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El 15 % de los suelos del mundo están en proceso de degradación física y química y una de sus causas es por la salinidad. En la cuenca del río Guayas, Ecuador, sus suelos presentan este tipo de deterioro, la cual fue la razón para este estudio, cuyo objetivo fue determinar la salinidad de agua y suelo, y la caracterización de los de los sistemas de producción de arroz de San Jacinto de Yaguachi, provincia del Guayas. En las 19.027 hectáreas analizadas, se georreferenciaron 99 puntos de muestreo para los análisis del suelo y para el agua de riego se seleccionaron 10 sitios para análisis químico. En el diagnóstico de los spa se consideraron 2235 unidades de producción agropecuaria (upa) y se aplicaron 113 encuestas usando estadísticas descriptivas, donde luego las 51 variables fueron analizadas con Infostat. Del área de estudio, 6.533,87 ha presentaron problemas de salinidad, lo cual se asocia al uso indiscriminado de fertilizantes químicos sin orientación de análisis de suelo y agua, debido a que el 89 % aplica fertilizantes inorgánicos, lo que genera contaminación. Se concluye que tanto el suelo como el agua son limitantes relevantes para la producción de arroz en el cantón de San Jacinto de Yaguachi, ya que los suelos son vertisoles, de textura arcillosa y con un pH de 6,9 (neutro); sin embargo, la conductividad eléctrica (ce) de 4 dS.m-1 se relaciona con el porcentaje de sodio intercambiable (psi) en el orden del 7,93 %. Por otro lado, el agua para riego tuvo un ce de 2,64 dS.m-1, es de categoría C4S3 y es dura y de salinidad alta.