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Submitted by Marcos Vinicius Dantas de Queiroz (dantas.queiroz@unesp.br) on 2021-01-08T21:25:32Z No. of bitstreams: 1 tese_final_MVDQ_merged.pdf: 11628034 bytes, checksum: c96b957a612e0f2929e068450cf4d1b6 (MD5) Rejected by Ana Paula Santulo Custódio de Medeiros null (asantulo@rc.unesp.br), reason: Prezado Marcos O documento enviado para a coleção Campus Unesp Rio Claro foi recusado pelos seguintes motivos: - Página de rosto: ao final da página falta constar a cidade de defesa. O correto é: Rio Claro - SP e na linha debaixo apenas o ano – 2020. - Ata de defesa: excluir do trabalho e adicionar a Folha de Aprovação, que deve ser solicitada à Seção de Pós-Graduação. - CAPES: A Portaria nº 206, de 04/09/2018 Dispõe sobre obrigatoriedade de citação da CAPES nos agradecimentos da seguinte forma: Art. 3º Deverão ser usadas as seguintes expressões, no idioma do trabalho (Não alterar, acrescentar ou excluir qualquer informação. A frase deve ser colocada idêntica ao que consta na Portaria): "O presente trabalho foi realizado com apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES) - Código de Financiamento 001" - Acesso aberto?: sua dissertação possui capítulos em formato de artigos.O periódico que você publicou ou vai publicar, aceita que já esteja disponibilizado o texto completo? Existe a opção de acesso aberto ou acesso restrito no Repositório Institucional e o acesso restrito existe 4 opções de prazo para disponibilizar o texto completo. - Entrada para o seu nome: Você colocou na ficha catalográfica e nos metadados do repositório, a entrada como "Dantas-Queiroz". Consultando o seu Lattes, verifiquei que você tem publicações tanto com essa entrada, como para Queiroz. Você pode utilizar a entrada pelo "Dantas-Queiroz" e aconselhamos que, quanto mais padronizada for a forma de referenciar os autores, mais fácil para os softwares contabilizarem as citações. Sendo assim, se você quiser utilizar essa entrada, seria importante você colocar na capa e na página de rosto, o sobrenome Dantas Queiroz com hífen e sem o "de", como se ele fosse um sobrenome composto, pois dessa forma, não gerará dúvidas para quem for referenciar a sua Tese de Doutorado. Maiores informações: http://ib.rc.unesp.br/Home/Biblioteca37/repositorio_fluxograma_unesp_rioclaro.jpg Em caso de dúvidas entre em contato pelos e-mails: repositoriounesp@reitoria.unesp.br e/ou stati.rc@unesp.br Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações destacadas. Agradecemos a compreensão. Atenciosamente, Biblioteca Campus Rio Claro Repositório Institucional UNESP https://repositorio.unesp.br on 2021-01-11T12:39:53Z (GMT) Submitted by Marcos Vinicius Dantas de Queiroz (dantas.queiroz@unesp.br) on 2021-01-12T01:24:01Z No. of bitstreams: 1 tese_final_MVDQ_merged.pdf: 11640896 bytes, checksum: 4462f9d5181238ea2c728973459f4fbf (MD5) Approved for entry into archive by Ana Paula Santulo Custódio de Medeiros null (asantulo@rc.unesp.br) on 2021-01-13T12:38:37Z (GMT) No. of bitstreams: 1 dantas-queiroz_mv_dr_rcla_par.pdf: 1530865 bytes, checksum: 541b264a4bb93b8011efb1f7cec71a9a (MD5) Made available in DSpace on 2021-01-13T12:38:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dantas-queiroz_mv_dr_rcla_par.pdf: 1530865 bytes, checksum: 541b264a4bb93b8011efb1f7cec71a9a (MD5) Previous issue date: 2020-12-14 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) No Capítulo I, começamos a investigar o padrão genético de V. oligantha, selecionando algumas de suas populações para testar a compatibilidade de marcadores microssatélites já desenvolvidos para Bromeliaceae. Satisfatoriamente, conseguimos amplificar 24 loci, sendo 20 deles polimórficos. Assim sendo, selecionamos os dez loci mais polimórficos e genotipamos 229 indivíduos pertencentes a 14 populações para utilizarmos em nossas análises subsequentes. O Capítulo II trata da filogeografia de V. oligantha. Aos microssatélites nucleares obtidos, incluímos 95 indivíduos sequenciados usando dois marcadores plastidiais. Com esses dados em mãos, datamos a origem e a diversificação intraespecífica de V. oligantha, além de estimarmos a diversidade genética, a estrutura populacional e taxas de migração entre populações. Também modelamos a distribuição ancestral de V. oligantha utilizando Modelagem de Nicho Ecológico, inferindo possíveis corredores ancestrais entre as populações atualmente fragmentadas. Conseguimos notar uma alta estruturação genética, característica usual de organismos de ambientes naturalmente fragmentados; entretanto, a estruturação parece estar de acordo com o padrão biogeográfico, sugerindo assim como os processos microevolutivos envolvidos na diversificação de linhagens puderam resultar nos padrões de endemismo observados hoje no Espinhaço. Por fim, a modelagem de nicho ecológico confirma nossa suspeita de que, no Último Glacial Máximo (LGM), V. oligantha tinha uma adequabilidade muito maior, ocupando áreas mais baixas, conectando populações antes isoladas, conforme demonstramos nas análises de corredores. Para verificarmos mais a fundo o efeito das mudanças climáticas passadas na demografia e na diversificação das espécies das montanhas quartzíticas brasileiras (BQM), nós partimos para uma abordagem de filogeografia comparada, o pano de fundo do Capítulo III. Lá, buscamos na literatura organismos endêmicos destas montanhas e que tivessem dados genéticos depositados no Genbank. Também utilizamos os dados da própria V. oligantha e geramos mais sequências de duas espécies típicas das BQM mineiras e baianas: Euphorbia attastoma (Euphorbiaceae) e Neoregelia bahiana (Bromeliaceae). Ao final, além dessas três espécies, analisamos os dados das plantas Lychnophora ericoides e Richterago discoidea (Asteraceae), Tibouchina papyrus (Melastomataceae) e Vellozia auriculata (Velloziaceae) e também dois anuros, Bokermmanohyla saxicola (Hylidae) e Pleurodema alium (Leptodactylidae). Com estas nove espécies, verificamos a dinâmica populacional da comunidade, encontrando que grande parte delas passou por uma expansão síncrona durante o LGM, um sinal da força das mudanças climáticas na demografia nessas espécies endêmicas. Por outro lado, os dois anuros não seguiram este padrão, onde P. alium permaneceu constante enquanto B. saxicola teve um bottleneck durante o LGM. O padrão demográfico encontrado também se reflete na modelagem da adequabilidade de cada espécie para o presente e o LGM, com exceção de B. saxicola, que apresentou uma adequabilidade maior do que aquela estimada pelos nossos dados genéticos. Outra análise que fizemos foi comparar a diversificação interespecífica de espécies co-distribuídas do Espinhaço com os padrões biogeográficos para a região, onde encontramos um padrão congruente, mas ao adicionarmos espécies não exclusivas dali o cenário congruente se desfez. Dessa forma, os padrões de endemismo no Espinhaço parecem ser idiossincráticos, onde os processos microevolutivos ocorrentes ali modelaram os padrões biogeográficos existentes hoje. In Chapter I, we investigated the genetic patterns of V. oligantha, selecting some of its populations to test the compatibility of previously developed microsatellites. Satisfactorily, we amplified 24 loci, although 20 of them were polymorphic. Thus, we selected the top ten most polymorphic loci and genotyped 229 individuals belonging to 14 populations. Chapter II is about the phylogeography of V. oligantha. With the nuclear microsatellites, we added 95 sequenced individuals, using two plastidial markers. With both datasets, we dated the origin and intraspecific diversification of V. oligantha, estimated its genetic diversity, population structure, and migration rates among populations. We also modeled the ancient distribution of V. oligantha using Ecological Niche Modelling, using it to inferring possible ancient corridors between the extant fragmented populations. We found a high genetic structure, a usual trait of species with a natural fragmented distribution; however, the structure seems to follow the biogeographic pattern, suggesting how the microevolutionary processes could shape the current patterns of endemism of the Espinhaço Range. Finally, the niche modeling confirmed our suspicion that, in the Last Glacial Maximum (LGM), the suitability of V. oligantha was wider than the current one, where it occupied lowlands, connecting isolated populations, as we showed with the corridor analysis. To deeply investigate the role of ancient climatic changes in the demography and diversification of species from the Brazilian Quartzitic Mountains (BQM), we used a comparative phylogeographic approach, the background of Chapter III. We conducted a literature survey seeking for endemic organisms of the BQM with available genetic data. Besides the data of V. oligantha, we also yielded sequences for more two species: Euphorbia attastoma (Euphorbiaceae) and Neoregelia bahiana (Bromeliaceae). Besides these three plant species, we incorporated genetic data of Lychnophora ericoides and Richterago discoidea (Asteraceae), Tibouchina papyrus (Melastomataceae), and Vellozia auriculata (Velloziaceae) and two anuran species, Bokermmanohyla saxicola (Hylidae) and Pleurodema alium (Leptodactylidae). Thus, with these nine species, we investigated their population dynamics, finding that most of them had a synchronous population expansion over the LGM, a result that supports the strength of climatic oscillations on the demography of these endemic species. Besides, we also compared the lineage diversification with the biogeographic patterns found in the Espinhaço Range, where a congruent diversification pattern was found. However, when we compared species non-endemic of the Espinhaço, this congruent pattern is blurred, suggesting that microevolutionary processes of the Espinhaço-endemic species are idiosyncratic. CAPES: 001

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Orchid bees (Apidae, Euglossini) are important Neotropical pollinators. Two main features characterize these species: the tongue, which reaches at least half the body length, enabling the search for food resources in general, and the habit on the part of males of collecting aromatic compounds from various plant sources, which is a behavior that is unclearly associated with reproduction. Euglossa cordata is commonly found in cities and has primitive social behavior. Its nests are generally small and often reactivated in relationships between mothers and daughters, sisters or even unrelated females. Although Eg. cordata has been widely studied with regard to ecological and sociogenetic aspects, few studies have investigated how its occupation of the different environments occurs or its patterns of distribution over larger areas, especially with the use of more than one type of molecular marker. The 229 specimens analyzed were from 13 different Brazilian states distributed among the five major geographical regions (central, northeastern, northern, southeastern and southern Brazil). Genetic analysis were performed to verify the suggested sex-biased dispersal pattern, as well as determine population structuring and genetic diversity through the analysis of the mitochondrial 16S gene fragment and 15 microsatellite loci. The 20 characterized haplotypes showed considerable haplotype diversity and low nucleotide diversity. The results of the mitochondrial marker analysis also indicate certain genetic heterogeneity among populations, whereas the microsatellite loci indicate greater homogeneity among populations, which is explained by the relationship between dispersal and occupation of the environments by each of the sexes. The occurrence of gene flow, the presumed high number of individuals, the absence of diploid males and the great allelic diversity found suggest a health population. In addition, this work recovered a discussion about the difficulty of amplification of the mitochondrial genes COI and CytB for this species. The data also point to the existence of distinct population groups associated with the coastal and inland regions of the country, suggesting two dispersal routes, which underscores the need for further studies on the species, involving, for example, phylogeographic analysis. As “Abelhas das Orquídeas” (Apidae, Euglossini) são importantes polinizadoras neotropicais, denominação justificada, entre outras coisas, por duas características de suas espécies: a glossa, que ultrapassa ao menos metade do tamanho corpóreo, permitindo a busca de recursos alimentares de forma generalista, e o hábito de coleta de compostos aromáticos em variadas fontes vegetais realizado pelos machos e associado, de forma não totalmente esclarecida, à reprodução. Euglossa cordata é uma espécie muito comum em cidades, que apresenta comportamento primitivamente social e cujos ninhos, em geral pequenos, são frequentemente reativados em relações entre mães e filhas, irmãs ou, ainda, fêmeas não aparentadas. Embora muito estudada em seus aspectos ecológicos e sociogenéticos, poucos são os trabalhos que investigam a forma como se deu a ocupação dos ambientes tão diversos em que se encontra, bem como os padrões observados de distribuição ao longo de áreas mais extensas, especialmente com a utilização de mais de um tipo de marcador molecular. Os 229 espécimes analisados nesse trabalho foram oriundos de 13 estados brasileiros distribuídos em cinco regiões geográficas (Centro Oeste, Nordeste, Norte, Sudeste e Sul), e as análises genéticas foram realizadas a fim de verificar o sugerido padrão de dispersão sexo-assimétrico, examinar sua estrutura populacional e sua diversidade genética, a partir da utilização de fragmento do gene mitocondrial 16S e de 15 locos microssatélites. Os 20 haplótipos caracterizados mostraram considerável diversidade haplotípica e baixa diversidade nucleotídica. Além disso, os resultados obtidos com o marcador mitocondrial assinalam certa heterogeneidade genética entre as populações, ao passo que os locos microssatélites indicam maior homogeneidade entre as mesmas, padrão explicado pela relação entre dispersão e ocupação dos ambientes por cada um dos sexos. A ocorrência de fluxo gênico, o presumível elevado número de indivíduos, a ausência de machos diplóides e a grande diversidade alélica encontrados sugerem boa saúde populacional. O trabalho também recuperou uma discussão sobre a dificuldade de utilização dos genes mitocondriais COI e CytB para essa espécie. Os dados apontam, ainda, para a existência de grupos populacionais distintos associados às regiões litorâneas e do interior do país, sugerindo duas rotas de dispersão, o que ressalta a necessidade da continuação dos estudos com a espécie, abordando, por exemplo, análises filogeográficas. CAPES: Código de Financiamento 001

Submitted by Felipe Aoki Goncalves (felipe.aoki.goncalves@gmail.com) on 2018-07-21T23:15:39Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_FelipeAokiGoncalves.pdf: 4019040 bytes, checksum: f74776a8e1e4eb45c987837446b58d50 (MD5) Rejected by Adriana Aparecida Puerta null (dripuerta@rc.unesp.br), reason: Prezado Felipe, O documento enviado para a coleção Campus Unesp Rio Claro foi recusado pelo(s) seguinte(s) motivo(s): - As datas da capa e da página de rosto estão diferentes (uma está fevereiro e outra abril/2018) - Na capa, excluir o texto "Dissertação apresentada..." - Na página de rosto falta o cabeçalho da universidade - No Resumo e no Abstract faltam as palavras-chave e Keywords. Em caso de dúvidas entre em contato pelo email repositoriounesp@reitoria.unesp.br. Agradecemos a compreensão e aguardamos o envio do novo arquivo. Atenciosamente, Biblioteca Campus Rio Claro Repositório Institucional UNESP https://repositorio.unesp.br on 2018-07-23T13:48:49Z (GMT) Submitted by Felipe Aoki Goncalves (felipe.aoki.goncalves@gmail.com) on 2018-07-27T00:34:47Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_final.pdf: 4850341 bytes, checksum: d57d8babaceaadcbca57c2bb4fd7152e (MD5) Rejected by Adriana Aparecida Puerta null (dripuerta@rc.unesp.br), reason: Prezado Felipe, O documento enviado para a coleção Campus Unesp Rio Claro foi recusado pelo(s) seguinte(s) motivo(s): - Erro de grafia/digitação no título da capa e na página de rosto. O termo "Tillandsia aeranthos (Lois.)" está sem a letra D. Observe que o arquivo digital deve estar idêntico ao trabalho impresso. Agradecemos a compreensão e aguardamos o envio do novo arquivo. Atenciosamente, Biblioteca Campus Rio Claro Repositório Institucional UNESP https://repositorio.unesp.br on 2018-07-27T16:27:13Z (GMT) Submitted by Felipe Aoki Goncalves (felipe.aoki.goncalves@gmail.com) on 2018-07-28T08:53:03Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_final.pdf: 4851233 bytes, checksum: 00282da22e9621485fa889dc2eeab49a (MD5) Approved for entry into archive by Ana Paula Santulo Custódio de Medeiros null (asantulo@rc.unesp.br) on 2018-07-30T12:01:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 gonçalves_fa_me_rcla.pdf: 4841253 bytes, checksum: 6c28e380988306df3a38620b31ae18da (MD5) Made available in DSpace on 2018-07-30T12:01:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 gonçalves_fa_me_rcla.pdf: 4841253 bytes, checksum: 6c28e380988306df3a38620b31ae18da (MD5) Previous issue date: 2018-05-17 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) O continente sul-americano é o mais biodiverso da Terra, sendo palco da interação de complexos processos climáticos e geológicos que moldaram sua biota de forma muito heterogênea. Um crescente numero de estudos estudos de filogeografia de especies Sul Americanos tem auxiliado no entendimento das respostas evolutivas envolvidas em tal diversificação. A família Bromeliaceae é caracterizada por extensa radiação adaptativa, apresenta heterogeneidade de estratégias reprodutivas e padrões distintos de fluxo gênico e estrutura genética. Tillandsia aeranthos (Lois.) L.B. Smith é uma bromeliácea epífita que habita matas ciliares por toda região dos Pampas. Sua ocorrência em densas populações ao longo de ambientes geograficamente distintos a torna um bom modelo para a estudos sobre a influência de fatores geoclimáticos e ecológicos no padrão de distribuição da variabilidade genética e decorrentes processos de especiação ou manutenção da integridade da espécie. Esta dissertação foi dividida em dois manuscritos a fim de fornecer dados e análises úteis para a compreensão da evolução desta espécie neotropical. No Capítulo 1 foi realizada a amplificação heteróloga em Tillandsia aeranthos e Tillandsia recurvata de marcadores microssatélites nucleares previamente desenvolvidos para outras espécies de Bromeliaceae. Conjuntos de sete e seis marcadores apresentaram índices satisfatórios de polimorfismos em T. aeranthos e T. recurvata, respectivamente. A análise dos dados em duas populações de 20 indivíduos de cada espécie apresentou resultados compatíveis com sistemas reprodutivos distintos de cada espécie: fecundação cruzada predominante em T. aeranthos e auto-fecundação predominante em T. recurvata. No Capítulo 2 investigamos os padrões de variabilidade e estrutura genética e sistema reprodutivo de Tillandsia aeranthos ao longo da distribuição geográfica da espécie. Um total de 203 indivíduos de 13 localidades foi analisado a partir de sete marcadores microssatélites nucleares; 12 indivíduos tiveram 13 regiões universais plastidiais sequenciadas; e 74 indivíduos com 543 flores foram submetidos a experimentos de polinização manual. Os dados de microssatélites nucleares apontam altos níveis de diversidade genética em T. aeranthos (HE=0,806; HO=0,745) apesar de todas as regiões plastidiais sequenciadas terem sido monomórficas, sem diferenciação haplotípica. Foi observada também baixa diferenciação populacional (FST=0,031) sem correlação significativa entre as distâncias genéticas e geográficas das populações (isolamento-por-distância). Sinais moderados de eventos recentes de gargalo genético foram detectados em somente quatro das 13 populações, indicando que a maior parte das populações apresentou estabilidade demográfica durante o último máximo glacial. Os experimentos de manipulação polínica evidenciaram auto-incompatibilidade total em T. aeranthos. Em conclusão, os resultados demonstram altos níveis de diversidade genética e estabilidade demográfica na espécie, com fluxo gênico ocorrendo sem barreiras geográficas evidentes dentro da área de ocorrência de Tillandsia aeranthos. South America is the most biodiverse subcontinent of the planet, bearing interactions between complex geoclimatic processes that heterogeneously molded its biota. An increasing number of Phylographic studies in South American species have helped us to understand the evolutionary responses that gradually formed such great biodiversity. Bromeliaceae is a family of herbaceous plants characterized by extreme adaptive radiation, its species present a wide range of reproductive strategies and distinct patterns of gene flow and genetic structure. Tillandsia aeranhos (Lois.) L.B. Smith is an epiphyte that inhabits mainly riparian forests of the Pampas biome. It occurs in dense populations across distinct habitats and topographic profiles, which makes it a good model species in studies about the influence of geo-climatic and ecologic factors over patterns of genetic variability and structure, as well as subsequent evolutionary processes of speciation or species cohesion maintenance. This dissertation presents two manuscripts aiming to provide data and analysis that will allow a better comprehension of T. aeranthos evolutionary history. In Chapter 1, we performed cross-amplifications of several nuclear microsatellite loci developed for other bromeliad species in Tillandsia aeranthos and T. recurvata. Sets of seven and six markers amplified satisfactorily and were polymorphic in T. aeanthos an T. recurvata respectively. The following analysis were carried in two populations of 20 individuals for each species and results were in accordance to opposite breeding sytems of each species: predominant cross-pollination in T. aeranthos and predominant self-pollination in T. recurvata. In Chapter 2, we investigated patterns of genetic diversity, phylogeographic structure and breeding system in T. aeranthos across most of its geographic distribution. Altogether, 203 individuals were analyzed from seven microsatellite markers; 12 individuals were analyzed from 13 chloroplast regions; and controlled pollinatin experiments were carried in 74 individuals bearing 543 flowers. Nuclear microsatellite data suggests very high levels of genetic diversity (HE=0,806; HO=0,74). Contrastingly, all chloroplast regions were monomorphic, with no haplotype differentiation. Genetic structure was very low (FST=0,031)) and isolation-by-distance hypothesis was refuted. Moderated signs of recent bottleneck events were detected in four out of 13 populations, suggesting that most populations were demographically stable since the last glacial maximum. Controlled pollination experiments showed complete self-incompatibility in T. aeranthos. In conclusion, our results sow high levels of genetic diversity and demographic stability in the species, with gene flow occurring freely without evidence of geographic barriers across the species geographic distribution. FAPESP: 2016/03777-4 FAPESP: 2014/15586-6

Made available in DSpace on 2018-11-26T16:16:58Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-01-01. Added 1 bitstream(s) on 2019-10-09T18:25:39Z : No. of bitstreams: 1 S1415-47572015000300338.pdf: 1342078 bytes, checksum: 665099dc2e21b1b8750ea6ed59a6c4e4 (MD5) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) The complete mitochondrial genome of the brown brocket deer Mazama gouazoubira and a set of polymorphic microsatellite markers were identified by 454-pyrosequencing. De novo genome assembly recovered 98% of the mitochondrial genome with a mean coverage of 9-fold. The mitogenome consisted of 16,356 base pairs that included 13 protein-coding genes, two ribosomal subunit genes, 22 transfer RNAs and the control region, as found in other deer. The genetic divergence between the mitogenome described here and a previously published report was similar to 0.5%, with the control region and ND5 gene showing the highest intraspecific variation. Seven polymorphic loci were characterized using 15 unrelated individuals; there was moderate genetic variation across most loci (mean of 5.6 alleles/locus, mean expected heterozygosity = 0.70), with only one locus deviating significantly from Hardy-Weinberg equilibrium, probably because of null alleles. Marker independence was confirmed with tests for linkage disequilibrium. The genetic variation of the mitogenome and characterization of microsatellite markers will provide useful tools for assessing the phylogeography and population genetic patterns in M. gouazoubira, particularly in the context of habitat fragmentation in South America. Univ Brasilia, Dept Genet & Morfol, Inst Ciencias Biol, BR-70910900 Brasilia, DF, Brazil Univ Estadual Paulista, Dept Zootecnia, Nucleo Pesquisa & Conservacao Cervideos, Jaboticabal, SP, Brazil Univ Estadual Paulista, Dept Zootecnia, Nucleo Pesquisa & Conservacao Cervideos, Jaboticabal, SP, Brazil FAPESP: 2010/50748-3 CNPq: 305419/2014-5

Submitted by João De Deus Vidal Júnior (jd.vidal27@gmail.com) on 2018-05-09T20:11:53Z No. of bitstreams: 1 Tese_Rauvolfia_fevereiro.docx: 18767443 bytes, checksum: fc0f2b02da8b3988cbb195215ad93e3c (MD5) Rejected by Sulamita Selma C Colnago null (sulamita@btu.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: Problema 1: Seu arquivo está em Word. O arquivo deve estar obrigatoriamente em formato PDF para submissão no Repositório. Assim que efetuar essa correção, submeta o arquivo em PDF novamente. Agradecemos a compreensão. on 2018-05-11T17:00:35Z (GMT) Submitted by João De Deus Vidal Júnior (jd.vidal27@gmail.com) on 2018-05-11T18:26:13Z No. of bitstreams: 1 Tese_JVidal.pdf: 12476337 bytes, checksum: b4bd90a360a05a2358c8c188653a9128 (MD5) Approved for entry into archive by Sulamita Selma C Colnago null (sulamita@btu.unesp.br) on 2018-05-11T19:39:40Z (GMT) No. of bitstreams: 1 vidaljr_jd_dr_bot.pdf: 12476337 bytes, checksum: b4bd90a360a05a2358c8c188653a9128 (MD5) Made available in DSpace on 2018-05-11T19:39:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 vidaljr_jd_dr_bot.pdf: 12476337 bytes, checksum: b4bd90a360a05a2358c8c188653a9128 (MD5) Previous issue date: 2018-03-06 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Neste estudo, nós desenvolvemos marcadores moleculares e aplicamos abordagens integrativas em filogeografia e ecologia para investigar e descrever a história biogeográfica das chapadas da região oeste do Cerrado brasileiro. Utilizando como modelo duas espécies do gênero Rauvolfia L. (Apocynaceae, Rauvolfioideae), Rauvolfia weddelliana Müll.Arg. e Rauvolfia gracilis I.Koch & Kin.-Gouv., típicas destes ambientes, nós desenvolvemos um conjunto de marcadores nucleares microssatélites e sequenciamos espaçadores de cloroplasto, com os quais estimamos métricas de diversidade genética e estruturação populacional. A partir destes dados, nós reconstruímos relações filogenéticas entre as linhagens, estimamos tempos de divergência e realizamos simulações demográficas e modelos de distribuição, com o intuito de testar possíveis cenários biogeográficos. Em sequência, nós desenvolvemos modelos de distribuição potencial em escala de comunidade e análises espaciais, para estimar o impacto relativo das flutuações climáticas do Pleistoceno sobre o endemismo no Cerrado, quando comparadas a outros processos. Os resultados estão apresentados em três capítulos. No primeiro, intitulado “Development and cross-validation of microsatellite markers for Rauvolfia weddelliana Müll.Arg. (Apocynaceae) species complex”, nós descrevemos o desenvolvimento de uma biblioteca de microssatélites específica para R. weddelliana e testamos sua transferabilidade para a espécie R. gracilis. Nós isolamos dez marcadores transferíveis, com alto conteúdo de polimorfismos que podem agora ser aplicados em estudos genéticos para o grupo, e também demonstramos a diploidia das espécies através do padrão de bandas de cada lócus. No segundo capítulo, intitulado “Phylogeography and paleodistribution of Rauvolfia weddelliana Müll.Arg. and Rauvolfia gracilis I.Koch & Kin.-Gouv. (Apocynaceae)”, nós aplicamos estes marcadores em conjunto com espaçadores de cloroplasto para testar, através de análises demográficas e modelos de nicho, os impactos das flutuações climáticas nas populações de R. weddelliana e R. gracilis. Nossas análises recuperaram duas linhagens com origem anterior ao Pleistoceno, coincidindo com o soerguimento do Planalto Central Brasileiro, que sofreram retração interglacial durante o Pleistoceno. Apesar de nossos modelos de distribuição terem apresentado resultado contrário a retração interglacial, eles recuperaram a mesma divergência norte-sul, também anterior ao último eventos de glaciação. Estes resultados sugerem que as savanas dos planaltos do oeste do Cerrado provavelmente configuram refúgios interglaciais. No terceiro capítulo, nós testamos este padrão, descrevendo a estabilidade relativa de chapadas e vales e modelando as distribuições potenciais de espécies típicas destes ambientes. Este trabalho contribui para a discussão sobre os impactos do clima do Pleistoceno e dos processos geológicos do Mioceno na diversificação do complexo domínio dos Cerrados. In this study, we developed molecular markers and applied integrative approaches in phylogeography and ecology to investigate and describe the biogeographic history of the plateaus of the west region of the Cerrado in Brazil. Using as models two species of the genus Rauvolfia L. (Apocynaceae, Rauvolfioideae), Rauvolfia weddelliana Müll.Arg. and Rauvolfia gracilis I.Koch & Kin.-Gouv., typical from these habits, we developed a set of nuclear microsatellite markers and sequenced chloroplast spacers, which we used to estimate metrics of genetic diversity and population structure. From this data, we reconstructed phylogenetic relationships between lineages, estimated divergence times and conducted demographic simulations and distribution models, intending to test possible biogeographic scenarios. In sequence, we also developed community wise models of potential distribution and conducted spatial analysis to estimate the relative impact of climatic shifts of the Pleistocene on the endemism of the Cerrado, when compared to other processes. Our results are presented in three chapters. In the first, entitled “Development and cross-validation of microsatellite markers for Rauvolfia weddelliana Müll.Arg. (Apocynaceae) species complex”, we describe the development of a specific microsatellite library to R. weddelliana and tested its transferability to the species R. gracilis . We isolated ten transferable markers with high polymorphism content that may now be applied to genetics studies on the group, and also demonstrated the diploidy for these species though the patterns of bands for each locus. In the second chapter, entitled “Phylogeography and paleodistribution of Rauvolfia weddelliana Müll.Arg. and Rauvolfia gracilis I.Koch & Kin.-Gouv. (Apocynaceae)”, we applied these markers, along with sequences of chloroplast spacers to test, with demographic analysis and niche models, the impacts of the climatic fluctuations on the populations of R. weddelliana and R. gracilis . Our analysis recovered two lineages with origin prior to Pleistocene, coinciding with the Brazilian Central Plateau uplift. These lineages underwent interglacial retractions along the Pleistocene. Despite distribution models presented results that are contrary to the interglacial retraction, they recovered the same north-south divergence, also predating the Last Glacial Maximum. These results suggest that the savannas in the plateaus of the western Cerrado are potentially configuring interglacial refugia. In the third chapter, we tested this pattern, by describing the relative stability of plateaus and valleys and modelling the potential distributions of species typical from these environments. This study contributes to the discussions about the impacts of the Pleistocene climate and the geological processes of the Miocene on the diversification the complex Cerrado domain.

Submitted by MELINA AULINO CAMPOS DE LIMA null (mel_linaa@hotmail.com) on 2016-06-14T11:27:04Z No. of bitstreams: 1 Campos, versão final.pdf: 6619779 bytes, checksum: 1ced7c5593e51838fa6cdc10742bb1f2 (MD5) Rejected by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: O arquivo submetido está sem a ficha catalográfica. A versão submetida por você é considerada a versão final da dissertação/tese, portanto não poderá ocorrer qualquer alteração em seu conteúdo após a aprovação. Corrija esta informação e realize uma nova submissão contendo o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2016-06-15T19:04:14Z (GMT) Submitted by MELINA AULINO CAMPOS DE LIMA null (mel_linaa@hotmail.com) on 2016-07-28T09:31:04Z No. of bitstreams: 1 Campos, versão final.pdf: 6669108 bytes, checksum: bf58ca3048946ca88e3c4dd8fb99500a (MD5) Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-07-28T14:10:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 lima_mac_dr_bot.pdf: 6669108 bytes, checksum: bf58ca3048946ca88e3c4dd8fb99500a (MD5) Made available in DSpace on 2016-07-28T14:10:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 lima_mac_dr_bot.pdf: 6669108 bytes, checksum: bf58ca3048946ca88e3c4dd8fb99500a (MD5) Previous issue date: 2016-05-13 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) Degradação florestal, alterações ambientais antropogênicas e mudanças climáticas são fatores que podem modificar a dinâmica populacional de anofelinos. Anopheles (Nyssorhynchus) dar- lingi é o principal vetor de malária no Brasil e em outros países na América do Sul. Estudos observaram o aumento da abundância do vetor An. darlingi e número de casos de malária após desflorestação e demais modificações ambientais antropogênicas. Além de ter ampla distribuição geográfica, essa espécie possui plasticidade comportamental e diversidade morfo- lógica, biológica e genética. Tendo em vista essa heterogeneidade, o presente estudo avaliou a diversidade genética populacional em An. darlingi ligada a distribuição geográfica, dinâmica sazonal e comportamento hematofágico, através de marcadores microssatélites e SNPs. Espé- cimes de An. darlingi foram coletados em dois assentamentos rurais próximos e, em uma área urbana à aproximadamente 600 km de distância. Além disso, as coletas foram realizadas no primeiro e segundo semestre e, dentro e fora das casas, durante o período de atividade hema- tofágica do vetor, ou seja, das 18-6 horas. Os resultados apresentaram subpopulações de An. darlingi em aspecto geográfico, em escalas macro e microgeográficas, acessadas com mais pro- fundidade com os dados dos SNPs. Além disso, o estudo corroborou o prévio achado de duas subpopulações de An. darlingi relacionadas ao regime de chuvas. Por fim, pela primeira vez, a heterogeneidade genética em populações simpátricas desse vetor foi encontrada e relacionada com o fenótipo de comportamento hematofágico, endo e exofagia. Esses achados demonstram a importância do entendimento e vigilância entomológica, pois possuem potencial impacto na transmissão de malária. Dado que cada localidade possui características ambientais peculia- res e portanto, diferentes composições populacionais dos vetores, intervenções específicas em menor escala passam a ser abordagens interessantes no controle da malária. Forest degradation, human environmental alteration and climate changes are all influence anopheline populations. Anopheles darlingi is the main vector of malaria parasite in Brazil and other countries of South America. Deforestation and others anthropogenic activities have been accompanied by sharp increases in both abundance of the primary malaria vector Anopheles darlingi and numbers of malaria cases. Besides it is widely distributed, this species display great behavioral plasticity and morphological, biological and genetic diversity. The aim of this study was to analyze population genetic diversity of An. darlingi related to geographical distribution, seasonal dynamics and hematophagic behavior, using microsatellites and SNPs markers. An. darlingi specimens were collected in two close rural settlements and in an urban area about 600 km away. In addition, collections were performed in both semesters of the year and, indoor and outdoor during the biting activity period of the vector, i.e., 6pm-6am. The results showed subpopulations of An. darlingi related to geographical aspect, in a macro and micro geographic scales, better accessed with SNPs dataset. Moreover, this study corroborated with a previous finding showing two subpopulations of An. darlingi related to rainfall. Finally, for the first time, genetic heterogeneity was found in sympatric populations of this vector, and it was associated with a phenotype of hematophagic behavior, endo and exophagy. These outcomes demonstrate that genetic heterogeneity may represent an important vector phenotypic variation with potentially highly significant consequences for malaria transmission. Since each site has unique environmental characteristics and therefore, different population compositions of vectors, specific interventions on a smaller scale become interesting approaches for optimal targeted malaria transmission interventions. CAPES: BEX 9230/12-2 FAPESP: 2014/09461-3 FAPESP: 2012/04881-9

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) The Salminus genus is characterized by predatory fish medium to large, migratory and ichthyophagi, very appreciated in fisheries and gastronomy. Among these stands out the Salminus hilarii species, popularly known as tabarana and considered top of the food chain, due to its high degree of selectivity for environments with rich water oxygen which constitutes a good environmental indicator. This species occurs in the São Francisco basins, Paraná basins and Jaguaribe river, and depends on specific hydrological conditions to carry out their reproduction. In this context and because of intense anthropogenic interference that such river systems have suffered, population's study of tabaranas in the upper Paraná basin can contribute to a better understanding of aspects related to its population structure and conservation of their populations. Thus, the aim of this study was to characterize the population genetic structure of S. hilarii at different periods in rivers of the Upper Paraná basin, in order to better understand the population dynamics of fish and effectively contribute to their conservation. It was used for molecular analysis 15 polymorphic microsatellite loci and mtDNA (D-loop). The results revealed the existence of population differentiation among the rivers sampled. Nevertheless, individuals sampled in the Jacaré-pepira river and Cubatão showed no genetic difference, indicating the occurrence of gene flow between populations sufficient to maintain the genetic homogeneity. Moreover, it was possible to identify the temporal structure into the Turvo and Jacaré-pepira river. A high genetic diversity was found in populations of Upper Paraná basin sampled rivers. The D-loop analysis showed no population structure between samples, but indicated the occurrence of a high diversity. The contradictory results may be due to mutational rates of the markers used, since microsatellites have high mutational rate. These results are important for understanding the behavior and biology of these fish, and also to establish fisheries management programs and conservation S. hilarii in the upper Paraná basin. O gênero Salminus é caracterizado por peixes predadores de médio à grande porte, migradores e ictiófagos, muito apreciados na pesca e na gastronomia. Dentre esses, destaca-se a espécie Salminus hilarii, conhecida popularmente como tabarana e considerada topo de cadeia alimentar, devido ao seu alto grau de seletividade por ambientes com águas ricas em oxigênio o que torna a espécie uma bom indicador ambiental. Essa espécie ocorre nas bacias do São Francisco, alto rio Paraná e do rio Jaguaribe e depende de condições hidrológicas específicas para realizar sua reprodução. Dentro desse contexto e devido à intensa interferência antrópica que tais sistemas hidrográficos vêm sofrendo, estudar populações de tabaranas na bacia do alto Paraná pode contribuir efetivamente para o melhor entendimento de aspectos relacionados à sua estrutura populacional e conservação da espécie. Assim, o objetivo geral deste trabalho foi caracterizar a estrutura genética de populações de S. hilarii em diferentes períodos em rios da bacia do alto Paraná, com o intuito de compreender melhor a dinâmica populacional desse peixe e contribuir efetivamente para sua conservação. Para as análises moleculares utilizou-se 15 locos polimórficos de microssatélites e o mtDNA (D-loop). Os resultados obtidos revelaram a existência de diferenciação populacional entre os rios amostrados. Apesar disso, os indivíduos amostrados no rio Jacaré-pepira e ribeirão do Cubatão não apresentaram diferença genética entre eles, indicando a ocorrência de fluxo gênico entre as populações suficiente para manter a homogeneidade genética. Além disso, foi possível identificar a estruturação temporal dentro do rio Turvo e do rio Jacaré-pepira. Uma alta diversidade genética foi encontrada nas populações dos rios amostrados da bacia do alto Paraná. As análises do D-loop não evidenciaram estruturação populacional entre as amostragens, mas indicou a ocorrência de uma alta diversidade. A contradição dos resultados deve-se as taxas mutacionais dos marcadores utilizados, uma vez que os microssatélites possuem taxas mutacionais elevadas. Esses resultados são importantes para o entendimento do comportamento e biologia desses peixes e, ainda, para estabelecer programas de manejo de pesca e conservação de S. hilarii na bacia do alto Paraná.

Submitted by Boris INFORMAT (boris@uerj.br) on 2021-04-26T01:16:12Z No. of bitstreams: 1 DISSERTACAO_FINAL_PUBLICADA_Juliana_Jannuzzi_Duclos_do_Rego.pdf: 7144923 bytes, checksum: c5380f1a3967299ad7bd4f131d614509 (MD5) Made available in DSpace on 2021-04-26T01:16:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTACAO_FINAL_PUBLICADA_Juliana_Jannuzzi_Duclos_do_Rego.pdf: 7144923 bytes, checksum: c5380f1a3967299ad7bd4f131d614509 (MD5) Previous issue date: 2015-03-02 Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico Genetic markers on Y chromosome, as microsatellites (Y-STRs) and single nucleotide polymorphisms (Y-SNPs) are used for the characterization of male lineages, since they are fully transmitted to next generations unless mutations occurs (Singh et al., 2011; Mitchell & Hammer, 1996; Butler, 2009). Therefore, these markers are widely applied in several situations, highlighting the constant use of Y-STRs in the field of forensic genetics because of their high capacity of discriminate lineages. Recently, 13 rapidly mutating markers were described due to their highly mutation rates in comparison to other common Y-chromosome STRs, being called as Rapidly Mutating Y-STR (RM-YSTR) (Ballantyne et al., 2010; Kayser et al., 2012). As a result of their high mutation rates, RM-YSTRs display high efficiency in discriminating paternally related males. The present work aimed to deepen the knowledge about population and mutational RM-YSTR loci characteristics in Rio de Janeiro sample, and then, contribute to other studies with this purpose in Brazilian population. Y chromosome 13 STRs analysis was realized in 258 males born in Rio de Janeiro state, grouped in 129 fathers/sons pairs. The extraction of DNA from biological samples was performed according to routine protocols from LDD-UERJ. Target sequences were amplified by three polimerase chain reactions (PCR) and the amplicons were separated through electrophoresis on automated sequencer ABI-3500 (Applied Biosystems). When mutations were detected, they were confirmed by sequencing. Among the investigated sample, RM-YSTR loci showed a discrimination capacity of 1,0 which means that all 129 analyzed individuals have different haplotypes for these markers, displaying frequencies of 0,0077 and haplotype diversity of 1,0. Moreover, high values of genetic diversities were obtained for the 13 markers. Distance genetic analysis and AMOVA values based on Fst results did not show population substructure and common ancestral traits. These results are associated with high mutation rates found, with an average rate about 2,11 x 10-2. RM-YSTR showed to be very discriminative at this mixed sample, besides proving to be more discriminative than other markers commonly used in population studies and forensic analysis. Thus, it is possible to conclude that RM-YSTR markers are promising to discriminate individuals of the same male strain and due to their high mutation rates and discrimination capacity, they are able to differentiate individuals better than other common markers. Nevertheless, for a better characterization of these loci in different populations more studies are needed. Marcadores genéticos presentes no cromossomo Y, como os microssatélites (Y-STRs) e polimorfismos de único nucleotídeo (Y-SNPs) são utilizados na caracterização de linhagens masculinas, visto que são transmitidos às gerações seguintes sem alterações, a menos que ocorram mutações (Singh et al., 2011; Mitchell & Hammer, 1996; Butler, 2009). Por isso, esses marcadores são amplamente empregados em diversas situações, destacando-se o uso constante dos Y-STRs na genética forense por apresentarem alta capacidade de discriminar linhagens. Recentemente, foram descritos 13 marcadores com taxas de mutação substancialmente superiores àquelas verificadas para loci STR do cromossomo Y, denominados Rapidly Mutating (RM) Y-STRs (Ballantyne et al., 2010; Kayser et al., 2012). Devido às taxas de mutação elevadas, os RM-YSTRs apresentam maior eficiência na discriminação entre indivíduos proximamente relacionados, pertencentes à mesma linhagem patrilínea. O presente trabalho buscou aprofundar o conhecimento acerca das características populacionais e mutacionais dos loci RM-YSTRs em amostra do Rio de Janeiro, contribuindo com estudos desta natureza na população brasileira. Realizou-se a análise de 13 loci do cromossomo Y em 258 indivíduos do sexo masculino, compondo 129 pares de pais e filhos, nascidos no estado do Rio de Janeiro. O DNA das amostras foi extraído, conforme os protocolos vigentes na rotina do LDD-UERJ. As sequências genéticas de interesse foram amplificadas pela técnica de reação em cadeira da polimerase (PCR) através da realização de três PCR multiplex, cujos produtos de amplificação foram separados por eletroforese em sequenciador automático ABI-3500 (Applied Biosystems). Para os pares pai/filho que apresentaram haplótipos mutados, empregou-se a técnica de sequenciamento para confirmação das mutações. Os loci RM-YSTR geraram um poder de discriminação de 1,0 na amostra analisada, o que significa que todos os 129 indivíduos da amostra populacional apresentaram haplótipos diferentes para tais marcadores, com frequências de 0,0077 e diversidade haplotípica igual a 1. Além disso, foram obtidos valores elevados de diversidade gênica para os 13 marcadores. A análise de distância genética e os resultados de AMOVA baseados nos valores de Fst demonstraram que os RM-YSTR não indicam subdivisão populacional e traços ancestrais comuns. Tais valores estão associados às elevadas taxas de mutação encontradas, cuja média foi de 2,11 x 10-2. Foi possível observar que os loci RM-YSTR são muito discriminativos na amostra miscigenada analisada, além de terem maior capacidade de diferenciar indivíduos do que outros conjuntos de marcadores normalmente usados em estudos populacionais e análises forenses. Sendo assim, é possível concluir que os marcadores RM-YSTR são promissores para discriminar indivíduos da mesma linhagem patrilínea, visto que devido às suas elevadas taxas mutacionais e poder de discriminação, são capazes de diferenciar indivíduos de maneira mais eficiente do que os outros conjuntos de STR. Porém, é necessário maior número de estudos para melhor caracterização destes loci em diferentes populações.

Submitted by Boris INFORMAT (boris@uerj.br) on 2021-04-26T01:11:41Z No. of bitstreams: 1 Ghennie Tatiana Rodriguez Rey Tese completa.pdf: 3640911 bytes, checksum: 3fb969409aef5d6485fc0a14500244aa (MD5) Made available in DSpace on 2021-04-26T01:11:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ghennie Tatiana Rodriguez Rey Tese completa.pdf: 3640911 bytes, checksum: 3fb969409aef5d6485fc0a14500244aa (MD5) Previous issue date: 2014-02-26 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior In the last years, two slipper lobsters, Scyllarides brasiliensis e S. deceptor, have become important contributors to in the lobster fisheries landings in the south-west Atlantic. Management strategies for fisheries species require understanding their connectivity and population dynamics. Thus, the aim of the first chapter of this thesis was to estimate the genetic diversity and population structure of those two lobster species along over 2800 km of the South American coast. For that, we used mitochondrial (cytochrome c oxidase I: COI; and the control region: RC) and nuclear markers (13 microsatellites loci developed in this thesis). Both species presented high levels of genetic variability (S. deceptor: N = 200, mtDNA: h > 0,841, π > 0,005; microsatellites: He = 0,685; S. brasiliensis: N = 211, He = 0,554) homogeneously distributed across localities (S. deceptor: ΦST < -0,004, ΦCT < 0,016, overall FST = 0,001, overall Dest = 0,003, FCT < 0,002, P > 0,05, K = 1; S. brasiliensis: overall FST = 0,004, overall Dest = 0,001, FCT < 0,004, P > 0,05, K = 1). The lack of population genetic structure in both species could be explained on the basis of biological traits, such as high fecundity and high dispersal potential of planktonic larvae, which promote high levels of connectivity between geographically distant populations. Moreover, the mitochondrial data indicate that the demographic history of S. deceptor was marked by population and geographical expansions, likely related to the suitable environmental conditions of interglacial periods during the late and middle Pleistocene. Several studies have shown that the presence of nuclear mitochondrial sequences (NuMts) and heteroplasmy limit the correct identification and amplification of mitochondrial markers. In phylogenetic and population studies, the inadverted presence of sequences from diverse origins violates the principle of orthology and can result in wrong evolutionary inferences. Thus, the aim of the second chapter of this thesis was to identify and characterize the NuMts and heteroplasmic sequences of three mitochondrial regions (COI, CR and the gene of the large ribosomal subunit: 16S) in four species of the genus Scyllarides (S. aequinoctialis, S. brasiliensis, S. deceptor e S. delfosi). Cloning and sequencing of genomic DNA and of enriched mtDNA extracts revealed that the genomes of these species may exhibit both NuMts (diverging by 0.6 and 17.6 % from mtDNA) and heteroplasmy (diverging by less than 0.2% from mtDNA prevalent). The NuMts possibly emerged from multiple independent integration events to the nucleus along the evolutionary history of the genus Scyllarides. Depending on their degree of similarity with the mtDNA, the presence of NuMts in phylogenetic analyses at genus level can cause overestimation of the number of species and affect the branch lengths and phylogenetic inferences among species. Nos últimos anos, duas espécies de lagostas sapateiras, Scyllarides brasiliensis e S. deceptor, vêm se destacando nos desembarques pesqueiros de lagostas do Atlântico Sul Ocidental. Para espécies comercialmente importantes, o desenvolvimento de estudos que permitam conhecer a variabilidade e entender a dinâmica populacional é fundamental. Assim, o objetivo do primeiro capítulo desta tese foi avaliar a diversidade genética e a estrutura populacional dessas duas lagostas ao longo de aprox. 2.800 km da costa da América do Sul. Para as análises, foram empregados marcadores mitocondriais (citocromo oxidase I: COI; e a região controle: RC) e marcadores nucleares (13 loci de microssatélites desenvolvidos nesta tese). As duas espécies apresentaram altos níveis de variabilidade (S. deceptor: N = 200, mtDNA: h > 0,841, π > 0,005; microssatélites: He = 0,685; S. brasiliensis: N = 211, He = 0,554), distribuídos homogeneamente entre as localidades (S. deceptor: ΦST < -0,004, ΦCT < 0,016, FST global = 0,001, Dest global = 0,003, FCT < 0,002, P > 0,05, K = 1; S. brasiliensis: FST global = 0,004, Dest global = 0,001, FCT < 0,004, P > 0,05, K = 1). A ausência de estruturação nas duas espécies pode estar relacionada a características biológicas que promovem a conectividade entre localidades geograficamente distantes, como alta fecundidade e alto potencial de dispersão das larvas planctônicas. Além disso, os dados mitocondriais sugerem que a história demográfica de S. deceptor foi marcada por eventos de expansão populacionais e geográficos possivelmente relacionados às condições ambientais favoráveis dos episódios interglaciais do Pleistoceno Médio-Tardio. Diversos estudos têm mostrado que os fenômenos de inserção de regiões mitocondriais no DNA nuclear (NuMts) e heteroplasmia limitam a correta amplificação e identificação dos marcadores mitocondriais. Em estudos filogenéticos e de genética de populações, a presença inadvertida de sequências de diversas origens viola o principio de ortologia, o que pode resultar em inferências evolutivas erradas. Assim, o objetivo do segundo capítulo desta tese foi identificar e caracterizar os possíveis NuMts e sequências heteroplásmicas de três regiões mitocondriais (COI, RC e o gene da subunidade maior do RNA ribossomal: 16S) em quatro espécies do gênero Scyllarides (S. aequinoctialis, S. brasiliensis, S. deceptor e S. delfosi). A clonagem e sequenciamento de extratos de DNA genômico e DNA enriquecido com mtDNA revelaram que os genomas destas espécies podem exibir NuMts (que divergem entre 0,6 e 17,6% do mtDNA) e heteroplasmia (que divergem < 0,2% do mtDNA prevalente). Os NuMts surgiram possivelmente de vários eventos independentes de integração ao núcleo ao longo da história evolutiva do gênero Scyllarides. Dependendo do seu grau de similaridade com o mtDNA, a presença de NuMts nas análises filogenéticas no nível de gênero pode causar superestimativa do número de espécies e alterações nos comprimentos dos ramos e nas relações filogenéticas entre espécies.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico O gênero Anadenanthera (Leguminosae–Mimosoideae) está atualmente circunscrito como duas espécies com duas variedades cada uma de acordo com Altschul 1964: A. colubrina (Vell.) Brenan var. colubrina; A. colubrina var. cebil (Griseb.) Altschul; A. peregrina (L.) Speg. var. peregrina; e A. peregrina var. falcata (Benthan) Altschul, mas já foram consideradas como quatro espécies distintas segundo a classificação de Brenan 1955: A. colubrina (Vell.) Brenan, A. macrocarpa (Benth.) Brenan, A. peregrina (L.) Speg. e A. falcata (Benth.) Speg. Espécies de Anadenanthera Speg. ocorrem na maioria dos núcleos disjuntos das florestas estacionais, sendo a espécie A. colubrina var. cebil (Griseb.) Altschul mais amplamente distribuída nessas áreas e, por isso, considerada como espécie modelo para estudo da história evolutiva dessas florestas. O objetivo desse estudo foi caracterizar a diversidade genética de espécies do gênero Anadenanthera Speg. Doze marcadores microssatélites foram utilizados para genotipar 283 espécimes. Os resultados de três análises (STRUCTURE, NJ e PCoA) foram concordantes e mostraram claramente quatro grupos genéticos para o gênero Anadenanthera. A diferenciação de A. colubrina foi observada com microssatélites e ITS, mostrando congruência parcial entre os resultados desses marcadores. A diversidade genética em termos de riqueza alélica e heterozigosidade mostraram valores mais elevados e similares nas espécies A. macrocarpa, A. peregrina e A. falcata em comparação ao valor particularmente baixo encontrado para a espécie A. colubrina. Análises de pares de FST e número médio de migrantes entre populações de cada espécie sensu Altschul 1964 mostraram fluxo gênico restrito entre variedades. A diversificação de A. colubrina foi provavelmente anterior à diversificação das demais espécies. A baixa diversidade em A. colubrina foi possivelmente consequência da sua distribuição mais restrita e da elevada endogamia. A miscigenação das populações de A. falcata refletiu um cenário de expansão recente para essa espécie. Os resultados sugerem que a circunscrição das espécies de Anadenanthera proposta por Brenan é a mais adequada. The Anadenanthera genus (Leguminosae - Mimosoideae) is currently circumscribed into two species with two varieties each according to Altschul 1964: A. colubrina (Vell.) Brenan var. colubrina; A. colubrina var. cebil (Griseb.) Altschul; A. peregrina (L.) Speg. var. peregrina; and A. peregrina var. falcata (Bentham) Altschul. However, they were already considered as four distinct species according to the classification of Brenan 1955: A. colubrina (Vell.) Brenan, A. macrocarpa (Benth.) Brenan, A. peregrina (L.) Speg. e A. falcata (Benth.) Speg. The Anadenanthera Speg. species occur in most of seasonal forests disjunct nucleus. The specie A. colubrina var. cebil (Griseb.) Altschul is more widely distributed in these areas and therefore considered as a model species for studying the evolutionary history of the seasonal forests. The aim of this study was to characterize the genetic diversity of the genus Anadenanthera Speg. Twelve microsatellite markers were used to genotype 283 specimens. The results of three analyzes (STRUCTURE, NJ and PCoA) were concordant and showed clearly four genetic groups in the Anadenanthera genus. The differentiation of A. colubrina was observed with microsatellites and ITS and showed partial congruence between the results of these markers. The genetic diversity under allelic richness and heterozygosity showed higher and similar values in the species A. macrocarpa, A. peregrina and A. falcata, compared to the lowest values found for the species A. colubrina. Analyzes of pairs of FST and mean number of migrants between populations of each species sensu Altschul 1964 showed restricted gene flow between varieties. The diversification of A. colubrina was probably before the diversification of other species. The low diversity in A. colubrina was possibly a consequence of its more restricted distribution and high inbreeding. The admixure of populations of A. falcata reflected a scenario of recent expansion of this species. The results suggest that the division of the species of Anadenanthera proposed by Brenan is the most suitable.

Financiadora de Estudos e Projetos The genus Trypoxylon consists of solitary wasps that build mud nests or nest in preexisting cavities, which brood cells positioned linearly are stored with paralyzed spiders. The male in species of the subgenus Trypargilum presents a singular behavior among Hymenoptera, playing the role of guard in active nests, which guarantees repeated copulations with the partner that interacts, especially before oviposition. It is expected that this behavior increases the chances of reproductive success of the guarding male. However, the constant presence of satellite males in nesting areas, associated to reports obtained in behavioral studies that pointed the receptivity of females assisted by a guarding male to extra-pair copulations, lay doubts in the effectiveness of reproductive tactics adopted by the guard. The aim of this study was to contribute to the knowledge of natural history of Trypoxylon (Trypargilum) species, through behavioral records, genetic analyzes of intranidal relatedness and analyzes of diversity and population structure. The nesting behavior of Trypoxylon agamemnon, Trypoxylon aurifrons and Trypoxylon nitidum in trap nests was recorded, mainly focusing on the interaction between the guarding male and the nesting female, beyond the role of the satellite male, who was constantly positioned near active nests. Genetic analysis of intranidal relatedness using species-specific microsatellite loci for Trypoxylon albitarse indicated that this species has a predominantly monogamous mating system, although extra-pair copulations have been detected. Since little is known about the population genetics of this group of wasps, we also present data from the genetic diversity and structure of five populations of T. albitarse, sampled in four states in Brazil, which indicated high levels of genetic diversity and significantly population structure. O gênero Trypoxylon e constituido de vespas solitárias que constroem ninhos de barro ou nidificam em cavidades preexistentes, onde células de cria dispostas linearmente são estocadas com aranhas paralisadas. O macho em especies do subgênero Trypargilum apresenta um comportamento singular entre os Hymenoptera, exercendo o papel de guarda em ninhos ativos, o que lhe garante copulas repetidas com a parceira que interage, especialmente antes da oviposição. E de se esperar que este comportamento aumente as chances de sucesso reprodutivo do macho guarda. No entanto, a presença constante de machos patrulheiros em áreas de nidificação, aliada a relatos de estudos comportamentais que apontaram a receptividade de fêmeas já assistidas por um macho guarda a copulas extrapar, coloca em duvida a efetividade da tática reprodutiva adotada pelo guarda. O objetivo deste estudo foi contribuir para o conhecimento da historia natural de especies de Trypoxylon (Trypargilum), através de registros comportamentais, analises genéticas de parentesco intranidal e analises de diversidade e estruturacao populacional. O comportamento de nidificacao de Trypoxylon agamemnon, Trypoxylon aurifrons e Trypoxylon nitidum foi registrado em ninhos-armadilha, focando principalmente a interação entre o macho guarda e a fêmea construtora, alem do papel do macho patrulheiro, que esteve constantemente posicionado próximo a ninhos ativos. Analises genéticas de parentesco intranidal utilizando locos microssatelites especie específicos de Trypoxylon albitarse indicaram que esta especie possui um sistema de acasalamento predominantemente monogâmico, apesar de copulas extrapar terem sido detectadas. Uma vez que pouco se conhece sobre a genética de populações desse grupo de vespas, apresentamos também dados referentes a diversidade e estrutura genéticas de cinco populações de T. albitarse, provenientes de quatro estados do Brasil, os quais indicaram altos índices de diversidade genética e estruturação populacional significativa.

O rio Grande é conhecido pela alta capacidade de geração de energia elétrica, e ao longo do seu leito diversas grandes usinas foram implantadas, fragmentando seu curso, alterando o ecossistema e reduzindo a biodiversidade nativa. O presente trabalho avaliou a biologia reprodutiva e a genética populacional de Prochilodus lineatus no sistema de rios Grande, Pardo e Mogi-Guaçu, entre a usina de Porto Colômbia e Cachoeira de Emas. Espécimes foram capturados bimestralmente nos seguintes pontos de amostragem: (S1) localizado no rio Grande, imediatamente a jusante da represa de Porto Colômbia; (S1') no rio Grande, imediatamente a jusante da confluência com o rio Pardo; (S2) no rio Pardo, a 110 km de S1; (S3), no rio Mogi Guaçu, região de Cachoeira de Emas, cerca de 200 km de S2 e (S4) no rio Pardo, a montante da confluência com o rio Mogi Guaçu, cerca de 40 km de S2. Para avaliação da biologia reprodutiva, os seguintes parâmetros foram analisados: índice gonadossomático (GSI), estádios de maturação gonadal, diâmetro do folículo vitelogênico, atresia folicular, fecundidade e níveis plasmáticos de esteroides sexuais. Em S1, peixes em maturação apresentaram alterações nos parâmetros reprodutivos: menor GSI, diâmetro dos folículos vitelogênicos, fecundidade e índice de atresia folicular, quando comparados a S2 e S3. A frequência de peixes em maturação foi maior nos pontos S2 e S3 e, a desova foi registrada somente em S3. A fecundidade absoluta variou de 27,55 x 10³ a 440,47 x 10³, sendo maior no ponto S2. Nos pontos S2 e S3, as concentrações séricas de testosterona e 17-estradiol de fêmeas e testosterona nos machos apresentaram grandes variações durante a maturação gonadal, enquanto peixes de S1 mostraram variações pouco significativas. Os níveis de 17-hidroxiprogesterona mantiveram-se elevados em peixes maduros nos pontos S2 e S3, onde as fêmeas alcançaram a maturação final ovocitária. Os resultados indicaram que P. lineatus não se reproduz no rio Grande (S1), mas provavelmente usa o rio Pardo (S2), como rota migratória em direção ao rio Mogi Guaçu (S3), onde completa sua maturação gonadal e desova. Para análise da estrutura populacional, amostras da nadadeira adiposa de 30 exemplares de P. lineatus foram coletadas nos pontos S1, S1, S2, S3 e S4 durante a estação reprodutiva. As amostras foram submetidas à extração de DNA, amplificação por PCR e análise de microssatélites usando-se 10 primers descritos para o gênero Prochilodus. Todos os microssatélites usados foram polimórficos, com números alelos por locus variando de 5 a 32. Dos 179 alelos detectados, 32 eram privados para o seu ponto de coleta e estavam em baixa frequência ( 0,05), sendo os dois alelos privados mais frequentes detectadas no ponto S4. Peixes do ponto S1 apresentaram maior coeficiente de endogamia, o qual apresentou correlação com características abióticas dos pontos estudados. Os dados indicam que P. lineatus não constitui uma população genética panmítica na área de estudo, mas está subdividido em três agrupamentos que coexistem e mantém um nível de estruturação baixo, que poderia não estar relacionada ao isolamento geográfico, mas a um comportamento de homing. Além disso, as populações de P. lineatus poderiam constituir uma metapopulação influenciada por uma dinâmica de fonte-sumidouro, em que os pontos localizados nos tributários (S2, S3 e S4) atuariam como fonte de indivíduos e os pontos localizados no rio principal (S1 e S1) como sumidouro. Para avaliar histopatologia hepática, amostras de fígado de P. lineatus foram coletadas nos três rios de estudo e analisados os parâmetros: ocorrência de apoptose, índice hepatossomático (HSI) e índice de lesão tecidual (IL). O IL foi calculado levando em consideração a ocorrência e importância de seis alterações teciduais: necrose, deslocamento de núcleo, infiltrado inflamatório, vacuolização citoplasmática, hiperemia e granulação citoplasmática. Diferenças significativas relacionadas ao local de coleta dos espécimes foram observadas, com peixes do ponto S1 apresentando maiores IL e ocorrência de necrose do que peixes dos pontos S2 e S3. O HSI e a ocorrência de apoptose não apresentaram diferenças significativas entre os pontos de coleta. Em conjunto, os resultados do presente estudo contribuem para a compreensão do comportamento e biologia de P. lineatus em ambiente natural, bem como fornecem parâmetros importantes para a conservação e manejo de suas populações e para a piscicultura. The Grande River is known for its high capacity of power generation, and in its channel several large plants were established, fragmenting its course, changing the ecosystem and reducing native biodiversity. The present study evaluated the reproductive biology and population genetics of Prochilodus lineatus in the system composed by Grande River, Pardo River and Mogi Guaçu River, between Porto Colombia dam and Cachoeira de Emas. Specimens were collected bimonthly at the following sampling sites: (S1) located in the Grande River, immediately downstream from the Porto Colômbia dam, (S1') in the Grande River, immediately downstream from the confluence with the Pardo River; (S2) in the Pardo River, 110 km from S1, (S3) in the Mogi Guaçu River, region of Cachoeira de Emas, about 200 km from S2, and (S4) in the Pardo River, upstream from the confluence with the Mogi Guaçu River, about 40 km from S2. To evaluate the reproductive biology, the following parameters were analyzed: gonadosomatic index (GSI), gonadal maturation stages, vitellogenic follicle diameter (OD), follicular atresia (FA), fecundity (AF) and plasmatic levels of sex steroids. In S1, maturing fish showed changes in reproductive parameters: lower values of GSI, OD, FA and AF, compared to S2 and S3. The frequency of maturing fish was higher in sites S2 and S3, and spawning was recorded only in S3. Absolute fecundity ranged from 27.55 x 10³ to 440.47 x 10³, being greater at site S2. In sites S2 and S3, seric concentrations of testosterone and 17-estradiol in females and testosterone in males showed large variations during gonadal maturation, while fish from S1 showed minor variations. The 17-hydroxyprogesterone levels remained high in mature fish in sites S2 and S3, where females reached the final oocyte maturation. The results indicated that P. lineatus does not reproduce the Grande River (S1), but probably uses the Pardo River (S2) as migratory route towards the Mogi Guaçu River (S3), where it completes its gonadal maturation and spawning. For analysis of population structure, samples of adipose fin of 30 specimens of P. lineatus were collected at sites S1, S1', S2, S3 and S4 during the breeding season. Samples were subjected to DNA extraction, PCR amplification and microsatellite analysis using 10 primers described for the genus Prochilodus. All microsatellites used were polymorphic, with numbers of alleles per locus ranging from 5 to 32. From the 179 alleles detected, 32 were private for their sample site and were at low frequency ( 0.05), and the two most frequente private alleles were detected in site S4. Fish from site S1 presented higher inbreeding coefficient, which presented correlation with abiotic characteristics of the sites studied. The data indicate that P. lineatus does not constitute a panmitic genetic population in the study area, but it is divided into three clusters which coexist and maintain a low level of structuring, which could not be related to geographic isolation, but to homing behavior. Furthermore, P. lineatus populations could constitute a metapopulation influenced by a source-sink dynamics, in which the sites located in tributaries (S2, S3 and S4) would act as sources of individuals and the sites located in the main River (S1 and S1') as a sink area. To assess hepatic histopathology, liver fragments of P. lineatus were collected in the three rivers of the study and the following parameters were analyzed: occurrence of apoptosis, hepatosomatic index (HSI), and index of tecidual injury (IL). The IL was calculated considering the occurrence and the importance of six alterations: necrosis, nuclear changes, inflammatory infiltration, vacuolation, hyperemia and cytoplasmic granulation. Significant differences related to the sample site of the specimens were observed, with fish from S1 presenting higher IL and occurrence of necrosis than fish from sites S2 and S3. The HSI and the occurrence of apoptosis showed no significant differences between the sampling sites. Together, the results of this study contribute to the understanding of the behavior and biology of P. lineatus in its natural environment, as well as provide important parameters for the conservation and management of their populations and fish farming.

Habenaria é um dos maiores gêneros de Orchidaceae, mesmo assim é muito pouco estudado. Poucas revisões e estudos taxonômicos foram feitos para o gênero e nenhuma abordagem morfométrica ou de genética de populações foi realizada até o momento. Um dos vários complexos existentes para o gênero é o formado por H. repens e morfotipos relacionados. Habenaria repens sensu lato tem distribuição do sul dos Estados Unidos ao norte da Argentina e, no Brasil, diversos variantes morfológicos semelhantes a ela podem ser encontrados. A fim de esclarecer a relação dos morfotipos existentes no Brasil com H. repens e entre eles, e de circunscrever essas entidades, foi feito um estudo com três diferentes abordagens: análise filogenética molecular, análise morfométrica multivariada e genética de populações. Ao todo, 31 populações, englobando duas espécies reconhecidas (H. repens e H. aranifera), seis morfotipos do Brasil, e uma população proveniente da localidade onde o tipo de H. repens foi coletado, nos Estados Unidos da América, foram amostrados. Dois marcadores nucleares (ITS e ETS) e dois plastidiais (matK e trnK), totalizando 3.250 caracteres, foram utilizados em análises filogenéticas. Nestas análises, foi evidenciada a existência de três clados não diretamente relacionados formados exclusivamente por entidades pertencentes ao complexo. Em um deles, mais distantemente relacionado a todos os demais, situa-se apenas o morfotipo H. aff. repens6, enquanto os outros morfotipos se dividem em dois clados maiores. Dezessete caracteres florais e três vegetativos foram utilizados em análises morfométricas com técnicas de estatística multivariada. Pouca distinção morfológica foi obtida entre os morfotipos, e nem todos os agrupamentos de populações formados coincidem com aqueles obtidos pela análise filogenética e pela genética de populações. Para esta última, cinco loci microssatélites foram amplificados para 295 indivíduos de 20 populações. Cinco agrupamentos genéticos foram identificados e estes coincidem, em grande parte, com alguns clados recuperados nas análises filogenéticas. Os padrões mais consistentes encontrados pelo conjunto dos marcadores foram: a união de três populações da forma típica de H. repens (Curitiba-PR, Anguera-BA e Areias-PB), o agrupamento dos morfotipos H. aff. repens3 e H. aff. repens4, e a discriminação de H. aranifera e das populações do morfotipo H. aff. repens7. Considerando-se todas as evidências e a congruência entre elas, é sugerido que cinco espécies sejam aceitas para o complexo no Brasil. Apesar dos morfotipos H. aff. repens3 e H. aff. repens4 serem recuperados como um único grupo pelos três marcadores empregados, estes apresentam grande variação em função de tamanho de todos os órgãos da planta (em grande parte caracteres não empregados nas análises), sendo facilmente distinguíveis, o que torna questionável a manutenção destes como um único táxon. Assim, outras análises serão realizadas para determinar se estes serão descritos como uma ou duas novas espécies. O morfotipo H. aff. repens7, que pertence ao mesmo clado dos morfotipos H. aff. repens3 e H. aff. repens4 na análise filogenética, foi possível de ser distinto tanto nesta análise quanto pelos marcadores microssatélites e pela morfometria, possuindo características diagnósticas que o sustentam como espécie distinta. O morfotipo H. aff. repens6 forma um clado muito isolado dos demais nas análises filogenéticas e, apesar de não se diferenciar nas análises morfométricas, nem mesmo foi possível de ser incluído na análise de genética de populações, pois falhou na amplificação com os primers desenhados para H. repens. Essas evidências indicam tratar-se de uma espécie distantemente relacionada e que se assemelha morfologicamente por convergência de caracteres florais. Logo, essa entidade será reconhecida como uma nova espécie sustentada por características de hábito e porte (não incluídas nas análises morfométricas). Dentro do outro clado obtido pelas análises filogenéticas, H. aranifera será mantida com o status de espécie, uma vez que foi recuperada como um grupo consistente por todos os marcadores utilizados. Os demais terminais pertencentes a esse clado, apesar de possuírem ampla variabilidade morfológica e terem sido separados por marcadores moleculares, não possuem características diagnósticas que sustentem a sua separação. Por esse motivo, todos serão aceitos como H. repens, uma espécie de ampla distribuição geográfica, com alto grau de polimorfismo e possuindo todas as características de uma ocloespécie, provavelmente constituindo um par progenitor-derivativo com H. aranifera. Habenaria is one of the largest genera of Orchidaceae, but even though, it is not well studied. Few taxonomic studies and revisions have been done so far, and none of them comprise morphometric or population genetics approaches. One of the many species complexes in the genus is the one formed by H. repens and related morphotypes. Habenaria repens sensu lato occurs from south United States of America to north Argentina and, in Brazil, many morphological variants can be found. In order to clarify the relationships between Brazilian morphotypes and H. repens, as well as the relationships among them, and circumscribe these entities, three different techniques were used: molecular phylogenetic analyses, multivariate morphometric analyses and population genetics. Thirty one populations, encompassing two known species (H. repens e H. aranifera), six Brazilian morphotypes, and one population from the locality where the species type was collected, in the United States of America, were sampled. Two nuclear markers (ITS and ETS) and two plastidial ones (matK and trnK) totalizing 3,250 characters were used in the phylogenetic analyses. In these, the existence of three clades, not directly related and formed exclusively by entities that belong to the complex, was detected. Morphotype H. aff. repens6 belongs to one of these clades, whereas the other morphotypes are separated in two bigger clades. Seventeen floral and three vegetative characters were used in morphometric analyses with multivariate statistic techniques. Little morphological distinction was found between the morphotypes, and not all the groups formed match those obtained with phylogenetic and population genetics approaches. For this last method, five microsatellite loci were amplified for 295 individuals belonging to 20 populations. Five genetic groups were identified and these match partially some of the clades recovered in the phylogenetic analyses. The most consistent patterns found by all three markers were: the reunion of three populations previously classified as the typical form of H. repens (Curitiba-PR, Anguera-BA and Areias-PB), a group with morphotypes H. aff. repens3 and H. aff. repens4, and the discrimination of H. aranifera and of the populations that form H. aff. repens7. Considering all the evidences and the congruence between them, it is suggested that at least five species be recognized in Brazil. Despite the fact that H. aff. repens3 and H. aff. repens4 form a group recovered by all markers employed, they present a large variation in the size of all plant organs (characters, in a great part, not included in the analyses), and are easily distinguishable, which makes it questionable whether they represent a single taxon or not. Therefore, other analyses must be carried out in order to determine if they should be described as one or two new species. Habenaria aff. repens7, which belongs to the same clade as H. aff. repens3 and H. aff. repens4, is distinguishable by morphological and molecular markers and possesses diagnostic features that support its recognition as a different species. Morphotype H. aff. repens6 forms a clade isolated from the others and, although it does not differentiate itself in the morphometric analyses, it was not even included in the population genetic analyses, because it failed to amplify with the primers developed for H. repens. These evidences suggest it represents a distantly related species that resembles morphologically the species that form the rest of the complex due to convergence of floral traits. Thus, this entity must be recognized as a new species supported by characters of habit and size (not included in the morphometric analyses). In regard to the other clade obtained in the phylogenetic analyses, H. aranifera will be maintained as a species, once it was recovered as a consistent group in all the analysis. The remaining terminals, in spite of having a broad morphological variability and some of them have been separated by molecular markers, do not have diagnostic characteristics that sustain more than one species. Hence, they will all be accepted under H. repens, a species with broad geographic distribution, high level of polymorphism as well as all the other attributes of an ochlospecies, probably constituting a progenitor-derivative pair with H. aranifera.

Submitted by Boris INFORMAT (boris@uerj.br) on 2021-04-26T01:10:56Z No. of bitstreams: 1 TESE Nathalia Cavaleiro 2013 versao final final.pdf: 6040191 bytes, checksum: 38826407ef29a7a6530b21c603972241 (MD5) Made available in DSpace on 2021-04-26T01:10:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE Nathalia Cavaleiro 2013 versao final final.pdf: 6040191 bytes, checksum: 38826407ef29a7a6530b21c603972241 (MD5) Previous issue date: 2013-03-28 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Crassostrea (Sacco, 1897) is the most important genus of cultivated oysters in the world and consisting of 34 species distributed by tropical and temperate regions of the globe. C. gasar and C. rhizophorae are the two native species which have wide distribution along the entire Brazilian coast up to the Caribbean. C. gasar also occurs on coast of Africa. Despite its extensive distribution and abundant availability, cultivation of those oysters in Brazil is incipient, and the correct delimitation of the existing stocks is still uncertain. The successful development of malacoculture which is recommended internationally as an environmentally sustainable form of aquaculture depends on the resolution of these issues. Thus, in order to genetically determinate their stocks in the Atlantic and to estimate their demographic history, two different molecular markers were employed: sequences of the mitochondrial DNA control region and species-specific microsatellite loci, developed in the present study. We have sequenced a fragment of the mitochondrial control region from a total of 930 individuals of C. gasar and C. rhizophorae collected in 32 localities including the Caribbean, French Guyana, Brazilian coast and Africa. We have also genotyped 1178 individuals of both species with 9 and 11 loci of microsatellites for C. gasar and C. rhizophorae, respectively. Genetic data were analyzed with different approaches (fixation (FST) and differentiation (Jost D) indices, analysis of molecular variance (AMOVA), spatial analysis of molecular variance (SAMOVA), Bayesian Skyline Plots (BSP), factorial correspondence analysis (AFC) and Bayesian attribution analysis (STRUCTURE)). The results indicated a general structure pattern, where two different stocks were detected for both species: north and south groups, where Rio de Janeiro would be the limited region between them. Higher values of fixation indices were found for C. gasar, indicating that this species would be more structured than C. rhizophorae. Demographic analyses showed a probable expansion of populations during the last glacial period and a probable American origin of African populations. All results suggested the existence of a barrier next to Rio de Janeiro, which could be Vitoria-Trindade chain and the upwelling in the region of Cabo Frio (RJ). These results will be useful to establish criteria for the selection of seeds for cultivation along the Brazilian coast which will allow proper management of stocks of oysters preventing its disappearance as in other reefs around the world. Crassostrea (Sacco, 1897) é o gênero mais importante do mundo de ostras de cultivo e consiste de 34 espécies distribuídas pelas regiões tropicais e temperadas do globo. C. gasar e C. rhizophorae são as duas espécies nativas que estão distribuídas ao longo de toda a costa do Brasil até o Caribe. C. gasar também ocorre na costa da Africa. Ainda que sua distribuição seja extensa e com disponibilidade abundante, o cultivo de ostras nativas no Brasil ainda é incipiente e a delimitação correta dos estoques mantém-se incerta. O sucesso do desenvolvimento da malacocultura, que é recomendada internacionalmente como forma sustentável de aquicultura, depende da resolução desses problemas. Assim, com o objetivo de determinar geneticamente seus estoques no Atlântico como também estimar sua história demográfica, dois diferentes marcadores moleculares foram empregados: sequências de DNA da região controle mitocondrial e loci de microssatélites espécie-especifícos, desenvolvidos no presente estudo. Foram sequenciados fragmentos da região controle de um total de 930 indivíduos de C. gasar e C. rhizophorae coletados em 32 localidades que incluíram o Caribe, a Guiana Francesa, a costa brasileira e a África. Também foram realizadas genotipagens de 1178 indivíduos, e ambas as espécies, com 9 e 11 loci de microssatélites para C. gasar e C. rhizophorae, respectivamente. Os dados genéticos foram analisados através de diferentes abordagens (índices de estruturação (FST) e de (Jost D), análise molecular de variância (AMOVA), análise espacial molecular de variância (SAMOVA), Bayesian Skyline Plots (BSP), análise fatorial de correspondência (AFC) e análise de atribuição Bayesiana (STRUCTURE)). Os resultados indicaram um padrão geral de estruturação, onde dois diferentes estoques foram detectados para ambas as espécies: grupos do norte e do sul, onde o Rio de Janeiro seria a região limitante entre os dois estoques. Os maiores valores dos índices de estruturação foram encontrados para C. gasar, indicando que esta espécie estaria mais estruturada do que C. rhizophorae. As análises demográficas indicaram uma provável expansão das populações durante o ultimo período glacial e uma possível origem americana das populações africanas. Todos os resultados sugeriram a existência de uma barreira geográfica próxima ao Rio de Janeiro, que poderia ser a cadeia de Vitória-Trindade e o fenômeno de ressurgência que ocorre em Cabo Frio (RJ). Esses resultados serão de grande utilidade para estabelecer critérios para seleção de sementes para cultivo ao longo da costa do Brasil que permitirá o manejo adequado dos estoques ostreícolas, prevenindo seu desaparecimento como já ocorrido em outros recifes no mundo.

Submitted by Boris INFORMAT (boris@uerj.br) on 2021-04-26T01:10:47Z No. of bitstreams: 1 Tese_JuliaLosadaTourinho.pdf: 4450204 bytes, checksum: 59bddd101b602af659ea900ee7954db9 (MD5) Made available in DSpace on 2021-04-26T01:10:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_JuliaLosadaTourinho.pdf: 4450204 bytes, checksum: 59bddd101b602af659ea900ee7954db9 (MD5) Previous issue date: 2013-03-27 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Panulirus argus (Latreille, 1804) is one of the main lobster species in the Atlantic, and one of the largest fisheries in the western Atlantic, with a high commercial value. The heavy exploitation of the species results in much pressure on its populations. Recently, it was discovered that under the name P. argus there are two cryptic species that occur in allopatry, one in the Caribbean and the other on the coast of Brazil. This thesis studies the population genetic structure of those two species with the purpose of providing more information to delimitate stocks for fisheries management, and for understanding the historical processes that have shaped their evolutionary demographic histories. For this, we analysed two mitochondrial markers (control region and the Cytochrome Oxidase I gene) and microsatellite markers of individuals from 7 localities in the Caribbean (Florida, Bahamas, Turks and Caicos, Puerto Rico, Cuba, Colombia, and Venezuela) and 11 States of Brazil (Pará, Maranhão, Piauí, Ceará, Rio Grande do Norte, Pernambuco, Alagoas, Bahia, Espírito Santo, Rio de Janeiro, and São Paulo). Within each species two different mitochondrial lineages were observed. They occurred throughout their distributions, and it is hypothesized that they were formed from a vicariance event with secondary contact or are the result of a genetic bottleneck followed by expansion. The lineages of P. cf. argus from Brazil were only observed in the mitochondrial control region and were separated approximately 233-288 thousand years ago, and each lineage underwent expansion at different times: the first expanded 100,000 years ago and the second 50,000 years ago. The lineages of the Caribbean species were found for the two mitochondrial markers. They were separated about 1 million years ago and have had the same expansion time, 50,000 years. Microsatellites revealed no population subdivision for either species, but the molecular markers together suggest a differential gene flow between localities exposed to different currents. Since these lobsters are heavily exploited, it is important to be conservative when defining their fishing stocks. For the species from Brazil, two fishing stocks are suggested, the first from Pará to Bahia States and the second from Southern Bahia to São Paulo State. For the species of the Caribbean, our data give support to the four stocks suggested by FAO (North, South, North Central and South Central). Panulirus argus (Latreille, 1804) é uma das principais espécies de lagosta no Atlântico, sendo um dos maiores recursos pesqueiros do Atlântico Ocidental, onde apresenta um alto valor comercial. A forte explotação da espécie resulta em uma grande pressão sobre suas populações. Recentemente, foi descoberto que sob o binômio P. argus estão contidas duas espécies crípticas que ocorrem em alopatria, uma na região do Caribe e outra na costa brasileira. Esta tese tem como objetivo estudar como se estruturam geneticamente as populações dessas duas espécies, com o propósito de fornecer mais informações para a determinação de estoques e um correto manejo das espécies, e analisar os processos históricos evolutivos que moldaram suas histórias demográficas. Para tal, foram estudados dois marcadores mitocondriais (região controle e o gene da Citocromo Oxidase I) e loci de microssatélites de indivíduos de 7 regiões do Caribe (Florida, Bahamas, Turks e Caicos, Porto Rico, Cuba, Colômbia e Venezuela) e 11 estados do Brasil (Pará, Maranhão, Piauí, Ceará, Rio Grande do Norte, Pernambuco, Alagoas, Bahia, Espírito Santo, Rio de Janeiro e São Paulo). Dentro de cada espécie foram observadas duas linhagens mitocondriais diferentes, que co-ocorriam, de maneira homogênea, ao longo de suas distribuições. Hipotetiso que essas linhagens foram formadas a partir de um evento de vicariância com contato secundário ou como consequência de um efeito gargalo seguido de expansão. As duas linhagens são evidentes nas sequências da região controle mitocondrial, mas no gene da COI foram evidentes apenas em P. cf. argus do Caribe. As linhagens do Brasil se separaram há aproximadamente 233 - 288 mil anos e cada uma sofreu expansão em tempos diferentes, a primeira se expandiu há 100 mil anos e a segunda linhagem há 50 mil anos. As linhagens do Caribe se separaram cerca de 1 milhão de anos atrás e possuem o mesmo tempo de expansão, 50 mil anos. Os microssatélites não revelaram subdivisão populacional para nenhuma das duas espécies, porém os marcadores, juntos, sugeriram um fluxo gênico diferenciado entre localidades expostas a diferentes correntes marítimas. Considerando que essas lagostas são intensamente explotadas, é importante ser cuidadoso no momento de definir estoques pesqueiros. Para a espécie do Brasil, dois estoques pesqueiros foram sugeridos, o primeiro do Pará à Bahia e o segundo do sul da Bahia a São Paulo. Para a espécie do Caribe, foi mantida e reforçada a hipótese de quatro estoques sugerida pela FAO (Norte, Sul, Centro-Norte e Centro-Sul).

Submitted by Boris Flegr (boris@uerj.br) on 2020-11-08T17:27:55Z No. of bitstreams: 1 LucianaFusinatto_PPGEE-TESE_final.pdf: 3895706 bytes, checksum: d13634e91cf7295895051a5cb4ef7cd5 (MD5) Made available in DSpace on 2020-11-08T17:27:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LucianaFusinatto_PPGEE-TESE_final.pdf: 3895706 bytes, checksum: d13634e91cf7295895051a5cb4ef7cd5 (MD5) Previous issue date: 2013-02-20 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior The Atlantic Forest (AF) is among the regions with the greatest and most threatened biodiversity in the planet. Efforts have been made in various areas of knowledge in order to get a more refined estimate of diversity and its organization throughout the biome. The growing number of studies that attempt to reconstruct the history of diversification of AF suggest a scenario spatially and temporally complex. Nevertheless, there is still a gap in the knowledge of processes on a small scale. Miniature vertebrates have been a good tool for studies of evolutionary processes on a small scale. Thus, the genus Euparkerella, endemic to a small region of the MA of the States of Rio de Janeiro (RJ) and Espírito Santo (ES), was chosen as the model for this study. In the first chapter we sought to describe the diversity within the genus through a molecular phylogeny. For this reason, we used Bayesian methods to generate genes and species genealogies trough one fragment of mitochondrial gene and four fragments of nuclear genes. The results pointed to a great cryptic diversity in the genus. We identified six evolutionary units significantly divergent for RJ: two in Euparkerella cochranae, three in Euparkerella brasiliensis, and Euparkerella sp.. The most basal species recovered was Euparkerella robusta, from ES. We estimated the early diversification of the genus to the end of the Miocene. The second chapter describes eleven microsatellite markers developed for Euparkerella brasiliensis through the method of next generation 454 pyrosequencing. In the third chapter we studied only one evolutionary unit, Euparkerella brasiliensis from Três Picos/ RJ. Trough markers of fast (microsatellites) and slow (DNA sequences) evolution we sought to understand the population s structure and dynamics of this evolutionary unit in a very small area (approx. 20 km) under the influence of an altitudinal environmental gradient (40 m - 1000 m). We identified through microsatellites two subpopulations genetically distinct on edges of the gradient. The gene flow occurred predominantly from the edges to the contact zone, where we observed the largest effective population size. These results indicate that small environmental changes can promote isolation in Euparkerella and corroborate the pattern of microendemic forms identified in the phylogeny. Future studies should be made to characterize morphologically the evolutionary units identified herein; fill gaps sampling, especially in ES, and describe the processes that operate on a small scale in the contact zones between the evolutionary units and factors that delimit their distribution. A Mata Atlântica (MA) está entre as regiões com maior biodiversidade e mais ameaçadas do planeta. Esforços em diversas áreas do conhecimento têm sido feitos para que se tenha uma estimativa mais refinada da diversidade existente e sua organização ao longo do bioma. O crescente número de estudos que buscam reconstituir a história da diversificação da MA apontam para um cenário espacial e temporal complexo, havendo ainda uma lacuna no conhecimento dos processos em pequena escala. Vertebrados em miniatura têm se mostrado uma boa ferramenta para estudos de processos evolutivos em pequena escala. Assim, o gênero Euparkerella, endêmico de uma pequena região da MA dos Estados do Rio de Janeiro (RJ) e Espírito Santo (ES), foi escolhido como modelo para este estudo. No primeiro capítulo buscou-se descrever a diversidade existente dentro do gênero a partir de uma filogenia molecular. Para isso, utilizaram-se métodos bayesianos para gerar genealogias de genes e de espécies a partir de um fragmento de gene mitocondrial e quatro fragmentos de genes nucleares. Os resultados obtidos apontaram para uma grande diversidade críptica no gênero. Foram identificadas seis unidades evolutivas significativamente divergentes para o RJ: duas em Euparkerella cochranae, três em Euparkerella brasiliensis, e Euparkerella sp.. A espécie mais basal recuperada foi Euparkerella robusta, do ES, e estimou-se o início da diversificação do gênero para o final do Mioceno. O segundo capítulo descreve onze marcadores de microssatélites desenvolvidos para Euparkerella brasiliensis através do método de pirosequenciamento de nova geração 454. No terceiro capítulo estudou-se apenas uma unidade evolutiva, Euparkerella brasiliensis da área dos Três Picos/ RJ. A partir de marcadores de evolução rápida (microssatélites) e lenta (sequências de DNA) buscou-se compreender a estrutura e a dinâmica populacional desta unidade evolutiva em uma área bastante pequena (aprox. 20 km) sob influência de um gradiente ambiental altitudinal (40 m 1000 m). Foram identificadas, a partir dos microssatélites, duas subpopulações geneticamente distintas nas bordas do gradiente. O fluxo gênico se deu predominantemente das bordas para a zona de contato, onde foi observado o maior efetivo populacional. Tais resultados indicam que pequenas variações ambientais podem atuar no isolamento populacional em Euparkerella e corroboram o padrão de formas microendêmicas identificadas na filogenia. Futuros estudos devem ser feitos no sentido de buscar caracterizar morfologicamente as unidades evolutivas aqui identificadas; preencher as lacunas amostrais, especialmente no ES; e descrever os processos que atuam em pequena escala nas zonas de contato entre as unidades evolutivas e fatores limitantes a distribuição das mesmas.

A estrutura genética espacial é a distribuição não aleatória de genótipos dentro de uma população como o resultado de fluxo gênico, deriva genética e seleção. Annona crassiflora (Annonaceae) é uma árvore hermafrodita e alógama. A sua polinização é do tipo entomófila, sendo realizada por besouros do gênero Cyclocephala (Scarabeidae). A dispersão de sementes é do tipo zoocórica, realizada principalmente por Tapirus terrestris. O objetivo desse estudo foi estudar e comparar a diversidade e a estrutura genética espacial em duas populações de Annona crassiflora, uma em área de conservação e outra em área antropizada. Foram analisadas 97 plantas provenientes de uma população da Estação Ecológica Águas Emendadas (ESECAE) no Distrito Federal e 87 plantas em Padre Bernardo (PBE) em Goiás, com base em oito locos microssatélites desenvolvidos para a espécie. Os produtos de PCR foram submetidos à análise de fragmentos no seqüenciador ABI3100, para obtenção dos genótipos. Para os oito locos analisados, o número total de alelos foi igual a 126, variando entre 6 e 23 com uma média de 15,75 alelos por loco. A riqueza alélica, por população foi maior na população de ESECAE do que na população de PBE. Foram encontrados valores de f significativos para PBE, o que sugere que existe endogamia, ou seja, há cruzamento de indivíduos aparentados dentro dessa população. Na população de ESECAE foi observado valor de f não significativo indicando ausência de endogamia nesta população, ou seja, as freqüências alélicas estão seguindo as proporções esperadas para o equilíbrio de Hardy-Weinberg. A análise de estrutura genética espacial na população de ESECAE revelou uma tendência de pequena magnitude à estruturação genética espacial (b=-0,00478; R2=0,001; p=0,0257).Na população de PBE, a análise de estrutura genética espacial revelou que o coeficiente de parentesco está relacionado com o logaritmo da distância, apresentando um modelo de fluxo gênico de isolamento por distância (b=-0,01958; R² = 0,001; p < 0,0001).O valor global de F foi significativo e igual a 0,309 e o valor de θ apresentou-se alto e significativo (0,239).Foi encontrada uma pequena diferença entre as estimativas de θ e Rst (p=0,064). Sob o teste de bottleneck as populações não se mostraram em equilíbrio Mutação-Deriva. O estudo revela que a fragmentação pode estar influenciando negativamente a dinâmica evolutiva da espécie. A forte endogamia na área fragmentada, alta diferenciação genética entre as populações e estruturação espacial dos indivíduos permite inferir que a conservação da espécie é de extrema importância, pois além do intenso extrativismo, a espécie possui baixas taxas de frutificação e problemas de germinação. Eventos que favorecem ainda mais probabilidade de extinção. The spatial genetic structure is the non-random distribution of genotypes within a population as the outcome of gene flow, genetic drift and selection. Annona crassiflora (Annonaceae) is a hermaphroditic tree. Pollination is entomophilous, being carried by beetles of the genus Cyclocephala (Scarabeidae). Seed dispersal is zoochorous mainly done by Tapirus terrestris. This study aimed to compare the genetic diversity and spatial genetic structure in two populations of Annona crassiflora, one in a conserved area and other in a disturbed area. We analyzed 97 plants from a population at the Ecological Station of Águas Emendadas (ESECAE) in the Federal District (conserved area) and 87 plants in Padre Bernardo (PBE), Goiás (disturbed area), based on eight microsatellite loci developed for the species. PCR products were electrophoresed in ABI3100 automatic DNA sequencer to obtain the genotypes. For a total of eight loci, the number of alleles ranged from 6 to 23 with an average of 15,75 alleles per locus.The allelic richness per population was larger in ESECAE population than PBE population. Expected and observed heterozygosity values were 0,614±0,145 and 0,499±0,181, significant f values were found for PBE, showing nonrandom mating. In ESECAE population expected and observed heterozygosity values were 0,746±0,134 and 0,723±0,173 and f value were not significant, suggesting random mating, the allele frequencies are following the expected ratios for the Hardy-Weinberg equilibrium (p

Universidade Federal de Sao Carlos The Africanization process through the Americas started in 1956 with the introduction in Rio Claro (SP) of Apis mellifera scutellata queens from South Africa. The resultant alterations of this process in the characteristics of the preexisting honeybee populations have been measured through several methods, including morphometry, allozymes, mitochondrial DNA patterns and in a lower degree the microsatellite loci. The aim of this study was to determine the genetic structure of the A. mellifera Africanized populations from seven countries of South and Central Americas, employing 12 microsatellite loci. Parental populations from Europe and Africa were used as control. The results obtained from 2034 colonies analyzed indicated that the American Africanized populations presented a high variability and have essentially an African genetic constitution. The South region of Argentina is an exception since those samples keep the variation patterns of the European populations, with a lower degree of polymorphism. However, the presence of Africanized honeybees in high altitudes and low temperatures observed in Colombia indicate that the restrictions for the colonization of temperate regions by the Africanized swarms are not only due to the temperature. Concerning to the low frequencies of the European patterns in the Africanized populations, the contribution of genes characteristics of subspecies from the M lineage (A. m. iberiensis) is higher, with a very low proportion of C lineage genes (A. m. ligustica). Results of population structure indicate that the Africanized populations are genetically low differentiated. Even though a low fraction of European genes exists in the Africanized populations, we can affirm that the genetic constitution of the honeybees of Americas is a straight result of the introduction of A. m. scutellata in Brazil. O processo de africanização da abelha melífera pelas Américas teve início em 1956 com a introdução em Rio Claro (SP) de rainhas de Apis mellifera scutellata oriundas da África do Sul. As alterações resultantes deste processo nas características das populações preexistentes têm sido mensuradas por métodos distintos, dentre os quais se destacam a análise morfométrica, alozímica, padrões do DNA mitocondrial e, em menor grau, os locos microssatélites. Este trabalho objetivou determinar a estrutura genética de populações africanizadas de A. mellifera provenientes de sete países das Américas do Sul e Central a partir da análise de 12 locos microssatélites. Populações parentais da Europa e África foram utilizadas como controle. Os resultados obtidos após análise de 2.034 colônias indicam que as populações africanizadas das Américas apresentam elevada variabilidade e uma constituição genética essencialmente africana. Exceção a esta observação ocorre na região sul da Argentina, cujas amostras analisadas mantêm o padrão de variação das populações de origem européia, com menor grau de variação. No entanto, a presença das abelhas africanizadas em elevadas altitudes e baixas temperaturas na Colômbia sugere que as restrições à colonização de regiões temperadas pelos enxames africanizados não se devem somente à temperatura. Em meio à baixa freqüência de padrões europeus nas populações africanizadas analisadas, destaca-se a contribuição de genes característicos de subespécies da linhagem M (A. m. iberiensis) e uma proporção muito baixa de genes da linhagem C (A. m. ligustica). Os resultados de estruturação populacional indicam que as populações africanizadas são pouco diferenciadas geneticamente e, embora a pequena fração de genes europeus, pode-se afirmar que a constituição genética das abelhas melíferas hoje nas Américas é resultado direto da referia introdução de A. m. scutellata no Brasil.

Universidade Federal de Minas Gerais The Tribe Euglossini consists of relatively large bees, with metallic skin and bright color. Their extremely long tong enables them to use nectar resources that are inaccessible to other bees. Equipped with high capacity of dispersal, they are able to survive in disturbed environments, and compose even 25% of bees diversity in some forests. As important pollinators of many Angiosperms, especially Orchidaceae, they are fundamental to maintaining the stability of plant communities. Some species of the tribe are abundant in cities, in particular, Euglossa cordata. The genetic variability of five urban populations of this species was estimated by López-Uribe (2006) in adults caught while they were collecting nectar in flowers of Thevetia peruviana. The lack of structure found from nuclear loci (allozymes) and significant population structure for the 16S mitochondrial region are evidences that males and females showed different patterns of dispersion, where females are philopatrics while males are dispersers. To corroborate this hypothesis, this study aimed to determine the genetic structure of populations of E. cordata collected in flowers of T. peruviana in cities along a north/south transect of the State of São Paulo using mitochondrial and nuclear genetic data. The genetic differentiation found in the examined 12 populations was significant for the data sequence of mitochondrial cytb region (Fst=0.15; P0.05). Allozymes loci were analyzed with the primary purpose of checking the individuals species; most polymorphisms showed that the populations are homogeneous, similar to the microsatellite data. Thus, our data from nuclear genes strongly suggest that there is no evidence of population structure in E. cordata, whereas mitochondrial data suggest structured population and that geographical proximity influence the events of colonization. Our results indicate that dispersal and colonization in E. cordata are characteristic attributes of males and females, respectively. A tribo Euglossini é constituída por abelhas relativamente grandes, que possuem tegumento metálico, de coloração brilhante. Sua língua é extremamente longa, o que possibilita utilizar recursos de néctar inacessíveis a outras abelhas. Dotadas de alta capacidade de dispersão, são capazes de sobreviver em ambientes perturbados, além de constituírem até 25% da diversidade de abelhas em algumas matas. São importantes polinizadores de diversas Angiospermas, especialmente de Orchidaceae, sendo fundamentais para a manutenção da estabilidade das comunidades vegetais onde se encontram. Algumas espécies da tribo são abundantes nas cidades, em particular, Euglossa cordata. A variabilidade genética de cinco populações urbanas desta espécie foi estimada por López-Uribe (2006) em adultos coletados em flores de Thevetia peruviana durante a coleta de néctar. A ausência de estruturação verificada a partir de locos nucleares alozímicos e a significativa estruturação populacional para a região 16S mitocondrial indicavam que machos e fêmeas apresentavam padrão de dispersão distinto, em que as fêmeas eram filopátricas, enquanto os machos eram os dispersores. Para corroborar esta hipótese, este trabalho teve como objetivo determinar por meio de marcadores genéticos mitocondriais e nucleares a estrutura genética de populações de E. cordata coletadas em flores de T. peruviana em cidades ao longo de um transecto norte/sul do Estado de São Paulo. A diferenciação genética encontrada para 12 populações analisadas foi significativa para os dados de seqüência da região mitocondrial cytb (Fst=0,15; P0,05). Locos alozímicos também foram analisados, com o intuito principal de verificar a espécie dos indivíduos; a maioria dos polimorfismos demonstraram que as populações são homogêneas, semelhantemente aos dados de microssatélites. Assim, nossos dados de genes nucleares indicam fortemente que não há indícios de estruturação populacional em E. cordata, enquanto que os dados mitocondriais parecem indicar estruturação populacional e que a proximidade geográfica influencia os eventos de colonização. Neste sentido, os dados indicam que dispersão e colonização em E. cordata são atributos característicos de machos e fêmeas, respectivamente.

Universidade Federal de Sao Carlos Shrimp catch is one of the main fishing activities in the world, mostly for the high value of commercialization reached by shrimp meat. Biological characteristics of penaeids make this group of shrimps aspirant to show different levels of population structure. Penaeid species like Farfantepenaeus brasiliensis are dependent of the estuary to complete its life cycle. Thus, the aim of this work was to evaluate if populations of F. brasiliensis, from the coast of Rio Grande do Norte, are structured by morphometrical and molecular analysis. Several measurements (Lt, Lc, La and weight) were recorded for each specimen. Divergence between places has been evaluated by univariate (ANOVA) and multivaried (Discriminant Analysis) techniques. FSTAT and GENEPOP were used to get the molecular levels of genetic variability in each population, as well as, comparisons between populations. The frequentist and bayesian methods were used to detect migrants in GENECLASS software. The results of the 3 morphometric analysis pointed out differences between sex-ratio in all analyzed localities. These results probably are related with differences in growth rate between sex and/or spatial stratification. Significant morphometric differences were obtained between populations by the univariate and multivaried methods. These differences could be consequence of the estuary necessity to complete the life cycle in F. brasiliensis. Likewise, local differences could contribute for these results. Females were more divergent among different areas than males. This result also could be a reflex of the biological characteristics of this species, due to the great relation between the spawning places and the females. The interval between insemination and spawning in shrimp females can be of 10 to 20 days. The molecular results showed medium levels of genetic variability in the analyzed localities. When compared with other species from the same family Ho varied between 0,471 and 0,540. The FST values did not showed genetic structure. However, these results could reflect the low number of analyzed loci, or the predominance of females in the samples, a characteristic inherent of the penaeids. The procedure used to detect migrants did not support the existence of migrants among evaluated populations; however some individuals had been excluded from all populations, probably belonging to other populations not sampled. In such a way, the set of results obtained, plus the biological characteristics of this species, and the distinct environmental characteristics among areas allow us to infer an existence of at least two F. brasiliensis stocks in Rio Grande do Norte coast. A captura de camarões é uma das atividades pesqueiras de maior importância no mundo, principalmente pelo alto valor de comercialização alcançado por sua carne. Características biológicas dos peneídos fazem deste grupo de camarões candidatos a apresentarem algum grau de estruturação populacional, já que espécies como Farfantepenaeus brasiliensis apresentam certa dependência da presença de estuários para completarem seu ciclo de vida. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi avaliar como estão estruturadas as populações de F. brasiliensis na costa do Estado do Rio Grande do Norte por meio de análises morfométricas e moleculares. Para tanto, mensurações (Ct, Cc, Ca e peso) foram obtidas de cada exemplar analisado. Diferencças entre locais foram avaliadas por meio de técnicas univariadas (ANOVA) e multivariadas (Análise discriminante). Os programas FSTAT e GENEPOP foram utilizadados para se obter os níveis de variabilidade genética das populações, bem como, as comparações moleculares entre populações. Para detecção de migrantes os métodos frequentista e bayesiano do software GENECLASS foram adotados. Os resultados das análises morfométricas apontam diferenças nas proporções dos sexos em cada localidade analisada, que podem ser relacionadas a diferenças nas taxas de crescimento entre sexos e/ou estratificação espacial diferencial. Diferenças morfométricas significativas entre os locais foram evidentes tanto por técnicas univariadas como multivariadas. Estas diferenças podem ser resultados da necessidade dos estuários para completar o ciclo de vida por esta espécie, bem como, em virtude das diferenças exitentes entre os estuários presentes nas localidades analisadas. Fêmeas se mostraram mais diferenciadas entre locais que machos. Este resultado também pode ser reflexo de características biológicas da espécie, haja vista que o local de desova guarda grande relação com as fêmeas desta espécie que da inseminação a desova podem levar 2 de 10 a 20 dias. Os resultados moleculares mostraram níveis medianos de variabilidade genética nos locais analisadas, Ho variando entre 0,471 0,540, quando comparadas a outras espécies da mesma família. Os valores de FST obtidos não evidenciaram estruturação genética, no entanto, estes resultados podem ser tanto reflexo do baixo número de locos analisados, como da característica dos peneídeos de um predomíneo de fêmeas nas amostras. O procedimento utilizado para a detecção de migrantes não evidenciou a existência destes entre as populações avaliadas, no entanto, foram identificados indivíduos que foram excluídos de todas as populações podendo pertencer a outras populações não amostradas. Desta forma, o conjunto de resultados obtidos, somados as características biológicas da espécie, e as características ambientais distintas entre locais, nos permitem inferir a existência de pelo menos dois estoques de F. brasiliensis na costa do Rio Grande do Norte.

Financiadora de Estudos e Projetos Shrimp capture is one of the most important fishing activities and has been growing in the last years due to an increment in the fishing effort and the larger number and enhanced fishing power of the shrimp boats. Thus, most of the penaeid stocks are being threatened by overexploitation. For our object of study we used the marine shrimp species Rimapenaeus constrictus, captured off the coast of Guarapari, Espírito Santo and the coast of Ubatuba, São Paulo. These points were strategically chosen since they are located above and below the Cabo Frio upwelling, a potential geographic barrier for the dispersion of marine organisms. Genetic studies, through the development and analysis of molecular microsatellite markers, and morphometric studies were performed in order to determine if there is any structure in the populations of this region. The HE and HO values of the four developed polymorphic microsatellite loci were 0.502 and 0.283 for Ubatuba and 0.473 and 0.374 for Guarapari. The FST estimate between the populations (0.0012; p = 0.1500) and probability (Bayesian method; p = 0.993) indicate that these populations behave as a single one, contrasting with the results of the multivariate analyses of the morphometric data. The gene flow rate between the populations may be attributed to the pronounced larval dispersion led by the surface current system of the Brazilian coast. Different patterns of growth and weight gain may have been responsible for the structure based on the morphometric data. Although a raise in the sample and microsatellite numbers are necessary, this study was valuable as it produced knowledge that is useful for the conservation of this species. A captura de camarões é uma das atividades pesqueiras de maior importância e que vem aumentando nos últimos anos em decorrência de um incremento do esforço de pesca e de um maior número e poder de pesca das embarcações. Desta forma, a maioria dos estoques de peneídeos está sendo ameaçada por uma superexploração. Utilizamos como objeto desse estudo a espécie de camarão marinho Rimapenaeus constrictus, capturada no litoral de Guarapari, Espírito Santo e no litoral de Ubatuba, São Paulo. Esses pontos foram estrategicamente escolhidos por situarem-se ao norte e ao sul da Ressurgência de Cabo Frio, uma possível barreira geográfica para dispersão de organismos marinhos. Estudos morfométricos e genéticos, por meio de desenvolvimento e análise de marcadores moleculares microssatélites, foram realizados a fim de desvendar se há estruturação nas populações dessa região. Os valores de HE e HO, para os quatro locos microssatélites polimórficos desenvolvidos, foram de 0,502 e 0,283 em Ubatuba e de 0,473 e 0,374 em Guarapari. Os valores da estimativa FST entre as populações (0,0012; p=0,1500) e de probabilidade (método Bayesiano) (p=0,993) indicaram que essas populações se comportam como uma metapopulação, contrastando com resultados das análises multivariadas dos dados morfométricos. Estes resultados podem ser reflexos do fluxo gênico existente entre estas populações, devido à grande dispersão larval provocada pelo sistema de correntes de superfície da costa brasileira e no caso da estruturação apontada pelos dados morfométricos, devido à padrões de crescimento e ganho de peso diferenciado.

Universidade Federal de Sao Carlos This study evaluates the levels of variability, genetic structure, and phylogeographical patterns of wild populations of Jabiru Storks (Jabiru mycteria) and Wood Storks (Mycteria americana). These species belong to the family Ciconiidae and present similar morphology, distribution, and ecological requirements. However, the Jabiru Stork is resident and Wood Stork is migratory. Sequences of 549 base pairs (bp) of the first domain of the mitochondrial DNA (mtDNA) control region (CRI) and 822 bp of ND2 gene (ND2), and four heterologous microsatellite loci were used in a survey covering the entire range of Jabiru Storks (72 specimens from Central America, northern and central South America). A lack of diversity was detected in both mtDNA fragments of Central American samples analyzed. The smaller population size of Central American Jabiru Storks population and its demographic decline were potentially responsible for the lower variability observed in this area. Significant genetic differentiation was detected among locations (CRI, Фst = 0.1767; ND2, Фst = 0.4442; microsatellites, Fst = 0.1044). The recent habitat fragmentation and the limited dispersal of Jabiru Storks were likely causes of the high level of differentiation that we detected. Samples of Wood Storks collected in eight Pantanal colonies (n = 48) and eight southeast United States (US) colonies (n = 40) were analyzed using CRI sequences (464bp). A lack of differentiation was detected among colonies in the Pantanal (Fst = -0.015) and also among those sampled in the US (Fst = -0.043), suggesting high levels of gene flow among colonies, or even recent colonization followed by expansion in those areas. A further comparison between Pantanal and US samples revealed significant genetic structure (Fst = 0.059), which indicates that gene flow is limited between these population units. The phylogeographical analysis suggested a historical relationship between Pantanal and US populations. We hypothesize that during the last glaciation maximum, birds moved to more climatically stable areas near the equatorial region, where higher levels of gene flow then occurred. Demographic expansions in the Pantanal region was evidenced in the mtDNA analysis of both species, and might be associated with the recent formation of this wetland areas following increased temperatures and humidity in the Holocene. Este estudo estimou os níveis de variabilidade e estruturação genética e os padrões filogeográficos de populações naturais de tuiuiús (Jabiru mycteria) e de cabeças-secas (Mycteria americana), no continente americano. Ambas as espécies pertencem à família Ciconiidae, apresentam distribuição geográfica, morfologia e biologia similares, porém o tuiuiú é residente, enquanto que o cabeça-seca é migratório. Seqüências do DNA mitocondrial (DNAmit) do primeiro domínio da região controladora (CRI, 549 pb) e do gene ND2 (ND2, 822 pb) e quatro locos de microssatélites heterólogos foram utilizados nas análises das amostras de tuiuiús, coletadas nas áreas de reprodução na América Central, no norte e no centro da América do Sul (n = 72). Ausência de diversidade foi detectada nos fragmentos do DNAmit estudados nas amostras de tuiuiús coletadas na América Central. O tamanho populacional menor e o declínio demográfico ocorrido na América Central foram considerados para explicar o baixo nível de diversidade observado nessa população de tuiuiús. Foi observada diferenciação genética significativa entre as localidades amostradas (CRI, Фst = 0.1767; ND2, Фst = 0.4442; microssatélites, Fst = 0.1044). A recente fragmentação do habitat e a dispersão limitada dos tuiuiús entre as áreas amostradas foram discutidas como prováveis causas da alta diferenciação genética observada. Seqüências de 464 pb do CRI foram analisadas em amostras das colônias de cabeças-secas coletadas no Pantanal (n =48) e das colônias do sudeste dos Estados Unidos (EUA) (n = 40). Não foi observada diferenciação genética significativa entre as amostras regionais (Pantanal, Fst = -0.015; EUA, Fst = -0.043), sugerindo ocorrência de fluxo gênico intenso ou recente colonização com expansão dessas populações, no Pantanal e nos EUA. Subdivisão populacional significativa foi observada, entretanto, entre as amostras do Pantanal e a do sudeste dos EUA (Fst = 0.059), indicando que o fluxo contemporâneo entre essas populações é limitado. A análise filogeográfica sugeriu ocorrência níveis intensos de fluxo gênico histórico entre as populações do Pantanal e dos EUA. Esse fluxo pode ter sido favorecido quando mudanças climáticas ocorreram no último período glacial, forçando o deslocamento dessas aves para regiões climaticamente mais estáveis e aumentando a possibilidade de trocas gênicas entre elas. Resultados indicativos de expansão demográfica recente na região do Pantanal foram evidenciados pelas análises das seqüências de DNAmit em ambas espécies e podem estar associados à recente formação desta planície alagável.

Universidade Federal de Sao Carlos The natural populations of the white shrimp Litopenaeus schmitti are being threatened by intensive fishing, habitat destruction and introduction of exotic culture species. This species presents characteristics related to its distribution and life cycle that may lead to the fine-scale structuring of its populations. The results obtained in the present work by biometric and microsatellite analysis indicated the existence of genetic and morphological structure between three populations sampled off the coast of the State of Rio Grande do Norte. This structuring was more pronounced for females than males, observing the significant differentiation between Diogo Lopes x Touros and Diogo Lopes x Baía Formosa. The factors responsible for this differentiation seem to be related to the habitat and life cycle of the shrimp and the ocean currents. No population was in the Hardy- Weinberg equilibrium, probably due to the significant heterozygote deficit (FIS=0,212, p

Universidade Federal de Minas Gerais "Curimbatá-pióa ", Prochilodus costatus (Valenciennes, 1850), is an endemic species from São Francisco river basin, with migratory habits, with important ecological role and of fishing importance. The present study aimed to assess the genetic variation in Prochilodus costatus in order to verify the occurrence of population genetic structure and to produce knowledge that contributes to the conservation of the species. Genetic variation was studied at three sites downstream of the Três Marias dam (MG) through six specific microsatellites loci, isolated and characterized in this study. The loci were amplified through PCR (polymerase chain reaction) and the individuals were genotyped in an automated sequencer. The statistical analyses were accomplished through the softwares GENEPOP 3.3 and FSTAT 2.9.3.2. Fish from the three sites had quite similar genetic diversity levels and they did not show genetic differentiation to each other, suggesting that P. costatus might represent a single reproductive unit in the high-middle São Francisco River. These findings are comparable to those previously obtained in the sister-species P. argenteus and should be important for futures management plans that seek the conservation of this species. O curimbatá-pióa , Prochilodus costatus (Valenciennes, 1850), é uma espécie endêmica da bacia do Rio São Francisco, de hábitos migratórios, de importante função ecológica e importância pesqueira. O presente estudo propôs-se a estudar a variação genética em Prochilodus costatus para verificar a ocorrência de estruturação genética populacional e produzir conhecimentos que contribuam para a conservação da espécie. A variação genética foi estudada em três localidades à jusante da barragem de Três Marias (MG), utilizando-se seis loci de microssatélites específicos, isolados e caracterizados neste trabalho. Os loci foram amplificados via PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) e os indivíduos genotipados em seqüenciador automático. As análises estatísticas foram realizadas através dos programas computacionais GENEPOP 3.3 e FSTAT 2.9.3.2. Os peixes das três localidades apresentaram níveis de diversidade genética bastante similares, e não apresentaram diferenciação genética entre si, sugerindo que P. costatus possa representar uma simples unidade reprodutiva na região do alto-médio Rio São Francisco. Esses achados são comparáveis ao observado em estudos prévios na espécie-irmã P. argenteus e devem ser importantes para futuros planos de manejo que visem à conservação dessa espécie.

Universidade Federal de Minas Gerais The Brazilian coast extends over nearly 8,000km. Along the coastline, several marine ecosystems can be found and determine a rich ichthyofauna, regarding both diversity and number of species. The reef sites are characterized as the main reason for such abundance. As a paradox, genetic studies aiming to characterize the several species and populations from this environment are nearly absent in Brazil. Based on these statements, the major goals of the present work were to analyze the population structure and the relationship among marine fish species from a Perciform family, common at coral reefs and important for aquarium trade Pomacanthidae. The selected species were Centropyge aurantonotus, Holacanthus ciliaris, H. tricolor, Pomacanthus arcuatus and P. paru, distributed over nearly all the Brazilian shore, besides another species from the family Chaetodontidae, closely related to that focused in this work - Chaetodon striatus. For that, molecular markers obtained from analyses of genomic DNA by RAPD and microsatellites were adopted. The results based on RAPD profiles, from a set of primers, indicate that species from both families show a high genetic variability, with inter-specific and inter-populational differences. Specific marks were found in all species, useful for the establishment of phylogenetic relationships and taxonomical discrimination. The dendrogram generated allowed to distinguish each species, revealing that those from a same genus are more closely related. Albeit the values of gene flow and genetic identity were relatively high after inter-populational comparisons, indications of structuring along the Brazilian Province were detected, particularly if we consider φs t values. The most conspicuous species along the coast, composing widely distributed populations, tended to exhibit greater genetic similarities among samples. Animals from oceanic isolates were not quite differentiated from inshore populations, but showed decreased variability. The isolation and characterization of microsatellites in the species P. paru and H. ciliaris, according to PIMA (PCR isolation of microsatellite arrays) methodology, allowed us to select several microsatellite loci, useful for populational approaches. Primers flanking such regions were designed and it was verified that one locus, called Pp02 was polymorphic and it is present in Pomacanthus and Holacanthus representatives. The populational analyses of the locus Pp02 in P. paru revealed significant values of Fst and genetic differentiation, in agreement with population structure hypothesis. These data, described for the first time, are useful for the conservation management of such exploited animals and for the inferences of dispersal and populational composition of reef species from the Brazilian Province. A costa brasileira apresenta cerca de 8.000 Km de extensão. Ao longo do litoral, diversos ecossistemas marinhos podem ser encontrados e determinam uma ictiofauna rica tanto em diversidade quanto quantidade de espécies. Os ambientes recifais são caracterizados como os maiores responsáveis por tal abundância. Paradoxalmente, estudos genéticos que procurem caracterizar as muitas de suas espécies e populações são praticamente ausentes no Brasil. Com base nessas premissas, esse trabalho teve como objetivos básicos analisar a estrutura populacional e a relação entre espécies de peixes marinhos em uma família de Perciformes comum nos recifes e importante para aquariofilia Pomacanthidae. As espécies selecionadas foram Centropyge aurantonotus, Holacanthus ciliaris, H. tricolor, Pomacanthus arcuatus e P. paru, com ocorrência ao longo de quase todo o litoral do Brasil, além de uma espécie adicional da família Chaetodontidae, intimamente relacionada com a enfocada nesse trabalho - Chaetodon striatus. Para tal, marcadores moleculares a partir da análise do DNA genômico por RAPD e microssatélites foram adotados. Os resultados obtidos com as análises por RAPD, a partir de um conjunto de primers, indicam que as espécies dessas famílias apresentam alta variabilidade genética, com diferenças interespecíficas e interpopulacionais. Marcas específicas foram detectadas em todas as espécies, úteis para a identificação e estabelecimento das relações filogenéticas das espécies. O dendrograma obtido permitiu distinguir cada espécie, revelando que aquelas do mesmo gênero estão intimamente relacionadas. Embora os valores de fluxo gênico e de identidade genética tenham sido relativamente altos nas comparações interpopulacionais, indícios de estruturação ao longo da Província do Brasil foram detectados, particularmente se considerarmos os valores de φs t. As espécies mais conspícuas ao longo do litoral, formando populações de distribuição mais ampla, foram as que apresentaram maior similaridade genética entre as regiões. Animais de isolados oceânicos não se mostraram tão diferenciados de populações costeiras, mas apresentaram variabilidade reduzida. A prospecção de microssatélites nas espécies P. paru e H. ciliaris, pelo método PIMA (PCR isolation of microssatelite arrays) permi tiu a seleção de alguns locos microssatélites, informativos para abordagens populacionais. Os primers das regiões flanqueadoras desses locos foram desenhados e foi verificado que um deles, denominado Pp02, é polimórfico e está presente nas espécies de Pomacanthus e Holacanthus. A análise populacional desse loco em P. paru revelou índices significativos de Fst e de diferenciação genética, condizentes com estruturação populacional. Esses dados, até então inéditos, são importantes para o manejo de conservação desses animais comercialmente explorados e permitem inferir padrões de dispersão e composição populacional das espécies recifais da Província Brasileira.