Search

Abstract: Bambara groundnut (Vigna subterranea (L.) Verdc.) is an indigenous underutilized legume that has the potential to improve food security in semi-arid Africa. So far, there are a lack of [...]

A diversity array technology (DArT) marker platform was developed for the cotton genome, to evaluate the use of DArT markers compared with AFLP markers in mapping and transferability across the mapping populations. We used a reference genetic map of tetraploid Gossypium L. that already contained ~5000 loci, which coalesced into 26 chromosomes, to anchor newly developed DArT and AFLP markers with the aim of further improving utility and map resolution. Our results indicated that the percentage of polymorphic DArT markers that could be genetically mapped (78.15%) was much higher than that of AFLP markers (22.28%). Sequence analysis of DArT markers indicated that a majority matched known expressed sequence tag (EST) sequences from tetraploid and diploid Gossypium species. A total of 794 Arabidopsis genes were homologous with various DArT marker sequences. Chromosomes 5(A), 7(A), 19(D), 23(D), and 24(D) had more Arabidopsis syntenic DArT markers than the other chromosomes. Anchoring DArT markers from the reference map to a recombinant inbred line (RIL) map indicated that DArT markers will speed the building of maps in de novo RIL populations. Key words: diversity array technology markers, reference genetic map, AFLPs, Arabidopsis synteny. Une plate-forme de genotypage DArT a ete developpee pour le genome du cotonnier de maniere a comparer les marqueurs DArT aux marqueurs AFLP en matiere de cartographie et de transportabilite des marqueurs d'une population a une autre. Les auteurs ont employe une carte genetique de reference pour le Gossypium L. tetraploide qui comptait deja environ 5,000 locus, groupes en 26 chromosomes, pour y ajouter les marqueurs DArT et AFLP nouvellement developpes en vue d' ameliorer l' utilite et la resolution de cette carte. Les resultats obtenus ont montre que la proportion des marqueurs DArT qu' ils etaient en mesure de placer sur la carte (78,15 %) etait beaucoup plus elevee que pour les marqueurs AFLP (22,28 %). L'analyse de la sequence des marqueurs DArT a revele que la majorite d'entre eux etaient homologues a des sequences d' EST rapportees chez des especes tetraploides ou diploides du Gossypium. Au total, 794 genes d'Arabidopsis etaient homologues a une sequence de marqueur DArT. Les chromosomes 5(A), 7(A), 19 (D), 23(D) et 24(D) portaient davantage de marqueurs DArT synteniques avec le genome d'Arabidopsis que les autres chromosomes. L'ancrage des marqueurs DArT de la carte de reference sur une carte de lignees RIL a permis de constater que ces marqueurs permettent d' accelerer la production de cartes pour de nouvelles populations de lignees RIL. Mots-cles : marqueurs DArT, carte genetique de reference, AFLP, Arabidopsis syntenie. [Traduit par la Redaction], Introduction Cotton is one of the world's most important crops and sustains one of the world's largest industries (textiles), which accounts for a value of ~$500 billion/year worldwide. The value [...]

Few association mapping studies have simultaneously accounted for population structure, genotype by environment interaction (GEI), and spatial variation. In this sugarcane association mapping study we tested models accounting for these factors and identified the impact that each model component had on the list of markers declared as being significantly associated with traits. About 480 genotypes were evaluated for cane yield and sugar content at three sites and scored with DArT markers. A mixed model was applied in analysis of the data to simultaneously account for the impacts of population structure, GEI, and spatial variation within a trial. Two forms of the DArT marker data were used in the analysis: the standard discrete data (0, 1) and a continuous DArT score, which is related to the marker dosage. A large number of markers were significantly associated with cane yield and sugar content. However, failure to account for population structure, GEI, and (or) spatial variation produced both type I and type II errors, which on the one hand substantially inflated the number of significant markers identified (especially true for failing to account for GEI) and on the other hand resulted in failure to detect markers that could be associated with cane yield or sugar content (especially when failing to account for population structure). We concluded that association mapping based on trials from one site or analysis that failed to account for GEI would produce many trial-specific associated markers that would have low value in breeding programs. Key words: association study, population structure, genotype x environment interaction, spatial variation, sugarcane. Peu d'analyses d'association ont simultanement tenu compte de la structure de la population, de l'interaction genotype x environnement (GEI) et de la variation spatiale. Dans cette analyse d'association realisee chez la canne a sucre, les auteurs ont compare; des modeles tenant compte de ces facteurs et identified l'impact de chaque composante du modele sur la liste des marqueurs identifies comme etant significativement associees aux caracteeres etudies. Environ 480 genotypes ont ete evalues pour le rendement en canne (TCH) et la teneur en sucre (CCS) sur trois sites tout en etant genotypes a l'aide de marqueurs DArT. Un modele mixte a ete employe pour l'analyse des donnees afin de tenir compte simultanement de l'impact de la structure de la population, du GEI et de la variation spatiale au sein d'un essai. Deux formes de donnees DArT ont ete employees, soit des donnees discretes de type standard (0, 1) et un score DArT continu refletant la dose du marqueur. Un grand nombre de marqueurs etait associe significativement avec le TCH et le CCS. Cependant, le fait de ne pas tenir compte de la structure de la population, du GEI ou de la variation spatiale a entraine des erreurs de type I et de type II. Ces erreurs ont, d'une part, grandement augmente le nombre de marqueurs significatifs (particulierement dans le cas du GEI) et, d'autre part, empeche de detecter des marqueurs qui seraient associes au TCH et au CCS (particulierement en ne tenant pas compte de la structure de la population). Les auteurs concluent que des analyses d'association fondees sur des essais realises sur un seul site ou des analyses qui ne tiendraient pas compte du GEI produiraient plusieurs marqueurs specifiques d'un site d'essai et qui seraient peu utiles dans une programme d'amelioration genetique. Mots-cles: analyse d'association, structure de la population, interaction genotype x environnement, variation spatiale, canne a sucre. [Traduit par la Redaction], Introduction Association mapping has become widely used to identify DNA markers associated with traits in many crops (Remington et al. 2001; Kraakman et al. 2004; Aranzana et al. 2005; Breseghello [...]