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Background: Two biotypes of Aberdeen Angus cattle breed, known as Old Type and New Type, that differ in their origin and beef production are formally recognized. In Colombia, this breed has been commercialized for approximately 80 years. Studies on the origin, kinship and levels of genetic diversity of this breed in Colombian herds are scarce, yet important for planning crossing and management strategies. Objective: To measure the genetic diversity and structure of two Colombian herds of Old Type and New Type biotypes of Aberdeen Angus from Huila and Cundinamarca provinces and assess mitochondrial introgression with other breeds. Methods: A set of ten microsatellites and sequences of the Mitochondrial Control Region were characterized. Estimators of genetic diversity and population differentiation along with tests of population assignment were applied. Results: Nuclear loci were highly polymorphic as shown by the Polymorphic Information Content (0.599) and the Probability of Identity (1.896 10-08). Both populations were highly diverse and clearly differentiated into two groups corresponding to the Old Type and New Type phenotypes. In contrast, mitochondrial data failed to distinguish these two groups and showed extensive admixture. Conclusions: This study optimized a set of ten highly polymorphic nuclear markers that may be used for parentage and population genetic studies of Aberdeen Angus. Genetic differentiation in these loci agreed with phenotypic differences of the Old and New Types. However, mitochondrial data indicated ancestry of multiple European breeds in the origin of Colombian Aberdeen Angus. Resumen Antecedentes: Dentro de la raza Aberdeen Angus existen dos biotipos conocidos como Old Type y New Type, las cuales difieren en su origen y producción de carne. En Colombia, esta raza se ha venido comercializando desde hace aproximadamente 80 años. No obstante, aún no se han realizado estudios sobre su origen, parentesco y niveles de diversidad genética de esta raza en hatos colombianos, lo cual es importante para planear estrategias de cruce y manejo. Objetivo: Medir la diversidad y estructura genética de dos hatos colombianos de Aberdeen Angus Old Type y New Type de Huila y Cundinamarca y evaluar la introgresión mitocondrial con otras razas. Métodos: Se caracterizó un grupo de diez loci microsatélite y se secuenció la Región Control Mitocondrial. Se aplicaron estimadores de diversidad genética y diferenciación poblacional, junto con pruebas de asignación poblacional. Resultados: Los loci microsatélite fueron altamente polimórficos, tal como lo indicaron el Contenido de Información Polimórfica (0,599) y la Probabilidad de Identidad (1,896 10-08). Las poblaciones evaluadas de Aberdeen Angus en Colombia fueron altamente diversas y se diferenciaron claramente en dos grupos correspondientes a los fenotipos Old Type y New Type. En contraste, los datos mitocondriales no recobraron estos dos grupos y mostraron una amplia mezcla genética. Conclusiones: Este estudio optimizó un grupo de diez marcadores altamente polimórficos que pueden ser usados para estudios de parentesco y genética poblacional de Aberdeen Angus. La diferenciación genética en loci nucleares concordó con las diferencias fenotípicas entre Old y New Types, pero los datos mitocondriales indicaron ancestría de múltiples razas europeas en el origen del Aberdeen Angus colombiano. Resumo Antecedentes: Dentro da raça Aberdeen Angus há dois biótipos conhecidos como Old Type e New Type, que diferem em sua origem e produção de carne. Na Colômbia, esta raça é comercializada há aproximadamente 80 anos. Entretanto, estudos sobre a origem, o parentesco e os níveis de diversidade genética desta raça em rebanhos colombianos ainda não foram realizados, o que é importante para o planejamento de cruzamentos e estratégias de manejo. Objetivo: Medir a diversidade genética e a estrutura de dois rebanhos colombianos de biótipos de Old Type e New Type de Aberdeen Angus de Huila e Cundinamarca e avaliar a introgressão mitocondrial com outras raças. Métodos: Um grupo de dez loci de microssatélites foi caracterizado e a Região de Controle Mitocondrial foi sequenciada. As estimativas de diversidade genética e diferenciação populacional foram aplicadas, juntamente com testes de designação populacional. Resultados: Os locus microssatélites foram altamente polimórficos, conforme indicado pelo Conteúdo de Infomação Polimórfica (0,599) e Probabilidade de Identidade (1,896 10-08). As populações avaliadas de Aberden Angus na Colômbia eram altamente diversificadas e claramente diferenciadas em dois grupos correspondentes aos fenótipos do Old Type e New Type. Em contraste, os dados mitocondriais não recuperaram esses dois grupos e mostraram um amplo mix genético. Conclusões: Este estudo otimizou um grupo de dez marcadores altamente polimórficos que podem ser usados para estudos genéticos de parentesco e população de Aberdeen Angus. A diferenciação genética nos loci nucleares concordou com as diferenças fenotípicas entre os Old e New Types, mas os dados mitocondriais indicam ancestralidade de várias raças européias na origem do Aberdeen Angus colombiano.

Los impactos genéticos de la fragmentación de las poblaciones dependen, entre otros factores, del flujo de genes. Con un flujo restringido de genes, la fragmentación aumenta la probabilidad de homocigosis y la pérdida de la diversidad genética. Estas poblaciones involucran algunas especies como el Quercus humboldtii (roble). Para estimar los niveles de diversidad genética en 120 individuos de cuatro poblaciones en el Macizo Colombiano (Andes Colombianos) se utilizaron seis cebadores de marcadores RAPDs. Se obtuvo un total de 123 loci en todas las poblaciones, 122 de los cuales fueron polimórficos. La diversidad genética fue de 0,4583 y el valor del estadístico de estructura genética (GST) fue de 0,1616 con un valor de flujo genético de 2,58. Basados en los resultados, se indica que existe un grado de estructuración genética entre las poblaciones y que para el mantenimiento y la conservación del germoplasma se recomienda: si el objetivo es conservar una unidad panmíctica, se requiere generar corredores biológicos; pero si se quiere mantener la actual diferenciación no habría necesidad de la creación de los mismos pero si de planes de reforestación locales. Genetics impacts of fragmentation in populations depend, among other factors, of gene flow. With a restricted gene flow, fragmentation increases the probability of homozygosity and the loss of genetic diversity. These populations involve some species such as Quercus humboldtii (oak). To measure the levels of genetic diversity in 120 samples from 4 different populations in the Colombian Andean region (Macizo Colombiano), six primers of RAPDs markers were used. A total of 123 loci were obtained in all the populations, 122 of them were found to be polimorphic. The genetic diversity was of 0.4583 and the statistic value of genetic structure (GST) was of 0.1616 with a genetic flow value of 2.58. Based on the results, it was underlined that there is a level of genetic structuration among the populations and for its sustenance and preservation of germplasm, it is reccomended: if the objective is to keep a panmictic unit, it is required to generate biologic corridors; but if it is required to maintain the current differentiation it wont be necessary the creation of these corridors but the creation of plans of local reforestation. Os impactos genéticos da fragmentação das populações dependem, entre outros fatores, do fluxo de genes. Com um fluxo de genes restringido, a fragmentação aumenta a probabilidade de homozigose e a perda da diversidade genética. Estas populações envolvem algumas espécies como o Quercus humboldtii (carvalho). Para estimar os níveis de diversidade genética em 120 indivíduos de quatro populações no Macizo Colombiano (Andes Colombianos), se empregaram seis primers marcadores RAPDs. Obteve-se um total de 123 loci em todas as populações, 122 das quais foram polimórficas. A diversidade genética foi de 0,4583 e o valor do estatístico de estrutura genética (GST) foi de 0,1616 com um valor de fluxo genético de 2,58. Baseado nos resultados sugere-se que existe um grau de estruturação genética entre as populações, e para manter e conservar o germoplasma recomenda-se conservar uma unidade panmítica, o qual requer a geração de corredores biológicos ou pelo menos para manter a atual diferenciação, precisa-se de planos de conservação de áreas naturais locais.

El ganado Senepol fue introducido en Colombia mediante el uso de la inseminación artificial y transferencia de embriones de un pequeño núcleo de los animales. Objetivo: estimar la variabilidad genética del ganado Senepol de Colombia por medio de marcadores microsatélites y estimar las frecuencias alélicas y genotípicas de SNPs en los genes que codifican para la calpastatina (CAST1), calpaína (CALP316) y leptina (PB). Métodos: 412 muestras de sangre de animales pertenecientes a 28 fincas fueron analizados para los STRs: INRA32, BM2113, ETH10, BM1824, INRA037, ETH225, INRA064, SPS115, TGLA126 y TGLA122 y los tres SNPs. Resultados: los microsatélites y los SNPs fueron polimórficos. El número de alelos de los microsatélites variaron entre 4 (BM1824) y 11 (INRA37), la heterocigosidad observada varió entre 0.21 (INRA64) y 0.89 (BM2113). La probabilidad de exclusión para el total de microsatélites fue mayor que 99.99%, indicando que el conjunto de microsatélites pueden ser usados para pruebas de filiación. Conclusiones: a pesar de ser una población pequeña y cerrada, este núcleo presenta una alta variabilidad genética y baja consanguinidad. The Senepol beef cattle breed was introduced into Colombia through the use of artificial insemination and embryo transfer from a small nucleus of animals. Objective: to estimate the genetic variability of Senepol cattle in Colombia by heterologous microsatellites and to estimate gene and genotypic frequencies of single nucleotide polymorphic markers through calpastatin (CAST1), calpain (CALP316), and leptin (PB) genes. Methods: 412 blood samples from 28 herds were genotyped for population genetic structure with the STR: INRA32, BM2113, ETH10, BM1824, INRA037, ETH225, INRA064, SPS115, TGLA126, and TGLA122 microsatellite markers. Three SNPs of calpastatin, calpain, and leptin genes were used. Results: all microsatellites and SNP markers were polymorphic. The number of alleles ranged from 4 (BM1824) to 11 (INRA37), and the observed heterozygosity varied between 0.21 (INRA64) and 0.89 (BM2113). Combined probability of exclusion for the microsatellites was higher than 99.99%, indicating the usefulness of this set of markers for parentage testing in Senepol. Conclusions: despite being a small and closed population, this nucleus presents high genetic variability and low inbreeding. O gado Senepol foi introduzido na Colômbia mediante o uso da inseminação artificial e a transferência de embriões de um núcleo pequeno de animais. Objetivo: estimar a variabilidade genética do gado Senepol da Colômbia mediante marcadores microsatélites e estimar as frequências alélicas e genotípicas dos SNPs dos genes de calpastatina (CAST1), calpaina (CALP316) e leptina (PB). Métodos: 412 amostras de sangue de animais pertencentes a 28 rebanhos foram analisadas para os STRs INRA32, BM2113, ETH10, BM1824, INRA037, ETH225, INRA064, SPS115, TGLA126 e TGLA122 e os três SNPs. Resultados: os microsatélites e os SNPs foram polimórficos. O número de alelos dos microsatélites variaram entre 4 (BM1824) e 11 (INRA37), a heterocigosidade observada variou entre 0,21 (INRA64) e 0,89 (BM2113). A probabilidade de exclusão para o total de microsatélites polimórficos foi maior que 99.99%, indicando que o conjunto de microsatélites podem ser usados para testes de filiação. Conclusões: embora seja uma população pequena e fechada, o núcleo apresenta uma alta variabilidade genética e baixa consanguinidade.

Estimates of genetic diversity provide useful information on the genetic structure of animal populations, useful for the design of improvement strategies to impact traits of economic interest. They can also be used for implementing conservation and restoration policies regarding the sustainable use of genetic resources. The aim of this study was to characterize the genetic structure of buffalo population (Bubalus bubalis) in the most representative Colombian provinces by using 10 microsatellite markers. A total of 588 individuals were sampled from 12 buffalo herds. The MGTG7 and ETH225 microsatellites were monomorphic. Eighty seven alleles were observed for all the loci. The average number of alleles was 10.9 ± 3.6 and the effective average number of alleles was 3.9 ± 1.4. The PIC values ranged between 0.5 and 0.8, and the probability of exclusion over all loci was over 99.99%. The highest value for the Ho population was 0.68, and the lowest was 0.60. The G ST value for the total loci was 0.062, indicating a very low level of genetic structure among subpopulations. Values for genetic distance between populations and racial groups were very low, suggesting there is still a genetic mix within buffalo herds in the analyzed population. Las estimaciones de diversidad genética del búfalo en Colombia proveen información útil para conocer su estructura genética, diseñar programas de cría y mejoramiento genético para características de interés económico, e implementar políticas de conservación para la utilización sostenible y restauración de los recursos genéticos. El objetivo de este estudio fue caracterizar y determinar la estructura genética de la población bufalina (Bubalus bubalis) en las provincias (Departamentos) Colombianos más representativos, por medio de 10 marcadores microsatélites. Se muestrearon 588 individuos de 12 hatos bufalinos de Colombia. Los microsatélites ETH225 y MGTG7 fueron monomórficos. Se observó un total de 87 alelos para el total de los loci, el número de alelos observados promedio fue de 10.9 ± 3.6 y el número efectivo de alelos promedio fue de 3.9 ± 1.4. Los valores de PIC variaron entre 0.5 y 0.8, y la probabilidad de exclusión sobre todos los loci fue superior al 99.99%. El valor más alto de Ho por población fue de 0.68 y el más bajo 0.60. El valor promedio de G ST para el total de los loci en la población total de búfalos fue de 0.062, indicando un grado muy bajo de estructura genética entre las subpoblaciones. Los valores de distancia genética fueron muy bajos entre poblaciones y entre grupos raciales, lo cual indica que aún existe una alta mezcla genética en los hatos bufalinos en Colombia. Os estimativos de diversidade genética de búfalos na Colômbia são parâmetros muito importantes para conhecer a estrutura genética desta população. Com este conhecimento pode-se desenhar de forma adequada cruzamentos e programas de melhoramento genético para características de importância econômica. Alem disto, serve para pôr em prática políticas de conservação sustentável no uso dos recursos genéticos. O objetivo deste estudo foi caracterizar e determinar a estrutura genética da população dos búfalos (Bubalus bubalis) nos estados mais representativos da Colômbia, utilizando 10 marcadores microsatélites. Amostraram-se 588 indivíduos em 12 fazendas dedicadas a produção de búfalo. Os microsatélites MGTG7 e ETH225 foram monomórficos. Encontraram-se um total de 87 alelos, o número médio de alelos por locus foi 10.9 ± 3.6 e o número médio de alelos efetivos foi 3.9 ± 1.4. Os valores de PIC estiveram entre 0.5 e 0.8, e a probabilidade de exclusão de todos os loci foi superior a 99.99%. O maior valor da Ho foi 0.68 e o menor 0.60. O valor do Gst para a população total foi 0.062 indicando uma baixa estrutura genética entre as subpopulações. Os valores de distancia genéticos entre as diferentes populações de búfalos na Colômbia foram muito baixas indicando que existe uma alta mistura.

A utilização dos princípios genéticos no manejo e conservação de espécies da floresta tropical requer detalhado conhecimento do modo de reprodução, sistema de cruzamento e estrutura genética nas populações das espécies de interesse. Trema micrantha é espécie pioneira típica, polinizada pelo vento e produz muitas sementes que são dispersas por animais. Seu sistema de cruzamento foi avaliado com base em 24 progênies com 10 indivíduos, obtidas de populações localizadas em dois fragmentos no Estado de São Paulo. Os parâmetros foram estimados a partir de 13 locos isoenzimáticos polimórficos, somando-se 30 alelos. T. micrantha apresenta sistema de cruzamento misto, com preferência por alogamia (tm de 0,966 e 0,819), e suas populações estão sujeitas a variações nas proporções de endogamia (F de -0,022 e 0,103) e a altas taxas de cruzamentos biparentais (rp de 0,653 e 0,605). Verificou-se significativa proporção de cruzamentos entre indivíduos aparentados (tm-ts de 0,106 e 0,151), indicando estruturação espacial dos indivíduos sob condições naturais da espécie. A espécie tende a manter maior endogamia em suas populações e apresentar maiores proporções de cruzamentos correlacionados.