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Este artículo da cuenta de los contenidos escolares (tipos y niveles de organización) que subyacen en las orientaciones curriculares expedidas por el Ministerio de Educación Nacional de Colombia para el área de Ciencias Naturales, estudio que se adelantó en el Doctorado Interinstitucional en Educación. La investigación se enmarca en el enfoque cualitativo, desde una perspectiva interpretativa y asume como método el estudio de caso. Se examinaron los Lineamientos Curriculares, los Estándares Básicos de Competencias y los Derechos Básicos del Aprendizaje, y se realizó una entrevista semiestructurada a un coautor por cada orientación. Los datos fueron tratados a través del análisis de contenido, con apoyo del software Atlas.ti. Se destacan como resultados los diferentes tipos de contenidos escolares conceptuales, procedimentales y actitudinales, y se evidencian algunas articulaciones entre dichos contenidos y las propuestas de organización, como la formulación de niveles de complejidad y los ejes articuladores. Se concluye que los tipos de contenidos escolares están vinculados de manera directa con una visión disciplinar (nivel instruccional-cientificista); en cambio, para la organización de los contenidos escolares se propone una construcción pedagógica y didáctica propia (nivel integrador-transformador).