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12 results on '"Flutre, Timothée"'

1. A novel high-density grapevine integrated linkage map using GBS in a multi-parental population: preliminary results

Author

Tello Moro, Javier, Roux, Catherine, Laucou, Valerie, Sarah, Gautier, Flutre, Timothée, Chouiki, Hajar, Veber, Amandine, Santoni, Sylvain, Peros, Jean-Pierre, Doligez, Agnes, Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Diversité, Adaptation et Amélioration de la Vigne [AGAP] (DAAV), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)

Subjects
Vegetal Biology, phénotypage, génotypage, plant breeding, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, vigne, Biologie végétale, grapevine, amélioration des plantes
Abstract

UMR AGAP équipe DAAV; A novel high-density grapevine integrated linkage map using GBS in a multi-parental population: preliminary results. 12. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics

Published
2018

2. Twelve new QTLs for phenological traits in Vitis vinifera L

Author

Doligez, Agnes, Bertrand, Yves, Gago, Pilar, Grolier, Michel, Berger, Gilles, Ballester, Jean Francois, Flutre, Timothée, Dias, S., This, Patrice, Peros, Jean-Pierre, Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Diversité, Adaptation et Amélioration de la Vigne [AGAP] (DAAV), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)

Subjects
changement climatique, Vegetal Biology, vitis vinifera, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, analyse de qtl, polygenie, vigne, Biologie végétale, global change, grapevine
Abstract

UMR Agap équipe DAAV; Twelve new QTLs for phenological traits in [i]Vitis vinifera[/i] L.. 12. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics

Published
2018

3. Genomic selection - which prospects in Prunus armeniaca? Preliminary results issued from fruit quality traits and phenology

Author

Nsibi, Mariem, Confolent, Carole, Gouble, Barbara, Bureau, Sylvie, Blanc, Alain, Roch, Guillaume, Lambert, Patrick, Flutre, Timothée, Regnard, Jean-Luc, Sauvage, Christopher, Audergon, Jean Marc, Unité de recherche Génétique et amélioration des fruits et légumes (GALF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Sécurité et Qualité des Produits d'Origine Végétale (SQPOV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Avignon Université (AU), CEP Innovation, Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Avignon Université (AU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Avignon Université (AU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Architecture et Fonctionnement des Espèces Fruitières [AGAP] (AFEF), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)

Subjects
Vegetal Biology, Bi-parental population, Apricot, abricot, cross validation, genomic selection, Prunus, Genomic selection, RR-BLUP, Cross validation, Accuracy, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, sélection génomique, Biologie végétale, validation croisée
Abstract

Genomic selection (GS) refers to a selection method which intends to assess individuals according to their genomic values using genome-wide dense markers. Particularly efficient in animal improvement strategies, opening interesting perspective in crops, it is already engaged in perennial species such as apple where, genetic gain was maximized for fruit quality traits quantitatively inherited by comparison with conventional breeding strategy. In the present work, GS was applied on a biparental apricot population (184 individuals) characterized over two consecutive years for phenology (blooming and maturity dates) and fruit quality traits (fruit weight, color, sugar nd acidity content, ethylene production). A ridge regression (RR-BLUP) modelling has been used. The performance of GS was assessed by cross validation using the accuracy defined as the correlation between true phenotypes values and the estimated ones. The effects of markers density and number, training set size and composition as well as the heritability of the investigated traits were evaluated on the accuracy of the model. The main results issued from the two years multi-annual modelling approach are showing that (i) genomic predictions are accurate even with a little number of markers (>100 markers), (ii) the accuracy increases with the training population’s size and with high heritability traits, (iii) and the optimization of the training set improves the performance of genomic selection model. To conclude, a clear interest exists in continuing the evaluation of the genomic selection in biparental apricot populations even for traits that are difficult to measure. The robustness of the approach needs to be tested both on other progenies and on a large set of genetic resources

Published
2018

4. VITIRAMA: A program to characterize disease susceptibility in French ampelographic collections

Author

Rodriguez Cano, Viviana, Merdinoglu-Wiedemann, Sabine, Yobrégat, O., Sereno, C., Moisy, C., Le Cunff, L., Flutre, Timothée, Doligez, Agnes, Bidel, Luc, Bacilieri, Roberto, Duchêne, Eric, Schneider, Christophe Joseph, Lambin, P., Torregrosa, Laurent, Boursiquot, Jean-Michel, Lacombe, Thierry, Marchal, Cécile, and Peros, Jean-Pierre

Subjects
maladie, Vegetal Biology, caractérisation phénotypique, ampelographie, vigne, Biologie végétale
Published
2018

5. Croisement Syrah x Grenache: générateur de diversité entre recherche et application

Author

Flutre, Timothée, Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), and Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)

Subjects
création variétale, Vegetal Biology, cépage syrah, variation phénotypique, vigne, génétique, transmission, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, analyse génomique, cépage grenache, Biologie végétale
Abstract

absent

Published
2016

6. Towards genome-wide association studies under abiotic stress in Vitis vinifera

Author

Doligez, Agnes, Le Cunff, Loic, Flutre, Timothée, Launay, Amandine, Nicolas, Stephane, Lacombe, Thierry, Romieu, Charles, Fodor, Agota, Ahmed, Dalel, Berger, Gilles, Bertrand, Yves, Roques, M., This, Dominique, and Peros, Jean-Pierre

Subjects
anthocyane, Vegetal Biology, tanin, food and beverages, disponibilité en eau, arôme, baie de raisin, vitis vinifera, sucre, composition, génotypage, phénotypage, vigne, Biologie végétale, amélioration des plantes
Abstract

Genome-wide association studies have proven their efficiency to decipher the genetic determinism of traits of agronomic interest in several plant species. In order to perform such studies in grapevine, we first designed an association panel of 279 V. vinifera cultivars from the French National Grapevine Germplasm Collection (Domaine de Vassal, INRA, France). It is composed of three subgroups of 93 cultivars representing the three main genetic pools, which differ in use and geographical origin: wine West, wine East, table East. This panel exhibited a good genetic and phenotypic representativeness of the whole collection. Linkage disequilibrium extent was quite small, 43 Kb for a corrected r2 predicted value of 0.2, emphasizing the need for several dozen thousands markers to achieve powerful genome wide association studies. The second step consisted in dense genotyping of this panel using a 18K SNP Infinium chip and genotyping by sequencing (GBS). While the first method provided useful genotypes at 12K SNPs, about 100K SNPs are expected using GBS with ApeKI. Data processing is in progress and this resource will be made available to the scientific community. The third step consists in phenotyping this panel for traits of interest. Vines were planted in a randomized block design at Le Chapitre Research Vineyard (Montpellier SupAgro, France). Traits related to yield (cluster and berry weights) and phenology (maturity date) were measured in three years within the DLVitis program. Then within the Innovine program, grass was used as a cover crop between rows in the whole trial and part of the design was irrigated to obtain two levels of water availability. In addition to yield and phenology traits, berry composition (sugars, acids, anthocyanins, tannins and aromas), pruning weight and adaptation to drought (delta C13) have been measured during two growing seasons under both water availability conditions. This association panel, together with the accumulated data, represent highly valuable resources for genetic studies in grapevine. We are calling for an international collaborative effort to use such a panel in field and greenhouse trials to address questions on adaptation to changing environments.

Published
2016

7. Réflexions sur la partie V du rapport du BAP sur l'agroécologie

Author

Flutre, Timothée, Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)

Subjects
Vegetal Biology, régression linéaire, modélisation statistique, agroécologie, science-société, méthodologie de la sélection, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Biologie végétale, modélisation
Abstract

Document rédigé dans le cadre du groupe de réflexion sur l'agroécologie de l'UMR AGAP.; Le département Biologie et Amélioration des Plantes (BAP) de l'INRA a confié à sept de ses chercheurs une mission de réflexion sur l’implication de la génétique et l’amélioration des plantes dans la thématique de l'agroécologie. Par ailleurs, au sein de l'UMR AGAP qui rassemble des agents du CIRAD, de l'INRA et de Montpellier SupAgro, un groupe de réflexion s'est rassemblé sur ce thème, prenant comme point de départ le rapport établi entre temps pour le compte du BAP (Litrico et coll., 2014). En tant que généticien quantitatif au BAP, impliqué dans le développement d'une approche intégrée de la création variétale chez la vigne, et ayant activement participé au groupe de réflexion sur l'agroécologie d'AGAP, je retranscrit dans ce document quelques réflexions suscitées par la partie V du rapport concernant la méthodologie de la sélection. Elles peuvent être perçues comme des critiques du rapport, mais au contraire, c'est bien là toute la pertinence du rapport que d'avoir suscité une telle démarche de lecture critique. C'est aussi pour moi l'occasion de tisser des liens entre disciplines en rassemblant des références rarement discutées dans un même cadre, et de lancer des pistes de réflexion dans plusieurs directions. Il ne me reste plus qu'à espérer que celles-ci soient quelque peu pertinentes.

Published
2016

8. Projet EDGARR de sélection génomique chez la vigne pour la filière rosé

Author

Flutre, Timothée, ProdInra, Archive Ouverte, Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), méta-programme Selgen de l'INRA, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, sélection génomique, vigne, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Vegetal Biology, viticulture, gène de résistance, Agricultural sciences, oïdium de la vigne, mildiou de la vigne, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, donnée génomique, Biologie végétale, Sciences agricoles
Abstract

Projet EDGARR de sélection génomique chez la vigne pour la filière rosé

Published
2015

10. Combining genotyping by sequencing and genomic prediction within bi-parental crosses to speed up selection of grapevine cultivars

Author

Flutre, Timothée, Launay, Amandine, Doligez, Agnes, Duchêne, Eric, Marguerit, Elisa, Bert, P.F., MOURNET, Pierre, Le Cunff, Loic, Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne (EGFV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Université de Bordeaux (UB), INRA, CASDAR, Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne (UMR EGFV), Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)

Subjects
Vegetal Biology, Vitis vinifera, genotyping by sequencing, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, heritability, Biologie végétale, genomic prediction, genomic selection
Abstract

UMR AGAP équipe Diversité, adaptation et amélioration de la vigne (DAAV); Combining genotyping by sequencing and genomic prediction within bi-parental crosses to speed up selection of grapevine cultivars. 12. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics

11. Genome-wide association study of a diverse grapevine panel to uncover the genetic architecture of numerous traits of interest

Author

Bacilieri, Roberto, Berger, Gilles, Bertrand, Yves, Boursiquot, Jean-Michel, Fodor, Agota, Lacombe, Thierry, Laucou, Valerie, Launay, Amandine, Le Cunff, Loic, Romieu, Charles, This, Patrice, Peros, Jean-Pierre, Doligez, Agnes, and Flutre, Timothée

Subjects
Vegetal Biology, Vitis vinifera, grapevine, gwas, genotyping by sequencing, berry weight, genetic architecture, heritability, Biologie végétale
Published
2018

12. Evaluer la sélection génomique au sein de croisements bi-parentaux d’espèces pérennes fruitières génotypés par séquençage : point d’étape du projet FruitSelGen

Author

Launay, Amandine, Denance, Caroline, Muranty, Helene, Audergon, Jean Marc, Confolent, Carole, Lambert, Patrick, Quilot-Turion, Bénédicte, Bert, Pierre-François, Marguerit, Elisa, Dirlewanger, Elisabeth, Quero-Garcia, José, Decroocq, Stephane, Decroocq, Veronique, Butterlin, Gisele, Duchêne, Eric, Costes, Evelyne, Kelner, Jean-Jacques, Pallas, Benoit, Mournet, Pierre, and Flutre, Timothée

Subjects
Vegetal Biology, sélection génomique, Biologie végétale
Published
2017

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