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Introduction Differents variants de fusion ont ete decrits dans les rearrangements du gene ALK au sein des cancers pulmonaires non a petites cellules (CPNPC) et influeraient sur la sensibilite cellulaire au traitement par crizotinib. Le but de cette etude etait de tester et d’ameliorer l’efficacite du sequencage massif parallele (NGS) a partir d’ARN base sur des PCR multiplexes (RNA-seq) dans la detection du rearrangement et des variants de fusion ALK par rapport a l’immunohistochimie (IHC) et l’hybridation in situ en fluorescence (FISH) dans des echantillons de CPNPC. Le second objectif etait de mettre en evidence un lien entre la nature du variant de fusion ALK et la reponse au crizotinib. Methodes Cinquante-trois echantillons fixes au formol et inclus en paraffine ALK-positifs en FISH et/ou en IHC et 23 echantillons ALK-negatifs ont ete testes par RNA-seq. Dans un 2e temps, un protocole associant le RNA-seq a une PCR ancree multiplexe a ete evalue sur 10 echantillons en echec apres RNA-seq. Resultats Un resultat concluant par RNA-seq a ete obtenu dans 75 % des echantillons. Parmi les 33 cas ALK-positifs en RNA-seq, un transcrit de fusion a ete identifie parmi 27 echantillons. Comparees a l’association IHC/FISH, la sensibilite et la specificite du RNA-seq etaient respectivement de 80 et 100 %. Dans les cas ALK-positifs en IHC et en FISH, le RNA-seq a detecte un rearrangement ALK dans 100 % des cas analysables. Le RNA-seq a rendu un resultat concluant dans tous les cas equivoques et/ou borderlines en FISH et IHC. Concernant les cas discordants en IHC et FISH, le RNA-seq a ete mis en echec pour 5 des 7 echantillons. Sur les 10 echantillons consideres en echec apres RNA-seq testes, l’ajout d’une PCR ancree multiplexe dans le protocole de RNA-seq a permis de detecter 3 transcrits de fusion dont un variant CLIP1(12)-ALK(20) jamais decrit auparavant. Au sein des patients traites par crizotinib, la survie sans progression mediane etait plus allongee pour ceux presentant un variant 1 ou 2 d’EML4-ALK par rapport a ceux arborant un variant 3a/b (314 contre 192 jours, respectivement ; p = 0,1743). Conclusion Le RNA-seq est efficace pour le diagnostic des rearrangements ALK dans les CPNPC et pourrait etre integre a l’algorithme diagnostique de cette anomalie. De plus, il autorise l’identification des transcrits de fusion ALK qui pourraient constituer un marqueur pronostique chez ces patients.