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Objetivo. Identificar parásitos en heces del huemul (Hippocamelus bisulcus) presente en áreas naturales protegidas del centro y sur de Chile y evaluar diferencias en la prevalencia de parásitos entre regiones y estaciones del año. Materiales y métodos. 200 muestras de heces de huemul fueron colectadas de distintas localidades de las regiones de Ñuble, Aysén y Magallanes a lo largo de todas las estaciones entre los años 2006 y 2008. Las muestras fueron analizadas utilizando las técnicas de flotación y sedimentación, para ser posteriormente observadas en el microscopio con el objetivo de detectar parásitos. Adicionalmente, se analizaron 124 de estas muestras para determinar la presencia de Fasciola hepatica. Resultados. El 38.0%(n=76/200) de las muestras analizadas fueron positivas a algún parásito, observándose una prevalencia de 11.8%(n=2/17) en Ñuble, 22.8%(n=28/123) en Aysén y un 76.7%(n=46/60) en Magallanes. En Ñuble se encontraron huevos de Moniezia sp., mientras que en Aysén y Magallanes se identificaron huevos tipo Estrongílido, Nematodirus sp. y ooquistes de Eimeria spp. No se evidenció F. hepatica en las muestras analizadas. Se detectan diferencias de parasitismo entre las estaciones (p≤0.05) en Aysén y Magallanes. Conclusiones. La diferencia en la prevalencia y diversidad parasitaria entre regiones incluidas en este estudio pueden estar relacionadas con la disimilitud en la densidad poblacional de huemules y la masa ganadera de cada región. Es necesario continuar con monitoreos parasitológicos en poblaciones de huemul en Chile sur y central y estudiar la relación de esta especie con el ganado y la posible transmisión inter- e intraespecífica de parásitos.