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Genetic diversity at 38 microsatellite (short sequence repeats (SSRs)) loci was studied in a sample of 54 plants representing a natural population of wild barley, Hordeum spontaneum, at the Neve Yaar microsite in Israel. Wild barley at the microsite was organized in a mosaic pattern over an area of 3180 m[sup 2] in the open Tabor oak forest, which was subdivided into four microniches: (i) sun–rock (11 genotypes), (ii) sun–soil (18 genotypes), (iii) shade–soil (11 genotypes), and (iv) shade–rock (14 genotypes). Fifty-four genotypes were tested for ecological–genetic microniche correlates. Analysis of 36 loci showed that allele distributions at SSR loci were nonrandom but structured by ecological stresses (climatic and edaphic). Sixteen (45.7%) of 35 polymorphic loci varied significantly (p < 0.05) in allele frequencies among the microniches. Significant genetic divergence and diversity were found among the four subpopulations. The soil and shade subpopulations showed higher genetic diversities at SSR loci than the rock and sun subpopulations, and the lowest genetic diversity was observed in the sun–rock subpopulation, in contrast with the previous allozyme and RAPD studies. On average, of 36 loci, 88.75% of the total genetic diversity exists within the four microniches, while 11.25% exists between the microniches. In a permutation test, G[sub ST] was lower for 4999 out of 5000 randomized data sets (p < 0.001) when compared with real data (0.1125). The highest genetic distance was between shade-soil and sun–rock (D = 0.222). Our results suggest that diversifying natural selection may act upon some regulatory regions, resulting in adaptive SSR divergence. Fixation of some loci (GMS61, GMS1, and EBMAC824) at a specific microniche seems to suggest directional selection. The pattern of other SSR loci suggests the operation of balancing selection. SSRs may be either direct targets of selection or markers of selected haplotypes (selective sweep).Key words: natural selection, genetic diversity, microsatellites, adaptation, Hordeum spontaneum, wild barley, microsite divergence.La diversité génétique au niveau de 38 locus microsatellites (SSR) a été examinée chez une collection de 54 plantes représentative d'une population naturelle de l'orge sauvage, Hordeum spontaneum, provenant du microsite Neve Yaar en Israël. L'orge sauvage se retrouve en mosaïque au sein d'une aire de 3180 m[sup 2] dans la forêt Tabor, une forêt ouverte de chênes, laquelle comprend quatre microniches : (i) soleil–roche (11 génotypes), (ii) soleil–sol (18 génotypes), (iii) ombre–sol (11 génotypes) et (iv) ombre–roche (14 génotypes). Cinquante-quatre génotypes ont été testés pour des corrélations écologiques-génétiques au sein des microniches. L'analyse de 36 locus a montré que la distribution des allèles aux locus SSR n'était pas aléatoire, mais plutôt structurée par les stress écologiques (climatiques et édaphiques). Chez seize (45,7 %) des 35 locus polymorphes, la fréquence allélique était significativement différente (p < 0,05) entre les microniches. Des divergences et des distances génétiques significatives ont été observées au sein des quatre sous-populations. Les sous-populations sol et ombre présentaient une plus grande diversité génétique aux locus SSR que les sous-populations roche et soleil. La plus faible diversité génétique a été observée chez la sous-population soleil-roche, contrairement à ce qui avait été noté lors de précédentes études à l'aide d'alloenzymes et de marqueurs RAPD. En moyenne pour les 36 locus, 88,75 % de la diversité génétique existait au sein des quatre microniches tandis que 11,25 % existait entre les microniches. Lors de permutations, la valeur G[sub ST] obtenue à l'aide de données randomisées était plus faible que les données réelles (0,1125) 4999 fois sur 5000 (p < 0,001). La plus grande distance génétique a été notée entre les sous-populations ombre–sol et soleil–roche (D = 0,222). Ces résultats suggèrent qu'une sélection naturelle induisant une diversification pourrait s'exercer sur certaines régions régulatrices entraînant une divergence adaptative au niveau des locus SSR. La fixation de certains locus (GMS61, GMS1 et EBMAC824) dans une microniche semble suggérer une sélection directionnelle. Dans d'autres cas, les données suggèrent une sélection équilibrante. Les locus SSR pourraient être des cibles immédiates de la sélection ou encore des marqueurs des haplotypes sélectionnés (une vague sélective, « selective sweep »).Mots clés : sélection naturelle, diversité génétique, microsatellites, adaptation, Hordeum spontaneum, orge sauvage, divergence au sein d'un microsite.[Traduit par la Rédaction] [ABSTRACT FROM AUTHOR]