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This study assessed whether the meat tenderness of broilers raised in a free-range system varies by sex, lineage, and age at the time of slaughter. Physicochemical parameters were measured to adequately assess breast and thigh muscle morphometry, including shear force (SF), muscle fibre diameter (MD), histological connective tissue (HCT) content, and total and soluble collagen contents (TCC and SCC, respectively). The experiment was conducted with a completely randomized design using two lineages (Pescoço Pelado and Paraíso Pedrês), with specimens of both sexes raised in a free-range system. Randomly selected broilers were slaughtered at 65, 75, 85, and 95 days old. A total of 192 birds were analysed. SF values correlated positively with age. The highest SF values were measured in thighs of the Pescoço Pelado lineage. Age also showed a positive correlation with MD and HCT content of the breast regardless of lineage. Gender did not have any significant correlation with physical parameters; although, higher values were measured in thighs of the Paraíso Pedrês than in those of the Pescoço Pelado lineage. There were no significant differences among treatments regarding the SCC and TCC of thighs and breasts. Principal component analysis (PCA) revealed relationships between SF and the rest of the measured attributes. PCA showed that age was positively correlated with the SF, MD, and HCT content of thighs and breasts. In contrast, SCC and TCC had negative correlations. The greatest breast and thigh MD values were associated with the least tender meat. Thus, age at the time of slaughter proved to be the most significant parameter impacting the physical characteristics of muscle morphometry and meat tenderness of breasts and thighs of broilers raised in a free-range system. RESUMO: Objetivou-se com este estudo avaliar os fatores relacionados a maciez da carne de frangos criados em sistema alternativo. Para o experimento foi avaliado a força de cisalhamento, diâmetro das fibras musculares do peito e da coxa, conteúdo de tecido conjuntivo através de histologia e teor de colágeno solúvel e total. O experimento foi executado em delineamento inteiramente casualizado (DIC) com uso de duas linhagens (Pescoço Pelado e Paraíso Pedrês) de ambos os sexos (macho e fêmea) e abatidos em quatro idades (65, 75, 85 e 95 dias), criados em sistema alternativo, sendo utilizado um total de 192 aves. Para força de cisalhamento (FC), ocorreu aumento nos valores em ambos os cortes em função da idade de abate e houve interação entre linhagem e sexo, com as maiores médias para os machos da linhagem Pescoço Pelado e diferença entre sexo para Paraíso Pedrês. A idade de abate influenciou o diâmetro das fibras musculares e o conteúdo de tecido conjuntivo do peito e da coxa, havendo aumento linear destes parâmetros em função da idade ao abate. O sexo não afetou o diâmetro das fibras musculares da coxa, enquanto na linhagem Paraíso Pedrês foram verificadas maiores médias em relação à Pescoço Pelado. A análise de componentes principais demonstrou a relação entre a força de cisalhamento e as demais variáveis analisadas. Assim, o aumento do diâmetro das fibras musculares do peito e da coxa também está relacionado à redução da maciez da carne de frangos caipiras, conjuntamente com o aumento da quantidade de tecido conjuntivo, teor de colágeno total e redução de sua solubilidade.

Resumo Este artigo faz uma análise da trajetória intelectual de Gildo Marçal Brandão (1949-2010), com especial dedicação ao projeto temático no qual buscou delinear as linhagens do pensamento político brasileiro. O artigo sustenta, a partir de uma abordagem contextualista, que Gildo construiu uma interpretação marxista das tradições políticas brasileiras, distinta daquelas deixadas por Wanderley Guilherme dos Santos, de pendor nacionalista, e por Bolívar Lamounier, de índole liberal. O artigo também procura desvendar o contexto de produção do projeto de pesquisa de Brandão, apontando suas fontes de inspiração, mas também seus eventuais limites. Abstract This article analyzes the intellectual trajectory of Gildo Marçal Brandão (1949-2010), with emphasis on the thematic project in which he sought to trace the lineages of the Brazilian political thought. For that, it understands that Gildo offers a Marxist interpretation of Brazilian political traditions different from the nationalist one offered by Wanderley Guilherme dos Santos and the liberal one by Bolívar Lamounier. The article also seeks to unravel the production context of Brandão’s research project, naming its sources of inspiration and possible limitations.

Submitted by ARIADNE FARES SABBAG (ariadne.sabbag@gmail.com) on 2019-09-09T20:28:59Z No. of bitstreams: 1 Tese_AriadneFaresSabbag_jul2019.pdf: 17377456 bytes, checksum: 8e198d1e44f71c23adc853312d2a0cb5 (MD5) Rejected by Adriana Ap. Puerta Buzzá (dripuerta@rc.unesp.br), reason: Prezada Ariadne, O documento enviado para a coleção Campus Unesp Rio Claro foi recusado pelo(s) seguinte(s) motivo(s): - Há 2 folhas de aprovação. Deixar somente o Certificação de Aprovação (que consta as assinaturas) e excluir a página sem assinaturas e que constam o nome dos membros da banca e seus suplentes (folha sem assinatura) - Colocar no formulário de preenchimento o financiador Fapesp, além do CNPq. - Se o financiamento da FAPESP estiver vinculado algum processo, favor incluir o número do processo nos agradecimentos, pois isso é uma exigência da FAPESP, além de incluir o nome FAPESP por extenso, conforme o seguinte modelo: processo nº aaaa/nnnnn-d, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) - Resumo e Abstract: faltam as palavras-chave em português e inglês Maiores informações: http://ib.rc.unesp.br/Home/Biblioteca37/repositorio_fluxograma_unesp_rioclaro.jpg Agradecemos a compreensão e aguardamos o envio do novo arquivo. Atenciosamente, Biblioteca Campus Rio Claro Repositório Institucional UNESP https://repositorio.unesp.br on 2019-09-12T11:29:20Z (GMT) Submitted by ARIADNE FARES SABBAG (ariadne.sabbag@gmail.com) on 2019-09-13T19:32:06Z No. of bitstreams: 1 Tese_AriadneFaresSabbag_jul2019.pdf: 17339177 bytes, checksum: 09e33f97b4cc66101f7da0f3db4880c8 (MD5) Rejected by Ana Paula Santulo Custódio de Medeiros null (asantulo@rc.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: - Agradecimento FAPESP: no capítulo “Agradecimentos” é necessário colocar o nome completo da agência de fomento, a sigla e o número do processo: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo – FAPESP, número do processo: - Agradecimento CNPq: no capítulo “Agradecimentos” é necessário colocar o nome completo da agência de fomento e a sigla: Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq. Agradecemos a compreensão. on 2019-09-16T13:16:05Z (GMT) Submitted by ARIADNE FARES SABBAG (ariadne.sabbag@gmail.com) on 2019-09-16T15:46:13Z No. of bitstreams: 1 Tese_AriadneFaresSabbag_jul2019.pdf: 17203555 bytes, checksum: 44c72c24f804f629cbe03c6ae2443495 (MD5) Approved for entry into archive by Ana Paula Santulo Custódio de Medeiros null (asantulo@rc.unesp.br) on 2019-09-16T19:24:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 sabbag_af_dr_rcla_par.pdf: 3183107 bytes, checksum: 5f4b27fb68b2c469927e7b8e909f8658 (MD5) Made available in DSpace on 2019-09-16T19:24:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 sabbag_af_dr_rcla_par.pdf: 3183107 bytes, checksum: 5f4b27fb68b2c469927e7b8e909f8658 (MD5) Previous issue date: 2019-07-19 Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) Thoropa Cope, 1865 (Anura: Cycloramphidae) é um gênero de rãs endêmicas do domínio Mata Atlântica e de ecótonos associados. Possui atualmente seis espécies (T. miliaris, T. petropolitana, T. taophora, T. lutzi, T. megatympanum e T. saxatilis), divididas em dois grupos morfológicos: grupo petropolitana (T. petropolitana e T. lutzi) e grupo miliaris (T. miliaris, T. taophora, T. megatympanum e T. saxatilis). Todas as espécies se reproduzem e se desenvolvem em rochas molhadas de água doce, encontradas em afloramentos rochosos, cachoeiras e riachos. Um estudo recente sobre a filogenia molecular mostrou que T. miliaris é parafilética a T. taophora, e que T. taophora, T. megatympanum e T. saxatilis são monofiléticas com alto suporte (Sabbag et al. 2018). Esse estudo também encontrou diversos clados dentro de cada uma das espécies, especialmente em T. miliaris. Porém, não foi possível estudarem molecularmente as espécies do grupo petropolitana porque existe apenas uma amostra de DNA disponível para o grupo. No presente trabalho, estudamos aspectos genéticos e morfológicos das seis espécies do gênero a fim de investigar a diversidade molecular previamente encontrada, a parafilia de T. miliaris e as características morfológicas das espécies que coincidam com a diversidade genética conhecida. Encontramos que os clados conhecidos de T. miliaris são linhagens evoluindo separadamente e que os clados conhecidos de T. taophora fazem parte de uma linhagem única. Thoropa miliaris e T. taophora são reciprocamente monofiléticas. Também encontramos que a diversificação desse complexo de espécies parece ter ocorrido muito mais tarde do que havia sido publicado. As espécies do grupo petropolitana possuem algumas diferenças morfológicas externas em adultos e larvas que permite distingui-las do grupo miliaris. Dentro do grupo miliaris é possível distinguir T. megatympanum e T. saxatilis, embora com poucas características diagnósticas. Dentro do complexo T. miliaris + T. taophora, entretanto, não encontramos características morfológicas que coincidam com a diversidade genética conhecida e tampouco pudemos diferenciar as duas espécies válidas. Fizemos também uma revisão taxonômica de T. petropolitana com a designação de um neótipo. Thoropa Cope, 1865 (Anura: Cycloramphidae) is a frog genus endemic to theAtlantic forest domain and associated ecotones. It comprises six species (T. miliaris, T. petropolitana, T. taophora, T. lutzi, T. megatympanum and T. saxatilis), divided in two morphological groups: petropolitana group (T. petropolitana and T. lutzi) and miliaris group (T. miliaris, T. taophora, T. megatympanum and T. saxatilis). All the species reproduce and develop in freshwater wet rocks that can be found in rock outcrops, waterfalls and streams. A recent study on molecular phylogeny has shown that T. miliaris is paraphyletic in respect to T. taophora and that T. taophora, T. megatympanum and T. saxatilis are monophyletic with high support. This study also found many clades inside each of those species, especially within T. miliaris. Nevertheless, it was not possible to study molecular aspects of the petropolitana group because there is only one DNA sample available for the group. In this work, we studied genetic and morphological aspects of all six species of the genus in order to investigate the molecular diversity found previously, the paraphyly found for T. miliaris, and the species morphological characteristics that coincide with the known genetic diversity. We found that the known clades of T. miliaris are separately evolving lineages and that the clades of T. taophora are part of a whole lineage. Thoropa miliaris and T. taophora are reciprocally monophyletic. We also found that the diversification of this species complex seems to have happened much later than previously known. The species of petropolitana group possesses some external morphological differences in adults and larvae that allow them to be separated from species of the miliaris group. Within miliaris group it is possible to distinguish T. megatympanum and T. saxatilis although with few diagnostic characteristics. Inside the complex T. miliaris + T. taophora, however, we could not find morphological characteristics that coincide with the known genetic diversity, neither we could differentiate the two valid species. We also did a taxonomic review of T. petropolitana with a neotype designation. CNPq: 141454/2015-6

Ao longo dos anos os ecólogos tentam entender a diversidade de atributos em comunidades e como isso reflete na maneira como as espécies respondem ao gradiente ambiental. Sabe-se que diferentes condições ambientais como a temperatura, precipitação e produtividade são capazes de selecionar atributos e resultar em diferentes configurações de padrões de diversidade funcional. Essas respostas ao gradiente podem estar estruturadas na filogenia, onde linhagens mais próximas filogeneticamente deveriam responder de maneira mais similar quando comparadas a linhagens menos aparentadas. Além disso, dadas as diferentes histórias e origens evolutivas das linhagens (por exemplo, famílias), as mesmas podem responder de maneiras diferentes quando comparadas com grupos inteiros (por exemplo, ordens). Assim sendo, tivemos como objetivo entender se o clima atual e o gradiente de produtividade são capazes de explicar a diversidade de atributos das linhagens de aves e mamíferos no continente americano. Além disso, queríamos compreender se essas respostas ao gradiente ambiental possuíam um sinal filogenético. Para isso, nós calculamos a diversidade funcional para aves e mamíferos (e suas famílias) em Unidades de Conservação no continente americano. Realizamos regressões múltiplas entre os valores de diversidade e variáveis de temperatura, precipitação, sazonalidade e produtividade (para as classes e suas respectivas famílias). Ainda, realizamos uma análise de sinal filogenético nos valores de inclinação (betas) resultantes das análises de regressão múltipla. Encontramos que o gradiente de produtividade explicou a maior parte dos valores de diversidade funcional para as famílias de aves e mamíferos. Além disso, as respostas ao gradiente ambiental foram bastante diferentes para as famílias quando comparado o grupo como o um todo. Também, não encontramos sinal filogenético na resposta das famílias de aves e mamíferos. Tais resultados nos leva a concluir que estudar grupos inteiros ao invés de escalas taxonômicas mais finas pode mascarar diferentes respostas a fatores ecológicos e evolutivos de estruturação de comunidades, uma vez que as linhagens possuem histórias evolutivas diferentes e respondem de forma diferente a fatores ambientais. Além disso, nossos resultados mostram que linhagens com respostas ao gradiente ambiental parecidas não são necessariamente aparentadas (convergência evolutiva) e que, portanto, não há evidências para conservação de nicho. Over the years, ecologists have tried to understand the diversity of attributes in communities and how this reflects how species respond to the environmental gradient. It is known that different environmental conditions such as temperature, precipitation and productivity are able to select attributes and result in different configurations of functional diversity patterns. These gradient responses may or may not be structured in phylogeny, which argues that phylogenetically closest lines will respond in a similar manner. Moreover, given the different histories and evolutionary origins, lineages (e.g. families) may respond differently when compared to whole groups (e.g. orders). Thus, we aimed to understand if climatic variables and productivity gradient are able to explain the diversity of attributes of groups and families of birds and mammals in the American continent. In addition, we wanted to understand if these responses to environmental gradients had a phylogenetic signal. For this, we calculated the functional diversity for the group and bird and mammal and their families in Protected Areas of the American continent, and performed a multiple regression analysis between the values of diversity and variables of temperature, precipitation, seasonality and productivity gradient (for the classes and their respective families). Afterwards, we performed a variation partitioning analysis to understand the contribution of each variable to the values of functional diversity. We then performed a phylogenetic signal analysis on the slope values (beta) resulted from multiple regression analyzes. We found that productivity explained most of the values of functional diversity for the families of birds and mammals. In addition, the responses to the environmental gradient were quite different for the families when compared to the group as a whole. We also did not find a phylogenetic signal in the response of bird and mammal’s families. These results lead us to conclude that studying whole groups rather than finer taxonomic scales can mask different responses to ecological and evolutionary factors of community structuring, once lineages have different evolutionary histories and respond differently to environmental factors. Furthermore, our results show that lineages with similar environmental gradient responses are not necessarily related (evolutionary convergence) and, therefore, there is no evidence for niche conservation. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES

Submitted by Tássia Souza Bertipaglia null (tassia_bertipaglia@hotmail.com) on 2017-06-12T13:57:02Z No. of bitstreams: 1 Tese_Tassia_Souza_Bertipaglia.pdf: 2409571 bytes, checksum: 27fecd26e89e2d444846f64ecf29e744 (MD5) Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-06-12T14:21:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 bertipaglia_ts_dr_jabo_parc.pdf: 1003965 bytes, checksum: 92f196a7bb0b6cc5e385594fc1368a46 (MD5) Made available in DSpace on 2017-06-12T14:21:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 bertipaglia_ts_dr_jabo_parc.pdf: 1003965 bytes, checksum: 92f196a7bb0b6cc5e385594fc1368a46 (MD5) Previous issue date: 2017-05-08 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Considerando painéis de SNP (do inglês Single Nucleotide Polymorphism, polimorfismo de nucleotídeo único) objetivou-se descrever o perfil genômico populacional de bovinos leiteiros da raça Gir por meio da caracterização de linhagens desta população e inferir sobre a variabilidade genética utilizando informações de animais provenientes de diversas fazendas do Brasil. Após o controle de qualidade de genótipos e amostras, foram obtidos 1987 SNP bialélicos em cromossomos autossomos presentes nos painéis HD e 50K SNP, em um painel resultante de SNP em comum dos dois painéis, 21K SNP. Distâncias genéticas entre os marcadores foram obtidas e, por meio da decomposição espectral, foram gerados os componentes principais. A análise multivariada de componentes principais, em um contexto de estrutura populacional, permite inferir sobre a variabilidade genética utilizando informações de parentesco entre os animais. A determinação do número de agrupamentos foi realizada com o procedimento k-means, utilizando a distância genética entre os animais, que permite identificar subgrupos genéticos na população, com moderada-alta qualidade de agrupamento, com coeficiente correlação cofenética equivalente a 0,66. O parentesco, heterozigosidade esperada (He) e observada (Ho), coeficientes de endogamia, desequilíbrio de ligação (LD) e tamanho efetivo populacional, baseados exclusivamente em informações genômicas também foram obtidos. Os resultados evidenciaram quatro diferentes agrupamentos genéticos, definidos como linhagens da raça Gir leiteira do Brasil, indicando que o uso de poucos reprodutores ou de seus descendentes com maior intensidade e também devido a diferentes origens dos ancestrais, formou os diferentes agrupamentos genéticos, os quais são compostos por animais de várias fazendas. Há pouco parentesco entre os animais e isso se refletiu na média do coeficiente de endogamia, sendo que a média da endogamia obtida para todos os indivíduos foi de 0,017, evidenciando o fluxo gênico nas diferentes fazendas, o que evitou o acasalamento entre animais aparentados, ou ainda devido à escolha dos animais para genotipagem. O valor médio de He foi 0,25, próximo a média de Ho, revelando que não houve perda e nem fixação de alelos com efeitos indesejáveis. O LD foi obtido para todos os pares de SNP adjacentes com janelas de 50 Mb, revelando que o LD é maior em menores distâncias entre os marcadores, com valor médio de LD de 0,17 ± 0,26 para até 200 Kb, sendo assim, o LD estimado para espaçamento até 40 Kb seria suficiente para se obter associação com Quantitative Trait Loci. O tamanho efetivo populacional (Ne) foi 92,84 animais, sendo assim, cerca de 93 indivíduos nesta população contribuirão em termos de variância genética para a próxima geração desta população. Portanto, concluiu-se que o fluxo gênico nas propriedades mantém a variabilidade genética dos rebanhos. Esses parâmetros populacionais poderão auxiliar nas decisões de acasalamentos dos programas de melhoramento genético da raça a fim de aumentar ou manter a variabilidade genética dos rebanhos. The objective was to describe the genomic structure of Gir dairy cattle population through the characterization of lineages of this population and infer about the genetic variability considering information from animals from several farms in Brazil using panels of SNP (Single Nucleotide Polymorphism). After quality control of genotypes and samples, we obtained 1987 biallelic SNPs on autosomal chromosomes present in the HD panels and 50K SNP, in a resultant panel of SNPs in common from to two panels, 21K SNP. Genetic distances between the markers were obtained and, through spectral decomposition, the principal components were generated. Multivariate analysis of principal components, in a context of population structure, allows inferring about genetic variability using relatedness information between animals. The determination of the number of clusters was performed using the k-means procedure, using the genetic distance between the animals, which allows the identification of genetic subgroups in the population, with moderate-high quality of grouping, with a coefficient correlation coefficient equivalent to 0.66. Expected heterozygosity (He) and observed (Ho), coefficients of inbreeding, linkage disequilibrium (LD) and effective population size (Ne) based exclusively on genomic information were also obtained. The results evidenced four different genetic groups, defined as breeding lineages of the Gir dairy breed of Brazil, indicating that the use of a few breeders or their descendants with greater intensity and also due to the different origins of the ancestors, formed the different genetic groups, which are composed of animals from various farms. There was little relationship between the animals and this was reflected in the average inbreeding coefficient, and the average inbreeding obtained for all the individuals was 0.017, evidencing the gene flow in the different farms, which avoided the mating between related animals, or due to the choice of animals for genotyping. The mean value of He was 0.25, close to the mean of Ho, revealing that there is no loss or fixation of alleles with undesirable effects. The LD was obtained for all adjacent SNP pairs with 50 Mb windows, revealing that the LD is larger at smaller distances between the markers, with a mean LD value of 0.17 ± 0.26 for up to 200 Kb, therefore, the estimated LD for spacing up to 40 Kb would be sufficient to obtain association with quantitative trait loci (QTL). The effective population size was 92.84 animals, thus, about 93 individuals in this population will contribute in terms of genetic variance for the next generation of this population. Therefore, it was concluded that the gene flow in the properties maintains the genetic variability of the herds. These population parameters may aid in the breeding decisions of breed breeding programs in order to increase or maintain the genetic variability of the herds.

Grapevine rupestris stem pitting-associated virus (GRSPaV) is one of the most common viruses of grapevine. It is involved in the graft-transmissible disease rupestris stem pitting of the rugose wood complex. The objective of the research was to perform the molecular characterization of the coat protein (CP) gene of sixteen Brazilian GRSPaV isolates aiming to determine the occurrence of molecular variants (strains) of this virus. Nine grapevine samples were evaluated, from which dsRNA was extracted. Nucleotide sequences were generated by Next generation sequencing (NGS). Fifteen complete sequences of the GRSPaV CP gene were obtained and phylogenetically analyzed. Multiple alignments of the sequences showed identities of nucleotides ranging from 82% to 99%, suggesting high variability among the CPs of Brazilian isolates. The study revealed that genetic variability of GRSPaV comprising three molecular variants is also present in Brazilian grapevine genotypes.Key words: GRSPaV, Foveavirus, strains, lineages, genetic variability. O GRSPaV é um dos vírus mais comuns da videira. Está associado à doença transmissível por enxertia denominada caneluras de rupestris que compõe o complexo do lenho rugoso. O objetivo do trabalho foi realizar a caracterização molecular do gene da proteína capsidial (CP) de 16 isolados brasileiros de GRSPaV visando determinar a ocorrência de variantes moleculares desse vírus. Nove amostras de videira foram avaliadas das quais foi extraído dsRNA. As sequências de nucleotídeos foram geradas pelo sequenciamento de nova geração (NGS). Quinze sequências completas do gene CP de GRSPaV foram obtidas e filogeneticamente analisadas. Os alinhamentos múltiplos entre as sequências mostraram identidades de nucleotídeos variando de 82% a 99%, sugerindo alta variabilidade entre as CPs de isolados brasileiros. O estudo revelou que a variabilidade genética de GRSPaV compreendendo três variantes moleculares também está presente nos genótipos de videira no Brasil. Palavras-chave: GRSPaV, Foveavirus, estirpes, linhagens, variabilidade genética. Made available in DSpace on 2017-10-28T23:13:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 16784596cr4711e20161113.pdf: 850698 bytes, checksum: c3c963f54cf326087b2b441ff1d8b3f0 (MD5) Previous issue date: 2017-10-27

Os vírus dengue (DENV) sorotipos 1, 2, 3 e 4 tem causado surtos anuais no Brasil. No entanto, a estrutura populacional dos vírus transmitidos em Goiás não é bem compreendida. Neste estudo, investigamos o padrão filogenético de amostras do DENV identificadas em Goiânia, Goiás, Brasil, durante a epidemia de 2012/2013. Para isso, a região completa do gene codificante da proteína do envelope (E) (1485pb) de 16 amostras DENV-1 assim como a região parcial deste gene (363pb) de sete amostras DENV-4, foram sequenciadas. A análise filogenética mostrou que o DENV-1 pertence ao genótipo V e apresenta-se dividido em dois clados, sugerindo a cocirculação de duas linhagens distintas na região. Ainda, as análises moleculares indicaram uma alteração significativa na posição do aminoácido E348. Para DENV-4, as sequências segregaram em um grupo monofilético, sendo classificadas como genótipo II subclado americano. As análises moleculares e filogenéticas indicaram que a região sofreu múltiplas introduções pelo DENV. Este é o primeiro relato de cocirculação de duas linhagens de DENV-1, assim como circulação do DENV-4 no estado de Goiás. Dengue viruses (DENV) serotypes 1, 2, 3, and 4 have been causing yearly outbreaks in Brazil. Nevertheless, the population structure of the viruses transmitted in Goiás state is not well understood. In this study, we investigated the phylogenetic pattern of DENV samples identified in Goiânia, Goiás, Brazil during the 2012/2013 epidemic. Therefore, the entire region of the gene of the envelope (E) protein (1485bp) of 16 DENV-1 samples as well as partial region of this gene (363bp) of seven DENV-4 samples were sequenced. Phylogenetic analysis showed that DENV-1 belongs to the genotype V and presents itself divided into two clades, suggesting co-circulation of two distinct lineages in this region. Still, the molecular analyzes indicated a significant change in the amino acid level E348 position. For DENV-4, the sequences were segregate in a monophyletic group and are classified as genotype II American subclade. The molecular and phylogenetic analysis showed that the region suffered multiple introductions by dengue virus. This is the first report of co-circulation of two lineages of DENV-1, and the circulation of DENV-4 in Goiás state. Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG

En Colombia no es obligatoria la notificación de L. monocytogenes en alimentos, pero se vigilan los alimentos de alto riesgo. Clínicamente se reportan como microorganismo Gram-positivo sólo cuando causan meningitis. L. monocytogenes es un patógeno intracelular, transmitido por alimentos, letal para humanos y animales, que causa Listeriosis; enfermedad que genera varios brotes en el mundo, con pérdidas humanas y económicas. Pocos trabajos en Colombia han logrado identificar y serotipificar molecularmente los aislamientos, lo que sólo permite distribuir teóricamente los serotipos en linajes. Esta revisión se limita a mostrar características del patógeno, su importancia en salud pública y en la industria de alimentos, generalidades de la PFGE-CHEF; identificando el protocolo estandarizado de trabajo y las enzimas de restricción adecuadas para cortar el ADN. Se encontró que la combinación de enzimas Xbal-AscI, seguida de ApaI es la que ofrece mejores resultados en la diferenciación de los aislamientos; agrupándolos por linajes; mostrando variaciones intra-serotipo y que en varios países latinoamericanos se analizan los resultados a través de PulseNet, lo que garantiza la comparación de los patrones de PFGE en igualdad de condiciones. The reporting of L monocytogenes in food in Colombia is not a mandatory; however, foods considered high-risk are monitored, and the organism is only reported clinically as Gram-positive when it causes meningitis. L. monocytogenes is a foodborne, intracellular, pathogen which causes listeriosis, a disease lethal to humans and animals. Outbreaks of this disease worldwide can bring about human and economic losses. Only a few studies in Colombia have been able to identify and molecularly serotype isolates allowing only the theoretical distribution of serotypes by lineage. This review explains the characteristics of the pathogen, its importance in public health and in the food industry, and provides an overview of PFGE-CHEF; identifying the standard work protocol and the appropriate restriction enzymes to cut DNA. We found that the enzyme combination, Xbal-AscI, followed by ApaI offers the best results to differentiate isolates, by grouping them by lineages, and displaying intra-serotype variations. Additionally, we found that in several Latin American countries the results are analyzed using PulseNet; this ensures the comparison of PFGE patterns in equivalent conditions. Na Colômbia não há uma notificação compulsória de L. monocytogenes em alimentos, mas alimentos de alto risco são monitorados. Clinicamente, são relatados como organismos Gram-positivos apenas quando eles causam meningite. L. monocytogenes é um patógeno intracelular de origem alimentar, letal para seres humanos e animais, que causa a listeriose, que gera surtos em todo o mundo, com perdas humanas e económicas. Poucos trabalhos na Colômbia identificaram e sorotipificaram molecularmente os isolados, que só permite a distribuição de sorotipos teoricamente em linhagens. Esta avaliação é limitada a mostrar características do patógeno, sua importância na saúde pública e na indústria de alimentos, e uma visão geral do PFGE-CHEF; identificar o protocolo-padrão de trabalho e enzimas de restrição apropriadas para cortar o ADN. Verificou-se que a combinação de enzimas Xbal-AscI, seguido por ApaI representa a combinação de enzimas que ofereceu melhores resultados na diferenciação dos isolados, agrupando-a por linhagens, mostrando a variação intra-serotipo e que, em muitos países da América Latina, os resultados são analisados através PulseNet, que assegura a comparação de padrões de PFGE em igualdade de condições.

El Hartón del Valle (HV),es una raza adaptada a las condiciones del Valle del Cauca(Colombia) que está catalogada como “vulnerable” y cuya población ha descendido drásticamente en los últimos dos años. Objetivo: debido al futuro incierto y a la importancia como recurso potencial en la seguridad alimentaria regional se abordó el estudio de la diversidad, la estructura genética y la ancestría del HV, mediante ADN mitocondrial (ADNmt). Métodos: se amplificó y secuenció un fragmento de 350 pb en 72 animales HV, provenientes de nueve poblaciones y de controles de las razas Brahman y Holstein. Para analizar la ancestría las secuencias fueron comparadas con 560 secuencias de 50 razas Bos taurus y Bos indicus, depositadas en el GenBank. Resultados: de acuerdo con su origen español, se encontró una marcada influencia del ADNmt europeo (91.7%) y baja participación de taurinos de origen africano (5.5%) y del cercano Oriente (2.7%). La diversidad haplotípica promedio fue 0.65 ± 0.05. El hato más antiguo fue el único que mostró los tres linajes mitocondriales, sin embargo, este ha sido liquidado recientemente. Se observó proximidad entre el HV con las razas colombianas Romosinuano y Costeño con Cuernos. La comparación con las secuencias depositadas en el GenBank con diferentes razas reveló la presencia de 37 haplotipos, de los cuales siete fueron únicos en el HV. Conclusiones: las razas ibéricas más cercanas al HV fueron: Tudanca, Rubia Gallega, Negra Serrana, Murciana, Pajuna, Avileña, Garvonesa y Mertolenga. El árbol filogenético confirmó la ancestralidad ibérica y la influencia africana en las razas criollas de América Latina. The Hartón del Valle(HV)cattleisa Criollo breed of Spanish descent that has adapted to the conditionsof the Cauca valley (Colombia). This breed is currently listed as “vulnerable” because its population has dramatically declined in the last two years. Prompted by the uncertain future of this breed and its importance as a potential resource of valuable genes. Objective: this study addressed the diversity, genetic structure and ancestry of HV cattle using mitochondrial DNA (mtDNA). Methods: a 350-bp fragment was amplified and sequenced from 72 HV animals in 9 separate farms and from animals of Brahman and Holstein breeds. To analyze the breed's ancestry, the sequences were compared with 560 sequences available in the GenBank, representing 50 Bos taurus and Bos indicus breeds. Results: in accordance with the Spanish origin of the HV breed, there was a high representation of European mtDNA (91.7%) and a low representation of African (5.5%) and Middle Eastern mtDNA (2.7%). The average haplotype diversity was 0.65 ± 0.05. The farm with the oldest ancestry was the only population in which three mitochondrial lineages were observed; unfortunately, it was recently depopulated. Proximity was observed between HV and two Columbian breeds, the Romosinuano and Costeño con Cuernos. A comparative analysis with the sequences deposited in the GenBank from numerous breeds revealed the presence of 37 haplotypes, seven of which were unique to HV. Conclusions: the following Iberian breeds were found to be most closely related to HV: Tudanca, Rubia Gallega, Negra Serrana, Murciana, Pajuna, Avileña, Garvonesa and Mertolenga. Phylogenetic analysis confirmed the Iberian ancestry and some African influence on this Latin American Criollo breed. O Hartón del Valle (HV) é uma raça adaptada às condições da região pertencente ao departamento do Valle del Cauca (Colombia). A raça está catalogada como vulnerável já que sua população tem sido reduzida drasticamente nos últimos dois anos. Objetivo: devido a incerteza no futuro da raça e a sua importancia como recurso potencial na segurança alimentaria regional, abordou-se o estudo da diversidade, a estrutura genética e a ancestralidade do gado HV, utilizando DNA mitocondrial (mtDNA). Métodos: para isto, se amplificou e sequenciou um fragmento de 350 pares de bases em 72 animais provenientes de nove populações e também de controles das raças Brahman e Holandesa. Para analizar a ancestralidade das sequências, estas foram comparadas com outras 560 de 50 raças Bos taurus y Bos indicus depositadas no genebank. Resultados: de acordo com sua origem espanhola, foi encontrada uma marcada influência do DNA mitocondrial europeu (91.7%), e baixa participação de taurinos de origem africana (5.5%) e do Oriente Próximo (2.7%). A média da diversidade haplotípica foi de 0.65 ± 0.05. A população de gado HV mais antiga foi a única que apresentou as três linhagens mitocondriais encontradas; embora, esta população foi terminada recentemente. Observou-se também proximidade do gado HV com as raças colombianas da região Caribe, Romosinuano e Costeño con Cuernos. A comparação com as sequências depositadas no genebank com diferentes raças revelou a presença de 37 haplotipos, dos quais sete foram únicos no HV. Conclusões: as raças ibéricas mais aproximadas do HV foram: Tudanca, Rubia Gallega, Negra Serrana, Murciana, Pajuna, Avileña Garvonesa e Mertolenga. A árvore filogenética confirmou sua ancestralidade ibérica e a influência africana nas raças crioulas da América Latina.

Made available in DSpace on 2017-07-10T17:48:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Paulo_Roberto_Poggere.pdf: 1235913 bytes, checksum: d755c1fed9bce078365b85e719b7f835 (MD5) Previous issue date: 2009-03-06 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior The present study had as objective evaluates the performance, chemical composition, morphometrics reasons and yield of the fillet of three tilápia lineages: Supreme (SUP), Chitralada (CHIT) and Bouaké (BOU). The used experimental design was randomized entirely, composed by 3 treatments and 6 repetitions. 18 concrete tanks were used, where 30 fingerlings were stocked, with medium initial weight of 2,03 ± 0,25 g, 1,65 ± 0,06 g and 1,57 ± 0,11 g for SUP, CHIT and BOU respectively, totaling 540 fingerlings, being 180 fingerlings for each lineage. The fish were fed 3 times a day, with commercial diet of the type crumbed with 42% of CP for the alevinagem phase, and extruded with the levels of 36% CP for the growth phase and 32% CP for the fattening phase. The amount of diet was adjusted through the medium weight and temperature of the water. The biometry were accomplished biweekly, being captured 30% of the copies of each tank. The zootechnical indexes and the length data along the time were appraised through ANCOVA. The filet income was evaluated through ANOVA. Already the morphometrics reasons, were analyzed starting from MANOVA. For the zootechnical indexes, there were significant effects of the lineages on the Tax of Growth (TG), Earnings of Biomass (EB) and Final (FW) Weight. For TG and FW, CHIT differed significantly of the other ones, presenting largest TG and FW (2,543 g/day and 307 g), while SUP and BOU didn't differ significantly amongst themselves. In EB, CHIT and SUP they presented the best result (7.207,40 and 6.898,15 g, respectively), differing significantly of BOU. With relationship the morphometrics reasons, there was significant difference among the lineages. Already in the yield of the fillet without skin (YF), there were not significant effects among the lineages. The chemical composition of the fillet presented significant differences for ethereal (EE) extract and crude protein (CP) protein. For EE, the three lineages differed statistically amongst themselves, and BOU presented the largest value with 1,42%, following by SUP and CHIT. For CP, SUP (20,79%) and BOU (20,73%) they only differed of CHIT. For the growth in length, CHIT presented the largest value of L¥, with 27,39 cm, following by SUP (27,16 cm) and BOU (26,67 cm). Regarding the value of k (growth tax in length), SUP presented the largest value (0,4456), following by CHIT with 0,4349 and BOU (0,4141). In the growth in weight, CHIT obtained the largest value for W¥ with 534,15 g, following by SUP with 516,20 g and BOU 454,76 g. However, SUP was superior in the coefficient of growth alométrico (q) with 3,2442, being respectively the values of 3,2206 and 3,1773 for CHIT and BOU. It was verified that CHIT obtained the best results for TG, FW, EB and tenor of EE in the filet in comparison with SUP and BOU, besides presenting morphometrics reasons that provide a rounder format of his body being the lineage more adapted for cultivation in those imposed conditions and weight strip O presente estudo teve como objetivo avaliar o desempenho produtivo, composição química, razões morfométricas e rendimento do filé de três linhagens de tilápia: Supreme (SUP), Chitralada (CHIT) e Bouaké (BOU). O delineamento experimental utilizado foi inteiramente casualizado, composto por três tratamentos e seis repetições. Foram utilizados 18 tanques de concreto, onde foram estocados 30 alevinos, com peso inicial médio de 2,03 ± 0,25 g, 1,65 ± 0,06 g e 1,57 ± 0,11 g para SUP, CHIT e BOU respectivamente, totalizando 540 alevinos, sendo 180 alevinos para cada linhagem. Os peixes foram alimentados três vezes ao dia, com ração comercial do tipo farelada com 42% de PB para a fase de alevinagem, e extrusada com os níveis de 36% PB para a fase de crescimento e 32% PB para a fase de engorda. A quantidade de ração foi ajustada através do peso médio e temperatura da água. As biometrias foram realizadas quinzenalmente, sendo capturados 30% dos exemplares de cada tanque. Os índices zootécnicos e os dados de comprimento ao longo do tempo foram avaliados através da ANCOVA, o rendimento de filé foi avaliado através da ANOVA e as razões morfométricas, foram analisadas a partir de MANOVA. Para os índices zootécnicos, houveram efeitos significativos das linhagens sobre a Taxa de Crescimento (TC), Ganho em Biomassa (GB) e Peso Final (PF). Para a TC e PF, a CHIT diferiu significativamente das outras, apresentando a maior TC e PF (2,543 g/dia e 307 g), enquanto a SUP e BOU não diferiram significativamente entre si. No GB, a CHIT e SUP apresentaram o melhor resultado (7.207,40 e 6.898,15 g, respectivamente), diferindo significativamente da BOU. Com relação as razões morfométricas, houve diferença significativa entre as linhagens. Já no rendimento de filé sem pele (RF), não houveram efeitos significativos entre as linhagens. A composição química do filé apresentou diferenças significativas para extrato etéreo (EE) e proteína bruta (PB). Para o EE, as três linhagens diferiram estatisticamente entre si, sendo que a BOU apresentou o maior valor com 1,42%, seguida da SUP e CHIT. Para PB, a SUP (20,79%) e BOU (20,73%) somente diferiram da CHIT. Para o crescimento em comprimento, a CHIT apresentou o maior valor de L¥, com 27,39 cm, seguida da SUP (27,16 cm) e BOU (26,67 cm). Com relação ao valor de k (taxa de crescimento em comprimento), a SUP apresentou o maior valor (0,4456), seguida da CHIT com 0,4349 e BOU (0,4141). No crescimento em peso, a CHIT obteve o maior valor para W¥ com 534,15 g, seguida da SUP com 516,20 g e BOU 454,76 g. Entretanto, a SUP foi superior no coeficiente de crescimento alométrico (q) com 3,2442, sendo os valores de 3,2206 e 3,1773 para CHIT e BOU respectivamente. Verificou-se que CHIT obteve os melhores resultados para TC, PF, GB e teor de EE no filé em comparação SUP e BOU; além de apresentar razões morfométricas que proporcionam um formato mais arredondado do seu corpo, sendo a linhagem mais adaptada para cultivo nessas condições impostas e faixa de peso

Foram preditas diferenças esperadas na progênie para probabilidade de permanência no rebanho (stayability) de 4180 touros com filhas na base de dados do Programa de Melhoramento Genético da Raça Nelore, utilizando-se modelo de limiar unicaráter de touro-avô materno, sob metodologia bayesiana. Os touros foram classificados em ordem decrescente e aqueles com diferenças esperadas na progênie acima de 57,6%, considerados como TOP1%, foram analisados quanto à genealogia visando avaliar a existência de efeito de família, bem como a contribuição dos genearcas e ancestrais da raça Nelore para a característica considerada. Os principais fundadores, que juntos somaram 18,8% dos genes presentes nos touros TOP1%, foram Karvadi IMP (com 8,2% dos genes, essencialmente via seu filho Chummak), Godhavari IMP (com 6% de contribuição, via Kurupathy e Neófito), Rastã IMP e Falo da BV (2,5 e 2,1%, respectivamente, via materna, pois não apresentaram parentesco com touros ancestrais). O touro Rolex, da variedade mocha, esteve presente em 12 linhas (maternas ou paternas), via seu neto Cardeal. Dos sete ancestrais da raça Nelore com maiores contribuições genéticas (que somaram 15,3% dos genes), cinco foram da variedade mocha. Somente 28 animais aportaram 50% da variabilidade genética, evidenciando o baixo número de animais utilizados como reprodutores na raça Nelore. Expected progeny differences (EPD) for stayability were estimated for 4,180 sires with daughters in the Program for Genetic Improvement of the Nellore Breed. The univariate threshold sire-maternal grandsire model was used, following a Bayesian methodology. The sires were ranked for stayability in descending order, and those whose EPD were higher than 57.6% were regarded as TOP1%. Pedigree analysis was then conducted in order to establish whether a family tendency was present, as well as the contribution of Nellore founders and ancestors for the trait under consideration. The main founders, which together were responsible for 18.8% of the genes in TOP1% sires, were Karvadi IMP (with 8.2% of genes, basically through its son Chummak), Godhavari IMP (with 6% of genes, through Kurupathy and Neofito), Rastã IMP and Falo da BV (respectively with 2.5% and 2.1%, through mothers, since they are not related to the ancestor sires). Rolex, a polled sire, stayed in twelve lineages - paternal or maternal - through its grandson Cardeal. Among the seven Nellore ancestors with the highest genetic contributions (15.3% of genes when put together), five were of the polled variety. Only 28 animals apportioned 50% of the total genetic variability, which is indicative of the small number of animals used as Nellore reproducers.