric developments. This species is currently considered in danger of extinction. Objective: To analyze the genetic diversity of a natural population (NP) and two captive broodstocks (SA and SB) of B. orbignyanus. Methods: Samples of caudal fins (NP: 24, SA: 30, and SB: 30) were collected. DNA was extracted and amplified for six RAPD primers and four microsatellite loci. Results: Sixty polymorphic fragments and 17 microsatellite alleles were detected. High intrapopulation heterozygosity (NP: 0.692, SA: 0.724, and SB: 0.686) was observed. Thirty-eight fragments and six alleles were shared among NP, SA, and SB. The FIS and Shannon’s Index of diversity revealed a lack of inbreeding within groups. AMOVA analyses and FST indicated very high (NP vs SA and SB) and small (SA vs SB) genetic differentiation, confirmed by genetic distance and identity, number of migrants and a dendrogram, which revealed the formation of two genetic groups. Conclusions: The two marker types showed similar variability. The groups have adequate genetic variability, with high differentiation between NP and SA–SB, and similarity between broodstocks.Key words: aquaculture, Brycon orbignyanus, genetic conservation, microsatellites, RAPD. ResumenAntecedentes: Piracanjuba (Brycon orbignyanus) es una especie de pez fuertemente impactada por acciones antrópicas como sobrepesca, contaminación del agua y proyectos hidroeléctricos. Esta especie está considerada en peligro de extinción. Objetivo: Analizar la diversidad genética de una población natural (NP) y de dos lotes de reproductores (SA y SB) de B. orbignyanus en cautiverio. Métodos: Se colectaron 84 muestras de aleta caudal (NP: 24, SA: 30 y SB: 30). El ADN fue extraído y amplificado para seis cebadores RAPD y cuatro loci microsatélites. Resultados: Se obtuvieron 60 fragmentos polimórficos y 17 alelos microsatélites. Se observó alta heterocigosidad intra-poblacional (NP: 0,692; SA: 0,724 y SB: 0,686). Treinta y ocho fragmentos y seis alelos fueron compartidos entre NP, SA y SB. Los valores de FIS e índice de Shannon mostraron ausencia de endogamia entre los grupos. Los análisis de ANOVA y FST indicaron alta (NP vs SA y SB) y pequeña (SA vs SB) diferenciación genética; resultados confirmados por la distancia e identidad genética, número de migrantes y dendograma, evidenciando la formación de dos grupos genéticos. Conclusiones: Los grupos poseen adecuada variabilidad genética, con alta diferenciación entre NP vs SA-SB y similitud entre los lotes de reproductores.Palabras clave: acuicultura, Brycon orbignyanus, conservación genética, microsatélites, RAPD. Resumo Antecedentes: Piracanjuba (Brycon orbignyanus) é uma espécie peixe fortemente impactada por ações antrópicas como sobrepesca, poluição e construção de hidrelétricas. Atualmente, essa espécie engloba a lista de peixes que correm perigo de extinção. Objetivo: Analisar a diversidade genética de uma população natural (NP) e de dois estoques de reprodutores em cativeiro (SA e SB) de B. orbignyanus. Métodos: Foram coletadas amostras de nadadeira caudal de 84 indivíduos (NP: 24, SA: 30 e SB: 30). O DNA foi extraido e amplificado para seis primers RAPD e quatro loci microssatélites. Resultados: Foram obtidos 60 fragmentos polimórficos e 17 alelos microssatélites. Foi observada uma alta heterozigosidade intra-populacional (NP: 0,692; SA: 0,724 e SB: 0,686). Trinta e oito fragmentos e seis alelos foram compartilhados entre NP, SA e SB. Os valores de FIS e índice de Shannon demonstraram ausência de endogamia entre os grupos. As análises de AMOVA e FST indicaram alta (NP vs SA e SB) e pequena (SA vs SB) diferenciação genética, resultados confirmados pela distância e identidade genética, número de migrantes e dendrograma, que evidenciaram a formação de dois grupamentos genéticos. Conclusões: Os grupos possuem adequada variabilidade genética, com alta diferenciação entre NP e SA-SB e similaridade entre os estoques de reprodutores.Palabras-chaves: aquicultura, Brycon orbignyanus, conservação genética, microssatélites, RAPD.

Resumo O objetivo deste trabalho foi caracterizar geneticamente e avaliar a estrutura populacional de galinhas crioulas Canela-Preta de três plantéis pertencentes aos municípios de Teresina, Oeiras e Queimada Nova, no Estado do Piauí. Utilizaram-se 12 marcadores microssatélites e amostras de DNA de 118 galinhas. Após a extração do DNA, os marcadores microssatélites foram amplificados por meio da técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR). Efetuaram-se análises estatísticas da estimativa de heterozigosidades observada e esperada, análise de variância molecular, análise de componentes principais, estatística F de Wright e análise de estrutura populacional com base em análise bayesiana. As análises de diferenciação genética (Amova) sugerem baixa diferenciação entre os núcleos avaliados, o que indica se tratar geneticamente de um único grupo. Os resultados da estatística F indicaram tendência de endogamia dos plantéis estudados. O gráfico de dispersão e análise bayesiana, usado para mostrar a estrutura das aves Canela-Preta, sugeriu a existência de quatro grupos genéticos e revela que há fluxo gênico entre os plantéis analisados. Os marcadores moleculares microssatélites avaliados apresentam-se polimórficos, o que mostra alta variação nas amostras e revela sua eficiência no estudo de caracterização. Os resultados são indicativos de que as galinhas Canela-Preta estão geneticamente estruturadas. Abstract The objective of this work was to genetically characterize and evaluate the population structure of Canela-Preta creole chicken of three breeding stocks belonging to the municipalities of Teresina, Oeiras and Queimada Nova, in the state of Piauí, Brazil. Twelve microsatellite markers and DNA samples from 118 chickens were used. After DNA extraction, the microsatellite markers were amplified by polymerase chain reaction (PCR). Statistical analyses of the observed and expected heterozygosity estimates, analysis of molecular variance, principal components analysis, Wright's F-statistics, and analysis of population structure based on Bayesian analysis were performed. The analyses of genetic differentiation (using Amova) suggested low differentiation between the evaluated nucleuses, indicating this group as genetically unique. The results of the F-statistics indicated endogamy trend of the breeding stocks studied. Scatter plot and Bayesian analysis, used to show the structure of Canela-Preta birds, suggested the existence of four genetic groups and revealed that there is gene flow between the breeding stocks analysed. The evaluated microsatellite molecular markers showed to be polymorphic, which shows high variation in the samples and reveals their effectiveness in the study of characterization. The results indicate that Canela-Preta chickens are genetically structured.

O objetivo deste estudo foi avaliar o sistema de fecundação e a distribuição da variabilidade molecular entre e dentro de três grupos de progênies de polinização aberta de Euterpe oleracea, além de realizar um teste de paternidade para identificação dos genitores masculinos e promover a certificação genética das plântulas bífolioladas. Para tal, foram utilizados seis loci microssatélites em 306 amostras. Os grupos de progênies são resultado de um sistema misto de fecundação, com ausência de cruzamentos entre aparentados, sendo alógamos (tm e ts = 1,0), com correlação de autofecundação (rt) igual a 0,110. Foram constatados diferentes graus de parentescos (rp), entre 15,5 a 26,1% de irmãos completos. A paternidade foi atribuída para 51% e 24% das amostras, com 80 e 95% de confiança respectivamente. Foram identificados 22 doadores de pólen e uma autofecundação, verificou-se que o morfotipo bífoliolado não é garantia de cruzamento intraespecifico, já que quatro progênies foram identificadas como híbridos interespecíficos. Foram detectados em média 7 a 12,3 alelos por locus e uma heterozigosidade média observada entre 0,382 a 0,898 e a esperada entre 0,354 a 0,693. O índice de fixação foi entre -0,053 a -0,319. A variação entre os grupos foi de 5%, sendo 95% dentro deles. Os resultados indicam boas perspectivas para realização de trabalhos futuros relacionados à predição de ganhos genéticos a partir da seleção entre e dentro dos grupos de progênies., The objectives of this study were to analyze the mating system and the distribution of molecular variability among and within three groups of open pollinated progenies of Euterpe oleracea, in addition to performing a paternity test to identify the male parents and to further the genetic certification of the bifoliolate seedlings. With this purpose, we applied six microsatellite loci markers to 306 samples. The progeny groups are the result of a mixed breeding system, with no crosses between relatives, with allogamy (tm and ts = 1), and self-fertilization correlation (rt) of 0.110. Different degrees of kinship were found (rp), with complete siblings between 15.5 a 26,1%. Paternity was assigned to 51% and 24% of the samples with 80 % and 95% confidence, respectively. Twenty-two pollen donors and one self-fertilization were identified. We also found that the bifoliolate morphotype does not assure the occurrence of intraspecific crosses, since four progenies were identified as interspecific hybrids. A mean from 7 a 12.3 to alleles per locus was detected. The average heterozygosity was observed between 0.382 and 0.898 and the expected heterozygosity between 0.354 and 0.693. The fixation index was estimated between -0.053 and - 0.319. The variation between groups was 5% and within groups was 95%. The results indicate good prospects for future work related to the prediction of genetic gains from the selection among and within the progeny groups., Facultad de Ciencias Agrarias y Forestales

RESUMO A cultura do tabaco tem enfrentado crescentes problemas com doenças nas lavouras do sul do Brasil nos últimos anos. Dentre elas, o mofo branco, causada por Sclerotinia sclerotiorum, tem se destacado. O perfil genético do patógeno ou de seus níveis de agressividade, assim como de resistência em genótipos de tabaco, são ainda escassos. Assim, avaliou-se o perfil genético de 33 isolados de S. sclerotiorum de diferentes municípios dos estados do Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná e São Paulo, e da agressividade de 10 isolados em cinco genótipos de tabaco. A agressividade foi testada em casa de vegetação, inoculando-se micélio do fungo em hastes de plantas de tabaco mediante perfuração com palito de dente estéril. O perfil genético dos 33 isolados foi avaliado pela técnica de microssatélites. Isolados do fungo e genótipos de tabaco apresentaram diferentes perfis de agressividade e resistência, respectivamente. Foram detectados 114 alelos com média de 11 alelos por locus e clones não foram observados. Alguns marcadores apresentaram alelo nulo em alguns genótipos, em especial o marcador 99, o qual foi nulo em 14 isolados. Alelos exclusivos foram observados para 61% dos isolados. A análise da informação do conteúdo de polimorfismo (PIC) foi altamente informativa para todos os marcadores. Os isolados provenientes de diferentes Estados do Sul do Brasil não formaram grupos distintos, indicando que o local não foi um fator determinante da variabilidade. A análise de Cluster indicou que as populações menores, originárias do Paraná e Rio Grande do Sul não diferem geneticamente da população maior de Santa Catarina. ABSTRACT Tobacco has faced rising problems due to diseases in Southern Brazil in recent years. Among the main diseases, the white mold caused by Sclerotinia sclerotiorum has significant impact. Information about the genetic profile of the pathogen, its level of aggressiveness, as well as the resistance of tobacco genotypes is still scarce. Therefore, in this study, we evaluated the genetic profile of 33 isolates of S. sclerotiorum from different places in the states of Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná and São Paulo, and the aggressiveness of 10 isolates in five tobacco genotypes. Aggressiveness was tested by inoculating fungus celium on stalks of tobacco plants in a greenhouse. The genetic profile of the 33 isolates was assessed by microsatellite technique. Fungus isolates and tobacco genotypes showed different profiles of aggressiveness and resistance, respectively. A total of 114 alleles were detected with an average of 11 alleles per locus and no clones were observed. Some markers showed null allele in some genotypes, particularly marker 99, which was null in 14 isolates. Unique alleles were found for 61% of the isolates. The analysis of polymorphism information content (PIC) was highly informative for all markers. Isolates from different States of Southern Brazil did not form distinct groups, indicating that the origin site was not a determining factor of variability. The Cluster analysis indicated that smaller populations from Paraná and Rio Grande do Sul do not differ genetically from the larger population from Santa Catarina.

Made available in DSpace on 2018-11-26T16:16:58Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-01-01. Added 1 bitstream(s) on 2019-10-09T18:25:39Z : No. of bitstreams: 1 S1415-47572015000300338.pdf: 1342078 bytes, checksum: 665099dc2e21b1b8750ea6ed59a6c4e4 (MD5) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) The complete mitochondrial genome of the brown brocket deer Mazama gouazoubira and a set of polymorphic microsatellite markers were identified by 454-pyrosequencing. De novo genome assembly recovered 98% of the mitochondrial genome with a mean coverage of 9-fold. The mitogenome consisted of 16,356 base pairs that included 13 protein-coding genes, two ribosomal subunit genes, 22 transfer RNAs and the control region, as found in other deer. The genetic divergence between the mitogenome described here and a previously published report was similar to 0.5%, with the control region and ND5 gene showing the highest intraspecific variation. Seven polymorphic loci were characterized using 15 unrelated individuals; there was moderate genetic variation across most loci (mean of 5.6 alleles/locus, mean expected heterozygosity = 0.70), with only one locus deviating significantly from Hardy-Weinberg equilibrium, probably because of null alleles. Marker independence was confirmed with tests for linkage disequilibrium. The genetic variation of the mitogenome and characterization of microsatellite markers will provide useful tools for assessing the phylogeography and population genetic patterns in M. gouazoubira, particularly in the context of habitat fragmentation in South America. Univ Brasilia, Dept Genet & Morfol, Inst Ciencias Biol, BR-70910900 Brasilia, DF, Brazil Univ Estadual Paulista, Dept Zootecnia, Nucleo Pesquisa & Conservacao Cervideos, Jaboticabal, SP, Brazil Univ Estadual Paulista, Dept Zootecnia, Nucleo Pesquisa & Conservacao Cervideos, Jaboticabal, SP, Brazil FAPESP: 2010/50748-3 CNPq: 305419/2014-5

This study analyzed the reproductive system and the pollen dispersion pattern of Qualea grandiflora progenies. This is a typical species from the Brazilian Cerrado about which there are not too many studies from the genetics point of view. The study was conducted in an area of 2.2 hectares located in the Conservation Unit managed by the Forest Institute of the state of São Paulo, Brazil (Assis State Forest). Total genomic DNA of 300 seeds from 25 plants (12 seeds from each plant) was extracted and amplified using specific primers to obtain microsatellite markers. Results showed that selfing is frequent among adults and progenies, and the species reproduces by outcrossing between related and unrelated individuals (0.913). The single-locus outcrossing rate was 0.632, which indicates that mating between unrelated individuals is more frequent than between related plants. The selfing rate was low (0.087), that is, the species is allogamous and self-fertilization is reduced. About 35% of the plants in the progenies were full-sibs, and about 57%, half-sibs. Besides, about 8% of the progenies were selfing siblings. The genetic differentiation coefficient within progenies was 0.139, whereas the fixation rate was about 27%. The estimate of the effective size revealed that the genetic representativeness of descent was lower than expected in random mating progenies: The analyzed samples corresponded to only 13.2 individuals of an ideal panmictic population. In environmental recovery programs, seeds, preferably from different fruits, should be collected from 95 trees to preserve the genetic diversity of the species.

The objective of this work was to assess the genetic diversity and population structure of wheat genotypes, to detect significant and stable genetic associations, as well as to evaluate the efficiency of statistical models to identify chromosome regions responsible for the expression of spike-related traits. Eight important spike characteristics were measured during five growing seasons in Serbia. A set of 30 microsatellite markers positioned near important agronomic loci was used to evaluate genetic diversity, resulting in a total of 349 alleles. The marker-trait associations were analyzed using the general linear and mixed linear models. The results obtained for number of allelic variants per locus (11.5), average polymorphic information content value (0.68), and average gene diversity (0.722) showed that the exceptional level of polymorphism in the genotypes is the main requirement for association studies. The population structure estimated by model-based clustering distributed the genotypes into six subpopulations according to log probability of data. Significant and stable associations were detected on chromosomes 1B, 2A, 2B, 2D, and 6D, which explained from 4.7 to 40.7% of total phenotypic variations. The general linear model identified a significantly larger number of marker-trait associations (192) than the mixed linear model (76). The mixed linear model identified nine markers associated to six traits. O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade genética e a estrutura de população de genótipos de trigo, para detectar associações genéticas significativas e estáveis, bem como avaliar a eficácia de modelos estatísticos para identificar as regiões cromossômicas responsáveis pela expressão de características da espiga. Foram determinadas oito importantes características durante cinco safras agrícolas na Sérvia. Uma série de 30 marcadores microssatélites, localizados próximos a locos agronomicamente importantes, foi utilizada para avaliação da diversidade genética, o que resultou num total de 349 alelos. As associações marcador-características foram analisadas com uso dos modelos linear generalizado e linear misto. Os resultados obtidos para número de variantes alélicas por loco (11,5), valor médio de conteúdo de informação polimórfica (0,68) e diversidade genética média (0,722) mostraram que o nível excepcional de polimorfismo nos genótipos é o principal requerimento para estudos de associação. A estrutura da população estimada pelo agrupamento com base no modelo distribuiu os genótipos em seis subpopulações, de acordo com o log da probabilidade dos dados. Associações significativas e estáveis foram detectadas nos cromossomos 1B, 2A, 2B, 2D e 6D, que explicaram de 4,7 a 40,7% do total das variações fenotípicas. O modelo linear generalizado revelou número significativamente maior de associações marcador-características (192) do que o modelo linear misto (76). O modelo linear misto identificou nove marcadores associados a seis características.

The objective of this work was to evaluate the genetic diversity of nine maize races (Zea mays ssp. mays) from Northwestern Mexico and one population of teosinte of the Balsas race (Zea mays ssp. parviglumis). A total of 649 alleles were identified, with an average of 20.9 alleles per locus using 31 microsatellite loci; 84.3% of them were polymorphic loci with a 0.49 expected heterozygosity. Graphic representation of principal coordinate analysis (PCoA) showed broad variation and population distribution. The highest probabilistic value obtained with the ΔK criterion confirmed the existence of five population groups clustered by the Bayesian model. This grouping coincided with the population distribution observed in the PCoA graph. Maize races examined retain broad genetic diversity among and within the evaluated populations. Resumo: O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade genética de nove raças de milho (Zea mays ssp. mays) do Noroeste do México e uma população de teosinto da raça Balsas (Zea mays ssp. parviglumis). Foram identificados 649 alelos, uma média de 20,9 alelos por locus, utilizando 31 loci microssatélites. Desses, 84,3% eram polimórficos e apresentaram heterozigosidade esperada de 0,49. A representação gráfica da análise de fatores principais (PCoA) mostrou ampla variação e distribuição populacional. O maior valor probabilístico obtido com o critério ΔK confirmou a existência dos cinco grupos populacionais agrupados com o modelo bayesiano. Esse agrupamento coincide com a distribuição populacional observada no gráfico PCoA. As raças de milho examinadas apresentam ampla diversidade genética entre e dentro das populações avaliadas.

Made available in DSpace on 2018-12-11T17:35:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2017-10-01. Added 1 bitstream(s) on 2021-07-15T15:04:25Z : No. of bitstreams: 1 S1415-47572017000500774.pdf: 977503 bytes, checksum: 1dc9207855ab8173e7b740255fa226cb (MD5) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) The pampas deer (Ozotoceros bezoarticus) is close to being classified as globally threatened’, with the largest population occurring in the Brazilian Pantanal. Since capture is stressful to these animals, non-invasive sampling methods such as the use of feces can provide reliable sources of DNA. The aim of this study was to use fecal samples to evaluate the genetic variability of the Brazilian Pantanal population of pampas deer. Six heterologous microsatellite markers were used to screen 142 stool specimens. Seventy-four deer were identified, of which 50 adults were used to determine the genetic characteristics of the population. The Pantanal population showed high genetic diversity (mean number of alleles per locus = 11.5, expected heterozygosity = 0.75). This is the first investigation to characterize a South American deer species using fecal DNA and demonstrates the usefulness and efficiency of this approach, as well as the feasibility of obtaining information that could not have been easily obtained by traditional DNA sampling. Our findings suggest that management strategies for this species may be much more effective if applied now when the population still shows high genetic variability. Núcleo de Pesquisa e Conservação de Cervídeos Departamento de Zootecnia Universidade Estadual Paulista “Júlio de Mesquita Filho” (UNESP) Departamento de Genética e Morfologia Instituto de Ciências Biológicas Universidade de Brasília Centro de Pesquisas Agropecuárias do Pantanal (CPAP), Embrapa Núcleo de Pesquisa e Conservação de Cervídeos Departamento de Zootecnia Universidade Estadual Paulista “Júlio de Mesquita Filho” (UNESP) FAPESP: 2009/04253-5

In this work, 25,806 potentially amplifiable microsatellite loci (PAL) were identified in pejerrey, (Odontesthes humensis), with 21% of dinucleotide, 22% trinucleotide, 37% tetranucleotide, 13% pentanucleotide and 7% hexanucleotide. Of the total loci, 167 were classified as "Best PAL", more likely to be variables in populations. The results show that with a small coverage of the genome it was possible to identify a large number of microsatellite loci.

The loss of large areas of Cerrado (Brazilian savanna) in Brazil can lead to reduced biodiversity and to the extinction of species. Therefore, the present study aimed to investigate the genetic fragility of populations of Copaifera langsdorffii Desf exposed to different anthropic conditions in fragments of Cerrado in the state of São Paulo. The study was carried out in two Experimental Stations operated by the Forest Institute (Assis and Itirapina), in one fully protected conservation unit (Pedregulho) and in one private property (Brotas). Analyses were conducted using leaf samples from 353 adult specimens and eight pairs of microsatellite loci. The number of alleles per locus ranged from 13 to 15 in all populations, but the mean number of effective alleles was approximately half this value (7.2 to 9-1). Observed heterozygosity was significant and lower than the expected in all populations. Consequently, all populations deviated from Hardy-Weinberg expected frequencies. Fixation indexes were significant for all populations, with the Pedregulho population having the lowest value (0.189) and Itirapina having the highest (0.283). The analysis of spatial genetic structure detected family structures at distance classes of 20 to 65 m in the populations studied. No clones were detected in the populations. Estimates of effective population size were low, but the area occupied by each population studied was large enough for conservation, medium and long term. Recent reductions or bottlenecks were detected in all four populations. Mean Gst’ (genetic divergence) indicated that most of the variation was within populations. Cluster structure analysis based on the genotypes detected K= 4 clusters with distinct allele frequencies patterns. The genetic differentiation observed among populations is consistent with the hypothesis of genetic and geographic isolation. Therefore, it is essential to adopt conservation strategies that raise the gene flow between fragments. Considerando que a perda de grandes áreas de Cerrado no Brasil pode levar à diminuição da biodiversidade e, mesmo, à extinção de espécies, questiona-se a fragilidade genética de populações de Copaifera langsdorffii Desf. expostas a diferentes condições antrópicas em fragmentos de Cerrado do Estado de São Paulo. Foram consideradas duas áreas em Estações Experimentais do Instituto Florestal (Assis e Itirapina), uma área em unidade de conservação de proteção integral (Pedregulho) e outra área de propriedade particular (Brotas). As análises foram realizadas com amostras foliares de 353 indivíduos adultos e oito pares de locos microssatélites. O número de alelos por loco variou de 13 a 15 em todas as populações, porém o número médio de alelos efetivos foi aproximadamente a metade desse valor (7,2 a 9-1). As estimativas de heterozigosidade observada foram significativas e ficaram abaixo dos valores esperados em todas as populações. Consequentemente, as populações não aderem às frequências esperadas para o Equilíbrio de Hardy-Weinberg. O índice de fixação obteve valores significativos em todas as populações; o menor valor foi da população de Pedregulho (0,189) e o maior, da população de Itirapina (0,283). As análises de estrutura genética espacial indicaram a formação de estrutura familiar entre 20 e 65 m nas populações. Não foi detectada a presença de clones. As estimativas de tamanho efetivo populacional foram baixas, no entanto as populações possuem área mínima viável para conservação no curto e médio prazos. Foram identificadas reduções recentes ou efeito de gargalo nas quatro populações. As análises de divergência genética (Gst’) indicaram que a maior parte da divergência se encontrava dentro das populações. A análise de estrutura de grupos com base nos genótipos resultou em K = quatro grupos, com padrões de frequências alélicas distintas. A diferenciação genética observada entre as populações é consistente com a hipótese de seu isolamento genético e geográfico. Portanto, é imprescindível a adoção de estratégias de conservação que aumentam o fluxo gênico entre os fragmentos.

Machaerium villosum is an important tree species from Southeastern Brazil. We report hereby 10 new microsatellite markers to investigate the structure and genetic diversity of this species. Ninety-seven alleles were detected in 60 specimens from a natural population in Minas Gerais State. High genetic diversity has been found. The mean observed and expected heterozygosities were 0.771 and 0.802, respectively. One locus showed significant Hardy-Weinberg departure and five loci combinations showed significant linkage disequilibrium. These 10 new microsatellite loci will be used to evaluate the genetic diversity of this species in order to understand the fragmentation effects of the Brazilian Atlantic Rain Forest.

In recent years, anthropogenic factors such as pollution, overfishing, and construction of hydroelectric plants have significantly impacted natural fish populations. Research focusing on genetically evaluation of these impacts is necessary to objectively target conservation programs. The aim of this study was to evaluate the genetic diversity of Curimba (Prochilodus lineatus), Pacu (Piaractus mesopotamicus), and Piracanjuba (Brycon orbignyanus) populations from the Água Vermelha Reservoir, Rio Grande-SP. Microsatellite loci were amplified, producing 56, 24, and 26 alleles for the populations of the three species, respectively. The number of alleles per locus ranged from three to ten for P. lineatus, two to five for P. mesopotamicus, and two to four for B. orbignyanus. The observed heterozygosity (Ho) was higher in the P. lineatus population (0.547), relative to the P. mesopotamicus and B. orbignyanus populations (0.473 and 0.527, respectively). The mean values of Ho were lower than the average expected heterozygosity (He) in the three species, being corroborated by the positive inbreeding coefficient (Fis). Deviations from the Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) were found in five, three, and two loci for P. lineatus, P. mesopotamicus, and B. orbignyanus, respectively. Wilcoxon tests revealed recent bottlenecks in the three species, evidenced by a significant excess of heterozygotes (p < 0.05) detected only in the Infinite Allele Model (IAM). In conclusion, adequate genetic variability was observed in the three populations with the presence of heterozygous deficits. Nos últimos anos, fatores antrópicos como poluição, sobrepesca e construção de hidrelétricas têm impactado significativamente as populações naturais de peixes. Pesquisas que permitam avaliar geneticamente esse impacto são necessárias para orientar objetivamente programas de conservação. O objetivo do presente estudo foi avaliar a diversidade genética de populações de Curimba (Prochilodus lineatus), Pacu (Piaractus mesopotamicus) e Piracanjuba (Brycon orbignyanus) provenientes do reservatório de Água Vermelha, Rio Grande-SP. Foram amplificados loci microssatélites que produziram 56, 24 e 26 alelos para as populações das três espécies, respectivamente. O número de alelos por locus variou de três a dez para P. lineatus, dois a cinco para P. mesopotamicus e dois a quatro para B. orbignianus. A heterozigosidade observada (Ho) foi mais elevada na população de P. lineatus (0,547) em relação às populações de P. mesopotamicus e B. orbignyanus (0,473 e 0,527, respectivamente). A média dos valores de Ho foram inferiores à média de He nas três espécies sendo corroborado pelo Fis positivo observado. Foi encontrado desvio do equilíbrio de Hardy-Weinberg (HWE) em cinco loci para P. lineatus, três loci para P. mesopotamicus e dois em B. orbignyanus. A análise de bottleneck revelou excesso de heterozigotos (p < 0,05) pelo teste de Wilcoxon nas três espécies apenas no modelo Infinite Allele Model (IAM). Foi observada adequada variabilidade genética nas três populações com a presença de déficit de heterozigotos.

Este trabalho objetivou caracterizar acessos de C. canephora oriundos de cultivos comerciais e bancos de germoplasma brasileiros. Um total de 130 acessos das coleções do IAC (São Paulo), UFV (Minas Gerais) e coletados em plantios comerciais no Espírito Santo e Rondônia foram genotipados com 20 novos microssatélites. Métodos multivariados foram utilizados para estimar a relação entre os acessos. Foi observado alto nível de polimorfismo e dois grupos foram identificados: o primeiro foi constituído pelos genótipos conservados nas coleções de germoplasma do IAC e UFV e o segundo foi composto pelos acessos coletados em plantios comerciais. Os acessos do Espírito Santo e de Rondônia formaram dois subgrupos distintos. Apesar do grande polimorfismo encontrado nas lavouras brasileiras de café canéfora, incrementar essa diversidade é necessário, pois um novo limiar de ganhos genéticos é esperado nos programas de melhoramento com a intensificação do uso do germoplasma conservado. This work aimed to characterize accessions that represent the C. canephora germplasm conserved and cultivated in Brazil. A total of 130 accessions from germplasm banks of IAC (São Paulo), UFV (Minas Gerais) and also collected in plantations of the State of Espírito Santo and Rondônia were evaluated with a set of 20 new microsatellite primers. Multivariate methods were used to estimate the relationship among the accessions. High level of polymorphism and two major diversity clusters were identified. First cluster was composed by the accessions conserved in the IAC and UFV collections and the second was formed by accessions collected in areas under cultivation. Accessions from Espírito Santo and Rondônia were clear separated, composing two subclusters. Despite the great polymorphism found in Brazilian plantations, the diversity may be increased, because a new threshold in the genetic gains is expected on breeding programs with the intensification of the use of conserved germplasm.

The objective of this work was to characterize morphologically and molecularly the genetic diversity of cassava accessions, collected from different regions in Brazil. A descriptive analysis was made for 12 morphological traits in 419 accessions. Data was transformed into binary data for cluster analysis and analysis of molecular variance. A higher proportion of white or cream (71%) root cortex color was found, while flesh colors were predominantly white (49%) and cream (42%). Four accession groups were classified by the cluster analysis, but they were not grouped according to their origin, which indicates that diversity is not structured in space. The variation was greater within regions (95.6%). Sixty genotypes were also evaluated using 14 polymorphic microsatellite markers. Molecular results corroborated the morphological ones, showing the same random distribution of genotypes, with no grouping according to origin. Diversity indices were high for each region, and a greater diversity was found within regions, with: a mean number of alleles per locus of 3.530; observed and expected heterozygosity of 0.499 and 0.642, respectively; and Shannon index of 1.03. The absence of spatial structure among cassava genotypes according to their origins shows the anthropic influence in the distribution and movement of germplasm, both within and among regions. O objetivo deste trabalho foi caracterizar, morfológica e molecularmente, a diversidade genética de acessos de mandioca de diferentes regiões do Brasil. Realizou-se a análise descritiva de 12 características morfológicas em 419 acessos. Os dados foram transformados em dados binários para análise de agrupamento e análise de variância molecular. Observou-se maior proporção (71%) de cor branca ou creme do córtex da raiz, enquanto as cores da polpa foram predominantemente branca (49%) e creme (42%). Quatro grupos de acessos foram classificados pela análise de agrupamento, mas não foram agrupados de acordo com sua origem, o que indica que a diversidade não está estruturada no espaço. A maior parte da variação ocorreu dentro das populações (95,6%). Sessenta genótipos também foram avaliados com o uso de 14 marcadores microssatélites polimórficos. Os resultados moleculares corroboraram os morfológicos e mostraram a mesma distribuição aleatória dos genótipos, com ausência de agrupamento quanto ao local de origem. Os índices de diversidade foram elevados para cada região e a maior parte da diversidade foi observada dentro de regiões, com: número médio de alelos por loco de 3,530; heterozigosidade média observada de 0,499 e esperada de 0,642; e índice de Shannon de 1,03. A ausência de estrutura espacial entre os genótipos de mandioca de acordo com suas origens mostra a influência antrópica na distribuição e movimentação de germoplasma, tanto entre como dentro de regiões.

The macaw palm, Acrocomia aculeata (Jacq.) Lodd. ex Mart., is a Brazilian native species with great potential for biofuel production. The aim of this work was to analyze macaw palm genetic diversity to structure and assist in the definition of sampling strategies for germplasm banks. Forty-six microsatellite markers, from which seven polymorphic markers were used to evaluate 103 macaw palm individuals collected from different Brazilian locations. The polymorphic markers were used to generate a dissimilarity matrix by weighted index. The imaging of genetic variability was realized by 3D projection of matrix dissimilarity. Sixty-seven individuals had their ITS region sequenced and aligned, and the mutations found were used to generate a haplotype network. The average genetic distance identified between individuals was 76.2%, ranging from 3.7 to 100%. Genetic variability structure was not found. ITS region sequencing of the 67 individuals revealed four polymorphic sites, defining four haplotypes. The results of this study suggest that historically, macaw populations were strongly connected, indicating a recent population expansion of the species. The results indicate that macaw genetic variety sampling should focus on effective collection in selected locations. Areas such as Caatinga and Humid Chaco however, could present new sources of genetic variability, and should be studied. RESUMO A macaúba, Acrocomia aculeata (Jacq.) Lodd. ex Mart.), é uma das espécies nativas brasileiras com maior potencial para a produção de biocombustíveis. O objetivo deste trabalho foi analisar a diversidade e estruturação genética de macaúba para auxiliar na definição de estratégias de amostragem para bancos de germoplasma. Quarenta e seis marcadores microssatélites, dos quais sete marcadores polimórficos foram utilizados para avaliar 103 indivíduos de macaúba coletados em diferentes regiões do Brasil. Os marcadores polimórficos foram utilizados para gerar uma matriz de dissimilaridade pelo índice ponderado. A visualização da variabilidade genética foi realizada através de uma projeção 3D da matriz de dissimilaridade. Sessenta e sete destes indivíduos tiveram sua região ITS sequenciada e alinhada, e as mutações encontradas foram utilizadas para gerar uma rede de haplótipos. A distância genética média identificada entre os indivíduos foi de 76,2%, variando de 3,7 a 100%. Não foi encontrada estruturação da variabilidade genética. O sequenciamento da região ITS dos 67 indivíduos revelou quatro sítios polimórficos, definindo quatro haplótipos. Os resultados obtidos neste estudo sugerem que as populações de macaúba estiveram fortemente conectadas historicamente, indicando recente expansão populacional da espécie. Os resultados indicam que a amostragem da variabilidade genética de macaúba deve estar focada em coletas mais robustas em poucos locais, mas áreas como Caatinga e Chaco Úmido podem apresentar novas fontes de variabilidade genética, e devem ser melhor estudadas.

The objective of this work was to estimate the genetic diversity of improved banana diploids using data from quantitative analysis and from simple sequence repeats (SSR) marker, simultaneously. The experiment was carried out with 33 diploids, in an augmented block design with 30 regular treatments and three common ones. Eighteen agronomic characteristics and 20 SSR primers were used. The agronomic characteristics and the SSR were analyzed simultaneously by the Ward-MLM, cluster, and IML procedures. The Ward clustering method considered the combined matrix obtained by the Gower algorithm. The Ward-MLM procedure identified three ideal groups (G1, G2, and G3) based on pseudo-F and pseudo-t² statistics. The dendrogram showed relative similarity between the G1 genotypes, justified by genealogy. In G2, 'Calcutta 4' appears in 62% of the genealogies. Similar behavior was observed in G3, in which the 028003-01 diploid is the male parent of the 086079-10 and 042079-06 genotypes. The method with canonical variables had greater discriminatory power than Ward-MLM. Although reduced, the genetic variability available is sufficient to be used in the development of new hybrids. O objetivo deste trabalho foi estimar a diversidade genética entre diploides melhorados de bananeira por meio de dados quantitativos e de marcadores de sequências simples repetidas (SSR), simultaneamente. O experimento foi conduzido com 33 diploides, em blocos aumentados com 30 tratamentos regulares e três comuns. Dezoito características agronômicas e 20 iniciadores SSR foram usados. Os dados agronômicos e de SSR foram analisados, simultaneamente, via os procedimentos Ward-MLM, de agrupamento e IML. O método de agrupamento de Ward considerou matriz híbrida obtida pelo algoritmo de Gower. O procedimento Ward-MLM identificou três grupos (G1, G2 e G3) baseados nas estatísticas de pseudo-F and pseudo-t². O dendrograma mostrou similaridade relativa entre os genótipos do G1, justificada pela genealogia. No G2, 'Calcutta 4' aparece em 62% das genealogias. Comportamento similar foi observado no grupo G3, em que o diploide 028003-01 é o parental masculino dos genótipos 086079-10 e 042079-06. O método com uso de variáveis canônicas teve maior poder discriminatório que o Ward-MLM. Embora reduzida, a variabilidade genética disponível é suficiente para ser usada no desenvolvimento de novos híbridos.

A realização do presente estudo teve como objetivo mapear Quantitative Trait Loci (QTL) de carcaça e qualidade de carne em uma população F2 de suínos desenvolvida pelo cruzamento de dois reprodutores da raça brasileira Piau com 18 fêmeas comerciais (Landrace x Large White x Pietrain). O mapa de ligação para essa população foi construído após a genotipagem de 684 animais para 35 marcadores microssatélites. Os dados foram analisados pelo mapeamento por intervalo usando-se sexo, lote e genótipo halotano como efeitos fixos e peso de carcaça ao abate, peso da carcaça direita e idade ao abate como covariáveis. Um total de 18 QTLs foi encontrado; os QTLs para maior espessura de toucinho na região da copa, na linha dorsolombar, e a perda por cozimento foram significativos em nível de 5% genômico. A característica espessura de toucinho foi essencialmente associada aos alelos da raça Piau, conhecido como porco tipo banha. As informações dos QTLs significativos encontrados servem para futuros estudos de mapeamento fino para identificação de genes a serem usados em conjunto com os métodos tradicionais de seleção, para melhorar a eficiência dos programas de melhoramento, assim como prover informação acerca da fisiologia envolvida no desenvolvimento das características quantitativas dos suínos. The accomplishment of the present study had as objective to map Quantitative Trait Loci (QTL) associated to carcass and quality traits in a F2 pig population developed by mating two Brazilian Piau breed sires with 18 dams from a commercial line (Landrace × Large White × Pietrain). The linkage map for this population was constructed after genotyping the 684 animals for 35 microsatellite markers. Data were analyzed by interval mapping using sex, batch and halothane genotype as fixed effects and carcass weight at slaughter, direct carcass weight and slaugher age as covariables. A total of 18 QTL were identified, the QTL for higher backfat thickness on the shoulder region and cooking loss was significant at 5% genome-wise level. The backfat thickness trait was mainly associated with the Piau breed allele, known as a fat pig. The information of the significant QTL detected in this study is useful for future fine-mapping studies for identification of genes and might be used together with traditional selection methods to improve the efficiency of breeding programs, moreover, this information can also provide new insights to the understanding of the physiology of the quantatiative traits in pigs.

The aim of this study was to characterize and estimate the genetic similarity among 93 cassava accessions. The DNA amplification was performed with 14 microsatellite primers. The amplification products were separated by a polyacrylamide gel electrophoresis, showing a polymorphism formation, through which the accessions were discriminated against. The genetic similarity among accessions of cassava was estimated by the Dice coefficient. Cluster analysis was carried out using the UPGMA method. The polymorphic primers amplified a total of 26 alleles with 2-4 alleles per loci. The genetic similarity ranged from 0.16 to 0.96. The average values for observed and expected heterozygosity were 0.18 and 0.46, respectively. Twenty genetic similarity clusters were determined, demonstrating diversity among accessions, suggesting the possibility of heterotic hybrid generation. Objetivou-se caracterizar e estimar a similaridade genética entre 93 acessos de mandioca. A amplificação do DNA foi realizada com 14 primers microssatélites. Os produtos de amplificação foram separados por eletroforese em gel de poliacrilamida, evidenciando-se a formação de bandas polimórficas, por meio das quais os acessos foram discriminados. A similaridade genética entre os acessos de mandioca foi estimada por meio do coeficiente de Dice. A análise de agrupamento foi feita com o método UPGMA. 26 alelos foram amplificados com 2 a 4 alelos por loco. O coeficiente de similaridade genética variou de 0,16 a 0,96. Os valores médios para heterozigosidade observada e esperada foram 0,18 e 0,46, respectivamente. 20 agrupamentos de similaridade genética foram detectados, demonstrando a existência de diversidade entre os acessos, sugerindo a possibilidade de geração de híbridos heteróticos.

Submitted by Guilherme Lemeszenski (guilherme@nead.unesp.br) on 2013-08-22T18:49:55Z No. of bitstreams: 1 S0100-67622011000500002.pdf: 332657 bytes, checksum: 73b1a9944ac5ebbba4995b4c93e577f0 (MD5) Made available in DSpace on 2013-08-22T18:49:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 S0100-67622011000500002.pdf: 332657 bytes, checksum: 73b1a9944ac5ebbba4995b4c93e577f0 (MD5) Previous issue date: 2011-08-01 Made available in DSpace on 2013-09-30T19:40:23Z (GMT). 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No. of bitstreams: 2 S0100-67622011000500002.pdf: 332657 bytes, checksum: 73b1a9944ac5ebbba4995b4c93e577f0 (MD5) S0100-67622011000500002.pdf.txt: 45253 bytes, checksum: 87b5794122ab62d5773299927fdd4d40 (MD5) Previous issue date: 2011-08-01 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) O objetivo deste trabalho foi investigar a diversidade, a estrutura genética e o tamanho efetivo, retido em um banco de germoplasma, de duas populações de Myracrodruon urundeuva Fr. All. (aroeira), procedentes de Aramina-SP e Selvíria-MS. As populações foram avaliadas a partir da amostragem de 25 progênies de polinização aberta de cada população. de cada progênie, 17 a 20 indivíduos foram amostrados e genotipados para oito locos microssatélites. Os maiores valores para o número total de alelos (At), número médio de alelos por loco (A), número efetivo de alelos (Ae), heterozigosidade observada (H0) e esperada (He) foram detectados na população Selvíria (At = 105, A = 13,13, Ae = 3,98, H0 = 0,669 e He = 0,749), enquanto Aramina teve At = 94, A = 13,75, Ae = 3,10, H 0 = 0,535 e He = 0,678. A diferenciação nas frequências alélicas das duas populações, com relação ao pólen cruzado (0,159) e do óvulo (0,235), indica que cerca de 84% e 77%, respectivamente, da diversidade genética está dentro das populações. O coeficiente médio de coancestria foi maior (Selvíria Θ = 0,165, Aramina Θ = 0,169) e o tamanho efetivo médio das progênies (Selvíria Ne(v) = 3,04, Aramina Ne(v) = 2,69) foi menor do que o esperado em progênies de populações panmíticas (Θ = 0,125, Ne(v) = 4). O tamanho efetivo total retido no banco ex situ foi estimado em 67,5 na população Selvíria e 71,1 na população Aramina, valores menores do que o requerido (Ne = 150) para a conservação de populações em curto prazo. Entretanto, as duas populações apresentaram alta diversidade genética, o que as qualifica para serem utilizadas em programas de conservação e melhoramento genético da espécie, desde que seja aumentado o tamanho efetivo populacional conservado ex situ. The objective of this study was to investigate genetic diversity, genetic structure and effective size retained in a germplasm bank formed by two populations of Myracrodruon urundeuva Fr. All. (aroeira) from Aramina-SP and Selvíria-MS. The populations were evaluated from the sample of 25 open-pollinated progenies of each population. From each progeny, 17 to 20 individuals were sampled and genotyped for eight microsatellite loci. The greatest values for the total number of alleles (At), average number of alleles per locus (Ae), effective number of alleles per locus (A), observed heterozygosity (H0) and expected heterozygosity (He) were detected in Selvíria population (At=105, A=13.13, Ae =3.98, H0) =0.669 and He =0.749) in comparison to Aramina (At =94, A =13.75, Ae =3.10, H0=0.535 and He =0.678). The differentiation in allele frequencies between the two populations for the outcross-pollen (0.159) and ovules (0.235), indicate that about 84% and 77% of genetic diversity was within populations. The average coancestry coefficient was higher (Selvíria Θ =0.165, Aramina Θ =0.169) and the average effective population size within progenies (Selvíria Ne(v) =3.04, Aramina Ne(v) =2.69) was lower than expected in progenies of panmitic populations (Θ=0.125, Ne(v) =4). The total effective population size retained in the ex situ bank was estimated in 67.5 in Selvíria population and 71.1 in Aramina population, which values lower than the required (Ne =150) for short terms population conservation. However, the two populations showed high genetic diversity, which qualifies them for use in conservation and breeding programs of the species, provided the ex situ conserved population effective size is increased. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho Programa de Pós-Graduação em Genética e Melhoramento de Plantas Faculdades Integradas Stella Maris Fundação Educacional deAndradina Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho FEIS Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) Recursos Genéticos e Biotecnologia CENARGEN Instituto Florestal de São Paulo Secretaria do Meio Ambiente do Estado de São Paulo Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho Programa de Pós-Graduação em Genética e Melhoramento de Plantas Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho FEIS

Os citros apresentam uma taxonomia muito complexa, principalmente com relação ao número de espécies que constituem o gênero Citrus e os gêneros afins. Genótipos classificados como espécies podem ter sido originados por hibridação interespecífica e preservados por meio da embrionia nucelar. O presente trabalho teve como objetivo caracterizar uma população de tangerineiras híbridas oriundas do cruzamento das tangerineiras 'Clementina Fina' (Citrus clementina Hort. ex Tan.), genitor feminino, e 'Montenegrina' (Citrus deliciosa Ten.), genitor masculino, utilizando marcadores do tipo microssatélites (SSR). Com 12 pares de primers, foi possível diferenciar 93 acessos do estudo e agrupar a F1 em indivíduos mais próximos do genitor feminino e do genitor masculino. O PIC (Conteúdo de Informação de Polimorfismo) dos primers variou de 0,27 a 0,65. Toda a progênie do cruzamento entre 'Clementina Fina' e 'Montenegrina' analisada neste estudo é híbrida, e os SSRs foram eficientes para identificar híbridos com maior similaridade genética em relação aos genitores, mostrando a existência de variabilidade genética entre as plantas da população estudada. Citrus have a very complex taxonomy, especially considering the number of species included in genus Citrus and related genera. What is classified as a species may have originated by interespecific hybridization and preserved through nucellar embryony. This research aimed to characterize a population of hybrid tangerines, originated from the cross of 'Clementina Fina' (Citrus clementina Hort. ex Tan.) as female and 'Montenegrina' (Citrus deliciosa Ten.) as male parents, using microsatellite molecular makers. With 12 pairs of primers it was possible to differentiate 93 of the studied accessions and to group F1 individuals nearer to the male or to the female parent. The primers PIC (Polymorphism Information Content) ranged from 0.27 to 0.65. All the analyzed progeny between 'Clementina Fina' and 'Montenegrina' is hybrid, where SSR were efficient in identifying hybrids more similar to the genitors, showing genetic variability among plants of the studied population.

The objective of this work was to develop new irrigated rice lines tolerant to imidazolinone herbicides. The backcross breeding procedure was used to transfer the imidazolinone tolerance allele from mutant 93AS3510 to the recurrent parents 'BRS 7 Taim' and 'BRS Pelota'. Individual herbicide-tolerant plants were selected in each generation, for three backcrossings (RC1 to RC3), followed by three selfing generations (RC3F1 to RC3F3). The best four RC3F3 lines for agronomic traits were genotyped with 44 microsatellite markers. The observed conversion index of the new imidazolinone-tolerant lines varied from 91.86 to 97.67%. Pairwise genetic distance analysis between these lines and 22 accessions from the Embrapa's Rice Germplasm Bank clustered the new lines with their respective recurrent parents, but not with 'IRGA 417', which was originally used as recurrent parent to derive IRGA 422 CL, the only imidazolinone-tolerant irrigated rice cultivar recommended for cultivation in Brazil. Therefore, these lines represent new options of genetically diverse imidazolinone-tolerant rice accessions. Lines CNA10756 ('BRS Sinuelo CL') and CNA10757 will be released for cultivation in the Clearfield irrigated rice production system in Rio Grande do Sul, Brazil. O objetivo deste trabalho foi desenvolver novas linhagens de arroz irrigado tolerantes ao herbicida imidazolinona. O método de retrocruzamento foi usado para transferir o alelo de tolerância à imidazolinona do mutante 93AS3510 para os genitores recorrentes 'BRS 7 Taim' e 'BRS Pelota'. Indivíduos tolerantes ao herbicida foram selecionados em cada geração, por três gerações de retrocruzamento (RC1 a RC3), seguidas por três gerações de autofecundação (RC3F1 a RC3F3). As quatro melhores linhagens RC3F3 quanto às características agronômicas foram genotipadas com 44 marcadores microssatélites. O índice de conversão observado nas novas linhagens tolerantes à imidazolinona variou de 91,86 a 97,67%. A análise de distância genética par-a-par, entre estas linhagens e 22 acessos do banco de germoplasma de arroz da Embrapa, agrupou-as com os seus respectivos genitores recorrentes, mas não com 'IRGA 417', que foi originalmente usada como genitor para derivar a IRGA 422 CL, única cultivar tolerante ao herbicida imidazolinona recomendada para cultivo no Brasil. Portanto, estas linhagens representam novas opções de acessos geneticamente diversos de arroz irrigado com tolerância ao herbicida imidazolinona. As linhagens CNA10756 ('BRS Sinuelo' CL) e CNA10757 serão lançadas para cultivo no sistema de produção "Clearfield" no Rio Grande do Sul, Brasil.

A mangueira é uma das principais fruteiras comerciais no Semiárido brasileiro, sendo que a cultivar Tommy Atkins ocupa 85% da área total cultivada com a cultura. O objetivo deste trabalho foi avaliar o emprego de estratégias para reduzir o período juvenil e as trabalhosas polinizações manuais em mangueira, de forma a acelerar o desenvolvimento de novas cultivares da espécie para o Semiárido brasileiro. Foram identificadas plantas isoladas das cultivares Haden e Espada dentro de plantios comerciais da cultivar Tommy Atkins, numa fazenda exportadora de manga, em Petrolina-PE. Mudas das progênies foram transplantadas com seis meses de idade para o campo. O manejo para a indução floral foi realizado com poda, controle da irrigação e aplicação de Paclobutrazol e nitrato de potássio. O DNA extraído das progênies e parentais foi submetido a análises com marcadores microssatélites publicados para Mangifera indica L. O manejo combinado foi eficiente para induzir a floração e a frutificação em, aproximadamente, 70% das progênies após dois anos e meio de transplantio. Dos 94 indivíduos analisados com três microssatélites, 83% foram identificados como híbridos entre 'Haden' x 'T. Atkins'. Dos 401 indivíduos analisados com um microssatélite, 10% foram identificados como híbridos entre 'Espada' x 'T. Atkins'. A estratégia adotada foi eficiente para reduzir o período juvenil e evitar os trabalhosos cruzamentos manuais em mangueira, sendo que o desenvolvimento de novas cultivares da espécie para a região pode ser concluído com oito a dez anos, incluindo as rigorosas avaliações agronômicas.

Este estudo enfatizou a importância do uso de genes candidatos na predição da qualidade do sêmen em touros que podem ser utilizados na produção de bezerros. O objetivo deste estudo foi avaliar alguns genes candidatos relacionados a traços reprodutivos em touros de Braford e Hereford. Todos os touros (n = 188) foram submetidos a avaliações reprodutivas aos 24, 28, 32 e 36 meses de idade. Os marcadores microsatélites ILSTS002 e BMS3004 associados ao gene hormônio luteinizante-β (LHβ), o IDVGA-51 associado ao gene Leptina (LEP), o HEL5 e AFZ1 ao gene IGF-IR e dois marcadores SNP (LHR e FSHR) relacionados ao LHR e FSHR, respectivamente, foram avaliados pela amplificação de produtos de DNA. A variação no alelo IDVGA-51 177-185 mostrou conteúdo de informação polimórfica (PIC) associada à motilidade espermática e características de vigor nos touros de Hereford. Os animais Hereford apresentaram PIC de 0,36 a 0,75%, juntamente com heterozigosidade esperada (H) de 0,49 a 0,78%. Os touros Braford que indicaram o alelo ILSTS002 137-175 e o alelo AFZ1 113-119 mostraram PIC associados a defeitos maiores e menores, respectivamente. O PIC variou de 0,28 a 0,78% com um H esperado de 0,35 a 0,81%. O alelo AFZ1 121-127 teve os defeitos menores mais altos, enquanto, o alelo ILSTS002 125-135 mostroualtos defeitos maiores do sêmen ejaculado em Braford. Além disso, o alelo IDVGA-51 175 mostrou baixa motilidade e vigor nos touros Hereford. Os marcadores AFZ1 (IGF-IR) e ILSTS002 (LHβ) em Braford e IDVGA-51 (LEP) no Hereford foram efetivos na verificação dos traços reprodutivos dos touros. This study emphasized the importance of using candidate genes in predicting semen quality in bulls that can be used in cow-calf production. The aim of this study was to evaluate some candidate genes related to reproductive traits in Braford and Hereford bulls. All bulls (n=188) were submitted to breeding soundness evaluations at 24, 28, 32, and 36 months of age. The microsatellite markers ILSTS002 and BMS3004 associated with the luteinizing hormone-β (LHβ) gene, IDVGA-51 to leptin (LEP) gene, HEL5 and AFZ1 within the IGF-IR gene, and two SNP markers (LHR and FSHR) associated with the LHR and FSHR genes, respectively, were evaluated by the amplification of DNA products. The variation in the IDVGA-51 allele 177-185 showed polymorphic information content (PIC) associated with sperm motility and vigor traits in Hereford bulls. Hereford animals showed PIC of 0.36 to 0.75% along with expected heterozygosity (H) of 0.49 to 0.78%. Braford bulls that indicated the ILSTS002 allele 137-175 and AFZ1 allele 113-119 showed PIC associated with major and minor defects, respectively. The PIC ranged from 0.28 to 0.78%, with an expected H of 0.35 to 0.81%. AFZ1 allele 121-127 had the highest minor defects and ILSTS002 allele 125-135 showed the highest major defects from ejaculated semen in Braford bulls. In addition, IDVGA-51 allele 175 showed lower motility and vigor in Hereford bulls. The markers AFZ1 (IGF-IR) and ILSTS002 (LHβ) in Braford and IDVGA-51 (LEP) in Hereford bulls were effective in verifying the reproductive traits of the bulls.

Submitted by Guilherme Lemeszenski (guilherme@nead.unesp.br) on 2013-08-22T18:52:49Z No. of bitstreams: 1 S0006-87052010000100006.pdf: 221166 bytes, checksum: 3d6fac9f86e15a2d6a4627f9602fe272 (MD5) Made available in DSpace on 2013-08-22T18:52:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 S0006-87052010000100006.pdf: 221166 bytes, checksum: 3d6fac9f86e15a2d6a4627f9602fe272 (MD5) Previous issue date: 2010-01-01 Made available in DSpace on 2013-09-30T17:46:25Z (GMT). No. of bitstreams: 2 S0006-87052010000100006.pdf: 221166 bytes, checksum: 3d6fac9f86e15a2d6a4627f9602fe272 (MD5) S0006-87052010000100006.pdf.txt: 37497 bytes, checksum: 7aab8f4997ac1ce753f4f07e07e56fe8 (MD5) Previous issue date: 2010-01-01 Submitted by Vitor Silverio Rodrigues (vitorsrodrigues@reitoria.unesp.br) on 2014-05-20T13:30:38Z No. of bitstreams: 2 S0006-87052010000100006.pdf: 221166 bytes, checksum: 3d6fac9f86e15a2d6a4627f9602fe272 (MD5) S0006-87052010000100006.pdf.txt: 37497 bytes, checksum: 7aab8f4997ac1ce753f4f07e07e56fe8 (MD5) Made available in DSpace on 2014-05-20T13:30:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 S0006-87052010000100006.pdf: 221166 bytes, checksum: 3d6fac9f86e15a2d6a4627f9602fe272 (MD5) S0006-87052010000100006.pdf.txt: 37497 bytes, checksum: 7aab8f4997ac1ce753f4f07e07e56fe8 (MD5) Previous issue date: 2010-01-01 Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) Os objetivos deste trabalho foram estimar o coeficiente de parentesco dentro de famílias e os parâmetros genéticos e fenotípicos para os caracteres de crescimento (altura, diâmetro a altura do peito e volume) em um teste de progênies de polinização aberta de Pinus caribaea Morelet var. hondurensis Barret & Golfari, implantado no Estado de Mato Grosso do Sul, Brasil. O teste foi implantado em látice 10 x 10 triplo, com 96 famílias, três repetições e dez plantas por parcela. Quatorze anos após o plantio foram mensurados os caracteres altura total, DAP e volume das árvores. A estimativa dos coeficientes de parentesco dentro das progênies foi calculada por locos microssatélites os quais revelaram que as famílias são de meio-irmãos (^r xy = 0.253). Assim, a variância genética aditiva (σ2A) pode ser estimada, assumindo que a variância genética entre progênies (σ2p) estima ¼ da variância genética aditiva (^σ2A = 4^σ2p). As estimativas do coeficiente de herdabilidade em nível de planta (h i²) foram relativamente elevadas (0,28 para DAP e 0,44 para altura). A herdabilidade em nível de média de famílias (h m²) foi também elevada variando entre os caracteres de 0,50, a 0,58. Estes resultados sugerem que a população pode ser melhorada por seleção massal e seleção entre famílias. Adicionalmente, as estimativas dos ganhos genéticos com seleção entre e dentro famílias foram elevados (variando de 8,92% para altura a 37,56% para volume), demonstrando que este esquema de seleção pode trazer grande progresso genético. The aims of this work were to estimate the coefficient of relatedness within families and the genetic parameters for growth related traits in a progeny test from an open-pollinated variety of Pinus caribaea Morelet hondurensis Barret & Golfari, established in Mato Grosso do Sul State, Brazil. The experimental design was the triple 10 x 10 lattice, with 96 families, three replicates, and ten plants per plot. Fourteen years after planting, the trial was measured for the following traits: total height, diameter at breast height (DBH), and true volume. The estimation of coefficients of relatedness within family from microsatellite loci indicated that families are true half-sibs (^r xy = 0.253). Thus, the additive genetic variance (σ2A) can be estimated assuming that the genetic variance among progenies (σ2p) accounts for ¼ of additive genetic variance (^σ2A = 4^σ2p). The estimative of heritability coefficients at individual level (h i²) was relatively high (0.28 for DBH and 0.44 for height). The heritability coefficient considering the average families (h m²) was also high, ranging among the traits from 0.50 to 0.58. These results suggest that the population can be improved by both massal and among families selection. Additionally, the estimated genetic gains with sequential selection among and within families were high (ranging from 8.92% for height to 37.56% for volume), demonstrating that this method of selection can generate high genetic improvement. USP Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz Estação Experimental de Tupi Instituto Florestal UNESP FEIS Departamento de Fitotecnia Instituto Florestal de Avaré UNESP Faculdade de Ciências Agronômicas Departamento de Produção Vegetal - Agricultura e Melhoramento UNESP FEIS Departamento de Fitotecnia UNESP Faculdade de Ciências Agronômicas Departamento de Produção Vegetal - Agricultura e Melhoramento

Uma investigação sobre a diversidade genética entre 11 diplóides melhorados de bananeira, por meio de nove características agronômicas e 16 marcadores microssatélites, foi implementada na Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical, Cruz das Almas (BA), Brasil. A distância generalizada de Mahalanobis indicou alto grau de divergência genética. Os genótipos foram agrupados em três grupos. As características altura de planta, número de pencas, número de frutos e diâmetro do pseudocaule contribuíram com grande parte da divergência genética observada. O número de alelos obtidos foi 120, com média de 7,51 alelos por primer. A similaridade genética média foi de 0,44, variando de 0,29 a 0,60. Novas combinações parentais podem ser identificadas com base na divergência entre estes diplóides, contribuindo para o desenvolvimento de novos diplóides melhorados, evitando o estreitamento da base genética e disponibilizando nova variabilidade genética para a seleção. An investigation about the genetical diversity among eleven banana diploid genotypes using nine agronomical characteristics and sixteen microsatellite markers was implanted at Embrapa Cassava and Tropical Fruits, Cruz das Almas (BA), Brazil. The generalized distance of Mahalanobis indicated the presence of genetic diversity. The genotypes were grouped into tree clusters. Among the investigated characteristics, the plant height, number of bunch's, number of fruits per bunch and pseudostem exhibited high contribution towards genetic divergence. The average number of alleles per primer was 7.51, with a total of 120 alleles identified. The average similarity among the all diploid was 0.44, range from 0.29 up to 0.60. New parental combinations can be identified with base of the divergence between these diploids, contributing for development of new improved diploids preventing the narrow genetic base and creating new genetic variability for selection.

The conservation of plants in germplasm banks ensures the characterization and availability of these resources for future generations. The present study used DNA markers to obtain genetic information about germplasm collections of Lippia sidoides and L. gracilis, which are maintained in an Active Germplasm Bank (AGB). Genetic variability of samples in the AGB was assessed using 12 combinations of amplified fragment length polymorphism (AFLP) primers (EcoRI/MseI). Twenty simple sequence repeat primers designed for L. alba were tested to determine their transferability in L. sidoides and L. gracilis. The AFLP markers generated 789 markers. The assessed loci exhibited a moderate Shannon diversity index (I = 0.42) in both species, suggesting that the conserved accessions possess an intermediate level of genetic diversity. Twelve microsatellite loci amplified satisfactorily, and nine loci were polymorphic in each species. A total of 23, 22, and 36 alleles, with an average of 2.5, 2.4, and 3.27 alleles per locus were identified for L. sidoides and L. gracilis accessions in the AGB, and Lippia sp sampled plants, respectively. Analyses of genetic structure permitted the identification of three different groups using both sets of markers, of which two were representative of L. sidoides. The information generated in this study may help to create, expand, and maintain collections of these species and may assist in genetic-breeding programs.

The genetic diversity of three microsatellites (ILSTS027, MBO22, BM4325) mapped on the bovine chromosome 15 and linked to the follicle-stimulating hormone beta gene (FSHß) was investigated in cows of a Brangus Ibagé herd and the efficiency of these markers for individual identification and parentage control was estimated. Possible associations between each molecular marker and cow reproductive performance were also analyzed. Six alleles were detected in BM4325 and ILSTS027 and 12 in MB022, the most frequent being BM4325*101, BM4325*103, ILSTS027*169 and MB022*229. Polymorphic information content ranged from 0.58 to 0.88 while expected heterozygosity ranged from 65% to 89%, with an average mean value of 77%. Although only three markers were studied, the combined values indicate a high power of exclusion of a false parentage (94%) and of individual identification (3.8 x 10-4). The association analyses based on statistics parameters [MB022 (n=104, CI=545.3±127.0, WFC=349.9±53.4), BM4325 (n=106, CI=542.2±124.9, WFC=350.5±54.4) and ILSTS027 (n =105, CI=543.4 ± 124.5, WFC=350.1±54.5)] indicated no positive association between each microsatellite and weight at first calving. Calving interval (CI) also seemed not to be influenced by the ILSTS027 or MB022 system. However, carriers of at least one BM4325*101 allele presented a CI about 54 days shorter than the other animals (P=0.04; n=106). This marker could be useful for marker-assisted selection, allowing the improvement of reproductive performance, at least in the Brangus Ibagé herd. A diversidade genética de três microssatélites (ILSTS027, MBO22, BM4325) mapeados no cromossomo bovino 15 e ligados ao gene do hormônio folículo estimulante, cadeia b (FSHbeta) foi investigada em fêmeas de um rebanho bovino Brangus Ibagé. Além de estimar a variabilidade genética do rebanho, avaliou-se a eficiência destes marcadores para a identificação individual e controle de paternidade. Verificaram-se também possíveis associações entre os marcadores e o desempenho reprodutivo. Seis alelos foram detectados em BM4325 e ILSTS027 e 12 foram observados em MB022, os mais freqüentes sendo, BM4325*101, BM4325*103, ILSTS027*169 e MB022*229. O conteúdo de informação polimórfica variou entre 0,58 a 0,88 enquanto a heterozigosidade esperada oscilou entre 65% e 89%, sendo o valor médio de 77%. Embora apenas três marcadores tenham sido investigados, os valores combinados indicam alto poder de exclusão de um falso progenitor (94%) e de identificação individual (3,8 x 10-4). As análises de associação baseadas nos parâmetros estatísticos [MB022 (n=104, CI=545,3±127,0, WFC=349,9±53,4), BM4325(n=106, CI=542,2±124,9, WFC=350,5±54,4) e ILSTS027(n=105, CI=543,4±124,5, WFC=350,1±54,5)] não indicaram associação positiva entre os microssatélites e o peso da vaca ao parto. O intervalo entre partos também não parece ser influenciado pelos marcadores ILSTS027 ou MB022. No entanto, portadores de pelo menos um alelo BM4325*101 apresentaram intervalo entre partos 54 dias mais curto que os demais animais (p=0,04; n=106). Este marcador pode ser útil para seleção assistida por marcadores, permitindo a melhoria do desempenho reprodutivo, pelo menos no rebanho Brangus Ibagé.

RESUMO: O alho é uma das hortaliças mais importantes no mercado brasileiro e mundial. No Piauí, mais especificamente na microrregião de Picos, o alho semi-nobre foi cultivado em larga escala e supria a demanda de vários municípios do estado. Devido à entrada do alho nobre no mercado brasileiro, houve redução na produção de alho semi-nobre que pode ter levado à perda de diversidade genética. O objetivo deste trabalho foi estudar a diversidade genética em doze variedades de alho, sendo quatro de origem piauiense e oito da Coleção de Germoplasma de Alho da Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz" - Universidade de São Paulo (ESALQ/USP). Para isso, caracterizou-se o germoplasma com base nos descritores propostos pelo International Plant Genetic Resources Institute (IPGRI), atualmente Bioversity International, e realizou-se a genotipagem das variedades a partir de oito locos SSR. Os resultados obtidos com a análise morfológica corroboraram as análises moleculares, evidenciando complementaridade dessas dimensões de análise no estudo da diversidade genética em alho. Assim, conclui-se que existe divergência genética entre as variedades de alho estudadas em função da procedência do germoplasma e sugere-se que o material oriundo da ESALQ/USP trata-se de um germoplasma distinto do cultivado no Piauí. A divergência genética existente entre as variedades de alho no Piauí indica a possibilidade de seleção de genótipos superiores que aumentem a competitividade do alho piauiense frente ao alho importado. ABSTRACT: Garlic is one of the most important crops in Brazil and in the world. In Piauí State, specifically in micro region of Picos, semi-noble garlic was once grown on a large scale and supplied the demand of various municipalities in the state. After the noble garlic was introduced to the Brazilian market, the production of semi-noble garlic reduced which may have led to loss of genetic diversity.This study investigated the genetic diversity in twelve varieties of garlic, four originally from Piauí State and eight from the Garlic Germplasm Collection of the College of Agricultura "Luiz de Queiroz" - Universidade de São Paulo (ESALQ / USP). The present study characterized the germplasm based on descriptions proposed by the International Plant Genetic Resources Institute (IPGRI), currently Bioversity International, and conducted the genotyping of varieties from eight SSR loci. The agronomic characters and microsatellite genotyping were efficient to estimate genetic diversity among the garlic varieties. The results obtained with the morphological analysis corroborated the molecular analyses, demonstrating complementarity of these analyses dimensions in the study of genetic diversity in garlic. Thus, we concluded that genetic diversity exists among the varieties of garlic studied in terms of the germplasm origin and suggests that the material from the ESALQ / USP is a germplasm distinct from that grown in Piauí State. The genetic divergence among varieties of garlic in Piauí State indicates the possibility of selecting superior genotypes that increase the competitiveness of garlic from Piauí State against imported garlic.

The aim of this study was to evaluate the genetic diversity and structure in the germoplasm of Oenocarpus mapora conserved at Eastern Amazon. Thus, 88 individuals were genotyped with five microsatellite loci. These individuals belong to 24 accessions that were sampled in eight sample places of three Brazilian Amazon states conserved at the Active Germplasm Bank (AGB) of Embrapa Eastern Amazon. All loci were polymorphic and they generated 85 alleles with an average of 17 alleles per loci. Total genetic diversity (HE) was 0.48. Sample places were considered genetically distinct, with ?p = 0.354. The analysis of molecular variance (AMOVA) identified that the genetic portion among areas was of 36.14% and within 63.86%. The Nei distances varied from 0.091 between Abaetetuba and Santo Antônio do Tauá, both in the state of Pará (PA), to 4.18, between Parintins, AM and Rio Branco, AC. By means of Bayesian analysis, it was identified nine clusters that compose the accessions of the germplasm bank, with different distributions among individuals. The study showed high fixation rates per sample area, which indicates that there may have been significant inbreeding or crossing among parental individuals. It suggests that future samples should be made of different plants in natural populations. Even though, it was verified that there is considerable genetic variation in the germplasm of O. mapora. RESUMO O estudo teve como objetivo avaliar a diversidade e a estruturação genética em germoplasma de Oenocarpus mapora conservado na Amazônia Oriental. Para isso, foram genotipados com cinco locos microssatélites 88 indivíduos pertencentes a 24 acessos conservados no Banco Ativo de Germoplasma (BAG) da Embrapa Amazônia Oriental e coletados em oito locais distintos de três estados da Amazônia brasileira. Todos os locos foram polimórficos, gerando 85 alelos e média de 17 alelos por loco. A diversidade genética total (HE) foi de 0,48. As áreas de coleta foram consideradas geneticamente distintas, com ?p = 0,354. A análise de variância molecular (AMOVA) identificou que a porção de variação genética entre as áreas foi de 36,14%, e dentro, de 63,86%. As distâncias de Nei variaram de 0,091, entre as áreas de coleta de Abaetetuba e Santo Antônio do Tauá, no Estado do Pará, a 4,18, entre as áreas de coleta de Parintins, no Amazonas e Rio Branco, no Acre. Estudo por meio de abordagem bayesiana identificou a existência de nove populações que compõem as amostras do BAG analisado, com diferentes distribuições entre as amostras. O estudo mostrou alta taxa de endogamia por área de coleta, indicando que pode haver significativas taxas de autofecundação ou cruzamento aparentado nessa espécie, sugerindo que as coletas de amostras devam ser feitas de diferentes plantas nas populações naturais. Mesmo assim, foi identificado que há considerável variação genética no germoplasma de O. mapora avaliado.

A abelha sem ferrão Melipona subnitida atualmente está presente em quase toda a região nordeste, em função da boa adaptabilidade ao semiárido nordestino e do potencial econômico-ecológico proporcionado pela produção de mel e pela polinização de cultivos em condições de confinamento. Apesar disso, é uma espécie ameaçada devido a processos de degradação ambiental, dentre os quais estão o desmatamento, o uso indiscriminado de agrotóxicos e o extrativismo. Tais interferências tendem a isolar as populações de Jandaíra, provocando uma queda na variabilidade genética e, consequentemente, uma redução na capacidade adaptativa da espécie. Porém, técnicas de biologia molecular estão sendo implementadas, possibilitando que populações desse tipo sejam avaliadas quanto ao seu grau de variabilidade genética. Marcadores moleculares do tipo microssatélites de DNA vêm sendo bastante usados, porém, em função do alto custo exigido para seu desenvolvimento, diversos estudos vêm empregando microssatélites transferidos de táxons próximos com amplo sucesso em estudos voltados à caracterização e à diversidade genética. Dessa forma, a presente revisão objetivou avaliar os mais relevantes aspectos bioecológicos e genético-comportamentais envolvidos na conservação da abelha Jandaíra, a fim de auxiliar na avaliação do grau de diversidade genética da espécie, bem como da sua distribuição entre indivíduos e populações da abelha sem ferrão M. subnitida.

Sugarcane has hermaphrodite flowers, however, selfing and cross pollination may occur, resulting in selfed or hybrid progeny. The aim of this study was to analyze the paternity of progenies from biparental crosses, in order to identify true hybrids or progenies originating from pollen of unknown origin. Seventy-six progenies from four crosses were analyzed using three highly polymorphic microsatellite markers (SSR). Progenies showed moderate genetic similarity and were grouped into four distinct groups, according to the crosses. Transmission of alleles from parents to offspring was clearly observed, in which selfed individuals were not observed, and only true hybrids or progeny resulting from fertilization with pollen uncommon to both parents were. Results showed that there was contamination with pollen from unknown parents in sugarcane crosses, suggesting that errors in the pedigree may occur, and adjustment in the crossing procedure would decrease progenies from pollen of unknown origin. Cana-de-açúcar possui flores hermafroditas, no entanto, autofecundação e polinização cruzada podem ocorrer, resultando em progênies autofecundadas ou híbridas. O objetivo do presente estudo foi analisar a paternidade de progênies provenientes de cruzamentos biparental, para identificar híbridos verdadeiros ou progênies formadas a partir de pólen de origem desconhecida. Setenta e seis progênies de quatro cruzamentos foram analisadas usando três marcadores moleculares microssatélites (SSR) altamente polimórficos. As progênies mostraram moderada similaridade genética e foram agrupadas em quatro distintos grupos, conforme os cruzamentos. A transmissão dos alelos dos parentais para a descendência foi claramente observada, em que não foram observados indivíduos autofecundados, somente híbridos verdadeiros ou progênies resultante da fecundação de pólen incomum a ambos os parentais. Os resultados mostraram que existe contaminação com pólen de genitores desconhecidos em cruzamentos em cana-de-açúcar, sugerindo que erros no pedigree podem ocorrer.

Submitted by Guilherme Lemeszenski (guilherme@nead.unesp.br) on 2013-08-22T19:03:42Z No. of bitstreams: 1 S1413-70542013000100003.pdf: 297016 bytes, checksum: d42a1291276456a57e091ff831d0c150 (MD5) Made available in DSpace on 2013-08-22T19:03:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 S1413-70542013000100003.pdf: 297016 bytes, checksum: d42a1291276456a57e091ff831d0c150 (MD5) Previous issue date: 2013-02-01 Made available in DSpace on 2013-09-30T20:05:49Z (GMT). No. of bitstreams: 2 S1413-70542013000100003.pdf: 297016 bytes, checksum: d42a1291276456a57e091ff831d0c150 (MD5) S1413-70542013000100003.pdf.txt: 23456 bytes, checksum: 8a410ad9b415c203ba2a85140119b87a (MD5) Previous issue date: 2013-02-01 Submitted by Vitor Silverio Rodrigues (vitorsrodrigues@reitoria.unesp.br) on 2014-05-20T15:16:51Z No. of bitstreams: 2 S1413-70542013000100003.pdf: 297016 bytes, checksum: d42a1291276456a57e091ff831d0c150 (MD5) S1413-70542013000100003.pdf.txt: 23456 bytes, checksum: 8a410ad9b415c203ba2a85140119b87a (MD5) Made available in DSpace on 2014-05-20T15:16:51Z (GMT). No. of bitstreams: 2 S1413-70542013000100003.pdf: 297016 bytes, checksum: d42a1291276456a57e091ff831d0c150 (MD5) S1413-70542013000100003.pdf.txt: 23456 bytes, checksum: 8a410ad9b415c203ba2a85140119b87a (MD5) Previous issue date: 2013-02-01 Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais (FAPEMIG) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) O desenvolvimento de linhagens homozigotas em milho pode ser acelerado por meio do uso de haploides. Para isso, a obtenção e identificação prévia dos haploides gerados pelas linhagens indutoras de haploidia é um fator importante. O objetivo do trabalho foi identificar haplóides por meio de citometria de fluxo para então correlacionar o conteúdo de DNA nuclear aos caracteres morfológicos e morfométricos das sementes que os originaram. Além disso, marcadores moleculares foram utilizados para confirmar a natureza androgenética do haploide. As sementes obtidas foram provenientes do cruzamento entre a linhagem W23 e o híbrido comercial P30F90. Dentre essas sementes, foi selecionado um grupo, possíveis haplóides, cujo embrião era branco e o pericarpo arroxeado. Esse grupo, constituído de 330 sementes, foi caracterizado quanto à morfologia, morfometria e conteúdo de DNA nuclear. As análises de citometria de fluxo identificaram quatro haploides, e todos eles apresentaram porte reduzido e folhas quebradiças. Os pesos, comprimentos, espessuras e larguras das sementes haplóides variaram muito, indicando que caracteres morfométricos não são eficientes para a seleção visual de haploides. Baseado nos resultados, a linhagem W23 induz haplóides em milho mesmo em condições tropicais. Os marcadores moleculares microssatélites (SSR) mostraram-se eficientes, comprovando o caráter androgenético dos haploides. The development of homozygous breeding lines in maize may be accelerated through the use of haploids. Thus, the obtaining and prior identification of haploids generated by the haploid inducer lines is an important factor. The purpose of this study was to identify haploids by flow cytometry and to correlate the nuclear DNA content to the morphological and morphometric traits of the seeds that gave rise to them. In addition, molecular markers were used to confirm the androgenetic nature of the haploid. The seeds obtained were derived from the cross between the inbred line W23 and the commercial hybrid P30F90. Among these seeds, a group was selected, putative haploids, whose embryo was white and the pericarp purplish. This group, consisting of 330 seeds, was characterized based on seed morphology, seed morphometry and nuclear DNA content. Flow cytometry analyses identified four haploids, and all of them were small size plants and had brittle leaves. The weight, length, thickness and width of the haploid seeds were very variable indicating that morphometric traits do not constitute reliable data for visual selection of haploid seeds. Based on results, the inbred line W23 induced haploid maize even under tropical conditions. Microsatellite molecular markers (SSR) proved to be efficient, confirming the androgenetic trait of the haploids. Universidade Federal de Lavras (UFLA) Universidade Federal da Grande Dourados Universidade Federal de Lavras (UFLA) Departamento de Agricultura Universidade Estadual Paulista Universidade Estadual Paulista

Background: Urogenital schistosomiasis caused by Schistosoma haematobium is widely distributed across Africa and is increasingly being targeted for control. Genome sequences and population genetic parameters can give nsight into the potential for population- or species-level drug resistance. Microsatellite DNA loci are genetic markers in wide use by Schistosoma researchers, but there are few primers available for S. haematobium. Methods: We sequenced 1,058,114 random DNA fragments from clonal cercariae collected from a snail infected with a single Schistosoma haematobium miracidium. We assembled and aligned the S. haematobium sequences to the genomes of S. mansoni and S. japonicum, identifying microsatellite DNA loci across all three species and designing primers to amplify the loci in S. haematobium. To validate our primers, we screened 32 randomly selected primer pairs with population samples of S. haematobium. Results: We designed >13,790 primer pairs to amplify unique microsatellite loci in S. haematobium, (available at http://www.cebio.org/projetos/schistosoma-haematobium-genome). The three Schistosoma genomes contained similar overall frequencies of microsatellites, but the frequency and length distributions of specific motifs differed among species. We identified 15 primer pairs that amplified consistently and were easily scored. We genotyped these 15 loci in S. haematobium individuals from six locations: Zanzibar had the highest levels of diversity; Malawi, Mauritius, Nigeria, and Senegal were nearly as diverse; but the sample from South Africa was much less diverse. Conclusions: About half of the primers in the database of Schistosoma haematobium microsatellite DNA loci should yield amplifiable and easily scored polymorphic markers, thus providing thousands of potential markers. Sequence conservation among S. haematobium, S. japonicum, and S. mansoni is relatively high, thus it should now be possible to identify markers that are universal among Schistosoma species (i.e., using DNA sequences conserved among species), as well as other markers that are specific to species or species-groups (i.e., using DNA sequences that differ among species). Full genome-sequencing of additional species and specimens of S. haematobium, S. aponicum, and S. mansoni is desirable to better characterize differences within and among these species, to develop additional genetic markers, and to examine genes as well as conserved non-coding elements associated with drug resistance.

The main objectives of hybrid development programs include incorporating genetic resistance to diseases and increasing grain yield. Identification of Quantitative Trait Loci (QTL) through the statistical analysis of molecular markers allows efficient selection of resistant and productive hybrids. The objective of this research was to identify QTL associated with resistance to gray leaf spot and for grain yield in the germplasm of tropical corn. We used two strains with different degrees of reaction to the disease; the genotypes are owned by GENESEEDS Ltda, their F1 hybrid and the F2 population. The plants were evaluated for gray leaf spot resistance, for grain yield and were genotyped with 94 microsatellite markers. Association of the markers with the QTL was performed by single marker analysis using linear regression and maximum likelihood analysis. It was observed that the additive effect was predominant for genetic control of resistance to gray leaf spot, and the dominant effect in that of grain yield. The most promising markers to be used in studies of assisted selection are: umc2082 in bins 4.03 and umc1117 in bins 4.04 for resistance to gray leaf spot; for grain yield umc1042 in bins 2.07 and umc1058 in bins 4.11. A incorporação de resistência genética a doenças e o aumento na produtividade de grãos estão entre os principais objetivos dos programas de desenvolvimento de híbridos. A identificação de locos de caracteres quantitativos (QTL) por meio de análises estatísticas associadas a marcadores moleculares possibilita a rápida obtenção de híbridos resistentes e produtivos. Nesta pesquisa, objetivou-se identificar locos de caracteres quantitativos (QTL) associados com resistência à cercosporiose e com produção de grãos em germoplasma de milho tropical. Foram utilizadas duas linhagens contrastantes em níveis de reação à doença (genótipos pertencentes à GENESEEDS - Ltda), seu híbrido F1 e a população segregante F2. Essas plantas foram fenotipadas quanto à resistência a doença e quanto a produção de grãos e genotipadas com 94 marcadores de microssatélites. A associação dos marcadores ao QTL foi realizada por meio de análises de marcas individuais, utilizando as metodologias de regressão linear e análise da máxima verossimilhança. Observou-se que o tipo de efeito predominante no controle genético da resistência a cercosporiose foi o aditivo e para o controle genético da produção de grãos foi de dominância. Os marcadores microssatélites mais promissores para serem utilizados em estudos de seleção assistida para resistência a cercosporiose são umc2082 na posição 4.03 e umc1117 na posição 4.04 e para produção de grãos, umc1042 e umc1058 nas posições 2.07 e 4.11.

The potato crop has a very narrow genetic base, so the use of molecular markers is a very important tool in the characterization of germplasm banks and evaluation of genetic divergence. The objective of this study was to identify, using microsatellite or simple sequence repeat (SSR) markers, 38 accessions of potato from two collections of commercial cultivars. For the molecular characterization 10 loci were used, generating a total of 46 alleles, which were analyzed as binary data. A cluster analysis was performed with the Jaccard´s similarity coefficient and the UPGMA method, using the software NTSYSpc. On average, the number of alleles per locus was 4.6, ranging from two alleles for primers STM1049, STM 1053 and STM 1104 to 12 alleles per locus for primer STM0019a. Of the 46 alleles, only five were monomorphic, therefore presenting 89.1% polymorphism. The polymorphism information content (PIC) varied from 0.13 to 0.86, with an average of 0.54. The Jaccard´s coefficient varied from 0.41 to 0.93, showing high genetic variability among accessions. Two possible duplicates [Atlantic (Canada) and Atlantic (Chile), and Colorado and Ágata (EPAMIG) (duplicates with these SSRs, which did not separate them)] were identified. High similarity was also shown by cultivars Chipie and Melodie (EPAMIG), Voyager and Gourmandine (EPAMIG), Eole and Caesar (EPAMIG), and Cupido and Santé (Pirassu). The most genetically divergent accessions (Lady Rosetta and HPC-7B) were also identified. A batata possui uma base genética estreita, sendo assim a utilização de marcadores moleculares é uma ferramenta muito importante no processo de caracterização de bancos de germoplasma e avaliação de divergência genética. O objetivo deste trabalho foi avaliar por meio de marcadores microssatélites ou Simple Sequence Repeats (SSR), 38 acessos de batata de duas coleções distintas contendo cultivares comerciais. Para a caracterização molecular foram analisados 10 loci, gerando um total de 46 alelos, os quais foram analisados como dados binários. Foi obtida uma matriz de similaridade utilizando o coeficiente de Jaccard e com o método aglomerativo UPGMA foi realizada uma análise de agrupamento pelo software NTSYSpc. Em média, o número de alelos por loco foi 4,6, variando de dois alelos para os iniciadores STM1049, STM1053 e STM1104 até 12 alelos por loco para o iniciador STM0019a. Dos 46 alelos identificados, apenas cinco foram monomórficos, observando-se, portanto, 89,1% de polimorfismo. O conteúdo de informação de polimorfismo (PIC) variou de 0,13 a 0,86, com média de 0,54. O coeficiente de similaridade de Jaccard variou de 0,41 a 0,93, mostrando a grande variabilidade genética entre os acessos. Observaram-se duas possíveis duplicatas [Atlantic (Canadá) e Atlantic (Chile), e Colorado e Ágata (EPAMIG) (duplicatas com estes SSRs, que não as separaram)]. Elevada similaridade foi também observada pelas cultivares Chipie e Melodie (EPAMIG), Voyager e Gourmandine (EPAMIG), Eole e Caesar (EPAMIG), e Cupido e Santé (Pirassu). Foram identificados também os acessos mais distantes geneticamente (Lady Rosetta e HPC-7B).

Submitted by Guilherme Lemeszenski (guilherme@nead.unesp.br) on 2013-08-22T18:52:34Z No. of bitstreams: 1 S0100-84042011000400008.pdf: 273424 bytes, checksum: 261c9fcd35e5ef95d448e97b828c4b32 (MD5) Made available in DSpace on 2013-08-22T18:52:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 S0100-84042011000400008.pdf: 273424 bytes, checksum: 261c9fcd35e5ef95d448e97b828c4b32 (MD5) Previous issue date: 2011-12-01 Made available in DSpace on 2013-09-30T19:43:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 S0100-84042011000400008.pdf: 273424 bytes, checksum: 261c9fcd35e5ef95d448e97b828c4b32 (MD5) S0100-84042011000400008.pdf.txt: 34867 bytes, checksum: b8463cc6b313da6fe0a6c9e0d9f2d5f7 (MD5) Previous issue date: 2011-12-01 Submitted by Vitor Silverio Rodrigues (vitorsrodrigues@reitoria.unesp.br) on 2014-05-20T15:11:29Z No. of bitstreams: 2 S0100-84042011000400008.pdf: 273424 bytes, checksum: 261c9fcd35e5ef95d448e97b828c4b32 (MD5) S0100-84042011000400008.pdf.txt: 34867 bytes, checksum: b8463cc6b313da6fe0a6c9e0d9f2d5f7 (MD5) Made available in DSpace on 2014-05-20T15:11:29Z (GMT). No. of bitstreams: 2 S0100-84042011000400008.pdf: 273424 bytes, checksum: 261c9fcd35e5ef95d448e97b828c4b32 (MD5) S0100-84042011000400008.pdf.txt: 34867 bytes, checksum: b8463cc6b313da6fe0a6c9e0d9f2d5f7 (MD5) Previous issue date: 2011-12-01 Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) O objetivo deste estudo foi investigar o sistema de reprodução de uma população fragmentada da espécie arbórea dióica, Myracrodruon urundeuva Allemão, utilizando cinco locos microssatélites e os modelos mistos de reprodução e de cruzamentos correlacionados. O estudo foi conduzido na Estação Ecológica de Paulo de Faria (436 ha), onde a população ocupa uma área aproximada de 142 ha. Foram amostradas 514 progênies de polinização aberta coletadas de 30 árvores matrizes da população. A estimativa da taxa de cruzamento multilocus confirma que a espécie é dióica (t m = 1,0). Baixos níveis de cruzamentos entre parentes foram detectados na população (1 - t s = 0,020). A estimativa da correlação de paternidade (r p(m)) indicou que as progênies são compostas por misturas de meios-irmãos e irmãos-completos, embora este último ocorra em menor proporção (média de 0,148). O coeficiente de coancestria dentro das progênies (Θ = 0,147) foi maior e o tamanho efetivo de variância (Ne(v) = 2,98) foi menor do que o esperado em progênies de populações panmíticas (Θ = 0,125, Ne(v) = 4, respectivamente). em termos de conservação genética, os resultados indicam que para se obterem lotes de sementes com tamanho efetivo de referência de 150, é necessário coletar sementes de pelo menos 50 árvores matrizes. The aims of this study were to investigate the mating system of a fragmented population of the dioecious tropical tree Myracrodruon urundeuva Allemão, using five microsatellite loci and the mixed mating and correlated mating models. The study was conducted in the Estação Ecológica de Paulo de Farias (436 ha), where the population occupies about 142 ha. The mating system was estimated using 514 open-pollinated offspring, collected from 30 seed-trees. Estimates of the multilocus outcrossing rate confirm that the species is dioecious (t m = 1.0). Low levels of mating among relatives were detected in the population (1 - t s = 0.020). The estimate of paternity correlation (r p(m)) indicated that offsprings were composed of mixtures of half-sibs and full-sibs, with the latter occurring at a low frequency (average of 0.148). The estimated coancestry coefficient within families (Θ = 0.147) was larger and the effective population size (Ne(v)) was lower (Ne(v) = 2.98) than expected in progenies from panmictic populations (Θ = 0.125, Ne(v) = 4, respectively). In terms of conservation, the results indicate that to retain an effective population size of 150, is necessary to collect seeds from at least 50 seed-trees. Universidade Estadual de Londrina (UEL) Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira Instituto Florestal de São Paulo Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira

This study was carried out in order to assess the genetic diversity of 20 cassava (Manihot esculenta Crantz) genotypes with high phenotypic performance using microsatellite markers. Two groups were considered for this study: eleven varieties for industrial uses and nine for household consumption. By using nine microsatellite primers, high polymorphism was identified in all the loci analyzed, with values reaching 100%. On average, 3.4 alleles per locus were found, with 0.371 the value estimated for the observed heterozygosity and 0.555 for gene diversity for the entire set of varieties. The genetic variability found in both varieties, cultivated on a large-scale in the South Center region of Brazil, is wide enough to allow the choice of divergent parental genotypes to be used in crosses to obtain new recombinant genotypes. Furthermore, the analyses indicated a high genetic variability within the two groups (I: varieties for industrial uses; II: varieties for household consumption). However, varieties for household consumption attain higher genetic variability, probably due to high priority placed on selection of different sensorial traits. In the cluster analysis, a tendency for separation of varieties for industrial use and household consumption was verified. Our results represent an important source of information to the cassava breeding program in Brazil. Este estudo teve como objetivo avaliar a diversidade genética de 20 genótipos de mandioca (Manihot esculenta Crantz) com alto desempenho fenotípico, utilizando marcadores microssatélites. Foram considerados dois grupos: onze variedades para fins industriais e nove variedades de mesa. A partir de nove iniciadores foi identificado alto polimorfismo para todos os locos analisados, atingindo valores de 100%. Em média, foram encontrados 3,4 alelos por loco, sendo 0,371 o valor estimado para a heterozigosidade observada e 0,555 para a diversidade gênica, no conjunto total de variedades comerciais avaliadas. A variabilidade genética observada em ambos os grupos de variedades, cultivadas em larga escala na Região Centro-Sul do Brasil, é ampla o suficiente para permitir a escolha de genótipos parentais divergentes para serem utilizados em cruzamentos para obter novos genótipos recombinantes. Além disso, as análises revelaram alta variabilidade genética dentro dos dois grupos (I: variedades industriais; II variedades de mesa). Contudo, nas variedades de mesa houve maior diversidade genética, provavelmente devido à alta prioridade dada às características sensoriais. Pela análise de agrupamento, verificamos uma tendência para a separação das variedades industriais das de mesa. Os resultados representam importante fonte de informação para programas de melhoramento de mandioca no Brasil.

Submitted by Guilherme Lemeszenski (guilherme@nead.unesp.br) on 2013-08-22T18:44:10Z No. of bitstreams: 0 Made available in DSpace on 2013-08-22T18:44:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-12-01 Made available in DSpace on 2013-09-30T17:48:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-12-01 Submitted by Vitor Silverio Rodrigues (vitorsrodrigues@reitoria.unesp.br) on 2014-05-20T13:21:25Z No. of bitstreams: 1 S1807-86212010000400008.pdf: 596636 bytes, checksum: 38d91ff6672fce3c6ee682fef77f535f (MD5) Made available in DSpace on 2014-05-20T13:21:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 S1807-86212010000400008.pdf: 596636 bytes, checksum: 38d91ff6672fce3c6ee682fef77f535f (MD5) Previous issue date: 2010-12-01 No melhoramento genético de espécies florestais, uma população base ou indivíduos superiores pré-selecionados tem importância fundamental para a manutenção do programa. Indivíduos de melhores procedências e de ampla base genética propiciam a obtenção de ganhos de forma contínua. O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade genética em duas populações-núcleo de Eucalyptus grandis. Foram avaliados 39 indivíduos, sendo 19 pertencentes à população 1 e 20, à população 2, utilizando-se 14 primers microssatélite. Os fragmentos foram identificados e analisados a partir dos programas GeneScan e Genotyper, utilizando-se um sequenciador automático ABI Prism 3100. O número de alelos encontrados para cada primer variou de cinco a 15 para a população 1 e, de 8 a 18 para a população 2. A heterozigosidade estimada foi maior na população 2, 0,869, contra 0,843 na população 1. A média da distância genética entre os indivíduos da população 1 foi 0,6220 e na população 2 foi 0,6112. Com a caracterização molecular dos indivíduos destas populações foi construído um banco de dados que permitirá, a partir dos parâmetros de genética de populações, monitorar esses programas de melhoramento em diferentes ciclos de seleção. In genetic breeding of forest species, a base population or pre-selected higher individuals have a fundamental importance to program maintenance due to their better origins and large genetic basis, which continuously propitiates gains. The aim of this study was to verify the variability level in two Eucalyptus grandis nucleus populations. Thus, 39 individuals were evaluated - 19 in population 1, and 20 in population 2. Fourteen microsatellite primers were measured, identified and analyzed using GeneScan and Genotyper software through an ABI Prism 3100 automatic sequencer. The number of alleles in each primer varied between 5 and 15 in population 1, and from 8 to 18 in population 2. Heterozygosity was higher in population 2 - 0.869, versus 0.843 in population 1. Mean genetic distance among individuals was 0.6220 in population 1 and 0.6112 in population 2. After individual molecular characterization, a database was compiled to allow the control of these improvement programs in different selection cycles based on population genetic parameters. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho Faculdade de Ciências Agronômicas de Botucatu Departamento de Produção Vegetal Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho Faculdade de Ciências Agronômicas de Botucatu Programa de Pós-graduação em Proteção de Plantas Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho Instituto de Biociências Departamento de Genética Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho Faculdade de Ciências Agronômicas de Botucatu Departamento de Produção Vegetal Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho Faculdade de Ciências Agronômicas de Botucatu Programa de Pós-graduação em Proteção de Plantas Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho Instituto de Biociências Departamento de Genética

This study aimed to evaluate the genetic diversity and identify potato cultivars by RAPD and SSR markers. The genomic DNA of 16 potato cultivars was amplified with 25 RAPD primers that generated 92 polymorphic bands and 20 SSR primer pairs that produced 136 polymorphic bands. The dendrograms generated by cluster analysis distinguished the cultivars genetically although the dendrograms were not correlated in the comparison of the two markers used. The PIC values demonstrated the high information content of the primers used and 16 potato varieties were identified based on six RAPD primers and three SSR primer pairs. Thus, by means of RAPD and SSR markers the genetic diversity was assessed and the 16 commercial potato cultivars analyzed in this study were identified. Este trabalho teve como objetivo avaliar a divergência genética e identificar cultivares de batata por meio de marcadores RAPD e SSR. O DNA genômico de 16 cultivares de batata foi amplificado com primers RAPD e com pares de primers SSR. Os 25 primers RAPD geraram 92 bandas polimórficas e os 20 pares de primers SSR produziram 136 bandas polimórficas. Os dendrogramas gerados pela análise de agrupamento permitiram uma distinção genética das cultivares, entretanto não houve uma correlaçao entre os dendrogramas ao comparar os dois marcadores utilizados. Os valores de PIC demonstraram o alto conteúdo informativo dos primers utilizados e, com a utilização de 6 primers RAPD e de 3 pares de primers SSR, identificou-se as 16 cultivares de batatas. Dessa forma, por meio de marcadores moleculares RAPD e SSR foi possível avaliar a divergência genética e identificar as 16 cultivares comerciais de batata analisadas neste estudo.

A troca de informação sobre biodiversidade e a utilização de recursos genéticos podem ser melhor realizadas se os laboratórios que geram as informações puderem demonstrar que seus resultados são confiáveis através de metodologias adequadas de validação. Para definir critérios que sirvam para demonstrar a confiabilidade de resultados em laboratórios onde são realizadas pesquisas com marcadores de DNA, foram analisados erros associados à quantificação de DNA em gel de agarose e à repetitividade e robustez da reação da polimerase em cadeia (PCR) utilizando primers baseados em marcadores microssatélites (SSR). O erro associado à quantificação de DNA foi menor quando 100 ng foram quantificadas, e aumentou para quantidades de DNA maiores, com a tendência de subestimar sua quantidade. O limite de quantificação, entendido como as menores diferenças de quantidade de DNA que o método detecta, variou expressivamente com pequena variação da quantidade de DNA. A incerteza associada ao PCR foi estimada por sua repetitividade, que mostrou-se sensível à quantidade de DNA da reação. A baixa robustez da PCR quanto à quantidade de DNA demonstra a necessidade prioritária de avaliação deste parâmetro. As considerações feitas podem ser auxiliares para que laboratórios de marcadores moleculares utilizem procedimentos de validação. Biodiversity information exchange and the use of genetic resources can be improved if the laboratories are able to assure their results thought suitable methodologies of validation. Aiming to define criteria which demonstrate the reliability of results in laboratories which work with DNA markers, errors associated to the DNA quantification in agarose gel, PCR repeatability and robustness using microsatellite (SSR) markers were analyzed. The error associated to DNA quantification was smaller when 100 ng of DNA were quantified, and increased for greater amounts of DNA, tending to sub estimations. Quantification limits, or the smallest quantity detected by the method used, varied markedly with small variations on the DNA amounts. Uncertainty associated to microsatellite PCR reaction was measured by its repeatability, which was affected by the quantities of DNA in the reaction. The low robustness of the microsatellite PCR reaction due to sensibility to quantities of DNA showed the priority on evaluating this parameter. The presented methodologies may be useful to laboratories working with molecular markers implementing validation procedures.

Objetivou-se neste trabalho, selecionar famílias de feijoeiro promissoras para a produtividade de grãos com tipo de grãos ideal utilizando informações fenotípicas e de marcadores moleculares ligados a QTLs. Foram utilizadas 100 famílias F3:7, avaliadas em três safras, com dois experimentos/safra, totalizando seis experimentos. A primeira safra foi a da seca/2007, na qual conduziu-se um experimento em Lavras-MG e o outro em Ijaci-MG. Nas safras de inverno/2007 e águas 2007/2008, foram conduzidos, em cada uma, um experimento em Lavras-MG e outro em Lambari-MG. Em todos eles foi utilizado o delineamento látice triplo 10x10, com parcelas de duas linhas de dois metros. As famílias foram avaliadas pela sua produtividade de grãos. Em apenas um dos experimentos de cada safra foi avaliado o tipo de grão. Os dados foram submetidos à análise de variância individual e conjunta, por local e por safra. 480 marcadores microssatélites foram testados para identificar polimorfismo entre os genitores. Os oito marcadores polimórficos identificados foram utilizados para a genotipagem das famílias. Entre esses, cinco explicaram parte da variação da produtividade de grãos. Os marcadores explicaram pequena porcentagem da variação fenotípica e apresentaram alta interação QTLs x ambientes. O ganho com a seleção fenotípica para produtividade de grãos foi de 7,4%, e de 9,6% para tipo de grãos, adotando a intensidade de seleção de 5%. A seleção assistida por marcadores foi equivalente à fenotípica para produtividade de grãos, porque apenas um marcador mais estável contribuiu para a seleção com base na média dos ambientes. The objectives of this research were to select com mon bean families with high grain yield and ideal grain type using phenotypical information and molecular markers linked to the QTLs. One hundred F3:7 families were evaluated in three seasons, in two field experiments per season. Two experiments were set up in the counties of Lavras and Ijaci in the dry season/2007, other four experiments were set up in Lavras and Lambari, two in the winter season/2007 and two in the 2007/2008 rainy season. A 10x10 lattice design was used in all experiments, using 2m-long plots and rows 50cm apart. The families were evaluated based on grain yield in all experiments, and based on grain type in one experiment per season. Moreover, 480 microsatellite markers were tested in the parents. Eight markers were polymorphic and used for genotyping the families. Among them five explained part of the grain yield variability and presented high interaction by environments. Selecting 5% of the families the genetic gain was of 7,4% for grain yield and 9,6% for grain type. The marker-assisted selection gave a similar result to the phenotypic selection because only one more stable marker of the along with average grain yield was used in the selection.

Objetivou-se com este estudo mapear locos de características quantitativas (QTL) nos cromossomos 9, 10 e 11 de suínos (Sus scrofa) e associar seus efeitos em características de carcaça, cortes de carcaça, órgãos e vísceras, desempenho e qualidade de carne. Utilizaram-se amostras de DNA de animais pertencentes a uma população F2, oriunda do cruzamento entre machos da raça Piau e fêmeas Landrace õ Large White õ Pietrain. Um total de 13 locos microssatélites foi utilizado na construção dos mapas de ligação da população atual. As análises de associação foram feitas utilizando-se mapeamento de intervalo por regressão para detecção de QTL. Identificaram-se associações significativas, em nível cromossômico, entre regiões do cromossomo 9 e as características peso total do carré e peso do lombo. No cromossomo 10, foram detectados três QTL significativos para espessura de toucinho na linha dorso-lombar entre a última e a penúltima vértebra lombar, peso de pulmão e índice de vermelho e um QTL significativo, no nível genômico, para peso de fígado. No cromossomo 11, foi detectada apenas uma associação significativa, em nível cromossômico, relacionada à espessura de toucinho imediatamente após a última costela, a 6,5 cm da linha dorso-lombar. As informações dos QTL significativos encontrados são importantes para estudos futuros, como o mapeamento fino e a identificação de genes, que ajudem no melhor entendimento da fisiologia e das características de produção de suínos. The objective of this study was to map quantitative trait loci (QTL) in chromosomes 9, 10 and 11 of swines (Sus scrofa) and to associate their effects on traits of carcass, carcass cuts, organs and guts, performance and meat quality. Samples of DNA of animals from a F2 population originated from crosses between Piau breed males and Landrace õ Large White õ Pietrain females were used. A total of 13 microsatellite loci were used to build link maps of the present population. Analyses of association were done using mapping of intervals by regression for QTL detection. Significant association were identified at the cromossomic level between cromossome 9 regions and total (bone-in) loin weight and boneless loin weight. On cromossom 10, three significant QTL were detected for midline backfat thickness immediately between the last and penultimate the last rib, lung weight and redness and a significant QTL at the genomic level for weight of liver. On chromosome 11, only one significant association was detected at cromosomic level related for backfat thickness immediately after the last rib at 6.5 cm from the midline. Information from significant QTL found here are important for future studies as fine mapping and gene identification, which help on a better understanding of physiology and characteristics of swine production.