In August–September 2003, samples of wheat and barley after harvest were randomly taken from 11 organic and 13 conventional farms in Lithuania. The results of mycological tests indicated that wheat from organic farms was contaminated with fungi by 70.5% (p < 0.05) more and barley by 24.8% (p > 0.05) less as compared with wheat from conventional farms. Grains taken from both types of farms were contaminated with fungi from the Fusarium, Alternaria, Cladosporium, Penicillium, Aspergillus and other genera. The most toxic fungi belong to the genera Fusarium and Alternaria. From wheat of organic farms 22 while from wheat of conventional farms 12 fungal species were isolated. Barley from organic farms 22 fungal species and from conventional farms 20 species. DON and ZEN were most frequent in grain from different farms. 100% of wheat samples from organic and conventional farms contain DON and ZEN. Small amounts of aflatoxins and ochratoxins, up to 0.8 and 0.3 µg kg-1 respectively, were found in samples of wheat from organic farms., 2003 m. rugpjūtį–rugsėjį po derliaus nuėmimo kviečių ir miežių mėginiai buvo paimti iš 11 ekologinių ir 13 chemizuotų Lietuvos ūkių. Mikologinių tyrimų rezultatai parodė, kad kviečiai iš ekologinių ūkių buvo užkrėsti mikromicetais 70,5% (P < 0,05) daugiau, miežiai iš ekologinių ūkių – 24,8% (P > 0.05) mažiau, palyginti su kviečiais ir miežiais iš chemizuotų ūkių. Grūdai, užauginti ir paimti iš skirtingų ūkių, buvo užsikrėtę Fusarium spp., Alternaria spp., Cladosporium spp., Penicillium spp., Aspergillus spp. ir kitų genčių mikromicetais. Ant grūdų labiausiai buvo išplitę Fusarium, Alternaria genčių grybai. Iš kviečių ir miežių, paimtų iš ekologinių ūkių, buvo išskirti 22 rūšių, iš kviečių, paimtų iš chemizuotų ūkių, – 12 rūšių, iš miežių – 20 rūšių mikromicetai. DON ir ZEN dažniausiai buvo nustatyti grūduose iš skirtingų ūkių, 100% kviečių mėginiai abiejose ūkių sistemose buvo užteršti DON ir ZEN. Maži aflatoksinų ir ochratoksinų kiekiai (0,8 ir 0,3 µg kg-1) buvo nustatyti kviečiuose, paimtuose iš ekologinių ūkių.