1. Extracellular enzymes of Botryosphaeriaceae family
- Author
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Pinheiro, Ana Rita Almeida, Egas, Conceição, Esteves, Ana Cristina, and Alves, Artur Jorge da Costa Peixoto
- Subjects
Fungos patogénicos ,Métodos biomoleculares ,Sequências de proteínas ,Familía Botryosphaeriaceae ,Glicosilação ,Fungos fitopatogénicos ,Multiple sequence alignment ,Enzimas proteolíticas ,Alinhamento múltiplo de sequências ,Phytopathogenic fungi ,Protein sequence ,Botryosphaeriaceae family - Abstract
Mestrado em Bioquímica As espécies da família Botryosphaeriaceae são morfologicamente diversas e descritas como endofíticas, patogénias e saprófitas. Estas são normalmente encontradas numa grande diversidade de hospedeiros. Os fungos patogénicos para plantas Macrophomina phaseolina, Neofusicoccum parvum e Diplodia corticola secretam uma variedade de enzimas extracelulares, tais como proteases e glicosil hidrolases, algumas das quais envolvidas na interação hospedeiro-patogénio. A fim de elucidar a correlação entre microrganismo secretoma-hospedeiro, foi comparado entre estes organismos a quantidade de sequências que codificam para enzimas tais como proteases extracelulares e glicosil hidrolases (xilanases e endoglucanases). Através de ferramentas bioinformáticas, tais como, Clustal X2 e T-Coffee, foi realizado o alinhamento múltiplo de sequências dos domínios das proteínas. Além disso, para estudar a relação evolutiva entre as sequências de proteínas foram construídas árvores filogenéticas utilizando a ferramenta MEGA. Entre M. phaseolina, N. parvum e D. corticola, o genoma de D. corticola contém genes que codificam para uma maior diversidade de famílias glicosil hidrolases sugerindo uma melhor capacidade de adaptação durante sua interação com espécies hospedeiras. A similaridade de sequências observada no alinhamento múltiplo de sequências entre M. phaseolina, N. parvum e D. corticola é explicado pela sua relação evolutiva e não pelo hospedeiro de cada um. A análise filogenética demonstra que a nível evolutivo, M. phaseolina e D. corticola estão mais próximos entre si do que a N. parvum. Species of the Botryosphaeriaceae family are morphologically diverse and are described as endophytes, pathogens and saprophytes. They are commonly found in a wide range of hosts. The plant pathogenic fungi Macrophomina phaseolina, Neofusicoccum parvum and Diplodia corticola secrete a variety of extracellular enzymes, such as proteases and glycoside hydrolases, some of which are involved in host-pathogen interaction. In order to elucidate the correlation microorganism secretome-host, the amount of sequences encoding extracellular enzymes such as proteases and glycoside hydrolase (xylanases and endoglucanases) was compared between organisms. Through bioinformatics tools, namely Clustal X2 and T-Coffee, multiple sequence alignment of the protein domains was performed. Furthermore, to study the phylogenetic relationship between protein sequences, phylogenetic trees were constructed using MEGA tool. Between M. phaseolina, N. parvum and D. corticola, D. corticola genome contains genes that encode a larger diversity of glycoside hydrolase families suggesting a better capacity for adaptability during its interaction with host species. The sequence similarity observed in the multiple sequence alignment between M. phaseolina, N. parvum and D. corticola is explained by the evolutionary relationship and not by their host type. The phylogenetic analysis shows that at the evolutionary level, M. phaseolina and D. corticola are closer to each other than to N. parvum.
- Published
- 2015