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CONTEXT AND OBJECTIVE: Differences in human papillomavirus (HPV) types may correlate with the biological potential and invasion risk of high-grade cervical intraepithelial neoplasia (CIN 2 and CIN 3). The objective of this study was to determine the relationship between different combinations of HPV types and CIN severity. DESIGN AND SETTING: Cross-sectional study, at Universidade Estadual de Campinas (Unicamp). METHODS: Cervical samples from 106 women treated due to CIN 2 (18) or CIN 3 (88) were examined for specific HPV genotypes using Roche Linear Array® (LA-HPV). The proportions of CIN 2 and CIN 3 in groups of women infected with the HPV phylogenetic groups A7 and A9 were compared. Three groups were formed: women with single infections; multiple infections; and the whole sample. RESULTS: Multiple infections were detected in 68 samples (64.7%). The most frequent high-risk genotypes detected (single/multiple) were HPV 16 (57.1%), HPV 58 (24.7%), HPV 33 (15.2%), HPV 52 (13.3%), HPV 31 (10.4%), HPV 51 (7.6%) and HPV 18 (6.6%). Women without infection with HPV species Alpha 9 were less likely to have CIN 3 than were their Alpha 9 HPV-infected counterparts. HPV 16 and/or HPV 18, with or without associations with other viral types, were more frequently found in women with CIN 3 than in those with CIN 2. CONCLUSIONS: The severity of high-grade CIN may be aggravated by the presence of HPV types included in the Alpha 9 phylogenetic classification and by infections including HPV 16 and 18, singly or in combination with other HPV genotypes. CONTEXTO E OBJETIVO: Diferentes tipos de papilomavírus humano (human papillomavirus, HPV) podem ser correlacionados com a capacidade biológica e risco de invasão das neoplasias intra-epitelial de alto grau cervical (NIC 2 e NIC 3). O objetivo deste estudo foi determinar a relação de diferentes tipos de HPV com a gravidade da NIC. TIPO DE ESTUDO E LOCAL: Estudo transversal na Universidade Estadual de Campinas (Unicamp). MÉTODOS: Foram avaliados os genótipos específicos de HPV da amostra cervical de 106 mulheres com NIC 2 (18) ou NIC 3 (88), utilizando Roche Linear Array® (LA) HPV genotyping assay. Foram comparadas as proporções de NIC 2 e NIC 3 em grupos de mulheres infectadas com tipos de HPV dos grupos filogenéticos A7 e A9. Três grupos foram formados: mulheres com infecção simples; infecção múltipla; e infecção simples e múltipla. RESULTADOS: Infecções múltiplas foram detectadas em 68 (64,7%) das amostras. Os genótipos de alto risco mais frequentemente detectados em infecção simples ou múltipla foram HPV 16 (57,1%), HPV 58 (24,7%), HPV 33 (15,2%), HPV 52 (13,3%), HPV 31 (10,4%), HPV 51 (7,6%) e HPV 18 (6,6%). A probabilidade de mulheres com NIC 3 serem infectadas com HPV que não da espécie Alfa 9 era menor do que com os tipos de HPV da espécie Alfa 9. HPV 16 e ou 18, associado ou não com outros tipos virais eram mais frequentemente encontrados nas mulheres com NIC 3 do que naquelas com NIC 2. CONCLUSÃO: A gravidade da NIC de alto grau pode ser aumentada pela presença de tipos de HPV incluídos na classificação filogenética Alfa 9 e por infecções que incluem HPV 16 e 18 combinados ou não com outros genótipos de HPV.