1. ssDNA degradation along capillary electrophoresis process using a Tris buffer
- Author
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Ric, Audrey, Ong-Meang, Varravaddheay, Poinsot, Verena, Martins-Froment, Nathalie, Chauvet, Fabien, Boutonnet, Audrey, Ginot, Frédéric, Ecochard, Vincent, Paquereau, Laurent, Couderc, François, Interactions moléculaires et réactivité chimique et photochimique (IMRCP), Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Fédération de Recherche Fluides, Energie, Réacteurs, Matériaux et Transferts (FERMAT), Institut National des Sciences Appliquées - 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- Subjects
Biomolecules ,Capillary electrophoresis ,ssDNA degradation ,[CHIM.GENI]Chemical Sciences/Chemical engineering ,Oligonucleotides ,Génie chimique ,[SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering ,Génie des procédés ,Tris-Acetate buffer - Abstract
International audience; Tris-Acetate buffer is currently used in the selection and the characterization of ssDNA by capillary electrophoresis (CE). By applying high voltage, the migration of ionic species into the capillary generates a current that induces water electrolysis. This phenomenon is followed by the modification of the pH and the production of Tris derivatives. By injecting ten times by capillary electrophoresis ssDNA (50 nM), the whole oligonucleotide was degraded. In this paper, we will show that the Tris buffer in the running vials is modified along the electrophoretic process by electrochemical reactions. We also observed that the composition of the metal ions changes in the running buffer vials. This phenomenon, never described in CE, is important for fluorescent ssDNA analysis using Tris buffer. The oligonucleotides are degraded by electrochemically synthesized species (present in the running Tris vials) until it disappears, even if the separation buffer in the capillary is clean. To address these issues, we propose to use a sodium phosphate buffer that we demonstrate to be electrochemically inactive.
- Published
- 2017
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