Search

Bireylerde ölüme ya da kalıcı hasara sebep olabilen inme olgularının %85'i arteriyel tıkanma ya da yetersiz perfüzyon sonucunda oluşan iskemi kaynaklıdır. Beyinde iskemi ve bunu takip eden reperfüzyon süreçleri eksitoksisite, periinfarkt depolarizasyon, inflamasyon, nitrik oksit üretimi, serbest radikal hasarı ve hücre ölümü olmak üzere çeşitli patofizyolojik süreçlerin tetiklenmesine sebep olur. Beyinde iskemi reperfüzyon (İ/R) süreçleri ekstrinsik yolak ve intrinsik olmak üzere iki apoptoz yolağını tetikler. Son yıllarda yapılan çalışmalarda iskemi reperfüzyon hasarında nekroptozun da bu süreçte işlevsel olduğu ortaya konulmuştur. Panneksin 1 (Pan1) proteinleri tarafından oluşturulan Pan1 kanalları katyonlar, anyonlar ikincil mesajcılar ve metabolitler de dahil olmak üzere geniş bir geçirgenlik özgüllüğüne sahiptir. Hücre farklılaşması, doku gelişimi ve rejenerasyonu, inflamasyon ve hücre ölümü gibi çeşitli patolojik süreçlerde görev alır. Beyin iskemi ve reperfüzyon sürecinde Pan1 kanallarının açılması oksijen- glikoz yoksunluğu, hücreler arası alanda yüksek K+ konsantrasyonu gibi çeşitli faktörler tarafından düzenlenir. Pan1 kanallarının açılması hücrelerin ölümü ile sonuçlanabilecek hipoksik depolarizasyona neden olur.Çalışmamızda, sıçanlarda sağ arteria carotis communis'e klemp takılarak oluşturulan iki saat iskemi ve sonrasında kan akımının sağlandığı 24 saatlik reperfüzyon süreçlerinde pan kaspaz inhibitörü Z-VAD-fmk ve Pan1 protein/kanal inhibitörü probenecid kullanarak, oluşan beyin İ/R hasarında Pan1 proteinin apoptoz ve nekroptoz süreçlerindeki rolü araştırıldı. Yapılan uygulamalar sonucunda elde edilen beyin dokusu örnekleri kullanılarak Paneksin1 kanallarının apoptoz ile ilişkisinin belirlenmesi için kaspaz 3, kaspaz 8, nekroptoz ile ilişkisinin belirlenmesi için RIP1, RIP3, MLKL gen ifadeleri ve protein düzeyleri belirlendi. Ayrıca bu yolaklarla ilişkili olan inflamasyon belirteci olan TNF-α ve DNA hasarı ve apoptoz belirleyicisi olan PARP protein düzeyleri belirlendi. Kaspaz 3, kaspaz 8, RIPK3 ve MLKL antikorları kullanılarak immünohistokimyasal çalışmalar yapılarak protein düzeylerinin dokularda birikimi belirlendi. TTC boyama yapılarak İ/R hasarı makroskobik olarak değerlendirilirken, TUNEL yöntemi ile dokularda apoptoz oranları belirlendi.Yapılan çalışmalar sonucunda, Pan1 kanal/protein inhibitörü olan probenecidin iskemi reperfüzyon sürecinde apoptoz ile ilişkili olarak kaspaz 3 ve kaspaz 8 nekroptozla ilişkili olan RIP1, RIP3 ve MLKL gen ifadelerini ve protein düzeylerinin düşürdüğü belirlendi. Beyin İ/R hasarında Z-VAD-fmk, TNF-α düzeyinde önemli bir etki oluşturmadığı fakat probenecidin intraperitoneal uygulaması İ/R sürecinde artan TNF-α protein düzeyini azalttığı belirlendi. Ayrıca çalışmamızda beyin dokularında TNF-α protein düzeyini en etkili şekilde azaltarak İ/R hasarında oluşan inflamasyonu inhibe eden uygulamanın hem apoptoz inhibitörü hem de Pan1 inhibitörünün birlikte uygulanması olduğu belirlendi. Yaptığımız çalışmada beyinde oluşturulan İ/R hasarında PARP protein düzeyini en etkili şekilde azaltan uygulamanın pan kaspaz inhibitörü Z-VAD-fmk ve Pan1 protein/ kanal inhibitörü olan probenecidin birlikte uygulaması olduğu belirlenmiştir. TUNEL çalışmaları sonucunda Pan1 kanalarını bloke eden probenecid uygulamasının beyin dokularında iskemi ve reperfüzyon sürecinde artan apoptoz yüzdesini azalttığı fakat bu azaltışın Z-VAD-fmk uygulaması kadar etkili olmadığı belirlendi.Sonuç olarak, gerçekleştirilen beyin iskemi ve reperfüzyon sürecinde hem apoptotik hem nekroptotik hücrelerin görüldüğü, İ/R sürecinde oluşan hücre hasarlarını uygulanan pan kaspaz inhibitörü Z-VAD-fmk'nın bir dereceye kadar azaltırken Pan1 protein/kanal inhibitörü olan probenecidin önemli düzeyde azaltarak reperfüzyon hasarında etkili bir terapötik ajan olduğu ve Pan1 proteinlerinin İ/R hasarında önemli rol aldığı belirlendi. Anahtar Kelimeler: Beyin iskemi reperfüzyon, apoptoz, nekroptoz, panneksin 1 85% of stroke cases that can cause death or permanent damage in individuals are caused by ischemia due to arterial occlusion or insufficient perfusion. In the brain, ischemia and subsequent reperfusion processes trigger various pathophysiological processes including excitotoxicity, periinfarct depolarization, inflammation, nitric oxide production, free radical damage and cell death. Ischemia reperfusion (I/R) processes in the brain trigger two apoptosis pathways, the extrinsic pathway and the intrinsic pathway. Recent studies have shown that necroptosis is also functional in ischemia reperfusion injury.Pannexin 1 (Pan1) channels formed by Pan1 proteins have a wide permeability specificity including cations, anions, secondary messengers and metabolites. It is involved in various pathological processes such as cell differentiation, tissue development and regeneration, inflammation and cell death. Opening of Pan1 channels in brain ischemia and reperfusion process is regulated by various factors such as oxygen-glucose deprivation, high K + concentration in the intercellular space. Opening of the Pan1 channels leads to hypoxic depolarization, which can result in cell death.In our study, two hours of ischemia with clamp insertion to the right arteria carotis communis and 24-hour reperfusion processes after blood flow were provided. Using pan caspase inhibitor Z-VAD-fmk and Pan1 protein/channel inhibitor probenecid, the role of Pan1 protein in brain I / R injury in apoptosis and necroptosis processes was investigated. To investigate the relationship between Pan1 channels and apoptosis caspase 3, caspase 8 gene expressions and protein levels and the relationship between Pan1 channels and necroptosis was evaluated by RIP1, RIP3, MLKL gene expressions and protein levels. In addition, TNF-α, as an inflammation marker and PARP for predictors of DNA damage and apoptosis were determined. The accumulation of protein levels in tissues was determined by immunohistochemical studies using caspase 3, caspase 8, RIPK3 and MLKL antibodies. I/R damage was evaluated macroscopically by TTC staining and apoptosis rates were determined by TUNEL method.As a result of the studies, it was determined that probenecid, which is a pan1 channel/protein inhibitor, decreases RIP1, RIP3, and MLKL gene expressions and protein levels associated with necroptosis and caspase 3 and caspase 8 gene expressions and protein levels associated with apoptosis in the ischemia-reperfusion process It was also determined that Z-VAD-fmk did not have a significant effect on TNF-α in brain I/R injury but intraperitoneal administration of probenecid decreased TNF-α during I/R process. In addition, in our study, it was determined that the most effectively application that inhibited inflammation in I/R damage by decreasing TNF-α in brain tissues was the co-administration of apoptosis inhibitor and Pan1 inhibitor. It was demonstrated that the application that most effective administration for reducing the level of PARP protein in the brain I/R damage is co-administration of pan-caspase inhibitor Z-VAD-fmk and Pan1 protein/channel inhibitor probenecid. As a result of TUNEL studies, it was determined that probenecid administration blocking Pan1 channels decreased the percentage of increased apoptosis in I/R process in brain tissues but this reduction was not as effective as Z-VAD-fmk administration.In conclusion, we found that both apoptotic and necroptotic cells are seen in brain ischemia and reperfusion process, and while the pan caspase inhibitor Z-VAD-fmk was reduced to cell damage some degree; probenecid, a Pan1 protein/channel inhibitor, is an effective therapeutic agent in reperfusion injury by significantly reducing cell damage. Our results demonstrated that Pan1 proteins play an important role in I/R damage.Keywords: Brain ischemia reperfusion, apoptosis, necroptosis, pannexin 1 165

Eksitotoksisite, MSS’ nin moleküler işleyişinde sinaptik boşluğa salınan glutamatın, anormal ve aşırı artışı olarak tanımlanan bir durumdur. Çoğunlukla glutamatı sinaptik boşluktan temizleyecek glutamat taşıyıcılarının, glutamatın taşınımını gerçekleştirememesi sonucu gerçekleşir ve hücre ölümüyle sonuçlanır. Kainik asit, glutamat reseptör agonisti olarak bilinen güçlü bir nörotoksindir ve nöronal hasar oluşumu ve gelişimini tetikleyerek eksitotoksisiteye neden olur. MSS normal işleyişinde, presinaptik nöronlardan sinaptik boşluğa salınan glutamatın, astrositlerin ve postsinaptik nöronların membranlarında bulunan glutamat taşıyıcıları tarafından hücrelere alımı ve sinaptik boşluktan temizlenmesi gerçekleştirilmektedir. En fazla glutamat taşınımı GLT-1 ile sağlanmaktadır. Bu çalışmada; nöroblastoma ve glia hücrelerinde, kainik asit ile eksitotoksisitenin indüklenmesi sonucu GLT-1’in ifadesinde meydana gelen değişiklikler ve bu taşıyıcıların normal süreçteki glutamat taşınımında önemi gösterilmek istenmiştir. MTT Assay Testi ile 50, 200, 500, 1000 µM dozlarda kainik asit, N2A ve IHA hücrelerine verilerek 24 saat sonunda hangi dozda eksitotoksisite durumu ile hücre ölümü gerçekleştiği belirlenmiş, belirlenen dozda petrilerde kültüre edilen hücrelere kainik asit verilmiştir. 24 saat inkübasyon sonrası kontrol ve kainik asit verilen hücrelerden protein ekstraktları elde edilmiş ve protein miktar tayini gerçekleştirilmiştir. Western Blot tekniği kullanılarak GLT-1 taşıyıcısının protein düzeyindeki ifadesine bakılmıştır. Protein ifadesi belirlenemeyen hücrelerden RNA izolasyonu gerçekleştirilmiş, cDNA üretilmiş ve RT-PCR tekniği kullanılarak GLT-1’in mRNA düzeyindeki ifadesi kontrol ve kainik asit verilen örnekler arasında karşılaştırılmıştır. Bu çalışmalar sonucunda, kullanılan N2A hücre hattı için kainik asit ile indüklenen GLT-1 protein ifadesi Western Blot tekniği ile görüntülenemedi. Bu nedenle, kontrol ve kainik asit verilen N2A hücrelerinden RNA elde edilerek GLT-1’in mRNA düzeyi araştırıldı. GLT-1’in mRNA düzeyindeki ifadesinin, kainik asit verilmiş hücrelerde kontrole oranla arttığı gözlemlendi. Bununla birlikte, glia hücrelerinde yapılan çalışmalarda ise kainik asit verilen hücrelerin GLT-1 protein seviyesinin kontrol hücrelerine göre arttığı gözlemlendi. Her iki hücre türünde alınan sonuçlar birbiri ile uyumlu olup eksitotoksisite durumunda, sinaptik boşlukta fazla bulunan glutamatı toplamak için GLT-1 seviyesinde beklenen artışın görüldüğü bulundu. Adnan Menderes Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından TPF-17057 proje numarası ile desteklenmiştir. 1.İÇİNDEKİLER KABUL VE ONAY SAYFASI ……..………………………………………………….. i TEŞEKKÜR………………………………………………..……………….………… ii İÇİNDEKİLER………………………………………….…………………………… iii SİMGELERVE KISALTMALAR DİZİNİ………………..………………………… vi ŞEKİLLER DİZİNİ…………………………………………………………………… vii TABLOLAR DİZİNİ…………………………………………………………….…… ix ÖZET…………………………………………………………………………...…… x ABSTRACT……………………………………………………………………….…… xii 1. GİRİŞ……………………………………………………………………………..… 1 2. GENEL BİLGİLER……………………………………………………………….. 3 2.1. Kısa Bir Tarihçe ……………....………………………….……………………… 3 2.2. Bir Eksitatör Nörotransmitter: Glutamat …………...………………………… 4 2.3. Glutamat ve Biyosentezi……………………………………………………… 5 2.4. Glutamat Reseptörleri…………………………………………………………… 6 2.4.1. İyonotopik Reseptörler……………………………………………………….... 7 2.4.1.1. NMDA (N-metil-D-aspartat) reseptörleri………………………………........ 7 2.4.1.2. AMPA(α-amino-3-hidroksi-5-metil-4-isoksazolepropiyonik asit )/kainat reseptörleri.................................................................................................... 9 2.4.2. Metabotropik Reseptörler …………………………………………………….. 9 2.5. Glutamat Taşıyıcıları ………………………………………………………...... 11 2.5.1. GLAST (Glumat/Aspartat Taşıyıcısı) ……………………………………… 12 2.5.2. GLT-1 (Glutamat Taşıyıcısı-1) ……………………………………………… 12 2.5.3. EAAT-3 (Eksitatör Amino Asit Taşıyıcısı-3)………………………………. 13 2.5.4. EAAT-4 (Eksitatör Amino Asit Taşıyıcısı-4)…………...…………………… 14 2.5.5. EAAT-5 (Eksitatör Amino Asit Taşıyıcısı-5)……………...………………… 14 2.6. Glutamat Taşınımı (Glutamate Uptake) …………………………………… 15 2.7. Eksitotoksisite ……………………………………………………………… 17 3. GEREÇ VE YÖNTEM……………………………………………………… 20 3.1. Kullanılan Malzemeler...……………………………………………………. 20 3.2. Kullanılan Cihazlar…......…………………………..……………………… 22 3.3. Deney Düzeneğinin Hazırlanması………………………………………….. 23 3.3.1. Hücre Kültürü Uygulamaları ……………………………………………… 23 3.3.1.1. Hücre çözme …….....……………………………………..…....……...… 23 3.3.1.2. Hücrelerin pasajlanması ………………………………………………… 23 3.3.1.3. Hücrelerin sayılması ve hücre canlılığı……………………………………… 24 3.3.1.4. Dondurma besiyerinin hazırlanması………………………………………… 24 3.3.1.5. Hücrelerin dondurulması…………………………………………………… 25 3.3.1.6. Besiyeri hazırlama…………………………………………………………… 26 3.3.2. Kainik Asitin Konsantre Edilmesi ve Uygulama Dozlarının Hazırlanması…… 26 3.3.3. MTT (Metiltiazol difenil tetrazolyum) Assay Testi ve Uygulama Yapılacak Kainik Asit Dozunun Belirlenmesi................................................................................. 27 3.3.4. Hücre Kültürü ve Kainik Asit Uygulaması………………………………… 28 3.3.5. RIPA Lizis Tamponu Kullanılarak Protein İzolasyonu……………………. 29 3.3.6. Bradford Assay (Protein Miktarı Tayini)…………………………………… 29 3.3.7. Western Blot ………………………………………………………………… 31 3.3.7.1. Tampon çözeltilerin hazırlanması…………………………………………… 32 3.3.7.2. Örneklerin hazırlanması, jele yüklenmesi ve jel elektroforezi………………… 32 3.3.7.3. Jelden membrana transfer, bloklama, blotlama ve görüntüleme …………… 33 3.3.8. RNA İzolasyonu………………………………………………………… 34 3.3.9. cDNA Sentezi ……………………………………………………… 35 3.3.10. Real Time PCR (qPCR - Kuantitatif PCR) …………………………… 36 3.4. İstatistik……………………………………………………………………… 39 4. BULGULAR …………………………………………………………………… 40 4.1. MTT Sonuçlarının Değerlendirilmesi………………………………………… 40 4.2. Western Blot Sonuçlarının Değerlendirilmesi………………………………… 41 4.2.1. Bradford Assay ile Protein Miktarı Tayininin Sonuçları………………… 41 4.2.2. GLT-1 Proteininin İfadesinin Western Blot ile Tespiti …………………… 43 4.2.3. Western Blot Sonrası Bantların Image J programı ile Kuantifikasyonu… 45 4.3. Kuantitatif PCR (qPCR) Sonuçlarının Değerlendirilmesi.......……………… 47 5. TARTIŞMA …………………………………………………………………… 51 6. SONUÇLAR VE ÖNERİLER…………………………………………………… 53 KAYNAKLAR……………………………………………………………………… 54 ÖZGEÇMİŞ……………………………………………………………………………. 59

Amaç:Frajil X sendromu, Down sendromundan sonra ikinci sırada yer alan ve toplumda kalıtsal zekâ geriliğine neden olan genetik bir hastalıktır. FMR1 trinükleotid tekrar uzunluğu için referans aralığı dört kategoriye sahiptir.

Doktora Tezi., Kanserin tedavisinde kullanılan kemoterapötik ilaçların ciddi yan etkilere neden olmaları ve tedavinin ileri dozlarında kemodirenç gelişimi nedeniyle alternatif yeni sitotoksik ajanların belirlenmesine yönelik çalışmalar devam etmektedir. Bizim çalışmamızda ise ülkemizin doğusunda geniş yayılış gösteren ve halk arasında sıklılıkla tüketilen Rheum ribes L. (Polygonaceae) bitki türünün CRC hücre hatları üzerinde antikanserojenik etkiye sahip olup olmadığı araştırılacaktır. Bu bitki türü ile ilgili yapılan çalışmalar daha çok fitokimyasal analiz ve antioksidan ve antibakteriyel etkisinin değerlendirilmesine yönelik olup antikanserojenik etkilerinin moleküler düzeyde araştırıldığı herhangi bir çalışmaya rastlanmamıştır. Çalışmamızda R. ribes'e ait kök ve gövde kısımlarından 6 farklı ekstre elde edilmiştir. Tüm ekstrelerin toplam fenolik, flavonoit madde miktarları, antioksidan aktivitelerive HCT 116 ve HT-29 kolorektal kanser hücreleri üzerindeki sitotoksik etkileri belirlenmiştir. Bu analizler sonucunda en düşük dozla en yüksek sitotoksik aktivite gösteren ekstrenin kök metanol (KM) ekstresi olduğu belirlenmiş ve çalışmaya KM ekstresi ile devam edilmiştir. Sonrasında KM ekstresinin kromatografik analizle biyoaktif madde içeriği tespit edilmiştir. KM ekstresinin, CRC'nin tedavisinde yaygın olarak kullanılan kemoterapi ajanı 5-FU ile kombinasyon dozları izobologram analizi için kanser hücrelerine uygulanmış ve kombinasyonun IC50 dozunun her iki hücre içinde hafif sinerjizm gösterdiği belirlenmiştir. KM, 5-FU ve KM+5-FU'nun IC50 dozlarının uygulandığı hücrelerde miR-200 ailesi (miR-200a/b/c ve miR-141) ve hedef genlerin (EMT ve invazyonla ilişkili ZEB1, CDH1 (E-kaderin), CDH2 (N-kaderin); apoptoz ile ilişkili BCL-2, BAX, Kaspaz-3,7,8,9, CYCS (Sitokrom C), PPARG, XIAP, FAS/CD95, FAP-1; hücre döngüsü ile ilişkili p53, p21, CDK4, CDK6, CCND1, CCND2, CCND3, CDNK1B, RND3; ve TGFβ yolağıyla ilişkili TGFβ1, TGFβR1, TGFβR2, SMAD2,3,4,7) ekspresyon seviyelerindeki farklılıklar gerçek zamanlı qPCR ile değerlendirilmiştir. Morfolojik düzeyde apoptoz, TUNEL ve Anneksin V analizi ile; hücre döngüsü evrelerinin belirlenmesi, hücre döngüsü analizi ile; hücrelerin invaziv karakterleri; invazyon testi ile BCL-2, ZEB1, GATA4 ve FAS/CD95 proteinlerinin ekspresyon düzeyindeki farklılıkları ise ELISA yöntemi ile belirlenmiştir. miRNA ekspresyon analizi sonuçlarına göre, her iki hücre hattında tümör baskılayıcı fonksiyon gösteren 4 miRNA'nın ekspresyon seviyesinde de anlamlı (p, Studies are continuing to identify alternative new cytotoxic agents as chemotherapeutic drugs used in the treatment of cancer due to the serious side effects and chemo-dimer resistance in further doses of the treatment. In our study, we will investigate whether Rheum ribes L. (Polygonaceae), widespread in the eastern part of our country and a frequently consumed plant species by the population, has anti-carcinogenic effect on CRC cell lines. Studies related to this plant species mostly focuse on phytochemical analysis and estimation of antioxidant and antibacterial effects, and no studies have been reported that investigated the anti-cancerogenic effects of this plant species at the molecular level. In our study, 6 different extracts were obtained from the root and stem parts of R.ribes. Total phenolic and flavonoid contents, antioxidant activities, and cytotoxic effects of all extracts on HCT 116 and HT-29 colorectal cancer cells were determined. According to the results of these analyses, it was found that, the extract which showed the highest cytotoxic activity at the lowest dose was the root methanol (KM) extract, and hence, the study proceeded with the KM extract. Afterwards, the bioactive content of KM extract was determined by chromatographic analysis. The combination of KM extract with 5-FU, a widely used chemotherapeutic agent in the treatment of CRC, was a dministered to cancer cells for isobologram analysis and it was determined that, the IC50 dose of the combination shows slight synergism in both cells. Differences in expression levels of the miR-200 family (miR-200a/b/c and miR-141) and target genes (EMT and invasion related ZEB1, CDH1 (E-cadherin), CDH2 (N-cadherin); apoptosis related BCL-2, BAX, Caspase-3,7,8,9, CYCS (Cytochrome C), PPARG, XIAP, FAS/CD95, FAP-1; cell cycle related p53, p21, CDK4, CDK6, CCND1, CCND2, CCND3, CDNK1B, RND3; and TGFβ pathway related TGFβ1, TGFβR1, TGFβR2, SMAD2,3,4,7) were assessed by real-time qPCR in cells in which IC50 doses of KM, 5-FU and KM+5-FU were administered. Apoptosis at morphological level was determined by TUNEL and Annexin V analysis; detection of cell cycle stages was determined by cell cycle analysis; invasive character of the cells was determined by invasion test; and finally, the differences in the expression levels of BCL-2, ZEB1, GATA4 and FAS/CD95 proteins were determined by ELISA method. According to the results of miRNA expression analysis, the only dose group with a significant increase (p

TEZ11187 Tez (Doktora) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2018. Kaynakça (s. 74-82) var. xv, 85 s. : res. (bzs. rnk.), tablo ; 29 cm. Akciğer kanseri görülme sıklığı ve mortalitesi en yüksek oranda görülen bir hastalıktır. Uzun yıllardır yapılan çalışmalarda çoğu akciğer kanserinde kullanılan tedaviler başarısız olmuştur. Bu çalışmada; küçük hücreli akciğer kanser hücre hattı olan A549 hücrelerinde, TNF-bağımlı apoptoz-uyarıcı ligand (TRAIL) ile uyarılan apoptoz yolağında görev alan genlerin ekspresyon profillerinin ve bu genlerle ilgili protein miktarlarının incelenmesi; rekombinant TRAIL (rTRAIL) ve Bortezomib antitümör ajanların çeşitli kombinasyonlarının bu yolak gen ekspresyonunu ve protein miktarlarını nasıl etkilendiğinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Amacımıza yönelik olarak insan akciğer kanser hücre hattı (A549)’nın hücre kültürleri yapılmış, hücre kültürleri 3 gruba ayrılarak sürdürülmüştür. İlk grup kontrol grubudur. İkinci gruba dışardan rekombinant TRAIL proteini (rTRAIL) uygulaması yapılmış, üçüncü grup ise rTRAIL ve Bortezomib ile muamele edilmiştir. Bunun sonucunda TRAIL bağımlı apoptoz yolağında görevli genlerin ekspresyon düzeyleri ve protein seviyeleri belirlenmiştir. TRAIL bağımlı apoptoz yolağında görev alan genlerin ekspresyon düzeyleri Real Time PCR, protein seviyeleri ise Western Blot yöntemiyle belirlenmiştir. Ayrıca kültür hücrelerinde apoptoz oranı apoptoz assayle kontrol edilmiştir. Çalışmamızda TRAIL ve Bortezomib uygulaması yapılan hücrelerde TRAIL, TRAIL-R1, TRAIL-R2, TRAIL-R3, TRAIL-R4, OPG, Bcl-2, Bax, Bcl-XL genlerinin RNA ve protein ekspresyonları kontrol grubu ile karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık görülmemiştir. Lung cancer is the most common disease with the highest incidence and mortality rate. Many years of studies have failed in most lung cancer treatments. In this study; examination of the expression profiles of genes involved in the apoptosis pathway induced by the TNF-related apoptosis-inducing ligand (TRAIL) and the genes related to these genes in A549 cells. The aim of this study was to determine how various combinations of recombinant TRAIL (rTRAIL) and Bortezomib antitumor agents affected this pathway gene expression and protein quantities. For this purpose, expression and protein profiles of TRAIL-related apoptosis pathways were investigated which is plays important role on pathogenesis of lung cancer. Also effects of antitumoral agents TRAIL and Bortezomib has been investigated on apoptosis pathway. Human lung cancer cell line (A549) cell cultures was make fora aim of the study and, the cell cultures divided into 3 groups; first group is control, TRAIL protein applied externally to the second group, TRAIL protein and Bortezomib applied to the third group. Then, protein and expression levels of genes, which are functionary in apoptosis pathway, determined by Western Blot method. Ratio of apoptosis controlled by apoptosis assays. The aim of study is to acquire more information about effect of apoptosis pathway dependent TRAIL induced on obtained data in emphysema and lung cancer and effects of antitumoral agents on apoptosis pathways. In our study, no significant statistical difference were observed between the control and treatment groups for TRAIL, TRAIL- R1, TRAIL-R2, TRAIL-R3, TRAIL-R4, OPG, Bcl-2, Bax, Bcl-XL gene and protein expressions. Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TDK-2015-2609.

Doktora Tezi., Obstrüktif apne/hipoapne sendromu (OSAHS) obez bireylerde yaygın görülen çok odaklı bir hastalıktır. Leptin hormonu yağ hücrelerinde üretilen, iştah ve enerji harcanmasının düzenlenmesinden sorumlu olan bir sinyal faktörüdür. Leptinin spesifik reseptörü olan LEPR genellikle hipotalamusta işlevseldir. OSAHS’da sık görülen bir durum kronik intermittent hipoksi (CIH) ‘dir. Hipoksiyle İndüklenen Faktör-1α (HIF-1α), hipoksik koşullar altında oksijen homeostazının düzenlenmesine yanıt sağlayan bir transkripsiyon faktörüdür. Çalışmaya Konya popülasyonundan cinsiyeti erkek 154 hasta ve 39 sağlıklı bireyden oluşan kontrol grubu dahil edilmiştir. Bütün hasta ve kontrol bireylerine polisomnografi testi uygulanmıştır. Gruplar, genotip dağılımı; yaş, BMI (Body Mass İndex), boyun ve bel çevresi, AHI (Apne Hipoapne İndeksi), Total Kolesterol, Trigliserit, HDL (High-density lipoprotein), LDL (Low-density lipoprotein), Kan basıncı (Sistolik ve Diastolik), SpO2 (Oksijen saturasyonu) ve Epwort Uykululuk skalası değişkenleri ile karşılaştırılmıştır. OSAHS’ın patofizyolojik sinyal yolaklarını etkileyip etkilemediğini belirlemek için HIF-1α genindeki Pro582Ser polimorfizm ile LEPR genindeki Lys109Arg ve Lys656Asn polimorfizmlerinin genotip dağılımları ARMS-PZR ve PZR-RFLP moleküler tanı yöntemleri kullanılarak belirlenmiştir. Tüm SNP’lerde hasta ve kontrol bireyleri arasında yaş, kilo, BMI, AHI, boyun çevresi, bel çevresi, oksijen saturasyonu (p, Obstructive Sleep Apnea/Hypoapnea Syndrome is a multifactorial disease widely seen in obese individuals. Obesity and OSAHS have shared multi physiopathological mechanisms. Leptin hormone is a adipocyte-derived signaling factor that has an important role in metabolic control. Leptin is responsible for energy expenditure and reduction of food intake and Leptin’s specific receptor (LEPR) is generally functional in hypothalamus. Firstly, the aim of this study is to investigate the relation between OSAHS and Lys109Arg and Lys656Asn polymorphisms in LEPR. Chronic intermittent hypoxia (CIH) is a frequent feature of OSAHS. Cellular response to intermittent hypoxia and reoxygenation should provide insight into pathophysiological pathways in OSAHS. Hypoxia inducible factor-1α (HIF-1α) is a transcription factor that is responsible for the regulation of oxygen homeostasis under hypoxic conditions. The second aim of this study is to investigate the relation between OSAHS and Pro582Ser polymorphism in LEPR. Our study was included 154 patients and 39 healthy control individuals who were all male, from Konya populations. Diagnostic polysomnography was performed in all patients and control individuals. The results between both groups and distributions of genotyping were compared with data of ages, weight, BMI (Body Mass Index), neck and waist circumference, AHI (Apnea Hypoapnea Index), total cholesterol, triglyceride, HDL (High-density lipoprotein), LDL (Low-density lipoprotein), sistolic-diastolic blood pressure (SBP), SpO2 (saturation of oxygen) and Epworth Sleepiness Scale. The distribution of genotyping of Lys109Arg and Lys656Asn polymorphisms was determined with the method PCR-RFLP of a molecular diagnostic and HaeIII and BstU1 restriction enzyme was used, respectively. ARMS-PZR method was used for Pro582Ser polimorfizm. There were statistically significant difference between patients with OSAHS and control individulas in terms of weight, BMI, AHI, neck and waist circumference, SpO2 (P

Tüm dünyada bulaşıcı olmayan hastalıklar arasında en fazla ölüme kardiyovasküler hastalıklar sebep olmaktadır.Klopidogrel tüm dünyada koroner kalp hastalığı, serebrovasküler hastalık ve periferal arter hastalığı gibi kardiyovasküler rahatsızlıklarda sıklıkla reçete edilen ve kullanılan antitrombosit etkili ilaçların etken maddesidir. Oral yolla alınan, bağırsaklarda absorbe edilip karaciğerde metabolize edilen antitrombosit ilaçların etken maddesi olan klopidogrel bisülfatın karaciğerde ne gibi yan etkilere neden olduğu ise tam olarak bilinmemektedir.Çalışmamızda klopidogrel bisülfatın, karaciğere özgü hücreler olan hepatositler ve adipositler üzerindeki DNA hasarı ve CD68 gen anlatım düzeyleri üzerindeki etkilerini belirlemeyi amaçladık. Bunun yanı sıra kokültür uygulamasıyla hepatosit ve adipositleri bir araya getirerek, bu hücrelerin aynı ortamda bulunmasının CD68 gen anlatımlarında yaratabileceği değişikliği saptamayı da amaçladık. AML12 hepatosit ve 3T3-L1 adiposit hücre soyuna ait hücre kültürlerine ve kokültürlerine ayrı ayrı 24 saatlik 7.5 µM, 40 µM ve 75 µM dozlarında klopidogrel uygulaması yapıldı. Komet analizi yöntemiyle klopidogrel bisülfatın hepatosit ve adipositler üzerindeki DNA hasarına etkisi belirlendi. Klopidogrel bisülfatın hepatositler ve adipositler üzerinde yarattığı DNA hasarı değerlendirildiğinde DNA hasarının 7.5 µM ve 40 µM dozlarında artış gösterdiği, 75 µM uygulandığında ise düşüş gösterdiğinin saptanması, hücrelerde DNA hasar onarım mekanizmalarının devreye girdiğini düşündürmektedir. Hepatosit hücre kültürü ve kokültüründe klopidogrel bisülfata yanıt olarak CD68 gen anlatım düzeyleri değerlendirildiğinde; 7.5 µM dozlarında en yüksek seviyede gen anlatımına ulaştığı, 40 µM ve 7.5 µM dozlarında ise gen anlatım düzeyinin giderek düştüğünün saptanması, klopidogrelin yüksek dozlarda karaciğer dokusunda izlenen inflamatuar yanıtı azaltıcı yönde etki yaptığını işaret ediyor olabilir. Adiposit hücre kültürü ve kokültürlerinde ise 7.5 µM, 40 µM ve 75 µM olan ilaç uygulama dozlarının artışı ile paralel olacak şekilde CD68 gen anlatım düzeylerinin yükselmesi, ilaç dozundaki artışın yağ dokuda ve yağlanmış karaciğerde inflamatuar yanıtı uyarıcı yönde etki yaptığını göstermektedir. Yaptığımız literatür taramalarında, klopidogrelin adiposit ve hepatosit hücre soylarındaki DNA hasarı ve CD68 gen anlatım düzeyleri üzerine etkisini rapor eden bir çalışmaya rastlanmamıştır. Çalışmamız bu alanda özgün bir çalışma olma özelliği taşımaktadır. Cardiovascular diseases are the leading cause of mortality from noncommunicable diseases all over the world. Clopidogrel is a commonly prescribed antiplatelet agent in cardiovascular diseases such as coronary heart disease, cerebrovascular disease or peripheral arterial disease all over the world taken orally, absorbed in intestine and activated in liver. Whereas the possible side effects of clopidogrel on liver remains unknown.We aimed to find out the effects of clopidogrel bisulfate on DNA damage and CD68 gene expression levels in hepatocytes and adipocytes.Additionally hepatocytes and adipocytes were co-cultured in order to detect alterations in CD68 gene expression levels in hepatocytes and adipocytes grown in the same medium. Thus, AML12 hepatocytes and 3T3-L1 adipocytes were exposed to clopidogrel bisulfate in 7.5 µM, 40 µM and 75 µM concentrations for 24 hours.The effects of clopidogrel bisulfate on DNA damage in hepatocytes and adipocytes are detected via comet assay. When we evaluated the results of DNA damage in hepatocytes and adipocytes exposed to clopidogrel bisulfate, we determined that DNA damage in 7.5 µM and 40 µM concentrations tended to increase in despite of decreasing DNA damage in 75 µM concentration that may indicate DNA repair mechanism was activated in cells that were exposed to 75 µM clopidogrel bisulfate.The CD68 gene expression levels were found to decrease as a response to increasing clopidogrel applications in AML12 hepatocytes, which demonstrate that high drug levels may reduce inflammatory response in hepatocytes. The CD68 gene expression levels in adipocyte cell cultures and co-cultures were found to escalate with increasing drug concentrations may imply that increasing drug administration induced inflammatory response in fat tissues and fatty liver in contrary to hepatocytes.We did not observe any research in the literature reporting the effects of clopidogrel on CD68 gene expression and DNA damage adipocyte and hepatocyte cell lines. Our experiment is characteristic of being an original work in this area. 67

Doktora Tezi., Obstrüktif uyku apnesi (OSA) genellikle obez bireylerde yaygın görülen çok odaklı bir hastalıktır. Obezite ve OSA çoklu patofizyolojik mekanizmaları paylaşmaktadır. Leptin ve reseptörü iştah ve enerji harcanmasının düzenlenmesinden sorumludur. SH2B1 JAK/STAT yolağında leptin reseptörünün hücre içi sinyallenmesinde adaptör ve sinyal arttırıcı olarak görev yapmaktadır. Çalışmanın amacı SH2B1 varyantlarının OSA ile bağlantısının olup olmadığını açıklamaktır. Çalışmaya Konya popülasyonundan cinsiyeti erkek 160 hasta ve 76 sağlıklı bireyden oluşan kontrol grubu dahil edilmiştir. Hasta grubu VKİ'ye (≤25 kg/m2 ve ≥30 kg/m2) göre alt gruplara ayrılmıştır. Klinik olarak uyku ve antropometrik ölçümler ile kan yağları parametreleri karşılaştırmalarda kullanılmıştır. Bütün bireylere polisomnografi testi uygulanmıştır. SH2B1'de bulunan Rs7498665 (G>A), rs4788102 (A>G) ve rs7359397 (C>T) varyantlarının genotiplemesi Tetra-ARMS-PZR ile yapılmıştır. Elde edilen sonuçlar RFLP ve dizi analizi ile de test edilmiştir. Ayrıca çalışmada ARMS PZR'ı optimize etmek için Taguchi metodu uygulanmıştır. Klinik olarak alt gruplarda kan yağları ve boy değişkenleri hariç diğerleri farklı değerlendirilmiştir. Bütün bireyler dahil edilerek her bir varyanta ait genotipler arası karşılaştırma da, üç varyant için mutant genotiplerde VKİ diğer genotiplere göre anlamlı olarak daha yüksek bulunmuştur. AHI rs7498665 hariç diğer iki varyanta ait normal genotiplerde [rs4788102 (A) ve rs7359397 (C)] anlamlı olarak daha yüksek bulunmuştur. Alt gruplarda da AHI değeri benzer şekilde daha yüksek ve anlamlı çıkmıştır. Taguchi metodu Tetra-ARMS PZR optimizasyonunda kolay ve güvenilir bir şekilde uygulandı. Sonuç olarak, her üç varyant literatürle uyumlu olarak VKİ ile ilişkiliydi. Ancak rs7498665 hariç rs4788102 ve rs7359397 varyantların normal genotipleri AHI ile ilişkili olarak OSA için risk oluşturabilir. Yapılacak çalışmalar daha fazla örneklem ile Türk popülasyonunda SH2B1 varyantlarının OSA ile bağlantısının araştırılması uygun olacaktır., Obstructive sleep apnea (OSA) is a very common disease commonly seen in obese individuals. Obesity and OSA share multiple pathophysiological mechanisms. Leptin and its receptor are responsible for regulating appetite and energy expenditure. SH2B1 acts as an adapter protein and signal enhancer in the intracellular signaling of the leptin receptor on the JAK / STAT pathway. The purpose of our study is to explain the relationship of SH2B1 variants to OSA. The study population of 160 patients from Konya male gender and consisting of 76 healthy individuals were included in the control group. The patient group was divided into subgroups according to BMI (≤25 kg / m2 and ≥30 kg / m2). Clinically, sleep, anthropometric measurements and blood fat parameters were used to compare parameters. Polysomnography test was applied to all the subjects. Genotyping of variants rs7498665 (G>A), rs4788102 (A>G) and rs7359397 (C>T) found in SH2B1 was performed with tetra-ARMS-PZR and confirmed by RFLP and sequence analysis. In addition, the Taguchi method was applied to optimize Tetra-ARMS PCR in the study. Clinically, the subgroups were statistically different except for blood fat and height variables. In comparison between genotypes of each variant, including all individuals, the BM index in mutant genotypes of the three variants was significantly higher than the other genotypes. The AH index was significantly higher in normal genotypes than the other two variants except rs7498665. Similarly, the AHI score in the subgroups was significantly higher. Taguchi method was applied easily and reliably in tetra-ARMS PCR optimization. As a result, all three variants were associated with BMI in accordance with the literature. However, except for rs7498665, normal genotypes of variants rs4788102 and rs7359397 may pose a risk for OSA in relation to AHI. With more samples in further research, it would be appropriate to investigate the linkage of SH2B1 variants to OSA in the Turkish population.

Amaç: Matris yıkımında rol aldıkları bilinen ADAMTS8, -9 ve- 15 agrekanazlarının kronik inflamatuar bir hastalık olan Psoriatik artrit (PsA) patogenezindeki rollerini ve ADAMTS8, -9 ve -15 gen ekspresyon düzeylerinin inflamatuar sinyal yolaklarında hangi mediyatörler tarafından regüle edildiklerini araştırmaktır. Yöntem: 15 PsA hastasından,15 Psoriasis (Ps) hastasından ve 15 sağlıklı bireyden alınan total kandan periferik kan mononüklear hücreleri (PBMC) izole edildikten sonra bu PBMC’ lerin primer kültürleri yapıldı. PBMC’ lerde ADAMTS8, -9 ve -15 genlerinin mRNA ifadeleri qPCR yöntemi kullanılarak ölçüldü. Primer kültürleri yapılan PBMC’ ler TNF-α, IL-1β ve IL-6 sitokinleriyle uyarıldı ve uyarılmış PBMC hücrelerinin ADAMTS8, -9 ve -15 mRNA ekspresyon düzeylerindeki değişimler qPCR yöntemiyle tespit edildi. Ayrıca PBMC’ ler TNF-α, IL-1β ve IL-6 ile uyarılmadan önce mitogen-activated protein kinases (MAPK), transkripsiyon faktörü nuclear faktor kappa B (NFkB) ve signal transducer and activator of transcription 3 (STAT3) inhibitörleri ile muamele edildi ve ADAMTS genlerinin ekspresyonunun pro-inflamatuar sinyal yolaklarındaki MAPK (ERK1/2, p38, JNK), NFkB, ve STAT3 mediyatörleri tarafından regüle edilip edilmediği qPCR yöntemi kullanılarak araştırıldı. Ayrıca inhibitörlerin (ERK1/2, p38, JNK, NFkB ve STAT3) ve sitokinlerin (TNF-α, IL-1β ve IL-6) protein düzeylerindeki etkileri Western Blot yöntemi kullanılarak gösterildi. Bulgular: PsA grubunun PBMC hücrelerinde ADAMTS15 ekspresyonunun arttığı, fakat ADAMTS8 ve -9 ekspresyonlarının ise değişmediği tespit edildi. Ps grubunda PBMC hücrelerinin ADAMTS8 ekspresyonunun artış gösterdiği bulundu. Kontrol grubunda TNF- α uyarılmasıyla sadece ADAMTS15 ekspresyonunun arttığı, ADAMTS8 ve -9 ekspresyonlarının ise değişmediği gösterildi. Ayrıca, IL-1β ve IL-6 uyarılmalarıyla ADAMTS8, -9 ve -15 mRNA ekspresyonlarının değişmediği tespit edildi. Ps grubunda, ADAMTS8 ve -9 ekspresyonlarının TNF-α, IL-1β ve IL-6 uyarılmaları sonucunda azalış gösterdiği fakat, ADAMTS15 ekspresyonunun ise TNF-α, IL-1β ve IL-6 uyarılmalarıyla değişmediği bulundu. PsA grubunda, TNF-α, IL-1β ve IL-6 uyarılmaları sonucunda ADAMTS9 mRNA ekspresyonunun değişmediği, ADAMTS15 ekspresyonunun ise sadece IL-1β stimülasyonuyla azaldığı ortaya kondu. Ayrıca, TNF-α ve IL-1β stimülasyonlarının ADAMTS8 ekspresyonunu arttırdığı, IL-6 stimülasyonunun ise ADAMTS8 ekspresyonunu değiştirmediği gözlendi. Kontrol grubunda, JNK, STAT3 ve NFkB inhibisyonları sonucunda ADAMTS8, -9 ve -15 mRNA ekspresyon düzeylerinin arttığı tespit edildi. ERK1/2 ve p38 inhibisyonları sonrası ADAMTS8 ve -15 ekspresyonlarının azaldığı ama, ADAMTS9 ekspresyonunun değişmediği gösterildi. Ps grubunda, ERK1/2, p38 ve JNK inhibisyonlarıyla ADAMTS8 ve -9 ekspresyonlarının azaldığı, ADAMTS15 ekspresyonunun ise değişmediği tespit edildi. STAT3 inhibisyonuyla ADAMTS8 ekspresyonunun arttığı, ADAMTS9 ekspresyonunun azaldığı ve ADAMTS15 ekspresyonunun ise değişmediği bulundu. Öte yandan, Ps ve PsA gruplarında NFkB inhibisyonuyla ADAMTS9 ve -15 ekspresyonlarının arttığı, ADAMTS8 ekspresyonunun ise azaldığı ortaya kondu. PsA grubunda, ERK1/2, p38 ve JNK inhibisyonlarıyla ADAMTS9 ekspresyonunun arttığı, ADAMTS8 ekspresyonunun azaldığı ve ADAMTS15 ekspresyonunun ise değişmediği tespit edildi. STAT3 inhibisyonu sonucunda ADAMTS8 ve -9 ekspresyonlarının arttığı, ADAMTS15 ekspresyonunun ise değişmediği bulundu. Sonuçlar: PsA’ lı hastaların PBMC hücrelerinde diğer artirit türevlerinin literatür bulgularıyla uyumlu olarak ADAMTS8 ve -9 gen ekspresyonlarının değişmediği bulundu. ADAMTS15 ekspresyonundaki artış, ADAMTS15 enziminin PsA’ lı hastalarda artirit gelişimiyle ilişkili bir proteaz olabileceğini önermektedir. PsA patogenezinde, MAPK ve NFkB sinyal yolaklarının ADAMTS8 ve -9 mRNA düzeyleri üzerinde düzenleyici etkileri olabileceği tespit edildi. Ayrıca, STAT3 sinyal yolağının ADAMTS ailesi agrekanaz aktivitelerini farklı regülasyon mekanizmalarıyla düzenleyebileceğini gösterdik. Anahtar Sözcükler: Psoriatik artrit, ADAMTS , qPCR, biyobelirteç, PBMC Aim of this study is to investigate the roles of ADAMTS8, -9 and- 15 aggrecanases, which are known to play roles in matrix destruction, in the pathogenesis of Psoriatic Arthritis (PsA), a chronic inflammatory disease, and which mediators involved in inflammatory signaling pathways regulate the expression level of these aggrecanases. Method: Peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) were isolated from total blood obtained from 15 PsA patients, 15 Psoriasis (Ps) patients and 15 healthy individuals and their primary culture have been done. The mRNA expression levels of ADAMTS8, -9 and -15 genes in PBMCs were measured by qPCR. After the stimulation of the cultured PBMC by TNF-α, IL-1β and IL-6, the mRNA expression levels of ADAMTS genes in the stimulated PBMC were determined by qPCR. Furthermore, PBMCs have been treated by mitogen-activated protein kinases (MAPK), transcription factor nuclear factor kappa B (NFkB) and signal transducer and activator of transcription 3 (STAT3) inhibitors before the stimulation with TNF-α, IL-1β and IL-6 and the expression of ADAMTS genes whether are regulated by MAPK (ERK1/2, p38, JNK), NFkB and STAT3 mediators in pro-inflammatory signaling pathways were examined by qPCR. Moreover, the effects of the inhibitors on the activities of MAPK (ERK1/2, p38, JNK), NFkB and STAT3 were determined by Western Blot. Results: It was found that the expression of ADAMTS15 in PBMCs of PsA group was increased, but the expression levels of ADAMTS 8 and -9 did not change. The expression of ADAMTS8in in PBMCs of Ps group was increased. The expression of ADAMTS15 was increased by TNF-α stimulation, while the expression of ADAMTS8 and -9 were not changed in PBMCs of control group. Furthermore, it was determined that the mRNA expression levels of ADAMTS8, -9 and -15 mRNA were not changed by the IL-1β and IL-6 stimulations. The expression of ADAMTS8 and -9 in Ps group were decreased as a result of TNF-α, IL-1β and IL-6 stimulations; however, ADAMTS15 expression was not changed by these stimulations. It was found that there was no significant difference at the expression level of ADAMTS9 in PsA group after the TNF-α, IL-1β and IL-6 stimulations, whereas ADAMTS15 expression was decreased only by IL-1β stimulation. Moreover, it was observed that TNF-α and IL-1β simulations led to an increase in ADAMTS8 expression, while IL-6 stimulation did not alter the ADAMTS8 exipression. It was determined that the ADAMTS8, -9 and -15 mRNA expression levels were increased as a result of JNK, STAT3 and NFKB inhibitions in the control group. Furthermore, the expression levels of ADAMTS8 and -15 were decreased after ERK1/2 and p38 inhibitions, but there was no significant difference at the ADAMTS9 expression level. It was determined that the expression levels of ADAMTS8 and -9 in Ps group were decreased by ERK1/2, p38 and JNK inhibition, and ADAMTS15 expression was not changed by these inhibition. Additionaly, it was found that ADAMTS8 expression was increased by STAT3 inhibition, whereas the expression of ADAMTS9 was decreased and ADAMTS15 expression did not change. On the other hand, the expression of ADAMTS9 and -15 in Ps and PsA group were increased by NFKB inhibition, while ADAMTS8 expression was decreased. It was determined that the expression of ADAMTS9 in PsA group was increased by ERK1/2, p38 and JNK inhibitions, while ADAMTS8 expression was decreased and there was no significant difference at the ADAMTS15 expression level. STAT3 inhibition resulted in an increase in the expression of ADAMTS8 and -9, but ADAMTS15 expression was not changed by STAT3 inhibition. Conclusion: We found that the expression of ADAMTS8 and -9 were not changed in PBMCs of the patients with PsA, which is consistent with the literature findings about other arthritic derivatives. The increased expression of the ADAMTS15 gene suggests that this enzyme may be associated with the development of arthritis in PsA patients. Furthermore, we found that MAPK and NFkB signaling pathways may have regulatory effects on ADAMTS8 and -9 mRNA expression in the pathogenesis of PsA. We also showed that STAT3 signaling pathway could regulate the ADAMTS family aggrecaneses’ activities with different regulatory mechanisms. Key Words: Psoriatic Arthritis, ADAMTS, qPCR, biomarkers, PBMC Bu tez 214S024 No’ lu TÜBİTAK ve Tıp.16.024 No’ lu DÜBAP projeleriyle desteklenmiştir.

TEZ12840 Tez (Doktora) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2017. Kaynakça (s. 35-39) var. XI, 40 s. :_res. (bzs. rnk.), tablo ;_29 cm. Koroner arter hastalığı, tüm dünyada ve gelişmiş ülkelerde mortalite ve morbiditenin önde gelen nedenlerinden biridir. Koroner arter hastalığı için bilinen konvansiyonel risk faktörlerinin yanı sıra, genetik risk faktörleri ilgi uyandıran bir çalışma alanıdır. Özellikle erken yaşta görülen koroner arter hastalıklarında genetik faktörlerin önemi daha da artmaktadır. Bu çalışmada 45 yaş altı koroner arter hastası olan 101 birey ve 100 koroner arter hastalığı olmayan bireyde Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu Erime Eğrisi Analizi yöntemi kullanılarak PAI-1 4G/5G ve Koagülasyon Faktör XIII Val34Leu polimorfizmi çalışması yapıldı. PAI-1 geni için 5G/5G genotipi kontrol grubunda istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. PAI-1 geni 5G/5G genotipinin erken koroner hastalığı için koruyucu faktör olabileceği düşünülmüştür. Yine 4G/5G genotipi için hasta ve kontrol grubunda istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmuştur. Ancak 4G/4G genotipinin erken koroner hastalıkla ilişkisi gösterilememiştir. Aynı şekilde Faktör XIII Val34Leu değişikliği hasta ve kontrol gruplarında benzer bulunmuştur. Dolayısıyla bu çalışmada, erken koroner arter hastalığında söz konusu genetik değişikliklerin rol oynadığına dair bir bulgu saptanmamıştır. Coronary artery disease is one of the major factors of mortality and morbidity in all around the world including developed countries. Other than conventional well known risk factors, genetic factors constitute an important area of study for coronery artery disease. Impact of genetic factors on coronary artery disease especially for younger ages has a special importance. In this study, Real Time PCR melting curve analysis method was applied on PAI-1 4G/5G and Factor XIII Val34Leu polymorphisms to 101 patients with early coronary artery disease and 100 people who have not suffer from coronary artery disease under 45 years age. 5G/5G genotype control group were statistically significant for PAI-1 which means PAI-1 5G/5G genotype could be a protective factor for early coronary artery disease. 4G/5G genotype was also statistically valuable betweeen two groups. On the other hand any relationship has not been observed considering 4G/4G genotype with early coronary disease. Likewise Factor XIII Val34Leu changes were similar in patient and control groups. Hence in this study, we couldn’t find an evidence for PAI-1 and Factor XIII Val34Leu for playing a role on early coronary artery disease. Bu Çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi Tarafından Desteklenmiştir. Proje no: TF2011D6.

TEZ11027 Tez (Doktora) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2017. Kaynakça (s. 45-53) var. xii, 55 s. : res. (bzs. rnk.), tablo ; 29 cm. Melatonin hormonu, hayvanlarda kandaki miktarı gün döngüsü içerisinde ışık miktarıyla ters orantılı olarak değişen bir hormondur. Melatonin miktarındaki sürekli fazlalığın (körlük veya az gün ışığı alan bölgelerde yaşama gibi) cilt kanseri ve meme kanseri gibi bazı kanser tipleriyle ilişkisi bilinmektedir. Kisspeptin proteininin hücre içindeki miktarı kandaki melatonin miktarına bağlı olarak değişmekle birlikte yoğun olarak beynin hipotalamus bölgesindeki hücrelerde üretilmektedir. Kisspeptin melanomalarda ve meme kanserlerinde metastaz süpresörü olarak çalışmaktadır. Yapılan bu çalışmayla, farelerde gün ışığı alım miktarının kandaki melatonin miktarını nasıl etkilediğinin, beynin hipotalamus bölgesindeki hücrelerde bulunan kisspeptin miktarının gün ışığı alım miktarına ve kandaki melatonin miktarına bağlı olarak nasıl değiştiğinin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Ek olarak, farelerde cilt kanseri oluşturulmuş ve kanser oluşumu, metastaz oranı, gün ışığı alımı, melatonin hormonunun düzeyi ve kisspeptin proteininin düzeyi arasındaki ilişkiler ortaya konulmaya çalışılmıştır. Bu amaçla, yeni doğmuş fareler kör grup ve gün ışığı grubu olarak ayrılmış, kör gruptaki fareler karanlık ortamda ve gün ışığı grubundaki fareler 12 saat gündüz 12 saat gece ortamında 17 hafta boyunca yetiştirilmiştir. 11. hafta sonunda farelere melanoma hücre hattı aşılaması yapılmış ve tümör hacimlerinin değişimleri 6 hafta boyunca takip edilmiştir. Deney sonunda farelerin kanlarından melatonin ölçümü ve hipotalamus dokularından Kisspeptin ölçümü yapılmıştır. Ayrıca farelerin hipotalamuslarında KISS1 geninin transkripsiyon hızı tespit edilmiştir. Çalışmalar sonucunda, kör gruptaki farelerin gün ışığı grubundaki farelere göre melatonin seviyelerinin yüksek, KISS1 seviyelerinin ise düşük olduğu, tümör oluşumu gözlenen farelerin sağlıklı farelere göre melatonin seviyelerinin düşük, KISS1 seviyelerinin ise yüksek olduğu, tümör hacimleriyle melatonin seviyeleri arasında ters ve KISS1 seviyeleri arasında doğru orantılı bir ilişki olduğu ve tümör büyüme hızlarının kör gruptaki farelerde gün ışığı grubundaki farelere göre daha düşük olduğu tespit edilmiştir. Bu sonuçlar ışığında, melatoninin ve kisspeptinin kanser oluşumunda önemli birer tümör süpresör olduğu, bu iki önemli elemanın gün ışığı alımından yüksek derecede etkilendiği sonucuna varılmıştır. Bu iki önemli elemanın ayrıca birbirlerinin miktarlarından etkilendiği sonucuna varılmış ancak bu etkinin tek yönlü doğrusal bir etki olmaktan çok, daha komplike ve başka faktörlere göre de değişebilen bir etki olduğu yorumu yapılmıştır. Melatonin is a hormone whose blood level changes inversely proportional to daylight during day cycle. Relationship of skin and breast cancer with constant redundancy of melatonin (i.e. blindness, living in territories that constantly take less sunlight) is already known. Kisspeptin’s cellular level is inversely proportional with melatonin level in blood and it is mostly synthesized by the hypothalamus cells of the brain. Kisspeptin functions as a metastasis suppressor in melanomas and breast cancers. With this study, it is aimed to determine the relationship between daylight and melatonin level in blood, relationship between daylight, blood melatonin level and kisspeptin level in cells which are located at the hypothalamus region of brain. In addition, skin cancer is formed on mice to examine the relationship between cancer formation, metastasis, daylight, melatonin levels and kisspeptin levels. For this purpose, new born mice are separated as blind group and daylight group such that blind group is raised in dark and daylight group is raised in 12 hours light/12 hours dark for 17 weeks. At the end of 11th week, melanoma cell lines are inoculated to mice and tumor growth is observed for 6 weeks. At the end of the experiment, melatonin levels are measured from blood serum and kisspeptin levels are measured from hypothalamus. In addition, transcription levels of KISS1 gene in hypothalamus tissue is also detected. At the end of this study, blind group is found have higher melatonin levels and lower KISS1 expression levels with respect to daylight group. Also, melatonin levels are found to be inversely proportional and KISS1 levels are found to be directly proportional with tumor volumes. Moreover, tumor growth speed is found to be lower in blind group than in daylight group. In the light of these results, melatonin and kisspeptin are shown to be important tumor suppressors and these two important elements are highly affected by daylight. In addition, these two tumor suppressors are also found to be affected by the levels of each other, however, this relationship is speculated to be complicated and affected by other factors too instead of being simple and direct. Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TDK-2015-2966.

TEZ13190 Tez (Yüksek Lisans) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2017. Kaynakça (s. 90-95) var. XII, 97 s. :_res. (bzs. rnk.), tablo ;_29 cm. Son yıllarda insanoğlunun maruz kaldığı iyonize radyasyonun önemli bir kısmı tanı amaçlı kullanılan girişimsel radyolojik işlemlerdir. Ancak, bu işlemler sırasında hasta ve görevli personeller önemli derecede X-ışınlarına maruz kalmaktadır. X ışınların, DNA hasarına ve karsinogenezise yol açtığı ileri sürülmektedir. Girişimsel radyolojide kullanılan ve damarların görüntülenmesini sağlayan kontrast maddelerin DNA üzerine oluşturduğu hasar tam olarak bilinmemektedir. Çalışmamızın amacı; girişimsel radyolojik işlemlerde kullanılan X ışınların ve kontrast maddenin hastaların kromozomları üzerine etkisini araştırmaktı, bunun için, girişimsel anjiografiye alınan 50 hastanın (38-75 yaşları arasında 30 erkek, 20 kadın) işlem öncesi, işlemden 24 saat sonra ve 1-3 ay sonra periferik kan örnekleri alınarak kromozom analizi yapıldı. Çalışmamızda ayrıca, X ışınların etkisini araştırmak için girişimsel radyolojik işlemlerde görevli 17 personelin de kromozom analizi yapıldı. Bunun için standart sitogenetik analiz teknikleri kullanıldı. Hastalardan işlemden 24 saat sonra alınan örneklerde kromozomal düzensizliklerin, işlem öncesine göre anlamlı derecede yüksek olduğu tespit edildi (p =0,000). Aynı zamanda, 24 saat sonrası ile 1-3 ay karşılaştırıldığında, 1-3 ay sonrası kromozom hasarlarının anlamlı olarak azaldığı tespit edildi (p=0,000). Yüksek radyasyon dozuna maruz kalan hastalarda kromozom düzensizlik sıklığının istatistiksel olarak daha yüksek olduğu bulundu (p =0,042). Çalışan 17 personelin kromozom hasar oranıyla kontrol grubu (n=30) karşılaştırıldığında, radyasyona maruz kalan çalışanlarda, kromozom hasarının belirgin olarak daha yüksek olduğu bulundu (p=0,000). Bulgularımız, girişimsel radyolojik işlemlerde kullanılan X ışınları ve kontrast maddenin kromozom hasarlarına neden olduğunu ortaya koymuştur. Koroner kalp hastalarına verilecek ilaç türü ve miktarı, çekilecek radyolojik tanı işlemlerin türü ve sıklığı titizlikle ayarlanmalı ve hasta ve personelin dikkatli olmaları gerekmektedir. In recent years an important part of the ionizing radiation that human have been exposed for diagnostic purposes are interventional radiologic procedures. However, patients and staff members are exposed to X-ray during these procedures. It is estimated that X-rays lead to DNA damage and carcinogenesis. Contrast agent, whose effect on DNA is unknown, is also used during interventional cardiology procedure for imaging the heart vessels. The aim of this study was to investigate the effect of X-rays and contrast agent on chromosomes of human patients. Peripheral blood samples were taken from 50 patients (30 males, 20 females, ages between 38-75 years). Chromosome analysis of peripheral lymphocytes in 50 patients (30 men and 20 women aged 38- 75 years) were performed at 3 different periods; before the interventional radiologic procedure, 24 hours and 1-3 months after the procedure. In our study, chromosome analysis was also performed on 17 staff members working during interventional radiological procedures to investigate the effect of X-rays. Standard cytogenetic analysis techniques were used for this study. The frequency of chromosomal aberrations was significantly higher in patients 24 hours after the interventional radiologic procedures than pretreatment (p=0,000). At the same time, chromosomal aberrations after 24 hours compared with those taken 1-3 months later, shown that the chromosomal aberrations were significantly reduced after 1-3 months (p=0,000). We also found that the frequency of chromosomal aberrations was also statistically higher in patients exposed to high radiation doses (p=0,042). Compared with the control group (n=30), chromosomal aberrations were found significantly higher in workers exposed to radiation. Our findings have shown that X-rays and contrast agents that used in interventional radiological cause chromosomal damage. The coronary heart patients should be carefully adjusted by the type and amount of medication, the type and frequency of radiological diagnostic procedures and the patients and staff should be careful. Bu Çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi Tarafından Desteklenmiştir. Proje no: TYL-2015-5066.

Larinks kanseri, baş boyun kanserlerinin ortalama %25'ini oluşturmakta ve genellikle orta yaş ya da ileri yaş erkeklerde görülmektedir. Larinks kanserlerinin %90'dan fazlası yassı hücre kanserleridir. Solid tümörler bilinen tüm kanserlerin %90'ını oluşturmaktadır. Solid tümörlerin en yaygın özelliği ve önemli çevresel streslerden biri hipoksidir. Oksijen konsantrasyonunun fizyolojik seviyenin altına düşmesi, in vitroda insan embriyonik kök hücrelerinin devamlılığını, spontan farklılaşmanın azalmasını sağlamakta, kendini yenilemeyi desteklemektedir. Kök hücre ve kanser hücreleri arasındaki benzerlikler her iki grubun gen ekspresyonunun düzenlenmesinde ortak yolaklar olabileceğini düşündürmektedir.Çalışmamıza Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Kulak Burun Boğaz Anabilim Dalı'nda skuamoz hücreli larinks kanser teşhisi almış 26 hasta dahil edildi. Dokulardan RNA izolasyonu yapılarak tümör ve normal dokularda hipoksinin indüklediği faktörler ve embriyonik kök hücre genlerinin ekspresyon düzeyleri karşılaştırıldı. Çalışmamızda tümör dokularında HIF-1α, OCT4 ve NANOG genlerinin ekspresyonunun normal dokuyla karşılaştırıldığında arttığı saptandı. Ayrıca Hep2 larinks kanseri ve FaDu farenks kanseri hücre serileri hipoksiye maruz bırakılarak, hipoksinin, HIF-1α, HIF-2α, SOX2, OCT4, NANOG, CD133, ESRRA genleri üzerindeki etkisi belirlendi. Çalışmamızda hipoksiye maruz bırakılan Hep-2 hücrelerinde HIF-1α, HIF-2α, SOX2, OCT4, NANOG, CD133 ve ESRRA genlerinin mRNA ekspresyonlarında artış gözlenirken, FaDu hücrelerinde HIF-1α ve SOX2 mRNA ekspresyonunda azalma, HIF-2α, OCT4, NANOG, CD133 ve ESRRA mRNA ekspresyonlarında artma gözlenmiştir. Hücreler ESRRA inhibitörü XCT790 ile muamele edildiğinde, hücrelerde hipoksinin indüklediği gen ekspresyon profilinin değiştiği saptanmıştır. Bu çalışma sonunda larinks kanseri tedavisinde hipoksinin etkisini azaltılmasında yeni stratejiler geliştirilmesine yönelik bir yaklaşım sunulmuş oldu.Anahtar kelimeler: Larinks kanseri, hipoksi, embriyonik kök hücre genleri,Real Time-PCR Laryngeal cancer accounts for about 25% of head and neck cancers and is usually seen in men of middle or older age. More than 90% of laryngeal cancers are squamous-cell cancers. One of the most common features of solid tumors and one of the major environmental stresses is hypoxia. The reduction of the oxygen concentration below the physiological level, promotes maintanance and self-renewal of the human embryonic stem cells, and reducing spontaneous differentiation in vitro. Similarities between stem cell and cancer cells suggest that both groups may use common pathways in the regulation of gene expression.Twenty six patients with squamous cell laryngeal carcinoma who were diagnosed at University of Cukurova Medical School, Department of Otolaryngolgy were included in this study. RNA isolation from tissues was performed to compare the expression levels of hypoxia inducible factors and embryonic stem cell genes in tumor and normal tissues. In our study, it was determined that the expression of HIF-1α, OCT4 and NANOG genes were increased in tumor tissues compared to normal tissues. Furthermore, for determining the effect of hypoxia on HIF-1α, HIF-2α SOX2, OCT4, NANOG, CD133, ESRRA genes, Hep2 larynx cancer and FaDu pharynx cancer cell lines were exposed to hypoxia. In our study, mRNA expressions of HIF-1α, HIF-2α, SOX2, OCT4, NANOG, CD133 and ESRRA genes were elevated in hypoxia-exposed Hep-2 cells, in hypoxia exposed FaDu cells, mRNA expression of HIF-1α and SOX2 were decreased, HIF-2α, OCT4, NANOG, CD133 and ESRRA mRNA expressions were increased. When cells were treated with the ESRRA inhibitor XCT790, hypoxia-induced gene expression profiles were changed. Our study provides a new approach to develop new strategies in reducing the effect of hypoxia in the treatment of larynx cancer.Key Words: Larynx cancer, hypoxia, embryonic stem cell genes, Real Time-PCR 131

TEZ10145 Tez (Yüksek Lisans) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2016. Kaynakça (s. 57-63) var. xii, 67 s. : res. (bzs. rnk.), tablo ; 29 cm. Down sendromu ya da trisomi 21, 21. kromozomda yer alan genlerin 3 kopyasının ekspresyonuna bağlı en sık görülen genetik hastalıktır. Bu durum, olguların yaklaşık %90’ında mayoz süresince maternal kromozom ayrılamamasından kaynaklanmaktadır. Kromozomal ayrılamama ve folat metabolizması arasındaki ilişki son yıllarda ilgi çekmeye başlamıştır. Folat, bölünme ve diğer aşamalarda epigenetik düzenleyici olan hücresel metilasyon reaksiyonlarındaki görevinden dolayı, hücre bölünmesi boyunca genetik materyal dağılımında önemli role sahiptir. MTHFR (Metilentetrahidrofolat redüktaz); 5,10- metilentetrahidrofolat‘ı, homosisteinin metionine remetilasyonu için metil vericisi olan 5-metiltetrahidrofolat’a dönüşümünü katalizlemektedir. MTHFR, DNA sentezi ve metilasyon reaksiyonları gibi önemli yolaklarda etkilidir. MTHFR geninde meydana gelen en yaygın polimorfizmler C677T (rs1801133) ve A1298C (rs1801131)’ dir. Bu çalışmanın amacı Down Sendromlu çocuk sahibi olma durumu ile maternal MTHFR C677T ve A1298C polimorfizmleri arasındaki ilişkiyi araştırmaktır. Ayrıca hasta ve kontrol gruplarında serum homosistein ve folat düzeyleri de tespit edilmiştir. C677T polimorfizmi için genotip ve allel frekansları bakımından hasta ve kontrol grubu arasında istatistiki olarak önemli bir fark saptanmıştır (p0.05). Serum folat ve homosistein düzeyleri karşılaştırıldığında hasta ve kontrol grubunda istatistiki olarak önemli bir fark olduğu gözlenmiştir. Serum folat (ng/mL) ve homosistein (nmol/mL) değerleri ortalaması hasta ve kontrol gruplarında sırasıyla 6.05;7.85 / 13.46;18.14 bulunmuştur. Down Syndrome or Trisomi 21 is the most common genetic disease releated with expression of 3 copies located on 21. choromosome genes. This situation, about 90% of cases, originate from maternal choromosome nondisjunction during meiosis. In recent years, the relation between choromosome nondisjunction and folate metabolism has begun to drawn attention. Folate has an important function the distiribution of genetic material during segmentation because of its function, which is epigenetic regulatory in segmentation and other stages, in cellular methylation reactions. MTHFR (Methylenetetrahydrofolate Reductase); catalyzes the transformation of 5,10- Methylenetetrahydrofolate to 5- Methyltetrahydrofolate, which is a methyl transmitter, for remethylation of homocysteine to methionine. MTHFR is effective in important pathways as DNA synthesis and methylation reactions. The most common polymorphisms occuring in MTHFR gene are C677T (1801133) ve A1298C (1801131). The objective of this study is to explore the relation between the condition of having children with Down Syndrome and maternal MTHFR C677T and A1298C polymorphisms. Besides, homocysteine and folate levels were also determined in case and control groups. A statistically significant difference was determined between case and control groups in terms of genotype and allele frequencies for C677T polymorphism (p0.05). When serum folate and homocysteine levels were compared, a significant difference was observed statistically in case and control groups. The average level of serum folate (ng/mL) and homocysteine (nmol/mL) were observed within the case and control groups 6.05; 7.85/ 13.46;18.14, respectively. Key words: Down syndrome, folic acid. Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TF2013YL6.

Kırkyedi Kolon Adenokarsinom ve kırk Mide Adenokarsinom vakasında, glutatyon-S-transferaz (GST) Omega (O1) ve GST Kappa (K1) izozimlerinin immünohistokimyasal bulguları değerlendirildi. Bu hastalara ait dokular boyanma şiddetine göre karşılaştırıldığında; Kolon Adenokarsinomada GSTO1 ve GSTK1 izozimlerinin protein ekspresyonlarının tümörlü dokularda normal dokulara oranla daha fazla olduğu bulunmuştur (p=0,0000; 0,0000,05). Glutathione-S-transferase (GST) Omega and GST Kappa immunohistochemical staining results were evaluated in 47 cases of colon adenocarcinoma and 40 cases of stomach adenocarcinoma. When the tissues of these cases were compared according to their staining intensity, GSTO1 and GSTK1 expressions in colon adenocarcinoma were found significantly higher than those in normal colon tissues (p=0,0000; 0,000

Doktora Tezi., Kolorektal Kanser Riski ile Hipoksiyle İndüklenen Faktör-1Alfa (HIF-1α) ve von Hippel-Lindau (VHL) Gen Polimorfizimleri Arasındaki İlişki Kolorektal kanser insanda sık görülen dört kanser türü arasında yer alır ve ölüme götüren kanserler içerisinde ikinci sıradadır. Kolorektal kanser oluşumunda çevresel ve genetik faktörler etkilidir. Birçok kanser türünün gelişmesinde etkili olduğu düşünülen HIF-1α geni hücrenin hipoksiye cevabının anahtar regülatörüdür. VHL tümör baskılayıcı bir gendir ve hipoksiye cevap yolağında önemli rol alır. Bu çalışmanın amacı, HIF-1α geninin C1772T (rs11549465) ve G1790A (rs11549467) polimorfizmleri ile HIF-1α'nın oksijen-bağımlı degradasyonunu regüle eden VHL genin 5'UTR bölgesindeki fonksiyonel rs779805 polimorfizminin ve ayrıca yaş, cinsiyet, ailede kanser öyküsü, sistemik hastalıklar, beyaz toprak maruziyeti, sigara ve alkol tüketiminin kolorektal kanser riski ile ilişkisini araştırmaktır. Çalışmaya, kolorektal kanser tanısı almış 92 hasta ile kontrol grubu olarak 101 birey alındı. DNA izolasyonu için periferal kan kullanıldı. HIF-1α genindeki rs11549465 C>T ve rs11549467 G>A polimorfizm değişimlerini genotiplemek için ARMS-PZR; VHL rs779805 A>G polimorfizm değişimini genotiplemek için PZR-RFLP moleküler tanı yöntemleri kullanıldı. Hasta ve kontrollerde HIF-1α geni C1772T, G1790A ve VHL geni rs779805 polimorfizmlerinin genetik modellere göre frekansları belirlendi. HIF-1α C1772T polimorfizminin CT/TT genotipleri hasta grubunda daha fazla sayıda bulundu (P0.05). Çalışmamızın sonuçları; ileri yaş, erkek cinsiyet, ailede kanser öyküsü, eşlik eden hastalıklar ve beyaz toprak maruziyeti gibi risk faktörlerine ilaveten, HIF-1α C1772T polimorfizmi CT/TT genotip taramasının, kolorektal kanserin erken tanısında avantaj sağlayabilir birer risk belirteci olabileceklerini göstermiştir., Colorectal cancers are among the four most frequently seen cancers in humans and the 2ndin terms of fatality. Environmental and genetic factors have role in the formation of colorectal cancer. HIF-1α gene, which is thought to have role on development of many cancer types, is the key regulator of cell's response to hypoxia.VHL is a tumor-suppressive gene and has critical role along the pathway of hypoxia response. The aim of this study is to investigate the relation of the C1772T (rs11549465) and G1790A (rs11549467) polymorphisms of HIF-1α gene and the functional rs779805 polymorphism of 5'UTR region of the VHL gene, regulating the oxygen-dependent degradation of HIF-1α, and age, gender, cancer history of family, co-existing diseases, exposure to white soil, consumption of cigarette and alcohol with the risk of colorectal cancer. In the study, 92 patients who have been diagnosed to have colorectal cancer and 101 healthy controls were included. Peripheral blood was used for isolating DNA. ARMS-PZR and PZR-RFLP molecular diagnostic methods were used respectively, to genotype the HIF-1α gene's rs11549465 C>T and rs11549467 G>A, and VHL gene's rs779805 A>G polymorphism transformations. The frequencies of HIF-1α gene's C1772T and G1790A, and VHL gene's rs779805 polymorphisms in patients and controls were determined, according to genetic models. CT/TT genotypes of HIF-1α C1772T polymorphism were found to increase the risk of colorectal cancer in patients (p0.05) The findings from our study demonstrates that, in addition to risk factors for colorectal cancer, of higher age, male gender, cancer story in family, co-existing diseases, and exposure to white soil, scanning CT/TT genotypes of HIF-1α C1772T polymorphism can be advantageous in early-diagnosis of colorectal cancer.

TEZ10554 Tez (Yüksek Lisans) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2014. Kaynakça (s. 50-53) var. xiv, 59 s. : res. (bzs. rnk.), tablo ; 29 cm. İşitme kaybı bireyin konuşma, ifade etme, algılama ve sosyal hayatın gelişiminde ciddi aksaklıklara neden olabilen en yaygın algılama bozukluklarından biridir. Yaklaşık 1000 doğumda 1 gözlenip bu vakaların %50’sinde genetik diğer %50’sinde ise çevresel faktörler etkili olmaktadır. GJB2 (Konneksin26, Cx26) geninde meydana gelen mutasyonlar sendromik olmayan, otozomal resesif geçiş gösteren işitme kaybı bulunan vakaların yaklaşık%70’inde gözlenmiştir. Vaka rapor çalışmamıza Adana ilinin Kozan ilçesinde yaşayan ve konjenital işitme kaybı gözlenen 2 farklı aile dahil edildi. İşitme kaybı olan bireylerin yanı sıra herhangi bir mutasyon ya da polimorfzim söz konusu olduğunda hastalığa ne kadar etkisi olduğunu daha net anlayabilmek için işitme kaybı gözlenmeyen kardeşler ve ebeveynler de kontrol olarak ele alındı. 1. ailemizde 5 hasta ve 2 kontrol, 2. Ailemizde ise 4 hasta ve 5 kontrol olmak üzere toplam 16 birey araştırıldı. Toplanan kanlardan tuzla çöktürme yöntemi ile DNA’lar izole edilip ve PZR yöntemi kullanılarak GJB2 geninin tüm bölgeleri çoğaltılıp, sekanslama yöntemi ile tüm nükleotid dizisi belirlenerek mutasyonlar ve polimorfizmler tespit edildi. Çalışmamız sonuçlarına göre bulduğumuz mutasyonların ve polimorfizmlerin bazılarının işitme kaybı şiddetine bazılarının ise hastalığın oluşumuna dolaylı yoldan etki ettiği düşünülmektedir. Hearing loss is one of the most common sense defects, leading to serious disruptions in developing of comminication, expression, perception and social life of person. Hearing loss affects about 1 in 1000 newborns and a genetic basis is assumedin at least 50% of the cases. Enviromental effects are responsbility for other 50 percent. Mutations in GJB2 gene have been seen at 70% of the cases with hearing loss which are non-syndromic and autosomal recessive. Two different family living in Kozan disrict of Adana city and having hearing loss, were included to our case study report. As well individuals with hearing loss, their brothers and parents, not having hearing loss, were involved as control to understand better the effects of mutations and polymorphisms when they are discovered. The first family involve 5 patient and 2 control and second family involve 4 patient and 5 control. 16 individuals were researched. DNAs were isolated from blood donors by salt precipitation method and all regions of GJB2 gene were amplified. All mutations and polymorphisms were found by determining all nucleotid sequence. Results of our study showed that some of mutations and polymorphisms found affect to the severity of hearing loss as direct, some affect occurrence of illness as indirect. Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TF2013YL5.

TEZ10362 Tez (Yüksek Lisans) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2013. Kaynakça (s. 43-49) var. xiii, 52 s. : res. (bzs. rnk.), tablo ; 29 cm. Hamilelikte sigara içiminin fetüs gelişiminde ve büyümesinde zararlı etkilerinin olduğuna dair kanıtlar bulunmasına rağmen her 3 kadından biri erken hamilelik döneminde sigara içmektedir. Nikotin sigarada bulunan en önemli toksik bileşenlerden biridir. Biz de çalışmamızda hamilelikte sigara kullanımının tehlikelerine dikkat çekebilmek için; nikotinin, insan amniyotik hücre kültürlerinde Sox2 ve Sox4 genlerinin ekspresyon düzeyleri üzerine etkisini göstermeyi amaçladık. Ayrıca toksik bileşiklere karşı antioksidanların önemini vurgulayabilmek için; nikotinle muamele edilen insan amniyotik hücre kültürlerinde bir antioksidan olan resveratrolün belirlediğimiz genlerin ekpresyon düzeylerinde nasıl bir etkiye sahip olduğunu göstermeyi hedefledik. Çalışmamıza 20 hasta dahil edilmiş olup her hasta için; kontrol hücre kültürü grubu, nikotin ile muamele edilen hücre kültürü grubu ve resveratrol + nikotin ile muamele edilen hücre kültürü grubu oluşturulmuştur. Grupların her birinde Sox2 ve Sox4 genlerinin ekspresyon düzeyleri real time RT- PCR ile incelenmiştir. Çalışmamız sonuçlarına göre nikotin ile muamele edilen hücre kültürü gruplarında Sox2 ve Sox4 genlerinin ekspresyon düzeyleri değişiklik göstermiş ve istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. (p değerleri Sox2 için p=0,005 - Sox4 için p=0,000). Nikotin ve resveratrol + nikotin grubu karşılaştırıldığında da istatistiksel olarak anlamlı bir fark elde edilmiştir. (p değerleri Sox2 için p=0,036 - Sox4 için p=0,026) Sonuç olarak nikotinin insan amniyotik hücre kültürlerinde Sox2 ve Sox4 genlerinin ekspresyon düzeylerini değiştirdiği, resveratrolün de nikotin muamelesi ile artan Sox2 ve Sox4 ekspresyon düzeyini azaltma da önemli bir antioksidan olduğu saptanmıştır. Although there are various evidence relating to the smoking during gestation harms to development and growth of fetus, one-third of women smoke during pregnancy. Nicotine in cigarette is one of the most important toxic components. For this reason, in our study we aimed to show the effects of nicotine in human amniotic cell cultures upon the expression levels of Sox2 and Sox4 genes. In addition, we aimed to show the effect of resveratrol, kind of an antioxidant, upon the expression levels of genes we examined on nicotine treated human amniotic cell cultures to emphasize importance of antioxidant against toxic components. The twenty patients included to our study and the third group was created for each patients. The groups respectively are called control cell culture group, nicotine treated cell culture group and resveratrol + nicotine treated cell culture group. The levels of expression Sox2 and Sox4 genes were examined by real time RT-PCR method for each group. The Sox and Sox4 genes showed changes in expression levels and were statistically significance according to our results. (p=0,005 for Sox2- p=0,000 for Sox4). A statistically significant difference was found between nicotine group and resveratrol + nicotine group were compared. (p=0,036 for Sox2- p=0,026 for Sox4) As a result, we founded that nicotine changes the expression levels of Sox2 and Sox4 genes and examined that resveratrol is an important antioxidant to reduce expression levels of Sox2 and Sox4 genes increased by treatment of nicotine. Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TF2012YL4.

Yirmisekiz adet nodüler hiperplazi, 17 adet folliküler adenoma, 18 adet papiller karsinom, 6 adet folliküler karsinom vakasında, glutatyon-S-transferaz (GST) pi(P), GST mü(M1), GST teta(T1) ve sitokrom P450 (CYP) 1A1, CYP1B1, CYP2E1'in immünohistokimyasal bulguları değerlendirildi. Bu hastalara ait dokular boyanma şiddetine göre karşılaştırıldığında; papiller karsinomada CYP1A1 izoziminin nodüler hiperplazi ve folliküler adenomaya göre daha fazla eksprese edildiği (p0,05) görüldü. Bu bulgulara göre GSTP, CYP1A1 ve CYP1B1 tiroid kanserinde diagnostik açıdan önemlidir. GST ve CYP izozimleri immünohistokimya sonuçları, klinik parametrelerle karşılaştırıldığında; CYP ve GST izozimlerinin ekspresyonları hastalık durumlarında yaşa, cinsiyete, tümör evre, sigara içimi, TSH, sT3 ve sT4 seviyelerinde farklılık göstermedi (p>0,05). Fakat CYP1B1 izoziminin ekspresyonu sT3 seviyesinde ve CYP1A1 izoziminin ekspresyonu sigara içimine göre farklılık gösterdi (p0,05). According to these results, GSTP, CYP1A1 and CYP1B1 were important in the diagnosis of thyroid carcinoma. When the immunohistochemical results of CYP and GST isoenzymes were correlated with the clinical parameters, they were not correlated with age, sex, tumor stage, smoking status, TSH, sT3, sT4 levels (p>0,05). However, there were correlations between CYP1B1 expression and sT3 levels; CYP1A1 expression and smoking status (p

Bu araştırmada, sıçanlarda karbon tetrakloridin neden olduğu oksidatif stres ve karaciğer hasarı üzerine Cynara scolymus L. yaprak ekstraktının etkileri araştırıldı.Çalışmada 42 adet 4 aylık Wistar cinsi erkek albino sıçan kullanılarak 6 grup oluşturuldu. Kontrol grubu, intraperitonel yolla zeytinyağı verilen zeytinyağı kontrol grubu ve gavaj tekniği ile enginar yaprağı ekstraktı verilen Cynara scolymus L. kontrol grubu CCl4 uygulaması almadı. CCl4, CCl4 doğal iyileşme ve küratif grup deney hayvanlarına çalışmanın ilk 10 gününde zeytin yağında 1:1 oranında çözdürülen CCl4 (0,2 ml/kg) intraperitonel yolla verildi. CCl4 uygulaması sonrasında küratif gruptaki deney hayvanlarına 14 gün boyunca intragastrik olarak gavaj yöntemi ile Cynara scolymus L. yaprak ekstraktı (1,5 g/kg) distile suda çözündürülerek verildi. CCl4 grubu sıçanlardan 10. gün, diğer deney gruplarımızdaki sıçanlardan ise çalışmanın 24. günü tamamlandıktan sonra, etik kurallara uygun olarak anestezi altında, uygun teknikler kullanılarak kalp kanı ve karaciğer doku örnekleri alındı. Kan serumlarında aspartat aminotranferaz (AST), alanin amino transferaz (ALT), alkalen fosfataz (ALP) ve laktat dehidrogenaz (LDH); hemolizat ve homojenatta katalaz ve süperoksit dismutaz (SOD) aktivitesi ile malondialdehit (MDA) düzeyi ölçüldü. Karaciğer dokusunda DNA fragmantasyonu ölçümü yapıldı.Karaciğer hasarı oluşumu sonrasında Cynara scolymus L. yaprak ekstraktı verilen küratif grupta AST enzim aktivitesinin çok önemli düzeyde kontrole yaklaştığı, ALT ve ALP enzim aktivitelerinin ise CCl4 grubuna göre düşük olduğu belirlendi.Hemolizatta küratif grup SOD inhibisyonu ve katalaz aktivitesinin kontrole yaklaştığı; CCl4 doğal iyileşme grubuna göre küratif grup hemolizat MDA düzeyinin azaldığı belirlendi.Karaciğer homojenatında CCl4 uygulanan gruplarda SOD inhibisyonunda azalma bulundu. Küratif grupta SOD inhibisyonunda azalmanın daha az olduğu belirlendi. Küratif grup homojenat katalaz aktivitesinde artış belirlendi. Küratif grup homojenat MDA düzeyinin CCl4 doğal iyileşme grubuna göre düşük olduğu belirlendi.CCl4 kullanımı sonucunda DNA fragmantasyonunun arttığı ve Cynara scolymus L. yaprak ekstraktının kullanıldığı küratif grupta DNA fragmantasyonunun azaldığı belirlendi.Histolojik yönden incelendiğinde; CCl4 ile oluşturulan karaciğer hasarının Cynara scolymus yaprak ekstraktı kullanımı sonucunda azaldığı belirlendi.Sonuç olarak, karaciğerde hasara sebep olan karbon tetrakloridin neden olduğu oksidatif stres ve karaciğer hasarı üzerine Cynara scolymus L. yaprak ekstraktının önemli ölçüde hasarı azaltma yönünde etkili olduğu belirlendi. In this study, the effects of Cynara scolymus L. leaf extract on oxidative stress and liver damage were investigated.Totally, there were 42, 4-month old Wistar male albino rats in 6 groups in the study design. Three groups did not receive CCl4; which were control group, olive oil control group receiving olive oil intraperitoneally and Cynara scolymus L. control group receiving artichoke leaf extract by gavage technique. Three other groups were intraperitoneally given CCl4 (0,2 ml/kg) dissolved in olive oil (1:1) for the first 10 days of the study, which were CCl4, CCl4 natural recovery and curative groups. Then, the following 14 days the curative group intragastrically received the Cynara scolymus L. (1,5 g/kg) leaf extract dissolved in distilled water by gavage technique and meanwhile CCl4 natural recovery group was left to recover itself. Afterwards, heart blood samples and liver tissue samples were collected from each rat in all the groups under anesthesia following the ethics regulation. The sample collection was carried out at the end of day 10 for CCl4 group and at the end of day 24 for the other groups. Moreover, aspartate aminotransferase (AST), alanin amino transferase (ALT), alkaline phosphatase (ALP) and lactate dehydrogenase (LDH) parameters were measured from blood serum samples; catalase and superoxide dismutase (SOD) activity and malondialdehyde (MDA) levels were measured from haemolysate and homogenate samples; and DNA fragmentation was analyzed from liver tissue samples.The test results showed that, after the liver damage, the curative group receiving the Cynara scolymus L. leaf extract had AST enzyme activity levels close to the control values, and ALT and ALP enzyme activity levels lower than the CCl4 group.The SOD inhibition and catalase activity measures of the haemolysate samples of the curative group were close to the control values. Also, the curative group MDA levels were lower than that of the CCl4 natural recovery group.The liver homogenate of the CCl4 group had decreased SOD inhibition measures. Curative group liver homogenate had decreased SOD inhibition measures to a lesser degree. In addition, the curative group liver homogenate MDA level was lower than that of the CCl4 natural recovery group. However, there was an increase in the catalase activity of the curative group liver homogenate.The results indicated that the DNA fragmentation was increased by CCl4 application and the fragmentation was decreased in the curative group receiving the Cynara scolymus L. leaf extract.Histological analysis provided evidence for Cynara scolymus L. leaf extract to decrease the liver damage induced by CCl4 application.Overall, the study showed that Cynara scolymus L. leaf extract has an important effect on decreasing the oxidative stress and liver damage induced by CCl4. 127

Spinoserebellar Ataksi (SSA), beyincik, beyin sapı ve omurilikte ilerleyen fonksiyon bozukluğu ile karakterize, zamanla ilerleyen, dejeneratif, şu ana kadar birçok farklı tipi belirlenmiş bir genetik hastalıktır. Klinik semptomlar genellikle yürüyüşte bozulma, el ve ayak hareketlerinin koordinasyonunda azalma, konuşmada bozukluk, görme kaybı ve bunama olarak sıralanabilir. Hastalarda genellikle beyincik atrofisi görülmekle birlikte farklı tipteki ataksilerin beyinciğin farklı bölgelerini etkilediği bilinmektedir. Günümüzde farklı kromozomal lokus ya da gen farlılığına göre 30'nin üzerinde farklı tipleri olan kalıtsal SSA hastalığı tanımlanmış durumdadır. Farklı tipteki SSA'ların klinik belirtileri birbirleriyle çok benzer olmakla birlikte, bu sendromun farklı tiplerine neden olan gen bölgeleri ve bu bölgelerdeki mutasyonlar farklılık göstermektedir. Bu nedenle hastalığın klinik tanısı çok zor olmakla birlikte, hastalığa neden olan özgün lokustaki genetik düzensizliğin moleküler yöntemlerle belirlenmesi tanının kesin olarak yapılabilmesine olanak sağlamaktadır. SSA hastalığına neden olan mutasyonlar birkaçı dışında üçlü nükleotit tekrarlarındaki (TNR) anormal artışlardan kaynaklanmaktadır. SSA7'ye 3'üncü kromozomun p21.1 bölgesinde bulunan ATXN7 geninin üçüncü ekzonundaki tekrar artışları ve SSA17'ye 6'ıncı kromozomun q27 bölgesinde bulunan TATA box-binding protein (TBP) geninin üçüncü ekzonundaki tekrar artışları sebep olmaktadır.Bu çalışmada, Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Nöroloji ve Pediatrik Nöroloji servislerine başvurmuş, SSA teşhisi konmuş hastalardan ve sağlıklı kişilerden kan örnekleri toplandı. Hasta ve normal bireylerin SSA7 ve SSA17 bölgeleri için tekrar sayıları, tekrar artışı gösteren bölgelerin PCR amplifikasyonu yoluyla çoğaltılmasının ardından elde edilen PCR ürünlerinin agaroz jel elektroforezi yapılıp uzunlukları bilinen DNA parçalarıyla karşılaştırılması yoluyla belirlendi.Çalışmamızda; SSA7 taramalarında 1 bireyde (1/60, %1,7) tam penetrans, SSA17 taramalarında ise 3 bireyde (3/159, %1,9) 43-48 arasında TNR sayısı olan düşük penetrans, 3 bireyde (3/159, %1,9) 49-66 TNR sayısı ile tam penetrans gösterdiği ve hepsinin genotipinin heterozigot olduğu saptandı. SSA7 ve SSA17'nin görülme sıklıkları, normal bireylerde görülen tekrar sayılarının ortalamaları ve frekansları belirlendi. Ayrıca, hasta bireylerdeki tekrar sayılarının hastalık başlama yaşıyla ilişkisi incelendi. Spinocerebellar Ataxia (SCA) is a progressive, degenerative, genetic disease with multiple types determined until now. It is characterized by the progressive function disorder in cerebellum, brainstem and spinal cord. Clinical symptoms are generally incoordination of gait, poor coordination of hands and feet, distortion of speech, loss of vision and dementia. Mostly atrophy of the cerebellum is seen in patients however, it is known that different ataxias affect different regions of the cerebellum. Today, more than 30 different types of hereditary SCA is determined according to different chromosomal locus or different gene. Different types of ataxias have very similar clinical symptoms however, they are caused by different gene locus and mutations in these locus are also different. Due to this reason clinical diagnosis of the disease is very hard but mutations in the specific locus can be determined by molecular methods and disease can be diagnosed. The mutations causing SCA are usually the abnormal increases in trinucleotide repeats (TNR). SCA7 is caused by the increased repeats in ATXN7 gene which is located on p21.1 region of 3rd chromosome and SCA17 is caused by the increased repeats in TATA box-binding protein (TBP) gene which is located on q27 region of 6th chromosome.In this research, blood samples are collected from patients who applied to Neurology and Pediatric Neurology clinics of Çukurova University Medical School and are diagnosed for SCA and from healthy people for control. The repeat numbers of the SCA7 and SCA17 regions of the patients and normal people are determined by the PCR amplification of the regions that show expansion followed by agarose gel electrophoresis to compare these PCR products with the known DNA fragments.In our research; during SCA7 screening 1 person (1/60, 1,7%) is identified as having full penetrance, during SCA17 screening 3 people (3/159, 1,9%) are identified as having low penetrance with 43-48 TNR numbers, 3 people (3/159, 1,9%) are identified as having full penetrance with 49-66 TNR numbers and all having heterozygous genotype is determined. Prevalences of the SCA7 and SCA17, averages and frequencies of the repeat numbers are determined. Furthermore, relation of the repeat numbers and disease onset age is examined. 68

Östrojen Reseptör Alfa Geni Xba I ve Pvu II Polimorfizmlerinin Postmenopozal Osteoporozlu Hastalarda İncelenmesi Osteoporoz, kemik mineral yoğunluğunun (KMY) azalması ve kemik dokunun mikromimari yapısının bozulması ile karakterize multifaktöriyel bir hastalıktır. Kemik mineral yoğunluğunu etkileyen birçok çevresel faktör, genetik yapı ve osteoporoz patogenezi arasındaki ilişki incelenmiş ve birçok aday genin varlığı rapor edilmiştir. Ancak bu genlerin kemik kütlesi üzerine olan etkisi ile birbirleri ve çevresel etkenlerle olan etkileşimleri halen net değildir.Bu çalışmada, 107 postmenopozal kemik mineral yoğunluğu açısından 73 normal ve 34 osteoporotik kadında osteoporozla ilgili kriterler, lomber omurga ve femur boynu KMY değerleri ile ER? geni XbaI, PvuII polimorfizmleri arasındaki ilişki araştırılmıştır. Ayrıca çalışmamızda bu polimorfizmlere ait genotip ve allel frekanslarının normal ve osteoporotik olgulardaki dağılımı incelenmiştir.Çalışma sonuçlarımıza göre osteoporotik ve normal kadınlar genotip ve haplotip frekansları bakımından karşılaştırıldığında anlamlı bir fark belirlenememiştir. ER? geni, Xba I polimorfizmi bakımından osteoporotik bireylerde; xx genotipine sahip olguların neck BMD değeri, Xx genotipine sahip bireylerden daha yüksek olduğu saptanmış (p=0,05) (XX genotipine rastlanmamıştır), Pvu II polimorfizmi ile neck ve lomber KMY arasında ise bir ilişki saptanamamıştır. Kontrollerde Xba I ve Pvu II polimorfizmleri ile neck ve lomber KMY arasında bir ilişki bulunamamıştır. Xba I polimorfizminde kontrollerde minor allel X alleli (G nükleotiti) (MAF=0,457) iken hastalarda ?x? alleli (A nükleotiti) (MAF=0,467) olmuş, Pvu II polimorfizminde kontrolde minor allel ?P? (C nükleotiti) (MAF=0,485) iken hastalarda minor allel ?p? alleli (T nükleotiti) (MAF=0,418) olmuştur. Xba I polimorfizmi genotipleri bakımından hasta ve kontroller arasındaki fark anlamlı olmasa bile, yüksek KMY değeri ile ilişkili olan ?x? allelinin hastalarda düşük kontrollerde yüksek olmasının önemli olduğu düşünülmüştür. PP, Pp ve pp genotipleri arasında kontrol grubunda önemli bir fark yok iken, hasta bireylerde pp genotipine sahip olan bireylerde anlamlı oranda aile osteoporoz öyküsünün daha az olduğu saptanmıştır (p=0,037). Hasta grubunda; Xxpp genotipine sahip olan bireylerden, günde 15 dakika ve üzeri güneşe maruz kalanların, gün içinde hiç güneşe maruz kalmayanlara göre lomber KMY değerlerinin yüksek olduğu saptanmıştır (p=0,008), kontrol grubunda ise bir fark bulunmamıştır.Osteoporozla ilgili incelenen diğer kriterlerin hiçbirisi ile XbaI, PvuII polimorfizmleri arasında ilişki bulunamamıştır.Anahtar Sözcükler: Osteoporoz, Östrojen Reseptör Alfa Geni (ESR alfa), Xba I, PvuII Study of Estrogen Receptor Alpha Gene Polymorphisms Xba I and Pvu II in Postmenopausal Osteoporosis Patients Osteoporosis is a multifactorial disease characterized by a decrease bone mineral density (BMD) and micro-architectural deterioration of bone structure. Although there are several environmental influences on BMD, a genetic contribution to the pathogenesis of osteoroposis has recently been recognized. The existence of many candidate genes which have effect on bone mass was reported. However, the effect of these genes on bone mass, the interaction among and between these genes and enviromental effects are not presently clear.In this study, the relationship between BMD values of lomber vertebra and femoral neck, ER? gene XbaI, PvuII polymorphisms and osteoporosis-related criteria in 107 postmenopausal women (34 normal, 73 osteoporotic) in terms of bone mineral density, was researched. The distribution of genotype and allele frequencies belonging to these polymorphisms in normal and osteoporotic postmenopausal women was also evaluated.According to our study results, there was no significant difference in terms of genotype and haplotype frequencies between osteoporotic and normal women. For osteoporic women who had ER? gene Xba I polymorphism, neck average BMD value of women with xx genotype was significantly higher than women with Xx genotype (p=0,05) (XX genotype has not been found). There was no significant difference between neck-lomber BMD and Pvu II polymorphism. In normal women minor allel was X (G nucleotide) (MAF=0,457) while in osteoporotic women minor allel was ?x? (A nucleotide) (MAF=0,467) in terms of Xba I polymorphism and in normal women minor allel was ?P? (C nucleotide) (MAF=0,485) while in osteoporotic women minor allel was ?p? (T nucleotide) (MAF=0,418) in terms of Pvu II polymorphism. Although there is no significant difference between patient and control genotypes for Xba I polymorphism, `x` allel associated with higher BMD values being lower in patients and than in controls is thought to be important. There was no significant difference between PP, Pp and pp genotypes within the control group, where pp genotyped patients had significantly lower family history of osteoporosis (p=0,037). In the patient group; within the Xxpp genotyped individuals, lumbar BMD values were found to be higher in patients who exposed to sun over 15 minutes per day, as compared to patients who had no sun exposure (p = 0.008) but there was no difference in the control group.None of the other criteria related to osteoporosis was associated with XbaI, Pvu II polymorphisms.Key Words: Osteoporosis, Estrogen Receptor Alpha Gene (ESR alpha), Xba I, Pvu II 88

Bu çalışma; sıçan karaciğerinde, iskemi/reperfüzyon (I/R) hasarına karşı antioksidan özellikleri bilinen gallik asitin, olası koruyucu etkilerini araştırmak amacıyla yapılmıştırÇalışmada; 40 adet, 3-4 aylık, Spraque-Dawley cinsi, dişi sıçan kullanıldı. Eşit sayıda tutulan 5 gruptan 1. Gruba (kontrol) herhangi bir cerrahi işlem ya da madde uygulaması yapılmadı. 2. Gruba serum fizyolojik (2 ml/kg hacimde), 3. Gruba gallik asit 50 mg/kg dozu, 4. Gruba gallik asit 100 mg/kg dozu ve 5. Gruba gallik asit 200 mg/kg dozu, iskemi gerçekleştirilmeden 15 dakika önce, periton altına tek seferde uygulandı. Grup 2, 3, 4 ve 5 için iskemi süresi 45 dakika, reperfüzyon süresi ise 60 dakika olarak belirlendi. Deney; sonunda deney hayvanlarına ait kan serumunda Alanin aminotransferz (ALT), Aspartat aminotransferaz (AST), Laktat dehidrogenaz (LDH) aktivitesi, karaciğer doku homojenatında Malondialdehid (MDA) düzeyi, Katalaz (KAT) ve Glutatyon peroksidaz (GPx) aktivitesi tayin edildi. Histolojik incelemeler için rutin takip yöntemiyle hazırlanan kesitler Hematoksilen ? Eozin ile boyandı ve ışık mikroskobunda incelendi.Çalışma sonunda (I/R) hasarının, oluşan serbest radikallerin sonucu olarak lipit peroksidasyonun bir göstergesi olan MDA düzeyini artırdığı, böylece oksidatif hasarın oluştuğu tespit edildi. Hasarın, gallik asit tarafından aktiviteleri artırılan KAT ve GPx tarafından düzeltilerek kontrol değere yaklaştığı görüldü. Burada 100 mg/kg gallik asit ve 200 mg/kg gallik asitin etki derecesi birbirine oldukça yakındı. Ancak 100 mg/kg gallik asitin daha etkili doz olduğu düşünüldü. Histolojik bulgularımızda diğer sonuçlarımızı destekler nitelikte bulundu.Sonuç olarak; karaciğerde gallik asit uygulamasının, özellikle organ nakilleri sırasında uygulanan I/R olayları sonucu ortaya çıkabilecek, serbest radikal aracılı organ hasarını ve fonksiyon bozukluklarını önleme veya önemli ölçüde azaltma yönünde etkisi olabileceği düşünüldü.Anahtar kelimeler: Gallik Asit, Karaciğer, İskemi/reperfüzyon, Serbest Radikal, Sıçan The aim of this present study was to investigate the possible protective effects of gallic acid with antioxidant properties against ischemia/ reperfusion (I/R) injury in rat liver.Fourty 3-4 months old female Spraque - Dawley rats were used in the study. The rats were assigned to the 5 groups in equal numbers. Group 1 (control) do not received any surgical application or injection. Group 2 received salin (2 ml/kg volume), Group 3 received gallic acid 50 mg/kg, Group 4 received gallic acid 100 mg/kg, Group 5 received gallic acid 200 mg/kg, and the four groups doses were administered 15 minutes prior to ischemia operation as a sıngle dose (i.p). For group 2, 3, 4, and 5 animals were subjected to 45 minute ischemia and 60 min reperfusion. At the end of experimental period; blood and liver tissue samples were collected. ALT, AST and LDH activity in blood serum, MDA level, CAT and GPx activity in liver tissue homogenate were determined. For histological examines, slices were prepared by routine method and stained with H&E then examined under a light microscope.At the end of the study, due to I/R a significant increase were determined in lipid peroxidation (MDA) level, so that oxidative damage occurred. Damages were improved to control value approach by CAT and GPx whose activities are increased by gallic acid. 100 mg / kg gallic acid and 200 mg / kg gallic acid degree of effects were very close to each other. However; 100 mg / kg gallic acid more effective dose was thought to be. Histological findings were in harmony with our other findings.As a result, application of gallic acid in the liver, I/R event can be seen during especially organ transplantation that may arise free radical-mediated prevention of organ damage and dysfunction or significant reduction in the direction of influence appears were thought.Key words: Gallic Acid, Liver, Ischemia/reperfusion, Free Radical, Rat. 104

TEZ7748 Tez (Yüksek Lisans) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2010. Kaynakça (s. 51-58) var. xi, 78 s. :/ res. ; 29 cm. PANDAS is the acronym for pediatric autoimmune neuropsychiatric disorders related to streptococcal infections which is a newly defined disease. Its symptoms occurs in the childhood especially between 4-12 years. This illness occurs with a autoimmune mechanism after a Group A Beta Haemolytic streptococcus infection. Streptococcus bacteries have antigenic M, T, R proteins in their cell wall. M proteins are the most important pyogenes virulans factor for human diseases. In the Patient's imune system, firstly B lymphocytes susceptible to M group of antigens kills them. After B lymphocyte activaton, some of the susceptible B lymphocytes pass over bloodbrain barrier and associates with the cell membrane of neuron cells because of epitope mimicry and the loss of neurons in the part of the brain which is supposed for coordination of moving, care and also active memory cannot be compensate and neuropshychiatric signs are unavioidable. Because of neuropshychiatric disorders like PANDAS, in which immunulogical reactions directly trigger and/or has an important role for the disease, researchs are focused on immunology area. Exogen originated antigens showing molecular structure similarity to tissue antigens with a molecular mimicry mechanism, otoantibody synthesis based on genetic factors or regulation of immune response; particular MHC system (Major Histocompantibility Complex) haplotypes trigger otoimmune reactions in target tissues and organs. As a result, apoptosis mechanism occurs and unavoidable loss of functions are indicated. In our study, MHC haplotypes of PANDAS patients and association between HLA haplotypes are researched. Streptokok enfeksiyonlarına bağlı gelişen pediatrik otoimmün nöropsikiyatrik hastalıklar olarak da tanımlanan PANDAS yeni tanımlanmış bir hastalıktır. Çocukluk çağında, özellikle 4-12 yaşları arasında, A grubu Beta hemolitik Streptokok enfeksiyonu sonrasında gelişen otoimmünite mekanizması ile meydana gelir. Streptokokların hücre duvarında antijenik özellikte M, T, R proteinleri bulunur. Bunlardan M proteini Piyojen streptokokların en önemli virülans faktörüdür. İmmün sistemde M grubu antijenlere karşı duyarlı olan B lenfositler ilk aşamada bunları yok ederler. Duyarlı hale gelmiş T ve B lenfosit hücrelerinden bazıları kan-beyin bariyerini aşarak; moleküler mimikri ile, duyarlı konağın bazal gangliyasındaki nöron hücre membranında bulunan epitoplara çapraz reaksiyon vererek bağlanır ve davranış ve hareketlerle ilgili anormalliklerin ortaya çıkmasına neden olur. İmmünolojik reaksiyonların direk olarak tetiklediği ve/vaya önemli bir faktör olarak rol oynadığı; PANDAS, gibi nöropsikiyatrik bozuklardan dolayı dikkatler immünoloji alanına odaklanmıştır. Doku antijenlerine moleküler yapı benzerliği gösteren ekzojen kaynaklı antijenik yapıların moleküler mimikri mekanizmasıyla, genetik temele dayanan oto antikor senteziyle veya immün cevabın düzenlenmesinde; MHC sisteminin (Büyük Doku Uygunluk Kompleksi) belirli haplotiplerinin hedef doku ve organlarda otoimmün reaksiyonları tetiklemesi sonucunda apopitoz mekanizmasıyla hedef doku ve organlarda fonksiyon kayıplarının nedeni olabileceği gösterilmiştir. Çalışmamızda PANDAS'lı olan bireylerin, MHC haplotiplerinin belirlenmesi ve HLA haplotipleri arasındaki ilişkileri incelenmiştir. Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TF2009YL1

Cinsiyet kromozom anormalliklerinin psikozlarla ilişkisi olduğu bilinmektedir. XYY kromozomları olan erkek bireyler fenotipik olarak uzun boylu, güçlü kas yapılı ve normal bir zekaya sahiptirler. Bu erkeklerin çoğunluğu fenotipik olarak normal olmasına rağmen değişken derecede klinik özellikler gösterebilir. Fakat bu kimselerin, anormal kromozom bileşimleriyle davranış biçimleri arasındaki bağlantı tam olarak da çözümlenebilmiş değildir.Bu çalışmada; antisosyal kişilik bozukluğu olan ve agresif davranış sergileyen erkek bireylerde Y kromozomu düzensizliklerinin araştırılmasının yanında bu olgular üzerindeki sitogenetik faktörlerin rölü belirlenmeye çalışıldı. Bunun için Dr. Ekrem Tok, Adana Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Hastanesinde ve Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Psikiyatri Servisinde tedavi altında olan toplam 132 erkek bireyin ve kontrol amaçlı sağlıklı 60 bireyin kan örnekleri alınarak sitogenetik incelemeleri yapıldı.Bunlara ek olarak; Y kromozomundaki sayısal ve yapısal düzensizlik bulunan olguların genetik danışmanlık sürecini de kapsayan, uygun sosyo-psikolojik bir yol izleyerek klinik takip ve tanı süreci ile topluma kazandırılmasında sağlık personeline yardımcı olunması amaçlamaktayız.Anahtar sözcükler: Agresyon, Antisosyal kişilik bozukluğu, Kromozomal anomaliler, Sitogenetik analiz, XYY sendromu It is known that sex chromosome abnormalities are related with psychosis. Individuals having XYY chromosome constitution are phenotypically tall, strong muscled and have normal intelligence. Although most of these men are phenotypically normal, they may show variable clinical characteristics. However, relation between the abnormal chromosome constitution and the behavior patterns of these individuals is not fully known.In this study; Y chromosome disorders in male individuals who have antisocial personality disorder and shoving aggressive behavior are researched together with the role of cytogenetic factors on these cases. For this purpose, blood samples of 132 male patients who are under observation in Dr. Ekrem Tok Adana Mental Hospital and Çukurova University, Medical School, Psychiatry Department, and 60 healthy males are taken and cytogenetic analyses are done.In addition to, we aim to help the medical stuff by clinical follow up and diagnosis of the cases that have quantitative and constitutional Y chromosome disorders for bringing them back to society by following an appropriate socio-psychologic approach including their genetic counseling.Key words: Aggression, Antisocial Personality Disorder, Chromosomal Abnormalities, Cytogenetic Analysis, XYY Syndrome 82

Akciğer Kanseri (AK), genel ölüm nedenleri arasında kalp hastalıklarından sonra gelen ve kanser ölümlerinin %28'ini oluşturan multifaktoriyal bir hastalıktır. Hastalık, yaşla artmakla beraber, en sık 50-70'li yaşlarda kendini göstermektedir. Temel neden sigara kullanımı olup, sigara dumanına maruziyet, radon, mesleki nedenler, diyet, kronik akciğer hastalıkları, hava kirliliği, cinsiyet ve genetik faktörler de hastalığın gelişiminde etkendir. Bugüne kadar, AK'nden sorumlu herhangi bir gen veya kromozom bölgesi tanımlanmamıştır. Ancak, tümör oluşumlarında sayısız kromozom düzensizliklerinin meydana geldiği bilinmektedir.Canlılarda hücre ölüm reseptörü-4 (DR4) olarak isimlendirilen transmembran bir reseptör aracılığı ile hücresel ölümün gerçekleştiği bilinmektedir. Sekizinci kromozomun p21-22 bölgesinde yerleşik olup çeşitli kanser türlerinde bu bölgenin allelik kayıplarının olduğu bildirilmiştir. Bu reseptörü kodlayan gende meydana gelen herhangi bir anomali, hücre sinyalizasyonunu etkileyerek hücre ölümünün gerçekleşememesi ve dolayısıyla kanserleşme ile sonuçlanır. Bu gendeki dört ayrı polimorfizimin (G422A, C626G, A683C ve A1322G) AK ve diğer kanserlerin gelişiminde etkili olduğu gibi kemoterapötik ilaçlarla birlikte hastalığın tedavi şeklinin belirlenmesinde de etkilidir.Çalışmamızda; Ç.Ü. Göğüs Hastalıkları Polikliniğinde AK ön tanısı ile gelen 60 hasta birey ile sigara kullanan ancak herhangi bir akciğer rahatsızlığı geçirmemiş 30 sağlıklı birey hem sitogenetik hem de DR4 gen polimorfizmleri açısından tarandı. Sitogenetik çalışmalarda standart prosedürler uygulanmış olup, DR4 gen polimorfizmlerin belirlenmesinde PCR-RFLP ve PCR-ARMS tekniklerinden faydalanıldı. Gerektiği yerde dizi analizine başvuruldu.Çalışmamızda; doku ve kan sitogenetiğinde 1p36, 1q23, 1p33, 1q11, 1q31, 3p, 7p, 7q22, 9p, 9q, 10p, 10q22, 10q24, 11p12-13, 11q21, 11q23, 12q13, 12q15, 12q24 ve Xq26 kromozomal bölgeleri AK'nde önemli kritik bölgeler olarak kaydedildi. Bunun yanı sıra hem cinsiyet hem de otozomal kromozom anöploidileri de sık rastalanan anomaliler şeklinde bulundu. Bu nedenle, AK'nden sorumlu genleri araştırırken bu kromozomal bölgeler ile cinsiyet kromozomlarının araştırılması gerektiği düşünülmektedir.Hasta ve kontrol grubunun DR4 gen polimorfizmlerine baktığımızda, her iki grubun G422A ve C626G değişimlerini büyük oranda heterozigot olarak taşıdığı belirlendi (Sırasıyla her iki bölge için %56,7 ve %40). A683C ve A1322G açısından ise her iki grubun, her iki bölge için yüksek oranda AA genotipini taşıdığı saptandı (sırasıyla A683C için %68,3 ve %70; A1322G için %88,3 ve %80). Her dört bölge için hasta-kontrol karşılaştırılması yapıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir sonuç elde edilemedi (p>0,05). Ancak ekzon 5'in A683C bölgesinde CC genotipinin ve ekzon 10'un A1322G bölgesinde GG genotipinin önemli olabileceği, normal TRAIL sinyalizasyonu oluşturarak TRAIL dirençliliği oluşturmadığı ve AK tedavisinde kemoterapötik ilaçlarla birlikte TRAIL'in tedavideki etkisini arttırdığı söylenebilir. Bu nedenle daha fazla hasta ve diğer ekzon bölgelerin çalışılması gerektiği düşünülmektedir. Lung cancer (LC) is the most common cause of death after hearth diseases and constitute 28% of cancer deaths and is a multifactorial disease. It increases with aging and most frequently occurs at 50-70 years. The most common cause of LC is smoking but also exposed to smoke, radon, working causes, diet, chronic lung diseases, air pollution and sex. Genetic factors are also effective in development of LC. So far, it was not identified any gene of chromosomal region responsible from LC. It is known that innumerable chromosomal aberration occurs in tumor progression.In organisms, it was known that cellular death occurs through a transmembrane protein called cell death receptor-4 (DR4). It is located at 8p21-22 region and allellic losses of this region was reported previously in various cancer type. Some abnormalities in gene coded this protein effect cell signalization and result with not cell death and cancer development. Four different polymorphisms (G422A, C626G, A683C ve A1322G) occured in this gene are effective in development of LC and other cancers, and determination the therapy form with chemotherapeutic drugs.In our study, 60 patients refered to University of Çukurova, Faculty of Medicine, Chest Diseases Polyclinic for LC pre-diagnosis and 30 controls who are smoker, healthy and not having any lung diseases were scanned cytogenetically and DR4 gene polymorphisms were also analysed. In cytogenetic studies, standard cytogenetic procedures were applicated. For determination of DR4 gene polymorphisms, PCR-RFLP and PCR-ARMS technics were used. Sequence analysis was applied if necessary.In our study, hot spots at 1p36, 1q23, 1p33, 1q11, 1q31, 3p, 7p, 7q22, 9p, 9q, 10p, 10q22, 10q24, 11p12-13, 11q21, 11q23, 12q13, 12q15, 12q24 and Xq26 regions were reported after tissue and blood cytogenetic analysises. Also, sex and autosomal chromosome aneuploidies were found frequently. Thus, it was thought that this chromosomes and regions should be investigated first for identifing genes responsible from LC.When we looked the DR4 gene polymorphisms in patient and control groups, it was found that they have carried the G422A and C626G heterozygote frequently (56,7% ve 40% for the two region, respectively). For A683C and A1322G, it was seen that the both groups carried AA genotype at these regions in high proportion (for A683C, 68,3% and 70%; for A1322G, 88,3% and 80%, respectively). There is not any significant differences for the four regions (p>0,05). But CC genotype in exon 5, for A683C region, and GG genotype in exon 10, for A1322G region may be important, and can be said that these genotypes may do normal TRAIL signalization rather than TRAIL resistance; thus, these genotypes may increase the TRAIL efficiency with chemotherapeutic drugs in LC treatment. Because of these reasons, it was thought that most of patients and other exons should be analyzed. 127

Cloning of Mouse Lysozyme and Interleukin-2 Genes and Using asAnti-tumoral DNA Vaccine in Malign MelanomaAli İrfan GÜZELImmunocompetent hosts can potentially recognize malignancies andimpede their proliferation by killing them. However, any failure of the immunesystem due to the lack of tumor immunogenicity or a tumor inducedimmunosuppressive environment causes malignant cells to escape from theimmune detection. One goal of tumor immunotherapy is to manipulate the hostimmune response to the malignancies to allow for the recognition andelimination of them.The aim of this study is to clone mouse interleukin-2 (IL-2) and lysozymegenes to pHM6 mammalian expression vector and use them in B-16V melanomacells for the purpose of immunotherapy. In different studies made previously, IL-2 has been used both in the form of DNA vaccine and peptide, but lysozyme onlyin the peptide form. The lysozyme, known to have anti-tumoral andimmunomodulatory as well as antibacterial activities was investigated first timehere in the form of DNA vaccine.For this purpose, four experiments were made to evaluate the anti-tumorigenic effects of lysozyme and interleukin-2 genes when used in vaccineform. 1) Plasmids combined with mouse IL-2 and lysozyme genes (pHM6mIL-2and pHM6mLys) were injected in the form of DNA - liposome complex into thetumor mass formed by the injection of B-16V melanoma cells into mice (inbredC57BL/6) subcutaneously. 2) Recombinant plasmids were injected into micesubcutaneously two days before the injection of B-16V cells to the same site. 3)B-16V tumor cells transfected with recombinant plasmids (B-16VpHM6mIL-2 andB-16VpHM6mLys) were injected subcutaneously to the mice. 4) Tumor free miceof the assay 3 were challenged with B-16V melanoma cells.Overall 277 mice were used in 15 groups of four experiments. The resultsof experiments 1 and 2 showed that the injection of recombinant plasmidscarrying IL-2 and lysozyme genes either before or later the tumor developmentdid not significantly retard the progress. However, in experiment 3, the micewere remained tumor free in a ratio of %32 for B-16VpHM6mIL-2, %51.7 for B-16VpHM6mLys and %49.2 for B-16VpHM6mLys + B-16VpHM6mIL-2. There was notumor development in the mice living after experiment 3 treatments when B-16cells were re-injected (experiment 4) indicated that a protective immunity wasarisen. These results had showed that, lysozyme can also be used in the tumorimmunotherapy if it be secreted in tumor cells in a high level through an agentsuch as plasmid DNA.Key Words: B-16V, C57BL/6, DNA Vaccine, IL-2, Lysozyme, pHM6 plasmid vector,Tumor immunotherapy ÖZETFare Lizozim ve İnterlökin-2 Genlerinin Klonlanması ve MalignMelanomada Anti-tümöral DNA Aşısı Olarak KullanılmasıAli İrfan GÜZELİmmünokompetent konakçılar potansiyel olarak anormal hücreleritanıyabilmekte ve onları öldürerek çoğalmalarını engellemektedir. Fakat, tümörimmünojenitesindeki zayıflık veya tümör tarafından indüklenen immüniteyi baskılayıcıçevreden kaynaklanan savunma sistemindeki bozukluklar anormal hücrelerin immüntaramadan kurtulmasına neden olurlar. İmmünotedavinin hedeflerinden biri, konakçıimmün yanıtlarını anormal hücreleri tanıyabilecek ve onları yok edecek şekildemanipüle etmektir.Bu tez çalışmasının amacı: fare interlökin-2 (IL-2) ve lizozim genlerini pHM6memeli ekspresyon vektörüne klonlamak ve B-16V melanoma hücrelerindeimmünotedavi maksadıyla kullanmaktır. Daha önce yapılan değişik çalışmalarda, IL-2hem protein hem de DNA aşısı formunda, lizozim ise yalnızca protein formundakullanılmıştır. Anti-bakteriyel aktivite yanında anti-tümör ve immünomodülatör etkilerede sahip olduğu bilinen lizozim ilk defa bu çalışmada DNA aşısı formundakullanılmıştır.Lizozim ve IL-2 genlerinin DNA aşısı formunda kullanılmaları durumundaoluşturacakları anti-tümörijenik etkiyi değerlendirmek için dört değişik denemeyapılmıştır; 1) farelerin (inbred C57BL/6) deri altında B-16V melanoma hücreleriyleoluşturulmuş olan tümör kitleleri içine, IL-2 ve Lys genleri klonlanmış olanrekombinant pHM6 plazmitleri (pHM6mIL-2 ve pHM6mLys) lipozomla kompleksoluşturularak enjekte edilmiştir. 2) B-16V hücrelerinin enjeksiyonundan iki gün önceaynı bölgeye, rekombinant plazmit-lipozom kompleksleri farelerin deri altına enjekteedilmiştir. 3) Rekombinant plazmit vektörlerin B-16V hücrelerine in vitrotransfeksiyonu sonucu geliştirilmiş olan transfekte tümör hücreleri (B-16VpHM6mIL-2ve B-16VpHM6mLys) farelerin deri altına enjekte edilmiştir. 4) Deneme 3?ün tümörgeliştirmeyen farelerine B-16V hücreleri tekrar enjekte edilmiştir.Dört denemenin 15 grubunda toplam 277 fare kullanılmıştır. deneme 1 ve 2?ninsonuçları göstermiştir ki tümör oluşmadan önce veya sonra IL-2 ve lizozim genlerinitaşıyan plazmitlerin enjeksiyonu tümör büyümesini önemli derecedeyavaşlatamamıştır. Fakat, deneme 3?de, fareler B-16VpHM6mIL-2 için %32, B-16VpHM6mLys için %51.7, B-16VpHM6mLys + B-16VpHM6mIL-2 için ise %49.2oranında tümör geliştirmemiştir. Deneme 3?deki uygulamadan sonra yaşayan fareleretekrar B-16V hücresi enjekte edildiğinde (4. uygulama) sağ kalan farelerin hiçbirindetümör oluşmaması koruyucu immünite geliştiğine işaret etmektedir. Bu sonuçlar,plazmit DNA gibi bir ajan aracılığı ile tümör hücrelerinde yüksek düzeyde salgılatılmasıdurumunda, lizozimin de tümör immünotedavisinde kullanılabileceğini göstermektedir.Anahtar Sözcükler: B-16V, C57BL/6, DNA Aşısı, IL-2, Lizozim, pHM6 plazmitvektörü, Tümör immünotedavisi 137

ÖZET Koroner Ateroskleroz Etiyolojisi ile Koroner Bypas Olan Hastalarda Metilen Tetrahidrofolat Redfiktaz Gen Polimorfizmlerinin Araştırılması Metilen Tetrahidrofolat Redfiktaz (MTHFR) enzimi; 5,10 Metilen Tetrahidrofolat'ın 5 Metil Tetrahidrofolat'a dönüşümünü katalize eden bir enzimdir. MTHFR homosisteinin metilasyonu ve nükleotid biyosentezi gibi pek çok biyokimyasal yolda bulunan folat metabolizmasında rol oynar. MTHFR, DNA sentezi ve metilasyon reaksiyonları arasındaki dengeyi sağlar. Ayrıca bu enzim, kardiyovasküler hastalıklar için bir risk etmeni olan plazma homosistein seviyesini de etkilemektedir. MTHFR geni, lp36.3'dc haritalanmış bir gendir. İnsan MTHFR geninin cDNA'sı kısmi olarak 1994'te izole edilmiş ve cDNA sekansının yaklaşık 2.2 kilobaz (kb) büyüklüğünde olduğu ve 11 ekzon içerdiği saptanmıştır. Bu çalışmanın amacı koroner atheroskleroz hatahğı ile MTHFR 677 C- >T ve 1298 A- >C polimorfizmleri arasındaki ilişkiyi araştırmaktır. Bu amaçla polimorfizmlerin bulunduğu bölgeler Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) yöntemi ile amplifiye edilmiştir. Polimorfizmler uygun restriksiyon enzimleri kullanılarak Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi (RFLP) yöntemi ile belirlenmiştir. Çalışmalar kontrollü olarak yürütülmüştür. Bu çabşmada MTHFR 677 C->T ve MTHFR 1298 A-+C polimorfizmleri ile koroner ateroskleroz hastalığı (677 C-»T için; p=0.240, 1298 A->C için; p=0.278), cinsiyet (677 C->T için; p=0.961, 1298 A->C için; p=0.980), tıkalı damar sayısı (677 C-*T için; p=0.181, 1298 A->C için; p=0.747) arasındaki farkın önemli olmadığı gözlenmiştir. Ayrıca, koroner ateroskleroz hastalığı ile sigara ve alkol tüketimi arasındaki farkın da anlamlı olmadığı bulunmuştur (sigara için; p=0.713, alkol için; p=0.429). Anahtar Sözcükler: Homosistein, Koroner ateroskleroz, Metilen tetrahidrofolat redfiktaz enzimi, Metilen tetrahidrofolat redfiktaz geni. XII ABSTRACT Investigation of Methylene Tethrahydrofolate Reductase Gene Polymorphism with Coronary Atherosclerosis Ethiyology at Coronary By-pass Patients Methylen tethrahydrofolate reductase (MTHFR) is an enzyme that catalyses the conversion of 5,10 methylen tethrahydrofolate to 5 methyl tethrahydofolate. MTHFR plays a role in the metabolism of folates which place in several biochemical pathways such as methylation of homocysteine and biosynthesis of nucleotides. MTHFR provides the balance between DNA synthesis and methylation reactions. Furthermore this enzyme also affects plasma homocysteine level which is a risk factor for cardiovascular diseases. MTHFR gene has been mapped to lp36.3. cDNA of human MTHFR gene isolated partially in 1994 and sequence of the cDNA was approximately 2,2 kb and consisted of 11 exon. The aim of this study was to investigate relationship between coronary atherosclerosis and MTHFR 677 C->T /1298 A-»C polymorphisms. For this purpose, areas where polymorphisms located in, was amplificated with Polymerase Chain Reaction (PCR) method. Polymorphisms were determined by using available restriction enzymes with Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) method. Present study was progressed with control group. In this study, it was observed that there was no significant difference between MTHFR 677 C->T MTHFR, 1298 A->C and coranary atherosclerosis (for 677 C->T; p=0.240, for 1298 A->C; p=0.278), gender (for 677 C->T; p=0.961, for 1298 A->C için; p=0.980), the number of atherosclerotic arthers (for 677 C->T; p=0.181, for 1298 A- »C; p=0.747). It was found that there was no significant difference between cigarette/ alcohol intake and coronary atherosclerosis (for cigarette intake; p= 0.713, for alcohol intake; p=0.429). Key Words: Coronary atherosclerosis, Homocysteine, Methylen tethrahydrofolate reductase enzyme, Methylen tethrahydrofolate reductase gene. Xlll 90

ÖZET Tip II diyabet artmış mortalite ve morbidite ile ilişkili önemli bir hastalıktır. Bu metabolik hastalık hedef dokulardaki insulin rezistansı ve pankreatik insulin salgılanmasındaki bozuklukların bir sonucudur. Diabetes mellitusun (DM) patogenezinde oksidatif stres de önemli bir role sahiptir. Bu çalışmanın amacı, STZ-NA ile oluşturulan tip II diyabetik -sıçanlarda, Stevia rebaudiana Bertoni yaprak ekstresi (SrB) ve N-Nitro-L-Arginin (L-NNA) 'in trigliserit, kolesterol ve HbAıc gibi biyokimyasal parametrelere, kan glukoz seviyesine ve diyabetin erken evresinde meydana gelen renal filtrasyondaki değişiklikleri belirlemekti. Bu çalışmada 2-3 aylık dişi Sprague-Dawley sıçanları kullanıldı. Her bir grupta 12 sıçan bulunan 7 grup oluşturuldu. Bu grupların 3'ü kontrol, 4'ü deney grubu olarak düzenlendi. Dört grupta, streptozotozin (STZ) ve nikotinamidMn (NA) sistemik olarak uygulanması ile diyabet uyarıldı. Diyabetin uyarılmasından 5-8 hafta sonra deneye başlandı. On beş gün boyunca diyabetik gruplar SrB, L-NNA ve SrB + L-NNA ile tedavi edildi. Deneyden sonra, eter anestezisi altında, karaciğer, pankreas ve böbrek dokuları, idrar ve kan örnekleri uygun teknikler kullanılarak toplandı. Renal filtrasyondaki değişiklikler, idrar pH, idrar hacmi, serum kreatinin, idrar kreatinin ve kreatinin klerensi analiziyle belirlendi. Hücresel antioksidan savunma sistemindeki deşildikler, glutatyon peroksidaz (GPx), süperoksit dismulaz (SOD) /e katalaz (CAT) gibi antioksidan enzimlerin eritrosit hemolizatında ölçülmesiyle belirlendi. Bununla birlikte serumda nitrik oksit sentaz (NOS) ve lipit peroksidasyonunun bir göstergesi olarak eritrosit hemolizatında malondialdehit (MDA) seviyesi ölçüldü. Sonuçlarımız, uzun yıllardır Brezilya, Paraguay ve Hindistan'da diyabet tedavisinde kullanılan SrB bitkisinin, kan glukoz konsantrasyonunu düşürerek, renal filtrasyondaki değişiklikler, kan ve serum parametleri ve histolojik yapı üzerine olumlu etkilerinin olduğunu göstermiştir. L-NNA ise benzer etkilere sahip olmakla birlikte etkisi SrB' ye göre daha düşüktür. mBu bulgular, SrB tedavisinin diyabette pankreatik P- hücre bütünlüğünü koruyarak ve oksidatif stresi azaltarak koruyucu etkiye sahip olduğunu gösterir. Anahtar kelimeler: Tip II Diyabet, Nitrik Oksit Sentaz. Stevia rebandiana Bertoni, N-Nitro L-Arginin. IV SUMMARY Type II diabetes is recognized as a major health problem associated with increased morbidity and mortality. This metabolic disorder results from insulin resistance in target tissues and impairment of pancreatic insulin secretion. It has been believed that oxidative stress plays a role in the pathogenesis of diabetes mellitus (DM). The aim of the present study was to determine the effects of L-NNA and extract of Stevia rebaudiana Bertoni leaves on some biochemical parameters such as triglyseride, cholesterole and HbAic, blood glucose levels and the changes in renal filtration that occur in the early stages of DM in STZ-NA induced diabetic rats. Female Sprague-Dawley rats of 2-3 months of age were used in this experiment. They were randomly divided in to seven groups, each consisting twelve rats and three groups were control. In the four groups, diabetes was induced by systemic administration of nicotinamid (NA) and streptozotocine (STZ). Animals were used for the experiments 5-8 weeks after diabetes was induced. Diabetic groups were treated with SrB, L-NNA and SrB + L-NNA during 15 days. After the experiments liver, pancreas and kidney tissue, urine and blood samples were collected from the rats using appropriate techniques under ether anaesthesia. A change in renal filtration was determined by analysing urine pH, urine volume, serum creatinine, urine creatinine and creatinine clearance. We determine the changes of cellular antioxidant defence system, antioxidant enzymes such as glutathione peroxidase (GPx), superoxide dismutase (SOD) and catalase (CAT) activities were measured in erythrocyte hemolyzate. Moreover we also measured serum nitric oxide synthase (NOS) and erythrocyte hemolyzate malondialdehyde (MDA) levels, a marker of lipid peroxidation, if there is an imbalance between oxidant and antioxidant status. Our results shown that the extract of SrB, which have been used for many years in the treatment of diabetes in Brazil, Paraguay and India, have a constructiveeffect on changes in renal filtration, blood and serum parameters and histological structure by decrease the blood glucose concentration. L-NNA is also effect but this effect was less than SrB. These findings suggest that SrB treatment has protective effect in diabetes by decreasing oxidative stress and preservation of pancreatic P-cell integrity. Keywords: Type II Diabetes, Nitric Oxide Synthase, Stevia rebaudiana Bertoni, N-Nitro L-Arginine. VI 115

ÖZET OVARYUM VE ENDOMETRIYUM KANSERLERİNDE KROMOZOM DÜZENSİZLİKLERİ ve SIK RASTLANAN P53 GENİ 7. EKZON MUTASYONLARININ TARANMASI* Organizmada tümör süpresör gen olarak bilinen p53 geni, hücre siklusunun kontrolünden sorumlu olan bir proteini kodlar. İnsan kanserlerinin yaklaşık %50 sinden p53 mutasyonlan sorumlu olduğundan malign insan kanserlerinin çoğunda p53 geni moleküler değişimlerin hedefi olmaktadır. Tüm kanser tipleri gibi, jinekolojik kanserlere de hücrelerin çoğalma, farklılaşma ve ölümlerini düzenleyen genlerde oluşan değişiklikler neden olmaktadır. Dolayısıyla p53'ün fonksiyon kaybı veya inaktivasyonuyla hücre proliferasyonunun kontrolü bozulacak, hücreler DNA hasan olsa bile canlı kalacak ve kontrolsuz çoğalmayı sürdürecektir.Toplam olarak 11 ekzon ve 393 tripletten oluşan p53 geninde nokta mutasy onlarının sıkça görüldüğü sıcak noktalar; 129-146, 171-179, 234-260 ve 270-287. tripletler arasında yoğunlaşmaktadır. Bu tripletler 5 ve 8. ekzonlar arasındaki bölgeyi içermektedir. Ovaryum ve endometriyum kanserlerinde görülen nokta mutasyonlan daha sık olarak 7. ekzonda (%46) ve özellikle 236 (%5.4), 238 (%5.4), 244 (%8.1), 248 (%19) ve 259 (%8.1) tripletlerinde yoğunlaşmaktadır. Tümörlerde moleküler değişiklikler olduğu gibi 3000-5000 kb'dan daha büyük bölgeleri etkileyen sitogenetik değişiklikler de mevcuttur. Birçok tümörde yüksek oranda kromozomal dengesizlik bulunmuştur. Çalışmamızda Ç.Ü. Tıp Fak. Kadın Hastalıkları ve Doğum Anabilim Dalına başvuran 23 hastanın ovaryum ve endometriyum karsinomlu dokusundan DNA 1ar izole edilerek, p53 geninin ovaryum ve endometriyal kanserlerde en sık mutasyona uğrayan 7. ekzonu PCR'la çoğaltıldı. p53 mutasyonlannı belirlemek amacıyla BspLUllI, Maeni, Ital, MspI ve Hinfl enzimleri kullanılarak RFLP (Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi) analizi uygulandı. Bunun yamsıra, kanserli ovaryum ve endometriyum dokularına ait örneklerden, primer hücre kültürü yapılarak metafaz alanları elde edildi ve kromozomlardaki değişiklikler sayısal ve yapısal yönden karakterize edildi. 12 endometriyum ve 11 ovaryum kanseri olgusuna ait PCR ürünlerinin BspLUllI enzimiyle kesimi sonucunda kodon 236'da 1; Ital enzimiyle kesimi sonucunda kodon 244'te 5 olguda heterozigotluk görüldü. MaelH, MspI ve Hinfl enzimleriyle kesim sonucunda kodon 238, 248 ve 259'da tüm olgularımızda herhangi bir mutasyon saptanmadı. Ovaryum gurubunda kodon 236'daki mutasyon, 11 olguda 1 (%9) oramnda bulundu. Kodon 244'teki mutasyon ise 11 olguda 5 (%45) oranında görüldü. Ovaryum gurubunda kodon 238, 248 ve 259'da; Endometriyum gurubunda ise çalışılan 5 kodonda da bilinen mutasyonlara rastlanmadı. XIIÇalışmamızda, ovaryum ve endometriyum kanseri sitogenetiğinde 3. kromozomdaki anomaliler birinci, 5. kromozomdaki anomaliler ikinci ve 1. kromozomdaki anomaliler üçüncü sırada yer aldı. Tümörigenez sürecinde ortaya çıkan primer değişimler olan ve o kanser tipi için tanısal öneme sahip marker olarak kullanılabilen klonal değişimler ovaryum kanseri olgularımızda; lq21, lq32, 3p25, 3qll, 5pl3, 5q31, 12pl0, 12ql2 ve 14ql3 bölgelerinde; endometriyum kanseri olgularımızda ise; lp21, lp22, lp32, lp36, lq21, lq31, lq32, 2pl3, 2qll, 2q21, 2q35, 3pl4, 3p21, 3p23, 3q21, 3q25, 4pl5, 4q21, 5pl5, 5q22, 5q31, 6q21, 7q21, 7q22, 9q22, 9q34, 10pl3, llpl5, llq23, llq24, 12pl2, 12pl3, 12ql3, 12q24, 13ql4, I3q22, 16pl3, 17pl2, 17q21, 21pl3, Xq26 ve Xq27 bölgelerinde gözlendi. Ayrıca kanser kırılma noktaları ve frajil bölgelerden lq21, lq32, 3p21, 7q22 ve llq23 bölgeleri ovaryum kanseri ve lp36, lq32, 2pl2, 3p21, 7q22, 9q34, llpl5, llq23, 12ql3, 14qll, 14q32, 16pl3 ve 21q22 bölgeleri de endometriyum kanseri olgularımızda gözlenmiştir. Bu kanser tipleri ile ilişkili aday genler araştırılırken bu bölgelere özel önem verilmesi gerektiği düşünülmektedir. Çalışmamızda ovaryum ve endometriyum kanserlerinde belirlenen kromozomal klonal değişimler, bu kanserlerin gelişiminde rol oynayan major genlerin kromozom lokalizasyonlarının araştırılmasında yol gösterici olabilecektir. Anahtar Sözcükler: Endometriyum kanseri, Kanser sitogenetiği, Mutasyon, Ovaryum kanseri, p53. XU1 ABSTRACT CHROMOSOMAL ABNORMALITIES AND FREQUENT P53 GENE MUTATIONS SEEN IN EXON 7 IN ENDOMETRIAL AND OVARIAN CARCINOMAS In organism p53 known as a tumor suppressor gene encodes a protein that controls the cell cycle. In majority of human malignancies, p53 is the target of molecular alterations as approximately 50% of human cancers are related to mutations of this gene. The causation factors, such as alterations in the genes which regulate the proliferation, differentiation and cell death are the same in all types of the cancers as well as the gynecological neoplasms. So that, loss of function or inactivation of p53 will upset the control of cell proliferation and the cells with DNA damage will survive and proliferate in an uncontrollable manner. The tumor suppressor gene p53 is located at chromosome region 17pl3 and is composed of 11 exon and 393 triplets m total. Majority of hot spots are focused on between triplets of 129-146, 171-179, 234- 260 and 270-287. These triplets include the sites between exon 5 and 8. The mutations in ovarian and endometrial cancers are more frequently seen in exon 7 (46%), especially at the triplets of 236 (5.4%), 238 (5.4%), 244 (8.1%), 248 (19%) and 259 (8.1%). However, along with molecular alterations, the presence of cytogenetic alterations affecting greater regions about 3000 to 5000 kb is a common occurence in tumor tissues. Chromosomal imbalance has also been found at high rate in most of the tumors. In our study, 23 DNA samples isolated from ovarian and endometrial cancer tissues which were obtained from patients who hospitalized at University of Çukurova, Medical Faculty, Department of Obstetrics and Gynecology. Exon 7 of p53 gene which frequently mutated in ovarian and endometrial cancers was amplified from 23 DNA samples. BspLUllI, MaeDT, Ital, Mspl and Hinfl restriction enzymes were used to determine p53 gene mutations at the points 236, 238, 244, 248 and 259 respectively by RFLP (Restriction Fragment Polymorphism) analysis. Metaphases were also obtained from cultured cancer tissues (described above) for characterization of structural and numerical chromosomal alterations. Hetrozygosity was seen in 1 case of 11 ovarian cancer (%9) at triplet 236 by BspLUllI digestion and in 5 case of 11 ovarian cancer (%45) at triplet 244 by Ital digestion. In all cases no mutations were observed at triplets 238, 248 and 259 by MaeDJ, Mspl and Hinfl digestion. No evidence of mutations were seen at triplets 238, 248 and 259 in ovarian cases and at all 5 triplets in endometrial cases analyzed for known mutations. In our cytogenetic studies performed on ovarian and endometrial cancers, abnormalities were seen most frequently on chromosome 3 then on chromosome 5 and then on chromosome 1. Clonal alterations occuring during tumorigenesis are used as a xivmarker having a diagnostic importance. These alterations are observed at lq21, lq32, 3p25, 3qll, 5pl3, 5q31, 12pl0, 12ql2, 14ql3 regions in ovarian cancer cases and at lp21, lp22, lp32, lp36, lq21, lq31, lq32, 2pl3, 2qll, 2q21, 2q35, 3pl4, 3p21, 3p23, 3q21, 3q25, 4pl5, 4q21, 5pl5, 5q22, 5q31, 6q21, 7q21, 7q22, 9q22, 9q34, 10pl3, llpl5, llq23, llq24, 12pl2, 12pl3, 12ql3, 12q24, 13ql4, 13q22, 16pl3, 17pl2, 17q21, 21pl3, Xq26, Xq27 regions in endometrial cancer cases. The cancer breakpoints and fragile sites were also investigated in ovarian (lq21, lq32, 3p21, 7q22, llq23) and endometrial (lp36, lq32, 2pl2, 3p21, 7q22, 9q34, llpl5, llq23, 12ql3, 14qll, 14q32, 16pl3, 21q22) cases. We thought that, the clonal chromosomal alterations observed in the ovarian and endometrial cases may lead to find the chromosomal locations of the major genes that play an important role in progression of these malignancies. Key words: Endometrial cancer, Cytogenetics of cancer, Mutation, Ovarian cancer, p53. XV 113

ÖZET Nöropsikiyatrik ve Zihinsel Özürlü Hastaların Sitogenetik İncelenmesi Nöropsikiyatrik hastalıklar, genetik faktörlerle olumsuz çevre koşullarının birlikte rol oynadığı multifaktoriyel geçiş gösteren bir hastalık grubudur. Bu konuda aile, ikiz ve evlat edinme çalışmalarının yanısıra sitogenetik ve moleküler genetik çalışmaları da yapılmıştır. Bu tip hastalıklara sahip kişilerde, kromozom aberasyonlarının ve kromozomal frajil bölgelerin sıklığında artış olduğu bildirilmiştir. Bu çalışma, Adana Ruh ve Sinir Hastalıkları Hastanesinde şizofrenik bozukluk (134 hasta), bipolar bozukluk (17 hasta), diğer psikozlar (25 hasta), epilepsi (5 hasta) ve mental retardasyon (12 hasta) tanısı konulan 193 hastayı ve kontrol amaçlı sağlıklı 30 kişiyi kapsamaktadır. Çalışma grubumuzu oluşturan hasta ve normal bireylerin normal ve folattan yoksun iki ayrı besiyeri kullanılarak kromozom analizleri yapılmıştır. Sonuçlarımız hasta grubumuzda genetik dengesizlikte bir artışın olduğunu göstermiştir. Sayısal ve yapısal kromozom aberasyonlarının ve kromozomal frajil bölgelerinin insidansında kontrol grubuna oranla bir artışın bulunduğu saptanmıştır. Ayrıca cinsiyet ve yaşın frajilite frekansına etkisi de değerlendirilmiş, erkeklerde frajilite görülme sıklığının daha yüksek olduğu ve yaş faktörünün frajilite üzerine etkili olmadığı sonucuna varılmıştır. Çalışmamızda kromozomal anomaliler ile nöropsikiyatrik ve zihinsel özürlülük arasında bir ilişkinin bulunduğu saptanmış ve bu ilişki literatür bilgileri ile desteklenmiştir. Hasta grubumuzda frajil bölgelerin rastgele dağılmadığı, her hastalık grubu için belirli kromozom band bölgelerinde yoğunlaştığı ve bu band bölgelerinde aday genlerin yerleşmiş olabileceği ileri sürülmüştür. Buna dayanarak frajil bölgeler ile nöropsikiyatrik hastalıklar arasındaki potansiyel ilişki tartışılmıştır. Bu bulgularımızın nöropsikiyatrik hastalıkların etiyoloj isinde yer alan major genlerin kromozomal lokalizasyonunun araştırılmasında sitogenetik, moleküler ve populasyon genetiği çalışmalarına önemli katkılar sağlayacağı düşüncesindeyiz. Anahtar Sözcükler: Nöropsikiyatrik hastalıklar, Zihinsel özürlülük, Kromozom analizi, Frajil bölgeler, Kromozom aberasyonları. XI ABSTRACT The Cytogenetic Investigation of the Patients with Neuropsychiatric and Mental Retardation Neuropsychiatric diseases are a group of multifactorial^ inherited disorders, in which genetic factors and negative environmental conditions have important roles for the development of the diseases. In this subject, cytogenetics and molecular genetic studies have been done besides of twin and adoption studies. It is reported that the frequencies of chromosomal aberrations and chromosomal fragile sites are increased in patients with the diseases. This study includes 193 patients with schizophrenia (134 patients), bipolar disorders (17 patients), other psychosis (25 patients), epilepsy (5 patients) and mental retardation (12 patients) from psychiatric and neurologic diseases hospital in Adana, and 30 healthy control individuals. Chromosomal analysis of patient and control groups were performed using normal and folat-deficient mediums. Our results show an increasing genetic instability in patient group according to the control group. In the patient group, the incidence of numerical and structural chromosomal aberrations and chromosomal fragile sites were found to increase. In addition, in this study, the effects of sex differences and age on the frequency of fragility were evaluated. We have demonstrated that the frequencies of fragility in males is higher than in females and there is no age effect on the frequency of fragility. In our study, we established a relationship between chromosomal aberrations, neuropsychiatric diseases and mental retardation, which is supported with literature. Our findings support that the fragile sites where candidate genes may be localized were not distrubuted randomly, but rather aggregated in spesific chromosomal bands for each disease and candidate genes are perhaps localized on these regions. Thus, the potential relation between fragile sites and neuropsychiatric diseases have been argued. We believe that our results may contribute cytogenetic, molecular and population genetic studies for the investigation of major candidate genes that may have a role in the etiology of neuropsychiatric diseases. Key words: Neuropsychiatric diseases, Mental retardation, Chromosomal analysis, Fragile sites, Chromosomal aberrations. Xll 101

ÖZET Friedreich Ataksisinde GAA Trinükleotid Tekrarlarının İncelenmesi Friedreich Ataksisi (FA), ilerleyen nörodejenerasyon ile birlikte otozomal resesif kalıtım gösteren bir hastalıktır. Hastalıktan sorumlu olan gen 9. kromozomun q13-q21.1 bölgesine yerleşim gösterir ve X25 (FRDA) olarak ifade edilir. FA hastalarının %96'sında hastalılığın temel sebebi, X25 (FRDA) geninin 1. İntronunda bulunan GAA trinükleotid tekrar sayısının artışı ile ilişkilidir. Çünkü GAA trinükleotid tekrar sayısının artışı frataksin protein ürününü azaltarak mitokondride demir birikimiyle sonuçlanmaktadır. Normal olarak sağlıklı kişilerde GAA trinükleotid tekrar sayısı 7-33 arasında değişir. İlave olarak hastaların %4'ünde gen allellerinin birinde GAA trinükleotid tekrarı 33'ün üzerinde olabilirken diğerinde nokta mutasyonu olabilir (birleşik heterozigotluk). Bu çalışmada, çalışma grubu FA hastalarını içeren 23 Spinoserebellar ataksi (SSA) olgusu ve 5 indeks FA olgusunun 25 aile bireyini içermektedir. Her olgu için öncelikle aile ağacı ve kromozom analizi yapıldı. Bunu takiben GAA trinükleotid tekrar genişlemesinin ölçülmesi için DNA örnekleri PCR tekniğiyle amplifiye edildi. Sitogenetik incelemeler bir hasta ve bu hastanın bazı aile bireylerinde dengeli translokasyon varlığını gösterirken birer hastada delesyon, anöploidi, inversiyon ve heteropiknoz (heterokromatin artışı) göstermiştir. Moleküler incelemeler, birisi klinik olarak şüpheli iki FA hastası ve 11 SSA vakasında 6-14 GAA trinükleotid tekrarı içeren, 475-500 baz çifti PCR ürünü olduğunu göstermiştir ve bunların genotipleri homozigot normal olarak ifade edilmiştir. Klinik olarak ikisi FA diğerlerine SSA olan 7 olguda 675-1300 trinükleotid tekrarı içeren 2500-4400 baz çifti PCR ürünü olduğunu göstermiş ve bunların genotipleri homozigot hasta olarak ifade edilmiştir. Klinik olarak FA hastası olan üç olgunun moleküler temelinde heterozigot olduğu bulunmuş ve bunların birleşik heterozigot olmaları gerektiği sonucuna varılmıştır. Birleşik heterozigot hastalardaki nokta mutasyonları olasılığı, gelecekte yapılacak olan SSCP ve gen sekanslama gibi ileri moleküler tekniklerin kullanılmasıyla araştırılacaktır. Anahtar sözcükler: Friedreich Ataksisi, X25 (FRDA), GAA trinükleotid tekrarı, Frataxin, PCR. IX ABSTRACT Study of GAA Trinucleotid Repeat Expansion in Friedreich Ataxia Friedreich Ataxia (FA) is a progressive neurodegenerative disorder with an autosomal recessive hereditism. The gene responsible for the disease is located at q13-q21.1 region of the ninth chromosome and designated as X25 (FRDA). The primary cause of the disease in 96% of FA patients is relevant to the GAA trinucleotid repeat expansions in the first intron of X25 (FRDA) gene as the GAA expansions decrease the production of frataxin protein thus resulting in an iron accumulation in mitochondria. The number of trinucleotid repeats normally changes between 7-33 in healthy people and 66-1700 in FA patients In addition, 4% of patients may have point mutations in one copy of the gene while the others having over 33 trinucleotid repeats (compound heterozygosity). In the present study, the study group consisted of 23 Spinocerebellar Ataxia (SSA) cases including FA patients, plus 25 relatives of 5 index FA patients. A chromosome analysis was performed for each case and then DNA samples were amplified with the PCR technique to measure the GAA trinucleotide repeat expansions. Cytogenetic examinations showed a translocation in one patient and some of her family members, an inversion, a heteropycnosis, a deletion and an aneuploidy in one patient each. Molecular examinations indicated that two FA patients, one clinically suspected, and eleven SSA, had 6-14 GAA trinucleotide repeats consisting of 475-500 base pairs (bp), thus their genotypes were determined as homozygous normal. Seven patients, clinically two of them FA others SSA, had 675-1300 GAA trinucleotide repeats consisting of 2500-4400 bp so their genotypes were determined as homozygous patient. The genotypes of three cases who were clinically FA patients were found to be heterozygous on molecular basis, inferring that they should be `compound heterozygous`. Possibility of point mutations in compound heterozygous patients will be investigated in future studies using more sophisticated molecular techniques like SSCP and gene sequencing. Key words: Friedreich Ataxia, X25 (FRDA), GAA trinucleotid Expansion, frataxin, PCR. 88

Türkiye'de ve özellikle Adana bölgesinde 1957 yılından itibaren halk sağlığı ve tarımsal mücadele amacıyla vektör ve zararlı türlere karşı yoğun bir şekilde farklı gruplardan insektisitler kullanılmıştır. İnsan sıtma hastalığının vektörü olan An. sacharovi ve benzer böceklerde insektisitlere karşı gelişen direnci tespit etmek için günümüzde uygulanan hassasiyet testleri başarılı bir şekilde kullanılmaktadır. Fakat bu yöntem ile fizyolojik direnç konusunda detaylı bilgi alınamadığı için biyokimyasal ve genetik temele dayanan alternatif yöntemler geliştirilmiştir. Bu çalışmanın ilk aşamasında; farklı sezonlarda insektisit uygulamalarının yoğun olduğu Tabaklar, Herekli köyleri ile nispeten az insektisit kullanılan Menekşe köyü ile hiçbir insektisit baskısı altında bulunmayan ve tüm yıl boyunca aktif olan Laboratuvar Kolonisine ait An. sacharovi ergin dişileri de arazi örnekleriyle kıyaslanması amacıyla teste maruz bırakıldılar. Hassasiyet testlerinde; DDT %4, Malathion %5, Propoxur %1, Deltamethrin %0.025 ve Permethrin %0.25 insektisitlerinin letal dozları kullanılarak örnekler hassas ve dirençli olarak gruplandırıldı. Çalışmanın ikinci aşamasında üç enzim çalışılmış olup, bunlar; Organofosfat ve Karbamat insektisit direncinde hedef yapı olan Asetilkolin Esteraz (AchE) enzimi ile Organoklor ve Pyrethroid insektisitlerin etkisizleştirilmesinde çok büyük rolü olan Glutatyon S-Transferaz (GST) ve tüm insektisit gruplarının etkisizleştirilmesinde rolü olan non-spesifik Genel Esteraz enzimleri çalışıldı. Hassasiyet test sonuçlarına göre yaptığımız gruplandırma ile aynı örneklerde 3 enzim için ölçtüğümüz aktivite oranları arasında uyumun nasıl olduğunun anlaşılması için yaptığımız diskriminant analizinde; AchE enzimi için %76.6, GST az enzimi için % 74.1 ve Genel Esteraz enzimi için de %62.2 gibi oldukça yüksek bir uyumluluk tespit edildi. IXHer üç enzim için de saptadığımız aktivitelerin, dirençlilerde hassaslardan anlamlı derecede daha yüksek olmasının yanında gonoaktif döneme ait enzim aktiviteleriinin de yağlanmış sezondan anlamlı derecede daha yüksek olduğu bulundu. Ayrıca çok yoğun insektisit kullanılan lokalitelere ait AchE, GST ve Genel Esteraz enzim aktivitelerinin, nispeten az ve hiç insektisit kullanılmayan lokalitelere nazaran daha yüksek aktivite gösterdikleri bulundu. Anahtar Kelimeler : An.sacharovi, İnsektisitler, Direnç enzimleri, Hassasiyet testleri. x ABSTRACT Since 1 957, a considerable amount of different groups of insecticides has been used in Turkey especially in Adana, for the control of agricultural pests and vectors of Public Health importance The susceptibility tests have been successfully applied for many years to determine the insecticide resistance raised in pest and vector insects including An. sacharovi, the most important human malaria vector in Turkey. As this method does not allow to obtain sufficient information about physiological resistance, an alternative method of enzyme tests based on biochemical and genetic evaluations has been developed. In this study both methods were used for comparison. First of all the susceptibility for insecticides were tested in adult females of An. sacharovi collected in various seasons from Tabaklar and Herekli villages where insecticides are used intensively for both agricultural and vector control purposes and from Menekşe village where insecticide applications are more limited. Samples taken from laboratory colonies representing the mosquitoes under non-insecticide pressure during gonoactive season were also tested to compare with the field material. By the susceptibility test using lethal doses of DDT 4%, Malathion 5%, Propoxur %1, Deltamethrin 0.025% and Permethrin 0.25% each sample was divided into resistant and susceptible groups. Secondly the changes in the activity levels of enzymes were studied in these groups. Three enzymes were tested; Acetylcholine Esterase (AChE) which is the target site in the organophosphate and carbamate insecticide resistance, Glutathione S-Transferase (GST) which has a significant role in detoxification of organochlorine and pyrethroide insecticides and non-specific General Esterase which has a role in detoxification of all insecticides. The discriminant analysis which was used to understand the fitness between the grouping by susceptibility tests and the enzyme activity levels in these groups showed considerably high fitness rates 76.6% for AChE, 74.1 for GST and 62.2% for General Esterase. XIThe activities of the three enzymes were found in higher levels in resistant groups than susceptibles and also higher levels in gonoactive period than in hibernation season. It was also found that AchE, GST and General Esterase enzyme activities were higher in the localities under intensive insecticide application than in the localities where insecticides are used in lesser quantities or none. Keyword : An. sacharovi, insecticides, Resistance enzymes, Susceptibility tests XII 78

H- ÖZET VE SONUÇLAR Araştırmamızda 49 Hepatitli hasta ve 11 takip olgusunda viral hepatitin kromozomlara etkisi SCE testi ile araştırıldı. Bu gruplardan alınan ortalama SCE değerleri 39 çocuktan oluşan kontrol grubu ile karşılaştırılarak değerlendirildi. Tüm gruplardaki olgularda toplam 113850 kromozom sayıldı. Hasta grubu, kontrol grubu ve takip grubu olguları SCE sıklıkları yönünden karşılaştırıldı ve aşağıdaki sonuçlar elde edildi. 1. Bütün bu olgularda SCE sıklığı kromozomların büyüklüğü ile doğru orantılı olarak, arttığı gözlendi, özellikle A,B,C grubu kromozomlarda diğerlerine oranla yüksek SCE bulundu. 2. Hasta grubunda 1225 metafaz plağı araştırılarak metafaz başına düşen ortalama SCE değeri 9.53±0.120 olarak saptandı. 3. Kontrol grubunda toplam 975 metafaz plağı incelenerek metafaz başına düşen ortalama SCE değeri 6.09±0.42 olarak bulundu. 4. Takip grubunda toplam 275 metafaz plağı incelenerek metafaz başına düşen ortalama SCE değeri 6.33±0.116 olarak belirlendi. 5. Hasta grubu ortalama SCE değeri ile kontrol grubu ortalama SCE değeri karşılaştırıldığında farkın önemli olduğu bulundu (P0.05). 8. Cinsiyetin SCE sıklığına etki etmediği tesbit edildi. 9. Yaşın SCE sıklığına etki etmediği bulundu. lO.Mitotik ve Replikasyon indexin hasta grubunda yüksek oysaki kontrol ve takip grubunda düşük olduğu saptandı. Kontrol ile takip grubu arasında fark görülmedi. 11. Hastada yükselen SCE, iyileşme döneminde onarım mekanizmasının çalışmasıyla düştü. 44 I-SUMMARY In this study, we have attempted to evaluate the effects of hepatitis viruses on SCE. The SCE techinique has been studied for the effect of industrial agents and for the appearence of genetical diseases and some viral infections. The ability of viral diseases to induce sister chromatid exchanges (SCEs) in vitro was studied by three different age groups between 1 to 12. This study covers 99 individuals divided into three groups. In the first group, we had 49 patients with hepatitis viruses, 11 post-illness individuals in second group and 39 healthy people in thirth group. In addition, the activity of viruses (viral hepatitis) was studied on both group 1 and 2 to determine the effect on the cycle of T lymphocytes and SCE. It was found that the control and post-illness groups of individuals had a lower SCE rate than the first group of patient. The mean rates of SCE for the patient group was 9.53±0.12 and for post-illness group was 6.33±0.105 and for control group was 6.08±0.042. We observed no difference in SCE, mitotic index and replication index between the control and post-illness groups. This study has also shown that there was no effect of sex and age on SCE. Present results were in accordance with the results obtained with known mutagens, carcinogens and viruses. It was once more shown that SCE study can be UBed as a potent and sensitivite study in assessing mutagenity and carcinogenity. 45 59

Demans, günlük yaşamda bozuk bir işlevle sonuçlanabilecek, bilişsel fonksiyonlardaki gerileme olarak tanımlanır. Demansın en sık görülen sebeplerinden biri olan Alzheimer Hastalığı (AH), bilişsel ve bellek gerilemesi ile karakterize, kronik ilerleyici kompleks nörodejeneratif bir hastalıktır. Günümüzde göreceli olarak yaşlı nüfusun artması, AH insidansını ve prevalansını, ayrıca bu hastalıkla ilişkili toplumdaki ekonomik ve sosyal maliyetleri arttırmaktadır. Alzheimer dünya genelinde yaklaşık 26 milyon kişiyi etkilemektedir ve bu hastalığın prevalansının 2050 yılına kadar dört kat artacağı düşünülmektedir.Vasküler risk faktörlerinin AH'na bağlı demans gelişiminin patofizyolojisinde önemli rol aldıkları ve trombositlerin bu süreçte etkili oldukları ileri sürülmektedir. Vasküler dokudaki damar endotel yüzeyinden salgılanan çeşitli aracı maddeler veya endotel hasarı, trombosit fonksiyonlarının aktivasyonunu değiştirmektedir. Aktive olan trombositler ise yüzey membranlarında bulunan çeşitli proteinler, salgıladıkları kimyasallar ve çeşitli mediatörler aracılığı ile endotel ile ilişki kurarlar. Yapılan çalışmalarda başlıca tromboz ve hemostaz mekanizmalarında yer alan trombositlerin, Alzheimer hastalığının patofizyolojisinin araştırılmasında biyobelirteç olarak kullanılması önerilmektedir.Bu tez projesi, İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi Nöroloji polikliniğine başvuran, fazekas skorlamasına göre çeşitli düzeylerde ak madde dejenerasyonu bulunan (fazekas 0-1, fazekas 2-3) Alzheimer tipi demans gösteren 43 hasta ile birinci derece akrabalarında herhangi bir nörodejeneratif hastalığı bulunmayan 45 sağlıklı gönüllü bireyden oluşmuştur.Gönüllülerden venöz kan örnekleri alınarak, trombosit fonksiyonlarının endotel ile olan ilişkisini protein düzeyinde araştırmak için endotel hasarı biyobelirteçlerinden biri olan von Willebrand Faktor (vWF) proteini ve endotel hasar sonrası trombositlerin vWF'e bağlanarak endotele yapışmasını sağlayan glikoprotein 1b (GP1b) düzeylerini ELISA yöntemi ile tespit ettik. GP-Ib aktivasyonunun düzenlenmesini moleküler düzeyde araştırmak için bu proteini regüle edebileceği öngörülen mir26a-5p'yi, vWF'ü incelemek için mir24-3p seviyelerini qRT- PCR ile belirledik. Ayrıca trombosit fonksiyonlarını adenozin difosfat (ADP) uyaranı vererek lumiagregometre yöntemi ile tayin ettik. Bu çalışmada bir taraftan trombosit ve endotel fonksiyonlarının Alzheimer tipi demans patofizyolojisinde ne şekilde rol oynadığını araştırırken diğer yandan belirlediğimiz hedef proteinlerin hastalıkla olan ilişkisini moleküler düzeyde incelemek için bu proteinler ile ilgili mikroRNA (miRNA)'ların göreceli ekspresyon seviyelerini tespit ettik. Çalışmamızda Alzheimer tipi demansda, trombosit fonksiyonları ile birlikte araştırdığımız hsa-mir24-3p ve hsa-miR26a-5p'nin hasta gruplarımızda düşük düzeyde ifade edildiğini bulduk. Trombosit fonksiyon belirteçlerinden, trombosit agregasyon eğim (Ω) değerleri ile hsa-mir24-3p ve hsa-miR26a-5p göreceli ekspresyon seviyeleri incelendiğinde, hasta ve kontrol gruplarında pozitif yönde anlamlı korelasyon saptanmıştır. Çalışmamızdan elde ettiğimiz bu bulgulara göre, hsa-miR24-3p ve hsa-miR26a-5p'nin hem hasta hem de kontrolde trombosit fonksiyon testlerinden trombosit agregasyon eğim değerleriyle pozitif korele olması araştırdığımız her iki miRNa'nın hastalıktan bağımsız olarak, trombositin adezyon ve sekresyon fonksiyonları üzerine etkili olabileceğini göstermektedir. Bulgularımızın literatüre önemli katkılar sağlayacağını ve gelecekte tedavi için yeni stratejiler geliştirmede etkili olacağını düşünüyoruz.Anahtar Kelimeler: Trombosit, Demans, Alzheimer, von Willebrand Faktör, Glikoprotein 1b, ADPBu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TDK-2018-30745 Dementia is defined as the decline in cognitive functions, which may result in impaired function in daily life. Alzheimer's Disease (AD), in which dementia is most common, is a chronic progressive complex neurodegenerative disorder characterized by cognitive and memory impairment. Today, the relative increase in the elderly population increases the incidence and prevalence of AD and the economic and social costs associated with this disease. Alzheimer's affects approximately 26 million people worldwide, and the prevalence of this disease is thought to increase four fold by 2050.It is known that vascular risk factors play an important role in the pathophysiology of dementia due to Alzheimer's disease and that platelets are effective in this process. Various mediators or endothelial secretions secreted from the vascular endothelial surface in the vascular tissue alter the activation of platelet functions. Activated platelets, on the other hand, are associated with endothelium by means of various proteins present in the surface membranes, the chemicals they secrete and various mediators. It has been suggested that thrombocytes, which are mainly involved in the mechanisms of thrombosis and hemostasis, can be used as biomarkers in the pathophysiology of Alzheimer's disease.In this thesis project, 43 patients who applied to the Istanbul University Faculty of Medicine Neurology outpatient clinic with various levels of white matter degeneration (Fazekas 0-1, Fazekas 2-3) according to Fazekas scoring with Alzheimer's type dementia and 45 first degree relatives who did not have any neurodegenerative disease which consisted of a healthy volunteer individual, were investigated.We determined the levels of von Willebrand Factor (vWF) protein which is one of the biomarkers of endothelial damage and Glycoprotein1b-alpha levels that adhere to endothelial damage of platelets by binding to vWF to obtain venous blood samples from volunteers to investigate the relationship of platelet functions with the endothelium at the protein levels. We detected with by ELISA method.We determined mir26a-5p, which was predicted to be able to regulate this protein to investigate the regulation of GP1b activation at the molecular level, and miR24-3p levels to examine vWF by qRT-PCR. In addition, we determined platelet functions by lumiagregometer method by giving ADP stimulus. According to the findings of our study, we observed that the miRNAs we investigated were expressed at a low level in our patient groups and that there was a correlation between the platelet aggregation slope values of these miRNAs. In our study, we found that hsa-mir24-3p and hsa-miR26a-5p, which we investigated with platelet functions in Alzheimer's type dementia, were expressed at a low level in our patient groups. When the platelet aggregation slope (Ω) values with hsa-mir24-3p and hsa-miR26a-5p relative expression levels were examinated, a significant positive correlation was found in the patient and control groups. According to these findings obtained from our study, hsa-miR24-3p and hsa-miR26a-5p correlated positively with platelet aggregation slope values from both platelet function tests in both patient and control, adhesion and secretion functions of platelet independent of disease, shows that it can be effective on.We think that our findings will contribute significantly to the literature and will be effective in developing new strategies for treatment in the future.Key Words: Platelet, Dementia, Alzheimer, von Willebrand Factor, Glycoprotein 1b, ADPThe present work was supported by the Research Fund of Istanbul University. Project No. TDK-2018-30745 178

Günümüzde, kadınlarda infertilite giderek artan ve dünya çapında milyonlarca kadını etkileyen bir sağlık sorunu haline gelmiştir. Memeli ovaryumları son derece dinamik organlar olmalarına rağmen erişkin yaşamda yeni oosit üretmemeleri kadın infertilitesi tedavisinde başarı şansını düşürmektedir. Memeli ovaryumlarının bu rejeneratif potansiyeli son yıllarda tartışmalı bir alan olmuş, ovaryumlarda germline kök hücre (GKH) ve oogonial kök hücre (OKH) varlığından söz edilmeye başlanmıştır. Ovaryum dokusundaki OKH'leri araştırmak preovaryan yetmezlik, premature menopoz, polikistik over sendromu ve kanserden kurtulan kadınlarda doğurganlığı sürdürmek ve geri kazandırmak için mevcut oositlerle çalışmak yerine yeni oosit üretme olasılıkları üzerine yapılan çalışmalara zemin hazırlayacaktır. Bu tezin amacı erişkin öncesi (2-3 hafta), erişkin (6-8 hafta) ve yaşlı sıçanlarda (25-30 hafta) memeli ovaryumundaki kök hücre varlığını araştırmak, farklı üreme dönemlerindeki yerleşimi ve dağılımını incelemektir. OCT4 (Octamer-binding transcription factor 4) ve SOX2 (SRY-box transcription factor 2) embriyonik kök hücre belirteçleri (EKB) kullanılarak kök hücre olduğu düşünülen hücrelerin flow sitometri ile belirlenmesi, gruplar arasındaki sayısal farklılıkların ortaya konması ayrıca bu hücrelerin yerleşim ve dağılımlarının immünfloresan işaretleme ile gösterilmesi amaçlanmıştır. Çalışmada her grup için 6 adet Wistar cinsi albino dişi sıçan kullanılmıştır. Sıçanların iki overi de çıkarılmış, overlerden biri flow sitometri için diğeri ise immünfloresan işaretleme için kullanılmıştır. Deneyler sonucunda, flow sitometri analizlerine göre gruplar arasında SOX2 (+) hücrelerin yüzdelerine ait medyanlar arasında anlamlı farklılık gözlenmiştir. (p0,05). SOX2 ve OCT4 ifade eden hücrelerin yerleşimini incelemek için yaptığımız immünfloresan işaretleme sonucunda pozitif hücrelerin hem stromal hem de foliküler hücrelerde lokalize olduğu gözlenmiştir. Buna göre; SOX2 (+) hücrelerin tüm gruplarda çoğunlukla stromada olmak üzere foliküllerde de lokalize olduğu ancak yaşlı sıçanlarda foliküllerde çok azaldığı görülmüştür. OCT4 (+) hücrelerin ise tüm gruplarda hem stromada hem folikülerde lokalize olduğu ancak yaşlı sıçanlarda foliküllere oranla daha çok stromada lokalize olduğu gözlenmiştir. Pozitiflik gösteren hücrelerin reaksiyon kuvvetleri zayıftan kuvvetliye doğru değişim göstermiştir. Buna göre; SOX2 proteini açısından kuvvetli pozitif (+++) olan hücreler tüm gruplar arasında erişkinlerde daha fazla olduğu görülmüştür (Mean değeri:12) (p=0,043). OCT4 proteini açıcından zayıf pozitif (+) olan hücreler en yüksek yaşlılarda (Mean değeri: 39) (p=0,004), kuvvetli pozitif (+++) hücrelerin ise yine en yüksek erişkinlerde olduğu görülmüştür (Mean değeri:8) (p=0,014). Bu veriler bize memeli ovaryumlarında EKB ifade eden hücrelerin olduğunu ve bu hücrelerin farklı üreme dönemlerinde oranlarının değişebileceğini göstermektedir. EKB ifade eden bu hücrelerin gerçekten kök hücre olup olmadığı farklılaşabilme kapasitelerini gösteren deneylerle kanıtlanmalıdır. Recently, infertility in women has become a health problem that is increasingly increasing and affecting millions of women worldwide. Although mammary ovaries are highly dynamic organs, they do not produce new oocytes in adulthood, thus reducing the chances of success in the treatment of female infertility. This regenerative potential of mammalian ovaries has been a controversial field in recent years and the presence of germline stem cells (GSC) and oogonial stem cells (OCS) in ovaries. Investigating OCSs in ovarian tissue will provide the basis for studies on the possibility of producing new oocytes instead of working with existing oocytes to maintain and restore fertility in preovarian insufficiency, premature menopause, polycystic ovary syndrome and cancer survivors. The aim of this thesis is to investigate the presence of stem cells in mammalian ovarium in pre-adult (2-3 weeks), adult (6-8 weeks) and elderly rats (25-30 weeks), and to investigate the location and distribution of different reproductive periods. For this purpose, using OCT4 and SOX2 embryonic stem cell markers, flow cytometry to determine the stem cells that are thought to be stem cells, revealing numerical differences between groups, and it is aimed to demonstrate the location and distribution of these cells by immunofluorescence marking. In this study, 6 Wistar albino female rats were used for each group. both ovaries of the rats were removed, one of which was used for flow cytometry and the other for immunofluorescence marking. As a result of the experiments, according to the flow cytometry analysis, significant differences were observed between the groups for the percentages of SOX2 (+) cells (p 0.05). As a result of our immunofluorescence labeling to investigate the localization of SOX2 and OCT4 expressing cells, it was observed that positive cells were localized in both stromal and follicular cells. According to this; SOX2 (+) cells were found to be localized in follicles, mostly stroma in all groups, but follicles decreased in elderly rats too. OCT4 (+) cells were found to be localized in both stroma and follicular in all groups but in older rats it was more localized than follicles. Cells showing positivity, reaction forces varied from weak to strong. According to this; Cells with strong positive (+++) in terms of SOX2 protein were found to be higher in adults among all groups (Mean value: 12) (p=0.043). Cells with weak positive (+) in terms of OCT4 protein were found to be highest in the elderly (Mean value: 39) (p=0.004), while strong positive (+++) cells were also found in the highest adults (Mean value: 8) (p=0.014). These data show us that cells expressing embryonic stem cell marker in mammalian ovariums and the rates of these cells may vary at different reproductive periods. Whether these embryonic stem cell marker-expressing cells are indeed stem cells should be demonstrated by their ability to differentiate 71

Amaç: Çalışmamızda üçlü negatif meme kanseri (TNBC) hücrelerinde miR-3977 ile eEF2K, PD-L1 ve FOXM1 üçlü baskılanmasının tümörigenez üzerindeki etkisinin yanısıra, bu hücrelerdeki doğal öldürücü hücre (NK) aracılıklı immün yanıt etkisinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Üçlü negatif meme kanseri hücreleri olarak MDA-MB-436, MDA-MB-231, BT-20 hücre hatları ve doğal öldürücü hücreler olarak kordon kanı doğal öldürücü hücreleri ve NK-92 hücre hattı grubu olarak kullanılacaktır. Tümörogenez çalışmaları için koloni oluşum analizleri, miRNA ve siRNA mimik transfeksiyonu, RNA ekstraksiyonu, miRNA ve mRNA ters transkripsiyonu, RT-qPCR analizi, protein ekstraksiyonu ve immünoblotlama analizi, hücre hareketliliği, migrasyon ve invazyon testleri, akım sitometri testi, miRNA nanoparçacıklarının hazırlanması, ortotopik ksenogreft tümör modeli ve istatistiksel analiz metotları kullanılacaktır. NK ayrıcalıklı immünoyanıtın belirlenmesi çalışmaları için ise Ko-kültür yöntemi uygulanarak Kromiyum (Cr51) analiz metotları kullanılacaktır.Bulgular: Çalışmamızda miR-3977'nin rolü araştırılmış ve miR-3977'nin TNBC'de anlamlı derecede daha uzun hasta sağkalımı ile ilişkili olduğu ve anlamlı derecede daha kısa genel hasta sağkalımı ile ilişkili olan proto-onkojenik eEF2K seviyeleri ile ters korelasyonlu olduğu bulunmuştur. Sonuçlarımız miR-3977'nin eEF2K, PD-L1 ve FOXM1 mRNA'ların 3'-tercüme edilmemiş bölgesine (3'-UTR) doğrudan bağlandığını ve bu genlerin ekspresyonlarını baskılayarak TNBC'de hücre proliferasyonunu, motilitesini ve invazyonunu inhibe ettiğini göstermiştir. Ayrıca, miR-3977 nanopartiküllerinin sistemik intraperitoneal uygulama ile in vivo terapötik olarak verilmesi, eEF2K, PD-L1 and FOXM1 sinyal yolaklarını, intratümöral proliferasyonu ve anjiyogenezi inhibe ederek ve apoptozu indükleyerek ortotopik TNBC tümör ksenograft modelinde tümör büyümesini geciktirmiştir. Önemli bir şekilde, çalışmamızda ilk kez, eEF2K, PD-L1 veya FOXM1 inhibisyonunun NK-92 ve CBNK hücrelerinin sitotoksisitesini indüklediği, miR-3977 veya siRNA tedavilerinin NK aracılıklı immün sistem yanını arttırmada etkili olabileceği gösterilmiştir.Sonuçlar: Çalışmamız, üçlü negatif meme kanseri hücrelerinde miR-3977 gen terapisi ile hem EF2K hem FOXM1 hem de programlanmış hücre ölüm (PD-L1) mekanizmalarının yeniden aktivasyonunu hem de bu hücrelere karşı aktive olmuş NK aracılıklı immün yanıt ile karsinogenez sürecinin durdurulmasını ve tümör hücrelerinin yıkımını birlikte yürüten ilk çalışma olması nedeniyle yüksek bir özgün değere sahiptir. Dahası, miR-3977'nin eEF2K ve FOXM1 sinyal yolaklarının çift hedeflenmesiyle TNBC'de tümör baskılayıcı rolü olduğu ve miR-3977 tabanlı gen terapisinin TNBC'de potansiyel bir terapötik strateji olabileceği düşünülmektedir. Aim: In our study, we aimed to determine the effect of triple suppression on eEF2K, PD-L1 and FOXM1 with miR-3977 in triple negative breast cancer (TNBC) cells, as well as identified the natural killer cell (NK) mediated immune response effect in these cells.Materials and Method: As triple negative breast cancer cells MDA-MB-436, MDA-MB-231, BT-20 cell lines; as natural killer cells cord blood natural killer cells and NK-92 cell line will be used. To identified tumorigenesis studies colony formation assay, miRNA and siRNA mimic transfection, RNA extraction, miRNA and mRNA reverse transcription, RT-qPCR assay, protein extraction and immunoblotting assay, cell mobility, migration and invasion assays, flow cytometry, preparation of miRNA nanoparticles, orthotopic xenograft tumor model and statistical analysis methods will be used. To determination of NK mediated immunoassay studies Chromium (Cr51) analysis methods will be used.Results: In our study, we investigated the role of miR-3977 and found that miR-3977 is associated with significantly longer patient survival in TNBC and inversely correlated with levels of proto-oncogenic eEF2K, which was associated with significantly shorter overall patient survival. We showed that miR-3977 directly binds to the 3′-untranslated region (3'-UTR) of eEF2K, PD-L1 and FOXM1 mRNAs and suppresses their expression, leading to inhibition of TNBC cell proliferation, motility, and invasion. Moreover, in vivo therapeutic delivery of miR-3977 nanoparticles by systemic intraperitoneal administration delayed tumor growth of orthotopic TNBC tumor xenograft models by inhibiting eEF2K, PD-L1 and FOXM1, intratumoral proliferation and angiogenesis, and inducing apoptosis. Importantly in our study it has been shown at the first time, with either miR-3977 or siRNA treatments of each eEF2K, CD274 or FOXM1 inhibition NK-92 and CBNK cells cytotoxicity were induced.Conclusion: Our study has a high specific value due to miR-3977 gene therapy in triple negative breast cancer cells as it is the first study to both re-activate the programmed cell death (PD-L1) mechanisms and to stop the carcinogenesis process and the destruction of tumor cells with the activation of NK-mediated immune response against these cells. Furthermore, our findings provide new insights into the tumor suppressor role of miR-3977 by dual-targeting of eEF2K and FOXM1 signaling axis and suggest that miR-3977-based gene therapy may be a potential therapeutic strategy in TNBC. 125

PCL VE BAMYA ÖZÜTÜNÜN DOKU TAMİRİ AMACI İLE İSKELE OLUŞTURMADA KULLANILABİLİRLİKLERİNİN KARŞILAŞTIRILMASIAykut MAİLOĞLUErciyes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri EnstitüsüTıbbi Biyoloji Anabilim DalıYüksek Lisans Tezi, Mayıs 2020Danışman : Prof. Dr. Nurhan CÜCERÖZETDoku mühendisliğinin en önemli kısımlarından biri hücrelerin tutunup çoğalabileceği uygun doku iskelelerinin üretimidir. Bu doku iskelelerinin üretiminde doğal ve yapay polimerler kullanılmaktadır. Bu çalışmada doğal bir polisakkarit olan bamya müsilajı kullanılarak, tek başına doku iskelesi olarak kullanılabilen PCL polimerinin daha işlevsel bir hale getirilebilmesi denenmiştir. Ayrıca, bamya müsilajından elde edilen lifsi bir yapının olduğu görülmüş ve bu yapının tek başına bir doku iskelesi olarak kullanılabilirliği araştırılmıştır. Yapılan araştırmada kontrol maddesi olarak PCL'den üretilen doku iskelesi kullanılmıştır. Bamya müsilajından elektro eğirme yöntemi ile bir lif elde edilemediği için müsilaj, PCL üzerine kaplanmıştır. Yapılan bu yüzey modifikasyonu üzerine hücre ekimi gerçekleştirilmiş ve hücrelerin bu yüzeye tutunduğu ancak kontrol maddesi kadar fazla yayılım gösteremediği gözlemlenmiştir. Bunun dışında, bamya müsilajına aseton eklenmesi ile ağ benzeri bir yapı elde edilmiştir. Islak hali ile oldukça umutverici bir doku iskelesi gibi görülen bu yapı üzerine de hücre ekimi yapılmış ancak hücrelerin bu yapıya tutunmadığı gözlemlenmiştir. Çalışmanın sonucunda kontrol maddesi ve iki deney maddesi üzerindeki hücre tutunma ve yaşama oranları karşılaştırılmıştır. Bamya müsilajının hücre canlılığına olumlu yönde bir etkisinin olduğu, müsilaj ve ağ benzeri yapının bulunduğu kültürlerde daha fazla hücre çoğaldığı gözlemlenmiştir. Ancak yüzeye tutunma konusunda yüzey modifikasyonu kontrol maddesinin gerisinde kalmıştır. Ağ benzeri yapıda ise hücre tutunması olmamıştır.Anahtar Kelimeler: Doku Mühendisliği, Doku İskelesi, Elektriksel Lif Çekim Yöntemi, .Biyomalzemeler, PCL COMPARISON OF THE USABILITY OF PCL AND OKRA EXTRACT FOR TISSUE REPAIR FOR SCAFFOLDING Aykut MAİLOĞLU Erciyes University, Health Sciences InstituteDepartment of Medical BiologyMaster's Thesis, May 2020Advisor : Prof. Dr. Nurhan CÜCER ABSTRACTOne of the most important parts of tissue engineering is the production of suitable tissue scaffolds where cells can hold and multiply. Natural and artificial polymers are used in the production of these scaffolds. In this study, using the natural polysaccharide okra mucilage, PCL polymer, which can be used as a tissue scaffold alone, has been tried to be made more functional. In addition, it was observed that there was a fibrous structure obtained from okra mucilage and the usability of this structure as a tissue scaffold alone was investigated. In the research, tissue scaffold produced from PCL was used as the control group. Since a fiber could not be obtained from the okra milage by the electro spinning method, the milage was coated on PCL. Cell cultivation was performed on this surface modification and it was observed that the cells were attached to this surface but could not spread as much as the control group. In addition, a net-like structure was obtained by adding acetone to okra mucilage. Cell structure was cultivated on this structure, which looks like a highly promising tissue scaffold in its wet state, but it was observed that the cells did not adhere to this structure. As a result of the study, the rates of cell attachment and survival on the control group and two experimental groups were compared. It has been observed that okra mucilage has a positive effect on cell viability and more cells grow in cultures with mucilage and web-like structure. However, in terms of adhesion to the surface, the surface modification lagged behind the control group. There was no cell attachment in the network-like structure.Keywords: Tissue Engineering, Tissue Scaffold, Electrospinng, Biomaterials, PCL 66

Parkinson hastalığı, lewy nöritleri ve lewy cisimleri olarak ifade edilen α-sinükleinin intranöronal agregatlarının birikimleri ile substansiya nigra'daki dopamin üreten hücrelerin kaybından ve böylece dopaminerjik nöronların dejenerasyonundan kaynaklanan bir fonksiyon bozukluğu olarak tanımlanır. Eksitotoksisite nörodejenerasyonun ortak moleküler mekanizmalarından biridir. Glutamat eksitotoksisitesi, presinaptik sinir terminallerinden ve astrositlerden intraselüler alana aşırı glutamat salınımının tetiklenmesiyle ve glutamat reseptörlerinin aşırı uyarılmasıyla oluşur. Glutamat taşıyıcıları biriken fazla glutamatı toplayarak glutamat reseptörlerinin aşırı aktivasyonunu önler. Özellikle GLT-1 (Glutamate Transporter-1) ya da EAAT2 (Excitatory Amino Acid Transporter2) beyindeki toplam glutamate emiliminin %95'inden sorumludur.MPTP (1-methyl-4-phenyl-1,2,3,6-tetrahydropyridine), Parkinson hastalığı için önemli bir kimyasal model ve sık kullanılan etkili bir toksindir. Elektron transport zincirindeki Komplex 1'i inhibe ederek mitokondriyal fonksiyona zarar verir. Bu çalışmada MPTP'nin aktif metaboliti MPP+(1-methyl-4-phenylpyridinium) kullanılarak, nöron ve glia hücrelerinde eksitotoksisite modeli oluşturuldu ve MPP+'nin GLT-1 ekspresyonu üzerine etkisi araştırıldı. N2A (fare nöroblastoma hücreleri) ve glia (IHA-immortalized human astrocytes-immortalize olmuş insan astrositleri) MPP+ ile muamele edildikten sonra, hücrelerin canlılık oranları, glutamat salınım oranları ve GLT-1'in mRNA ve protein düzeylerindeki değişiklikleri araştırıldı. MPP+ muamelesinden sonra IHA hücrelerinden total protein izole edildi, GLT-1 ekspresyonu western blot yöntemi ile incelendi ve MPP+ verilen hücrede kontrole oranla anlamlı artış görüldü. MPP+ muamelesi yapılan ve yapılmayan (kontrol) N2A hücre hattından total RNA izole edilerek cDNA üretildi ve Real Time PCR (Gerçek zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu) ile GLT-1 mRNA düzeyi ölçüldü. IHA hücrelerinde alınan sonuç ile uyumlu olarak, MPP+ muamelesi yapılan N2A hücrelerinde GLT-1 mRNA seviyesinin kontrol hücrelerine göre anlamlı artışı görüldü. Glutamat salınımı glutamat assay ile ölçüldü.Sonuç olarak, MPP+ ile oluşturulan eksitotoksik durum karşısında, GLT-1 ekspresyonunun bir kurtarıcı mekanizma olarak arttığı gözlendi. Bu nedenle, ilk 12 saatlik dönemde glutamat salınımının azaldığı ancak nörotoksisitenin etkisi devam ettikçe glutamat salınımının artmaya devam ettiği görüldü. Glutamat salınımının azalmasının nedeni aynı zamanda hücre ölümü gerçekleştiği için olabileceği düşünüldü. GLT-1 ekspresyonunun düzenli arttırılması hedef alınarak ilgili moleküler yolakların araştırılması, eksitotoksisiteyi azaltarak Parkinson hastalığına karşı tedavi geliştirilmesi yolunda önemli olacaktır.Anahtar Kelimeler: Eksitotoksisite, GLT-1, glutamat, lewy cisimciği, MPP+, Parkinson Parkinson's disease is defined as a dysfunction resulting from the accumulation of intraneuronal aggregates of α-synuclein, expressed as lewy neurites and lewy bodies, with loss of dopamine-producing cells in the substantia nigra and thus degeneration of dopaminergic neurons.Excitotoxicity is one of the common molecular mechanisms of neurodegeneration. Glutamate excitotoxicity occurs by triggering excessive release of glutamate from presynaptic nerve terminals and astrocytes into the intracellular domain and by overexcitation of glutamate receptors. Glutamate carriers prevent excess activation of glutamate receptors by accumulating excess glutamate. In particular, GLT-1 (Glutamate Transporter-1) or EAAT2 (Excitatory Amino Acid Transporter2) is responsible for 95% of total glutamate absorption in the brain.MPTP (1-methyl-4-phenyl-1,2,3,6-tetrahydropyridine) is an important chemical model for Parkinson's disease and a commonly used effective toxin. It interferes with mitochondrial function by inhibiting Complex 1 in the electron transport chain. In this study, MPT+ (1-methyl-4-phenylpyridinium), the active metabolite of MPTP, was used to model excitotoxicity in neuron and glia cells and the effect of MPP+ on GLT-1 expression was investigated. After N2A (mouse neuroblastoma cells) and glia (IHA-immortalized human astrocytes-immortalized human astrocytes) cells were treated with MPP+, the viability of cells, glutamate release and changes in GLT-1's mRNA and protein levels were investigated.After MPP+ treatment, total protein was isolated from IHA cells and GLT-1 protein expression was examined by western blot. It was observed that MPP+ treated IHA cells showed a significant increase in GLT-1 expression when compared to control. Total RNA was isolated from MPP+ treated and untreated (control) N2A cells, total RNA was isolated and cDNA was produced. GLT-1 mRNA level was measured by Real Time PCR (Real-time Polymerase Chain Reaction). Consistent with the results of IHA cells, a significant increase in GLT-1 mRNA level was observed in MPP+ treated N2A cells compared to control cells. In the end, glutamate release was measured by glutamate assay.As a result, it was observed that GLT-1 expression increased as a rescue mechanism in response to the excitotoxicity induced by MPP+. Therefore, it was observed that glutamate release decreased in the first 12 hours. However, glutamate release continued to increase as the effect of neurotoxicity continued. It was thought that the decrease in glutamate secretion may be due to cell death. It will be important to investigate the relevant molecular pathways with the aim of increasing GLT-1 expression regularly, and to develop treatment against Parkinson's disease by reducing excitotoxicity.Keywords: Excitotoxicity, GLT-1, glutamate, lewy body, MPP+, Parkinson 88

Otozomal resesif kalıtılan hastalıklar arasında en sık görülen kistik fibrozis, Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator (CFTR) genindeki mutasyonlar sonucu oluşmaktadır. Hastalık ciddiyetinin belirlenmesinde CFTR mutasyonlarının yanı sıra ciddiyeti modifiye eden genler ve çevresel faktörler rol oynamaktadır. İlginç bir bulgu olarak, aynı CFTR mutasyonuna sahip olmalarına rağmen farklı klinik ciddiyete sahip hastalar da bulunmaktadır. Ciddiyetin hastalarda heterojenlik göstermesi ve genotip-fenotip korelasyonunun kurulamaması tedavi yaklaşımlarını oldukça zorlaştırmaktadır. Tez çalışması kapsamına; Sınıf II grubunda yer alan, F508del/F508del ve F508del/G85E mutasyonlarını içeren iki hasta kardeşten oluşan iki aile, Sınıf IV grubunda yer alan I1234V/I1234V mutasyonunu içeren üç hasta kardeşten oluşan bir aile ve kronik hastalık öyküsü olmayan üç sağlıklı kontrol dahil edilmiştir. Klinik seyirleri farklı olan (ağır/ hafif) hasta kardeşler arasında ifade farklılığı gösteren genler gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu prensibine dayalı kistik fibrozis PCR array yöntemiyle saptanmış ve bu genlerle ilişkili yolaklar tanımlanmıştır. Sınıf II grubunda yer alan ağır seyirli hastalarda, inflamasyon ve immün cevapta görevli IL-17(CXCL1, CXCL2), NF kappa B (TNFRSF11A), TNF, sitokin-sitokin etkileşimi, araşidonik asit, nekroptozis, SNARE etkileşim (STX1A) ve sodyum iyonunun geri emilim (SLC9A3R2) yolakları saptanmıştır. Sınıf IV'e özgü olarak AGE-RAGE, TLR sinyal yolakları bulunmuştur. Tüm hastaların birlikte değerlendirilerek kontrol grubu ile karşılaştırıldığında ifade farklılığı anlamlı genler ICAM1, EZR, TNFRSF1A ve HSP70 olarak belirlenmiştir. Ek olarak, hastalarda ifade farklılığı gösteren genler ile karaciğer tutulum bulguları arasında korelasyon saptanarak bu genlerin AGE-RAGE, sitokin-sitokin etkileşim ve insülin direnci sinyal yolaklarında yer aldıkları gösterilmiştir. Bu çalışma ile, aynı sınıf mutasyona sahip ağır ve hafif seyir gösteren hasta kardeşler arasında fenotipik ciddiyeti etkileyebilecek genler ve ilişkili yolaklar aydınlatılmıştır. Tez çalışması, ileri dönemde tedavi için yeni hedef moleküllerin geliştirilmesine olanak sağlayabilecektir.Anahtar Kelimeler: Kistik fibrozis, CFTR, modifiye edici genler,genotip-fenotip ilişkisi Cystic fibrosis, the most common autosomal recessive disease, is caused by mutations in the Cystic Fibrosis Transmembrane Regulator (CFTR) gene. In addition to CFTR mutations, modifier genes and environmental factors play a role in disease severity. Interestingly there are patients with different clinical severity despite having the same CFTR mutation. The heterogeneity of disease severity among patients and the inability to establish genotype phenotype correlations make treatment approaches difficult. In this study two families with two siblings with Class-II mutations (F508del/F508del and F508del/G85E), one family with three siblings with Class-IV mutation (I1234V/I1234V) and three healthy individuals with no disease symptoms were included. Differential expressed genes and pathways were determined between affected siblings who have different disease severity (severe/mild) by using real-time PCR based cystic fibrosis PCR array. In severe siblings with Class-II mutation IL-17 (CXCL1, CXCL2), NF-kappa B (TNFRSF11A), TNF, cytokine cytokine receptor interaction, arachidonic acid metabolism, necroptosis, SNARE interaction (STX1A) and sodium reabsorption (SLC9A3R2) pathways were identified. AGE-RAGE, TLR pathways were determined only in Class IV severe siblings. As a result of analysis of all patients and comparison of them to control group; ICAM1, EZR, TNFRSF1A and HSP70 genes were found to be differentially expressed. In addition, a correlation was determined between differentially expressed genes in AGE-RAGE, cytokine cytokine receptor interaction, and insulin resistance pathways in patients and liver disease symptoms. As a result of this study, genes and pathways responsible from phenotypic severity among affected siblings carrying the same mutation were identified. The results will provide opportunity for development of novel target molecules for treatment of disease.Key words: Cystic Fibrosis, CFTR gene, modifier genes, genotype-phenotype correlation 105

Dünyada kanser ölümlerinin önde gelen nedenlerinden biri de kolorektal kanser olup genetik ve epigenetik değişikliklerin birikimi sonucu meydana gelmektedir. Epigenetik değişikliklerden biri olan DNA metilasyonu, genomik kararlılık ve gen ifadesinin düzenlenmesinde anahtar bir mekanizma olarak tanımlanmıştır. Genomun çoğunluğunu oluşturan tekrar dizilerinde meydana gelen DNA metilasyon içeriğindeki bir azalma, çeşitli malignansilerin oluşumu ile ilişkilendirilmiştir. İnsan genomunun yaklaşık %17'sini oluşturan LINE-1 tekrar dizileri, DNA metilasyon ölçümü bağlamında en çok ilgilenilen dizidir. Bu çalışmada kolorektal kanserde, LINE-1 5' UTR'sinin metilasyon durumunun incelenmesi amaçlandı. Kolorektal kanser teşhisi konmuş hastalara ait normal ve tümör arşiv dokusundan DNA izolasyonu yapıldı. LINE-1 5' UTR'sinin belirlenen altı farklı bölgesi özel olarak tasarlanmış primer setleri kullanılarak PCR ile çoğaltıldı. Sonrasında CG dinükleotitlerindeki metilasyon değişimini değerlendirmek amacıyla HRM analizi yapıldı. 1. bölgenin analizinde normal ve tümörlü dokular arasında anlamlı bir fark bulundu (p

Parkinson Hastalığı (PH) substantia nigra pars compakta'daki dopaminerjik nöronların progresif kaybı ile karakterizedir. PH'nın patolojik ayırt edici özelliği Lewy cisimcikleri olarak bilinen hücre içi inklüzyonlarda α-sinüklein birikintilerinin varlığıdır. Hastalığın bulguları bradikinezi, tremor, rijidite, postüral instabilite, fleksiyon postürü ve donma fenomeni olarak tanımlanan motor semptomlardır. Hastalığın prodromal fazı, `premotor` veya `preklinik` dönem olarak adlandırılmaktadır. Bu dönemde görülen non-motor öncül bulgular ağrı, konstipasyon, koku kaybı, REM uyku davranış bozukluğu, depresyon ve anksiyete bozukluğu gibi duygudurum bozukluklarıdır. Doğal immün sistem elemanlarından Toll like reseptörler (TLR), mikrobiyal antijenlerle veya hasarlı hücresel elemanlarla uyarılınca hem inflamatuar reaksiyonları indükler hem de edinsel bağışıklığı aktive eder. Bu çalışmada, TLR sinyal yolağında yer alan bir adaptör protein olan Toll/IL-1 reseptör ilişkili protein (TIRAP) gen bölgesi üzerindeki 975C/T polimorfik bölge araştırılmıştır. PH ve kontrol grubu arasında anlamlı bir fark bulunamamıştır. TLR sinyal yolağının sebep olduğu nörotoksik ve nörokoruyucu mekanizmaların araştırılması nörodejeneratif hastalıkların patogenezindeki rollerini anlamak için çok önemli olabilir ve terapötik uygulamalar için yeni bir ufuk açabilir. Parkinson Disease (PD) is characterized by the progressive loss of dopaminergic neurons in the substantia nigra pars compacta. The pathological hallmark of PD is the presence of deposits of aggregated α-synuclein in intracellular inclusions known as Lewy bodies. Symptoms of the disease are motor symptoms defined as bradykinesia, tremor, rigidity, postural instability, flexion posture and freezing phenomenon. The prodromal phase of the disease is called 'premotor' or 'preclinical' period. Non-motor premise findings seen during this period are pain, constipation, loss of odor, REM sleep behavior disorder, mood disorders such as depression and anxiety disorder. When Toll like receptors (TLR) which is element of native immune system induced by microbial antigens or damaged cellular elements, they both induce inflammatory reactions and activate adaptive immune system. In this study, the polymorphic 975C/T region on the Toll / IL-1 receptor-associated protein (TIRAP) gene region, which is an adapter protein in the TLR signaling pathway, was investigated. There was no significant difference between PH and control group. Investigation of the neurotoxic and neuroprotective mechanisms caused by the TLR signaling pathway may be very important to understand the role of in pathogenesis of neurodegenerative diseases and may open a new horizon for therapeutic applications. 45

Otizm spektrum bozukluğu (OSB) genetik ve çevresel faktörlerin etkili olduğu, erken çocukluk çağında başlayan nörogelişimsel multifaktoriyel bir bozukluktur. Toplumsal etkileşim ve dil gelişiminde geriliklerle beraber basmakalıp davranışların görüldüğü bu hastalık büyük klinik heterojenite göstermektedir. OSB ile ilgili birçok çalışmada genetik altyapının önem arz ettiği gösterilmesine rağmen mevcut bilgimiz OSB'nin detaylı genetik temelini ortaya koymaktan çok uzaktır. Yeni çalışmalar, Wnt sinyal yolundaki moleküllerin nöral bağlantının gelişimi için önemli olduğunu ve OSB ile ilişkili olduğunu göstermektedir. Genom çapında ilişki çalışmaları, Wnt sinyal yolunda nörogelişim sürecinde önemli rol oynayan aday genler ortaya koymuştur. Çalışmamızda daha önce çeşitli popülasyonlarda OSB ile ilişki çalışmalarında araştırılmış Wnt sinyal yolu WNT2, DISC1, DOCK4 genlerini seçtik. Bu çalışmayla Türk popülasyonu için Mersin örnekleminde WNT2, DISC1, DOCK4 genleri ile OSB arasındaki ilişkiyi araştırmayı amaçladık.Çalışmaya, Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk ve Ergen Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Polikliniği'ne başvuran, DSM-V tanı ölçütlerine göre OSB tanısı konulan 100 hasta birey ile herhangi bir ruhsal veya fiziksel hastalığı olmayan 100 sağlıklı gönüllü alınmış olup toplam 200 bireyden oluşmaktadır. Her iki gruptan alınan kan örneklerden DNA izolasyonu yaptık ve genotipler Real-Time PCR ile belirlendi. Hastalık ile genotiplerin ve allellerin ilişkileri `ki-kare` veya `Likelihood ratio` testleri ile incelenmiştir. Çalışmamıza ait ilk sonucumuz; Otizm Spektrum Bozukluğunun daha çok erkek cinsiyette görüldüğüdür (p>0.01). Yapılan genotip ve allel dağılımları değerlendirmeleri sonucunda; WNT2 rs47278447 G/T (p=0.850), DISC1 rs4366301 C/G (p=0.457) ve DOCK4 rs2217262 A/C n(p=0.542) Otizm Spektrum Bozukluğu oluşum riskini etkilemediği belirlenmiştir. Sonuçlarımız bu haliyle; Mersin ili örneklemi temelinde Türk popülasyonunda OSB hastalarının genetik profillenmesine katkıda bulunmaktadır. Çalışmamızdan elde edilen bir de yan sonucumuz vardır. Şayet bundan sonra yapılacak çalışmalarla söz konusu polimorfizmlerin başka hastalıkların oluşumu için risk faktörü olduğu saptanırsa her üç polimorfizm için kontrol grubuna ait genotip bulgularımız Mersin örneklemi temelinde Türk polülasyonunun risk haritası oluşumuna katkı sunmuş olacaktır. Autism spectrum disorder (ASD) is a neurodevelopmental multifactorial disorder that appears in early childhood in which genetic and environmental factors influence. This disorder consisting deficits in social interaction and language development with stereotypical behaviors which shows great clinical heterogeneity. Although many studies related to ASD show that underlying causal genetic structure is important, our current knowledge is far from revealing the detailed genetic basis of ASD. Recent studies have shown that molecules in the Wnt signaling pathway are important for the development of neural connectivity and are associated with ASD. Genome-wide association studies have identified candidate genes that play an important role in the neurodevelopment process in the Wnt signaling pathway. In our study, we studied the Wnt signaling pathway WNT2, DISC1, DOCK4 genes, which were previously investigated in association with OSB in various populations. In this study, we aimed to investigate the association between WNT2, DISC1, DOCK4 genes with ASD in the Mersin sample for the Turkish population. İn this study we recruited totaly 200 individual consiting of 100 ASD patient presenented by Mersin University School of Medicine, Child and Adolescent Mental Health and Diseases Polyclinic who were diagnosed ASD according to DSM-V criteria and 100 healthy volunteers without any mental or physical illness. We performed DNA isolation from blood samples taken from both groups and genotypes were determined by Real-Time PCR. The association between the disease and genotypes and alleles was examined by `chi-square` or `Likelihood ratio` tests. Our first result of our study; It is seen that Autism Spectrum Disorder is mostly seen in male gender (p> 0.01). As a result; no significant difference was observed between the control group and groups with ASDs regarding the allelic or genotypic distributions of the three polymorphisms of WNT2 rs47278447 G/T, DISC1 rs4366301 C/G ve DOCK4 rs2217262 A/C (WNT2 (rs47278447) : p=0.850 ; DISC1 (rs4366301) : p=0.457 ;DOCK4 (rs2217262) : p=0.542 ). The results show that polymorphisms of WNT2 rs47278447, DISC1 rs4366301 and DOCK4 rs2217262 may not be involved in the development of ASDs in the Turkish population. Our results are in this state; it contributes to the genetic profiling of ASD patients in the Turkish population based on the Mersin province sample. We also have a side result from our study. If the polymorphisms in study are found to be a risk factor for the formation of other diseases with the studies to be carried out from now on, our genotype findings of the control group for all three polymorphisms will contribute to the formation of the risk map of Turkish polulation based on the Mersin sample. 87

Endoplazmik Retikulum (ER) stresi yanlış katlanmış ya da katlanamamış proteinlerin birikmesi sonucunda ortaya çıkmaktadır. ER stresi, tüm beyin hastalıklarında, kanser ve metabolik hastalıklarda görülen adaptif bir stres cevabıdır. Eksitotoksisite, sinapslarda fazla glutamat birikimiyle meydana gelir. Kainik asit hücresel ve hayvansal modellerde eksitotoksisiteye yol açan bir toksindir. Kainik asite bağlı eksitotoksisite hücrede strese neden olur. Bu nedenle, bu çalışmada, amacımız, kainik asite bağlı eksitotoksisite ve ER stres arasındaki ilişkiyi iki majör endoplazmik retikulum stres markırı olan ATF5 ve fosforile eIF2’yı analiz ederek incelemektir. MTT Assay Testi ile 50, 200, 1000 µM dozlarında kainik asit, N2A hücrelerine verilerek 24 saat sonunda hangi dozlarda hücre ölümü gerçekleştiği belirlendi. 24 saat inkübasyon sonucunda kontrol grubu ve kainik asit verilen hücrelerden protein ekstraktları elde edildi. Bradford Assay ile protein miktar tayini gerçekleştirildi. ER stres markırlarından; ATF5 ve fosforile eIF2 markırları western blot yöntemi ile incelenmiştir. Kainik asit ile muamele edilmiş neuroblastoma hücrelerinde ATF5 ve fosforile eIF2 seviyelerinin kontrole göre değişmediği ilk kez gösterildi. Çalışmamız sonucunda 50, 200, 1000 µM ve 24 saat süren kainik asit muamelesi, ATF5 ve fosforile eIF2 ile gösterilebilecek endoplazmik retikulum stresi oluşturmak için yeterli olmayabileceği düşünüldü. Süre ve konsantrasyon olarak arttırılmış kainik asit muamelesi ya da farklı markırların denenmesi gerekmektedir. KABUL VE ONAY SAYFASI i TEŞEKKÜR ii SİMGELER VE KISALTMALAR DİZİSİ v ŞEKİLLER DİZİNİ vii TABLOLAR DİZİNİ viii ABSTRACT x 1. GİRİŞ ………………………………………………………………………………………..1 2. GENEL BİLGİLER ………………………………………………………………………….2 2.2. Endoplazmik Retikulum Stresi 3 2.3. Nörodejeneratif Hastalıklarda Endoplazmik Retikulum Stresi 6 2.4.Fosforile eIF2-α Stres Markırı 7 2.5. ATF-5 Stres Markırı 10 2.6. Eksitotoksisite 11 2.7.Glutamat 12 2.7.1. Glutamat Biyosentezi 15 2.7.2. Glutamat Reseptörleri 15 2.7.3. Glutamat Taşıyıcıları 17 3. GEREÇ VE YÖNTEMLER ………………………………………………………………..20 3.1. Gereç 20 3.1.1. Kullanılan Cihazlar 20 3.3. Deney Düzeneğinin Hazırlanması 22 3.3.1.Çalışmada Kullanılan Hücre Tipi 22 3.3.2. Hücre Kültürü Uygulamaları 23 3.3.2.1.Hücre Çözme ve Hücre Kültürü 23 3.3.2.3.Hücrelerin pasajlanması 24 3.3.2.4.Hücrelerin sayılması ve hücre canlılığı 25 3.3.2.5. Dondurma besiyerinin hazırlanması 25 3.3.2.6. Hücrelerin dondurulması 25 3.3.3. Kainik Asitin Konsantre Edilmesi ve Uygulama Dozlarının Hazırlanması 26 3.3.4. MTT Testi Assay Testi ve Uygun Kainik Asit Konsantrasyonunun Belirlenmesi 27 3.3.5.Hücre Kültürü ve Kainik Asit Uygulaması 28 3.3.6. RIPA Lizis Tamponu Kullanılarak Protein İzolasyonu 29 3.3.7. Bradford (Coomassie Brillant Blue ile Protein Miktar Tayini) Yöntemi 30 3.3.8. Western Blot: 31 3.3.8.2 Western Blot Aşamaları 33 3.3.8.3.Örneklerin hazırlanması, jele yüklenmesi ve jel elektroforezi: 33 3.3.8.4. Jelden membrana transfer, bloklama, blotlama ve görüntüleme 34 3.4.İstatislikler 35 4. BULGULAR ……………………………………………………………………………….36 4.1. MTT Sonuçlarının Değerlendirilmesi 36 4.2. Western Blot Sonuçlarının Değerlendirilmesi 37 4.2.1. Bradford Assay ile Protein Miktar ve Konsantrasyon Tayininin Sonuçları 37 4.2.2. ATF-5 Markırının Western Blot ile Tespiti 38 4.2.3. Fosforile eIF2α Markırının Western Blot ile Tespiti 39 4.2.4. Western Blot Sonrası Bantların Image J Programı ile Kuantifikasyonu 40 5. TARTIŞMA ………………………………………………………………………………...41 SONUÇ VE ÖNERİLER ……………………………………………………………………..42 KAYNAKLAR ………………………………………………………………………………..43 ÖZGEÇMİŞ …………………………………………………………………………………..49

Dünya'da büyümesi hızla artan önemli rahatsızlıklardan biri obezitedir. Obezite fiziksel fonksiyonlardaki azalmanın dışında, birtakım metabolik rahatsızlıklara (kardiyovasküler hastalıklar, Tip 2 diyabet, hepatik yağlanma) öncülük etmesi ile ciddi risk grubu içerisinde yer almaktadır. Obezite ve Tip 2 diyabette mitokondriyal fonksiyonun belirgin şekilde azaldığı ve buna bağlı olarak oksidatif fosforilasyon mekanizmasının olumsuz etkilendiği bilinmektedir. Mitokondri enerji üretimi için önemli bir hücresel kaynak olup, nükleer ve mitokondriyal genomun yüksek koordinasyonu ile etkinliği sağlanmaktadır. Mitokondriyal DNA'nın nokta mutasyonları ve delesyonları temel olarak mitokondriyal solunum olmak üzere, hücresel ATP üretimindeki mekanizmaları etkilemektedir. Yağ dokusunda da ATP üretiminin çok önemli süreçler için önemli olduğunu dikkate alırsak, mtDNA 4977 delesyonunun yağ dokusunda mitokondri fonksiyonu ve metabolizması üstünde etkili olması beklenebilir. Dolayısıyla çalışmamızda, vücut kitle endeksi 35'in üzerinde olan obezite tanısı konmuş hastalarda yetersiz oksijenasyona bağlı olarak artmış olan laktat seviyelerinin ve hipoksi odaklarının mtDNA 4977 delesyonu ile bağlantısı araştırılmıştır. Bu amaçla, obez hastaların ve kontrol grubunun ATP ve laktat seviyelerinin ölçümü yapılmış ve eş zamanlı PZR yöntemi ile mtDNA 4977 delesyon taraması sağlanmıştır. Hasta ve kontrol grubunda lipid ve protein miktar, yapı ve fonksiyonel farklılıklarını değerlendirmek adına FTIR yöntemi uygulanmıştır. Obez hasta ve sağlıklı kontrol grubu laktat seviyeleri arasında anlamlı bir oranda farklılık saptanmasına (p=0,001) bunun mtDNA 4977 delesyonu ile bağlantılı olmadığı sonucuna varılmıştır. Yine hasta ve kontrol grubu ATP seviyeleri arasında anlamlı bir fark saptanmamıştır. (p= 0,554) FTIR tekniği ile lipid miktarı, yapı ve fonksiyon analizi yapılmış olup, hasta ve kontrol grubu arasında miktar olarak fark olmamasına rağmen, lipid yapı ve fonksiyonunun belirgin şekilde farklılaştığı saptanmıştır. Obesity is a global epidemic. Beyond the decrease in physical functions, obesity is in the serious risk group which causes metabolic disorders. It is known that mitochondrial function is significantly reduced in obesity and the OXPHOS mechanism is adversely affected. Mitochondria is an important cellular resource for energy production and its effectiveness is ensured by the increased coordination of the nuclei and mitochondrial genome. Spot mutations and delesions of mitochondrial DNA mainly affect mechanisms in cellular ATP production, mainly mitochondrial respiration. In our study, we investigated the connection of increased lactate levels and hypoxia levels with mtDNA 4977 degradation due to insufficient oxygenation in patients diagnosed with obesity. For this purpose, ATP and lactate levels of obese patients and the control group were measured and mtDNA 4977 deletion scanning was provided by simultaneous PCR method. FTIR method was applied to evaluate lipid and protein quantity, structure, functional differences in the patient and control group. It was concluded that there was a significant difference in the lactate levels (p=0.001) of obese patients and the healthy control group and this was not related to mtDNA 4977. Again, no significant difference was found in the ATP levels (p= 0.554) between patients and the control group. The FTIR technique analyzed lipid quantity, structure, function, and although there was no difference in quantity, especially between the patient and the control group, lipid structure, function were found to differ significantly. 94

Glutamat, merkezi sinir sisteminde birçok nörolojik işleve sahiptir ve beyinde yüksek konsantrasyonlarda bulunur. Sinir terminallerinde glutamat, yoğun olarak bulunur ve hücre içindeki konsantrasyonu dışındaki konsantrasyona göre çok daha fazladır. Sinir hücre membranının depolarizasyonu ile kalsiyuma bağlı bir süreçte presinaptik sinir uçlarındaki veziküllerden hücreler arası boşluğa glutamat salınır ve postsinaptik nörondaki glutamat reseptörleri uyarılır. Glial hücrelerde yer alan glutamat taşıyıcılarının hücreler arası boşluktan glutamatı toplanmasıyla uyarım bitirilir. Glutamat seviyesinin nöronal boşlukta artışı toksiktir, nöron hasarı ve ölümüne neden olur. Bu durum, glutamata bağlı eksitotoksisite olarak adlandırılır. Eksitotoksisite, travma, serebral iskemi, epilepsi, Parkinson Hastalığı, Alzheimer Hastalığı gibi birçok nörolojik hastalığın altındaki sebeplerdendir. Kainik asit, glutamat analogudur, nörotoksisite oluşturulması için kullanılan kimyasal bir modeldir. Sessiz bilgi düzenleyicisi (Sir) protein ailesinin ilk üyesi olan Sir2'nin homologları sirtüinler olarak adlandırılır. Memelilerde yedi tane sirtüin (Sirt1-7) bulunur. Sirt4, deasetilaz ve ADP-ribosilaz etkinliği gösteren ve mitokondride bulunan memeli sirtüinidir. Sirt4, GDH'ı aracı olarak kullanarak glutamin metabolizmasını düzenler. Bundan dolayı, Sirt4'ün nöronal uyarılar ve eksitotoksisite sırasında artan glutamat seviyesine cevabı düzenleyeceği düşünülmektedir. Bu çalışmada, N2A hücreleri 10 µM, 50 µM, 200 µM ve 1000 µM'lık kainik asit konsantrasyonlarıyla muamele edildi. Ardından, hücrelerin canlılık seviyeleri MTT testi ile değerlendirildi. 200 µM ve 1000 µM'lık kainik asit konsantrasyonlarında hücre canlılık seviyesinde anlamlı düşüş olduğu belirlendi. Takip eden deneylerde 1000 µM'lık kainik asit konsantrasyonunun kullanılmasına karar verildi. N2A hücrelerinde transfeksiyon yöntemi ile Sirt4 ifadesi arttırıldı ve ifade artışı western blot yöntemi ile gösterildi. Sirt4 ifadesi arttırılmamış (kontrol) ve Sirt4 ifadesi arttırılmış (transfekte edilmiş) N2A hücre grupları 1000 µM konsantrasyonda kainik asit ile muamele edildi. Muamele sonrasında, kontrol N2A, kainik asit muamelesi yapılmış N2A, yalnızca Sirt4 ifadesi arttırılmış ve kainik asit muamelesi yapılmış ve Sirt4 ifadesi arttırılmış olmak üzere dört farklı N2A hücre grubu elde edildi. Bu hücre gruplarındaki canlılık seviyesi MTT testi ile ölçüldü. Kontrol N2A ile kainik asit muamelesi yapılmış N2A grupları arasında yapılan kıyaslamada, kainik asit muamelesi sonucu hücrelerin canlılık seviyelerinde anlamlı bir düşüş gözlendi. Sirt4 ifadesinin arttırılmasının ise hücre canlılığındaki düşüşü azalttığı gözlendi. Ayrıca, bu dört farklı deney grubunda glutamat salınımı 0, 12, 24, 48 saatlik süre için ölçüldü. Kainik asit muamelesi yapılmış ve Sirt4 ifadesi arttırılmış deney grubunda, yalnızca kainik asit ile muamele edilmiş deney grubuna kıyasla, hücre ölümünün daha az olduğu, bu nedenle daha fazla glutamat salınımı yapıldığı gösterildi. Dolayısıyla, Sirt4'ün eksitotoksisiteyi engelleyerek hücre ölümünü azaltabileceği gösterildi.Anahtar kelimeler: Eksitotoksisite, glutamat, kainik asit, sirtüin, Sirt4. Glutamate has many neurological functions in the central nervous system and is found at high concentrations in the brain. At the nerve terminals, glutamate is densely present and has a much higher concentration outside the cell. By depolarization of the nerve cell membrane, glutamate is released from the vesicles of the presynaptic nerve endings into the intercellular space and the glutamate receptors in the postsynaptic neuron are stimulated. Stimulation is terminated by collecting glutamate from the intercellular space by glutamate transporters on glial cells. Increased levels of glutamate in the neuronal space are toxic, causing neuron damage and death. This is called glutamate-induced excitotoxicity. Excitotoxicity is among the causes of many neurological diseases such as trauma, cerebral ischemia, epilepsy, Parkinson's Disease, Alzheimer's Disease. Kainic acid is a glutamate analogue, a chemical model used to generate neurotoxicity. The homologues of Sir2, the first member of the silent information organizer (Sir) protein family, are called sirtuins. There are seven sirtuins (Sirt1-7) in mammals. Sirt4 is a mammalian sirtuin which is present in the mitochondria, showing deacetylase and ADP-ribosylase activities. Sirt4 regulates glutamine metabolism using GDH as a mediator. Therefore, Sirt4 is thought to regulate the response to increased glutamate levels during neuronal stimuli and excitotoxicity. In this study, N2A cells were treated with 10 µM, 50 µM, 200 µM and 1000 µM kainic acid concentrations. The viability of the cells was then assessed by the MTT test. There was a significant decrease in cell viability at 200 µM and 1000 µM kainic acid concentrations. In the following experiments, 1000 µM concentration of kainic acid was decided to be used. In N2A cells, Sirt4 expression was increased by transfection and the the enhanced expression was assesed by western blot method. N2A cell lines with or without Sirt4 overexpression were treated with kainic acid at a concentration of 1000 µM. After treatment, four different groups of N2A cells were obtained, control N2A, N2A treated with kainic acid, Sirt4 overexpressed, and kainic acid treated and Sirt4 overexpressed. The viability of these cells was measured by MTT test. Kainic acid treatment lead to a decrese in the cell viability. Increasing Sirt4 expression reduced the decrease in cell viability. In addition, glutamate release in these four different experimental groups was measured for 0, 12, 24, 48 hour periods. It was shown that in the experimental group with Sirt4 overexpression and kainic acid treatment, the cell death was less than that of the experimental group treated with kainic acid alone, therefore more glutamate was released. Thus, it has been shown that Sirt4 can reduce cell death by inhibiting excitotoxicity.Keywords: Excitotoxicity, glutamate, kainic acid, sirtuin, Sirt4. 88

İlaç yeniden konumlandırma (Drug repurposing), hastalıkların tedavisi için klinikte kullanılan ilaçların, orijinal endikasyonlarının kapsamı dışındaki yeni endikasyonlarının belirlenmesi yaklaşımıdır. Yeniden konumlandırma, de novo ilaç geliştirmeye kıyasla zaman ve maliyet açısından kazançlı olması ve başarı şansının yüksek olması gibi nedenlerle birçok hastalığın tedavisi için yararlanılabilecek dikkat çekici bir strateji haline gelmiştir. Nörodejeneratif hastalıklar, ilerleyici nöron kayıpları ile karakterize olan bir hastalık grubu olup tedavileri bulunmamaktadır. Görülme sıklıklarının artan ömür uzunluğuna parallel olarak artması nedeniyle tedaviye ihtiyaç duyulmakta, bu nedenle yeniden konumlandırma yaklaşımının, bu hastalıkların tedavisinde kullanılabilecek bir ilacın belirlenebilmesi çalışmalarına hız kazandırabileceği düşünülmektedir. Etiyolojileri farklı olmakla birlikte nörodejeneratif hastalıklarda moleküler düzeyde bazı ortaklıklar saptanmıştır. Bu ortaklıklardan biri akzonal transportta görülen hatalardır. Akzonal transport, akzon boyunca gerçekleşmekte olup hücre gövdesi ve akzon ucu arasında iki yönlü olarak biyomolekül, vezikül ve organel taşınmasını sağlamaktadır. Nöronların fonksiyonları ve sağkalımları için akzonal transportun doğru gerçekleşmesi gerekmektedir. Nöronlarda akzonal transporttan sorumlu temel yapı mikrotübüllerdir. Mikrotübül yapısını oluşturan alfa ve beta tübülin proteinleri post-translasyonel modifikasyonlar geçirmekte, bu modifikasyonlar mikrotübüle bağlanarak yapı ve fonksiyonu düzenleyen proteinleri ve diğer hücre iskelet elemanlarının mikrotübül ile etkileşimlerini kontrol etmektedir. Tübülin modifikasyonlarından biri olan asetilasyon, uzun ömürlü ve stabil mikrotübül belirteci olarak kabul edilmekte ve mikrotübülün esnekliğine katkı sağlayarak mekanik strese karşı dirençli hale getirmektedir. Amyotrofik lateral skleroz, Parkinson, Alzheimer ve Charcot-Marie-Tooth gibi nörodejeneratif hastalıklarla yapılan çalışmalarda, nöronlarda alfa tübülin asetilasyonundaki azalma ile akzonal transport hataları ilişkilendirilmiş, asetilasyonun arttırılması yoluyla akzonal transport hatalarının düzeltilebileceği bildirilmiştir. Tübülin asetilasyonu, deasetilasyondan sorumlu temel enzim olan histon deasetilaz 6 (HDAC6)'nın ifadesinin azaltılması veya aktivitesinin farmakolojik olarak inhibe edilmesi yoluyla arttırılabilmektedir. Ancak özgül HDAC6 inhibisyonu sağlayabilen klinik kullanım amacıyla onaylanmış bir ilaç bulunmamaktadır.Önerilen bu tez çalışmasında, ilaç yeniden konumlandırma yaklaşımı kullanılarak klinikte farklı hastalıkların tedavisinde kullanılan ilaçlar arasından, HDAC6 enzimini etkileyerek alfa tübülin asetilasyonunu arttırabilecek bir bileşiğin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmalar kapsamında, in silico yöntemlerle HDAC6 aktivitesini inhibe edebilecek bileşik belirlenecek, bileşiğin aktiviteye etkisi in vitro olarak analiz edilecek ve hücre kültürüne uygulanarak HDAC6 protein düzeyine ve alfa tübülin asetilasyonuna olan etkisi araştırılacaktır. Alfa tübülin asetilasyonunu arttıran bir bileşiğin belirlenebilmesi durumunda, farklı nörodejeneratif hastalık modellerinde akzonal transportu düzeltici etkisinin ve tedavi potansiyelinin araştırılabilmesi mümkün olabilecektir. Drug repurposing is an approach to identify new indications of drugs that are used in the clinic outside the scope of their original indications. Drug repositioning has become a remarkable strategy for treatment of many diseases due to its various advantages over de novo drug development, including time and cost savings, higher rate of success due to known pharmacokinetic and pharmacodynamic profiles. Neurodegenerative diseases are a group of incurable disease characterized by progressive neuronal loss. Since prevalence is increasing in parallel to the extentions of lifespan, there is an urgent need for treatment and drug repositioning approach can accelerate studies for determining an effective drug.Although etiologies of neurodegenerative diseases are different, several commonalities have been observed at molecular level such as axonal transport defects. Axonal transport occurs bidirectionally along the axon. Biomolecules, vesicles and organelles are transported between the cell body and axon tip therefore, it must be correct for neuronal functions and survival. Microtubules are fundamental structures of neurons required for axonal transport. Basic blocks of microtubules, alpha and beta tubulin proteins, are subjected to several post-translational modifications, which regulate interactions of both microtubule-associated proteins and other cytoskeletal elements with microtubules. Acetylation is one of the tubulin modifications which is considered as a marker for long-lived and stable microtubules. Furthermore, it contributes to the flexibility of microtubules and increase its resistant to mechanical stress. In neurodegenerative diseases such as Amyotrophic Lateral Sclerosis, Parkinson's disease, Alzheimer's disease and Charcot-Marie Tooth, it has been reported that reduced alpha tubulin acetylation could be associated with impaired axonal transport, which could be restored by increasing alpha tubulin acetylation level. Alpha tubulin acetylation can be induced by either pharmacological inhibition of histone deacetylase 6 (HDAC6), a major enzyme responsible from tubulin deacetylation, or reducing its expression. However, there is no approved drug that can spesifically inhibit HDAC6 in clinical use.In this thesis, by using drug repurposing approach, it was aimed to determine a compound capable of increasing alpha tubulin acetylation by affecting HDAC6 enzyme. Among clinically approved drugs, a candidate compound will be determined by in silico methods and its HDAC6 inhibition activity will be tested in vitro. Cell culture studies will be performed to investigate effects of compound on alpha tubulin acetylation and HDAC6 protein level. In case of identifying an acetylation-inducing compound in this study, further studies will be possible to investigate its effect on axonal transport defects and also therapeutic potential in different models of neurodegenerative diseases. 91

Akciğer kanseri günümüzde en yüksek mortaliteye sahip kanser tipidir. Küçük hücreli akciğer kanseri (KHAK) ve küçük hücreli dışı akciğer kanseri (KHDAK) olmak üzere iki tipi vardır. KHDAK’nin yaklaşık yarısını adenokarsinom alt tipi oluşturmaktadır. Klasik tedavide cerrahi müdahele, kemoterapi ve radyoterapi uygulanırken immünoterapi ve hedefe yönelik tedavi önemini her geçen gün artırmaktadır. Adenokarsinomların yaklaşık yarısında gözlemlenen onkogen mutasyonlarının varlığı hedefe yönelik tedavi ve prognoz tayini açısından önemlidir. Onkogen mutasyonlarının tespiti tümör biyopsisi ile gerçekleştirilmektedir. Tümör biyopsisinin hastaların tümünde uygulanamaması, uzmanlık gerektiren, zaman alıcı ve invaziv bir işlem olması önemli dezavantajlardır. Ayrıca tümör biyopsisi sadece biyopsi alınan bölgeyi yansıtmakta intra ve inter tümör heterojenitesini yansıtamamaktadır. Tedavi sürecinde tümörün takibi açısından tekrarlanma şansı yok denecek kadar azdır. Son yıllarda likit biyopsi olarak tanımlanan, vücut sıvılarına yayılmış tümör serbest DNA’sının (cfDNA) toplanmasıyla tümöre ait onkogenlerin tespit edilebilmesi mümkün olmuştur. Likit biyopsi örneğinin tümör yükünü ve heterojenitesini yansıtması, minimal invaziv olması tüm hastalarda istenilen zaman ve sıklıkta tekrarlanabilmesi önemli avantajlar sağlamaktadır. Gelecekte likit biyopsi ile tümör monitörizasyonunun mümkün olabileceğini, tespiti muhtemel çok sayıdaki moleküler değişikliğin ortaya çıkış sırasının ve interaksiyonlarının tümörün moleküler evrimine ışık tutacağını böylece tedavi başarısının artacağını düşünmekteyiz. Bu projede, birinci basamak tedavi öncesi ve sonrası tespit edilebilen onkogen değişimleri, mutasyon değişimleri, mutasyon yükü değişimleri ve mutasyon birlikteliklerinin tümörün akciğer içi pozisyonu ve yerleşimi, yeni oluşumlarla olan ilişkisi, metastaz ilişkileri, tedavi yanıtıyla karşılaştırarak tedavi ve prognoza katkı sağlayabilecek bilgiler elde etmeyi amaçladık. Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Uygulama ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Onkoloji Bilimdalı’na başvurmuş ve akciğer adenokarsinomu tanısı almış 52 olgu araştırmaya dahil edilmiştir. Tedavi öncesi ve sonrası örnekleri temin edilen olgulardan EGFR, KRAS, BRAF, NRAS ve PIK3CA onkogenlerinde sık gözlemlenen 123 mutasyon Allel Spesifik PCR (AS-PCR) yöntemiyle araştırılmıştır. Olguların 29’unda tedavi öncesi ve sonrası hiçbir mutasyona rastlanmazken 23’ünde en az bir mutasyon olmak üzere toplam 39 mutasyon tespit edilmiştir. Bir olguda 3 ayrı mutasyon, 4 olguda 2 ayrı mutasyon ve 18 olguda tek mutasyon saptanmıştır. Tedavi öncesi mutasyon tespit edilmeyen 3 olguda tedavi sonrası mutasyon tespit edilirken tedavi öncesi mutasyonu mevcut 5 olguda tedavi sonrası mutasyon tespit edilememiştir. Mutasyon tespit edilen 15 olguda tedavi öncesi ve sonrası mutasyon yükü değişimleri tespit edilmiştir. NRAS mutasyonu bulunan bir olguda tedavi sonrası KRAS mutasyonları tespit edilmiştir. EGFR mutasyonu mevcut olan olgular tedaviye iyi yanıt vermiş tedavi sonrası tümörün gerilemesiyle EGFR mutasyonları tespit edilemeyecek seviyeye düşmüştür. Literatürde nadir gözlemlenen KRAS kodon 59, 117, 146 mutasyonları çalışmamızda %7,5 gibi yüksek bir oranda tespit edilmiştir. Bu mutasyonların çoklu mutasyon birliktelikleri göstermesi tümör merkezlerinin nekroze olması ve özellikle sağ akciğer üst lobda konumlandıkları gözlenmiştir. KRAS kodon 12 mutasyonu içeren olguların KRAS kodon 13 mutasyonu içeren olgulara göre daha iyi tedavi yanıtı sergiledikleri, mutasyon birliktelikleri göstermedikleri ve sağ akciğer üst lob dışında konumlandıkları gözlenmiştir. Primer tümörü merkezi yerleşimli olguların uzak metastaz göstermeyip akciğer içi yayılımla kötü prognoza sebep oldukları tespit edilmiştir. Kemik metastazı gösteren olguların sağ akciğerde yoğunlaştıkları, primer tümörü sağ akciğerde olan olguların sağ sürrenal beze, solda olanların sol sürrenal beze metastaz eğiliminde oldukları gözlemlenmiştir. Bulguların daha fazla olgu içeren çalışmalarla desteklenmesi gerekmektedir., Nowaday, lung cancer has the highest mortality rate among cancer types. There are two types of lung cancer that small cell lung cancer (SCLC), and non-small cell lung cancer (NSCLC). Approximately half of NSCLC is composed of adenocarcinoma subtype. Surgery, chemotherapy and radiotherapy are applied in classical treatment, while the importance of immunotherapy and targeted therapy are increasing day by day. The presence of oncogene mutations observed in about half of adenocarcinomas is important in terms of targeted treatment and prognosis. Oncogenic mutation detection is based on samples of tumor tissue taken by biopsy. Tumor biopsy cannot be performed in all patients and it is a time consuming and invasive procedure that requires expertise. In addition, tumor biopsy reflects only the biopsy site and does not reflect intra and inter tumor heterogeneity. There is little chance of repeat the followup of the tumor during the treatment process. In recent years, it has been possible to detect oncogene mutations by collecting cell-free DNA (cfDNA) called liquid biopsy. Liquid biopsy specimen reflects tumor burden and heterogeneity, is minimally invasive and can be repeated at any time and frequency in all patients. We think that tumor monitoring by liquid biopsy may be possible in the future, and that the sequence and interactions of many possible molecular changes will shed light into the molecular evolution of the tumor, thus improving treatment success. In this thesis, we aimed to obtain information that can contribute to treatment and prognosis by comparing oncogene changes, mutation changes, mutation burden changes, the mutation associated with tumor before and after first-line therapy, relation of tumor with new formations, metastasis relationships, and treatment response. Fifty-two cases with adenocarcinoma of lung admitted to Aydın Adnan Menderes University Practice and Research Hospital Medical Oncology Department were included in the study. 123 mutations observed in EGFR, KRAS, BRAF, NRAS, and PIK3CA oncogenes were investigated by Allel Specific PCR (AS-PCR) method. In 29 of the cases, no mutations were detected before and after the treatment, while 39 mutations were detected, of which 23 had at least one mutation. There were 3 different mutations in one case, 2 mutations in 4 cases and one mutation in 18 cases. In 3 cases where no mutation was detected before treatment, post-treatment mutation was detected in 5 cases, whereas in 5 cases there was no post-treatment mutation. In 15 cases with mutation, mutation burden changes were detected before and after treatment. One patient with NRAS mutation had KRAS mutations after treatment. The cases with EGFR mutation responded well to the treatment and the EGFR mutations decreased to an undetectable level after tumor regression. KRAS codon 59, 117, 146 mutations, which are rarely observed in the literature, were detected as high as 7.5% in our study. It was observed that these mutations showed multiple mutation associations, tumor centers were necrosis and they were located especially in the upper lobe of the right lung. It was observed that patients with KRAS codon 12 mutation having better treatment response than patients with KRAS codon 13 mutation, did not show mutation associations, and were located outside the upper lobe of the right lung. It was found that the primary tumor of the central location did not show distant metastasis, and caused a poor prognosis with intra-pulmonary spread. It was observed that the cases with bone metastasis were concentrated in the right lung, the cases with primary tumor in the right lung were tend to metastasize to the right adrenal gland, and the left ones to the left adrenal gland. The findings were supported by studies involving more cases.

Glioblastom (GB) son derece invazif karaktere sahip malign bir beyin tümörüdür. Glioblastom hastaları ortalama 12-15 ay arası yaşamlarını sürdürebilmektedir. Dolayısıyla hastalığa erken tanı konulabilmesi büyük önem arz etmektedir. Çeşitli hastalıklarda erken tanıda biyobelirteç olarak otoantikor çalışmaları olumlu sonuçlar vermektedir. Fakat hasta serumlarında otoantikor araştırmaları, kanserde bilinen proteinlere karşı sürdürülmektedir. Bu doğrultuda, kanser hasta serumlarında yapılan bir çalışmada da p53 otoantikorlarına rastlanılmıştır. Ancak, yeni otoantijenlerin saptanabileceği otoantikor taramaları rapor edilmemiştir. Bu çalışmada, gliom hastalarının tümör dokusunda ve tümör barındırmayan epilepsi (kontrol) olgularında otoantikor-otoantijen etkileşimi araştırılmıştır. Serum ile etkileşimine bağlı olarak otoantijenin GB'lere özgü bir profil sergilediği tespit edilmiştir. Bu kapsamda, proteomiks çalışmaları ile GB'lerde ekspresyon düzeyi yüksek olan proteinler belirlenip, immünhistokimya ve western blot yöntemleri ile protein düzeyi doğrulanmıştır. En yüksek skorlu proteinlere yönelik immünpresipitasyon ve immünfloresan çalışmaları ile yüksek gradlı gliomlarda, solüt taşıyıcı proteinlerden SLC3a2'ye karşı otoantikor etkileşiminin varlığı saptanmıştır. Bu çalışma, yüksek gradlı gliomlarda diyagnostik ve prognostik öneme sahip SLC3a2 otoantikorlarının varlığını, ve SLC3a2 etkileşiminin yüksek gradlı gliom ile düşük gradlı gliom hasta serumlarından ayırt edilebilecek şekilde gerçekleştiğini göstermiştir. Ayrıca GB'lerde SLC3a2'nin büyük oranda fosforile olduğunu ve serum etkileşiminin özgün bir şekilde diğer yüksek gradlı gliomlardan farklılık gösterdiğini ortaya koymuştur. Klinik olarak incelendiğinde, GB hastalarında SLC3a2 otoantikor reaktivitesi ile sağ kalım süreleri arasında pozitif korelasyon saptanmıştır (p=0.043; R=0.517). Glioblastoma (GB) is a malignant brain tumor with an extremely invasive character. The median survival is only 12-15 months for glioblastoma patients. Therefore, early diagnosis of the disease is of great importance. The autoantibody studies give promising results as a biomarker in early diagnosis of various diseases. However, autoantibody studies using patient sera are carried out against proteins already known in cancer. On this basis, p53 autoantibodies were found in a study conducted in cancer patient sera. To date, investigation of autoantibodies to detect new autoantigens have not been reported yet. In this study, the autoantibody-autoantigen interaction was investigated both in tumor tissue of glioma patients and in epilepsy (control) cases. It has been detected that the autoantigen exhibits a GB specific profile due to its interaction with the serum. In this context, proteins with high expression levels in GBs were determined by proteomics studies. Additionally, the protein level was confirmed by immunohistochemistry and western blot methods. Immunoprecipitation and immunofluorescence studies against highly expressed proteins revealed the presence of autoantibody interaction against SLC3a2, one of the solute carrier proteins, in high grade gliomas. The SLC3a2 interaction in high grade glioma patient sera was distinguishable from low grade glioma patient sera. Therefore, this study indicated that SLC3a2 autoantibodies have diagnostic and prognostic significance in high grade gliomas. It is demonstrated that the SLC3a2 is highly phosphorylated in GBs. Furthermore, the serum interaction uniquely differs between GBs and other high grade gliomas. In clinical aspect, a positive correlation was found between SLC3a2 autoantibody reactivity and survival of GB patients (p = 0.043; R = 0.517). 81

İnsanlık tarihinde ve kültürümüzde sakızın önemli bir yeri vardır. En çok tüketilen ürünler arasındadır. Osmanlı saraylarında kadınlar sakız kullanımından faydalanmada ve bu kullanım kültürünün topluma yayılmasında öncülük etmişlerdir. Günümüzde sakız (çiklet) kullanımı ve üretimi ciddi bir sektörel bir boyuta ulaşmıştır. Ancak bu sakızların sadece aromasında farklılık bulunmakta, ham maddesi (hamuru) aynı kalmaktadır. Günümüzde kullanılan çikletlerin ham maddeleri; petrol polimeri olan bazı maddelerden temin edilmektedir. Bu yüzden tıbbi herhangi bir faydasından bahsedilememekte hatta zararlı bile olabilmektedir. Halen ülkemizde kenger sakızı, yakı sakızı, çam sakızı vs. üretiminde konar-göçer kültürüne sahip olan halkımızın tecrübeleri bilinmektedir. Ancak bu kültür giderek kaybolmaktadır. Bu tecrübelerden ve flora zenginliğimizden hareketle farklı amaçlara yönelik sakız üretimi hedeflenmiştir. Bu çalışmanın sonunda farklı (tıbbi, diş temizleyici, parlatıcı, ağız kokusunu giderici, çene kaslarını kuvvetlendirici vs.) amaçlı doğal sakızların üretimi için önce laboratuvar çalışmaları yapılmış, daha sonra sanayii sektörüne kazandırılması amaçlanmıştır.Çalışma, 2018-2019 yıllarını kapsayan iki yıllık bir sürede SDÜ. Biyoloji Bölümü bünyesinde bulunan Ekolojik Ürünler Laboratuvarı'nda özgün yöntemlerle 100 civarında yapılmış deneme yapılmıştır. Ham maddeler kendi imkanlarımızla tarlalarımızdaki bitkilerden veya aktarlardan temin edilmiştir. Kimyasal sarf malzemesi ise zaten laboratuvarımızda mevcuttur. Denemelerin sonuçları kaydedilmiştir. Başarılı olduğu düşünülen 5 denemenin ürünleri tüketiciye sunulup anket formu doldurtulmuştur. Bunun için SDÜ Rektörlüğü'nden Etik Kurul izni alınmıştır. Ürünlerde duyusal, fiziksel ve kimyasal analizler yapılmıştır. Sakız üretiminde en önemli sorun; ham maddenin birbirine yapışmamasıdır. Başarının temel kriteri; zerrelerin yapışmasının ve çiğnenmeye karşı direncinin sağlanmasıdır. Anketörlerin ekseriyeti ürünleri acı bulmuştur. Ancak kırsal kesimden gelen ve daha önceden doğal sakız çiğnediğini söyleyenler ürüne daha olumlu bakmaktadır. Sakızda rengin çok fazla önemi yoktur. Renklendirici katılmadığı halde sakızların rengi beğenilmiştir. Mikrobiyolojik testlerden de olumlu sonuçlar alınmıştır. Türkiye'deki sakız bitkileri potansiyeli genel bir derleme olarak tezde sunulmuştur. Deneme kendi alanında bir ilktir ve özgündür. Ticari firmalardan üretimimize talebin fazla olacağı ve ürünlerin ticarileştirilebileceği anlaşılmıştır. Gum has an important place in human history and culture. It is among the most consumed products. In the Ottoman Palaces, the women have pioneered the use of chewing gum and spreading this usage culture to the society. Today, the use and production of chewing gum has reached a serious sectoral dimension. However, there is only a difference in the flavor of commercial gums, the raw material (pulp) remains the same. Raw materials of chewing gum in today are used from petroleum polymer. Therefore, no medical benefits can be mentioned or it may be even harmful.Currently, in our country kenger gum, moxibustion gum, pine gum, etc. the experience of our people who have a nomadic culture in production is known. However, this culture is gradually disappearing. Based on these experiences and richness of flora, it is aimed to produce chewing gum for different purposes. At the end of this study, laboratory studies were performed for the production of natural gums for different purposes (medical, dental cleaner, brightener, odor remover, jaw muscle strengthening, etc.), and then it was aimed to be introduced to the industrial sector.The study was conducted by SDU over a two-year period covering the years 2018-2019. Almost one hundreds of experiment have been carried out in the Ecological Products Laboratory within the Department of Biology with unique methods. The raw materials were obtained from the plants or herbs in our fields by our own means or were sold from attar. Chemical consumables are already available in our laboratory.Approximately 100 trials were conducted and the results were recorded. The products of the 5 trials thought to be successful were presented to the consumer and the questionnaire was completed. It is given permission to the study from Ethic Committee of SDU. Sensory, physical and chemical analyzes were performed on the products. The most important problem in chewing gum production; raw material does not stick together. The basic criterion of success is the adherence of the granules and their resistance to mastication. The majority of anketors said the products to be bitter. However, those who come from rural areas and say that they have previously chewed natural gum are more positive. The color is of no importance in terms of consumption, but the color of the chewing gums was appreciated, although no colorant was added. Positive results were obtained from microbiological tests. Potential gum plant in Türkiye is presented in the thesis as general.The experiment is original in its field. It was understood that the demand for production from commercial companies would be high and the products could be commercialized. 82