1. Population genomic evidence of Plasmodium vivax Southeast Asian origin
- Author
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Barthélémy Ngoubangoye, Sandrine Houzé, Anne Boissière, Josquin Daron, Larson Boundenga, Michael C. Fontaine, François Renaud, Franck Prugnolle, Jean-François Trape, Patrick Durand, Virginie Rougeron, Céline Arnathau, Christine Sidobre, Fontaine lab, Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre International de Recherches Médicales de Franceville (CIRMF), Services de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Bichat], AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Health, Emergence, Adaptation and Transmission (MIVEGEC-HEAT), Processus Écologiques et Évolutifs au sein des Communautés (PEEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Groningen Institute for Evolutionary Life Sciences [Groningen] (GELIFES), University of Groningen [Groningen], Diversity, ecology, evolution & Adaptation of arthropod vectors (MIVEGEC-DEEVA), Evolution des Systèmes Vectoriels (ESV), INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fontaine, Michael, Génétique et évolution des maladies infectieuses (GEMI), and Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Génétique et évolution des maladies infectieuses (GEMI)
- Subjects
030231 tropical medicine ,Population ,Plasmodium vivax ,Biology ,Southeast asian ,03 medical and health sciences ,0302 clinical medicine ,[SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases ,parasitic diseases ,Genetic variation ,[SDV.BID.EVO] Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE] ,Genetics ,Clade ,education ,Research Articles ,030304 developmental biology ,Evolutionary Biology ,0303 health sciences ,education.field_of_study ,Multidisciplinary ,Phylogenetic tree ,[SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE] ,SciAdv r-articles ,respiratory system ,biology.organism_classification ,3. Good health ,[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology ,Genetic marker ,Evolutionary biology ,[SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases ,[SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology ,human activities ,Research Article ,Founder effect - Abstract
Characterization of the worldwide genetic diversity of 447 P. vivax strains shows evidence for a Southeast Asian origin., Plasmodium vivax is the most common and widespread human malaria parasite. It was recently proposed that P. vivax originates from sub-Saharan Africa based on the circulation of its closest genetic relatives (P. vivax-like) among African great apes. However, the limited number of genetic markers and samples investigated questions the robustness of this hypothesis. Here, we extensively characterized the genomic variations of 447 human P. vivax strains and 19 ape P. vivax-like strains collected worldwide. Phylogenetic relationships between human and ape Plasmodium strains revealed that P. vivax is a sister clade of P. vivax-like, not included within the radiation of P. vivax-like. By investigating various aspects of P. vivax genetic variation, we identified several notable geographical patterns in summary statistics in function of the increasing geographic distance from Southeast Asia, suggesting that P. vivax may have derived from a single area in Asia through serial founder effects.
- Published
- 2021
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