1. Simple sequence repeat analysis of a clonally propagated species: A tool for managing a grape germplasm collection.
- Author
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Dangl, G Savage, Mendum, Mary Lou, Prins, Bernard H, Walker, M Andrew, Meredith, Carole P, and Simon, Charles J
- Subjects
PLANT species ,PLANT genetics ,PLANT germplasm ,CULTIVARS ,GRAPES - Abstract
The USDA germplasm repositories help to preserve the genetic variability of important crop species by collecting and maintaining representative cultivars and related germplasm. Simple sequence repeat markers with high allelic diversity were used to type 41 grapevines from 40 accessions. All vines were either seedless table grape cultivars or cultivars with names similar to table grape cultivars. The proportion of shared alleles was selected as the most appropriate statistical measure of genetic distance for this population. In conjunction with morphological traits, known synonyms were confirmed and a previously unknown synonym was discovered. An alleged synonym in the literature was disproved by the DNA data. The data were consistent with known parentage, where such data were available. Two mislabeled vines in the USDA collection were identified. UPGMA grouped the cultivars loosely into three groups: a group of nine mostly Middle Eastern cultivars, a group of 22 accessions mostly from Russia and Afghanistan that were morphologically similar to 'Thompson Seedless', and a third very loose group of 11 accessions consisting mostly of eastern European wine grape cultivars. The limitations and usefulness of this type of analysis are discussed.Key words: Vitis vinifera, grape, germplasm, simple sequence repeats, genetic distance.Les banques de ressources génétiques du USDA aident à préserver la variabilité génétique présente au sein d'espèces cultivées importantes en établissant et en maintenant des collections représentatives de cultivars et d'autres types de ressources génétiques. Des microsatellites présentant une grande diversité allélique ont été employés afin de génotyper 41 vignes provenant de 40 accessions. Toutes les vignes étudiées étaient des cultivars de raisins de table sans pépins ou des cultivars portant des noms proches de cultivars de raisin de table. La proportion d'allèles communs a été choisie comme étant la mesure statistique la plus appropriée pour mesurer la distance génétique au sein de cette population. Conjointement avec l'étude de caractères morphologiques, il a été possible de confirmer l'identité de synonymes connus et d'en identifier un nouveau. Un autre cas de possibles cultivars synonymes, lequel avait été suggéré dans la littérature, s'est avéré ne pas en être un sur la base des données d'ADN. Les données obtenues quant au niveau de parenté concordaient avec les données rapportées antérieurement, du moins lorsque de telles données existaient. L'identité de deux vignes mal identifiées au sein de la collection a pu être corrigée. Une analyse UPGMA a permis de classer les cultivars en trois groupes : l'un formé de neuf cultivars provenant essentiellement du Moyen-Orient, un second comprenant 22 accessions provenant principalement de la Russie et de l'Afghanistan et qui étaient de morphologie semblable au 'Thompson Seedless' et un troisième groupe formé surtout de cépages à vin provenant d'Europe de l'Est. Les limitations et l'utilité ce type d'analyse sont discutées.Mots clés : Vitis vinifera, raisin, ressources génétiques, microsatellite, distance génétique.[Traduit par la Rédaction] [ABSTRACT FROM AUTHOR]
- Published
- 2001
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