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The freshwater stingrays from the Potamotrygonidae family are cartilaginous fish of marine origins that invaded the Amazon basin during the Miocene. There are other freshwater species, such as from the Dasyatidae family, but only the stingrays of the Potamotrygonidae are fully adapted and have all their life cycle in freshwater. There are three genus in Potamotrygonidae. Paratrygon and Plesiotrygon with only one species each, and Potamotrygon with 18 species and others to be described. The Amazon basin has the highest diversity of species, with 13 described species, while the Paraná- Paraguay basin has seven species. Most species are endemic, with few species inhabiting more than one basin, for example, P. motoro. In the Upper Paraná River, there are now two species, P. motoro and P. falkneri, which invaded this environment after the construction of Itaipu. In this study we evaluated the genetic variability and genetic differentiation of the potamotrygonids in the Upper Paraná River, the possibility of interspecific hybridization and comparison between populations of P. motoro from the Upper Paraná River, Orinoco River and the Amazon basin. Both species, P. motoro and P. falkneri showed low genetic diversity, however, with some molecular markers, two groups were identified in P. falkneri. More studies are required to confirm this result. The genetic differentiation between the two species was also very low, emphasizing the recent speciation of these two species. Hybrid individuals were detected between P. motoro and P. falkneri in the Upper Paraná River. The analysis between the populations of P. motoro from the Upper Paraná River, Orinoco River and the Amazon basin showed that these populations do not belong to the same species. Therefore, P. motoro should be considered a species complex, and their identification restricted to the Paraná-Paraguay basin, where were described. As raias da família Potamotrygonidae são peixes cartilaginosos de origem marinha que invadiram a bacia Amazônica durante o mioceno. Existem outras espécies de água doce, como por exemplo, as raias da família Dasyatidae, mas apenas as raias da família Potamotrygonidae estão totalmente adaptadas e apresentam todo seu ciclo de vida em água doce. Existem três gêneros em Potamotrygonidae. Paratrygon e Plesiotrygon com apenas uma espécies cada, e Potamotrygon com 18 espécies e outras a serem descritas. A bacia amazônica apresenta a maior diversidade de espécies, com 13 espécies descritas, enquanto que a bacia Paraná- Paraguai apresenta sete espécies. A maioria das espécies são endêmicas, com poucas espécies habitando mais de uma bacia hidrográfica, como por exemplo, P. motoro. No alto rio Paraná existem duas espécies, P. motoro e P. falkneri, que invadiram esse ambiente após a construção de Itaipu. No presente trabalho foram avaliadas a variabilidade genética e a diferenciação genética das espécies presentes no alto rio Paraná, a possibilidade de hibridação inter-específica e a comparação entre indivíduos de P. motoro do alto rio Paraná com indivíduos do rio Orinoco e da bacia Amazônica. Ambas as espécies, P. motoro e P. falkneri, apresentaram baixa diversidade genética, entretanto, com alguns marcadores moleculares, foram identificados dois grupos bem diferenciados em P. falkneri. Esse resultado deve ser melhor estudado para confirmar a sua validade. A diferenciação genética entre as duas espécies também foi muito baixa, fato que ressalta a especiação recente dessas duas espécies. Foram detectados indivíduos híbridos entre P. motoro e P. falkneri no alto rio Paraná. A comparação entre as populações de P. motoro do alto rio Paraná, rio Orinoco e bacia Amazônica mostrou que estas populações não pertencem à mesma espécie. Portanto, P. motoro deve ser considerado um complexo de espécies, e sua identificação restrita a populações da bacia Paraná- Paraguai, local de sua descrição. 61 f

Dissertação de Mestrado em Genética Molecular Comparativa e Tecnológica Em Portugal, a Ruditapes decussatus, amêijoa-boa (Bivalvia, Veneridae) tem uma distribuição geográfica ampla, sendo essencialmente no Sul de Portugal que o seu valor e procura são mais elevados. Apesar da sua importância económica e comercial, sobretudo para o desenvolvimento local e regional, nenhum estudo populacional genético em populações portuguesas de R. decussatus foi, até hoje realizado. Esta dissertação de Mestrado teve dois objectivos gerais, o primeiro referente ao desenvolvimento de um método de extracção de DNA em bivalves, em que a qualidade e quantidade do DNA obtido fosse elevada. O método descrito neste trabalho baseia-se no uso do sistema automático de extracção de ácidos nucleicos QuickGene-800 e no “kit” QuickGene DNA Tissue desenvolvido pela FUJIFILM LIFE SCIENCE. O segundo objectivo foi o estudo da variabilidade inter e intra-populacional de duas populações (Alvor e Faro) de R. decussatus, através da utilização de RAPDs. A escolha de RAPDs como marcador molecular para o estudo da diversidade genética de e entre populações reside sobretudo no facto de os resultados gerados por este marcador molecular serem muito confiáveis, pois os genótipos são analisados no âmbito molecular. Isso significa que toda a variação detectada é de causa genética, anulando a influência do ambiente. A quantificação da diversidade e diferenciação genética das populações de R. decussatus foi o próximo passo da investigação. Os dados de RAPDs obtidos foram então analisados bioinformaticamente, recorrendo-se aos softwares POPGENE 1.32 e TFPGA 1.3, os quais estimaram diversos parâmetros sobre a diversidade genética dentro e entre as populações de R. decussatus em análise. A diversidade genética intra-populacional estimada em cada uma das populações foi bastante elevada, enquanto que a diferenciação genética entre as populações apresentou valores muito baixos. As conclusões retiradas da análise dos resultados permitem afirmar que estas duas populações poderiam ser usadas no repovoamento e melhoramento genético de populações da espécie. In Portugal, Ruditapes decussatus (“groovedcarpet shell”, Bivalvia, Veneridae) is among the most common clam species found in the market for human consumption, taking a great commercial and economic importance. However, and in spite of the great commercial importance of the several clam species, specially the groovedcarpet shell, almost any selection study or genetic improvement was made, to the moment, in this group of species, being that in the Portuguese populations of R. decussatus its scarcity is high. Such commercial and economic importance demands knowledge of the genetic variability and of of the phylogenetic relationships of the different species, together with data regarding the biology, ecology and morphology of the species. This work had two general objectives, the first regarding the establishment of a method for optimal DNA extraction, that would attain a high purity molecular DNA and low chaotropic salt contamination based on the use of the automatic system machine QuickGene-800 and the QuickGene DNA Tissue kit developed by FUJIFILM Life Sciene. The second objective was the study of variability in two Portuguese populations of R. decussatus (Alvor and Faro) through the use of RAPDs. The choice of these molecular markers for this study is based in the fact that results for population diversity generated by RAPDs, are very trustworthy, because the genotypes are analyzed at the molecular level. This means that all variation detected is of genetic cause, annulling the influence of the environment. The diversity and genetic differentiation analysis in R. decussatus populations of was the next step in this investigation. The data obtained by RAPDs was then bioinformatically analysed using the softwares POPGENE 1.32 and TFPGA 1.3, which estimated several genetic parameters for diversity and differentiation of these populations. The estimated genetic diversity of each one of the two populations was elevated in contrast with the genetic differentiation between the two populations that displayed very low differentiation values. The results’ analysis allowed concluding that these two populations can be used in the restocking and genetic improvement of populations of the same species with no risk of an environmental and genetic disaster for this species.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-10-15Bitstream added on 2014-06-13T20:33:51Z : No. of bitstreams: 1 silva_pvc_me_jabo.pdf: 474489 bytes, checksum: 1d66e81d39696776d2b564803c77e0a8 (MD5) Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Universidade Estadual Paulista (UNESP) A ocorrência de híbridos entre javalis e suínos, tanto na natureza como em cativeiro, é bastante comum. Assim, tem-se detectado polimorfismo em javalis, variando o número de cromossomos de 36 a 38. Nesse sentido, objetivou-se, com este trabalho, caracterizar geneticamente javalis (Sus scrofa scrofa) puros e híbridos criados no Brasil, por meio de loci de microssatélites (STRs) do suíno doméstico (Sus scrofa domestica). Para efeito de classificação, os animais foram agrupados, segundo análise de pedigree e número diplóide (2n), em 5 grupos genéticos: grupo I, constituído de 59 suínos domésticos; grupo II, formado por 46 javalis puros de origem; grupo III, constituído de 3 híbridos, com 2n=36, provenientes de acasalamentos entre híbridos e retrocruzamentos; grupo IV, representando 30 híbridos com suíno doméstico de ploidia igual a 37 cromossomos; e grupo V, constituídos de 10 híbridos também com o doméstico, porém com 2n=38, conhecidos popularmente como Javaporcos, devido à similaridade cariotípica e fenotípica com o suíno doméstico. O DNA genômico foi extraído e, posteriormente, amplificou-se, pela técnica de PCR, os fragmentos desses microssatélites - IGF1, ACTG2, TNFB -, os quais foram desenvolvidos para a subespécie Sus scrofa domestica. As condições de amplificação foram padronizadas para as amostras de javali realizadas em um termociclador, com as temperaturas de anelamento variando para cada primer. Ao final das amplificações, os produtos dos microssatélites foram colocados em um seqüenciador capilar modelo ABI 3100 Avant (Applied Biosystems). A partir dos resultados obtidos no presente trabalho, concluiu-se que os microssatélites IGF1, ACTG2 e TNFB, usados em suínos, são eficiente na amplificação heteróloga e podem ser aplicados em javali. Os javalis puros se diferenciam geneticamente dos suínos e dos híbridos... The occurrence of crossbred animals between wild boar and pigs, both in nature and in captivity, is quite common. Thus, polymorphism has been detected among wild boar, varying chromosomes from 36 to 38. Considering this, the objective of the present work was to perform a genetic characterization of wild boar and crossbred boars raised in Brazil, through. the microsatellites loci (STRs) of the domestic pig (Sus scrofa domestica). For classification purposes, the animals were grouped according to pedigree analysis and diploid number (2n) into 5 genetic groups: group I, composed of 59 domestic pigs with 2n = 38; group II, composed of 46 wild boar with 2n = 36 imported from France in 1997; group III, composed of 3 crossbred animals with 2n = 36 from the crossing between crossbred and backcrossing animals; group IV, composed of 30 crossbred animals with domestic pig with ploidy equal to 37 chromosomes and group V, composed of 10 crossbred animals also with domestic pig, but with 2n = 38, popularly known as “Boarpigs” due to their karyotypic and phenotypic similarity with the domestic pig. The genomic DNA was extracted and, after that, the fragments of these microsatellites - IGF1, ACTG2, TNFB - were amplified through the PCR technique, which were developed for the Sus scrofa domestica species. The amplification conditions were standardized for wild boar samples and performed in a thermocycler with the annealing temperatures varying for each primer. At the end of amplifications, the products of microsatellites were placed in a genetic analyzer model ABI 3100 Avant (Applied Biosystems). Considering the results of this research, the microsatellites IGF1, ACTG2 and TNFB used for pigs, were considered to be efficient on the heterologous amplifications and can also be applied on wild boar. The wild boar differs genetically from pigs and crossbreds... (Complete abstract, click electronic access below)