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16 results on '"Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] (INC)"'

1. Hereditary diffuse gastric cancer syndrome: improved performances of the 2015 testing criteria for the identification of probands with aCDH1germline mutation

Author

Olivier Caron, David Malka, Audrey Remenieras, Bruno Buecher, Patrick R. Benusiglio, Camille Tlemsani, Mathilde Warcoin, Dominique Stoppa-Lyonnet, Qing Wang, Chystelle Colas, Jessica Moretta, Emmanuelle Mouret-Fourme, Pierre Romero, Martine Blayau, Sophie Grandjouan, Etienne Rouleau, Marina Di Maria, Nancy Uhrhammer, Antoine De Pauw, Catherine Noguès, Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] (INC), Onco-génétique, Département de médecine oncologique [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut Gustave Roussy (IGR), Service de Biochimie Métabolique et Centre de Génétique moléculaire et chromosomique [CHU Pitié Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Institut Curie [Paris], Département d'Oncogénétique, Centre Jean Perrin [Clermont-Ferrand] (UNICANCER/CJP), UNICANCER-UNICANCER, Laboratoire de diagnostic génétique et moléculaire, Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC), Centre Léon Bérard [Lyon], Service de Génétique Oncologique, Institut Gustave Roussy (IGR), Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de génétique clinique [Rennes], Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CHU Pontchaillou [Rennes]-hôpital Sud, CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Université de Rennes (UR)-CHU Pontchaillou [Rennes]-hôpital Sud, Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] ( INC ), Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Institut Curie, CRLCC Jean Perrin, Centre Jean Perrin, INSTITUT CURIE, Institut Gustave Roussy ( IGR ), CHU Cochin [AP-HP], Université de Rennes 1 ( UR1 ), and Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -CHU Pontchaillou [Rennes]-Hôpital Sud

Subjects
Oncology, Proband, medicine.medical_specialty, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Sensitivity and Specificity, Germline, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Breast cancer screening, Germline mutation, Breast cancer, Antigens, CD, Stomach Neoplasms, Internal medicine, Genetics, medicine, Humans, Genetic Testing, [ SDV.GEN.GH ] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, Germ-Line Mutation, Genetics (clinical), Retrospective Studies, medicine.diagnostic_test, business.industry, Cancer, Cadherins, medicine.disease, 3. Good health, [SDV.GEN.GH]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, Immunology, Medical genetics, Hereditary diffuse gastric cancer, business
Abstract

The international, consensus testing criteria for CDH1 germline mutations were recently revised in order to increase their performances, particularly their sensitivity. It is paramount to identify a high proportion of actual mutation carriers, as finding a mutation in a proband and subsequently in some of his relatives allows for risk-reducing recommendations regarding diffuse gastric cancer (DGC) and lobular breast cancer (LBC). We collected data on all French probands tested for CDH1 in a retrospective study on the hereditary DGC syndrome (HDGC). Out of 627 probands, 52 were carriers. We compared the new, 2015 version of these criteria to the 2010 version, and showed that both the sensitivity and the Youden index ( J ), an index that estimates the criteria discriminating power, increased. CDH1 is a tumour suppressor gene located on chromosome 16q22. It codes for the E-cadherin adhesion protein. Monoallelic germline mutations in CDH1 cause HDGC, in which carriers have a high lifetime risk of DGC (also called signet ring cell gastric cancer), and LBC (reviewed in ref. 1). In clinical practice, mutations are first identified in a proband with a personal history of DGC and/or LBC, and adult relatives are subsequently tested to see whether they also carry the mutation. Asymptomatic carriers are then advised to undergo risk-reducing gastrectomy, and for women annual breast cancer screening using MRI. The International Gastric Cancer Linkage Consortium defined clinical criteria warranting CDH1 germline testing in a proband. The criteria were first published in 1999 and then updated in 2010.2 ,3 A new 2015 version is being published in this issue of the Journal of Medical Genetics …

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2015
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2. Assessment of the prognostic role of a 94-single nucleotide polymorphisms risk score in early breast cancer in the SIGNAL/PHARE prospective cohort: no correlation with clinico-pathological characteristics and outcomes

Author

Carole Tarpin, Sophie Paget-Bailly, Xavier Pivot, David Assouline, Maria Rios, Isabelle Tennevet, Gilles Romieu, Jean-Marc Ferrero, Céline Faure-Mercier, Pierre Fumoleau, Jean-François Deleuze, David G. Cox, Hélène Blanché, Marie-Christine Mathieu, Thierry Petit, Christelle Jouannaud, Hugues Bourgeois, Oana Cojocarasu, Thomas Bachelot, Elsa Curtit, Jérôme Meunier, Ariane Darut-Jouve, Delphine Bacq, Jean-Yves Pierga, Sandrine Lavau-Denes, Iris Pauporté, Valérie Delecroix, Christelle Levy, Patrick Soulié, Pierre Kerbrat, Véronique Trillet-Lenoir, Anne Boland, Hervé Bonnefoi, Mourad Sahbatou, Gilles Thomas, Jean-Philippe Jacquin, Julie Henriques, Céline Besse, Interactions hôte-greffon-tumeur, ingénierie cellulaire et génique - UFC (UMR INSERM 1098) (RIGHT), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté]), Service d'Oncologie Médicale [CHRU Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Unité de Méthodologie et de Qualité de Vie en Cancérologie (UMQVC), Institut Régional Fédératif du Cancer (IRFC)-Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (EA 3181) (CEF2P / CARCINO), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Pôle cancérologie (CHRU Besançon), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Département d'oncologie médicale [Centre Georges-François Leclerc], Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), UNICANCER-UNICANCER, Département d’Oncologie Médicale [Vandoeuvre Les Nancy], Institut de Cancérologie de Lorraine - Alexis Vautrin [Nancy] (UNICANCER/ICL), Département d'oncologie médicale, Institut Bergonié [Bordeaux], Département de Cancérologie Médicale [Lyon], Centre Léon Bérard : Centre Régional de Lutte Contre le Cancer Lyon Rhône-Alpes, Service Oncologie Médicale [Angers], Institut de Cancérologie de l'Ouest [Angers/Nantes] (UNICANCER/ICO), Service Oncologie Médicale [Reims], Institut Jean Godinot [Reims], Centre Jean Bernard [Institut Inter-régional de Cancérologie - Le Mans], Service d’Oncologie Médicale [Strasbourg], Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Département d'oncologie médicale [Rouen], Centre de Lutte Contre le Cancer Henri Becquerel Normandie Rouen (CLCC Henri Becquerel), Service Oncologie Médicale [Grenoble], Institut Daniel Hollard [Grenoble], Pathologie mammaire, Département de médecine oncologique [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut Gustave Roussy (IGR), Service Oncologie Médicale [Saint Priest en Jarez], Institut de Cancérologie Lucien Neuwirth [Saint Priest en Jarez], Service d'Oncologie médicale [CHU Limoges], CHU Limoges, Centre d'oncologie et de radiothérapie du parc [Dijon], Département Oncologie Médicale [Nice], Centre de Lutte contre le Cancer Antoine Lacassagne [Nice] (UNICANCER/CAL), UNICANCER-Université Côte d'Azur (UCA)-UNICANCER-Université Côte d'Azur (UCA), Département d’Oncologie Médicale [Marseille], Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC), Service d'Oncologie Médicale [Caen], Centre Régional de Lutte contre le Cancer François Baclesse [Caen] (UNICANCER/CRLC), Normandie Université (NU)-UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Service Oncologie Médicale [Saint-Nazaire] (Pôle Mutualiste), Centre Etienne Dolet [Saint-Nazaire], Service d’Oncologie Médicale [CHU Lyon Sud], Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Service d’Onco-Hématologie et Médecine interne [Le Mans], Centre Hospitalier Le Mans (CH Le Mans), Service d’Oncologie médicale [Orleans], Centre Hospitalier Régional d'Orléans (CHRO), Département d'Oncologie Médicale [Paris], Institut Curie [Paris], Service d'Oncologie Médicale [Rennes], CRLCC Eugène Marquis (CRLCC), Direction de la Recherche [Boulogne-Billancourt], Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] (INC), Centre de Ressources Biologiques [Paris], Fondation Jean Dausset - Centre d’Etudes du Polymorphisme Humain [Paris] (CEPH), Centre de Ressources Biologiques [Evry], Centre National du Génotypage [Evry], Synergie Lyon Cancer [Lyon], Centre Léon Bérard [Lyon], Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM - U1194 Inserm - UM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), This work has fully been funded by the sponsor of the study, l’Institut National du Cancer, France (INCa)., Interactions hôte-greffon-tumeur, ingénierie cellulaire et génique - UFC ( HOTE GREFFON ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Etablissement français du sang [Bourgogne-France-Comté] ( EFS [Bourgogne-France-Comté] ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Service d'Oncologie Médicale [Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire Hôpital Jean Minjoz [Besançon], Unité de Méthodologie et de Qualité de Vie en Cancérologie ( UMQVC ), Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC ( CEF2P / CARCINO ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ) -Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ) -Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Pôle cancérologie (CHU Besançon), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ) -Institut Régional Fédératif du Cancer ( IRFC ), Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc ( CRLCC - CGFL ), Institut de Cancérologie de Lorraine - Alexis Vautrin ( ICL ), Institut Bergonié - CRLCC Bordeaux, UNICANCER - Institut de cancérologie de l'Ouest - Paul Papin [Angers], Centre Jean Bernard [Le Mans], Clinique Victor Hugo [Le Mans], Centre de Lutte Contre le Cancer Henri Becquerel Normandie Rouen ( CLCC Henri Becquerel ), Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ), Centre d’oncologie et de radiothérapie du Parc [Dijon], Clinique Drévon [Dijon], UNICANCER - Centre Antoine Lacassagne [Nice], Institut Paoli-Calmettes [Marseille], Centre Régional de Lutte contre le Cancer François Baclesse ( CRLC François Baclesse ), Service Oncologie Médicale [Saint-Nazaire] ( Pôle Mutualiste ), Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] ( CHLS ), Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Centre Hospitalier Le Mans, Centre Hospitalier Régional d'Orléans ( CHR ), Institut Curie (Paris), CRLCC Eugène Marquis ( CRLCC ), Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] ( INC ), Centre d’Etudes du Polymorphisme Humain [Paris], Institut de recherche en cancérologie de Montpellier ( IRCM ), Université Montpellier 1 ( UM1 ) -CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université de Montpellier ( UM ), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon ( CRCL ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre Léon Bérard [Lyon]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC), Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (UR 3181) (CEF2P / CARCINO), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Institut Régional Fédératif du Cancer (IRFC), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BMC, BMC, Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (EA 3181) (CEF2P / CARCINO), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Institut Régional Fédératif du Cancer (IRFC), Polyclinique du Parc - Clinique Drevon [Dijon], Université Côte d'Azur (UCA)-UNICANCER-Université Côte d'Azur (UCA)-UNICANCER, and UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)

Subjects
0301 basic medicine, Oncology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Metastasis, Cohort Studies, 0302 clinical medicine, Breast cancer, Neoplasm Metastasis, Prospective cohort study, Estrogen Receptor Status, Genetic variant, Randomized Controlled Trials as Topic, Aged, 80 and over, Framingham Risk Score, Middle Aged, Prognosis, Tumor Burden, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], 030220 oncology & carcinogenesis, Cohort, Female, Research Article, Adult, medicine.medical_specialty, Genotype, Breast Neoplasms, Single-nucleotide polymorphism, Polymorphism, Single Nucleotide, Young Adult, 03 medical and health sciences, Internal medicine, Biomarkers, Tumor, medicine, Humans, Genetic Predisposition to Disease, Alleles, Genetic Association Studies, Aged, Neoplasm Staging, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], business.industry, Cancer, medicine.disease, Survival Analysis, Single nucleotide polymorphism, 030104 developmental biology, Clinical Trials, Phase III as Topic, Risk score, Neoplasm Grading, business
Abstract

Background Genome-wide association studies (GWAS) have to date identified 94 genetic variants (single nucleotide polymorphisms (SNPs)) associated with risk of developing breast cancer. A score based on the combined effect of the 94 risk alleles can be calculated to measure the global risk of breast cancer. We aimed to test the hypothesis that the 94-SNP-based risk score is associated with clinico-pathological characteristics, breast cancer subtypes and outcomes in early breast cancer. Methods A 94-SNP risk score was calculated in 8703 patients in the PHARE and SIGNAL prospective case cohorts. This score is the total number of inherited risk alleles based on 94 selected SNPs. Clinical data and outcomes were prospectively registered. Genotyping was obtained from a GWAS. Results The median 94-SNP risk score in 8703 patients with early breast cancer was 77.5 (range: 58.1–97.6). The risk score was not associated with usual prognostic and predictive factors (age; tumor, node, metastasis (TNM) status; Scarff-Bloom-Richardson grade; inflammatory features; estrogen receptor status; progesterone receptor status; human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) status) and did not correlate with breast cancer subtypes. The 94-SNP risk score did not predict outcomes represented by overall survival or disease-free survival. Conclusions In a prospective case cohort of 8703 patients, a risk score based on 94 SNPs was not associated with breast cancer characteristics, cancer subtypes, or patients’ outcomes. If we hypothesize that prognosis and subtypes of breast cancer are determined by constitutional genetic factors, our results suggest that a score based on breast cancer risk-associated SNPs is not associated with prognosis. Trial registration PHARE cohort: NCT00381901, Sept. 26, 2006 – SIGNAL cohort: INCa RECF1098, Jan. 28, 2009 Electronic supplementary material The online version of this article (doi:10.1186/s13058-017-0888-4) contains supplementary material, which is available to authorized users.

Published
2016
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3. Integrated analysis of somatic mutations and focal copy-number changes identifies key genes and pathways in hepatocellular carcinoma

Author

Sandrine Imbeaud, Yannick Ladeiro, Julien Calderaro, Laura Pelletier, Françoise Degos, Eric Chevet, Charles Balabaud, Fabien Calvo, Eric Letouzé, Alexis Laurent, Paulette Bioulac-Sage, Giuliana Amaddeo, Mélanie Letexier, Jessica Zucman-Rossi, Cécile Guichard, Gabrielle Couchy, Bruno Clément, Ichrafe Ben Maad, Genomique Fonctionnelle des Tumeurs Solides, Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -IFR105-Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Labex Immuno-oncology, Centre de Recherche des Cordeliers ( CRC ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -École pratique des hautes études ( EPHE ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -École pratique des hautes études ( EPHE ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -PRES Sorbonne Paris Cité-Faculté de Médecine, Service de Pathologie [Créteil], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Henri Mondor, Service de pathologie [Bordeaux], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, Physiopathologie du cancer du foie, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), IntegraGen SA, Service d'hépatologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Hôpital Beaujon, Microenvironnement et remodelage, Foie, métabolismes et cancer, Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service de chirurgie digestive, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor, Cartes d'Identité des Tumeurs ( CIT ), Ligue Nationale Contre le Cancer (LNCC), Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] ( INC ), Service d'Hépato-Gastro Entérologie et Oncologie Digestive, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] ( HEGP ), This work was supported by the INCa with the ICGC project, the Ligue Nationale Contre le Cancer ('Cartes d'identité des tumeurs' program), the PAIR-CHC project NoFLIC (funded by INCa and Association pour la recherche contre le Cancer, ARC), the Réseau national CRB Foie and BioIntelligence. C.G., G.A., are supported by a fellowship from the INCa and ANRS respectively., Génomique Fonctionnelle des Tumeurs Solides (U1162), Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche des Cordeliers (CRC), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-PRES Sorbonne Paris Cité-Faculté de Médecine, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Henri Mondor, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Hôpital Beaujon [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor, Cartes d'Identité des Tumeurs (CIT), Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] (INC), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-PRES Sorbonne Paris Cité-Faculté de Médecine, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Henri Mondor [Créteil], and Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )

Subjects
Genetics, 0303 health sciences, Mutation, Oncogene, ARID1A, Tumor suppressor gene, Somatic cell, Wnt signaling pathway, [SDV.MHEP.HEG]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology, Biology, medicine.disease, medicine.disease_cause, 3. Good health, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, 030220 oncology & carcinogenesis, Hepatocellular carcinoma, medicine, Cancer research, [ SDV.MHEP.HEG ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology, Gene, 030304 developmental biology
Abstract

International audience; Hepatocellular carcinoma (HCC) is the most common primary liver malignancy. Here, we performed high-resolution copy-number analysis on 125 HCC tumors and whole-exome sequencing on 24 of these tumors. We identified 135 homozygous deletions and 994 somatic mutations of genes with predicted functional consequences. We found new recurrent alterations in four genes (ARID1A, RPS6KA3, NFE2L2 and IRF2) not previously described in HCC. Functional analyses showed tumor suppressor properties for IRF2, whose inactivation, exclusively found in hepatitis B virus (HBV)-related tumors, led to impaired TP53 function. In contrast, inactivation of chromatin remodelers was frequent and predominant in alcohol-related tumors. Moreover, association of mutations in specific genes (RPS6KA3-AXIN1 and NFE2L2-CTNNB1) suggested that Wnt/β-catenin signaling might cooperate in liver carcinogenesis with both oxidative stress metabolism and Ras/mitogen-activated protein kinase (MAPK) pathways. This study provides insight into the somatic mutational landscape in HCC and identifies interactions between mutations in oncogene and tumor suppressor gene mutations related to specific risk factors.

Published
2012
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4. A whole-genome sequence and transcriptome perspective on HER2-positive breast cancers

Author

Marta Gut, Iris Pauporté, Cécile Mannina, Sancha Martin, Michael R. Stratton, Frédérique Penault-Llorca, Vincent Le Texier, Laurent Arnould, Pierre Saintigny, Marie-Christine Mathieu, P. Fumoleau, Xavier Pivot, Jean-François Deleuze, Hélène Blanché, Anthony Ferrari, Janice Kielbassa, Eskeatnaf Mulugeta, Olivier Tredan, Sandrine Boyault, Anne Vincent-Salomon, Thomas Bachelot, Emilie Thomas, Jean-Yves Pierga, Odette Mariani, Suzette Delaloge, Ivo Gut, Hervé Bonnefoi, Fabien Calvo, Frédéric Bibeau, Alain Viari, Serena Nik-Zainal, Anne-Sophie Sertier, Gilles Romieu, Maria Rios, Gaëtan MacGrogan, Jocelyne Jacquemier, Laurie Tonon, Gilles Thomas, Jean-Marc Ferrero, Isabelle Treilleux, Daniel Birnbaum, Catherine Bouteille, Carole Tarpin, Centre Léon Bérard [Lyon], Génétique et Biologie du Développement, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Interactions hôte-greffon-tumeur, ingénierie cellulaire et génique - UFC (UMR INSERM 1098) (RIGHT), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS BFC)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Validation et identification de nouvelles cibles en oncologie (VINCO), Institut Bergonié [Bordeaux], UNICANCER-UNICANCER-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Lipides - Nutrition - Cancer (U866) (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA), Département de Biologie et pathologie des tumeurs [Centre Georges-François Leclerc], Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), UNICANCER-UNICANCER, Centre d'Etude du Polymorphisme Humain (CEPH), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut Universitaire d'Hématologie (IUH), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Fondation Jean Dausset, Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC), Institut Gustave Roussy (IGR), Equipe de recherche sur les traitements individualisés des cancers (ERTICa), Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM - U1194 Inserm - UM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Centre de Ressources Biologiques [Paris], Institut Curie [Paris], Département de pathologie, Physico-Chimie-Curie (PCC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut Curie [Paris]-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Department of Medical Oncology [Lyon], UNICANCER - Institut régional du Cancer Montpellier Val d'Aurelle (ICM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque, UNICANCER, Pathologie mammaire, Département de médecine oncologique [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut Gustave Roussy (IGR), Institut de Cancérologie de Lorraine - Alexis Vautrin [Nancy] (UNICANCER/ICL), Pôle de Chirurgie Oncologique générale, Gynécologique et Mammaire [Centre Antoine-Lacassagne], Centre de Lutte contre le Cancer Antoine Lacassagne [Nice] (UNICANCER/CAL), UNICANCER-Université Côte d'Azur (UCA)-UNICANCER-Université Côte d'Azur (UCA), Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM), Aix Marseille Université (AMU)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Chirurgie gynécologique, mammaire et réparatrice [Saint-Etienne], Clinique Mutualiste Chirurgicale [Saint-Étienne], Direction de la recherche [Gustave Roussy], Centre for Genomic Regulation [Barcelona] (CRG), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF)-Centro Nacional de Analisis Genomico [Barcelona] (CNAG), The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge], Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] (INC), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale (ERABLE), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -INSTITUT CURIE-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Interactions hôte-greffon-tumeur, ingénierie cellulaire et génique - UFC (UMR INSERM 1098) ( HOTE GREFFON ), Université de Franche-Comté ( UFC ) -Etablissement français du sang [Bourgogne-France-Comté] ( EFS [Bourgogne-France-Comté] ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Validation et identification de nouvelles cibles en oncologie ( VINCO ), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut Bergonié - CRLCC Bordeaux-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Lipides - Nutrition - Cancer (U866) ( LNC ), Université de Bourgogne ( UB ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon ( ENSBANA ), Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc ( CRLCC - CGFL ), Centre d'Etude du Polymorphisme Humain ( CEPH ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Institut Universitaire d'Hématologie ( IUH ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Fondation Jean Dausset, Institut Gustave Roussy ( IGR ), Equipe de recherche sur les traitements individualisés des cancers ( ERTICa ), Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I ( UdA ), UNICANCER - Institut régional du Cancer [Montpellier] ( ICM ), Institut Curie, Institut Bergonié - CRLCC Bordeaux, Physico-Chimie-Curie ( PCC ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -INSTITUT CURIE-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ), Institut de Cancérologie de Lorraine - Alexis Vautrin ( ICL ), CRLCC Antoine Lacassagne, Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille ( CRCM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Aix Marseille Université ( AMU ), Centre for Genomic Regulation [Barcelona] ( CRG ), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona]-Centro Nacional de Analisis Genomico [Barcelona] ( CNAG ), Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] ( INC ), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon ( CRCL ), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale ( ERABLE ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ), Nik-Zainal Abidin, Serena [0000-0001-5054-1727], Apollo - University of Cambridge Repository, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC), Sagot, Marie-France, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté]), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bourgogne (UB)-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Curie [Paris]-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Aix Marseille Université (AMU), Interactions hôte-greffon-tumeur, ingénierie cellulaire et génique - UFC ( HOTE GREFFON ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Etablissement français du sang [Bourgogne-France-Comté] ( EFS [Bourgogne-France-Comté] ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Institut Paoli Calmettes, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -INSTITUT CURIE-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Institut Paoli-Calmettes-Aix Marseille Université ( AMU ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre Léon Bérard [Lyon]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )

Subjects
0301 basic medicine, DNA Copy Number Variations, Receptor, ErbB-2, Science, [SDV]Life Sciences [q-bio], General Physics and Astronomy, Breast Neoplasms, Biology, Genome, Polymorphism, Single Nucleotide, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Article, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Breast cancer, Germline mutation, Gene duplication, medicine, Humans, Copy-number variation, skin and connective tissue diseases, Genetics, Multidisciplinary, Whole Genome Sequencing, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Gene Expression Profiling, Estrogen Receptor alpha, Gene Amplification, General Chemistry, Amplicon, medicine.disease, 3. Good health, Gene expression profiling, [SDV] Life Sciences [q-bio], 030104 developmental biology, 030220 oncology & carcinogenesis, Mutation, Human genome, Female, Receptors, Progesterone, Transcriptome
Abstract

HER2-positive breast cancer has long proven to be a clinically distinct class of breast cancers for which several targeted therapies are now available. However, resistance to the treatment associated with specific gene expressions or mutations has been observed, revealing the underlying diversity of these cancers. Therefore, understanding the full extent of the HER2-positive disease heterogeneity still remains challenging. Here we carry out an in-depth genomic characterization of 64 HER2-positive breast tumour genomes that exhibit four subgroups, based on the expression data, with distinctive genomic features in terms of somatic mutations, copy-number changes or structural variations. The results suggest that, despite being clinically defined by a specific gene amplification, HER2-positive tumours melt into the whole luminal–basal breast cancer spectrum rather than standing apart. The results also lead to a refined ERBB2 amplicon of 106 kb and show that several cases of amplifications are compatible with a breakage–fusion–bridge mechanism., Breast cancer is separated into multiple subtypes based on the expression of HER2 and hormone receptors. Here, the authors report the whole genome sequence of 64 HER2 positive tumours and show that these can be further separated into four groups with different gene expression profiles and genomic features.

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2016
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5. Genetic evidence of a precisely tuned dysregulation in the hypoxia signaling pathway during oncogenesis

Author

Sophie Couvé, Hélène Le Jeune, David R. Mole, Karène Mahtouk, Gregory Nuel, Peter J. Ratcliffe, Anne Paule Gimenez-Roqueplo, Justine Guegan, Françoise Lasne, William G. Kaelin, Nathalie M. Mazure, Charline Ladroue, Jean Christophe Pagès, William Y. Kim, Patrick R. Benusiglio, Luba Tchertanov, Stéphane Richard, Brigitte Bressac-de Paillerets, Marion Le Gentil, Vladimir Lazar, Elodie Laine, Philippe Dessen, Betty Gardie, Christine Collin, Jean Feunteun, Sophie Gad, Bernard Lecomte, Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] (INC), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL), Cytokines et Immunologie des Tumeurs Humaines (U753), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Biologie Computationnelle et Quantitative = Laboratory of Computational and Quantitative Biology (LCQB), Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme de Génomique [Gustave Roussy], Analyse moléculaire, modélisation et imagerie de la maladie cancéreuse (AMMICa), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Mathématiques Appliquées Paris 5 (MAP5 - UMR 8145), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National des Sciences Mathématiques et de leurs Interactions (INSMI)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Lineberger Comprehensive Cancer Center (UNC Lineberger), University of North Carolina [Chapel Hill] (UNC), University of North Carolina System (UNC)-University of North Carolina System (UNC), Médecine générale, Virus, pseudo-virus: Morphogénèse et Antigénicité, Université de Tours-EA3856, Agence Française de Lutte contre le Dopage (AFLD), Institut Gustave Roussy (IGR), Onco-génétique, Département de médecine oncologique [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut Gustave Roussy (IGR), Stabilité Génétique et Oncogenèse (UMR 8200), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Angiogenesis Imaging UMR970, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement (IRCAN), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Henry Wellcome Building for Molecular Physiology, University of Oxford [Oxford], Howard Hughes Medical Institute (HHMI), Génétique Oncologique EPHE, Faculté de Médecine Paris-Sud, Le Kremlin-Bicêtre, Centre de Recherche en Cancérologie Nantes-Angers (CRCNA), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-Hôtel-Dieu de Nantes-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hôpital Laennec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Faculté de Médecine d'Angers-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), This work was supported by grants from the Ligue Nationale contre le Cancer (Comites du Cher et de l'Indre, de la Loire Atlantique et des Cotes d'Armor), the French NCI (INCa, PNES 'Kidney cancer'), the 'Association pour la Recherche sur le Cancer' (ARC), the 'Association VHL France,' the Region Pays de la Loire, as well as by the HypoxiaNet COST Action TD0901. S. Couve was supported by postdoctoral fellowships from the Fondation 'Cancer, Aidez la recherche!' and the 'Fondation Gustave Roussy.'The costs of publication of this article were defrayed in part by the payment of page charges. This article must therefore be hereby marked advertisement in accordance with 18 U.S.C. Section 1734 solely to indicate this fact., Bernardo, Elizabeth, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Tours (UT)-EA3856, Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), University of Oxford, Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] ( INC ), École pratique des hautes études ( EPHE ), Cytokines et Immunologie des Tumeurs Humaines ( U753 ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Biologie Computationnelle et Quantitative = Laboratory of Computational and Quantitative Biology ( LCQB ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Plateforme de génomique, Analyse moléculaire, modélisation et imagerie de la maladie cancéreuse ( AMMICa ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Mathématiques Appliquées à Paris 5 ( MAP5 - UMR 8145 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National des Sciences Mathématiques et de leurs Interactions-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Lineberger Comprehensive Cancer Center, The University of North Carolina at Chapel Hill, Agence Française de Lutte contre le Dopage ( AFLD ), Institut Gustave Roussy ( IGR ), Service de Génétique, Institut de cancérologie Gustave Roussy, Villejuif, France, Stabilité Génétique et Oncogenèse ( UMR 8200 ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement ( IRCAN ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ), Howard Hugues Medical Institute, Centre de Recherche en Cancérologie / Nantes - Angers ( CRCNA ), CHU Angers-Centre hospitalier universitaire de Nantes ( CHU Nantes ) -Hôtel-Dieu de Nantes-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Hôpital Laennec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Faculté de Médecine d'Angers, École Pratique des Hautes Études (EPHE), and Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Cancer Research, Pathology, medicine.medical_specialty, endocrine system diseases, Carcinogenesis, Mutant, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Pheochromocytoma, Biology, Molecular Dynamics Simulation, medicine.disease_cause, Compound heterozygosity, urologic and male genital diseases, Polymorphism, Single Nucleotide, Article, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Malignant transformation, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Germline mutation, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, medicine, Basic Helix-Loop-Helix Transcription Factors, Humans, Gene, neoplasms, Carcinoma, Renal Cell, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, medicine.disease, Phenotype, female genital diseases and pregnancy complications, Kidney Neoplasms, 3. Good health, Oncology, Von Hippel-Lindau Tumor Suppressor Protein, 030220 oncology & carcinogenesis, Mutation, Cancer research, Signal Transduction
Abstract

The classic model of tumor suppression implies that malignant transformation requires full “two-hit” inactivation of a tumor-suppressor gene. However, more recent work in mice has led to the proposal of a “continuum” model that involves more fluid concepts such as gene dosage-sensitivity and tissue specificity. Mutations in the tumor-suppressor gene von Hippel-Lindau (VHL) are associated with a complex spectrum of conditions. Homozygotes or compound heterozygotes for the R200W germline mutation in VHL have Chuvash polycythemia, whereas heterozygous carriers are free of disease. Individuals with classic, heterozygous VHL mutations have VHL disease and are at high risk of multiple tumors (e.g., CNS hemangioblastomas, pheochromocytoma, and renal cell carcinoma). We report here an atypical family bearing two VHL gene mutations in cis (R200W and R161Q), together with phenotypic analysis, structural modeling, functional, and transcriptomic studies of these mutants in comparison with classical mutants involved in the different VHL phenotypes. We demonstrate that the complex pattern of disease manifestations observed in VHL syndrome is perfectly correlated with a gradient of VHL protein (pVHL) dysfunction in hypoxia signaling pathways. Thus, by studying naturally occurring familial mutations, our work validates in humans the “continuum” model of tumor suppression. Cancer Res; 74(22); 6554–64. ©2014 AACR.

Published
2014
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6. Trajectories of adherence to adjuvant endocrine therapy for 5 years in women with breast cancer

Author

V. Memoli, Julien Mancini, A.D. Bouhnik, C Le-Bihan, G. Lailler, Sophie Lauzier, Philippe-Jean Bousquet, M.K. Bendiane, Dupuis, Christine, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] (INC), CHU de Québec–Université Laval, and Université Laval [Québec] (ULaval)

Subjects
Oncology, medicine.medical_specialty, business.industry, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030503 health policy & services, medicine.medical_treatment, Public Health, Environmental and Occupational Health, Endocrine therapy, medicine.disease, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Breast cancer, Internal medicine, medicine, 030212 general & internal medicine, 0305 other medical science, business, Adjuvant
Abstract

Background Adjuvant endocrine therapy (AET) is a daily oral medication prescribed for women with hormone-sensitive breast cancer (BC) to reduce recurrence and mortality risks. However, many women do not take AET daily or do not persist with AET for the recommended duration of at least 5 years. Our aims were to identify: 1) trajectories of AET adherence for the 5 years; 2) factors associated with these trajectories. Methods The French Cancer Cohort includes data on hospitalizations, ambulatory care and drug claims for all cancers diagnosed in France (SNDS database). Women diagnosed with a 1st non-metastatic BC in 2011 who had ≥ 1 AET claim within 12 months of surgery were included. For each woman, we estimated the monthly proportion of days covered (PDC) by an AET for 5 years after the first AET. Monthly PDCs were used to model AET adherence trajectories using group-based trajectory modeling. Statistical criteria were used to assess the suitability of the selected model. The factors associated with the trajectories were identified using multinomial logistic regressions. Results 33,260 women were included. A 6-trajectory model was selected: 1) Stop of AET in the 1st year (6.6%), 2) Adherence for 1 year and stop (5.7%), 3) Adherence for 2.5y and stop (6.3%), 4) High adherence for 4.5y and stop (8.3%), 5) Sub-optimal adherence for 5y (4.3%), 6) Very high adherence for 5y (68.8%). Factors associated with non-adherence trajectories are mainly extreme age (>70y) and switch in AET. Conclusions About 70% of women had an optimal adherence for 5 years. Our results showed that women who changed AET during the treatment course were at higher risk of non-adherence. Among non-adherent women, the switch in AET is frequent and probably often related to the management of side effects. Interventions to detect and manage these side effects may help to support women with AET use. Effective management of these effects during all the 5 years could be needed to maintain adherence. Key messages About 70% of women had an optimal adherence for 5 years. Women who changed AET during the treatment course were at higher risk of non-adherence.

Published
2020
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7. Association of Time From Primary Diagnosis to First Distant Relapse of Metastatic Melanoma With Progression of Disease and Survival

Author

Céleste Lebbé, Anais Vallet, Raphaël Porcher, D. Legoupil, Thierry Lesimple, Bernard Guillot, Philippe Saiag, Jean-Philippe Lacour, Eve Maubec, Caroline Dutriaux, Florence Brunet-Possenti, Marie-Thérèse Leccia, Brigitte Dréno, Julie De Quatrebarbes, Bastien Oriano, Florence Granel-Brocard, Jean-Philippe Arnault, for MelBase, Laurent Mortier, Pierre-Emmanuel Stoebner, Clara Allayous, Stéphane Dalle, Sophie Dalac, François Aubin, Service de Dermatologie [AP-HP Hôpital Saint-Louis], Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre de Diagnostic et de Thérapeutique, Hôpital de l’Hôtel-Dieu [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Hospices Civils de Lyon (HCL), CHU Bordeaux [Bordeaux], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble (INSERM U823), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital du Bocage, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Biomarqueurs et essais cliniques en Cancérologie et Onco-Hématologie (BECCOH), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Saclay, Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] (INC), Service de Dermatologie [Nice], Hôpital Archet 2 [Nice] (CHU), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Centre Hospitalier Annecy-Genevois [Saint-Julien-en-Genevois], AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Département d'oncologie médicale [Rennes], CRLCC Eugène Marquis (CRLCC), Service de dermatologie [CHU d'Amiens-Picardie], CHU Amiens-Picardie, Département de dermatologie, Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Hôpital Saint-Jacques-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Service de Dermatologie et Allergologie [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Institut des Biomolécules Max Mousseron [Pôle Chimie Balard] (IBMM), Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de dermatologie [Avicenne], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Avicenne [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Sorbonne Paris Nord, Centre de Recherche en Cancérologie Nantes-Angers (CRCNA), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-Hôtel-Dieu de Nantes-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hôpital Laennec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Faculté de Médecine d'Angers-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Service de dermatologie [Nantes], Université de Nantes (UN)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Laboratoire Dynamique des Protéines et Modélisation (LDPM), Université des Antilles et de la Guyane (UAG), Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Hôpital Hôtel-Dieu [Paris], Immunologie, dermatologie, oncologie, Oncodermatologie, immunologie et cellules souches cutanées (IDO (U976 / UMR_S 976)), and Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Subjects
Male, Oncology, medicine.medical_specialty, Skin Neoplasms, Time Factors, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Dermatology, Cohort Studies, 030207 dermatology & venereal diseases, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Interquartile range, Internal medicine, medicine, Humans, Prospective Studies, Progression-free survival, Neoplasm Metastasis, Stage (cooking), Prospective cohort study, Melanoma, Aged, Original Investigation, business.industry, Hazard ratio, MESH: Cohort studies, Melanoma/diagnosis, Middle aged, Skin neoplasms/diagnosis, Survival rate, Progression-Free survival, Middle Aged, Prognosis, Chemotherapy regimen, Progression-Free Survival, 3. Good health, Survival Rate, 030220 oncology & carcinogenesis, Localized disease, Cohort, Disease Progression, Female, France, Neoplasm Recurrence, Local, business, [SDV.MHEP.DERM]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Dermatology
Abstract

International audience; The prognosis of advanced melanoma has been greatly improved by new therapeutic agents and clinicians rely on dynamic signals to drive their therapeutic choices. Although the kinetics of metastatic disease seem to be correlated with survival, progression of the localized disease is not predictable.Objective: To assess whether progression of metastatic disease is associated with the time to the first distant recurrence of melanoma.Design, Setting, and Participants: This study was conducted from March 1, 2013, to September 1, 2017, among 638 adults with unresectable stage III or IV melanoma within the French multicentric prospective cohort MelBase. Patients treated with first-line immunotherapies, targeted therapies, or chemotherapy were included. Patients with unknown primary or de novo metastatic melanoma were not included. Data were analyzed from March 1, 2013, to December 1, 2017.Main Outcomes and Measures: The date of primary excision and time to first distant recurrence, progression-free survival, and overall survival were collected. Cox proportional hazards regression models were planned to assess the association between time to first distant recurrence and progression-free survival or overall survival, which was evaluated in terms of hazard ratio (HR). Time to recurrence was analyzed both as a continuous and categorical variable (24 months).Results: A total of 638 patients (272 women and 366 men; median age, 64 years [interquartile range, 52-73 years]) were included in the study. The median time from primary excision to first distant recurrence was 25 months (interquartile range, 12-55 months). There was no evidence of association of the time to recurrence with progression-free survival, both when analyzed as a continuous variable (HR, 0.99; 95% CI, 0.99-1.01) or after categorization (12-24 months: HR, 0.75; 95% CI, 0.56-1.02; >24 months: HR, 0.62; 95% CI; 0.47-1.01). There was no evidence of association of the time to recurrence with overall survival, both when analyzed as a continuous variable (HR, 0.99; 95% CI, 0.98-1.02) or after categorization (12-24 months: HR, 0.76; 95% CI, 0.54-1.07; >24 months: HR, 0.61; 95% CI, 0.54-1.03). Those results remained nonsignificant after stratification by treatment.Conclusions and Relevance: In the MelBase cohort, time to recurrence of metastatic melanoma appears not to be associated with progression-free survival or overall survival.

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2019
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8. [uPA/PAI-1, Oncotype DX™, MammaPrint(®). Prognosis and predictive values for clinical utility in breast cancer management]

Author

Pierre-Jean Lamy, Anne-Gaëlle Le Corroller, Diana Kassab-Chahmi, Laetitia Verdoni, Julia Bonastre, Elisabeth Luporsi, Valérie Mazeau-Woynar, Frédéric Fina, Chafika Mazouni, Patricia de Cremoux, Jérôme Barrière, J. P. Peyrat, Jean-Pierre Bellocq, Pierre-Marie Martin, Gilles Romieu, Jérôme Chetritt, Anne-Sophie Gauchez, Institut de Cancérologie de Lorraine - Alexis Vautrin [Nancy] (UNICANCER/ICL), UNICANCER, Service d'Anatomie Pathologique Générale [CHU Strasbourg], CHU Strasbourg-Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Centre de Lutte contre le Cancer Antoine Lacassagne [Nice] (UNICANCER/CAL), UNICANCER-Université Côte d'Azur (UCA), Institut Gustave Roussy (IGR), Institut d'Histopathologie [Nantes], Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U912 INSERM - Aix Marseille Univ - IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Saint-Louis, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Laboratoire de Transfert d'Oncologie Biologique [Hôpital Nord - APHM], Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital Nord [CHU - APHM], Plateforme de radioactivité [Grenoble], Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Biologie et de Pathologie [CHU Grenoble] (IBP), UNICANCER - Institut régional du Cancer Montpellier Val d'Aurelle (ICM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque, Centre Régional de Lutte contre le Cancer Oscar Lambret [Lille] (UNICANCER/Lille), Université de Lille-UNICANCER, Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] (INC), L'Institut national du cancer a reçu le soutien financier d'Unicancer pour la conduite de ce projet., Université Côte d'Azur (UCA)-UNICANCER, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Hôpital Nord [CHU - APHM]-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Biologie et de Pathologie - IBP [CHU Grenoble]-Centre Hospitalier Universitaire Grenoble Alpes (CHU Grenoble Alpes), Université Lille Nord de France (COMUE)-UNICANCER, and Dupuis, Christine

Subjects
Cancer Research, Predictive value, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Pathology and Forensic Medicine, 03 medical and health sciences, Breast cancer, 0302 clinical medicine, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Medicine, Radiology, Nuclear Medicine and imaging, skin and connective tissue diseases, Cancer du sein, Niveaux de preuve, 030304 developmental biology, Biomarqueurs, 0303 health sciences, business.industry, Valeur pronostique, Hematology, General Medicine, Prognosis, Valeur prédictive, 3. Good health, Levels of evidence, Oncology, Radiology Nuclear Medicine and imaging, 030220 oncology & carcinogenesis, business, Biomarkers
Abstract

CONTEXT AND AIMS:Breast cancer prognosis and predictive biomarkers development would allow sparing some patients from chemotherapy or identifying patients for whom chemotherapy would be indicated. In this context, in 2009, the French National Cancer Institute, a National Health and Science Agency dedicated to cancer, in collaboration with the French society of senology and breast pathology (SFSPM) published a report on the assessment of the prognostic and the predictive clinical validity of tissular biomarkers, uPA/PAI-1, Oncotype DX™ and MammaPrint(®), in breast cancer management. They concluded that only the uPA/PAI-1 prognosis value reached the highest level of evidence (LOE I according to Hayes 1998 classification). In 2012, it was decided to update this report since new data have emerged and because information disparities among clinicians have been identified. This article aims to present the main conclusions together with the levels of evidence associated with those conclusions.METHODS:The updating process was based on literature published since 2009 appraisal and on multidisciplinary and independent experts' opinion. The levels of evidence (LOE) used are those of the classification defined by Simon in 2009 (updated Hayes 1998 classification): LOE IA and LOE IB: high level of evidence; LOE IIB and LOE IIC: intermediate level of evidence; LOE IIIC and LOE IV-VD: low level of evidence.CONCLUSIONS:Among patients without lymph-node involvement, uPA/PAI-1, invasion process biomarkers, reach the highest level of evidence for 10 years recurrence free survival prognosis (LOE IA according to Simon). The predictive value to anthracyclins chemotherapy remains to be confirmed. Oncotype DX™ and MammaPrint(®) prognosis and predictive value do not reach the LOE I level. This updating' process confirms the 2009 levels of evidence for all the three biomarkers prognosis value. Besides, concerning Oncotype DX™ and MammaPrint(®), new data do not allow to conclude neither to their complementary clinical information to other clinicopathological existing biomarkers nor to a favorable cost-efficiency ratio in therapeutic decision making and this because of the methodological weakness and uncertainty that are identified in the selected studies. Practically, beyond the prognosis and predictive biomarkers validity, the clinical utility of a new biomarker for chemotherapy indication depends on its clinical added information with regard to validated biomarkers (HR, HER2 and Ki67) and to clinicopathological parameters. Since they are the sole validated biomarkers of the invasion process, uPA/PAI-1 could complete clinical information of other clinicopathological factors and consequently could confer an added clinical value. However, data concerning the impact of this information on chemotherapy clinical indication are lacking.Copyright © 2014. Published by Elsevier Masson SAS., IntroductionDans le cancer du sein, le développement des marqueurs biologiques pronostiques ou prédictifs a pour objectif de mieux identifier les patientes pour lesquelles un traitement par chimiothérapie pourrait être évité ou a contrario indiqué. Dans ce contexte, en 2009, l’Institut national du cancer (INCa), agence sanitaire et scientifique de l’État chargée de coordonner les actions de lutte contre le cancer, avait publié en partenariat avec la Société française de sénologie et de pathologie mammaire un rapport sur l’état des connaissances relatives aux biomarqueurs uPA/PAI-1, Oncotype DX™ et MammaPrint® dans la prise en charge du cancer du sein. Ce rapport avait montré que seule la valeur pronostique d’uPA/PAI-1 atteignait le plus haut niveau de preuve (LOE I selon la grille de Hayes 1998). En 2012, devant la parution de nouvelles publications et la divergence des messages diffusés sur les signatures moléculaires, il a été décidé d’actualiser le rapport de 2009. Cet article présente les principales conclusions accompagnées de leurs niveaux de preuve.MéthodeLe processus de mise à jour s’est appuyé sur l’analyse des données publiées depuis la recherche bibliographique de 2009, complétée par l’avis d’un groupe de travail multidisciplinaire indépendant. Les niveaux de preuve employés sont ceux de la classification définie par Simon en 2009 (grille de Hayes 1998 après mise à jour) : LOE IA et LOE IB : niveau de preuve élevé ; LOE IIB and LOE IIC : niveau de preuve intermédiaire ; LOE IIIC and LOE IV-VD : niveau de preuve faible.ConclusionsChez les patientes sans envahissement ganglionnaire (pN0), uPA/PAI-1, marqueurs d’invasion, ont un niveau de preuve élevé (LOE IA selon Simon) pour la valeur pronostique de la survie sans récidive à 10 ans. Il reste à confirmer leur valeur prédictive de réponse aux anthracyclines. Pour Oncotype DX™ et MammaPrint®, les valeurs pronostique et prédictive n’ont pas atteint à ce jour le niveau de preuve LOE I. Ce travail confirme les niveaux de preuve précédemment établis dans le rapport de 2009. Par ailleurs, les données ne permettent pas de conclure à une valeur ajoutée de Oncotype DX™ et MammaPrint® par rapport aux outils existants. Les données médico-économiques ne permettent pas de statuer sur le rapport coût/efficacité des stratégies utilisant ces tests dans la décision thérapeutique compte tenu d’un niveau de qualité insuffisant pour la plupart des études et d’une forte incertitude mise en évidence par les quelques études bien menées. En pratique, au-delà des niveaux de preuve attribuables à la valeur pronostique et prédictive d’un biomarqueur, l’utilité clinique d’un nouveau marqueur dans l’aide à la prescription d’une chimiothérapie repose sur sa valeur ajoutée par rapport aux marqueurs validés (RH, HER2 et les marqueurs de prolifération comme Ki67) et aux critères anatomo-cliniques. Puisqu’ils sont les seuls marqueurs validés à témoigner du processus d’invasion, uPA/PAI-1 peuvent apporter une information complémentaire et donc avoir une valeur ajoutée par rapport aux marqueurs existants. Les données de la littérature manquent pour apprécier le poids de cette valeur ajoutée dans la décision de prescrire ou non une chimiothérapie.

Published
2015
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9. Cancer care and public health policy evaluations in France: Usefulness of the national cancer cohort

Author

Marc-Karim Bendiane, Philippe-Jean Bousquet, D. Lefeuvre, Elsa Bouée-Benhamiche, Jérôme Viguier, Mathieu Rocchi, Philippe Tuppin, Christine Le Bihan-Benjamin, Dupuis, Christine, Division de la santé publique et des soins de santé [Boulogne Billancourt, France] (INC), Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] (INC), Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Département des études sur les pathologies et les patients [Paris] (CNAM), Caisse Nationale de l'Assurance Maladie [Paris] (CNAM), and The study and the Cancer cohort are selffunded by the French national cancer institute.

Subjects
Male, Economics, Epidemiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Cancer Treatment, lcsh:Medicine, Social Sciences, Geographical locations, Cohort Studies, 0302 clinical medicine, Neoplasms, Health care, Outpatients, Medicine and Health Sciences, 030212 general & internal medicine, Registries, lcsh:Science, Aged, 80 and over, education.field_of_study, Multidisciplinary, Health Policy, Middle Aged, 3. Good health, Europe, [SDV] Life Sciences [q-bio], Oncology, 030220 oncology & carcinogenesis, Cohort, Female, France, Cohort study, Research Article, Adult, Clinical Oncology, medicine.medical_specialty, Adolescent, Patients, Population, Radiation Therapy, 03 medical and health sciences, Young Adult, Health Economics, Ambulatory care, Diagnostic Medicine, medicine, Cancer Detection and Diagnosis, Humans, European Union, education, Health policy, Aged, business.industry, Public health, lcsh:R, Cancer, medicine.disease, Health Care, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Family medicine, lcsh:Q, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Patient Care, People and places, Clinical Medicine, business, Health Insurance
Abstract

International audience; BACKGROUND:In the context of the national Cancer Plans of France that have changed the healthcare landscape, it has become necessary to better document and assess the related actions, and to promote research and understanding. The national cancer cohort, an exhaustive population-based cohort, was set up on the basis of the National Health Data System (SNDS) by the French National Cancer Institute.OBJECTIVES:The aim is to describe the French national cancer cohort.METHODS:All people living in France (67 million population) with universal insurance coverage and diagnosed, treated or followed up for a cancer, such as survivors, are included and will be followed up for 25 years. It contains all healthcare consumptions and reimbursements (i.e. hospitalization, outpatient care, medication…) since 2010. Every year, around 650 000 new cases are included.RESULTS:From 2010 to 2015, 6.2 million subjects have been included. Most subjects were entered in 2010, in 2015 it concerned 0.6 million. In 2015, the median age was 65 [54-76]; 51% were women. The primary cancer organ could be attributed with certitude to 87% of the people. The most frequent locations were skin (16%), breast (15%), prostate (12%), colon-rectum (11%) and lung (9%). In 2015, 40% of included subjects underwent surgery for cancer, 16% chemotherapy at hospital and 11% at least one session of radiotherapy.CONCLUSION:Based on SNDS, the cancer cohort has been designed to study cancer care use in the short-, medium- and long-term, and evaluate healthcare and public health policies.

Published
2018
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10. Von Hippel–Lindau: How a rare disease illuminates cancer biology

Author

Sophie Couvé, Betty Gardie, Stéphane Richard, Sophie Gad, Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] (INC), Laboratoire de Génétique Oncologique [Villejuif], École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche en Cancérologie Nantes-Angers (CRCNA), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-Hôtel-Dieu de Nantes-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hôpital Laennec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Faculté de Médecine d'Angers-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), and Bernardo, Elizabeth

Subjects
Cancer Research, Pathology, medicine.medical_specialty, von Hippel-Lindau Disease, endocrine system diseases, Angiogenesis, medicine.medical_treatment, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Neuroendocrine tumors, Biology, urologic and male genital diseases, Targeted therapy, 03 medical and health sciences, Rare Diseases, Targeted therapies, 0302 clinical medicine, Germline mutation, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Renal cell carcinoma, Neoplasms, medicine, Animals, Humans, HIF, neoplasms, Genetic Association Studies, Germ-Line Mutation, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Cilium, medicine.disease, Penetrance, female genital diseases and pregnancy complications, 3. Good health, Disease Models, Animal, Von Hippel–Lindau, Von Hippel-Lindau Tumor Suppressor Protein, 030220 oncology & carcinogenesis, Rare disease
Abstract

International audience; Von Hippel–Lindau (VHL) disease is a rare autosomal dominant syndrome (1/36,000 live births) with highly penetrance that predispose to the development of a panel of highly vascularized tumors (model of tumoral angiogenesis). Main manifestations include central nervous system (CNS) and retinal haeman-gioblastomas, endolymphatic sac tumors, clear-cell renal cell carcinomas (RCC), phaeochromocytomas and pancreatic neuroendocrine tumors. RCC has become the first potential cause of mortality and VHL disease is the main cause of inherited RCC. The disease is caused by germline mutations in the VHL tumor-suppressor gene that plays a major role in regulation of the oxygen-sensing pathway by targeting the hypoxia-inducible factor HIF for degradation in proteasome. VHL has also major HIF-independent functions , specially in regulation of primary cilium, extracellular matrix and apoptosis. Somatic inactivation of the VHL gene is the main molecular event in most sporadic RCC and the treatment of advanced RCC has been revolutionized by targeted therapy with drugs that block angiogenesis. These drugs are now in first line in metastatic sporadic RCC and have shown promising results for RCC, pancreatic neuroendocrine tumors and malignant pheochromocytomas in VHL patients.

Published
2013
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11. Revisiting Li-Fraumeni Syndrome From TP53 Mutation Carriers

Author

Valérie Bonadona, Laurence Brugières, Jean-Michel Flaman, Catherine Bonaïti-Pellié, Thierry Frebourg, Stéphanie Baert-Desurmont, Olivier Caron, Camille Charbonnier, Mariette Renaux-Petel, Muriel Belotti, Dominique Stoppa-Lyonnet, Brigitte Bressac-de Paillerets, Gaëlle Bougeard, Pierre Fermey, Julie Tinat, Patrick R. Benusiglio, Marion Gauthier-Villars, Emilie Consolino, Génétique du cancer et des maladies neuropsychiatriques (GMFC), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Génomique et Médecine Personnalisée du Cancer et des Maladies Neuropsychiatriques (GPMCND), Service de génétique, Institut Curie Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL), Département de cancérologie de l'enfant et de l'adolescent [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR), Onco-génétique, Département de médecine oncologique [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut Gustave Roussy (IGR), Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] (INC), Hématopoïèse normale et pathologique, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Biostatistiques santé, Département biostatistiques et modélisation pour la santé et l'environnement [LBBE], Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Epidémiologie des cancers, and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Subjects
Oncology, Adult, Male, Cancer Research, Pathology, medicine.medical_specialty, Adolescent, Genotype, medicine.disease_cause, Li-Fraumeni Syndrome, Breast cancer, Germline mutation, Internal medicine, medicine, Missense mutation, Humans, Genetic Testing, Age of Onset, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Germ-Line Mutation, Mutation, business.industry, Sequence Analysis, DNA, medicine.disease, 3. Good health, Phenotype, [SDV.GEN.GH]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, Li–Fraumeni syndrome, Choroid plexus, Female, France, Age of onset, Tumor Suppressor Protein p53, business
Abstract

Purpose The aim of the study was to update the description of Li-Fraumeni syndrome (LFS), a remarkable cancer predisposition characterized by extensive clinical heterogeneity. Patients and Methods From 1,730 French patients suggestive of LFS, we identified 415 mutation carriers in 214 families harboring 133 distinct TP53 alterations and updated their clinical presentation. Results The 322 affected carriers developed 552 tumors, and 43% had developed multiple malignancies. The mean age of first tumor onset was 24.9 years, 41% having developed a tumor by age 18. In childhood, the LFS tumor spectrum was characterized by osteosarcomas, adrenocortical carcinomas (ACC), CNS tumors, and soft tissue sarcomas (STS) observed in 30%, 27%, 26%, and 23% of the patients, respectively. In adults, the tumor distribution was characterized by the predominance of breast carcinomas observed in 79% of the females, and STS observed in 27% of the patients. The TP53 mutation detection rate in children presenting with ACC or choroid plexus carcinomas, and in females with breast cancer before age 31 years, without additional features indicative of LFS, was 45%, 42% and 6%, respectively. The mean age of tumor onset was statistically different (P < .05) between carriers harboring dominant-negative missense mutations (21.3 years) and those with all types of loss of function mutations (28.5 years) or genomic rearrangements (35.8 years). Affected children, except those with ACC, harbored mostly dominant-negative missense mutations. Conclusion The clinical gradient of the germline TP53 mutations, which should be validated by other studies, suggests that it might be appropriate to stratify the clinical management of LFS according to the class of the mutation.

Published
2015
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12. p.Ala541Thr variant of MEN1 gene: A non deleterious polymorphism or a pathogenic mutation?

Author

Marine Guillaud-Bataille, Marie-Françoise Odou, Martine Cordier-Bussat, Catherine Cardot-Bauters, Philippe Ruszniewski, Valérie Hervieu, C.X. Zhang, Marie-Odile Joly, Sophie Giraud, Rosa Vargas-Poussou, Cécile Nozières, Alexandre Buffet, Alain Calender, Delphine Vezzosi, Pierre Goudet, Anne-Paule Gimenez-Roqueplo, Sophie Christin-Maitre, Stephanie Dupasquier, Lionel Groussin, Françoise Borson-Chazot, Arnaud Murat, Groupe français des tumeurs endocrines, Paris-Centre de Recherche Cardiovasculaire (PARCC - UMR-S U970), Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de génétique [CHU HEGP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Paris-Centre de Recherche Cardiovasculaire (PARCC (UMR_S 970/ U970)), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Service de Biologie Hormonale, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Tumeurs endocrines digestives : mécanismes de la tumorigenèse et de la progression tumorale, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Department of Gastroenterology, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Beaujon [AP-HP], CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Physiopathologie des maladies génétiques d'expression pédiatrique, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Groupement Hospitalier Lyon-Est (GHE), Hospices Civils de Lyon (HCL), Hôpital Cochin [AP-HP], Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), [Institut Cochin] Département Endocrinologie, métabolisme, diabète (EMD) (EMD), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Institut Cochin (UMR_S567 / UMR 8104), Service d’endocrinologie, diabétologie et maladies métaboliques [CHRU LIlle], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Laboratoire Central d'Anatomie et de Cytologie Pathologiques [Hôpital Edouard Herriot - HCL], Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Université de Lyon, Unité Mixte de Génétique Constitutionnelle des Cancers Fréquents, Centre Léon Bérard [Lyon]-Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre de biologie pathologie [Lille], Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] (INC), Angiogenesis Imaging UMR970, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Chirurgie Digestive, Cancérologique, Générale, Endocrinienne et Urgences (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre d'Investigation Clinique 1432 (Dijon) - Epidemiologie Clinique/Essais Cliniques (CIC-EC), Université de Bourgogne (UB)-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de médecine nucléaire, Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Fédération d'endocrinologie, Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Stress Oxydant et Pathologies Métaboliques (SOPAM), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Fédération d'endocrinologie-Groupement hospitalier Lyon-Est, and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Subjects
Male, endocrine system diseases, Endocrinology, Diabetes and Metabolism, [SDV]Life Sciences [q-bio], polymorphisme, Mice, 0302 clinical medicine, Endocrinology, Polymorphism (computer science), Missense mutation, Multiple endocrine neoplasia, Mice, Knockout, 0303 health sciences, education.field_of_study, Hyperparathyroidism, General Medicine, Middle Aged, Penetrance, 3. Good health, Phenotype, Female, Leydig Cell Tumor, Adenoma, Adult, Heterozygote, congenital, hereditary, and neonatal diseases and abnormalities, endocrine system, medicine.medical_specialty, Population, 030209 endocrinology & metabolism, Biology, Transfection, Leydig cell tumour, 03 medical and health sciences, Cell Line, Tumor, Proto-Oncogene Proteins, Internal medicine, medicine, Multiple Endocrine Neoplasia Type 1, Animals, Humans, Pituitary Neoplasms, MEN1, penetrance, Polymorphism, education, 030304 developmental biology, Polymorphism, Genetic, néoplasie endocrinienne multiple de type 1, Wild type, medicine.disease, predisposition, Mutation, Cancer research
Abstract

International audience; ContextMultiple Endocrine Neoplasia Type 1 (MEN1) is an autosomal dominant inherited syndrome, related to mutations in the MEN1 gene. Controversial data suggest that the nonsynonymous p.Ala541Thr variant, usually considered as a non-pathogenic polymorphism, may be associated with an increased risk of MEN1-related lesions in carriers.ObjectiveThe aim of this study was to evaluate the pathogenic influence of the p.Ala541Thr variant on clinical and functional outcomes.Patients and methodsWe analysed a series of 55 index patients carrying the p.Ala541Thr variant. Their clinical profile was compared to that of 117 MEN1 patients. The biological impact of the p.Ala541Thr variant on cell growth was additionally investigated on menin-deficient Leydig cell tumour (LCT)10 cells generated from Men1+/Men1− heterozygous knock-out mice, and compared with wild type (WT).ResultsThe mean age at first appearance of endocrine lesions was similar in both p.Ala541Thr carriers and MEN1 patients, but no p.Ala541Thr patient had more than one cardinal MEN1 lesion at initial diagnosis. A second MEN1 lesion was diagnosed in 13% of MEN1 patients and in 7% of p.Ala541Thr carriers in the year following preliminary diagnosis. Functional studies on LCT10 cells showed that overexpression of the p.Ala541Thr variant did not inhibit cell growth, which is in direct contrast to results obtained from investigation of WT menin protein.ConclusionTaken together, these data raise the question of a potential pathogenicity of the p.Ala541Thr missense variant of menin that commonly occurs within the general population. Additional studies are required to investigate whether it may be involved in a low-penetrance MEN1 phenotype.; ContexteLa néoplasie endocrinienne multiple de type 1, NEM1, est une affection à transmission autosomique dominante qui associe chez un même patient ou ses apparentés des tumeurs des parathyroïdes, du pancréas endocrine et de l’hypophyse. Des données controversées suggèrent que le variant Ala541Thre pourrait avoir un rôle pathogénique, et pourrait être associé à un risque accru de développer des lésions de MEN1.ObjectifsLe but de cette étude était d’évaluer les atteintes cliniques et fonctionnelles du variant p.Ala541Thr.Patients et méthodesNous avons analysé une série de 55patients porteurs du variant p.Ala541Thr. Leur présentation clinique a été comparée à celle de 117patients MEN1. L’effet biologique de ce variant sur la croissance cellulaire a été également étudié dans un modèle cellulaire issus de tumeurs de cellules de Leydig déficientes en MEN1 (LCT10).RésultatsL’âge moyen à la première lésion est similaire dans les 2groupes p.Ala541Thr et MEN1, mais aucun des patients p.Ala541Thr n’avait plus d’une lésion au diagnostic. Une deuxième lésion a été diagnostiquée chez 13% des MEN1et 7% des p.Ala541Thr l’année qui a suivi le diagnostic initial. Les études fonctionnelles montrent que la réexpression du variant p.Ala541Thr ne permet pas d’inhiber la croissance cellulaire, contrairement à ce qui a été observé avec la protéine sauvage.ConclusionsCe travail vient perturber le concept de polymorphisme et de leur potentielle non-pathogénicité. Des études complémentaires sont cependant nécessaires afin de déterminer si ce variant peut-être impliqué dans la survenue d’un phénotype MEN1de faible pénétrance.

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2014
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13. Measuring the contribution of tumor biobanks to research in oncology: Surrogate indicators and bibliographic output

Author

Anne Cambon-Thomsen, Véronique Hofman, Marius Ilie, Christian Chabannon, Paul Hofman, Bruno Clément, Barbara Parodi, Laurence Mabile, Georges Dagher, Dominique Figarella-Branger, Elodie Long, Robert Hewitt, Pascal Boucher, Kevin Washetine, Hospital-Integrated Tumor Biobank [Hôpital Pasteur, Sophia Antipolis], Pasteur Hospital, Laboratoire de Pathologie Clinique et Expérimentale. Hôpital Pasteur [Nice], Hôpital Pasteur [Nice] (CHU), Centre de Ressources Biologiques en Oncologie, Biobank [Paoli-Calmettes Institute, Marseille], Centre de Recherches en Oncologie biologique et Oncopharmacologie (CRO2), Aix Marseille Université (AMU)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de pathologie [AP-HM Hôpital La Timone], Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Foie, métabolismes et cancer, Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Epidémiologie et analyses en santé publique : risques, maladies chroniques et handicaps (LEASP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] (INC), European, Middle Eastern and African Society, Biopreservation and Biobanking, IRCCS Azienda Ospedaliera Universitaria Integrata San Martino (IRCCS AOU San Martino), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Aix Marseille Université (AMU), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Infrastructure Nationale des Biobanques, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), and Mabile, Laurence

Subjects
Quality Control, Resource (biology), [SDV]Life Sciences [q-bio], Medicine (miscellaneous), [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Tissue Banks, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Translational Research, Biomedical, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Humans, Medicine, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, business.industry, Cell Biology, General Medicine, Biobank, Data science, Hospitals, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], 030220 oncology & carcinogenesis, Journal Impact Factor, business, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract

International audience; The number of biobanks, in particular hospital-integrated tumor biobanks (HITB), is increasing all around the world. This is the consequence of an increase in the need for human biological resources for scientific projects and more specifically, for translational and clinical research. The robustness and reproducibility of the results obtained depend greatly on the quality of the biospecimens and the associated clinical data. They also depend on the number of patients studied and on the expertise of the biobank that supplied the biospecimens. The quality of a research biobank is undoubtedly reflected in the number and overall quality of the research projects conducted with biospecimens provided by the biobank. Since the quality of a research project can be measured from the impact factor of resulting publications, this also provides some indication of the quality of a research biobank. It is necessary for the biobank community to define "surrogate" quality indicators, and to establish systems of evaluation in relation to current and future resource requirements. These indicators will help in the realistic assessment of biobanks by institutions and funding bodies, and they will help biobanks demonstrate their value, raise their quality standards, and compete for funding. Given that biobanks are expensive structures to maintain, funding issues are particularly important, especially in the current economic climate. Use of performance indicators may also contribute to the development of a biobank impact factor or "bioresource research impact factor" (BRIF). Here we review four major categories of indicators that appear to be useful for the evaluation of a(m) HITB (quality, activity, scientific productivity, and "visibility"). In addition, we propose a scoring system to measure the chosen indicators.

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2013
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14. Imaging work-up for screening of paraganglioma and pheochromocytoma in SDHx mutation carriers: a multicenter prospective study from the PGL.EVA Investigators

Author

Mirko Peitzsch, Pierre-François Plouin, Philippe Halimi, Anne-Paule Gimenez-Roqueplo, Patricia Niccoli, Anne Hernigou, Claire Houzard, Laurence Amar, Françoise Borson-Chazot, Brigitte Delemer, Florence Tenenbaum, Gilles Chatellier, Aurore Caumont-Prim, Isabelle Coupier, Séverine Peyrard, Chantal Hignette, Rossella Libé, Frédéric Chabolle, Sophie Leboulleux, Vincent Rohmer, Catherine Cardot-Bauters, Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] (INC), Angiogenesis Imaging UMR970, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Unité d ’ Épidémiologie et de Recherche Clinique, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital George Pompidou, Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Hospices Civils de Lyon (HCL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Service de radiologie cardio-vasculaire [CHU HEGP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Biochimie Endocrinienne et Métabolique [Marseille] (U38 Inserm - CHU Timone), Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Gustave Roussy (IGR), Médecine nucléaire, Département d'imagerie médicale [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut Gustave Roussy (IGR), Service d'hypertension artérielle et médecine vasculaire, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Centre de médecine nucléaire, Fédération d'endocrinologie-Groupement hospitalier Lyon-Est, Service d’endocrinologie, diabétologie et maladies métaboliques [CHRU LIlle], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Service d'Endocrinologie - Diabète - Nutrition [Reims], Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Hôpital Robert Debré-Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Service d'ORL et de Chirurgie cervico-faciale - Hôpital Foch, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service d'hypertension artérielle, Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Service de pathologie [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre d'Investigation Clinique - Epidemiologie Clinique/essais Cliniques [CHU HEGP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Stress Oxydant et Pathologies Métaboliques (SOPAM), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Groupement Hospitalier Lyon-Est (GHE), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Fédération d'endocrinologie, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)

Subjects
Male, SDHB, Endocrinology, Diabetes and Metabolism, [SDV]Life Sciences [q-bio], Clinical Biochemistry, Adrenal Gland Neoplasms, Biochemistry, Magnetic resonance angiography, 0302 clinical medicine, Endocrinology, Paraganglioma, Protein Isoforms, Prospective Studies, Prospective cohort study, Early Detection of Cancer, medicine.diagnostic_test, Middle Aged, Research Personnel, 3. Good health, Succinate Dehydrogenase, Head and Neck Neoplasms, 030220 oncology & carcinogenesis, Female, Radiology, Algorithms, Adult, Diagnostic Imaging, medicine.medical_specialty, Heterozygote, 030209 endocrinology & metabolism, Context (language use), Pheochromocytoma, 03 medical and health sciences, Young Adult, Internal medicine, medicine, Humans, Genetic Testing, Radionuclide Imaging, business.industry, Biochemistry (medical), Gold standard (test), medicine.disease, Radiography, Mutation, SDHD, business
Abstract

International audience; CONTEXT: Recommendations have not been established concerning imaging to screen SDHx mutation carriers for paraganglioma and pheochromocytoma.OBJECTIVE: Our objective was to compare the performance of gadolinium-enhanced magnetic resonance angiography, contrast-enhanced computed tomography, and [(123)I]metaiodo-benzylguanidine and somatostatin receptor scintigraphies for detecting head and neck and thoracic-abdominal-pelvic paragangliomas in SDHx mutation carriers.DESIGN AND SETTING: We conducted a prospective, multicenter study from June 2005 to December 2009 at 23 French medical centers.PATIENTS: A total of 238 index cases or relatives carrying mutations in SDHD, SDHB, or SDHC genes were included.INTERVENTION: Images obtained by each technique were analyzed blind, without knowledge of results from other tests, first in each local center and then centrally.MAIN OUTCOME MEASURES: We evaluated sensitivity, specificity, and likelihood ratios for individual and combinations of tests, the gold standard being the consensus of an expert committee.RESULTS: Two hundred two tumors were diagnosed in 96 subjects. At local assessment, the sensitivity of anatomical imaging for detecting all tumors was higher (85.7%) than that of both scintigraphic techniques (42.7% for [(123)I]metaiodo-benzylguanidine and 69.5% for somatostatin receptor scintigraphy), except for thoracic localizations where somatostatin receptor scintigraphy was more sensitive (61.5 vs. 46.2% for anatomical imaging and 30.8% for [(123)I]metaiodo-benzylguanidine scintigraphy). The best diagnostic performance during local assessment was obtained by combining anatomical imaging tests and somatostatin receptor scintigraphy (sensitivity 91.7%). Central assessment significantly increased the sensitivity (98.6%) of tests in combination.CONCLUSIONS: In routine practice, the imaging work-up for screening SDHx mutation carriers should include thoraco-abdomino-pelvic computed tomography, head and neck magnetic angiography, and somatostatin receptor scintigraphy. Expert centralized image assessment is recommended.

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2013
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15. Germline CDKN2A /P16INK4A mutations contribute to genetic determinism of sarcoma

Author

Gaëlle Pierron, Gaëlle Bougeard, Jean-Baptiste Demoulin, Axel Lecesne, Daniel Pissaloux, Emeline Bollaert, Thierry Frebourg, Brigitte Bressac-de Paillerets, Serge Koscielny, Capucine Delnatte, Jean-Yves Scoazec, Isaure Chauvot de Beauchêne, Jennifer H. Barrett, Philippe Terrier, Arnaud de la Fouchardière, Graham J. Mann, Isabelle Coupier, Nelleke A. Gruis, Jean Feunteun, Birama N’Diaye, Alexander M.M. Eggermont, Dominique Stoppa-Lyonnet, Olivier Ingster, Luba Tchertanov, Rosine Guimbaud, Patrick R. Benusiglio, Olivier Caron, Fanélie Jouenne, Marie-Françoise Avril, Marion Gauthier-Villars, Remco van Doorn, Julia Newton-Bishop, Vincent Caumette, Mark Harland, Amélie Velghe, Odile Cabaret, Immunologie intégrative des tumeurs (UMR 1186), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Technische Universität München [München] (TUM), De Duve Institute, Université Catholique de Louvain, Service de dermatologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Cochin [AP-HP]-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Onco-génétique, Département de médecine oncologique [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut Gustave Roussy (IGR), Service de génétique [Angers], Université d'Angers (UA)-Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Hematopoïèse et Cellules Souches (U362), Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] (INC), Département de biologie et pathologie médicales [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR), Service de Pathologie [Centre Leon Berard], Centre Léon Bérard [Lyon], Service de génétique moléculaire, pharmacogénétique et hormonologie, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Bicêtre, Inserm UMR837 Team 5, Centre de recherche Jean-Pierre Aubert-Neurosciences et Cancer, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille, Droit et Santé-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille, Droit et Santé, Génomique et Médecine Personnalisée du Cancer et des Maladies Neuropsychiatriques (GPMCND), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), National Centre for Atmospheric Science [Leeds] (NCAS), Natural Environment Research Council (NERC), Service de biostatistique et d'épidémiologie (SBE), Direction de la recherche clinique [Gustave Roussy], Leeds Institute of Cancer and Pathology [U.K.], Leiden University Medical Center (LUMC), Service de génétique, Institut Curie Paris, Unit of Somatic Genomics, Department of Genetics, Institut Curie, Paris Sciences et Lettres (PSL), Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM - U1194 Inserm - UM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Gastro - Entérologie et Nutrition, CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital de Rangueil, CHU Toulouse [Toulouse], CRLCC René Gauducheau, Tumeurs endocrines digestives : mécanismes de la tumorigenèse et de la progression tumorale, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hématopoïèse normale et pathologique, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Centre de Mathématiques et de Leurs Applications (CMLA), École normale supérieure - Cachan (ENS Cachan)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Technische Universität Munchen - Université Technique de Munich [Munich, Allemagne] (TUM), Computational Algorithms for Protein Structures and Interactions (CAPSID), Inria Nancy - Grand Est, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Department of Complex Systems, Artificial Intelligence & Robotics (LORIA - AIS), Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications (LORIA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications (LORIA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lorraine (UL), Service de Dermatologie [CHU Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Weastmead Institute for Medical Research and Melanoma Institute, Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Service de Génétique Oncologique, Institut Curie [Paris], Unité d'Oncogénétique, CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque, Service de génétique médicale [Montpellier], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Hôpital Arnaud de Villeneuve, Centre René Gauducheau, Stabilité Génétique et Oncogenèse (UMR 8200), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique médicale et fonctionnelle du cancer et des maladies neuropsychiatriques, Service de génétique [Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Institut Gustave Roussy ( IGR ), Immunologie intégrative des tumeurs ( UMR 1186 ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Technical University of Munich ( TUM ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Cochin [AP-HP], Université d'Angers ( UA ) -CHU Angers, Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon ( CRCL ), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), CHU Rouen-Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations ( CESP ), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines ( UVSQ ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Service de biostatistique et d'épidémiologie ( SBE ), Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ), INSTITUT CURIE, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] ( CHRU Montpellier ) -Hôpital Arnaud de Villeneuve, Stabilité Génétique et Oncogenèse ( UMR 8200 ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Mathématiques et de Leurs Applications ( CMLA ), École normale supérieure - Cachan ( ENS Cachan ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications (LORIA), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain (UCL), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service Endocrinologie, maladies métaboliques et nutrition [CHU Toulouse], Pôle Cardiovasculaire et Métabolique [CHU Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), CHAUVOT DE BEAUCHENE, Isaure, Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Universiteit Leiden

Subjects
0301 basic medicine, medicine.medical_specialty, [SDV.BBM.BS] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, [ SDV.BBM.BM ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, PDGFRA, [SDV.GEN.GH] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, Biology, [SDV.BBM.BM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, Germline, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Loss of heterozygosity, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Germline mutation, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, CDKN2A, Molecular genetics, Genetics, medicine, Genetic epidemiology, Hereditary Melanoma, neoplasms, Connective tissue disease, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Genetics (clinical), [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, medicine.disease, Cancer: dermatological, digestive system diseases, 3. Good health, 030104 developmental biology, [SDV.GEN.GH]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, 030220 oncology & carcinogenesis, Cancer research, Sarcoma, [ SDV.BBM.BS ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM]
Abstract

International audience; BACKGROUND: Sarcomas are rare mesenchymal malignancies whose pathogenesis is poorly understood; both environmental and genetic risk factors could contribute to their aetiology.METHODS AND RESULTS: We performed whole-exome sequencing (WES) in a familial aggregation of three individuals affected with soft-tissue sarcoma (STS) without TP53 mutation (Li-Fraumeni-like, LFL) and found a shared pathogenic mutation in CDKN2A tumour suppressor gene. We searched for individuals with sarcoma among 474 melanoma-prone families with a CDKN2A-/+ genotype and for CDKN2A mutations in 190 TP53-negative LFL families where the index case was a sarcoma. Including the initial family, eight independent sarcoma cases carried a germline mutation in the CDKN2A/p16INK4A gene. In five out of seven formalin-fixed paraffin-embedded sarcomas, heterozygosity was lost at germline CDKN2A mutations sites demonstrating complete loss of function. As sarcomas are rare in CDKN2A/p16INK4A carriers, we searched in constitutional WES of nine carriers for potential modifying rare variants and identified three in platelet-derived growth factor receptor (PDGFRA) gene. Molecular modelling showed that two never-described variants could impact the PDGFRA extracellular domain structure.CONCLUSION: Germline mutations in CDKN2A/P16INK4A, a gene known to predispose to hereditary melanoma, pancreatic cancer and tobacco-related cancers, account also for a subset of hereditary sarcoma. In addition, we identified PDGFRA as a candidate modifier gene

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16. Women’s participation in breast cancer screening in France – an ethical approach

Author

Nathalie Duchange, Frédérique Papin-Lefebvre, Jérôme Viguier, S. Darquy, Sandrine de Montgolfier, Grégoire Moutel, Hélène Sancho-Garnier, Odile Jullian, Unité de Médecine Sociale, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpital Corentin Celton [Issy-les-Moulineaux], EA Management des Organisations de Santé ( EA MOS ), École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] ( EHESP ) -PRES Sorbonne Paris Cité, Laboratoire Ethique Politique et Santé ( EA 4569 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Institut de Recherche Interdisciplinaire sur les enjeux Sociaux - sciences sociales, politique, santé ( IRIS ), Université Paris 13 ( UP13 ) -École des hautes études en sciences sociales ( EHESS ) -Université Sorbonne Paris Cité ( USPC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -PSL Research University ( PSL ), Cancers et préventions, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ), Institut médico-légal [Caen] ( IML ), CHU Caen-Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Institut National du Cancer, INCA, Dynamique des capacités humaines et des conduites de santé ( EPSYLON ), Université Montpellier 1 ( UM1 ) -Université Paul-Valéry - Montpellier 3 ( UM3 ) -Université de Montpellier ( UM ), GRED French National Cancer Institute, EA Management des Organisations de Santé (EA MOS), École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-PRES Sorbonne Paris Cité, Hôpital Corentin Celton [Issy-les-Moulineaux], Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP), Laboratoire Ethique Politique et Santé (EA 4569), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Institut de Recherche Interdisciplinaire sur les enjeux Sociaux - sciences sociales, politique, santé (IRIS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Université Paris 13 (UP13), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut médico-légal [CHU Caen] (IML), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] (INC), Dynamique des capacités humaines et des conduites de santé (EPSYLON), Université Montpellier 1 (UM1)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Université de Montpellier (UM), Duchange, Nathalie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), and Université Paris 13 (UP13)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris sciences et lettres (PSL)

Subjects
Organized programme, Health (social science), Debate, Choice Behavior, Information Background, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Breast cancer screening, 0302 clinical medicine, Informed consent, Information, Mass Screening, 030212 general & internal medicine, Early Detection of Cancer, media_common, Informed Consent, medicine.diagnostic_test, Health Policy, [ SDV.SPEE ] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Middle Aged, 3. Good health, 030220 oncology & carcinogenesis, [ SDV.ETH ] Life Sciences [q-bio]/Ethics, Female, France, Public Health, Autonomy, Mammography, medicine.medical_specialty, media_common.quotation_subject, Breast Neoplasms, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Morals, Health(social science), Access to Information, 03 medical and health sciences, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Nursing, medicine, Humans, Patient participation, Aged, Ethics, Physician-Patient Relations, business.industry, Public health, Beneficence, Patient Acceptance of Health Care, [SDV.ETH] Life Sciences [q-bio]/Ethics, [SDV.ETH]Life Sciences [q-bio]/Ethics, Issues, ethics and legal aspects, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Philosophy of medicine, Personal Autonomy, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Patient Participation, business
Abstract

International audience; Background: Breast cancer is a major public health challenge. Organized mammography screening (OS) is considered one way to reduce breast cancer mortality. EU recommendations prone mass deployment of OS, and back in 2004, France introduced a national OS programme for women aged 50–74 years. However, in 2012, participation rate was still just 52.7%, well short of the targeted 70% objective. In an effort to re-address the (in) efficiency of the programme, the French National Cancer Institute has drafted an expert-group review of the ethical issues surrounding breast cancer mammography screening. Discussion: Prompted by emerging debate over the efficiency of the screening scheme and its allied public information provision, we keynote the experts' report based on analysis of epidemiological data and participation rate from the public health authorities. The low coverage of the OS scheme may be partly explained by the fact that a significant number of women undergo mammography outside OS and thus outside OS criteria. These findings call for further thinking on (i) the ethical principles of beneficence and non-malfeasance underpinning this public health initiative, (ii) the reasons behind women's and professionals' behavior, and (iii) the need to analyze how information provision to women and the doctor-patient relationship need to evolve in response to scientific controversy over the risks and benefits of conducting mammographic screening. Summary: This work calls for a reappraisal of the provision of screening programme information. We advocate a move to integrate the points sparking debate over the efficiency of the screening scheme to guarantee full transparency. The perspective is to strengthen the respect for autonomy allowing women to make an informed choice in their decision on whether or not to participate.

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