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Phytomonas spp. are members of the family Trypanosomatidae that parasitize plants and may cause lethal diseases in crops such as Coffee Phloem necrosis, Hartrot in coconut, and Marchitez sorpresiva in oil palm. In this study, the molecular karyotype of 6 isolates from latex plants has been entirely elucidated by pulsed-field gel electrophoresis and DNA hybridization. Twenty-one chromosomal linkage groups constituting heterologous chromosomes and sizing between 0.3 and 3 Mb could be physically defined by the use of 75 DNA markers (sequence-tagged sites and genes). From these data, the genome size can be estimated at 25.5 (±2) Mb. The physical linkage groups were consistently conserved in all strains examined. Moreover, the finding of several pairs of different-sized homologous chromosomes strongly suggest diploidy for this organism. The definition of the complete molecular karyotype of Phytomonas represents an essential primary step toward sequencing the genome of this parasite of economical importance.

pFL1 is a pUC9 derivative that contains a 572-bp EcoRI insert cloned from plasmid DNA of Xanthomonas campestris pv. citri XC62. The nucleotide sequence of pFL1 was determined, and the sequence information was used to design primers for application of the polymerase chain reaction (PCR) to the detection of X. campestris pv. citri, the causal agent of citrus bacterial canker disease. Seven 18-bp oligonucleotide primers were designed and tested with DNA from X. campestris pv. citri strains and other strains of X. campestris associated with Citrus spp. as templates in the PCR. Four primer pairs directed the amplification of target DNA from X. campestris pv. citri strains but not from strains of X. campestris associated with a different disease, citrus bacterial spot. Primer pair 2-3 directed the specific amplification of target DNA from pathotype A but not other pathotypes of X. campestris pv. citri. A pH 9.0 buffer that contained 1% Triton X-100 and 0.1% gelatin was absolutely required for the successful amplification of the target DNA, which was 61% G+C. Limits of detection after amplification and gel electrophoresis were 25 pg of purified target DNA and about 10 cells when Southern blots were made after gel electrophoresis and probed with biotinylated pFL1. This level of detection represents an increase in sensitivity of about 100-fold over that of dot blotting with the same hybridization probe. PCR products of the expected sizes were amplified from DNA extracted from 7-month-old lesions from which viable bacteria could not be isolated. These products were confirmed to be specific for X. campestris pv. citri by Southern blotting. This PCR-based detection protocol will be a useful addition to current methods of detection of this pathogen, which is currently the target of international quarantine measures.

International audience; A total of 26 strains, including 15 strains isolated from garlic plants with the typical symptoms of 'Café au lait' disease and 11 strains isolated from diseased or healthy rice seeds and sheaths infested by Pseudomonas fuscovaginae, were compared with 70 type or reference strains of oxidase-positive pathogenic or non-pathogenic fluorescent pseudomonads. The strains were characterized by using a polyphasic taxonomic approach. Numerical taxonomy of phenotypic characteristics showed that the garlic and rice strains were related to each other. However, they clustered into separate phenons, distinct from those of the other strains tested, and were different in several nutritional tests. On the basis of DNA-DNA hybridization, the garlic and rice strains constituted two distinct DNA hybridization groups, indicating that they belonged to separate species. The two groups of strains were also well differentiated by siderotyping. Garlic strains were pathogenic to garlic plants and either weakly pathogenic or non-pathogenic on rice; rice strains were either weakly pathogenic or non-pathogenic on rice and non-pathogenic on garlic. A phylogenetic analysis of 16S rRNA gene sequences confirmed that the two groups of strains belonged to the y-Proteobacteria and to the genus Pseudomonas. The names Pseudomonas salomonii sp. nov. and Pseudomonas palleroniana sp. nov. are respectively proposed for the garlic strains and the rice strains. The type strains are P. salomonii CFBP 2022(T) ( = ICMP 14252(T) = NCPPB 4277(T)) and P. palleroniana CFBP 4389(T) (= ICMP 14253(T) = NCPPB 4278(T))

Le cocotier est affecté par de nombreux ravageurs et microbes particulièrement en Amérique latine et dans les Caraïbes. Pour identifier les maladies, l'observation des symptômes est la première étape, l'étape suivante étant d'isoler le pathogène suspecté par culture #in vitro# ou purification, de le caractériser et de prouver sa pathogénicité. L'approche conventionnelle, peu coûteuse en général, est l'étape logique après la symptomatologie. Si l'on suspecte une origine bactérienne ou fongique, l'isolement et la culture #in vitro# peuvent être complétés par des tests sérologiques ou une observation au microscope. Dans le cas de virus ou phytoplasmes, la microscopie électronique doit être utilisée, mais on peut également identifier un virus donné par des techniques sérologiques. Ces méthodes conventionnelles, satisfaisantes pour le diagnostic, ne sont pas assez spécifiques pour les études épidémiologiques ou les études de la variabilité au niveau des espèces ou des souches. L'avantage de l'approche moléculaire est d'utiliser toute l'information génétique concernant le pathogène. Il y a plusieurs techniques pour cette approche : l'hybridation moléculaire, l'amplification en chaîne par polymérase(ACP), l'ACP couplée avec l'immunocapture. Ces techniques plus sensibles sont généralement plus coûteuses et plus longues pour l'obtention des résultats

Ce rapport donne l'état d'avancement des recherches sur les molécules de type viroïdes du cocotier ("viroid-like molecules" ou VLM). Les objectifs des travaux scientifiques portent sur la rechercher des VLM associés aux cocotiers en utilisant diverses techniques et le développement d'une méthode de diagnostic moléculaire spécifique au cadang-cadang du cocotier. Les résultats et leurs analyses ont clairement mis en doute les conclusions antérieures avancées par d'autres équipes sur la détection des VLM. Il faudrait identifier et standardiser les paramètres utilisés dans différents protocoles. Les résultats n'ont pas permis de dire si l'indexation systématique des échanges de matériel végétal comme recommandé par le guide publié par la FAO pour les VLM est nécessaire

Les différents outils sérologiques et moléculaires que nous avions développés nous avaient principalement servi à démontrer l'extrême hétérogénéité du genre créé arbitrairement pour décrire les trypanosomes de plantes : "Phytomonas". Ces outils nous avaient permis d'aborder l'épidémiologie moléculaire et nous avions pu ainsi démontrer que les trypanosomes des diverses Euphorbes et Asclepiades poussant dans les palmeraies et cocoteraies étaient différents de ceux associés aux dépérissements du cocotier et du palmier à huile en Amérique du Sud ("Hartrot" et "Marchitez sorpresiva"). Les études qui ont suivi ont été principalement orientées sur les trypanosomes intraphloémiques associés à ces dépérissements, ainsi que sur les trypanosomes intraphloémiques associés à un dépérissement de l'Alpinia purpurata dans les Caraibes

The kinetoplast DNA of 27 plant trypanosomatid stocks (22 intraphloemic Phytomonas associated with coconut Hartrot, oil palm Marchitez, or decay of Alpinia purpurata, 3 Phytomonas isolates from latex, and 2 fruit trypanosomatids) was studied. Four classes of minicircle sizes were obtained: 1.6 and 1.8 kb for isolates originating from coconut palms, oil palms, Alpinia purpurata, and fruits; 850 bp and 2.8 kb for isolates from latex. Restriction endonuclease analysis showed that for almost all of the isolates minicircles were heterogeneous in base sequence. Cross-hybridization experiments were performed by Southern blot. A high sequence similarity only occurred between isolates of the same class of minicircle sizes, except for the 1.6-kb class, in which isolates from fruits and isolates originating from diseased coconut belonged to two hybridization groups. Moreover, the intraphloemic isolates that belonged to two classes, 1.6 and 1.8 kb, showed sequence similarity. These data confirm the existence of at least two groups of intraphloemic trypanosomatids associated with wilts, several groups of latex trypanosomatids, and one group of fruit trypanosomatids and could help in the classification of the lower trypanosomatids.

La maladie de dépérissement foliaire du cocotier est économiquement importante au Vanuatu et influence donc les programmes de sélection et d'amélioration du cocotier dans ce pays. L'identification des agents pathogènes de cette maladie et des moyens de transmission permettra de déterminer les risques de transfert des noix dans d'autres pays. Des études restent à faire sur les sites de reproduction des insectes vecteurs et sur quelles parties de l'insecte le virus s'accumule ou se réplique. L'éradication des plantes hôtes de cet insecte n'est pas encore prouvée comme étant nécessaire

Les travaux sur l'étiologie de la pourriture du coeur du palmier à huile en Equateur n'ayant rien donné, tant sur le plan agronomique, mycologique, bactériologique, nématologique et entomologique, ils ont été orientés vers une hypothèse de virus (virus ou viroïde ou MLO), mais aucune particule virale ou MLO n'ont pu être observés sous microscope électronique. Une stratégie de recherche mettant en cause les acides nucléiques a donc été mise en place par comparaison de l'ensemble des acides nucléiques chez les plantes saines et les plantes malades. Aucune différence n'a été observée, les travaux se sont alors tournés sur la recherche d'un viroïde. Les résultats, décrits dans cette communication, suspectent des molécules de type viroïdes

Afin de déterminer l'étiologie de la maladie de la pourriture du coeur chez le palmier à huile, des études en virologie ont été réalisées à partir d'une mission menée sur la plantation de Shushufundi en Equateur. Elles se sont déroulées en 2 phases : la première a permis de mettre en évidence de nombreuses bactéries après culture in vitro et examen au microscope électronique, mais les tests d'inoculation sur palmiers sains par ces bactéries se sont révélés négatifs. La deuxième phase n'a pas clairement révélé la présence de viroides dans les plantes infectées malgré l'utilisation des techniques d'électrophorèse bidimentionnelle et d'hybridation moléculaire à l'aide de sondes à ADN, chimiques ou radioactives. Par contre, elle a mis en évidence la présence de nombreux ARN bicaténaires en relation avec cette maladie. Les recherches nécessitent d'être appronfondies afin de savoir si ces ARN sont la conséquence ou l'origine de la maladie. En ce qui concerne les tentatives de transmission de la pourriture du coeur, aucune ne s'est avérée positive

La maladie des raies noires causée par M. fijiensis est considérée comme l'une des principale menaces des bananiers. Cette maladie s'étend inexorablement aux principales régions bananières et supplante la Cercosporiose jaune causée par M. musicola. Une étude de population de ces Mycosphaerella spp, pathogènes des bananiers et plantains, par RFLP (polymorphisme de longueur de fragments de restriction), a été initiée. Une méthode d'extraction d'ADN total adaptée à ces espèces a été mise au point. Des hybridations avec une sonde hétérologue correspondant à l'ADNr de Sordaria macrospora nous ont permis de détecter un polymorphisme interspécifique et entre isolats de M. fijiensis d'origine géographique différente. L'espèce M. musicola semble plus homogène. Ces observations seraient en accord avec l'activité pathogène supérieure de l'espèce M. fijiensis.

Plasmid DNA was isolated from 54 strains of Xanthomonas campestris pv. citri, associated with different forms of citrus bacterial canker disease (CBCD). The number of plasmids per strain varied from one to five. A total of 24 plasmid bands with sizes from 7 to 100 kilobases (kb) were identified. Strains that had identical plasmid profiles were generally associated with the same form of CBCD. After digesting the plasmid DNA with each of three restriction endonucleases, 87 fragments with different sizes from about 1 to 30 kb were visualized (...)