A major advance for studies in community ecology is to unravel the role played by communities in ecosystem processes and the environmental mechanisms that rule these processes. Among ecosystem processes, highlights the zooplankton secondary production as an important metrics of the functional role of these heterotrophic organisms in aquatic environments, once it converts data of density and heterotrophic biomass into a functional measure of the flow of matter and energy. Despite the relevance in estimating the contribution from zooplankton organisms to the ecosystem, are lacking studies on this topic. In the first approach we evaluated the secondary production of rotifer, cladoceran and copepods in two marginal lakes of the Upper Paraná River floodplain, in two hydrological periods. Results showed that zooplankton groups have played different roles in the flow of matter and energy in the floodplain, with dependence on the trophic dynamics and biological characteristics of the groups, besides the temporal and spatial variability of this complex ecosystem. Cyclopoid copepods support better the upper trophic levels given their higher secondary production, however rotifers ease a higher rate of nutrient turnover in the low water period, due to their high turnover. Furthermore, the transfer of matter and energy to upper levels is especially important in the low water period, when the groups? secondary production was greater. The goal of the second approach was to analyze the rotifer community structure and its functional role in marginal lakes of a neotropical floodplain. Results evidenced that environmental conditions in the low water period (higher daily variation) were important in the structure and ecosystem contribution of communities in the lakes. Therefore, it is noteworthy the spatial connectivity between environment in the floodplain, and not only the temporal connectivity, mediated by the flood pulse, as important factor in describing the community and for its functional role in the environment. In summary, results contributed with the knowledge on the ecology of zooplankton community, since it presents a measure of the functional role played by the different zooplankton groups in environments of a neotropical floodplain, as well as addressing aspects of the rotifer community structure and its contribution to the floodplain ecosystem. Um grande avanço para os estudos em ecologia de comunidades é desvendar o papel exercido pelas comunidades nos processos ecossistêmicos, bem como os mecanismos ambientais que regem esses processos. Dentre esses processos ecossistêmicos, ressalta-se a produção secundária zooplanctônica, uma vez que converte dados de densidade e biomassa heterotrófica em uma medida funcional do fluxo de matéria e energia. Apesar da importância de se estimar a contribuição ecossistêmica dos organismos zooplanctônicos, os estudos, ainda, são escassos. Na primeira abordagem deste estudo foi avaliada a produção secundária de rotíferos, cladóceros e copépodes em duas lagoas marginais a planície de inundação do alto rio Paraná, em dois períodos hidrológicos distintos. Os resultados mostraram que grupos zooplanctônicos apresentam contribuição diferente para o fluxo de energia e biomassa na planície de inundação, sendo estes, dependentes da dinâmica trófica dos grupos, além da variabilidade temporal e espacial desse complexo ecossistema. Os copépodes ciclopóides suportam melhor os níveis tróficos superiores, pois possuem maior produção secundária, entretanto, os rotíferos facilitam uma maior taxa de reciclagem de nutrientes no período de águas baixas, devido ao seu maior ?turnover?. Além disso, a transferência de energia e biomassa para os níveis superiores é especialmente importante no período de águas baixas, quando a produção secundária dos grupos foi maior. O objetivo da segunda abordagem foi analisar a estrutura da comunidade de rotíferos e o seu papel funcional em lagoas marginais de uma planície de inundação neotropical. Os resultados mostraram que as condições ambientais verificadas no período de águas baixas (maior variação diária) foram importantes na estruturação e na contribuição ecossistêmica das comunidades nas lagoas. Assim, ressalta-se a conectividade espacial entre ambientes na planície, e não apenas a conectividade temporal, mediada pelo pulso de inundação, como um fator importante na descrição da comunidade e para o seu papel funcional no ambiente. Em suma, os resultados contribuíram para o conhecimento da ecologia da comunidade zooplanctônica, visto que apresenta uma medida do papel funcional que os diferentes grupos dessa comunidade desempenham em ambientes de uma planície de inundação neotropical, além de abordar aspectos da estrutura da comunidade de rotíferos e sua contribuição para o ecossistema de planície de inundação. 73 f