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A set of 867 COSII markers allowed to established macrosynteny between coffee, tomato and grapevine. Coffee and tomato genomes shared 318 orthologous markers and 27 conserved syntenic segments (CSSs), coffee and grapevine shared a similar number of syntenic markers (299) and CSSs (29). Despite important genome macrostructure reorganization, several large chromosome segments showed exceptional macrosynteny, shedding new insights into chromosome evolution between flowering plants. In addition, we analyzed a BAC sequence of 174 kb containing the Ovate gene, conserved in a syntenic block between the three plants, that showed a high microsynteny conservation. Surprisingly, a higher level of conservation was observed between coffee and grapevine, both ligneous and perennial plants, than between coffee and tomato, an annual plant. Out of 16 genes identified in coffee on this segment, 7 and 14 showed complete synteny between coffee and tomato or grapevine, respectively. A significant conservation was found at the macro- and micro-structure levels between distantly related species from the Asterid (Coffea canephora and Solanum sp.) and Rosid (Vitis vinifera) clades. Conservation did not decline at the Ovate locus in relation to phylogenetic distance, suggesting that the time factor alone does not explain all the divergences. These results are considerably useful for syntenic studies between supposedly remote species for the isolation of important genes for agronomy.

An interspecific cross (BC 1) involving a species with one of the biggest genomes in Coffea genus (C. heterocalyx (HET), qDNA = 1.74 pg) and a species with a medium genome size (C. canephora (CAN), qDNA = 1.43 pg) was studied using two types of molecular markers, AFLPTM and SSR. One hundred and eighty eight AFLP bands and 34 SSR primer pairs were suitable for the mapping. The total map length was 1360 cM with 190 loci distributed on 15 linkage groups. The results were compared to the results obtained previously on an interspecific BC 1 progeny involving a species with a medium size genome (C. liberica var. dewevrei, DEW) and a species with one of the smallest size genome (C. pseudozanguebariae, PSE). They are discussed considering three main points: 1) the interest of the different markers type, 2) - the genomic distribution of AFLPs and SSR markers and 3) - the relation between AFLP polymorphism and the genome size.

Since about ten years, advances in genomics increased exponentially, as well as their application in breeding. Now, I would like to present the contribution genomics in the coffee research project of an IRD-CIRAD team. Other talks will be developed today by this team. Traditionally, coffee breeding, as in other crops, depends on the mode of reproduction. In autogamous crops, as C arabica, we use the genealogic selection. In contrast, in allogamous plants as C canephora, the reciprocal recurrent selection is applied. The second factor acting on breeding way is the range of the intraspecific diversity in regards to the objectives and the access possibilities to the interspecific diversity. In practice, introgression of wild traits was attempted for the two cultivated species. Another breeding way consisted to obtain interspecific F1 hybrids, as in the Arabusta program. The new program, we proposed, is based on genomics and presents three objectives. The first objective is to define new tools for sustainable breeding. This concerns the marker assisted selection strategy and the genetic transformation. The second objective is to improve cup quality with two steps: firstly, to locate and identify genes and, secondly to analyse their regulation of expression. The third objective concerns the cryopreservation of genetic resources.

Des techniques de marquage moléculaire ont été développées pour évaluer les ressources génétiques et comprendre l'organisation et l'expression du génome du sorgho au Cirad. Des marqueurs de l'Adn (Rflp) ont ainsi été utilisés pour établir une carte génétique du sorgho. Cette carte permet d'identifier et de cartographier des locus intervenant dans l'expression de la qualité technologique du grain et des composantes du rendement. La recherche de Qtl (Quantitative trait loci) a été réalisée à partir d'une population de lignées recombinantes issue d'un croisement guinea X caudatum. Les résultats ont permis de localiser deux zones génomiques majeures et indépendantes pour les composantes de la productivité et de la qualité chez le sorgho. Des associations fortes de Qtl ont été observées entre (i) le poids et le nombre de grains par panicule, le poids de mille grains, la forme de la panicule et la faculté germinative (ii) la teneur en amylose du grain, la vitrosité du grain, la dureté du grain et un locus codant pour l'absence d'une couche brune dans le grain. Cette étude préliminaire n'a pas permis d'expliquer d'une façon simple l'antagonisme observé en sélection entre les composantes de la productivité et de la qualité des grains. Cependant elle devrait se poursuivre par de nouvelles expérimentations . D'ores et déjà, elle a ouvert de nouvelles pistes de réflexion quant aux programmes d'amélioration du sorgho.

La disponibilité de marqueurs moléculaires a permis la comparaison des cartes génétiques de différents taxons. Parmi la famille des Poacées (graminées), des espèces aussi différentes que le riz, le blé et le maïs montrent une co-linéarité à l'intérieur de larges régions du génome entier. Ceci ouvre la voie pour le développement d'outils moléculaires d'intérêt général utilisant le génome simple du riz. De nombreuses graminées importantes sur le plan agronomique appartiennent à deux familles principales. Les comparaisons entre le maïs, le sorgho et la canne à sucre, trois membres de la tribu des Andropogonées, sont passées en revue brièvement. Un exemple d'une région particulière du génome est utilisé pour élargir la comparaison avec le riz et illustrer différentes applications de la cartographie comparée du génome

Comparative mapping within tribe Andropogoneae recently progressed with the use of heterologous probes. We have constructed RFLP genetic maps for sugarcane and sorghum. The maps are based on a 77 individuals progeny of a selfed modern variety for sugarcane and a population of 110 recombinant inbred lines for sorghum. The two maps comprise more than 100 maize and sugarcane genomic probes and include 51 common loci. They show extensive homology and in most cases, conserved linkage groups show a strong colinearity. Comparison with maize maps illustrates the complex highly duplicated nature of the maize genome. Most of sugarcane and sorghum linkage groups correspond with two or more paralogous maize chromosome segments. Synteny may allow the identification of orthologous quantitative trait loci for biological and agricultural characters among the three crops, and will facilitate the genetic study of the complex genome of sugarcane. (Texte intégral)

Cette étude tente de caractériser les potentialités des ressources génétiques d'ignames en vue de la mise en place des programmes d'amélioration de ces plantes qui jouent un rôle important dans la sécurité alimentaire en Afrique. L'évaluation morphologique, isozymique, des niveaux de ploïdie et des tailles de génome permet de juger des aptitudes des variétés à participer à la reproduction sexuée dans un programme d'hybridation

Une estimation de la quantité d'ADN contenue dans les noyaux des cellules de cacaoyer a été réalisée par cytofluorimétrie en flux en prenant les espèces Oryza sativa, Dioscorea alata et Arabidopsis thaliana comme témoins. Seules de jeunes feuilles issues de culture in vitro ont permis de faire des observations; les substances mucilagineuses contenues dans les feuilles adultes ou dans les fèves ont empêché l'isolement de noyaux à partir de ces organes. La quantité moyenne d'ADN par génome haploïde a été estimée à 0,402 pg; la taille du génome haploïde est donc évaluée en moyenne à 0,388 x 10 puissance 9 pb, soit 2,7 fois celle du génome d'Arabidopsis. Ces résultats montrent que le génome du cacaoyer fait partie des plus petits génomes