Search

Polikistik over sendromu (PKOS), üreme çağındaki kadınlarda sıklıkla görülen ve yumurtlama sorunlarına bağlı infertilitenin en önemli nedeni olan endokrin ve metabolik düzensizliktir. PKOS'un nedenleri tam anlaşılmamakla birlikte, sendromda folikülün ve yumurtanın tam olarak olgunlaşamadığı, sonucunda kistik foliküllerin yumurtalık içerisinde biriktiği ve metabolik düzensizlikleri beraberinde getirdiği bilinmektedir. Yumurta hücresi kümülüs granüloza hücreleri (KGH) ile çevrelenmiş durumdadır. Bu hücreler folikül içeriğini düzenlemekten ve steroid hormonların salgılanmasından sorumlu olan mural granüloza hücreleri (MGH) ile birlikte folikülü oluşturmaktadır.Bu çalışmada aynı öncül hücreden köken alan (öncül granüloza hücreleri) bu iki somatik hücre grubu arasında PKOS'ta değişiklik gösteren mRNA ve miRNA ifadeleri incelenmektedir. Tez kapsamında literatürde bulunan bağımsız mikrodizin verileri naiv meta-analiz yöntemi ile analiz edilmiş, daha önceki çalışmada PKOS-kontrol grupları arasında MGH'lerde ifade farklılığı gösteren miRNA ifadeleri PKOS grubunda MGH-KGH sınıfları arasında araştırılmış ve mRNA-miRNA ilişkisinden yola çıkılarak PKOS'ta rol oynadığı bilinen yolakların bu iki hücre grubu arasındaki ifade düzensizlikleri araştırılmıştır.Tez çalışması sonucunda daha önce PKOS ile ilişkisi tespit edilmiş 7 miRNA'dan 5 tanesinin MGH-KGH sınıfları arasında ifade farklılığı gösterdiği tespit edilmiştir. Bu miRNA'lara ait potansiyel hedefler biyoinformatik olarak tespit edilmiş, naiv meta-analiz sonucunda PKOS-spesifik olarak ifade farklılığı gösterdiği tespit edilen 1372 gen ile kesiştirilerek ortak bir mRNA listesi elde edilmiştir. Ortak liste ile yapılan yolak analizleri sonucunda genlerin literatürde PKOS ile ilişkilendirilmiş MAPK, insülin, Wnt, TGF-β gibi yolaklarda zenginleştiği tespit edilmiştir. Elde edilen veriler miRNA ve mRNA moleküllerinin yumurta mikroçevresindeki bu somatik hücrelerde değişen ifadelerinin, yumurta-folikül olgunlaşmasını etkileyerek PKOS'un gelişiminde rol oynayabileceğini göstermektedir. Polycystic ovary syndrome (PCOS) is an endocrine and metabolic disorder which is the most common cause of infertility due to ovulation problems. Although the causes of PCOS are not fully understood, it is known that the follicle and oocyte do not fully mature in the syndrome, as a result cystic follicle accumulate in the ovary and cause metabolic disorders. The oocyte is surrounded by the cumulus granulosa cells (CCs), which are responsible for regulating follicle content and secreting steroid hormones, and the mural granulosa cells (MGCs).In this study, mRNA and miRNA expressions were identified between these two somatic cell groups originating from the same precursor cell (precursor granulosa cells) in PCOS. The independent microarray data in the literature were analyzed by naive meta-analysis method. Also, the expression profiles of miRNAs, which had been identified in our previous study between PCOS-control groups in MGCs, between MGCs and CCs in PCOS were identified. In addition, pathway dysregulations in PCOS between these somatic cells were investigated based on the mRNA-miRNA relationship.As a result of this thesis, it was identified that 5 of 7 miRNAs that were previously associated with PCOS showed expression differences between MGC-CC classes. Potential targets of these miRNAs were bioinformatically identified, and a common list of mRNAs was obtained by crossing with 1372 PCOS-specific genes which were identified from naive met-analysis. As a result of the common list pathway analysis, genes were found to be enriched in pathways such as MAPK, insulin, Wnt, TGF-β, which were related with PCOS in the literature. The data obtained show that changing expressions of miRNA and mRNA molecules in these somatic cells in the oocyte microenvironment may play a role in the development of PCOS by affecting oocyte-follicle maturation. 116

Meme kanseri, dünya çapında tanı konan ve yaşamları boyunca yaklaşık sekiz kadından birini etkileyen en yaygın ikinci kanserdir. Klinik ve biyolojik heterojenitesine rağmen, meme kanseri 50 gen imza (PAM50) veya immünhistokimyasal belirteçlerin gen ifade profillemesine dayanan altı moleküler alt tipe gruplandırılabilir: Luminal A, Luminal B, insan epidermal büyüme faktörü reseptör 2 (HER2) pozitif, claudin-düşük, bazal benzeri ve normal meme benzeri. HER2 amplifikasyonu ve / veya aşırı ekspresyonu olan tümörler, HER2-pozitif alt tipine sınıflandırılır. Üçlü-negatif meme kanseri (TNBC), ER, PR ve HER2 ekspresyonu olmayan tümörleri temsil eder ve büyük ölçüde bazal alt tip ile örtüşür. miRNA'lar 21-25 nükleotidden oluşan RNA ailesi üyesi olup çoklu hedef genlerin düzenlenmesi yoluyla çeşitli hücresel yolakları düzenlerler. Daha yakın yıllarda, kanser biyobelirteçleri olarak mikroRNA'ların (miRNA) ortaya çıkması meme kanserinin `moleküler imzasının` belirlenmesine farklı bir boyut kazandırmıştır. Tez çalışması kapsamında tamoxifen ve trastuzumab cevabı olarak belirlemiş olduğumuz miR-770-5p'nin ilaç ile birlikte (trastuzumab veya tamoxifen) ya da tek başına reseptör pozitif meme kanseri hücrelerdeki ve TNBC hücrelerindeki potansiyel etki mekenizmasının açıklanması hedeflenmiştir. Çalışmada 3 farklı ER (+) / HER2 (+) hücre hattı (MCF-7, BT-474, SK-BR-3) ve 4 farklı TNBC hücre hattı (MDA-MB-231, MDA-MB-468, MDA-MB-157 ve BT-20) kullanılmış, miR-770-5p'nin bu hücrelerde proliferasyon, motilite ve invazyon üzerine etkisi ve bu süreçlerdeki moleküler etki mekanizması araştırılmıştır. Bu amaçla WST1, Wound healing assay ve xCELLigence real-time cell analyzer yardımıyla proliferasyon, motilite-invazyon deneyleri ve potansiyel hedef genleri belirlemek için qRT-PZR ve western blot deneyleri yapılmıştır. miRNA'nın potansiyel hedef genleri ile yapılan zanginleştirme analizleri sonucunda miR-770-5p'nin HER2/EGFR sinyal iletim sistemi, fokal adezyon yolağı ve EMT sürecini düzenleyerek trastuzumab'ı potansiye ettiği, hücrenin motilite ve invazyon yeteneğini anlamlı şekilde azalttığı belirlenmiştir. Ayrıca, EMT sürecinde miR-770-5p transfekte-MDA-MB-231 hücrelerinde E-Cadherin ifadesinin geri kazandırılmasının miRNA'nın potansiyel hedefi olan DNMT3A aracılığıyla E-Cadherin metilasyon profilini değiştirerek EMT sürecini MET sürecine çevirebileceği gösterilmiştir. miR-770-5p'nin reseptör pozitif ya da TNBC meme kanseri tedavisinde potansiyel terapatik hedef olabileceği düşünülmektedir. Breast cancer (BC) is a highly heterogeneous disease and clinically categorized into four subtypes based on the presence of estrogen receptor (ER), progesterone receptor (PR), HER2 and ki67. Triple-negative breast cancer (TNBC) represents tumors without the expression of ER, PR and HER2. The concept of combining different therapeutic agents for synergistic benefits in treatment has been utilized for decades. MicroRNAs (miRNAs) comprise a class of 22–25 nucleotides long, non-coding, endogenous RNA molecules, which regulate a variety of cellular pathways. In more recent years, the emergence of miRNAs as cancer biomarkers has added an extra dimension to the 'molecular signatures' of breast cancer. The aim of the study is to identify the potential signaling mechanisms of miR-770-5p in proliferation, motility and invasion in breast cancer cells. In this study three ER / HER2 positive breast cancer cell lines (MCF-7, BT-474 and SK-BR-3) and four triple negative breast cancer cell lines (MDA-MB-231,MDA-MB-468, MDA-MB-157 and BT-20) were transfected with miR-770-5p. To check its role in proliferation, motility and invasion, WST1 assay, wound healing and invasion assays were performed respectively. Furthermore, potential target genes were analyzed in transfected cells by qRT-PCR and western blot to explain the effect of miR-770-5p in proliferation, motility and invasion. Pathway enrichment analysis results suggested that miR-770-5p might function as a mediator of EGFR signaling, focal adhesion and Epithelial-mesenchymal transition (EMT) signaling pathways. Overall, our results may suggest miR-770-5p as a pivotal regulator of EMT through DNMT3A regulation and E-Cadherin promoter methylation in TNBC. It might be concluded that the up-regulation of miR-770-5p may play a biological role in motility and invasion signaling pathways in breast cancer cells and it could be suggested as a potential therapeutic target. 204

Meme kanseri kompleks moleküler mekanizmaya sahip, gelişmiş ülkelerde kadınlarda en fazla oranda görülen kanser türüdür. ERBB (EGFR) reseptör ailesine ait HER2 reseptörünün aşırı şekilde ifade edildiği alt tipin görüldüğü hasta oranı %30 civarında seyretmektedir. Bununla birlikte tedavide kullanılan odaklı terapilere (trastuzumab, lapatinib vb.) karşı direnç gelişimi büyük bir sorundur.mikroRNA'ların (miRNA) keşfi ile birlikte meme kanserine katkı yapan ya da tam tersi hücre çoğalmasını sonlandıran pek çok miRNA'nın varlığı tespit edilmiştir. Yapılan son çalışmalarla miRNA'ların tedavi üzerine varlığına odaklanılmakta, tedavi sürecinde rol alabilecek alternatif hedef moleküller olarak kullanımları araştırılmaktadır. Bununla birlikte tedaviye duyarlı miRNA'ların hedef gen profili üzerinde detaylı analizine gidilmemiş, ilaç tedavilerinde etkiledikleri mekanizmalar tam olarak aydınlatılmamıştır.Bu tez çalışmasında HER2 pozitif meme kanseri hücreleri BT-474 ve SK-BR-3'te trastuzumaba ve lapatinibe duyarlı miRNA'lar tespit edilmiş ve AGO2-IP analizi kullanılarak miRNA hedeflerinin detaylı analizi gerçekleştirilmiştir. Ek olarak trastuzumaba duyarlı miRNA'lar kullanılarak yapılan network (ağ) analizi sonucu ilaca duyarlı miRNA'lar tarafından kontrol edilen mekanizmaların varlığı sistemik seviyede araştırılmıştır. Breast cancer is the most common cancer seen in women. It is a complex disease with different molecular subtypes and some certain receptors have an important role on its molecular classification as well as progression and treatment. HER-2/neu is one of these receptors, which is found to be overexpressed in 20-30% of the patients. It contributes to the progression and pathogenesis of the breast cancer. MicroRNAs (miRNAs) are endogenous non-coding RNAs in 21-25 nucleotides long. They regulate gene expression at the post-transcriptional level and miRNA deregulation is important in many pathological conditions including breast cancer. It is known that some miRNAs show oncogenic and tumor suppressor properties and they might also have effective roles in drug treatment by mediating gene regulation in cancer.In this study, we aimed to identify miRNA-mediated mechanisms driven by the drug responsive miRNAs and their target genes in lapatinib and trastuzumab treatment. For this purpose, we first found out the drug responsive miRNAs and then we focused on their functional characterization by looking for their potential effects in breast cancer cell lines. We also performed an AGO2-IP experiment to pull down the targets of drug responsive miRNAs. In addition, we constructed miRNA-miRNA networks to figure out the miRNA-mediated mechanisms at systemic level in trastuzumab treatment. 278