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MDR / XDR (multidrug and extensively resistant to tuberculosis) TB caused by Mycobacterium tuberculosis is still a global public health problem. The study and identification of mutations responsible for resistance are important factors for the control and surveillance of MDR / XDR TB. The expansion of the L2 / Beijing lineage, a family of strains originating from South-East of China (Guangxi) and potentially more virulent, complicates the control of this disease. In this context, we have developed TB-EFI and TB IS-NTF / RINT, two high-speed, multiplexed and high-throughput molecular methods ready to use (developed on the Luminex xMap system). We initiated the development of a molecular method by the selection of relevant molecular markers for the discrimination of Beijing strains by the MLPA technique. TB-EFI is a test that identifies frequent mutations (single nucleotide polymorphisms) in the genes associated with the resistance of Mycobacterium tuberculosis strains to second-line anti-TB drugs including Fluoroquinolone, Injectable, and first-line antituberculosis drug, Ethambutol. TB-EFI may be used in retrospective studies to monitor resistance in a population. The IS-NTF / RINT test is a test specific to Beijing strains that types the IS6110 insertion sequence within the NTF locus (Ancient / Modern) and detects the mutations responsible for the resistance of these strains to Rifampicin and Isoniazid (the two leading primary antibiotics). This test is of paramount importance for the identification and control of epidemic strains, but also for a vision on the evolution of the phenomenon of resistance in time and space. It is not very discriminating among Beijing strains. In view of complete and precise discrimination of the Beijing strains, we have proposed a set of SNPs that will be used for a technique that will be called MLPA-Beijing. In addition, these methods as well as spoligotyping on microbeads allowed us to carry out molecular epidemiological studies of tuberculosis in Kazakhstan, Papua New Guinea, Italy, Mozambique and Peru. The techniques developed in this thesis could contribute significantly to the control of XDR tuberculosis in hot-spot areas, and to the global monitoring of the evolution of Beijing strains especially epidemic MDR strains.; La tuberculose MDR/XDR (multi et ultrarésistante aux antituberculeux) causée par Mycobacterium tuberculosis constitue un problème de santé publique mondial. L’étude et l’identification des mutations responsables de la résistance sont des facteurs clés pour le contrôle et la surveillance de la tuberculose MDR/XDR. L’expansion de lignée L2/Beijing, une famille de souches originaire du Sud-Est de la Chine (Guangxi) potentiellement plus virulente, complique la maitrise de cette maladie. Dans ce contexte, nous avons développé le TB-EFI et le TB IS-NTF/RINT, deux méthodes moléculaires rapides, multiplexées et haut débit (développées sur le système Luminex xMap), prêtes à utilisation. Nous avons initié le développement d’une méthode moléculaire par la sélection de marqueurs moléculaires pertinents en vue de la discrimination des souches Beijing par la technique MLPA-Beijing. Le TB-EFI est un test qui permet d’identifier les mutations fréquentes (polymorphismes de nucléotides simples) dans les gènes associés à la résistance des souches de Mycobacterium tuberculosis aux antituberculeux de deuxième ligne dont la Fluoroquinolone, les Injectables, et à l’antituberculeux de première ligne, l’Ethambutol. Le TB-EFI pourrait être un test utilisable dans les études rétrospectives en vue du suivi de la résistance d’une population. Le test IS-NTF/RINT est un test spécifique aux souches Beijing qui type la séquence d’insertion IS6110 au sein du locus NTF (Ancien/moderne) et détecte les mutations responsables de la résistance de ces souches à la Rifampicine et l’Isoniazide (les deux antibiotiques principaux de première ligne). Ce test est d’une importance capitale pour l’identification et le contrôle des souches épidémiques, mais aussi pour une vision sur l’évolution du phénomène de résistance dans le temps et l’espace. Il est peu discriminant pour la différenciation des souches Beijing. En vue d’une discrimination complète et précise des souches Beijing, nous avons proposé un lot de SNP qui serviront pour la technique MLPA-Beijing. Par ailleurs, ces méthodes ainsi que le spoligotypage sur microbille, nous ont permis d’effectuer des études d’épidémiologie moléculaire de la tuberculose au Kazakhstan, en Nouvelle Guinée Papouasie, en Italie, au Mozambique, au Pérou. Les techniques développées dans cette thèse pourraient contribuer de manière significative au contrôle de la tuberculose XDR dans les zones « hot-spot », et à la surveillance mondiale de l’évolution des souches Beijing spécialement des souches MDR épidémiques.

MDR / XDR (multidrug and extensively resistant to tuberculosis) TB caused by Mycobacterium tuberculosis is still a global public health problem. The study and identification of mutations responsible for resistance are important factors for the control and surveillance of MDR / XDR TB. The expansion of the L2 / Beijing lineage, a family of strains originating from South-East of China (Guangxi) and potentially more virulent, complicates the control of this disease. In this context, we have developed TB-EFI and TB IS-NTF / RINT, two high-speed, multiplexed and high-throughput molecular methods ready to use (developed on the Luminex xMap system). We initiated the development of a molecular method by the selection of relevant molecular markers for the discrimination of Beijing strains by the MLPA technique. TB-EFI is a test that identifies frequent mutations (single nucleotide polymorphisms) in the genes associated with the resistance of Mycobacterium tuberculosis strains to second-line anti-TB drugs including Fluoroquinolone, Injectable, and first-line antituberculosis drug, Ethambutol. TB-EFI may be used in retrospective studies to monitor resistance in a population. The IS-NTF / RINT test is a test specific to Beijing strains that types the IS6110 insertion sequence within the NTF locus (Ancient / Modern) and detects the mutations responsible for the resistance of these strains to Rifampicin and Isoniazid (the two leading primary antibiotics). This test is of paramount importance for the identification and control of epidemic strains, but also for a vision on the evolution of the phenomenon of resistance in time and space. It is not very discriminating among Beijing strains. In view of complete and precise discrimination of the Beijing strains, we have proposed a set of SNPs that will be used for a technique that will be called MLPA-Beijing. In addition, these methods as well as spoligotyping on microbeads allowed us to carry out molecular epidemiological studies of tuberculosis in Kazakhstan, Papua New Guinea, Italy, Mozambique and Peru. The techniques developed in this thesis could contribute significantly to the control of XDR tuberculosis in hot-spot areas, and to the global monitoring of the evolution of Beijing strains especially epidemic MDR strains.; La tuberculose MDR/XDR (multi et ultrarésistante aux antituberculeux) causée par Mycobacterium tuberculosis constitue un problème de santé publique mondial. L’étude et l’identification des mutations responsables de la résistance sont des facteurs clés pour le contrôle et la surveillance de la tuberculose MDR/XDR. L’expansion de lignée L2/Beijing, une famille de souches originaire du Sud-Est de la Chine (Guangxi) potentiellement plus virulente, complique la maitrise de cette maladie. Dans ce contexte, nous avons développé le TB-EFI et le TB IS-NTF/RINT, deux méthodes moléculaires rapides, multiplexées et haut débit (développées sur le système Luminex xMap), prêtes à utilisation. Nous avons initié le développement d’une méthode moléculaire par la sélection de marqueurs moléculaires pertinents en vue de la discrimination des souches Beijing par la technique MLPA-Beijing. Le TB-EFI est un test qui permet d’identifier les mutations fréquentes (polymorphismes de nucléotides simples) dans les gènes associés à la résistance des souches de Mycobacterium tuberculosis aux antituberculeux de deuxième ligne dont la Fluoroquinolone, les Injectables, et à l’antituberculeux de première ligne, l’Ethambutol. Le TB-EFI pourrait être un test utilisable dans les études rétrospectives en vue du suivi de la résistance d’une population. Le test IS-NTF/RINT est un test spécifique aux souches Beijing qui type la séquence d’insertion IS6110 au sein du locus NTF (Ancien/moderne) et détecte les mutations responsables de la résistance de ces souches à la Rifampicine et l’Isoniazide (les deux antibiotiques principaux de première ligne). Ce test est d’une importance capitale pour l’identification et le contrôle des souches épidémiques, mais aussi pour une vision sur l’évolution du phénomène de résistance dans le temps et l’espace. Il est peu discriminant pour la différenciation des souches Beijing. En vue d’une discrimination complète et précise des souches Beijing, nous avons proposé un lot de SNP qui serviront pour la technique MLPA-Beijing. Par ailleurs, ces méthodes ainsi que le spoligotypage sur microbille, nous ont permis d’effectuer des études d’épidémiologie moléculaire de la tuberculose au Kazakhstan, en Nouvelle Guinée Papouasie, en Italie, au Mozambique, au Pérou. Les techniques développées dans cette thèse pourraient contribuer de manière significative au contrôle de la tuberculose XDR dans les zones « hot-spot », et à la surveillance mondiale de l’évolution des souches Beijing spécialement des souches MDR épidémiques.

Bacterial wilt caused by the Ralstonia solanacearum species complex (RSSC) is considered one of the most harmful plant diseases in the world. Special attention should be paid to R. pseudosolanacearum phylotype I due to its large host range, its worldwide distribution, and its high evolutionary potential. So far, the molecular epidemiology and population genetics of this bacterium are poorly understood. Until now, the genetic structure of the RSSC has been analyzed on the worldwide and regional scales. Emerging questions regarding evolutionary forces in RSSC adaptation to hosts now require genetic markers that are able to monitor RSSC field populations. In this study, we aimed to evaluate the multilocus variable-number tandem-repeat analysis (MLVA) approach for its ability to discriminate genetically close phylotype I strains and for population genetics studies. We developed a new MLVA scheme (MLVA-7) allowing us to genotype 580 R. pseudosolanacearum phylotype I strains extracted from susceptible and resistant hosts and from different habitats (stem, soil, and rhizosphere). Based on specificity, polymorphism, and the amplification success rate, we selected seven fast-evolving variable-number tandem-repeat (VNTR) markers. The newly developed MLVA-7 scheme showed higher discriminatory power than the previously published MLVA-13 scheme when applied to collections sampled from the same location on different dates and to collections from different locations on very small scales. Our study provides a valuable tool for fine-scale monitoring and microevolution-related study of R. pseudosolanacearum phylotype I populations. IMPORTANCE Understanding the evolutionary dynamics of adaptation of plant pathogens to new hosts or ecological niches has become a key point for the development of innovative disease management strategies, including durable resistance. Whereas the molecular mechanisms underlying virulence or pathogenicity changes have been studied thoroughly, the population genetics of plant pathogen adaptation remains an open, unexplored field, especially for plant-pathogenic bacteria. MLVA has become increasingly popular for epidemiosurveillance and molecular epidemiology studies of plant pathogens. However, this method has been used mostly for genotyping and identification on a regional or global scale. In this study, we developed a new MLVA scheme, targeting phylotype I of the soilborne Ralstonia solanacearum species complex (RSSC), specifically to address the bacterial population genetics on the field scale. Such a MLVA scheme, based on fast-evolving loci, may be a tool of choice for field experimental evolution and spatial genetics studies.

Bacterial species exhibit diversity in their population structure varying from clonal to panmictic according to the abundance of horizontal transfer and the nature of their ecosystem. During my PhD, I focused on three bacterial species, Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa and Legionella pneumophila, which reflect three different situations. To perform the characterisation of large strain collections, I studied the polymorphism of molecular markers called VNTRs for Variable Number Tandem Repeat. MLVA (Multiple Loci VNTR Analysis) is a PCR based typing method that relies on the concomitant analysis of several VNTRs loci. Initially, I designed automated typing protocols for the three species, then I applied these tools to address issues of epidemiology. S. aureus, a clonal species, is a major cause of food poisoning. The present work confirmed the existence of host-specific clonal complexes and demonstrated the predominantly human origin of foodborne disease cases. L. pneumophila is an environmental pathogen whose population structure is atypical: it is presumed panmictic in the environment but the bacterium expands clonally when the ecosystem is restricted, in an anthropogenic habitat for instance. A long-term epidemiological monitoring of L. pneumophila populations in the city of Rennes highlighted the presence of an ecotype, not involved in epidemic cases, particularly adapted to hot water supply systems. P. aeruginosa, a well-described panmictic bacterium, colonizes CF patients’ airways. The longitudinal monitoring of patients provided evidence that the settled strains were persistent and exhibited strong exclusivity for the occupied niche. Exploring the bacterial world diversity is a prerequisite for epidemiological investigation of infectious diseases. Using a first-line molecular tool, these works trace the epidemiology and the population structure of three bacterial species. The adaptation to a new environment (animal host, ecological niche, organ) generally results in clonal expansions.; Les espèces bactériennes exhibent plusieurs états de structure de populations pouvant varier de clonale à panmictique selon l'importance des transferts horizontaux et la nature de leur écosystème. Dans mon travail de thèse, je me suis intéressé à trois espèces bactériennes, Staphylococcus aureus, Legionella pneumophila et Pseudomonas aeruginosa qui reflètent trois situations différentes. Afin de pouvoir décrire de façon rapide de grandes collections de souches, j'ai utilisé comme marqueurs de diversité le polymorphisme de séquences répétées en tandem appelées VNTRs, pour Variable Number Tandem Repeat. La méthode MLVA, ou Multiple Loci VNTR Analysis, est une méthode de typage moléculaire qui s’appuie sur l’étude concomitante du polymorphisme de plusieurs loci VNTRs. Dans un premier temps, j'ai conçu des protocoles de typage automatisés pour les trois espèces considérées, puis j'ai appliqué ces outils pour traiter de questions d'épidémiologie. S. aureus, espèce à structure clonale, est un pathogène majeur responsable notamment de toxi-infections alimentaires collectives (TIAC). Les travaux réalisés ont permis de démontrer la spécificité d’hôte de certains complexes clonaux et l’origine humaine des cas de TIAC. L. pneumophila est un pathogène de l’environnement dont la structure de population est atypique : présumée panmictique dans la nature, la bactérie semble connaitre une évolution clonale lorsque son écosystème est restreint, dans un milieu anthropique par exemple. L’étude épidémiologique menée sur la population de L. pneumophila dans la ville de Rennes a mis en évidence la présence d’un écotype, non impliqué dans les cas cliniques épidémiques, particulièrement adapté aux réseaux d’eau. P. aeruginosa, modèle de bactérie panmictique, colonise les bronches de patients atteints de mucoviscidose. Le suivi longitudinal de patients indique que les souches installées sont persistantes et quasi-exclusive de la niche qu’elles occupent. L’exploration de cette diversité du monde bactérien est un préalable à l’investigation épidémiologique des maladies infectieuses. Avec un même outil moléculaire de première intention, cette thèse retrace l’épidémiologie et la structure de trois espèces bactériennes très différentes. L’adaptation à un nouvel environnement (hôte animal, niche écologique, organe) est l'occasion d'expansions clonales.

The human metapneumovirus and equine influenza viruses, H3N8 subtypes, belong to the Paramyxoviridae and Orthomyxoviridae Family, respectively. The reported work evaluates the relevance of the M and M1 genes, coding for matrix protein, 1/ in detecting viral RNA by molecular genetic tools 2/ for phylogenetic purposes. For the hMPV, molecular genetic tools have been developed against the M gene because a study, the first detection of hMPV in France, was carried out using RT-PCR targeting the N gene. Since the tests being developed against the N gene did not allow the identification of all group of hMPV, a rRT-PCR following by a nested PCR were set up in the M gene and used to perform a phylogenetic characterization of hMPV strains circulating in Normandy between 2002 and 2005. All groups and subgroups of hMPV (A1, A2, B1 and B2) were detected. Subsequently, these methods were adapted to a multiplex detection tool, also including human respiratory syncytial virus and influenza virus A and B. Considering EIV, a real-time RT-PCR was developed in the M1 gene, which was used to detect EIV circulating in France between 2005 and 2010. Phylogenic analyses were also conducted even not in the M1 gene, which was insufficiently variable. H3 gene, encoding the major EIV surface protein, was used to determine the different variants. This study revealed for the first time in France the presence of an EIV American lineage, cluster Florida. Molecular genetic tools developed in M and M1 genes thus allowed the detection of both viruses. While Paramyxoviridae M gene only seems suitable for studying viral variability, H3 gene remains the most appropriate for EIV for this purpose.; Le métapneumovirus humain (hMPV) et les virus influenza de type A équins (EIV), sous-type H3N8, appartiennent respectivement à la famille des Paramyxoviridae et à celle des Orthomyxoviridae. Le travail présenté est une évaluation de l’intérêt des gènes M et M1 codant les protéines de matrice des virions 1/ pour la détection des ARN viraux par les techniques de génétique moléculaire 2/ pour l’analyse phylogénique des souches. Pour le hMPV, les outils de détection ont été mis au point dans le gène M suite à une étude décrivant pour la première fois le hMPV en France qui a été réalisée à l’aide d’un test RT-PCR développé dans le gène N. Ce premier test validé dans le gène N n’ayant pas permis la mise en évidence de l’ensemble des groupes de hMPV, une nouvelle RT-PCR suivie d’une PCR nichée ont été développées dans le gène M et ont été utilisés pour les études phylogénétiques du hMPV en Normandie sur la période de 2002 à 2005. L’ensemble des différents groupes et sous-groupes du hMPV (A1, A2, B1 et B2) ont pu être détectés. Par la suite, ces techniques ont été adaptées à un système réalisé en multiplex permettant une détection simultanée du hMPV, du virus respiratoire syncytial humain et des virus influenza A et B. Pour le virus influenza équin, une RT-PCR en temps réel a été développée dans le gène M1 et utilisée pour la recherche de l’EIV circulant en France de 2005 à 2010. Une analyse phylogénétique a également été réalisée mais non ciblée sur le gène M1, ce dernier présentant un nombre trop faible de variations. Le gène H3, codant la principale protéine de surface de l’EIV, a constitué la cible pour déterminer les différents variants. Cette étude a révélé, pour la première fois en France, la présence d’EIV de lignage américain, cluster Florida. Les techniques de génétique moléculaires développées dans les gènes M et M1 ont donc permis la détection des deux virus étudiés, mais seul le gène M des Paramyxoviridae semble être adapté à une étude de la variabilité des virus. Pour l’analyse des différentes souches d’EIV, le gène H3 reste le plus approprié.

The human metapneumovirus and equine influenza viruses, H3N8 subtypes, belong to the Paramyxoviridae and Orthomyxoviridae Family, respectively. The reported work evaluates the relevance of the M and M1 genes, coding for matrix protein, 1/ in detecting viral RNA by molecular genetic tools 2/ for phylogenetic purposes. For the hMPV, molecular genetic tools have been developed against the M gene because a study, the first detection of hMPV in France, was carried out using RT-PCR targeting the N gene. Since the tests being developed against the N gene did not allow the identification of all group of hMPV, a rRT-PCR following by a nested PCR were set up in the M gene and used to perform a phylogenetic characterization of hMPV strains circulating in Normandy between 2002 and 2005. All groups and subgroups of hMPV (A1, A2, B1 and B2) were detected. Subsequently, these methods were adapted to a multiplex detection tool, also including human respiratory syncytial virus and influenza virus A and B. Considering EIV, a real-time RT-PCR was developed in the M1 gene, which was used to detect EIV circulating in France between 2005 and 2010. Phylogenic analyses were also conducted even not in the M1 gene, which was insufficiently variable. H3 gene, encoding the major EIV surface protein, was used to determine the different variants. This study revealed for the first time in France the presence of an EIV American lineage, cluster Florida. Molecular genetic tools developed in M and M1 genes thus allowed the detection of both viruses. While Paramyxoviridae M gene only seems suitable for studying viral variability, H3 gene remains the most appropriate for EIV for this purpose., Le métapneumovirus humain (hMPV) et les virus influenza de type A équins (EIV), sous-type H3N8, appartiennent respectivement à la famille des Paramyxoviridae et à celle des Orthomyxoviridae. Le travail présenté est une évaluation de l’intérêt des gènes M et M1 codant les protéines de matrice des virions 1/ pour la détection des ARN viraux par les techniques de génétique moléculaire 2/ pour l’analyse phylogénique des souches. Pour le hMPV, les outils de détection ont été mis au point dans le gène M suite à une étude décrivant pour la première fois le hMPV en France qui a été réalisée à l’aide d’un test RT-PCR développé dans le gène N. Ce premier test validé dans le gène N n’ayant pas permis la mise en évidence de l’ensemble des groupes de hMPV, une nouvelle RT-PCR suivie d’une PCR nichée ont été développées dans le gène M et ont été utilisés pour les études phylogénétiques du hMPV en Normandie sur la période de 2002 à 2005. L’ensemble des différents groupes et sous-groupes du hMPV (A1, A2, B1 et B2) ont pu être détectés. Par la suite, ces techniques ont été adaptées à un système réalisé en multiplex permettant une détection simultanée du hMPV, du virus respiratoire syncytial humain et des virus influenza A et B. Pour le virus influenza équin, une RT-PCR en temps réel a été développée dans le gène M1 et utilisée pour la recherche de l’EIV circulant en France de 2005 à 2010. Une analyse phylogénétique a également été réalisée mais non ciblée sur le gène M1, ce dernier présentant un nombre trop faible de variations. Le gène H3, codant la principale protéine de surface de l’EIV, a constitué la cible pour déterminer les différents variants. Cette étude a révélé, pour la première fois en France, la présence d’EIV de lignage américain, cluster Florida. Les techniques de génétique moléculaires développées dans les gènes M et M1 ont donc permis la détection des deux virus étudiés, mais seul le gène M des Paramyxoviridae semble être adapté à une étude de la variabilité des virus. Pour l’analyse des différentes souches d’EIV, le gène H3 reste le plus approprié.

Lentiviruses from distinct animal species have in common their genomic organization, the induction of slowly progressive diseases over months or years, the large spectrum of induced symptoms and concerned organs, the frequent inapparent infection without any detectable clinical signs, their ability to persist into their hosts despite an often strong and mature immune response. Lentiviruses are also characterized by their genomic plasticity and the rapid evolution of the viral species. SRLVs infecting goats and sheep follow a genomic evolution pattern similar to that observed in HIV or in other lentiviruses. Based on limited number of complete sequences, they have been initially described as two distinct genetic groups evolving independently in sheep or goats, the ovine strains being closely related to each other and distinct from the caprine ones. Over the last 2 decades, the description of many partial or complete sequences of caprine and ovine field isolates from various geographical regions and their phylogenetic studies clearly evidenced the existence of a genetic continuum with viruses that did not simply clustered according to the animal species they were isolated from. Three classifications have been successively proposed and allowed to refine the SRLV phylogeny over time. Phylogenetic reconstructions support the existence of SRLV cross-species transmission in domestic and wild small ruminants.

International audience; An analysis of the informative content of sequence stretches on the foot-and-mouth disease virus (FMDV) VP1 gene was applied to two important viral serotypes: A and O. Several sequence regions were identified to allow the reconstruction of phylogenetic trees equivalent to those derived from the whole VP1 gene. The optimal informative regions for sequence windows of 150 to 250 nt were predicted between positions 250 and 550 of the gene. The sequences spanning the 250 nt of the 3$'$ end (positions 400 to 650), extensively used for FMDV phylogenetic analyses, showed a lower informative content. In spite of this, the use of sequences from this region allowed the derivation of phylogenetic trees for type A and type O FMDVs which showed topologies similar to those previously reported for the whole VP1 gene. When the sequences determined for viruses isolated in Argentina, between 1990 and 1993, were included in these analyses, the results obtained revealed features of the circulation of type A and type O viruses in the field, in the months that preceded the eradication of the disease in this country. Type A viruses were closely related to an Argentinean vaccine strain, and defined an independent cluster within this serotype. Among the type O viruses analysed, two groups were distinguished; one was closely related to the South American vaccine strains, while the other was grouped with viruses of the O3 subtype. In addition, a detailed phylogeny for type A FMDV is presented.; Identification des régions optimales pour les études phylogénétiques du gène VP1 du virus de la fièvre aphteuse : analyse des virus argentins de types A et O. Une analyse du contenu informatif de parties de séquences du gène VP1 du virus de la fièvre aphteuse (VFA) a été appliquée à deux sérotypes viraux importants : A et O. Plusieurs régions de séquences ont été identifiées afin de permettre la reconstruction d'arbres phylogénétiques équivalents à ceux obtenus à partir de gène VP1 entier. Les régions informatives optimales pour des fenêtres de séquences de 150 à 250 nt ont été supposées être comprises entre les positions 250 et 550 du gène. Les séquences recouvrant les 250 nt de l'extrémité 3$'$ (positions 400 à 650), qui ont été largement utilisées pour les études phylogénétiques du VFA, avaient un contenu moins informatif. Malgré cela, l'utilisation de séquences de cette région a permis d'obtenir des arbres phylogénétiques pour les VFA de type A et O, qui ont montré des topologies similaires à celles précédemment décrites pour le gène VP1 entier. Quand les séquences déterminées pour les virus isolés en Argentine entre 1990 et 1993 ont été incluses dans ces analyses, les résultats obtenus ont révélé des caractéristiques de circulation des virus de type A et O sur le terrain, dans les mois qui ont précédé l'éradication de la maladie dans ce pays. Les virus de type A étaient étroitement apparentés à une souche argentine de vaccin et définissaient un groupe indépendant à l'intérieur de ce sérotype. Parmi les virus de type O analysés, nous avons pu distinguer deux groupes : l'un était étroitement apparenté aux souches vaccinales sud-américaines, l'autre était proche des virus du sous-type O3. Une phylogénie détaillée du VFA type A est également présentée.